3500遗传测序仪介绍分析
ABI 3500操作手册 基因测序
3500/3500XL简易操作手册1.空间定位和光谱校正1.1设置DyeSet进入library界面，选择DyeSets菜单，点击Create，在DyeSetName中输入“AGCU_E5”作为我公司DyeSet名称，从Chemistry下拉菜单中选择“MatrixStandard”，从DyeSetTemplate下拉菜单中选择“E5Template”，设置完成后点击Save保存设置。
1.21.2孔反一个载96试并自2.2.1创建。
按下图所示选择或设置各个参数，设置完成后点击Save保存。
注意将ProtocolName命名为“AGCU_E5_STR”，进样电压设置为3kv，进样时间可设置为6～10sec，DyeSet选择1.1步骤中已设置好的“AGCU_E5”，其他参数设置请参照下图。
2.2创建SizeStandard进入library界面，选择SizeStandards菜单，点击Create。
在SizeStandard 中输入“AGCU_SIZ500”，DyeColor下拉菜单中选择“Orange”，在左侧对话框中依次输入75、100、139、150、160、200、300、340、350、400、450、490、500，每次输入结束后点击中间“AddSize”菜单即可将所输数字加入右侧对话框中。
待全部输入结束后点击Save保存。
2.3创建QCProtocol进入library界面，选择QCProtocols菜单，点击Create。
在ProtocolName 中输入“AGCU_QC”，SizeStandard下拉菜单中选择在2.2中已创建的“AGCU_SIZ500”，将UseBaselining改为38。
其他参数均按下图所示进行设置，设置完成后点击Save保存。
2.4创建Assay进入library界面，选择Assays菜单，点击Create。
在AssayName中输入“AGCU_STR”，ApplicationType下拉菜单中选择“HID”，InstrumentProtocol下拉菜单中选择2.1中创建的“AGCU_E5_STR”，QCProtocol下拉菜单中选择2.3中创建的“AGCU_QC”。
3500基因测序仪操作流程
3500基因测序仪操作流程一、启动仪器1．按下仪器的电源键，当仪器指示灯为绿色时表明仪器正常开启。
2．打开与仪器连接的计算机，点击Ctrl+Alt+Delete界面，点击Administrator，输入密码：Administrator。
等待Daemon（隐藏图标），Server Monitor程序完全启动，Server Monitor图标上出现绿色对号时表示连接成功。
3．打开3500 Data Collection 软件，出现3500 Log In 登录界面，输入用户名和密码，本机用户名为：Administrator，密码为：Administrator1，点击“OK”，打开软件。
检查所有耗材的剩余用量、仪器的信息、耗材的使用信息以及仪器维护提示灯信息。
4. 确认检测阴性、阳极缓冲液在刻度线以上，以及确认所有耗材已恢复至室温。
注：3500测序所用到的阳极缓冲液、阴极缓冲液在仪器上可存放一周，POP 胶在仪器上存放一周后需置于2-8℃保存，洗液为一次性消耗品，不可重复使用。
5. 将阴性缓冲液、阳极缓冲液、洗液等耗材安装至仪器上后，点击refresh，确认所有耗材均为有效状态。
二、仪器维护1. 于软件主界面点击Dashbord，于菜单栏中选择Maintenance Wizards选项。
2. 将装有阳极缓冲液的耗材从仪器中取下，安装没有阳极缓冲液的容器，选择WASH pumper chamber and chanels选项，按照仪器指示，开始清洗管路并重新给毛细管灌胶直至完成全部操作。
3. 从Maintenance进入Spatial界面，按图示指示进行空间定位。
结果应满足如下要求：①峰高大致相同（大于6000）；②峰型尖锐，左右堆成；③橙色十字在峰顶端；④峰间距为13-16。
当结果满足要求时，选择“Accept Results”，否则，选择“Reject Results”，重新进行空间定位。
4. 从Maintenance进入Spectral界面，按图示指示进行光谱校准。
3500遗传测序仪介绍共70页
肖怀东 Field Application Scientist Tel: 400 820 8982 / 800 820 8982 E-mail: CNAPMsupportlifetech
Life Technologies™ Proprietary |1
AB遗传分析仪发展历史
Life Technologies™ Proprietary |19
光谱校准——目的
多重颜色检测
Life Technologies™ Proprietary |20
光谱校准
什么时候做?
• 使用新的染料组合 • 调整过仪器的光路系统 • 不同颜色的荧光间出现干扰(有拔起或下压峰) • 参数改变(如毛细管长度改变) • 作为每年一次的日常维护
仪器耗材——阴极缓冲液
• 一体化缓冲杯 • 迷宫般设计分离洗涤池和废液池
• 确保缓冲液达到Fill line
• 两种独立的胶垫Septa (available in CBC septa kit)，注意胶垫安装 • 注意缓冲液放置的位置 • 在仪器上放置有效期7天
• 存储在冰箱冷藏，使用前恢复室温
On instrument:
15 kv
仪器工作原理-通过毛细管电泳分离DNA片段
+
正极
-
负极
+ + + + + + + + ++
H H H H H H H H HH
TRIVIA: 什么样的片段泳动的更快?
小片段
仪器能够区分带电的DNA和其他带电分子吗?
不
Life Technologies™ Proprietary |7
遗传分析仪实验报告
遗传分析仪实验报告通过遗传分析仪对样品进行基因检测和分析，探究其基因组中的遗传信息。
实验原理：遗传分析仪是一种能够对DNA序列进行测定和分析的设备。
其基本原理是通过DNA测序技术对待测样品中的DNA进行序列测定，然后根据测定结果进行基因分析。
实验步骤：1. 采集样品：根据实验需要，采集待测样品，如血液、唾液等。
2. DNA提取：使用合适的方法提取样品中的DNA，并纯化DNA。
3. DNA浓度测定：使用比色法或荧光法等方法测定提取得到的DNA的浓度，确定适宜的DNA用量。
4. PCR扩增：根据实验需要，选择合适的引物设计PCR反应体系，进行DNA 的扩增。
5. PCR产物凝胶电泳：将PCR扩增产物与DNA标准品一同进行凝胶电泳，分析PCR扩增的目标片段大小和扩增效果。
6. 清除杂卷筛选：使用PCR产物纯化试剂盒将PCR扩增产物纯化，去除杂卷。
7. DNA浓度再测：对纯化后的PCR产物进行浓度测定，以确定浓度是否满足下一步操作要求。
8. DNA测序：将PCR产物进行DNA测序，得到DNA序列。
9. 测序结果分析：使用合适的生物信息学软件对测序结果进行分析，包括测序质量评估、序列比对、碱基配对等。
10. 基因分析：根据测序结果进行基因分析，包括基因突变检测、基因型分析等。
实验结果与分析：通过遗传分析仪测序，得到了待测样品的DNA序列。
经过生物信息学软件分析得知，待测样品中的特定基因存在一种突变，与正常基因存在差异。
进一步分析发现，这种突变与某种疾病的发生有一定的相关性。
这些结果表明，待测样品的个体在遗传层面上存在一定的疾病风险。
实验讨论：遗传分析仪作为一种基因检测和分析设备，在医学、生物学等领域有着广泛的应用。
通过测序和分析样品中的基因信息，可以发现某些特定的基因突变，进而预测患病风险或进行基因治疗等进一步研究。
除了在医学领域的应用，遗传分析仪在种群遗传学和进化生物学中也有着重要的作用，可以通过分析群体中的基因分布情况了解种群演化的历史和动态。
一代测序3500dx培训试题
一代测序3500dx培训试题
以下是一代测序3500dx培训试题：
1.第1题：一代测序3500dx的基本原理是什么？
答案：一代测序3500dx的基本原理是利用荧光标记的探针与DNA分子特异性结合，然后通过激发探针的荧光来检测DNA分子。
2.第2题：一代测序3500dx的测序过程包括哪些步骤？
答案：一代测序3500dx的测序过程主要包括以下步骤：
●样本制备：将DNA分子提取出来，并进行片段化。
●探针标记：将荧光标记的探针与DNA分子特异性结合。
●测序：激发探针的荧光，并记录荧光的强度和位置。
●数据处理：对测序数据进行处理，得到DNA序列。
3.第3题：一代测序3500dx的测序深度是多少？
答案：一代测序3500dx的测序深度可以达到100-1000X，这意味着每个碱基可以被测到100-1000次。
4.第4题：一代测序3500dx的测序准确率是多少？
答案：一代测序3500dx的测序准确率可以达到99.9%以上。
5.第5题：一代测序3500dx的应用领域有哪些？
答案：一代测序3500dx的应用领域包括：
●临床诊断：用于疾病的早期诊断、预后评估和治疗方案制定。
●基础研究：用于基因组研究、转录组研究和蛋白质组研究。
●环境监测：用于环境污染的检测和溯源。
6.第6题：一代测序3500dx的优势和劣势有哪些？
答案：一代测序3500dx的优势包括：
●操作简单，易于上手。
●成本相对较低。
●测序速度快。
一代测序3500dx的劣势包括：
●测序深度和准确率相对较低。
●只能测序短片段的DNA。
3500 Dx基因分析仪在临床诊断中的应用前景
GMIDx v1.1 HID Windows Vista OS
GMIDx Appl:
HID Forensic Applications – Databasing, Casework
3/4/2013 | Life Technologies™ Proprietary and confidential
11
3/4/2013 | Life Technologies™ Proprietary and confidential
8
3500 Dx 系列仪器特点
3500 Dx
8 cap.array
50cm/36cm
3500xL Dx
2x96 well plates Tubes
24 cap.array
50cm/36cm
+
ddTTP
ddATP
ddGTP ddCTP
3/4/2013 | Life Technologies™ Proprietary and confidential
14
片段分析
Locus X
(CA)n
CA CA CA CA CA CA CA CA
等位基因 1 等位基因 2
Genemapper软件分析
电泳 GeneMapper软件自动分析
PCR
3500基因测序仪操作流程
3500基因测序仪操作流程一、启动仪器1．按下仪器的电源键，当仪器指示灯为绿色时表明仪器正常开启。
2．打开与仪器连接的计算机，点击Ctrl+Alt+Delete界面，点击Administrator，输入密码：Administrator。
等待Daemon（隐藏图标），Server Monitor程序完全启动，Server Monitor图标上出现绿色对号时表示连接成功。
3．打开3500 Data Collection 软件，出现3500 Log In 登录界面，输入用户名和密码，本机用户名为：Administrator，密码为：Administrator1，点击“OK”，打开软件。
检查所有耗材的剩余用量、仪器的信息、耗材的使用信息以及仪器维护提示灯信息。
4. 确认检测阴性、阳极缓冲液在刻度线以上，以及确认所有耗材已恢复至室温。
注：3500测序所用到的阳极缓冲液、阴极缓冲液在仪器上可存放一周，POP 胶在仪器上存放一周后需置于2-8℃保存，洗液为一次性消耗品，不可重复使用。
5. 将阴性缓冲液、阳极缓冲液、洗液等耗材安装至仪器上后，点击refresh，确认所有耗材均为有效状态。
二、仪器维护1. 于软件主界面点击Dashbord，于菜单栏中选择Maintenance Wizards选项。
2. 将装有阳极缓冲液的耗材从仪器中取下，安装没有阳极缓冲液的容器，选择WASH pumper chamber and chanels选项，按照仪器指示，开始清洗管路并重新给毛细管灌胶直至完成全部操作。
3. 从Maintenance进入Spatial界面，按图示指示进行空间定位。
结果应满足如下要求：①峰高大致相同（大于6000）；②峰型尖锐，左右堆成；③橙色十字在峰顶端；④峰间距为13-16。
当结果满足要求时，选择“Accept Results”，否则，选择“Reject Results”，重新进行空间定位。
4. 从Maintenance进入Spectral界面，按图示指示进行光谱校准。
遗传测序仪介绍
数据解读难题
数据复杂性
基因组测序产生大量数据，如何有效处理、 存储和分析这些数据是一个挑战。
数据库资源有限
目前可用的基因组数据库资源有限，影响对 测序数据的解读和比对。
生物信息学分析
对基因组测序数据进行生物信息学分析需要 专业知识和技能，人才短缺。
解决方案与对策
技术研发与创新
加强技术研发和创新， 提高测序速度、准确 性和分辨率。
遗传测序仪的历史与发展
历史
遗传测序仪的发展经历了多个阶段，从最早的DNA测序技术 到如今的高通量测序技术，测序技术不断改进和优化。
发展
随着技术的进步，遗传测序仪的通量、精度和速度不断提高 ，未来还将继续朝着更高性能、更低成本和更便捷使用的方 向发展。
02 遗传测序仪的工作原理
DNA提取
提取过程
测序原理
通过合成-终止法或边合成边测序法，对中的DNA片段进行测序。目的
获取每个DNA片段的碱基序列信息。
数据分析
数据处理流程
对原始测序数据进行质量控制、去接头 、去除低质量序列等处理，得到高质量 的测序数据。
VS
目的
对测序数据进行深入分析，如变异检测、 基因组组装等，以挖掘其中的生物学意义 。
生态学研究
在生态学研究中，遗传测序仪可以帮助了解物种的种 群结构和生态适应性。
04 遗传测序仪的市场现状与 前景
市场现状
全球市场规模
近年来，全球遗传测序仪市场规模持续增长，随着技术的不断进步和应用领域的拓展，市场规模 还将继续扩大。
区域分布
全球遗传测序仪市场主要分布在北美、欧洲和亚太地区，其中北美市场占据较大份额，欧洲市场 紧随其后，亚太地区市场则呈现出强劲的增长势头。
3500遗传分析仪介绍-clinical-Sep2009
Buffer Polymer Pouch
8
Polymer Bottle
© 2009 Life Technologies Corp
配合灵活的实验通量选择
八连管 (Std & Fast)
96 std & fast and 384 板
6th 荧光标记
客户需要的是… …
样本通量的灵活性 更高的通量可能 多重实验的可能
毛细管电泳测序基因分析仪发展的历史
1986
ABI introduces the first automated DNA sequencer (370A)
1996
ABI introduces the First capillary ABI Prism® 310
1998
3700 DNA sequencer Primary platform used in Human Genome Project
毛细管电泳基因分析仪的优势 • 超长的测序读长，超过1000bp • 成熟的平台提供广泛的应用方向 • 灵活的可升级的系统
3 © 2009 Life Technologies Corp
毛细管电泳测序基因分析仪的定位
高
Feature / Functionality
3500
● Ease of use ● Applications ● Reliability ● Performance
新一代毛细管测序基因分析仪的硬件软件特点 及在疾病诊断中的应用
Bofei Wang 王博飞 Sep, 2009
Agenda
新一代毛细管测序基因分析仪 3500/3500 xL 硬件性能特点 3500/3500 xL 软件性能特点 3500/3500xL 基因分析仪在临床诊断的应用
3500、3500XL基因分析仪的简介及在疾病诊断中的应用-20091225姜艳艳
仪器构造：
Pump系统：耗材简单安装，高效实用
与3130对比，安装更简单，
关键试剂： 进一步提升了数据 质量和可靠性
能够跟踪使用情况
有更长的保存时间
减少浪费，降低错 误的发生 价钱？
无线射频识别（RFID）技术追踪关键消耗品数据并记录管理信息
不同仪器之间不同运行之间以及不同毛细管之间的信号强度 一致性得到显著改善
突出特点
毛细管：8道毛细管3500系统和24道毛细管3500xL系统，可升级 仪器结构更紧凑，体积更小，对实验室的硬件设施要求不高 导热系统：先进的设计，更好满足DNA片段分析时对温度控制的严格要 求 ， 18°C–70°C 固态激光：505 nm单波长固态激光源——采用标准电源供电，无需散热 ， 更长寿命，更小体积 不同仪器之间不同运行之间以及不同毛细管之间的信号强度一致性得到 显著改善 强大、综合的数据采集和初步分析软件，提供了数据质量的实时评估 无线射频识别（RFID）技术追踪关键消耗品数据并记录管理信息 多色荧光分析能力，可对DNA片段进行多达6种不同荧光染料的多重检测 无可匹敌的应用灵活性——一种毛细管阵列、一种聚合物分离胶，通用 于大部分研究应用 简单的安装、操作和维护——迄今为止最容易拥有、最方便运行的DNA 测序仪
激光：为什么换成固体光源？为了波长更接近于染料的激发波长，为 了使用寿命更长更稳定，为了第6色的荧光标记？
数据均一化：使用ABI的内标可以实现，那我们的内标和试剂呢？
耗材：耗材的追踪管理是否会带来成本的增加？造成耗材的垄断？ Dyeset：6色的dyeset只有J6，如果我们开发出6色的试剂盒那么对 于染料的选择就很有限，现在也不知道它的染料组成。这对我们产品的 研发提出了难题。 数据分析：鉴于3500软件对检测结果进行初次分析，有可能在检测 时有大量数据分析不能通过，还要重新上样，造成资源的浪费不说，还 严重影响了样本的检出。
3500遗传测序仪介绍
仪器工作原理-通过毛细管电泳分离DNA片段
+
正极
负极
H
+
H
+
H
+
H
+
H
+
H
+
H H H H
+
+
+ +
TRIVIA: 什么样的片段泳动的更快?
小片段 不
仪器能够区分带电的DNA和其他带电分子吗?
Life Technologies™ Proprietary | 7
仪器工作原理 -荧光标记的DNA片段在检测窗口被检测
Life Technologies™ Proprietary | 21
概要
仪器结构 仪器耗材
仪器开机
样品检测流程及DC软件介绍 仪器关机
Life Technologies™ Proprietary | 22
仪器结构——外观
网络插口 电源 开关 断路开关 电源插头
状态灯 自动进样器按纽
总体积3500是3130系列的82% （减少了18%）
Life Technologies™ Proprietary | 24
总重量3500是3130系列的63% （减少了37%）
检测区 (Detection region）
胶块区 (Gel block region）
自动进样区 (Autosampler region）
置了胶、缓冲液和水；
• 进入Data Collection软件， • 点击窗口左边的Spatial Run Scheduler进入空间定位页面； • 在左下角Protocol中选择一种运行模式，有不灌胶和灌胶两种模式
3500遗传分析仪简易操作指南
Applied Biosystems 3500/3500 XL遗传分析仪简易操作指南美国应用生物系统公司3500/3500 XL遗传分析仪简易操作指南1 电脑和仪器启动后，待 Daemon，Server Monitor 程序完全启动后，打开 3500 Data Collection 软件，出现 3500 Log In 登录界面，输入用户名和密码，点击“OK”，打开软件。
2 软件主界面如图所示。
耗材的剩余用量耗材的有效日期运行样品1建立新的反应板：登陆3500 Data Collection 软件，进入主界面后，通过 Main workflow（）键进入Set up视窗，选择Define Plate Properties 界面建立新的样品反应板，在Name栏输入样品板的名称，如test，其余选项按图示进行设定。
2 输入样本名称，选择相应的Assays，File Name Conventions，Results Groups：样品名称：切换到Assign Plate Contents界面输入样品名称，如在A1栏输入样品名称为1，选中其余目的栏，使用Fill Series功能添加所需样品名称。
设定Assays：根据需要选择Add from Library，或Create New Assay。
对于AB公司试剂而言，所有程序均已经设定好并存放于Library中，因此可以直接点击Add from Library，然后选择相应的Assays。
设定File Name Conventions：根据需要选择Add from Library，或Create New File Name Convention。
设定Results Groups：根据需要选择Add from Library，或Create New File Name Convention。
设定样品的类型：点击Customize Sample Info进行样品类型的设定。
ABI-3500xL基因分析仪操作流程图
ABI 3500xL基因分析仪操作流程一、标准测序反应（一）质粒测序标准实验流程1．对质粒DNA的质量和浓度要求纯度：OD 260/OD 280= 1.6~2.0，用量：每反应150~300 ng。
2．测序 PCR 反应标准反应体系：3．测序产物纯化：使用Edge Bio收集柱进行纯化。
（1）离心850g，3min柱子，弃掉收集管，换新的EP管。
（2）将待纯化样品加到柱子中间，注意不要加到离心柱侧壁上。
（3）离心850g，3min，弃掉柱子，即得纯化产物。
（4）取10 µL Hi-Di Formamide加入96孔板中，再加入10 µL待测样品，振荡混匀离心。
（二）PCR 产物测序标准实验流程1．对PCR 产物的要求纯度：OD 260/ OD280=1.6~2.0，用量：每反应10~100 ng。
强烈建议在测序前，先纯化PCR产物。
2．PCR产物的测序 PCR 反应标准反应体系：3．测序产物纯化：方法同上。
二、上机测序（一）启动系统1.打开电脑，检查电脑右下角处3500监控状态是否正常启动。
2.打开3500 xL仪器电源，等待仪器自检，指示灯由黄色变为绿色即为自检完成。
3.启动电脑桌面Data collection software。
4.检查维护提醒：浏览维护提醒，若已完成点击。
5.检查耗材状态：点击“Refresh”，更新后检查仪表盘上各种耗材的状态（POP7、ABC、CBC和毛细管），若指示针在可用围则可继续，若在指示针在红色区域中，则需更换耗材后再继续。
6.仪器预热：点击仪表盘上的“Start Pre-heat”按钮预热炉子和泳道。
（二）放置待测样品1. 检查确保橡胶隔板均通透后，将其小心盖在加有待测样品的96孔板上，注意孔对孔盖好。
2. 将板子放入板架中，盖好固定盖，确保所有孔都一一对齐，即组装好测序板子。
3. 按仪器的TRAY按钮，使托盘出仓，之后将组装好的板子放入自动采样器中，注意有标记的一侧面对操作者。
ABI3500操作手册基因测序5页
3500/3500XL简易操作手册1. 空间定位和光谱校正1.1 设置Dye Set进入library界面，选择Dye Sets菜单，点击Create，在Dye Set Name中输入“AGCU_E5”作为我公司Dye Set名称，从Chemistry 下拉菜单中选择“Matrix Standard”，从Dye Set Template下拉菜单中选择“E5 Template”，设置完成后点击Save保存设置。
1.2 空间定位进入3500 Data Collection Software主界面，选择Maintenance菜单，在Maintenance界面中点击Calibrate下拉菜单中的Spatial按钮，选择合适的空间定位参数即可开始空间定位。
3500系列遗传分析仪空间定位与3100、3130系列类似。
1.2 光谱校正 a、光谱校正前先更换水和阴阳极Buffer，按10ul甲酰胺：0.5ul 5 Dye Matrix Standard的比例配制甲酰胺和光谱校正标准品混合物，轻轻震荡混匀后短暂离心。
准备一块新的96孔反应板，将配制好的混合物均匀的分装在前三列各孔中。
3500/3500xL进行光谱校正时仪器默认第一个Run，即前三列中加入了光谱校正混合物。
95℃加热3 min ，立即冰浴 3 min，变性完成后装载96孔板并置于仪器托盘中。
b、点击Calibrate下拉菜单中的Spectral按钮，按照图示选择各种参数点击Start Run即可进行光谱校正。
注意在Dye Set中应选则在1.1中设置好的与AGCU试剂盒相匹配的Dye Ste。
如果光谱校正未达到仪器默认质量要求，仪器会自动重复跑样三次，并自动选择各次跑样中质量最好的通道作为此次光谱校正的最后结果。
光谱校正时应观察实时原始数据，以便及时做出相应调整，确保最终结果。
C、3500系列遗传分析仪与3100、3130系列遗传分析仪最大的区别之一就是光谱校正。
3500遗传测序仪介绍
370型全世界第一台基因分析仪 373型基因分析仪 377 型基因分析仪，光栅+CCD 310型毛细管基因分析仪,全世界第一台毛细管分析仪 377-96基因分析仪 3700型96道毛细管基因分析仪 3100 16道毛细管基因分析仪 3100 Avant 4道毛细管基因分析仪 3730 48道毛细管基因分析仪 3730xl 96道毛细管基因分析仪 3130 4道毛细管基因分析仪 3130xl 16道毛细管基因分析仪
Life Technologies™ Proprietary | 33
仪器耗材——胶的安装
Pull Lever Down Pull Lever Up
Life Technologies™ Proprietary | 34
仪器耗材——缓冲液
Life Technologies™ Proprietary | 35
Life Technologies™ Proprietary | 23
内部照明灯开关
仪器结构
3500/3500xl基因分析仪
宽度：61cm 深度：61cm 高度：72cm 重量：82kg
3130/3130xl基因分析仪
• 宽度：74cm
• 深度：54.8cm • 高度：81cm • 重量：130kg
易于安装的锁定装置 过期日期 • 内壁无涂层 • 50 µ m 内径 • 160 runs
Life Technologies™ Proprietary | 30
易于存储
仪器耗材——毛细管
Life Technologies™ Proprietary | 31
仪器耗材——胶
Additional “free” volume to enable installation, wizards and proper pouch functionality (and may be left over at the end) Standard volume For running 960 or 384 samples Provides: - Ease of use - Quality - Predictable cost per sample