分子生物学相关软件操作与说明
常用分子生物学工具汇总【最新版】
常用分子生物学工具汇总书目资料库管理系统1、ReferenceManager v11.0【说明】ReferenceManager是一个专门设计来管理书目参考文献的资料库程序。
任何需要收集参考文献做研究之用或需要制作书目的人都可以使用Reference Manager更轻易地管理资料。
Reference Manager受到全球学术机构以及商业、研究机构的研究人员、图书馆员和学生广泛地使用。
【功能】a、快速地从草稿中准备格式化的内文引用文献和参考书目b、建立并维护部门的研究资料库c、追踪再版馆藏d、为研究人员或图书馆赞助者管理新知通报服务e、从不同的参考文献来源(如:联机、光碟、网际网络资料服务)收集参考文献f、为学生建立指定阅读清单g、建立教职员出版品清单h、编目特殊馆藏2、Endnote7.0【说明】Endnote由ThomsonCorporation下属的Thomson ResearchSoft开发，是SCI的官方软件，具备直接连接上千个数据库、边书写论文边插入参考文献、管理数十万条参考文献等的功能。
其所占系统资源容量小，基本不会发生因Endnote数据库过大而电脑死机的现象。
【功能】a、在线搜索文献:直接从网络搜索相关文献并导入到Endnote的文献库内b、建立文献库和图片库:收藏，管理和搜索个人文献和图片、表格c、定制文稿:直接在Word中格式化引文和图形，利用文稿模板直接书写合乎杂志社要求的文章。
d、引文编排:可以自动帮助我们编辑参考文献的格式序列获得和同源性比对1、NCBI-Genbank【说明】GenBank是美国国家生物技术信息中心(NCBI)建立的DNA序列数据库，从公共资源中获取序列数据，主要是科研人员直接提供或来源于大规模基因组测序计划( Benson等，1998)。
为保证数据尽可能的完全，GenBank 与EMBL(欧洲分子生物学实验室)、DDBJ建立了相互交换数据的合作关系。
(生物类研究生必学)DNAMAN、DNAstar、primer5.0、Endnote常用功能介绍
EndNote
EndNote 是THOMSON 公司推出的最受欢迎的一 款产品，是文献管理软件中的佼佼者。其具有海量 文献信息的管理、全文管理、笔记管理、自动编排 论文或书籍的参考文献、利用杂志全文模版撰写论 文、统计与分析等功能，强烈推荐！！！
养成良好的阅读习惯，不管做实验还是写文章将会 事半功倍。
8. 引物5′ 端和中间△G值应该相对较高，而3′ 端 △G值较低。
△G值是指DNA 双链形成所需的自由能，它反 映了双链结构内部碱基对的相对稳定性，△G值越 大，则双链越稳定。应当选用5′ 端和中间△G值相 对较高，而3′ 端△G值较低（绝对值不超过9）的 引物。引物3′ 端的△G 值过高，容易在错配位点形 成双链结构并引发DNA 聚合反应。
DNAstar
DNAstar软件，即著名的Lasergene Suite，功能
主要有：序列的格式转换，序列拼接和重叠克隆群 的处理；基因寻找；蛋白质结构域的查找；多重序 列的比较和两两序列比较；寡核苷酸设计（PCR引 物，测序引物，探针）。由EditSeq 、MegAlign 、GeneQuest 、MapDraw 、PrimerSelect 、 Protean 、SeqMan II七个模块组成。
类型⇒选择相应的要打开的文件
序列格式转换 ① 载入序列 ② 主菜单栏⇒序列⇒显示序列
寻找酶切位点 ① 载入序列 ② 主菜单栏⇒限制性酶切⇒限制性酶切分析
序列比对 ① 主菜单栏⇒序列⇒比对⇒多重序列比对 ② 工具栏⇒多重序列比对
DNAstar功能强大，这里主要讲EditSeq。
运行EndNote后，出现的第一个界面如下：
我们可以新建一个数据库：
如何将文献导入数据库
1. 电脑里的本地文献 选择Import File出现以下界面：
分子生物学软件简要功能介绍
分子生物学软件简要功能介绍在进行分子生物学研究时，常需要用到各种计算机软件。
这些软件种类不少，功能大致相同，到底使用哪个，其实可根据各人的使用习惯来选择。
下列的软件，大部分可在网上找到全功能的版本或各种演示版或试用版，只要以软件名为关键词用搜索引擎搜索就可以了。
网上也有此类各种软件的总结。
下面为此类软件的简单介绍：1.三维分子类2.DNA分析3.RNA分析4.蛋白质分析5.生化教学6.生化工程7.序列格式转换8.引物分析9.序列综合分析10.进化树分析11.质粒绘图12.图像处理13.数据处理14.检索与阅读15.基因芯片16.其他功能软件17.化学绘图18.化学应用19.在线综合工具20.在线蛋白工具21.RNA analysis22.在线引物设计1.三维分子类RASMOL：观看生物分子3D微观立体结构RasTop：为RasMol 2.7.1的图形用户界面软件CHIME：直接在浏览器中观看3D分子MolMol：将pdb等格式的蛋白文件通过微调，存成普通的图形文件raswin.exe.gz：rasmol(win)2.7.0.1 rasmol新版本及汉化版本CrystInfo：用来快速、容易地构建、观察与检查晶体3D结构PDViewer：PDB格式文件的查看程序Weblab Viewlite：三维分子浏览工具及大量分子文件例子Weblab ViewerPro：三维分子浏览工具ICMLite：三维分子浏览工具，有一些其他软件没有的功能VMD：三维分子浏览工具，可以进行动态显示CN3D：3D分子结构观察软件WPDB：PDB文件检索显示分析软件DTMM：三维分子模型显示、编辑与构建程序Mole：高性能的大分子三维图形显示计算工具gopenmol：显示并分析分子结构及其特性POV-Rayv：生成三维图像工具软件MolPOV：将PDB文件转化为POV格式文件的软件Mol2Mol：分子文件格式转换软件PovChem：将PDB文件转化为POV格式的文件Ortep-3 for Windows：生成分子的热椭圆形点图PLATON：通用结晶学软件工具Mage：读取并演示Kinemage格式文件的专用软件 Prekin ：将PDB格式文件转换为Kinemage格式文件Swiss-Pdb Viewer：PDB文件显示与分析软件DINAMO：蛋白序列排队比较编辑与三维模型构建工具PCMoleeule2 Lite：查看PDB格式文件的免费软件StrukEd ：化学分子编辑与三维模型生成软件JMVC：使用JAVA技术编写的三维分子查看器ReView：读取及分析XYZ格式三维分子文件Oscail：用来处理、定义与检查小分子单晶的软件包Moilin：分子构建与观察软件Tinker：与Moilin配套的DOS下的分子设计建模Biodesigner：免费的分子建模与显示软件MoluCAD：全功能的分子建模与显示工具软件 Viewer Activex Control：三维分子显示控件MarvinView：JAVA语言编写的化学分子二维与三维显示程序ACD/3D Viewer for ISIS：免费的ISISDraw三维显示插件Amira：高等三维显示建模系统AmiraMol：Amira 2.3 相应的显示三维分子的增强工具Visualize：分子建模和研究软件包ScientificGL：C++OpenGLAPI三维分子开发工具Sojourner：找出小蛋白的最小能量构形并实时演示的软件2.DNA分析DNAClub：DNA处理软件JaMBW：分子生物学软件包DNATool：功能很全面的DNA序列分析工具包pDRAW：DNA分析与绘图软件，可绘制线性或环形DNA图ANNHYB：用来帮助进行PCR引物设计与基因探针设计的软件RESTRICTION ANALYSIS：限制酶消化工具ABIView：ABI格式文件显示与编辑软件Chromas：ABI格式文件显示与编辑软件Sequence viewer：获取与观察从GSDB获取的DNA序列数据及其关联特性的工具DNAssist：DNA序列分析工具DNAProbe：核苷酸序列设计工具DnaSP：DNA序列种群遗传学分析软件DFW：DNA分析软件Artemis R4：以Java语言写成的序列查看工具’ACT R1：以Java语言写成的序列比较查看器GDA：主要用来进行不连续基因数据的统计分析 RDP：从一组排队比较(Align)的核酸序列中查找潜在的重组体软件Sequencher：装配DNA小片段为大的连续序列或毗连(序列)群"Contig"软件MehCalc：自动计算DNA序列热力学数据的Excel电子表格宏软件基因探索者：中文界面的功能集成、高效、快捷的基因分析软件ConsInspector：DNA蛋白结合位点预测识别软件MatInd与Matlnspector：快速匹配DNA序列与已知共有序列的软件工具GBuilder：JAVA语言编制的用来分析与显示DNA序列的软件GenomePixelizer：帮助理解基因组中的簇基因(C1ustermggene)之间的相互关系的软件LabBook Genomic XML Viewer：图形化显示并处理GenBank序列数据的免费软件Gene Construetion Kit 2 ：管理并显示克隆策略中的分子构建过程软件Genalysis：比较基因组或大量基因序列的工具软件3.RNA分析RNAdraw：RNA二级结构分析软件RNAstructure：预测RNA 级结构图RnaViz：RNA二级结构图绘制程序4.蛋白质分析ANTHEPROT：蛋白序列分析软件包pSAAM：蛋白序列分析软件包VHMPT：螺旋状膜蛋白拓扑结构观察与编辑软件aminoXpress：免费的多功能蛋白分析软件包5.生化教学mmp.zip：将生化代谢中的各种途径用图表的形式表示出来linpath.zip：线性酶反应模拟软件protlab：蛋白质纯化仿真软件MOLMED.ZIP：生化基础概念演示教学程序Biochem：生化教学文件photo：光合作用教学程序Adrenalin：肾上腺素在肝糖原代谢中的作用演示Virtual Cell Lab：多媒体细胞生物学教学程序6.生化工程brd.zip：生物反应器(发酵罐)设计软件BioStat：BioStatB发酵罐控制程序PenSimv：青霉素发酵模拟软件BioProSim：发酵实时模拟软件7.序列格式转换vised：序列输入分析和格式转换软件ForCon：多序列文件格式转换软件SeqVerter：序列格式转换软件GeneStudio LE Version：序列格式显示、编辑与转换工具软件FASTA/BLAST SCAN：FASTA与BLAST查询输出文件的处理软件RevComp：序列格式转换软件8.引物分析primer Premier 5.0：引物设计工具Oligo：引物分析著名软件Primer Designer：专门用 pASK-IBA～pPR-IBA表达载体免费的引物设计辅助软件Array Designer：批量设计DNA和寡核苷酸引物工具Beacon Designer：PCR定量分析分子信标(Molecularbeacon)设计软件NetPrimer：基于WEB界面的引物设计程序9.序列综合分析pcgene：分子生物应用软件 MACAW：多序列构建与分析软件Clustal W：用来对核酸与蛋白序列进行多序列比较的软件Clustal X：ClustalWWindows界面程序FASTA：数据库中查找同源序列软件GeneDoc：对序列进行相关分析等操作BLAST与Blastcl3：数据库中查找类似序列的软件及客户端软件SeqPup 0.9：生物分子序列编辑与分析软件K-Estimator 5.5：进化基因学研究软件，评估两条核酸序列核苷酸替代数BioEdit：序列编辑器与分析工具软件DAMBE：综合性序列工具软件LaserGene：综合性序列工具软件SeaView：图形化多序列队列编辑器 Jalview：用Java语言写的多序列队列编辑器DNASIS：序列综合分析工具Genamics Expression：是一个DNA与蛋白序列分析工具Vector NTIViewer：载体查看软件Jellyfish：多功能序列分析软件ProSeq：核酸序列编辑与种群遗传学分析软件Gap4 database viewer：Gap4基因装配数据库读取显示软件SMS：DNA与蛋白序列分析与格式化在线工具集合Omiga：核酸与蛋白序列综合性分析软件Staden：综合序列分析工具软件包Vector NTISuite：综合性蛋白核酸分析工具包INCA：Java脚本语言写成的BLAST服务器客户端程序ISYS：NCGR开发的用JAVA语言写成的数个不同类生物信息软件与数据库的软件集合平台DNA Scriptor：DNA与蛋白序列综合分析软件Sequence Quickie-Calc：非常紧凑的分子生物学工具软件PhyloGrapher：用来显示与研究相类似的基因与蛋白序列之间的进化关系的软件10.进化树分析phylip：进化树分析软件，并可绘制进化树TreeView：进化树处理软件GeneTree：比较基因与种系进化树的程序NDE：用来编辑NEXUS格式文件的程序TreeMap：用来可视化地比较主、从进化树的程序Spectrum：分析进化信息而不用将之转化为进化树的软件Phyltools：计算与处理进化树数据的软件tree-puzzle：核酸序列、蛋白序列相似性分析及进化树构建工具ATV：JAVA语言编写的显示"New Hampshire"与NHX格式的进化树文件软件TREECON：构建和绘制进化树的软件包ProBiosys比较表现型分类法数据和分析计算核酸序列数据距离值的软件11.质粒绘图Plasmid Processor：绘制质粒图软件Plasmid ProcessorPro：绘制质粒图软件，与Plasmid Processor是同一个作者WinPlas：质粒绘图软件商业版DMUP：环状质粒绘图软件测试版Plasmid Toolkit：质粒绘制软件pDRAW：DNA分析与绘图软件，可绘制线性或环形DNA图Redasoft Visual Cloning：是有名的绘制质粒图Redasoft Plasmid 1.1软件的升级版SimVector：质粒图绘制软件12.图像处理Image Tool：科学用途的处理图像软件Image J：用Java语言写成的科学用途的处理图像软件Cross Checker：基因指纹图分析软件ALFmap：ALF(Amersham Pharmacia)图像格式转换软件Band Leader：凝胶图像处理软件Scion lmage：图像处理与分析工具OSIRIS：通用医学图像处理与分析软件Melanie 3 Viewer：免费Melanie图像查看器Smart Draw：流程图绘制软件演示版GIMPWin：图像处理自由软件ChromoZoom：比较两个图像的相同与不同之处软件bandscan：蛋白凝胶电泳图像分析软件SigmaScanPro：图像分析软件30天全功能演示版SigmaGel：凝胶图像分析软件TotalLab：图像分析软件Lablmage：凝胶图像分析软件GelDiff：定量比较两个2D凝胶图像的不同之处的JAVA软件Timediff：分析蛋白/基因表达图谱时间序列的JAVA软件QuantiScan：使用简单功能专一的凝胶扫描、分析软件PDQuest：分析2维凝胶并生成数据库的标准软件13.数据处理CurveExpert：用于ELISA标准曲线拟合的软件Cliekh Graph：实验数据作图软件Statistica：专业统计软件GraphPad PRISM：著名的数据处理软件NoSA：中文非典型数据统计分析系统CrossGraphs：多变量数据库图形显示软件SigmaPlot：绘图和数据分析软件包30天全功能评估版SYSTAT：数据统计分析与作图的利器30天全功能演示版SigmaStat：智能统计软件30天全功能演示版PeakFit：自动分离、拟合与分析非线性数据软件TableCurve：自动两维曲线拟合与经验公式查找软件TableCurve ：自动三维曲面拟合与经验公式查找软件SPSS：非常权威且有名的数据统计处理软件30天全功能演示版Origin：易于使用的科学用途数据绘图与数据分析处理工具软件DATb：进行生物曲线拟合与数据分析的免费软件数据作图助手：对实验结果进行数据分析和作图的专业软件14.检索与阅读PatentIn：用于将序列专利提交给美国国家专利与商标局的辅助软件Checker：用于将序列专利提交给美国国家专利与商标局的辅助软件ica32t.exe：中国生物学文献数据库检索客户端软件PathDB检索程序：(代谢途径数据库)检索程序PubCrawler：Medline文献库与GenBank核酸序列库检索软件NetRoseBrowser：PDG格式浏览器Book Express：专门用于超星数字图书下载的工具软件EndNote：专业参考文献查询软件Reference Manager：专业参考文献查询软件Procite：参考资料检索管理软件Sequin：数据库GenBank，EMBL，DDBJ查询软件MiniViewer：数图阅览器Compresslt：JBG(NLC)”JPG转换功能软件Refs：参考文献管理软件Scholars Aid：文献参考资料等日常资料的整理软件paperworks：免费的参考文献管理软件KD：知识仓库建库管理系统15.基因芯片AMADA：用来组织、研究、显示、分析微数组(Microarray)数据软件ScanAlyze：进行微矩阵荧光图像分析软件Cluster：对大量微矩阵数据组进行分析处理的软件TreeView：用图形来显示Cluster软件分析的结果软件AMAD：微数组数据库ArrayMakerv：Stanford大学Brown实验室提供的基因芯片研究全套设备相配套的软件与文档J-Express：分析微矩阵(Microarray)实验获得的基因表达数据的软件16.其他功能软件digitizer：图形数字化软件，可以将曲线图转化为数据与等式Graph Paper：坐标纸打印软件DynaFit：酶动力学数据或配体—受体结合数据处理软件Migrate：从遗传学角度，估算人口移民率程序arlequin：人口遗传学软件正交设计助手：正交实验设计辅助工具软件FBAT：家族遗传相联检验的统计程序GGT32：图形化基因型表示软件CERVUS：使用共显性标记数据推断亲缘关系的软件Jarnac：代谢过程模拟软件包Gepasi：化学与生物化学反应动力学仿真与优化软件BCT：微生物趋向性模拟程序StochSim：随机生物化学反应模拟软件Bio_MW：生物化学分子量计算软件MatchCode：将蛋白和核酸序列进行简单匹配和格式化输出的中文软件Map Manager：回交、杂交与重组自交系分析遗传作图实验结果的软件MolEco：以遗传学方法评估杂乱交配频率的软件Canvas：绘图软件免疫室管理系统：中文免疫室综合软件Cyrillic：家谱绘图软件Frozen Cell Stock Monitor：用来管理储存在液氮容器中的生物样品(例如细胞系、血清等等)的程序MICE：虚拟动物饲养设施，用来帮助管理饲养设施中的实验动物软件DBsolve：代谢及酶—受体结合模拟软件boxit：管理生物样品的数据库系统GRR：检测系谱误差(pedigreeerrors)的应用软件健康药霸：药典类的软件AceDB：基因组数据库软件MAPL98、DIAL98与GEST98：El本学者编制的几个统计基因学(StatisticalGenetics)软件PED：系谱(Pedigree)绘制软件PEDRAW：系谱(Pedigree)绘制软件quantiRT：内置宏程序，用来辅助定量RT-PCR实验的Excel文件BateView：管理与追踪小型的实验鼠生殖群体的Excel文件MassXpert：帮助科学家预测与分析从蛋白组学研究中获得的蛋白质质谱数据的软件MestRe-C与MestRe-CnD：分析、显示与仿真1D与2D磁共振图谱的软件ACD/SpecViewer：免费光谱数据显示软件ACD/CNMR Viewer：ACD/HNMR用来显示ACD/NMR Predictors预测的所绘化学结构式Viewer：磁共振图谱文件的免费软件WinMDIver：分析流式细胞仪数据文件的免费软件TestDNA：根据已知成分值生成细胞周期FCS文件的免费工具软件Cylchred：细胞周期分析(CELLCYCLEANALYSIS)软件gX-Path Vision：生成、编辑与显示生物代谢途径的工具软件生物五笔：生物医学专业输入法17.化学绘图ACD/CHEMSKETCH：绘制分子结构的免费软件及其汉化版ACD/ChemSketch及ChemBasic：绘制分子结构的免费软件5.0版本及其汉化版Chemfont：化学符号与TureType字体，可以在Word中直接插入文章中clip.zip：化学图片集，含有近400幅与化学有关的GIF图片ISIS DRAW：绘制化学结构式的免费软件AutoNom：ISIS／Draw软件的插件(自动生成符合IUPAC命名规则的化合物名称) ChemWindows：绘制化学结构式的免费软件MarvinSketch：JAVA语言编写的小巧好用的化学结构式绘制程序ACD/Structure Drawing Applet：绘制化学结构式免费JAVA小程序ChemPen：绘制化学结构式软件ChemPen+：绘制化学结构式软件ChemPen：绘制化学结构式软件18.化学应用mmcalc.exe：分子量计算器hxfc.zip：化学方程式配平软件cmcalc10.exe：化学试剂制备计算器alkne.exe：有机化学命名练习程序chembl32.zip：Windows95下的免费化学方程式配平程序 periodic.zip：小巧的元素周期表ptab32.zip：高级元素周期表CAF：计算机辅助配方软件CFT：化学式教师元素屋：查询112种元素的各个信息的中文软件化学反应方程式编辑器：制作化学反应方程式、离子方程式、分子式、离子式等CRS：化学反应方程式配平器Model ChemLabv：化学实验教育软件及其汉化版periodic.exe：免费的元素周期表化学品电子手册：一个综合性的化学品手册19.在线综合工具Biology Workbench：基于WEB的生物学综合工具sewer：网上常用在线工具集合，本地版20.在线蛋白工具BCM Search Launcher：蛋白序列二级结构预测综合站点DAS：蛋白跨膜预测服务器、输入蛋白序列，预测跨膜区域TopPred：蛋白预测服务器提供的膜蛋白拓扑学预测在线工具SOSUI：膜蛋白分类和二级结构预测在线工具PSIpred-MEMSAT：进行二级结构预测与跨膜拓朴结构预测HMMTOP：预测蛋白序列的跨膜螺旋与拓扑结构服务器SMART：提供蛋白序列，在结构域数据库中查询/显示出其结构域及跨膜区等TMpred：预测蛋白序列跨膜区TMHMM：预测蛋白的跨膜螺旋The PredictProtein server：提供蛋白数据库查询，预测蛋白各种结构的服务SPLIT：膜蛋白二级结构预测服务器PRED-TMR：提供基于SwissProt数据库统计分析的预测蛋白跨膜片段的服务CoPreThi：基于INTERNET的JAVA程序，预测蛋白的跨膜区TMAP：提供预测蛋白跨膜片段的服务21.RNA analysisPattern Search and Discovery：巴斯德研究所提供的常用RNA在线分析工具DNA sequence analysis：巴斯德研究所提供的常用特征序列查询工具Search Genes and Coding Regions：巴斯德研究所提供的常用DNA在线分析工具Oligonucleotide Calculator：巴斯德研究所提供的基因与编码区查找工具解链温度计算器：JAVA语言写的寡核苷酸计算器，给出核酸序列，计算GC百分比、解链温度、长度、分子量。
分子生物学操作手册
分子生物学操作手册一、引言分子生物学是研究生物体分子结构、功能和相互作用的一门学科。
操作手册旨在提供分子生物学实验的详细步骤，并帮助读者准确、高效地进行实验操作。
本文将介绍PCR扩增、DNA电泳、亚克隆和蛋白质表达等实验步骤，并提供一些常用操作的技巧和注意事项。
二、PCR扩增PCR扩增是分子生物学实验中常用的技术，用于扩增特定区域的DNA片段。
以下是PCR扩增的基本步骤：1. 准备PCR反应体系：根据实验需要，配置PCR反应液，包括DNA模板、引物、酶、缓冲液和dNTPs等。
2. 设定PCR程序：根据模板序列的长度和引物的特性，设定合适的PCR程序，包括变性、退火和延伸等步骤。
3. PCR反应：将PCR反应体系置于热循环仪中，按照设定的程序进行PCR反应。
4. 结果分析：利用DNA电泳等技术，分析PCR反应产物的大小和纯度。
三、DNA电泳DNA电泳是一种常用的DNA分析技术，用于确定DNA片段的大小和纯度。
以下是DNA电泳的基本步骤：1. 制备琼脂糖凝胶：根据需要，配制适当浓度的琼脂糖凝胶，并倒入凝胶槽中，形成凝胶床。
2. 加载样品：将PCR扩增产物或其他DNA样品与DNA标记物混合，加入琼脂糖凝胶孔中。
3. 进行电泳：将凝胶槽放入电泳仪中，进行电泳操作，根据需要设置适当的电压和时间。
4. 结果分析：利用紫外线透射仪观察凝胶上DNA迁移的情况，测量DNA片段的大小。
四、亚克隆亚克隆是将DNA片段插入到载体DNA中的过程，通常用于构建重组DNA或进行基因克隆。
以下是亚克隆的基本步骤：1. 准备载体和DNA片段：准备含有目标基因的DNA片段和经酶切的载体DNA。
2. 消化与连接：将DNA片段与载体DNA进行连接反应，通常使用DNA连接酶。
3. 转化：将亚克隆反应产物转化到适当的宿主细胞中，如大肠杆菌。
4. 筛选与鉴定：通过筛选培养基和PCR等技术，鉴定含有目标基因的克隆。
五、蛋白质表达蛋白质表达是将目标蛋白质在细胞内大量合成的过程，利用该技术可以生产重组蛋白以供研究和应用。
Oligo+BANDSCAN软件使用详细说明.doc
Oligo 6 Tour 主要功能介绍Oligo是一种多功能的程序，通过从一个序列中搜索、选择寡核苷酸而广泛运用于PCR、DNA 测序、定向诱变及各种杂交中。
它采用nearest neighbor thermodynamic values的方法计算出杂交的温度及寡核苷酸的二级结构。
Oligo软件已经被认可作为一种选择及分析寡核苷酸的工业软件，运用于各种分子生物学中。
最早的商业化的软件在1989年被开发出来。
本文描述了Oligo软件的最重要的特征及性能。
1、主窗口当你运行Oligo、并输入序列之后,Oligo出现了两个窗口：上面的一个为Tm窗口（The Melting Temperature window），下面的一个为内部稳定性窗口（五聚体的DG），还有第三个窗口，即寡核苷酸频率窗口，隐藏在内部稳定性窗口之后。
--图1，2Tm窗口显示了一部分的DNA/RNA的活性片段，Tm的散点图显示了在这个片段中的每20个碱基的Tm值。
分析的片段的长度是可变的，取决于monitor resolution。
圈出来的序列部分及黄色的bar即代表当前分析的20个碱基的Tm值【注：Olig6.71的版本为20个碱基，与原文的21个碱基不同】.可通过点击窗口的左下角的Upper、Lower按钮选择上游引物、下游引物。
划分Tm图二等分的水平线代表了这个序列的所有的21个碱基的寡核苷酸的平均Tm值(or free energy or degeneracy or %GC)。
在Tm图的分别为双链的核苷酸序列及相应的氨基酸【彩色的代表使用的密码子】--图3内部稳定性窗口显示了寡核苷酸的内部稳定性(五具体的自有能)。
可被用于预测用于PCR 或测序反应特异性的把握度2. Analyze - Key Info显示寡核苷酸的基本信息。
--图4，53. Analyze - Duplex Formation显示了上游引物、下游引物的潜在的二级结构的形成。
snapgene氨基酸转碱基序列
snapgene氨基酸转碱基序列SnapGene是一种功能强大的分子生物学软件，旨在帮助研究人员更方便有效地进行基因序列分析和操作。
作为一种广泛应用的工具，SnapGene不仅可以进行DNA序列的分析和编辑，还可以在转录和翻译过程中生成相关的氨基酸序列。
以下将介绍SnapGene中相关的参考内容。
在SnapGene中，我们可以通过多种方式将氨基酸序列转换为碱基序列。
首先，我们可以使用"翻译"功能来将氨基酸序列转换为对应的DNA序列。
在SnapGene的编辑界面中，用户可以直接在组装窗口中选择"特性"选项卡，然后选择"从蛋白质翻译"。
在弹出的窗口中，用户可以输入氨基酸序列，并选择合适的密码子表（如标准密码子表或自定义密码子表）。
随后，点击"转换"按钮，SnapGene将会自动生成对应的DNA序列，其中每个氨基酸都与相应的密码子对应。
此外，SnapGene还提供了"氨基酸编辑"功能，允许用户直接对氨基酸序列进行编辑和修改。
用户可以在编辑窗口中选择需要编辑的DNA分子，然后通过右键点击菜单选择"氨基酸编辑"。
在弹出的窗口中，用户可以根据需要在氨基酸序列中进行插入、删除或替换操作。
这样，用户可以根据实验需求对氨基酸序列进行自定义的修改。
此外，SnapGene还提供了更多关于氨基酸序列的相关参考信息。
在组装窗口中，用户可以点击"特性"选项卡下的"蛋白质特性"按钮，以查看与氨基酸序列相关的特性和属性。
例如，用户可以查看序列的分子量、等电点、亲水性、疏水性等信息。
此外，用户还可以通过"氨基酸注释"功能，将基因的氨基酸序列与UniProt数据库进行比对，以获取更详细的注释信息。
除了上述功能，SnapGene还提供了许多其他的分子生物学分析工具和实用功能，如底物酶切位点分析、DNA组装、基因片段合成等。
DNAMAN的使用方法
文件菜单中选择“打开”或通过快捷键Ctrl+O，打开存储在计算机中的DNA序列文件。
保存文件
文件菜单中选择“保存”或通过快捷键Ctrl+S，将更改后的DNA序列存储到硬盘或其他存储设 备中。
文件格式要求
只支持常见的序列文件格式如FASTA、GenBank等，可以选择单个文件或批量导入。
D N A 序列的导入和编辑
分析序列统计学
序列长度分布
序列特征统计图
DNAMAN可以为所有序列生成序 列长度分布图，从而确定序列长 度最常见的地方，并且甚至可以 根据自己的喜好来更改分布参数。
这是用于比较DNA序列中各类特 征的常用工具。统计图通常是以 直方图的形式出现，幸运的是 DNAMAN可以自动生成这种统计 图并轻松进行定位和分析。
D N A 序列编辑
D N A 序列导入
D N A 序列统计信息
DNAMAN提供多种序列编辑工具， 例如添加碱基、删除碱基、反转 序列和互补序列等。
DNAMAN支持多种序列格式导入， 例如FASTA、GenBank等。
在编辑界面右侧的信息面板中， DNAMAN会自动生成序列的碱基 组成、止旋镇性能力等信息。
多样性分析
发现多样性和图形化分组模型对 于了解疾病的分布和传播至关重 要，DNAMAN通过比对分析大量 的DNA序列，可以进行多样性分 析并演示图形化分组模型。
D N A M A N 在植物和动物遗传学中的应用
BA C分析
通过资料库查询和选择BAC、 BIBAC、Cosmid等载体中的 DNA，进行序列分析和匹配 以获得目标DNA序列。
常见问题解答
1 D N A M A N 支持哪些文件格式？
便携式数据格式（PDF）、HTML网页、Microsoft Word和图像文件（PNG、JPEG、GIF）等。
vector NTI 使用教程
Vector NTI Suite使用简介Vector NTI Suite 是一套功能强大、界面美观而又友好的分子生物学应用软件包。
它主要包括四个组件，分别对DNA、RNA 和蛋白质进行各种分析和操作。
一、Vector NTI作为Vector NTI Suite 的核心组成部分，它可以在各种分子生物学研究项目的全过程中提供数据组织、编辑和分析支持。
（一）对分子序列的操作我们以一个DNA 序列为例，进行一系列的常规分析；最后将此DNA 序列翻译成氨基酸序列，并对此氨基酸序列进行各种分析。
A，DNA 序列为猪生长激素的cDNA序列，长为761bp。
首先使用Vector NTI 的Create New 命令将此序列导入到Vector NTI 的数据库中：1，第一种方法：如果只知道序列时，点击Molecule 才菜单中的Create New——Using Sequence Editor（DNA/RNA……）；2，在出现的“New DNA/RNA Molecule”对话框中，首先在General 填入导入序列的名称——PGH；3，在DNA/RNA Molecule 活页中，选中Linear DNA，Animal/other Eukaryotes，Replicon Type 中选Chromosome；4，Description 中填入：S.Scrofa Growth hormone mRNA;5，在Sequence and Maps 中点击“Edit Sequence”按钮，将DNA 序列复制后，点“Paste”按钮-点“OK”－确认后就可以完成序列导入。
B，如果是一个从GenBank上下载的序列文件，则：点击“Molecule” 菜单-Open-Molecule files 命令，找到序列文件，在File format 中选中GenBank Files；点击OK。
（二）常规操作：当序列导入完成后，在桌面出现三个窗口，上左侧的窗口中显示的是该序列的常规信息，上右侧窗口则以图形的格式展示序列的特征区及酶切图谱等。
分子生物学应用软件简介
10、克隆策略图谱。
几乎所有人都用手工或用绘图软件来画出整个克 隆过程，各种位点只能大概估计，与核酸的序列 之间的关系当然无从谈起。现在终于有可以解决 问题的软件登陆了。 推荐软件：Gene Construction Kit 2.0 11、三维结构显示。 用各种方法计算出来的各种三维结构的数据只有 在相关软件帮助的情况下，才能显示出其本来面 目，使得我们对这些分子的结构有一个直观的体 会。 推荐软件：RasMol 2.7.1 参考软件：ICMlite 1.0 Cn3D
12.翻译/ORF
Finding 推荐软件：Gene Construction Kit 2.0 参考软件：Primer Premier 5.0，Vector NTI Suite 6.0 13.格式转换 各种软件为了自己软件的需要有不同的格式， 对我们使用数据带来了困难。格式转换软件 可以将不同格式数据转换以方便使用。 推荐软件：Seqverter 1.3 参考软件：Visual Sequence Editor 1.1， Genestudio
2、限制酶分析
可能是最简单的功能了，用普通的文本搜索 也能找出相应的序列位点。正因如此，我们 希望软件在结果输出上有更完美的表现。另 外几乎所有的软件都没有考虑在酶切位点前 应该有保护碱基，所以该分析通过，并不能 在实验中总能通过。 推荐软件：DNAssist 1.0 同类参考软件： Primer Premier 5.0, Vector NTI Suite 6.0和其它多种软件
用到这类软件。由于专业的统计软件也很多， 比较出色。我们只推荐一个比较适合生物的 软件SigmaPlot 2000。
3.序列拼装。这是多基因方面用得比较多的
程序，在单基因的研究中有时也会用到。 推荐软件：SeqMan 4.03 （Lasergene Suite） 参考软件：Vector NTI Suite 6.0
免费分子生物学软件
AnTheProt包括蛋白质研究领域的大多数内容，功能非常强大。应用此软件包，使用个人电脑，便能进行各种蛋白质序列分析与特性预测，包括：进行蛋白质序列二级结构预测；在蛋白质序列中查找符合PROSITES数据库的特征序列；绘制出蛋白质序列的所有理化特性曲线；在互联网或本地蛋白质序列数据库中查找类似序列；计算蛋白质序列相对分子质量，计算蛋白质序列滴定曲线与等电点及计算信号肽潜在的断裂位点等许多功能。网址为：http：//www.ibcp.fro
免费分子生物学软件
互联网上有许多免费分子生物学软件，一些是在线使用的，也有一些可以下载在PC机上使用。
(一)质粒作图软件(P1asmidProcessor)
PlasmidProcessor是一种免费绘制质粒图软件，可以绘制线状或环状DNA。用户定义限制位点、基因段与多克隆位点，还可插入或删除DNA片段，支持剪贴板、打印和存盘功能。下载站点：http：//u.fi/_kiviraum/plasmid/plasmid．html。
(九)进化树生成与分析软件(PHYLIP)
PHYLIP用来进行进化树分析。它可以分析DNA与蛋白质序列，并可绘制进化树。
程序含有许多选项可以精确控制与分析。下载网站地址为：http：///phylip.html。
(十)进化树打印软件(TreeView)
(五)序列格式转换软件(Forቤተ መጻሕፍቲ ባይዱon)
ForCon是核酸与蛋白质不同序列格式文件的转换软件，可双向转换各种常见的多序列格式文件。下载站点为：http：//bioc-www．Uia.ac.be/u/jraes。
(六)序列格式转换软件(SeqVerter)
常用分子生物学软件简介
常用分子生物学软件一、基因芯片：1、基因芯片综合分析软件。
ArrayVision 7.0一种功能强大的商业版基因芯片分析软件，不仅可以进行图像分析，还可以进行数据处理，方便 protocol 的管理功能强大，商业版正式版：6900 美元。
Arraypro 4.0Media Cybernetics 公司的产品，该公司的 gelpro, imagepro 一直以精确成为同类产品中的佼佼者，相信 arraypro 也不会差。
phoretix ? Array Nonlinear Dynamics 公司的基因片综合分析软件。
J-express挪威 Bergen 大学编写，是一个用JAVA语言写的应用程序，界面清晰漂亮，用来分析微矩阵（microarray ）实验获得的基因表达数据，需要下载安装JAVA运行环境JRE1.2后 (5.1M) 后，才能运行。
2、基因芯片阅读图像分析软件ScanAlyze 2.44，斯坦福的基因芯片基因芯片阅读软件，进行微矩阵荧光图像分析，包括半自动定义格栅与像素点分析。
输出为分隔的文本格式，可很容易地转化为任何数据库。
3、基因芯片数据分析软件Cluster斯坦福的对大量微矩阵数据组进行各种簇（Cluster)分析与其它各种处理的软件。
SAMSignificance Analysis of Microarrays 的缩写，微矩阵显著性分析软件，EXCEL软件的插件，由Stanford 大学编制。
4．基因芯片聚类图形显示TreeView 1.5斯坦福开发的用来显示Cluster软件分析的图形化结果。
现已和Cluster 成为了基因芯片处理的标准软件。
FreeView是基于 JAVA语言的系统树生成软件，接收Cluster生成的数据，比Treeview增强了某些功能。
5．基因芯片引物设计Array Designer 2.00DNA 和寡核苷酸引物工具DNA 微矩阵（ microarray ）软件，批量设计二、 RNA 二级结构。
vector nti
vector ntiVector NTI 是一种强大的分子生物学工具，广泛用于分析、设计和操作DNA、RNA和蛋白质序列。
本文将介绍Vector NTI 的主要功能、特点以及在生物科学研究中的应用。
一、介绍Vector NTI 是由Invitrogen公司开发的一款分子生物学软件，旨在为科学家们提供一套完整的工具，用于分析、设计和操作生物分子。
该软件集成了多种功能，包括序列分析、比对、克隆、构建基因工程实验方案等等。
二、主要功能1. 序列分析Vector NTI 提供了各种序列分析的功能，例如序列比对、绘制序列图谱、查找开放阅读框、预测转录起始点和终止点等等。
这些功能可以帮助科学家们更好地理解DNA、RNA和蛋白质序列的结构和功能。
2. 克隆工具Vector NTI 提供了丰富的克隆工具，可以帮助科学家们进行DNA 重组、构建基因工程实验方案等。
通过这些工具，科学家们可以轻松地进行基因克隆，并设计出符合实验需要的DNA序列。
3. DNA构建与设计Vector NTI 提供了功能强大的DNA构建和设计工具，可以帮助科学家们设计合适的引物、多聚酶链反应（PCR）方案以及合成DNA 序列等。
科学家们可以根据实验需求，通过这些工具快速设计出理想的DNA序列。
4. 蛋白质序列分析除了DNA和RNA序列分析外，Vector NTI 也可以进行蛋白质序列分析。
科学家们可以利用软件提供的功能，预测蛋白质二级结构、寻找蛋白质结构域、进行蛋白质序列比对等。
5. 实验方案管理Vector NTI 提供了实验方案管理功能，科学家们可以记录和管理自己设计的实验方案。
这方面的功能还包括实验标签、实验进度跟踪等，方便用户进行实验管理工作。
三、特点1. 用户友好的界面Vector NTI 提供了直观、易于使用的用户界面，使得科学家们能够快速上手并进行工作。
软件的菜单和工具栏都设计得非常直观，用户可以轻松找到自己需要的功能。
2. 数据库支持Vector NTI 可以与各种常见的生物信息数据库进行集成，例如GenBank、EMBL和SwissProt等。
生物专业的软件介绍
生物专业的软件介绍三维分子类RASMOL 2.7.5 观看生物分子3D微观立体结构的软件。
RasTop 2.2 为RasMol的图形用户界面软件，免费，简化RASMOL的使用。
DS Visualizer 3.0 3维分子浏览工具，30天试用版，功能也十分强大。
ICM-Browser 3.72a3维分子浏览工具，并具有序列比对显示功能，免费推出。
ActiveICM 1.1.4 可在Office软件和浏览器中显示查看三维ICM分子图片文件软件。
VMD 1.9 用来显示生物分子的微观立体结构，更棒的功能是可以利用内建的功能，做出动画效果。
CN3D 4.1 See in 3D的缩写。
允许你在线作为客户端可视并交互地观察NCBI Entrez数据库的立体蛋白序列。
WPDB 2.2 美国国家计算机科学与工程学实验室开发的基于Windows的PDB文件查询与处理分析软件。
DTMM 4.2 Demo 是一个简单易用的3维分子模型显示、编辑与构建程序。
gopenmol 3.0 是一个显示并分析分子结构及其特性，计算分子轨道、电子势的软件包。
POV-Ray 3.7b38 是一个高质量、完全免费创造最棒三维图像的非常有名的工具。
MegaPov 1.2.1 r3 是Pov-Ray非官方编译版本，三维渲染效果更好。
需要安装Pov-Ray。
Mol2Mol 5.6.2 Demo 主要用来进行各种分子文件的转换，支持30种主要分子格式，也可以用来进行3维分子的简单显示。
MolPOV 2.0.8 MolPOV是PDB格式至POV格式转化工具。
PovChem 2.1.1 免费软件，注册码：APyUrblJnYZr，将PDB格式分子文件转化为POV 格式，再使用POV-Ray v3.1g进行3D加工。
ORTEP-III 2.02 用来生成分子的热椭圆形点图。
PWT(PLATONfor WindowsTaskbar) 1.15PLATON是通用结晶学软件工具。
常用生物信息学软件介绍
常用生物学软件简介1. Oligo 6是目前使用最为广泛的一款引物设计软件，除了可以简单快捷地完成各种引物和探针的设计与分析外，还具有很多其他同类软件所不具有的高级功能： a) 已知一个PCR引物的序列，搜寻和设计另一个引物的序列。
b) 按照不同的物种对MM子的偏好性设计简并引物。
c) 对环型DNA片段，设计反向PCR引物。
d) 设计多重PCR引物。
e) 为LCR反应设计探针，以检测某个突变是否出现。
f) 分析和评价用其他途径设计的引物是否合理。
g) 同源序列查找，并根据同源区设计引物。
h) 增强了的引物/探针搜寻手段。
设计引物过程中，可以“Lock”每个参数，如Tm 值范围和引物3’端的稳定性等。
i) 以多种形式存储结果；支持多用户，每个用户可保存自己的特殊设置。
网址：/2． Vector NTI Suite是一套功能最全，而且界面最美观，最友好的分子生物学应用软件包。
主要包括四个大型软件，它们分别可以对DNA、RNA、蛋白质分子进行各种分析和操作。
Vector⑴ NTI：作为Vector NTI Suite的核心组成部分，它可以在生物研究的全过程中提供数据组织和序列编辑的软件支持。
Vector NTI 是以一种窗口形式，且支持项目组织的数据库来完成这一功能的；通过这个数据库，可以保存和组织大部分的实验数据，比如：基因结构、载体、序列片断、引物、蛋白质、多肽、电泳Markers和限制性内切酶等。
实际上，该数据库还支持对Vector NTI Suite 中各种小型的绘图和结果展示工具的管理。
Vector NTI 可以按照用户要求设计克隆策略。
用户只需提供克隆载体，外源片断序列，明确载体克隆的大致位置或酶切位点，其它工作由软件完成。
设计结果以图文形式输出到屏幕；最后根据客户定制的条件进行模拟电泳。
Vector NTI 还具有强大的设计和评估PCR引物、测序引物和杂交探针功能。
BioPlot⑵：BioPlot是一个对蛋白质和核酸序列进行各种理化特性分析的综合性工具，它是一种方便的桌面程序。
分子生物学常用软件
随着计算机技术和Internet数字化高速公路日新月异的飞速发展，生物信息（Bioinformation）和生物电脑化（Biocomputing）也飞速发展，愈来愈多的生物学家（Bioscientist）根据生物科学（Biosience）研究的实际需要，编写了大量的生物科学应用软件。
生物科学软件应用范围非常广泛，从最基本的多媒体互动式教学到最高级的虚拟细胞生命过程的互动式模拟，可谓应有尽有[1，2，3]。
这些软件的实际应用，为医学进一步信息数字化、信息全球共享化带来了光明的前景。
而分子生物学作为生命科学一个极为重要的分枝，理所当然倍受重视，其相应的生物科学应用软件可谓枚不胜举[2，3，4]。
分子生物学专业软件（Molecular Biology Software；Biosoft）的应用，为广大分子生物学研究人员的医、教、研工作带来了极大的便利性。
与普通的应用软件相同，分子生物学专业软件的种类主要有纯商业软件（只提供软件功能演示）、商业共享演示软件（全部或部分软件功能但使用时间极为有限）和免费软件[2]。
对于前两种软件而言，只有付出一定的费用，才会得到全功能的商业软件，而后者却完全免费使用。
对于大多数资金有限的从事分子生物学研究的教师、工作人员和学生等，免费软件通常是唯一的选择。
因此，本文着重介绍在PC机WINDOWS95/98和Mac机OS操作系统上应用的分子生物学免费软件及其重要性，并指出在何处可以找到自己所需的免费软件以及在论文写作和发表中如何处理免费软件应用的相关问题。
一.分子生物学专业软件在分子生物学领域应用的重要性在分子生物学研究领域中，引物设计、多序列比较分析、基因进化树结构分析、核酸/蛋白质高级结构预测等等，若单纯依靠手工设计与分析，几乎很难达到理想要求。
而通过使用分子生物学专业软件，则可以很轻松地设计出符合要求的引物、简便快速地进行多序列的分析比较等。
不仅如此，它还可制作具有专业水平的图形图像，如质粒图谱、克隆表达载体构建图谱、限制性酶切片段图谱等。
常用生物信息学软件讲解
2. Endnote 3.1.2
包含有大部分分子生物学软件的常用功能，可 进行DNA、RNA、蛋白质序列的编辑和分析， 甚至还能进行质粒作图、数据库查询等功能， 足可满足一般实验室的要求。
在DOS时代，DNASIS 7等版本便是流传甚广并 曾给过许多人以帮助的分子生物学软件，因此 我们有理由期待Win版的DNASIS 会带给我们 惊喜。
是一个在线专业资料查找系统,可以保存 查找资料,并在文章中对引用格式化.
二、 实验实施阶段
随着实验的进行，就必须对实验过程 中的DNA、RNA和蛋白质的信息进行各 种处理，包括限制酶分析、引物设计、 同源序列比较、质粒作图、结构域(motif) 查找、RNA二级结构预测、蛋白二级结 构分析、三维结构显示等方面的内容。
2、限制酶切位点分析
DNAssist 1.0 原因是大多软件只对线性序列进行分析，那么
cNNNNN…NNNgaatt环状的序列就找不到 EcoR I的位点。 DNAssist 1.0能很容易把这个EcoR I位点找出来。 另外DNAssist在输出上非常完美，除了图形、 线性显示外，还有类似DNASIS的列表方式， 列出有的位点（按酶排列，按碱基顺序排列）。
Primer Premier5.0
顾名思义，该软件就是 用来进行引物设计的。
可简单地通过手动拖动 鼠标以扩增出相应片段 所需的引物，而在手动 的任何时候，显示各种 参数的改变和可能的二 聚体、异二聚体、发夹 结构等。
常用分子生物学软件(二)
常用分子生物学软件（二）引言概述：随着分子生物学研究的不断深入，分析和处理分子生物学数据的需求日益增长。
为了满足这一需求，许多常用的分子生物学软件被广泛应用于实验室和研究机构中。
本文将介绍一些常用的分子生物学软件，以帮助研究人员更好地理解和应用这些工具进行数据分析和实验设计。
正文：1. 序列分析软件1.1 BLAST：用于快速比对蛋白质或核酸序列，帮助确认其他物种中是否存在与查询序列相似的序列。
1.2 ClustalW：用于多序列比对分析，可以对多个序列进行比较，并生成比对结果。
2. 基因表达和调控软件2.1 DESeq2：用于差异表达分析，可以识别和分析基因在不同样本或条件下的表达差异。
2.2 MEME：用于寻找和分析DNA、RNA或蛋白质序列中的共同模otif，帮助识别某些转录因子的结合位点。
3. 蛋白质结构预测软件3.1 SWISS-MODEL：基于比对分析和模板结构预测，可以预测目标蛋白质的三维结构。
3.2 Phyre2：利用比对、结构推理和模板模拟方法，用于蛋白质序列到结构的预测。
4. 分子模拟软件4.1 GROMACS：用于分子动力学模拟的软件套件，可以模拟蛋白质、核酸和膜蛋白等生物分子的运动和相互作用情况。
4.2 AMBER：常用的分子模拟软件，用于模拟和分析生物大分子的结构、动力学和能量。
5. 生物网络分析软件5.1 Cytoscape：用于构建和分析复杂网络的开源软件平台，尤其适用于生物学领域中的生物网络分析。
5.2 STRING：用于生物网络分析和预测蛋白质相互作用的在线工具，可以帮助解析基因或蛋白质之间的关系网络。
总结：本文介绍了常用的分子生物学软件，包括序列分析、基因表达和调控、蛋白质结构预测、分子模拟和生物网络分析等方面的工具。
这些软件的使用可以帮助研究人员更好地理解、分析和解释分子生物学数据，促进科学研究的进展和创新。
常用分子生物学软件(一)2024
常用分子生物学软件（一）引言概述：分子生物学软件在当今生物学研究中发挥着重要的作用。
它们以其功能强大和易用性而受到科研人员的青睐。
本文将介绍常用的分子生物学软件，并对它们的主要功能和特点进行详细说明。
正文：一、序列分析软件1. 序列比对软件- BLAST: 用于快速比对蛋白质或核酸序列与已知数据库中的相似序列。
- ClustalW: 对多个序列进行比对，并生成多序列比对结果。
2. DNA/RNA序列分析软件- Primer3: 用于设计引物序列。
- M-fold: 对RNA序列进行二级结构预测。
3. 蛋白质序列分析软件- GRAVY: 计算蛋白质氨基酸序列的相对水溶性。
- ProtParam: 提供氨基酸序列的各种生化性质分析。
4. 基因表达软件- ExPASy Translate: 用于将DNA序列翻译成蛋白质序列。
- Primer-BLAST: 用于设计引物并进行特异性检验。
5. 组学数据分析软件- Galaxy: 提供了一个高度集成的平台，用于处理和分析基因组学数据。
- Cytoscape: 用于可视化和分析分子和基因网络。
二、结构生物学软件1. 分子建模软件- Swiss-PdbViewer: 用于分子可视化和蛋白质模型构建。
- Autodock: 用于模拟蛋白质与小分子之间的相互作用。
2. 蛋白质结构预测软件- Rosetta: 提供了一种高效精确的蛋白质结构预测方法。
- I-TASSER: 通过蛋白质比对和拓扑结构模板识别，预测蛋白质三维结构。
3. 蛋白质结构比对软件- Dali: 用于比对两个或多个蛋白质结构，分析它们之间的结构和功能相似性。
- TM-align: 使用局部结构比对算法，对两个蛋白质的结构进行全局比对。
4. 蛋白质模拟软件- GROMACS: 用于分子动力学模拟和能量最小化。
- NAMD: 适用于分子动力学和分子模拟的高性能软件。
5. 蛋白质结构可视化软件- PyMOL: 用于可视化和分析蛋白质结构。
geneious 软件使用手册 分子生物学
ch in a flash Geneious4.8Quickstart ManualBiomatters LtdMarch4,20102IntroductionThis quickstart manual will guide you through the features of Geneious4.8’s interface and help you orient yourself.You should also try the Geneious built in interactive tutorial which can be found by selecting“Help”→“Tutorial”from the menu.For more information you can go to /education where you willfind a number of tutorials on more specific topics.User Interface OverviewFigure1:The main window in GeneiousOn the left of Figure1are the sources and services in the“Sources Panel”.Here you can access many online databases including NCBI and UniProt,then simply drag and drop sequences and other data to your Local folders where you can store,view and analyse them in a customisable workspace.Right clicking(CTRL+click on Mac OS X)on the Local folders allows you to create new folders, share them with other users,delete,rename or move them.You can also mark the contents as read and export an entire folder including subfolders in a single operation.3 Selecting a data source displays the contents of that source in the“Document Table”.This table always has columns relevant to the type of data you are working with making it easy to sort and locate the items you are looking for.Click on the header of a column to sort or click and drag the headers to reorder them.Right click(CTRL+click on Mac OS X)on the header to change the columns that are visible.You can sort sequences by length or organism for example.Use thefilter box above the table to quickly locate items by keyword or click the search button to access powerful searching functionality.Selecting an item in the table gives you a view of the data in the“Document View”area below. Geneious always chooses views which are appropriate for the data you have selected.Often there are several of these so you can switch between them using the tabs directly above.A pairwise alignment has an alignment view and a dotplot for example.The“Help Panel”shows context specific information about the particular viewer that is in use. It also includes the built in tutorial which covers the major functions of Geneious Pro.If you need some extra space to work in,just click the“Expand”button to expand the viewor the“Open”button to open it in a separate window.You can also open a document in a new window by double-clicking on it in the document table.To access any of the analysis features in Geneious such as BLAST searching,sequence align-ment and cloning just select the data you want to analyse before choosing the appropriate analysis from the toolbar or menu.Sequence Viewer BasicsThe sequence viewer allows you to display your annotated sequence or alignment.The plus and minus buttons increase and decrease the magnification of the sequence.You can zoom infully to view the bases/residues,and out to see an overview of the sequence(s).Zooming can also be quickly achieved by holding down the zoom modifier key(the Alt key on Windows,Linux and Mac OS X)and clicking.When the zoom key is pressed a magnifying glass mouse cursor will be displayed.The colors option controls the coloring of the sequence nucleotides or amino acids.Color-ing schemes differ depending on the type of sequence.For example,the“Polarity”and“Hy-drophobicity”coloring schemes are available only for Protein sequences.Annotations can be shown and hidden by opening the“Annotations”section of the sequence viewer panel and clicking the checkbox next to each annotation type(Figure2).By selecting a region and clicking“Annotation”,a custom annotation can be added to aregion of interest.Just enter a name and click OK.Annotations can also be copied between sequences by right-clicking(CTRL+click on Mac OS X)on the annotation.4Figure2:A view of an annotated nucleotide sequence in Geneious DatabasesGeneious allows you to search for documents within your local folders with ease.Clicking the “Search”button at the top right of the main window when a folder is selected will allow you tofind documents by text or sequence(Figure3).Select the top“Local”folder and click Search to search all of your local folders.Figure3:Searching the local foldersGeneious Pro integrates closely with many online databases including a large number from NCBI such as Nucleotide,Gene,SNP,PubMed and Taxonomy as well as UniProt and PFam. To search any of these text-based databases,select the database in the sources panel then you can perform a simple keyword search by entering your keyword(s)in to the search box and5 clicking the“Search”button.To search using a more complex combination of terms,click the “More Options”button to the right.(Figure4).Figure4:Searching the PubMed databaseThe results of your search are displayed as they are downloaded from the internet.While this is happening you can sort by any of the columns orfilter tofind keywords like a particular country or species.Selecting data,immediately gives you a graphical representation of results without having to navigate away from the search.When you’ve found what you’re looking for save it by clicking and dragging the document(s) from the document table over to the desired folder in the sources panel.Sequence SearchGeneious Pro also features integrated access to NCBI’s BLAST databases and the ability to set up your own local personal databases using Custom BLAST.To search for similar sequences in any of these databases,first select your query sequence(orseveral for a batch search)then click on the“Sequence Search”button.The options that are displayed allow you to choose the database and parameters for your search.6Once you click the search button,Geneious creates a folder for the results and starts download-ing them when the search is complete(Figure5).Your results are saved straight away so you won’t lose them even if you have to close the program.Figure5:Sequence Search CompleteImport,Export and StorageGeneious Pro supports importing and exporting a wide array of formats including PDF,FASTA, GenBank and Vector NTI allowing you to share data between many different programs.Geneious will usually be able to recognise the format of afile automatically so you can just click and drag files directly into the Geneious window and they will be imported.Geneious also has a special Vector NTI database import option to import all your data from Vector NTI in one operation (“File”→“Import”→“Vector NTI Database”).In addition to exporting in bioinformatics formats,Geneious also supports high quality graph-ical export for printing and inclusion in publication.More details can be found in the section on printing and exporting images later in this document.As well as storing data on your hard drive,Geneious Pro can also utilise a private SQL server. This allows multiple users to access data simultaneously;great for managing group projects, and gives added security through access controls and backups.For more details on setting this up refer to the Geneious Manual.7 AgentsTo help you stay up to date with the ever-changing contents of all these databases,Geneious Pro brings you Agents.Agents make sure you always have the latest data by performing searches automatically and telling you when new data becomes available.They can be used to run a BLAST search every day and tell you when new sequences that are similar to your query have become available.Alternatively,you could use an agent to stay up to date with publications from your favourite researcher or on your favourite topic(Figure6).To create an agent or check on your existing agents,click the“Agents”button in the toolbar.Figure6:Create a PubMed Search AgentWhen an agentfinds a new publication or sequence,it’s just like receiving a new email.8CollaborationWith collaboration you can connect to our public server,or a secure local server,then share your documents with other Geneious users from within the program streamlining collaborative research.You can see when your colleagues are online and share documents.For full details on setting up collaboration refer to the Geneious Manual.AssembleFor sequence assembly,Geneious Pro supports import of traces from both ABI and SCF for-mats.Once you have acquired your fragments for assembly,you can perform assembly in the same way that almost all analysis is performed in Geneious.Select the documents for analysis then click on the“Assembly”button.You are then asked to choose the parameters for your analysis.Assembly includes options for alignment stringency, selecting a reference sequence and automatic trimming.Click OK and once the assembly is complete,Geneious automatically selects the result so you can view it.Figure7:Assembled contigIn this contig(Figure7)trimmed annotations are ignored during the assembly and in calcu-lation of the consensus.This means you can keep the trimmed regions for future reference without them disrupting your assembly.9 Disagreements between reads are identifiable as black bars.You can also jump quickly to each disagreement by pressing Ctrl+D(+D on Mac)on the keyboard.Zooming in on one of these(Figure8)you can see the base calls with the trace above.Figure8:Editing an assembled contigThe quality of the bases is illustrated by the blue graph behind the trace.You can zoom in further to help resolve tricky base calls.Control the height of the graph using the options on the right.To manually resolve conflicts,edit bases within the same view by clicking“Allow Editing”and just typing in the new base.Edit the consensus sequence to quickly change all base calls at one position.When you are satisfied with your assembly,select the consensus sequence,click“Extract”and choose a name to save it to a separate document for further analysis.Restriction and CloningThe circular sequence viewer(Figure9)not only gives an overview of the features on a se-quence,it also allows you to zoom in,view the bases and even edit them.Restriction analysis is performed in real-time inside the Sequence View.Select“Find Restriction Sites”under“Annotations”→“Restriction Site”on the right and immediately any cut positions will be shown on the sequence.You can create custom sets of restriction enzymes,perhaps the ones that are available in your lab fridge,making it easy to identify cut sites for the enzymes that are available.10Figure9:Viewing a plasmidFigure10:Insert sequence into vectorClick“Apply”to save the current cut sites for use in further analysis.Geneious Pro simplifies virtual cloning with its one-step“Insert into Vector”function.After identifying cut sites on your insert this function will take care of the rest byfinding compat-ible enzymes for the plasmid then performing digestion and ligation in one step(Figure10). Geneious also supports Gateway®Cloning.PrimersGeneious Pro includes Primer3for primer design and testing.Selecting a region or annotation as a target for amplification,you can quickly design a primer to surround it(Figure11)using the“Primers”button.Primer design has many options so you can design the right primerfor your experiment.These include limits on melting point,GC content,primer size and many more.Figure11:Design a pair of primersWhen you click OK primers will be designed and added to the target as annotations.To view the statistics for each primer,hold your mouse over the annotation in the sequence view.To save a primer for ordering or testing against other sequences,just click on the annotation and click“Extract”.Align SequencesFigure12:Dotplot viewerGeneious Pro makes pairwise and multiple sequence comparison easy.Selecting two sequences gives you a dotplot for initial comparison(Figure12).Further investigation can be done using the built in sequence alignment tool.With the se-quences for alignment selected,click the“Alignment”button in the toolbar.Geneious Pro includes built in implementations of global and local alignment as well as several multiple aligners including ClustalW and MUSCLE(Figure13).You can change substitution matrices and gap penalties to optimise your alignments.Once an alignment is complete,the alignment view is automatically displayed.Alignment ViewingInitially,Geneious gives you an overview of the alignment.It displays a graph of identity along the top and you can see the annotations and gap locations on the sequences themselves. Within the alignment view,you can zoom in to see the bases and customize the settings on the right to create the view which is best for your analysis(Figure14).You can also display protein translations alongside the sequences,customise color schemes,graphs,consensus options and annotations.Figure13:Alignment optionsThe statistics section at the bottom is updated in real time as you select a region.On a protein sequence,this includes molecular weight and isoelectric point.To modify your alignment manually,click on“Allow Editing”then type in characters directly with the keyboard or click and drag regions of the alignment to change gap locations. PhylogeneticsGoing from a multiple alignment to the next step-building a tree is simple.Just select thealignment and click the“Tree”button.Geneious Pro features basic tree building such as Neighbour-Joining and bootstrapping.Plug-ins are also available for more advanced analysis including Mr Bayes and PAUP*.Trees are displayed in an interactive viewer that allows editing and customisation of the view. You can rearrange the tree and color the branches for example(Figure15).If you select a subtree by clicking on it,the corresponding sequences are also selected in the associated multiple alignment(click on the Alignment View tab).3D Structure VisualisationGeneious Pro includes a powerful viewer for common3D biological structure formats such as PDB.Structures can be rotated by clicking on the structure and dragging the mouse.You can zoom by holding the Shift key while clicking and dragging,and individual components down to atoms can be selected and highlighted(Figure16).Figure14:Multiple sequence alignmentFeatures of molecules can be explored allowing you to see thefine detail of the structure of the polypeptide chain as well as simplified views such as cartoons to show the overall structure and views can be combined and include custom coloring using the menu at the top of the structure viewer window.When you havefinished you can save the structure and your display settings will be preserved.For advanced users,the command box lets you type in arbitrary jmol scripting commands.To see some examples,select one of the pre-populated options in the boxs drop-down.For a com-plete description of the commands you can use,see /academics/ chemapps/jmol/docs.Printing and Image ExportingAny view within Geneious Pro can be printed or saved for publication.Saving features in common formats like JPEG and high quality vector formats like PDF.Simply set up the display the way you want and select“File”→“Print”or“Save as Image File”.A dialogue will appearallowing you to control the way the image is laid out on the page(Figure17).Figure15:Tree viewer showing colored branchesTeachingGeneious Pro is great for teaching bioinformatics.It gives students easy access to all the tools they need without requiring them to learn tricky command line interfaces.This means they spend less time learning the tool and more time understanding the analysis.Geneious Pro features interactive tutorials which guide students through analyses linking them to relevant data and allowing them to answer questions for submission.These can be down-loaded from /education.Figure16:Viewing a3D structureFigure17:Printing an image。
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search 菜单的“查找ORF”，点击，会出现右边的 对话框。
单击Find Next， 寻找第一个ORF位置。 继续点击Find Next ，
183-455 bp的最大ORF
Editseq
DNA序列翻译
选定ORF，从Goodies菜单中选择 “Translate”
Protean
Protean’s蛋白质分析方 法
使用蛋白酶消化与SDS PAGE电泳
Protean可以识别蛋白序列上的蛋白酶酶切位点，并将酶切片 段的电泳结果以图形展示出来。
二级结构模拟
Protean能够展示诸如螺旋轮，螺旋网和beta片层等基本元件 的二级结构。在这一节中，我们做一个阿尔法区域的螺旋轮二 级结构。
在这一节中，我们将对已有的GeneQuest 文件“Nematode R01H10”进行操作。
GeneQuest
查找重复序列
Inverted Repeats— 寻找反向重复序列。 Dyad Repeats—寻找 palindromes回文。 Direct Repeats—寻 找正向重复序列。
GeneQuest
primer
打开序列文件
粘贴序列窗口
这一窗口使得一段核酸序列 通过选择以四种不同的方 式粘贴上去。 分别为As is、reversed 、 complemented 以及reverse complemented 这样便于从其 他程序中粘贴序列而无需 考虑其序列保存的方向
primer
Search Criteria 窗口
MegAlign
查看队列报告
MegAlign
创建Decorations和Consensi
另外，我们可以通过加入“decorations”和 “consensi.”来优化展示的效果。 Decorations包括加框、加阴影和隐藏。在 这节中，我们将介绍如何将一致碱基隐藏 起来，使队列报告更直观、清晰。
Primer 引物设计 Align 序列比较 Enzyme 酶切分析 Motif 模体分析
primer
一些原则和说明
引物长度 一般为18到24个碱基 控制着引物的特异性和在PCR反应中的退火温
度 TM值 56到63°C，引物对的TM值要接近。 GC含量 在50%左右比较合适 多义性 尽量减少引物多义性，特别是3 ’ 3’ End Stability 稳定性较强的5 ’ 末端和相对较 弱的3 ’末端。
MegAlign
简单说明
在我们实行队列之前，我们应该选择一 个权重表。 MegAlign’s残基权重表，用于对多序列 比较进行评分，这样虽然残基不匹配， 但残基化学性质相似的序列的评分要比 化学性质不相似的序列的评分要高。我 们的序列是蛋白质，并且我们将使用 Jotun Hein方法，所以“Structural”表是 最好的选择。
RNA折叠
GeneQuest可以以RNA 折叠形式查看序列特 征。 Analysis菜单中的 “fold as RNA”选项。
GeneQuest
GeneQuest的其他特点
序列酶切，模仿agarose凝胶电泳判定大 小； 打开方法帘（method curtain）。 从More Methods中选择Enzymes Restriction Map 加入方法帘。
从OPTIONS MENU， 使用Size命令增加字体 大小到看得清楚为止。
MegAlign
简单说明
现在我们需要选MegAlign’s的两个多序列比较 方法中的一个进行操作：Clustal或者Jotun Hein。如果已知序列有一定的同源性，我们推 荐使用第二种，如果序列相关背景未知，可以 选择Clustal。 我们使用的序列已知全部是calmodulins，所以， 我们使用Jotun Hein 。
GeneQuest
从MapDraw开始
MapDraw工具可帮助你查找DNA序列中的酶 切位点，以便于下步克隆实验操作。 根据实验设计、分析和实验结果展示需要的不 同，MapDraw可以制作6种类的酶切图。从简 单的线性图到有注释的环形图，在展示限制性酶切
位点的同时，还可以同时展示序列读框及其翻译结果。
Primerselect
seqMan
Primer primier 5.0 Plasmid Toolkit 1.4s
GPreinmeeTra(n引k(物序设质操列计粒作编)绘简辑图单) 工。具， Align (序列比较) Enzyme (酶切分析) Motif (模体分析)
DNAstar是一多功能软件包。
MegAlign
Consensi“一致性”优化后的队列报告
最终的 队列报 告便如 右所示
MegAlign
从Protean开始
在这一节中，利用protean软件包， 我们可以对蛋白质的二级结构、电 荷分布、疏水性、抗原性等进行预 测。
Protean
创建蛋白质分析文件
打开名为“Demo Sequences.”的文 件夹。 双击“Human Calmodulin” ， 打开如右窗口， 在这里，可以看 到
序列信息查看 序列较对
Editseq
打开已有序列
从文件菜单，选择Open。
打开文件夹“Demo Sequences”单击选定序列 “TETHIS21”。
单击Set Ends按钮。 Set Ends被打开（如右）。
5’框和3’框中键入50和850， 点击OK。单击Open。
Editseq
寻找开放读框
Map酶切位点按位置排序 按酶的降序排序 按酶切频率排序 缺失酶切位点 单一酶切位点
MapDraw
从MegAlign开始
MegAlign可进行DNA和蛋白质序列的双 序列比较和多序列比较(multiple aligment)。 根据多序列比较(multiple aligment)的队 列(aligment)结果，可制作进化树 （Phylogenetic trees）。 有关序列距离的数据和残基替代情况， 可以容易地作成表格。
MapDraw
新酶切图制作
以组氨酸DNA序列 “tethis21.seq” 为例。 首先我们寻找能够 切割组氨酸DNA序 列的酶切位点。 从文件菜单选择 “open”,打开如右 所示窗口（点线图）
MapDraw
其它酶切图表示方法
如右所示，是一种酶 切结果的环形展示图。
另有：工作表形式
线性小地图 线性图 ORF Map
MegAlign
设置权重表
l 从ALIGN 菜单选择
Set Residue Weight Table打开左面的窗口。 l 从上面的下拉菜单选 择Structural。单击同 意。 现在我们可以比较我们 的calmodulin序列了。
MegAlign
进行队列分析
从ALIGN MENU选择 Jotun Hein Method。 队列进程窗显示比较完 成的百分比。 当队列完毕，工作台会 显示队列的结果。
MegAlign
Decorations“修饰” 后的队列报告
最终的 队列报 告如右 所示
MegAlign
创建Decorations和Consensi
Consensi是另外一种图形展示方法，可 以用来标志ambiguous残基。另外，序列 中一致和不一致的残基可以用直方图在 队列报告中展示。当在某个位置上，任 何一个序列的残基与其他序列不一样时， 一致序列就会以星号表示。并且用直方 图的长短显示其中一致残基的多少。
分子生物学相关软件操作与说明
动医学院传染病组
相关软件
DNAstar
综E合d性its序eq列工具软件，功能很广，囊括分子 生G物e学ne领q域ue大st多数内容:查找ORF、序列较对、 DNmA序ap列d翻ro译w 、查找重复序列、RNA折叠、酶 切 化M位 分e点 析g分 、ali析 引gn、 物双 设序 计列 、或 蛋多白序结列构比预较测、、遗序传列进修 整Protean
目前应用最广的生物软件之一。
从Editseq开始
EditSeq是能够输入，并且可以修改DNA或蛋白 质序列的一种工具包。
每个EditSeq文件都可以分为三个可编辑的部分： 上边的一部分为序列文件，中间的一部分是评 论，底部是序列的注释。
查找ORF 序列翻译
MegAlign
序列的差别和相似性
通过VIEW 菜单中的 Sequence Distanc查看 序列的差别 和相似性 。 如右所示
MegAlign
残基取代数目
通过VIEW 菜 单中的Residue Substitutions查 看残基的替代 数目（如右）。
MegAlign
Phylogenetic Tree查看
目的不同搜索标 准不同 搜索类型 默认设置 搜索模式
primer
编辑引物窗口
可对引物 的长度、 GC含量进 行手动调 整，添加 酶切位点、 linker等
primer
软件上限
primer
相关生物网站及论坛
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展示滴定曲线
Protean会在等电点处加一个蓝色的“crosshairs”，以显示pH 和所带电荷。
Protean
Primer primier 5.0是一种设
计引物的应用软件，利用它的高级引 物搜索、引物数据库、引物编辑和分 析等功能可以设计出具有高效扩增能 力的理想引物。
primer简介
该软件主要由一下四个主要功能板块组成：
序列校对
在完成对序列的编辑后，可通过EditSeq 的校读功能 ，进行序列较对。
单击校对发音图标（序列窗口底部张开的嘴）， 或者从SPEECH 菜单，选Proof-Read Sequence。