cellquest和cellquest pro软件使用

CellQuest 和CellQuest Pro 软件使用
CellQuest 和CellQuest Pro 软件是目前运用最为广泛的流式细胞仪采集及分析软件。

它运行于苹果电脑上，优质的矢量图显示使得操作界面特别优美。

现最新的微软公司的Vista 软件也是仿苹果操作系统界面的，可想而知在使用CellQuest 和CellQuest Pro 时的强大功能及视觉质感。

CellQuest 和CellQuest Pro 软件主安装在BD FACSCalibur 型流式细胞仪上。

1．软件数据流程
在CellQuest 和CellQuest Pro 软件的数据流分为二个部分：方案和数据包。

方案是指用户可以建立采集或分析所需的直方图或散点图、设门并定义门与门、门与图之间的逻辑关系。

可以使用方案进行数据采集或分析以往已有的数据。

每个采集方案分析样本后会生成数据包，该数据包中包括了样本中每个颗粒在各个检测参数上的数值，格式为FCS2.0或FCS3.0。

数据包必须由方案文件打开，无法单独显示，或者可由第三方软件进行分析，如WinMDI 。

2.软件与仪器的连接
流式细胞仪需要加电开启后会向计算机发出信息，所以如要进行实验需要先开启流式细胞仪，然后再开启计算机。

1、 先开仪器后开计算机，以确保仪器和计算机之间的正常通讯。

2、 在苹果菜单下点击CellQuest 和CellQuest Pro 软件。

3、 从Aquire 菜单下选择connet to cytometer 。

3．方案与数据之间的关系
CellQuest 和CellQuest Pro 软件的方案与数据相互独立保存，数据包可以由任一方案文件进行分析，分析后不改变数据包中的任何数据。

CellQuest 和CellQuest Pro 软件中方案内的直方图或散点图有三种状态：Acquire ，Analysis 和Acquire-Analysis 。

当图的属性为Acquire 时，此图只限于采集下用，即只当进行检测时它才能显示颗
CellQuest 和CellQuest Pro 方案文件的图标 CellQuest 和CellQuest Pro 数据文件的图标 CellQuest 和CellQuest Pro 软件中还会有关于仪器设置的文件，保存所有的实验条件。

它只能由CellQuest 和CellQuest Pro 软件打开。

粒；
当图的属性为Analysis时，此图只限于分析已保存的数据包，它不能用于采集数据。

当图的属性为Acquire-Analysis时，此图即可用于采集数据也可用于分析已有数据。

所以方便起见，我们一般将方案中的直方图或散点图全部设为Acquire-Analysis属性。

CellQuest Pro CellQuest
4．方案的建立
A选择实验参数
默认情况下，FACSCalibur流式细胞仪开机后只打开一根激光器，及五个参数供选
择使用：FS、SS、FL1、FL2、FL3。

当我们要使用第二根激光器及FL4通道时需要
勾选FL4的选项，仪器自动打开633nm激光器。

B,建立散点图或直方图，命名坐标
CellQuest Pro 软件主要工作界面，软件类似于Office word 的工作面，可在A4大小的页面上进行编辑建立各种直方图或散点图。

使用工具条可以建立散点图、直方图并在图上设立各种门。

在CellQuest软件下，需在选择Plot菜单，选择Format来打开图的属性对话框，其中包括了关于该图所有选项。

建立好直方图或散点图后，我们需要对所选的参数进行命名，如不修改软件自动命名为FS、SS、FL1、FL2、FL3和FL4。

在CellQuest Pro软件中，如果Inspector窗口开着的话，选中任意直方图或散点图就会出现该图的属性，其中包括有X、Y轴的参数、是否多色显示、图的分析或采集属性等等。

在菜单上选择Acquire 栏目，选择Parameter Description ，可出现关于文件存储和参数命名的对话框。

在这个对话框中用P 字母来代表每个参数，并在此对每个采集参数进行命名，FL1为CD3FITC ，FL2为CD4P E ……。

C,设门并建立门与图之间的关系
R 与G 的关系
R 是Region 的首个字母，Region 一般是指一个闭合形的区域，如矩形区、自由区和圆形区。

区域与区域之间可以进行逻辑运算，如AND 、OR 、NOT 等关系。

当区域进行运算时软件引进了算术公式的管理概念：
Gate 实际了个代数式，简称G ，其运算式默认如下：
G1 = R1，或G2=R2
当我们要进行逻辑运算时，可变更为G1=R1 AND R2。

此时G1就成了一个算术结果了。

G1=R1 AND R2 G2=R1 NOT R2 G3=R1 OR R2
在工具栏上有左侧几个按钮可分别矩形门、自由门、线性门、圆形门和自动门。

本处重点介绍Snap-To 门，它可根据细胞群体的分布自动调整门的形状适应细胞群体。

Region List管理门，可以重命名或删除门。

Gate List是对门进行逻辑运算和标识颜色的工具。

建立门与图之间的关系
打开要编辑的直方图或散点图的属性对话框，选择Gate选项，选择门即可。

D，显示统计参数
5．仪器的操作
当计算机与流式细胞仪联机后便会出现以下采集控制框：
在有关仪器操作所有控制选项框都在Cytometer 下拉菜单下，同时按住“苹果”键及1、2、3、4便可调取所有控制框：
选择任意直方图或散点图，在Stats 下拉菜单下会有更种统计参数选项。

对应于不同的图出现不同的统计参数。

如何编辑这些统计参数
选择统计参数框，在Stats 菜单下的Edit Statistic 会变得可用，点出后出现统计参数编辑对话框。

6．文件的保存及调用
实验或分析过程中所建的方案可以保存下来，通File下拉菜单可以保存这些方案文件：
如要打开这些分析方案只需双建方案图标即可；方案可以分析以往的数据包（前提是方案中的直方图或散点图都已定义成Acquire-Analysis属性），有两种方案打开以往的数据：
方法一：选择直方图或散点图，打开该图的属性框（Plot->>Format），见下图：
在以上红色框标注的地方选择要分析的数据包。

方法二：选中方案中所有的直方图或散点图，打开Plots菜单，选择Chang Data File，打开要分析的数据包。

附：CellQuest Pro软件所有下接菜单。