MS疑难杂症

MS计算XRD后怎样用origin把几个XRD图合并在一起
作者: jelly62(站内联系TA)发布: 2012-03-22
我想用MS计算几个模型的XRD图，计算后怎么样把这些数据导出来用origin作图呢？而且我想把这几个模型的图都合并在一个图中，用什么方法实现啊。

很多虫友给了我帮助，但是我的问题还是没有解决，下载了一个8.0的origin做出来的图和MS的图还是不一样，有部分不能显示出来。

下面第三幅图是MS计算出来的，第一、二两幅图是origin做出来的，都是后半部分没有显示出来。

origin6.1
origin8.0
MS
举报删除此信息贺仪(站内联系TA)
你看看这两幅图
12楼: Originally posted by 贺仪at 2012-03-22 21:56:26:
你是不是没有全选上呀？
我确认全选上了，还是这样。

不知道为什么。

贺仪(站内联系TA)
13楼: Originally posted by jelly62 at 2012-03-23 09:51:46:
我确认全选上了，还是这样。

不知道为什么。

这个可以不选直接复制，你试试看
jelly62(站内联系TA)
14楼: Originally posted by 贺仪at 2012-03-23 14:28:45:
这个可以不选直接复制，你试试看
是了，还是一样哦
贺仪(站内联系TA)
15楼: Originally posted by jelly62 at 2012-03-23 15:22:29:
是了，还是一样哦
那你用origin是不是启用了speed mode？关闭试试吧……
唯美的心(站内联系TA)
我也想看看
【求助】MS遇到的问题
作者: 咖啡喝不醉(站内联系TA)发布: 2010-12-04
1.discover能量最小化不收敛是什么原因？这样出来的结果可靠吗？
2.数据不稳定，是不是体系未趋于平衡呢？怎么解决这个问题呢？
举报删除此信息qphll(站内联系TA)
如果是有文献可以参照, 那么尽量先采用文献值; 如果是新的体系, 那么很多参数都是需要测试的.
你的两个问题其实反映的是同一个本质: 体系还未平衡.
建议:
(1) 首先做minimization, 使得体系的overlap消除, 这样MD开始的那个初始构型比较合理;
(2) 跑足一定的步数, 看能量是否收敛. 这里的收敛并不是要求能量就不变化了, 而是说能
量在一个比较小的范围内周期震荡.
看你体系大小, 但是一般来讲如果1~2ns以后, 体系能量还是有很大的震荡, 那么需要考虑
你的参数的使用是不是合理.
其实我也是'空对空', 以后提问记得上图.
一图胜千言.
咖啡喝不醉(站内联系TA)
Originally posted by qphll at 2010-12-05 02:47:49:
如果是有文献可以参照, 那么尽量先采用文献值; 如果是新的体系, 那么很多参数都是需要测试的.
你的两个问题其实反映的是同一个本质: 体系还未平衡.
建议:
(1) 首先做minimization, 使得体系的overlap消除 ...
此为其中的一个片段，
谢谢帮忙再分析一下！
043114076(站内联系TA)
把结果再优化一下试试
咖啡喝不醉(站内联系TA)
在做聚乙烯的能量最小化时，聚乙烯的结构是用build直接建成的。

可是无论能量最小化多
少次，都显示不收敛。

这是为什么呢？
咖啡喝不醉(站内联系TA)
Originally posted by 咖啡喝不醉at 2010-12-08 15:30:43:
此为其中的一个，我不知道是怎么回事，是否已经收敛。

谢谢帮忙再分析一下！043114076(站内联系TA)
虽然没有达到收敛标准，但可以认为结果有效。

不知道你是用来产生MD的初始构象还是仅仅想最小化，如果是前者已经完全达到标准了咖啡喝不醉(站内联系TA)
问题已解决，谢谢各位的帮忙！
如何将纳米粒子与聚合物组装起来
作者: 农岚沐(站内联系TA)发布: 2012-11-29
我想做添加纳米粒子的聚合物材料，目前设想的单胞很简单，就是在聚合物的中央添加一个
半径为30埃的二氧化硅粒子，聚合物中央也已经相应挖空了。

请问如何将他们组装起来？
或者说我的这个思路就不对？望高人指点！
粒子填充.jpg
举报删除此信息jiaoyixiong(站内联系TA)
把两个都保存成PDB格式的文件
直接把其中的一个pdb里的内容复制粘贴到另一个pdb文件的后面，
用VMD 打开，使用moveby 命令，可以调节二者的相对位置。

当二者的位置调节好之后，再使用
writepdb 命令，输出正确格式的PDB 文件。

农岚沐(站内联系TA)
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-11-29 23:09:33
把两个都保存成PDB格式的文件
直接把其中的一个pdb里的内容复制粘贴到另一个pdb文件的后面，
用VMD 打开，使用moveby 命令，可以调节二者的相对位置。

当二者的位置调节好之后，再使用
writepdb 命令，输出正确 ...
得安装VMD吧？那太不方便了啊。

农岚沐(站内联系TA)
我发现用AC来建模的时候，CPU总是只有一个核在转。

我的笔记本是双核的，WIN7 32位，连着网，最多占用50%。

另外有一台WIN7 64位的，I7处理器，8核，最多占用13%，就是八分之一。

但是如果我在笔记本上运行Forcite的话，就可以在Job Control 里设置双核一起跑，而且接近百分百。

请问各位高人，怎么让AC模块也能百分百跑起来？
农岚沐(站内联系TA)
我试过直接将1个纳米粒子与80条聚合物单链进行封装，但是都是运行了一段时间之后出现failure，只能得到一个密度严重偏低的大盒子，边长大了接近四倍。

也找不出问题到底出
在哪里。

望指点迷津！
jolly1987(站内联系TA)
4楼: Originally posted by 农岚沐at 2012-11-30 08:45:33
我发现用AC来建模的时候，CPU总是只有一个核在转。

我的笔记本是双核的，WIN7 32位，连着网，最多占用50%。

另外有一台WIN7 64位的，I7处理器，8核，最多占用13%，就是八分之一。

但是如果我在笔记本上运行Forcite的话 ...
你的MS版本是多少？AC好像是基于Discover的动力学模块，你试着在Discover/setup里
调整Job Control试试
jolly1987(站内联系TA)
直接将二氧化硅粒子复制，粘贴到右边聚合物晶格里，调整二氧化硅的位置到你挖的空里应
该就可以了，然后运行一下结构优化
jolly1987(站内联系TA)
5楼: Originally posted by 农岚沐at 2012-11-30 10:10:19
我试过直接将1个纳米粒子与80条聚合物单链进行封装，但是都是运行了一段时间之后出
现failure，只能得到一个密度严重偏低的大盒子，边长大了接近四倍。

也找不出问题到底出
在哪里。

望指点迷津！
有运行前后的图吗？用的什么系宗？
农岚沐(站内联系TA)
8楼: Originally posted by jolly1987 at 2012-11-30 10:46:26
有运行前后的图吗？用的什么系宗？...
AC里面好像还没涉及到系综的选择吧？请细细指教。

当前的大盒子，边长472，如果封装完成的话，应该只有90.48，
粒子.jpg
农岚沐(站内联系TA)
7楼: Originally posted by jolly1987 at 2012-11-30 10:45:02
直接将二氧化硅粒子复制，粘贴到右边聚合物晶格里，调整二氧化硅的位置到你挖的空里应该就可以了，然后运行一下结构优化
我试了，可以放进去。

只是还有个很严肃的问题：我怎么保证我的粒子跟挖出的空心重合在
一起？如果只靠鼠标拖动的话，就算真的做到了，也不能让人信服啊。

coco207(站内联系TA)
5楼: Originally posted by 农岚沐at 2012-11-30 10:10:19
我试过直接将1个纳米粒子与80条聚合物单链进行封装，但是都是运行了一段时间之后出
现failure，只能得到一个密度严重偏低的大盒子，边长大了接近四倍。

也找不出问题到底出在哪里。

望指点迷津！
你好，我想问一下，我建立聚合物和填料的时候，Add 添加为什么只能添加上聚合物，但
是纳米填料选不出来呢
coco207(站内联系TA)
5楼: Originally posted by 农岚沐at 2012-11-30 10:10:19
我试过直接将1个纳米粒子与80条聚合物单链进行封装，但是都是运行了一段时间之后出现failure，只能得到一个密度严重偏低的大盒子，边长大了接近四倍。

也找不出问题到底出在哪里。

望指点迷津！
建立聚合物和填料的时候，Add 添加为什么只能添加上聚合物，但是填料选不出来呢求
指点
农岚沐(站内联系TA)
12楼: Originally posted by coco207 at 2012-11-30 16:08:21
建立聚合物和填料的时候，Add 添加为什么只能添加上聚合物，但是填料选不出来呢求指点...
我只知道如果是周期性结构的话，在AC是不能添加进去的。

你看看它弹出的提示，也许可
以判断出原因。

coco207(站内联系TA)
13楼: Originally posted by 农岚沐at 2012-11-30 16:30:29
我只知道如果是周期性结构的话，在AC是不能添加进去的。

你看看它弹出的提示，也许可
以判断出原因。

...
没有提示。

如果单独放一个填料构建无定性盒子，就能选上。

但是计算的时候会出现错误，显示AmorphousCellConstruct failed because the constituent molecules contain atoms with unknown forcefield atom types.
jolly1987(站内联系TA)
10楼: Originally posted by 农岚沐at 2012-11-30 11:44:25
我试了，可以放进去。

只是还有个很严肃的问题：我怎么保证我的粒子跟挖出的空心重合在
一起？如果只靠鼠标拖动的话，就算真的做到了，也不能让人信服啊。

...
你的粒子会一直固定在一个地方吗？如果不是的话，个人觉得可以人为拖动到那个位置，然
后运行结构优化，使整个体系合理。

jolly1987(站内联系TA)
9楼: Originally posted by 农岚沐at 2012-11-30 11:09:16
AC里面好像还没涉及到系综的选择吧？请细细指教。

当前的大盒子，边长472，如果封装完成的话，应该只有90.48，
粒子.jpg
...
你是在construction时就失败了，是吗？那没有涉及系宗，到Dynamic才有。

排除纳米粒
子直接封装聚合物链也会失败吗？如果这个能够成功，那先建这个，然后再将纳米粒子复制
进去，结果优化应该也可以吧。

农岚沐(站内联系TA)
16楼: Originally posted by jolly1987 at 2012-12-04 09:04:28
你是在construction时就失败了，是吗？那没有涉及系宗，到Dynamic才有。

排除纳米粒子直接封装聚合物链也会失败吗？如果这个能够成功，那先建这个，然后再将纳米粒子复制进去，结果优化应该也可以吧。

...
只是封装聚合物的话是没有问题的。

封装好聚合物之后怎么把粒子复制进去？应把粒子拖拉进聚合物里的话，粒子和聚合物不就
重合在一起了吗？
jolly1987(站内联系TA)
17楼: Originally posted by 农岚沐at 2012-12-04 10:02:43
只是封装聚合物的话是没有问题的。

封装好聚合物之后怎么把粒子复制进去？应把粒子拖拉进聚合物里的话，粒子和聚合物不就
重合在一起了吗？...
我不大了解你们的聚合物材料具体是什么样子的，粒子有多大，完全没有空隙给它吗？不过，不管建好的模型什么样，分子有没有重合，很少有模型一建好就是完美的状态，你试着先结
构优化一下，看看能不能调整好。

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【原创】MCM-41的Material Studio建模
作者: zyj8119(站内联系TA)发布: 2010-09-15
MS里面自带了很多分子筛，但是假如需要得到像MCM-41这样的,MS里面没有的分子筛该怎么办？那就得自己建了，以下是主要步骤。

1. File->Import->Material studio4.3/share/structures/glasses/SiO2_21A.3d.msi。

2. Build->Symmetry->Supercell->输入A,B,C数值（比如说3*7*2）->按“Create su percell”。

3. Edit->Atom Selection->Select by property,然后在下拉菜单中选择“Radial Dista nce”->Within->10A(挖孔的半径，可以根据不同实验的文献有所变动)->Relative to->locat ion->输入坐标（如21.42,21.42,0）。

Selection mode选择第一个->select->右键delete(每次在z 方向推进2A，这样在慢慢推进后就会挖出一个圆孔)。

然后根据MCM-41的六方结构，通过几何规则确定其他的圆心，按照以上方法挖出孔道。

4. 点击“Adjust Hydrogen”(H)为挖空后的Si补齐电荷。

5. Edit->Atom Selection->Select by property下拉菜单中选择Element->选择Si-> Selection mode下选择第一个->点击Select->Select by property下拉菜单中选择connec ted-> Selection mode下选择第一个->点击Select-> Select by property下拉菜单中选择element->选择H-> Selection mode下选择第二个->点击Select->Modify->Modify elem ent->oxygen->点击“Adjust Hydrogen”。

6. Edit->Find patterns找出孔壁上连有3个-OH的Si,将该结构删除，再补足H原子，完成后的MCM-41结构如图1所示，还需要赋予量化计算所得的电荷，然后进行分子动力学优化才能使用Sorption模块或者其他的GCMC软件进行GCMC模拟。

MCM-41的Material Studio建模以及GCMC,MD模拟
zyj8119
E-mail:010080057@
Department of chemistry and molecular engineering, East china university of technol ogy
1.建模过程
MS里面自带了很多微孔分子筛,但是假如需要得到像MCM-41这样的介孔分子筛,MS里面没有的分子筛该怎么办?那就得自己建了,以下是主要步骤?
1. File->Import->Material studio4.3/share/structures/glasses/SiO2-21A.3d.msi?
2. Build->Symmetry->Supercell->输入A,B,C数值(比如说3*7*2)->按“Create supercell”?
3. Edit->Atom Selection->Select by property,然后在下拉菜单中选择“Radial Distance”-> Within->10A(挖孔的半径,可以根据不同实验的文献有所变动)->Relative to->location->输入坐标(如21.42,21.42,0)?Selection mode选择第一个->select->右键delete(每次在z 方向推进2 ?,这样在慢慢推进后就会挖出一个圆孔)?无定形SiO2的单胞的边长是一定的,那么此时3*7*2的超晶胞的各个边的边长也是确定的?超晶胞的边长分别为6
4.18458 ?,149.7640 2 ?,42.78972 ??此时按照几何关系,可以计算出每个孔道的圆心位置,中间圆心开始的位置分别是: (32.09229,18.7205025,0) 、(32.09229,56.1615075,0) 、(32.09229,93.6025125,
0) 、(32.09229,131.0435175,0)?左边上半圆以及四分之一圆孔开始的圆心位置为(0,0,0) 、(0,37.44105,0) (0,74.88201,0) 、(0,112.323015,0) 、(0,149.76402,0)?右边的半圆和四分之一圆孔的开始圆心位置也可以按照此种方法写出?
4. 点击“Adjust Hydrogen”(H)为挖空后的Si补齐电荷?
5. Edit->Atom Selection->Select by property下拉菜单中选择Element->选择Si->Selecti on mode下选择第一个->点击Select->Select by property下拉菜单中选择connected-> Selection mode下选择第一个->点击Select-> Select by property下拉菜单中选择eleme nt->选择H-> Selection mode下选择第二个->点击Select->Modify->Modify element->ox ygen->点击“Adjust Hydrogen”,要做这一步的原因是Si不能直接连着H,只能连着O?
6. Edit->Find patterns找出孔壁上连有3个-OH的Si,将该结构删除,再补足H原子,完成后的MCM-41结构如图1所示?
图1 MCM-41的四孔模型
2.使用Dmol3模块量化计算簇模型的ESP电荷
得到了MCM-41的结构,下一步就要进行量化计算电荷,才能进行GCMC和MD模拟。

怎么计算电荷呢?这就需要在MCM-41中切取簇模型才行,要切取簇模型的话,就需要破坏骨架,Build ->symmetry->non-periodic structure,然后你就可以随意的删除原子了，得到你所期望的簇模型了?从基本道理上来说,簇模型是随机选择的,但是为了计算的准确性,最好切取多个簇模型,然后计算各自簇模型中不同原子的电荷,再次求各簇模型的特定原子的电荷平均?因此可以切取如图2所示的那样的簇模型,然后使用Dmol3模块计算电荷?
图2 MCM-41中所切取的簇模型
对于某个特定的簇模型，Dmol3中有三种电荷表示方式,在接下来的MC和MD计算中,ESP 电荷描述方式是最好的，因此在开始计算的时候，一定要勾选Module-> Dmol3->Calculati on->Properties->Population analysis(前面打勾)->ESP charges(前面打勾)，其他的设置按照文献来，然后点击“run”按钮，开始量化计算?计算结束后，在Dmol3的结果文件(左边Pr oject中扩展名为.outmol的文件)中找到ESP电荷,使用Excel文件分列和排序,求解不同原子的电荷数值平均,然后再把不同簇模型所得到的某个特定原子的平均电荷再次求平均，这个平均电荷将要进行下一步的GCMC计算?
3.使用Sorption模块进行GCMC模拟
现在的电荷也计算好了,模型也搭好了,可以进行进一步的GCMC计算了,使用的是MS中的Sorption模块?在MCM-41的四孔模型中,点击某种原子,按住Alt键,鼠标双击,在Properties explorer里面找到charge那一项,输入刚才量化计算得到的那个原子的电荷?每个原子的电荷赋予过程都是一样的,然后就得到了一个真实的带电体系,但是此时由于簇模型和整体模型的电荷差异,也许此时整体模型有少许的电荷过剩,在Modify->charges里面关注整体四孔模型的带电剩余,把此电荷剩余除以四孔模型整体的原子数量(这个在properties->Filter->S ymmetry system里面可以看到),得到一个数值,然后把四孔模型中每个种类的原子电荷加上或者减去这个数值,四孔模型的电荷就平衡了?然后就是按照文献,建立好吸附质的电荷模型,进行GCMC模拟。

此时截断半径、力场等等都要设置好，务必记住截断半径必须小于模拟骨架最短长度的一半?
4.使用Discover模块或者Forcite模块进行MD模拟
GCMC计算会得到很多的low energy snapshots,进行MD计算的时候,可以选用Discover 模块,也可以选用Forcite模块,由于low energy snapshots一般都是低能构型,因此进行MD
计算的时候一般不需要进行能量最小化?以Forcite模块进行MD计算为例,使用的是NVT系综MD计算,就是说,在某种特定的吸附构型下,此种吸附构型的原子数和体积是一定的,考证吸附质怎么在分子筛中扩散,控温方法需要参阅文献?然后就可以进行MD模拟了,MD模拟能够给我们提供径向分布函数和均方位移等信息。

分析径向分布函数的时候,需要把你要考察的两种不同的集团分别设置为两个set,其具体过程是Edit->Edit sets来实现的,然后在Forci te->Analysis里面选择Radial distribution function进行径向分布函数的分析?其中的sets 中就有刚才你选择好的sets,然后选定特定的截断半径(最好和开始的时候做MD模拟所选择的一致),这样就能得到径向分布函数的图像了,导出为.csv文件,可以使用Origin或者Matlab 画图了?均方位移(MSD)的分析过程也是差不多的,值得注意的事情是当需要从MSD计算扩散系数的时候,均方位移的前100ps是不能计入的,因为此时系统还没有达到平衡,最后的10 0ps也是不能考虑的,能够计算扩散系数的数据只有中间一段?扩散系数是MSD曲线所拟合的直线的斜率的六分之一,这个过程使用Excel很容易得到。

把MSD曲线的数据导出为.csv 文件,使用Excel打开，画散点图，然后在Excel里面添加趋势线->显示公式,会得到所拟合直线的方程,把此直线的斜率除以6就是扩散系数了,最后还需要注意单位?如果需要使用其他的源码开放软件进行MD模拟,就需要把low energy snapshots导出为数据格式，然后通过自编程序(FORTRAN,C/C++都行)转化为其他源码开放软件的输入文件格式,然后使用其他的源码开放软件进行模拟?
5.有金属活性位的介孔分子筛
很多分子筛像4A、5A等,分子筛骨架中都有金属活性位,这样的分子筛怎么才能得到呢？这就需要在使用Dmol3模块计算电荷的时候,赋予簇模型整体一定的负电荷,在Modify->charg es->Set all charges to,这样最终计算出的簇模型的各个原子电荷的加和就是带负电的。

等求完各个簇模型的特定原子的电荷平均，赋予到整体骨架后,整体骨架一定是带负电的,这就需要一定量的带正电的金属原子去平衡它。

Sorption模块中Locate子模块就可以进行此种有金属活性位的分子筛的设计,此模块可以在一个分子筛中插入特定数目的某种或者某几种金属原子?如果此时整体骨架的电荷还是不平衡,那么还可以按照上面消除电荷剩余的办法,把多余的电荷分摊到每一个原子上去?有时候,通过locate子模块得到的最终结构中,某些金属原子会在骨架外面,需要使用Forcite进行分子动力学能量最小化后,在骨架外面的原子自然就会进入骨架内部?此时，所得到的最终构型就是你所需要的具有金属活性位的介孔分子筛?
后记:此种挖孔建模的办法,是介孔分子筛的一种最常见的建模手段。

介孔微孔分子筛也可以通过此种建模手段进行建模,只是开始的时候,选用的微孔分子筛有所不同而已?MFI、FAU、LTA等微孔分子筛,建好超晶胞后,都可以使用此种对微孔分子筛的超晶胞挖孔的办法,进行
微孔介孔分子筛的建模,形成ZSM-5/MCM-41、MFI/MCM-41、FAU/MCM-41、LTA/MCM-41等微孔介孔分子筛,这些分子筛既具有微孔分子筛低压下强烈的化学吸附效果,又具有介孔
分子筛高压下强烈的物理吸附效果?图3中显示的是ZSM-5/MCM-41的单胞结构?甚至MOF 和COF都可以按照此种建模的方法进行预测性的MOF/MCM-41和COF/MCM-41的建模和模拟。

只是由于MOF和COF的骨架刚性太大,貌似目前还没有人在实验上做出MOF/MCM-41和COF/MCM-41?但是像SBA-15和MCM-48这样的二维三维介孔分子筛,建模过程就需要考虑到两个方向甚至三个方向的孔道了,大家可以按照此种挖孔方法尝试着对SBA-15和MC M-48建模?
图3 ZSM-5/MCM-41的单胞结构
举报删除此信息zyj8119(站内联系TA)
Originally posted by zyj8119 at 2010-09-15 10:12:21:
MS里面自带了很多分子筛，但是假如需要得到像MCM-41这样的,MS里面没有的分子筛该
怎么办？那就得自己建了，以下是主要步骤。

1. File->Import->Material studio4.3/share/structures/glasses/SiO2_21A.3d.m ...
这个算是建模过程。

zyj8119(站内联系TA)
Originally posted by zyj8119 at 2010-09-15 10:12:21:
MS里面自带了很多分子筛，但是假如需要得到像MCM-41这样的,MS里面没有的分子筛该
怎么办？那就得自己建了，以下是主要步骤。

1. File->Import->Material studio4.3/share/structures/glasses/SiO2_21A.3d.m ... 通过自编程序，胺基铆接后的MCM-41:
zyj8119(站内联系TA)
通过自编程序，胺基铆接后的MCM-41:
差不多的过程。

zh1987hs(站内联系TA)
通过自编程序，胺基铆接后的MCM-41:
搬个板凳来学习，想问问楼主，常用的免费GCMC软件有哪些？能不能介绍一下？
zyj8119(站内联系TA)
Originally posted by zh1987hs at 2010-09-15 11:05:30:
搬个板凳来学习，想问问楼主，常用的免费GCMC软件有哪些？能不能介绍一下？
目前我就只知道三个，MS中的sorption,snurr的music,还有minnesota的towhee,哈佛的boss有没有这个功能就不知道了。

zh1987hs(站内联系TA)
目前我就只知道三个，MS中的sorption,snurr的music,还有minnesota的towhee,哈佛的boss有没有这个功能就不知道了。

那么我们是不是可以利用MS建模，之后再利用这些软件进行模拟？比如甲烷分子在分子筛
上的吸附？能否从模拟的角度比较诸如孔型，孔径对吸附的影响？
zyj8119(站内联系TA)
Originally posted by zh1987hs at 2010-09-15 11:08:47:
那么我们是不是可以利用MS建模，之后再利用这些软件进行模拟？比如甲烷分子在分子筛上的吸附？能否从模拟的角度比较诸如孔型，孔径对吸附的影响？
是的，可以使用MS建模，导出为相关的数据文件，然后使用这些开源软件进行模拟，版主ghcacj的那篇music应用说的很清楚了，towhee的建模过程稍显得麻烦了一些。

zyj8119(站内联系TA)
Originally posted by zyj8119 at 2010-09-15 11:12:33:
是的，可以使用MS建模，导出为相关的数据文件，然后使用这些开源软件进行模拟，版主ghcacj的那篇music应用说的很清楚了，towhee的建模过程稍显得麻烦了一些。

Last edited by zyj8119 on 2010-9-15 at 11 ...
你也可以把你的学习心得什么的发上来看看。

zmrright(站内联系TA)
斑竹你好，不如你做成.DOC格式吧。

这样更好。

谢谢啦。

你真牛。

moueor(站内联系TA)
MAPS软件包含了TOWHEE模块，MAPS软件和MS非常类似，很方便用户直接建模设置参
数，使用TOWHEE开展工作。

xiaoqian830606(站内联系TA)
假如说，我想模拟二氧化硫吸附在分子筛ＺＳＭ上，再用小分子把Ｓ元素脱除，应该怎么模
拟呢？
zyj8119(站内联系TA)
Originally posted by xiaoqian830606 at 2010-09-17 14:24:44:
假如说，我想模拟二氧化硫吸附在分子筛ＺＳＭ上，再用小分子把Ｓ元素脱除，应该怎么模
拟呢？
未王从公又 14:27:49
第一阶段，是GCMC的过程，就是建立好ZSM-5的构型，建好SO2的构型，进行GCMC模拟
未王从公又 14:28:28
第二步，把得到的构型中，切取一小部分作为量化计算的前沿
未王从公又 14:29:01
把小分子,SO2,ZSM-5的一部分放一起，寻找过渡态
xiaoqian830606(站内联系TA)
Originally posted by xiaoqian830606 at 2010-09-17 14:24:44:
假如说，我想模拟二氧化硫吸附在分子筛ＺＳＭ上，再用小分子把Ｓ元素脱除，应该怎么模拟呢？
:):);)
zyj8119(站内联系TA)
Originally posted by zmrright at 2010-09-17 12:09:40:
斑竹你好，不如你做成.DOC格式吧。

这样更好。

谢谢啦。

你真牛。

什么意思？不明白。

zyj8119(站内联系TA)
Originally posted by xiaoqian830606 at 2010-09-17 14:51:27:
:):);)
如果你要用ONIOM的话，可以去量子化学版发帖询问，那边很多人懂这个的。

zyj8119(站内联系TA)
Originally posted by moueor at 2010-09-17 12:29:07:
MAPS软件包含了TOWHEE模块，MAPS软件和MS非常类似，很方便用户直接建模设置参数，使用TOWHEE开展工作。

MAPS是要收费，并且还是很多的免费软件的集合，我看没有必要买。

xiaoqian830606(站内联系TA)
Originally posted by zh1987hs at 2010-09-15 11:08:47:
那么我们是不是可以利用MS建模，之后再利用这些软件进行模拟？比如甲烷分子在分子筛上的吸附？能否从模拟的角度比较诸如孔型，孔径对吸附的影响？
关于建模的细节问题，想向你请教。

比如说，关于甲烷在分子筛上的吸附，怎么考虑孔型、
孔径对吸附的影响？
zyj8119(站内联系TA)
Originally posted by xiaoqian830606 at 2010-09-18 10:59:29:
关于建模的细节问题，想向你请教。

比如说，关于甲烷在分子筛上的吸附，怎么考虑孔型、孔径对吸附的影响？
孔型我还不知道，孔径自己调节就好，在建模的时候，挖去的大一点或者小一点。

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