circTADA2A在肺腺癌组织和细胞中的表达及其对A549细胞迁移及侵袭影响的实验研究
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circTADA2A在肺腺癌组织和细胞中的表达及其对A549细胞迁移及侵袭影响的实验研究
朱秋霞1,陈晓东1,张 叶2,吴 荣1
ExpressionofcircTADA2AinlungadenocarcinomatissuesandcellsanditseffectonA549cellsmigrationandinvasion
ZHUQiuxia1,CHENXiaodong1,ZHANGYe2,WURong
11
DepartmentofOncology,ShengjingHospitalofChinaMedicalUniversity,LiaoningShenyang110022,China;2DepartmentofHead&
NeckRadiotherapy
,CancerHospitalofChinaMedicalUniversity/LiaoningCancerHospital&Institute,LiaoningShenyang110042,China.【Abstract】 Objective:ToexploretheexpressionofcircularRNATADA2A(circTADA2A)inlungadenocarcino ma(LAD)tissuesandcells,andistoevaluatetheeffectofcircTADA2AonA549cellsmigrationandinvasion.Meth ods:ThedifferentiallyexpressedcircRNAsdataof5LADtissuesandpairedparatumortissuesinGSE101586wasdownloadedfromGeneExpressionOmnibus(GEO)database.ThedatawasanalyzedbyonlinesoftwareGEO2R.Ex pressionofcircTADA2AinGSE101586wasdetectedbyGEO2R,either.ExpressionofcircTADA2Ainanon-smallcelllungcancercelllineA549andinahumannormalbronchialepithelialcellline16HBEwasdetectedbyqRT-PCR.SpecificsmallinterferingRNA(siRNA)targetedcircTADA2A(sicircTADA2A)andcorrespondingscramblesiRNA(siSCR)weretransfectedintoA549cells,followedbyaqualificationofcircTADA2AviaqRT-PCR.TheeffectofdifferentlevelofcircTADA2AoncellmigrationandinvasionweredeterminedbyTranswellassayinA549cells.Results:Atotalof39circRNAsweredifferentiallyexpressedinGSE101586betweenLADandparatumortissue(filtrationcriteria:P<0.05and|LogFC|value≥1.2).Amongwhich,22circRNAswereupregulated,and17circRNAsweredownregulated.circTADA2AwasupregulatedinLADtissuesascomparingwiththatinparatumortissues.Meanwhile,circTADA2AwasupregulatedinA549cellsascomparingwiththatin16HBE.AtransfectionofsicircTADA2Asup pressedthelevelofcircTADA2AinA549cells.AdownregulationofcircTADA2Ainhibitedmigrationandinvasiona bilityofA549cells.Conclusion:circTADA2AwasupregulatedinLAD,andasuppressionofcircTADA2AinhibitedmigrationandinvasionabilityofA549cells.
【Keywords】circularRNATADA2A,lungadenocarcinoma,invasionandmetastasis
ModernOncology2021,29(09):1496-1500
【摘要】 目的:研究环状RNATADA2A(circularRNATADA2A,circTADA2A)在肺腺癌(lungadenocarcinoma,LAD)组织和细胞中的表达及其对A549细胞迁移及侵袭的影响。
方法:在GeneExpressionOmnibus(GEO)数据库中下载非编码RNA阵列分析文件GSE101586,并通过在线分析软件GEO2R分析GSE101586中5例肺腺癌及配对的癌旁组织中差异表达的环状R
NA(circularRNAs,circRNAs);筛选差异表达的circRNAs并绘制热图;检测circTADA2A在GSE101586的5例肺腺癌及配对的癌旁组织中的差异性表达;qRT-PCR法检测circTADA2A在非小细胞肺癌(non-smallcelllungcancer,NSCLC)细胞系A549及人支气管上皮细胞系16HBE中的差异表达;在A549细胞中转染特异性circTADA2A干扰寡核苷酸(circTADA2AsmallinterferingRNA,sicircTADA2A),同步转染错义对照寡核苷酸(smallinterferingscramble,siSCR),qRT-PCR法检测circTADA2A的差异表达;Transwell迁移及侵袭实验检测不同circTADA2A表达水平对A549细胞迁移及侵袭能力的影响。
结果:在GSE101586中,相比于癌旁组织,在肺腺癌组织中差异表达显著的circRNAs有39个(筛选标准:P<0.05且|logFC|≥1
.2),其中上调的circRNAs有22个,下调的circRNAs有17个;相比于癌旁【收稿日期】 2020-05-26【修回日期】 2020-06-30
【基金项目】 吴阶平医学基金会临床科研专项资助基金(编号:320.6750.19093-13)【作者单位】
1中国医科大学盛京医院肿瘤科,辽宁 沈阳 1100222
中国医科大学肿瘤医院&辽宁省肿瘤医院头颈放疗科,辽宁 沈阳 110042
【作者简介】 朱秋霞(1988-),女,河北人,医师,主要从事恶性肿瘤的放化疗研究。
E-mail:zhuqiux@126.com
【通讯作者】 吴荣(1962-),女,江苏人,教授,主任医师,主要从事恶性肿瘤的放化疗研究。
E-mail:wur@sj-hospital.org
·6941·朱秋霞,等 circTADA2A在肺腺癌组织和细胞中的表达及其对A549细胞迁移及侵袭影响的实验研究
组织,circTADA2A在肺腺癌组织中表达升高;相比于16HBE细胞,circTADA2A在A549细胞中表达升高;转染sicircTADA2A可明显敲低A549细胞内circTADA2A的表达水平;下调circTADA2A的表达水平可明显抑制A549细胞的迁移及侵袭能力。
结论:circTADA2A在肺腺癌组织和细胞中表达增高,下调其表达可明显抑制A549细胞的迁移及侵袭能力。
【关键词】环状RNATADA2A;肺腺癌;侵袭转移
【中图分类号】R734.2 【文献标识码】A DOI:10.3969/j.issn.1672-4992.2021.09.006
【文章编号】1672-4992-(2021)09-1496-05
肺癌是世界范围内导致癌症相关死亡的主要病因,同时,关于肺癌的研究也是目前肿瘤研究领域的热点[1]。
从病理类型上来说,肺癌可分为小细胞肺癌(smallcelllungcanc er,SCLC)和非小细胞肺癌(non-smallcelllungcancer,NSCLC)两类。
肺腺癌(lungadenocarcinoma,LAD)作为非小细胞肺癌中的一个主要病理学亚类,在非小细胞肺癌中占比约60%,在全部肺癌中占比约40%[2-3]。
随着放射学、分子生物学及肿瘤学等的迅速发展,对于肺腺癌的诊疗已经取得了巨大的进步。
由于超过70%的肺癌病人在首次就诊时就已经合并肿瘤的远处转移[4],疗效及预后不佳。
因此,找到新的与肺癌侵袭转移相关的分子生物学标志物对于临床医生和科研工作者来说仍然十分迫切。
环状RNA(circularRNAs,circRNAs)隶属于非编码RNA(non-codingRNA)家族,是近年来非编码RNA研究领域的新宠之一。
circRNAs在人类转录本中广为存在和表达,且由于其特殊的结构,circRNAs展现出了多种不同的生物学功能[5-6]。
circRNAs结构稳定且表达具有一定的组织特异性[7]。
circRNAs广泛参与了包括肺腺癌在内的多种肿瘤的多个生物学行为过程[8-11]。
在本文中,我们关注了GeneEx pressionOmnibus(GEO)数据库中肺腺癌内差异表达的circRNAs的情况,通过在线分析软件GEO2R,我们分析了GSE101586的5例肺腺癌及配对癌旁组织中差异表达的circRNAs,且重点关注了这5例配对样本中circTADA2A的表达,同时我们在细胞学水平对circTADA2A与A549细胞迁移和侵袭进行了初步探讨。
我们的实验研究拟为分子靶向治疗肺腺癌的开展提供新的理论靶标并提供了一定的实验基础。
1 材料与方法
1.1 材料
人支气管上皮细胞株16HBE和人非小细胞肺癌细胞株A549均购自中科院上海细胞库;DMEM培养基、胎牛血清(fetalbovineserum,FBS)购自美国Gibco公司;TRIzol购自美国Invitrogen公司;RnaseR酶购自美国EpicentreBio公司;GoscriptTMReverseTranscriptionSystem试剂盒及GoTaq qPCRMasterMix试剂盒均购自美国Promega公司;RiboFECTTMCP转染试剂盒购于广州市锐博生物科技有限公司;Transwell小室购于美国Thermo-Fisher公司;特异性circTADA2A干扰寡核苷酸(circTADA2AsmallinterferingRNA,sicircTADA2A)及对应的错义对照寡核苷酸(smallin terferingscramble,siSCR)购自上海吉玛基因公司;引物由生工生物工程(上海)股份有限公司合成。
1.2 实验方法
1.2.1 GEO数据的下载及在线GEO2R分析 从美国GEO公共数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)中下载肺癌中失常表达的circRNAs表达谱矩阵文件GSE101586(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE101586),分别设定对照组(Paratumor组)和肺腺癌组
(LAD组),采用在线分析软件GEO2R对这两组中失常表达的circRNAs进行分析,差异探针的筛选标准为P<0.05且|logFC|≥1.2,其中logFC≥1.2为高表达,logFC≤-1.2为低表达。
1.2.2 细胞培养 人支气管上皮细胞株16HBE和人非小细胞肺癌细胞株A549均培养于添加10%胎牛血清、100μg/mL青霉素和0.1mg/mL链霉素的DMEM培养基中,并置于37℃、5%CO
2
的恒温培养箱中进行培养。
待细胞生长至70%~80%融合时,以0.25%胰蛋白酶进行消化并按1∶3比例进行传代。
1.2.3 细胞转染 取生长状态良好的A549细胞,0.25%胰蛋白酶消化并调整细胞密度为2×105个细胞/孔接种于6孔板中。
按照RiboFECTTMCP转染试剂盒的说明书将特异性circTADA2A干扰寡核苷酸(sicircTADA2A)及对应的错义对照寡核苷酸(siSCR)转染到A549细胞中,并进行后续的qRT-PCR检测。
circTADA2A干扰寡核苷酸序列如下:CCAUUUCACUGCAGGAUGUdTdT;错义对照寡核苷酸序列如下:UUCUCCGAACGUGUCACGUTT。
1.2.4 RnaseR处理及qRT-PCR检测circTADA2A的表达 参照TRIzol试剂说明书提取目的细胞的总RNA,为有效检测circTADA2A的表达,每1000ng总RNA加入3U的RnaseR酶37℃孵育10min以消化线性RNA。
之后采用GoscriptTMReverseTranscriptionSystem试剂盒反转录合成cDNA,产物采用GoTaq qPCRMasterMix试剂盒进行qPCR扩增,具体过程按照说明书进行。
采用β-actin作为内参照。
引物序列如下:β-actinforward5'-GGGAAATCGTGCGTGACATTAAG-3',β-actinreverse5'-TGTGTTGGCGTACAGGTCTTTG-3';circTADA2Aforward5'-TGTGCACCAAGACCAAGGAG-3',circTADA2Areverse5'-AGGAAAATCTGAAGTAGTGA-3'。
采用2-ΔΔCt法计算circTADA2A的相对表达量。
1.2.5 Transwell检测A549细胞侵袭及迁移能力变化 采用文献报道的方法进行操作[12],简述如下:常规包被底部膜,水化;同步化各组A549细胞,调整计数为1.5×104并接种于上室内,上室内加入100μL含10%胎牛血清的DMEM培养基;下室内加入500μL含20%胎牛血清的DMEM培养
基,37℃、5%CO
2
孵育48h。
取出Transwell小室,棉签擦去Transwell小室内部细胞,冲洗,固定,染色,倒置显微镜下观察并计数。
每组铺6个Transwell小室,平均值即细胞侵袭的数量。
计算每组6孔的侵袭细胞数。
1.3 统计学方法
数据由SPSS16.0统计软件处理,实验结果以(珋x±s)表示,两组间分析采用studentt检验或方差分析,以P<0.05为差异有统计学意义。
2 结果
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现代肿瘤医学 2021年05月 第29卷第09期 MODERNONCOLOGY,May2021,VOL 29,No 09
2.1 circRNAs在肺腺癌中的差异表达
我们应用在线分析软件GEO2R分析了非编码RNA阵列分析文件G
SE101586中差异表达的circRNAs,结果发现,相比于配对的癌旁组织,在肺腺癌组织中差异表达显著的
circRNAs有39个(筛选标准:P<0.05且|logFC|≥1.2),其中上调的circRNAs有22个,下调的circRNAs有17个;在上调的c
ircNRAs中,以circTADA2A(探针ID:ASCRP002384)变化倍数最为明显,见表1及图1。
表1 GSE101586中差异表达的circRNAsTab.1 DifferentialexpressedcircRNAsinGSE101586
ID
Adj.PPtBLogFCSPOT_IDASCRP002384
0.606
0.0026
3.8096
-4.04
2.6546
hsa_circRNA_102049
ASCRP0023860.6060.00733.2426-4.142.5673hsa_circRNA_102051ASCRP0040990.6060.00203.9630-4.022.5138hsa_circRNA_103809ASCRP0029320.6060.02362.6020-4.272.4509hsa_circRNA_102619ASCRP0045400.6060.00823.1783-4.152.4507hsa_circRNA_104270ASCRP0012070.6060.00533.4160-4.111.8981hsa_circRNA_100833ASCRP0025590.5880.00025.4578-3.841.6693hsa_circRNA_102231ASCRP0003890.6060.02162.6487-4.261.5535hsa_circRNA_002172ASCRP0012080.6060.01692.7834-4.231.4916hsa_circRNA_100834ASCRP0023690.6060.00823.1765-4.151.4804hsa_circRNA_102034ASCRP0038900.6060.00643.3151-4.131.4661hsa_circRNA_103595ASCRP0019420.6060.00563.3860-4.121.4602hsa_circRNA_101592ASCRP0047530.6060.01073.0325-4.181.4428hsa_circRNA_104499ASCRP0014530.6060.02852.4980-4.291.3942hsa_circRNA_101085ASCRP0036460.6060.00583.3696-4.121.3938hsa_circRNA_103348ASCRP0010070.6060.03842.3332-4.331.3899hsa_circRNA_100633ASCRP0017260.6060.04162.2879-4.341.3408hsa_circRNA_101367ASCRP0042670.6060.01792.7522-4.241.3247hsa_circRNA_103987ASCRP0003900.6060.02212.6362-4.261.2678hsa_circRNA_002178ASCRP0018460.6060.03962.3161-4.331.2673hsa_circRNA_101495ASCRP0005350.6060.01103.0194-4.181.2511hsa_circRNA_100146ASCRP0034270.6060.01882.7254-4.241.2495hsa_circRNA_103123ASCRP0001400.6060.0301-2.4674-4.30-1.2351hsa_circRNA_000864ASCRP0034370.6060.0106-3.0371-4.18-1.2489hsa_circRNA_103134ASCRP0001670.6060.0112-3.0097-4.19-1.2906hsa_circRNA_000963ASCRP0023800.6060.0213-2.6576-4.26-1.2997hsa_circRNA_102045ASCRP0052600.6060.0061-3.3415-4.12-1.3271hsa_circRNA_105013ASCRP0003020.6060.0275-2.5170-4.29-1.3278hsa_circRNA_001587ASCRP0015760.6060.0008-4.4907-3.95-1.3289hsa_circRNA_101213ASCRP0002530.6060.0151-2.8454-4.22-1.3675hsa_circRNA_001350ASCRP0016430.6060.0066-3.2963-4.13-1.3725hsa_circRNA_101282ASCRP0046050.6060.0013-4.1933-3.99-1.4489hsa_circRNA_104342ASCRP0016670.6060.0441-2.2554-4.35-1.4991hsa_circRNA_101308ASCRP0023810.6060.0294-2.4813-4.30-1.5182hsa_circRNA_102046ASCRP0010340.6060.0076-3.2208-4.15-1.5819hsa_circRNA_100660ASCRP0047670.5880.0003-5.0654-3.88-1.7604hsa_circRNA_104513ASCRP0027610.6060.0380-2.3388-4.33-1.7872hsa_circRNA_102442ASCRP0043990.5880.0004-4.8944-3.90-1.8100hsa_circRNA_104126ASCRP000779
0.606
0.0136
-2.9021
-4.21
-1.8184
hsa_circRNA_10039
5
图1 肺腺癌中差异表达的circRNAsFig.1 DifferentialexpressedcircRNAsinLAD
·8941·朱秋霞,等 circTADA2A在肺腺癌组织和细胞中的表达及其对A549细胞迁移及侵袭影响的实验研究
2.2 circTADA2A在肺腺癌组织及A549细胞中高表达我们通过在线分析软件GEO2R分析了circTADA2A在非编码RNA阵列分析文件GSE101586中的差异表达情况,结果显示,相比于配对的癌旁组织,circTADA2A在5例肺腺癌组织中表达明显升高(P=0.0391),见图2A;我们进一步通过qRT-PCR法检测了circTADA2A在16HBE和A549细胞中的表达,结果显示,相比于16HBE细胞,circTADA2A在A549细胞中的表达水平明显升高(P<0.001),见图2B。
图2 circTADA2A在肺腺癌组织(A)及细胞(B)中的表达
Fig.2 ExpressionofcircTADA2AinLADtissues(A)andcells(B)
2.3 转染sicircTADA2A可抑制A549细胞内circTADA2A的表达
我们通过细胞转染的方式将sicircTADA2A转染到A549细胞中,同步转染siSCR作为对照。
qRT-PCR检测结果显示,相比于转染siSCR,转染sicircTADA2A可明显敲低A549细胞内circTADA2A的表达水平,证实转染成功(P<0.01),见图3。
2.4 下调circTADA2A的表达可抑制A549细胞的迁移及侵袭能力
我们通过Transwell迁移及侵袭实验检测了circTADA2A表达水平对A549细胞迁移及侵袭能力的影响,结果显示,相比于siSCR转染组,sicircTADA2A转染组(即下调circTADA2A)A549细胞的迁移及侵袭能力明显受到了抑制(P<0.01),见图4。
图3 转染sicircTADA2A可明显抑制A549细胞内circTADA2A的表达
Fig.3 TransfectionofsicircTADA2AknockeddownofcircTADA2AinA549cell
s
图4 下调circTADA2A的表达可抑制A549细胞的迁移及侵袭能力(结晶紫染色×200)
Fig.4 AknockdownofcircTADA2AsuppressedcellmigrationandinvasioninA549cells(crystalvioletstaining×200)
3 讨论
肺腺癌是非小细胞肺癌中最常见的病理类型。
大部分
肺腺癌都来源于支气管上皮细胞,一小部分肺腺癌则是来源
于伴有腺样体分化或黏液分泌特性支气管黏液腺[13]。
同大
部分恶性肿瘤一样,肺腺癌的远处转移是导致病人死亡的主
要原因[14]。
非编码RNA是一大类不具备或具有非常有限
蛋白质编码能力的转录本[15]。
非编码RNA家族成员包括
微小RNA(microRNA,miRNA)、长链非编码RNA(longnon
codingRNA,lncRNA)、circRNAs等多个家族成员[16-19]。
circRNAs是一类不同于线性RNA的不具有3'和5'端的闭合
环状结构的转录本。
circRNAs最早于1976年在Sanger测序
时被发现。
但直到近年,随着RNA测序的快速发展,circRNAs
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在基因的表达调控及其在包括肿瘤在内的多种疾病中的重要作用重新得到了重点关注[20]。
circRNAs在肿瘤性疾病中广为表达且广泛参与了多种肿瘤(包括增殖、凋亡、细胞周期、侵袭转移、自噬、耐药等)的多种病理学过程[9,21-23]。
circTADA2A是由转录适配器2A(transcriptionaladaptor2A,TADA2A)基因的5号和6号外显子环化而成。
circTADA2A位于人17号染色体,其在基因组的位置是chr17:35797838-35800763+,其成熟体的长度为250bp[24]。
目前关于circTADA2A的研究不多。
国内学者WU等[24]研究发现,circTADA2A在骨肉瘤中表达升高,下调circTADA2A可抑制骨肉瘤细胞的增殖、侵袭及转移能力,circTADA2A可通过调控miR-203a-3p/cAMP反应元件结合蛋白3(cAMPresponsiveelementbindingprotein3,CREB3)的方式促进骨肉瘤的进展。
在另一项研究中,XU等[25]报道,circTADA2A在乳腺癌中表达降低,circTADA2A可通过吸附miR-203a-3p的方式抑制细胞因子信号转导抑制物3(suppressorofcytokinesignaling3,SOCS3)的表达并抑制乳腺癌增殖及侵袭转移。
在本研究中,我们分析了5例肺腺癌及配对癌旁组织中差异表达的circRNAs。
结果发现,在22个上调的circRNAs中(筛选标准:P<0.05且|logFC|≥1.2),circTADA2A的变化最为明显(变化倍数:2.6546倍)。
同时,我们通过qRT-PCR法在细胞学水平验证circTADA2A的表达。
结果发现,相比于人支气管上皮细胞系16HBE,circTADA2A在人非小细胞肺癌细胞系A549细胞中表达明显升高(P<0.001)。
以上组织学及细胞学检测结果初步提示:circTADA2A在肺腺癌中表达增高,预示其在肺腺癌的发生发展过程中可能发挥了功能。
我们进一步通过功能缺失实验(lossoffunctionassay)考查了circTADA2A对A549细胞迁移侵袭能力的影响。
结果发现,当我们通过RNAi的方式下调circTADA2A后,A549细胞的迁移及侵袭能力受到了明显抑制。
我们的研究结果提示circTADA2A可能参与肺腺癌的侵袭迁移。
肿瘤的侵袭迁移是一个涉及到细胞黏附力的丢失、细胞外基质的降解以及细胞迁移等的极为复杂的生物学过程。
我们的研究初步探讨了肺腺癌中失常表达的circRNAs的情况,并初步研究了circTADA2A在A549细胞迁移及侵袭中的作用。
表明circRNAs可通过多种机制发挥其生物学作用,但circTADA2A在肺腺癌中的作用机制还需要进一步深入研究探讨。
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(编校:张西敏)
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·朱秋霞,等 circTADA2A在肺腺癌组织和细胞中的表达及其对A549细胞迁移及侵袭影响的实验研究。