VASP测试报告
VASP的关键词详解2报告
• ICHARG: 如果ISTART=0，则默认值为2，否则为0。可赋予值为0 | 1 | 2。决定了如何构造初始的电荷密度
0: 从初始的波函数构造 1：读入CHGCAR读入，并同原子密度进行线性插值 2: 构造原子密度 11： 读入自洽的CHGCAR，并进行能带计算或态密度的非自洽计算 12: 非自洽的原子密度计算
3
பைடு நூலகம்子自洽收敛
• INIWAV: 默认值为1，可赋予值为0 | 1。只在开始新的计算 (也就是ISTART=0)中有效。决定了如何初始化波函数
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结构优化
• ISIF：决定了是否计算应力以及如何对结构进行优化。当IBRION=0时， 默认值为0，否则为2。可赋予值为0| 1 | 2 | 3 | 4 | 5| 6| 7|
ISIF 0 计算离子 所受的 力 是 计算原胞的 stress tensor 否 离子位置驰 豫 是 改变原胞的 改变原胞的 形状 体积 否 否
设置原子的驰豫：
定义态密度积分的方法和参数:
其他：
初始化
• SYSTEM: 注释所计算的体系，以示说明。 • NWRITE: 默认值为2，可赋予值为0| 1 | 2 |3 |4。决定OUTCAR中输出 内容的详细程度 • ISTART: 如果计算目录中有WAVECAR文件，则默认值为1，否则为0。 可赋予值为0| 1 | 2 | 3 。决定是否读入WAVECAR：
4
VASP(计算前的各种测试)
（计算前的）验证一、检验赝势的好坏：（一）方法：对单个原子进行计算；（二）要求：1、对称性和自旋极化均采用默认值；2、ENCUT要足够大；3、原胞的大小要足够大，一般设置为15 Å足矣，对某些元素还可以取得更小一些。
（三）以计算单个Fe原子为例：1、INCAR文件：SYSTEM = Fe atomENCUT = 450.00 eVNELMDL = 5 ! make five delays till charge mixing，详细意义见注释一ISMEAR = 0SIGMA=0.12、POSCAR文件：atom15.001.00 0.00 0.000.00 1.00 0.000.00 0.00 1.001Direct0 0 03、KPOINTS文件：（详细解释见注释二。
）AutomaticGamma1 1 10 0 04、POTCAR文件：（略）注释一：关键词“NELMDL”:A）此关键词的用途：指定计算开始时电子非自洽迭代的步数（即NELMDL gives the number of non-selfconsistent steps at the beginning），目的是make calculations faster。
“非自洽”指的是保持charge density 不变，由于Charge density is used to set up the Hamiltonian, 所以“非自洽”也指保持初始的哈密顿量不变。
B）默认值（default value）:NELMDL = -5 (当ISTART=0, INIWA V=1, and IALGO=8时)NELMDL = -12 (当ISTART=0, INIWA V=1, and IALGO=48时)NELMDL = 0 (其他情况下)NELMDL might be positive or negative.A positive number means that a delay is applied after each ionicmovement -- in general not a convenient option. （在每次核运动之后）A negative value results in a delay only for the start-configuration. （只在第一步核运动之前）C）关键词“NELMDL”为什么可以减少计算所需的时间？Charge density is used to set up the Hamiltonian, then the wavefunctions are optimized iteratively so that they get closer to the exact wavefunctions of this Hamiltonian. From the optimized wavefunctions a new charge density is calculated, which is then mixed with the old input-charge density. A brief flowchart is given below.（参自Manual P105页）一般情况下，the initial guessed wavefunctions是比较离谱的，在前NELMDL次非自洽迭代过程中保持charge density不变、保持初始的哈密顿量不变，只对wavefunctions进行优化，在得到一个与the exactwavefunctions of initial Hamiltonian较为接近的wavefunctions后，再开始同时优化charge density。
结构化学实验报告
重庆大学化学化工学院《结构化学》实验报告姓名学号：年级专业：指导老师：重庆大学化学化工学院2013年12月21日实验一利用量子化学计算软件验证分子轨道理论和判断分子点群一、主要仪器设备及软件1、仪器：用于计算的计算机。
2、软件：gviewA、建模软件(1) Chemoffice是一款广受化学学习、研究者好评的化学学习工具。
(2) GaussView 主要功能有创建三维分子模型，计算任务设置全面支持Gaussian 计算，和显示Gaussian计算结果等。
B、计算软件：(1) Gaussian:量子化学领域最著名和应用最广泛的软件之一，由量子化学家约翰波普的实验室开发，可以应用从头计算方法、半经验计算方法等进行分子能量和结构；过渡态能量和结构；化学键及反应能量；分子轨道；偶极矩；多极矩；红外光谱和拉曼光谱，核磁共振，极化率和超极化率，热力学性质，反应路径等分子相关计算。
(2) Materials Studio：是ACCELRYS 公司专门为材料科学领域研究者所涉及的一款可运行在PC上的模拟软件。
(3) V ASP是使用赝势和平面波基组，进行第一定律分子动力学计算的软件包。
(4) Gamess-US: 由于免费与开放源码，成为除Gaussian以外，最广泛应用的量子化学软件，目前由Iowa State Uinversity的Mark Gorden 教授的研究组主理。
(5) CASTEP:是由密度泛函理论为基础的计算程式所组成，同时采用平面波(plane wave)为基底处理波函数，可针对具有周期性的固态材料表面进行化学模拟计算。
(6) ATK：是由丹麦公司QuantumWise A/S开发的一款通用的电子态结构计算软件。
其他量子化学计算软件目前，除了上面提到的几版著名量子化学计算软件之外，还有大量商业和免费的量子化学计算软件，其中绝大部分是从事量子化学或计算化学研究的实验室自行开发的，此外，一些著名的大型化学软件如HyperChem、Chem3D、Sybyl 等，也包含有量子化学计算包。
实验报告实验总结范文
实验报告实验总结范文(总3页)--本页仅作为文档封面，使用时请直接删除即可----内页可以根据需求调整合适字体及大小--实验报告实验总结范文学生实验实习报告册学年学期：2019-2020学年o春o秋学期课程名称：课程设计（小型软件系统）学生学院：理学院专业班级：学生学号：60学生姓名：联系电话：指点教师：总评成绩：**邮电大学教务处制课程设计（小型软件系统）要求通过本课程设计，了解当代计算材料学之材料设计和计算及摹拟的理论基础、发展历程。
初步掌握LINUX系统的基本操作、脚本编写。
熟习经常使用的材料计算软件的使用，并能够通过摹拟计算，取得常见的简单晶体结构的几何和电子性质。
具体要求：1.通过前期的课程学习和网络调研，了解第1性原理计算的理论基础；2.通过课程学习和实践操作，初步掌握LINUX系统的基本操作；3.学会根据实验测试数据（如XRD、TEM等），利用FINDIT软件取得已知材料体系的晶体结构；4.学会利用VESTA、MATERIALSSTUDIO、UEDIT等软件对晶体结构进行查看、结构调理，终究准确取得初始计算模型；5.学会利用VIENNAAB-INITIOSIMULATIONPACKAGE（简称VASP）软件，取得晶体结构稳定构型、电荷密度散布、电子态密度、能带结构、声子谱、结合能等；6.学会利用P4VASP、ORIGIN等软件进行数据转换和作图；7.能够利用所学的《量子力学》、《固体物理》、《半导体物理学》知识，分析晶体结构、电荷密度散布、电子态密度和能带结构。
实验名称系统建模与仿真实验课程编号A2110260实验地点SL110实验时间⑹.191、课程设计目的：目的：通过本课程设计，了解当代计算材料学之材料设计和计算及摹拟的理论基础、发展历程。
初步掌握LINUX系统的基本操作、脚本编写。
熟习经常使用的材料计算软件的使用，并能够通过摹拟计算，取得常见的简单晶体结构的几何和电子性质。
2、课程设计使用的仪器、软件：仪器：计算机。
太原理工大学--VASP--讲解
V ASP 学习教程太原理工大学量子化学课题组2012/5/25 太原目录第一章LINUX命令 (1)1.1 常用命令 (1)1.1.1 浏览目录 (1)1.1.2 浏览文件 (1)1.1.3 目录操作 (1)1.1.4 文件操作 (1)1.1.5 系统信息 (1)第二章SSH软件使用 (2)2.1 软件界面 (2)2.2 SSH transfer的应用 (3)2.2.1 文件传输 (3)2.2.2 简单应用 (3)第三章VASP的四个输入文件 (3)3.1 INCAR (3)3.2 KPOINTS (4)3.3 POSCAR (4)3.4 POTCAR (5)第四章实例 (5)4.1 模型的构建 (5)4.2 VASP计算 (8)4.2.1 参数测试 (8)4.2.2 晶胞优化(Cu) (13)4.2.3 Cu(100)表面的能量 (2)4.2.4 吸附分子CO、H、CHO的结构优化 (2)4.2.5 CO吸附于Cu100表面H位 (4)4.2.6 H吸附于Cu100表面H位 (5)4.2.7 CHO吸附于Cu100表面B位 (6)4.2.8 CO和H共吸附于Cu100表面 (7)4.2.9 过渡态计算 (8)第一章Linux命令1.1 常用命令1.1.1 浏览目录cd: 进入某个目录。
如：cd /home/songluzhi/vasp/CH4 cd .. 上一层目录；cd / 跟目录；ls: 显示目录下的文件。
注：输入目录名时，可只输入前3个字母，按Tab键补全。
1.1.2 浏览文件cat：显示文件内容。
如：cat INCAR如果文件较大，可用：cat INCAR | more (可以按上下键查看) 合并文件：cat A B > C (A和B的内容合并，A在前，B在后) 1.1.3 目录操作mkdir：建立目录；rmdir：删除目录。
如：mkdir T-CH3-Rh1111.1.4 文件操作rm：删除文件；vi：编辑文件；cp：拷贝文件mv：移动文件；pwd：显示当前路径。
VASP使用总结
VASP计算的理论及实践总结一、赝势的选取二、收敛测试1、VASP测试截断能和K 点2、MS测试三、结构弛豫四、VASP的使用流程（计算性质）1、VASP的四个输入文件的设置2、输出文件的查看及指令3、计算单电能(1) 测试截断能(2) 测试K点4、进行结构优化5、计算弹性常数6、一些常用指令一、赝势的选取VASP赝势库中分为：PP和PAW两种势，PP又分为SP（标准）和USPP（超软）。
交换关联函数分为：LDA（局域密度近似）和GGA（广义梯度近似）。
GGA 又分为PW91和PBE。
在VASP中，其中pot ,pot-gga是属于超软势（使用较少）。
Paw, paw-pbe ,和paw-gga是属于PAW。
采用较多的是PAW-pbe 和PAW-gga。
此外vasp 中的赝势分为几种，包扩标准赝势(没有下标的)、还有硬（harder）赝势(_h)、软（softer）赝势(_s), 所谓的硬（难以赝化），就是指该元素原子的截断动能比较大，假想的势能与实际比较接近，计算得到的结果准确，但比较耗时，难以收敛。
软（容易赝化），表示该元素原子的截断动能比较小，赝势模型比较粗糙，但相对简单，可以使计算很快收敛（比如VASP开发的超软赝势）。
即硬的赝势精度高，但计算耗时。
软的精度低，容易收敛，但节省计算时间。
另一种情况：如Gd_3，这是把f电子放入核内处理，对于Gd来说，f电子恰好半满。
所以把f电子作为价电子处理的赝势还是蛮好的（类似还有Lu，全满）。
（相对其他的4f元素来说，至于把f电子作为芯内处理，是以前对4f元素的通用做法。
计算结果挺好）常用的做法是：用两种赝势测试一下对自己所关心的问题的影响情况。
在影响不大的情况下，选用不含4f电子的赝势（即后缀是3），一来减少计算量，二来避免DFT对4f电子的处理。
【1.赝势的选择：vasp的赝势文件放在目录~/vasp/potentials 下，可以看到该目录又包含五个子目录pot pot_GGA potpaw potpaw_GGA potpaw_PBE ，其中每一个子目录对应一种赝势形式。
VASP及第一性原理电子结构计算
Automatic mesh 0 Gamma 10 10 6 00 0 0.0 0.0 0 0 0.0 0
EDIFFG=-0 EDIFFG 0.02 02 IBRION=2 ISIF=2 ISIF 2
# 离子驰豫结束条件 #离子驰豫算法 #离子驰豫方式
(2) ( ) 自洽计算优化晶格参数,求出能量最低所对应的晶格参数
1 1
1 1
(3) ( )固 固定晶格参数, 格参数 静 静态自洽计算求出自洽的电荷密度 洽 算 出 洽的电荷密度 (i) (ii)
找到平衡晶格常数后, 进行静态的自洽计算就可 以求出自洽的电荷密度 计算得到的自洽的电荷密度要保存下来，在后 边计算其他的性质时会用到；另外也可以根据 它画出电荷密度图 分析原子间的建和作用 它画出电荷密度图，分析原子间的建和作用。 System=hcp Mg ISTART=0 ISTART 0
# 离子驰豫结束条件 #离子驰豫算法 #离子驰豫方式
(4). 做非自洽计算, 算 求态密度 密度
Automatic mesh 0 Gamma 10 10 10 00 0 0.0 0.0 0 0 0.0 0 Automatic mesh 0 Gamma 19 19 19 0.0 0.0 0.0
System=hcp Mg
•
共100多个关键词，一般都有合适的默认值。通常需设置的有 10个左右。即使 个左右 即使INCAR文件无任何内容也可以进行计算。 文件无任何内容也可以进行计算
INCAR
推荐：自己手动设置ENCUT, ENCUT TITLE TITLE, ISTART ISTART, ICHARG, ICHARG ISMEAR ISMEAR, EDIFF EDIFF, PREC等
(5). ) 修改KPOINTS和INCAR输入文件,固定电荷密度,做非自洽 计算,得到输出文件EIGENVAL，提取数据,画能带图
VASP计算前的验证
VASP计算前的验证在进行VASP计算之前，我们通常需要进行一些验证来确保计算结果的准确性和可靠性。
这些验证的目的是确保我们选取了正确的初始结构、参数和计算方法，并评估计算方案的可行性。
下面是一些常见的验证步骤：1.结构优化验证：首先，需要对所研究体系的初始原子结构进行结构优化。
我们可以使用实验得到的结构或者其他第一性原理计算方法得到的结构作为初始结构，然后使用VASP进行结构优化。
优化的目标是使得系统的总能量降到最低，找到能量最稳定的体系结构。
这一步骤通常使用DFT（密度泛函理论）计算方法和初始的波函数和电荷密度。
2.能带结构验证：在结构优化结束后，我们可以通过计算体系的能带结构来验证计算的准确性。
能带结构可以展现材料的带隙、导带和化合物的本质。
我们可以在不同的路径上计算和绘制能量对动量的关系图来得到能带结构。
这一验证步骤可以帮助我们理解材料的电子结构和导电性质。
3.力学性质验证：VASP也可以计算材料的力学性质，例如弹性常数、杨氏模量和泊松比等。
在进行这类计算之前，我们需要确保所选择的结构是力学稳定的，并且在加压或应变下仍然保持稳定。
因此，在进行这类计算之前，我们需要对原子结构进行弛豫以优化晶格参数和原子位置，以获得稳定的体系结构。
然后，通过施加应力或应变来计算材料的力学性质。
4.衬底效应验证：对于表面或界面材料的计算，我们通常需要考虑衬底的影响。
通过将材料结构嵌入到一个有无限大尺寸的衬底中并进行计算，我们可以模拟实验条件下的表面或界面材料。
这涉及到对衬底的初始结构进行结构优化，并确保表面或界面层的材料是稳定的。
5.收敛测试：在以上验证步骤完成后，我们还需要进行VASP计算的收敛测试。
这是为了确定所选择的计算参数是否足够可靠和准确。
我们可以通过改变计算参数，如平面波截断能、k点网格密度和电子自洽迭代收敛标准等，来测试计算结果的稳定性和收敛性。
通过逐步增加计算参数的精度，直到得到满意的结果为止。
VASP的个人经验手册
V ASP的个人经验手册使用V ASP的个人经验手册侯柱锋厦门大学物理系2004届博士E-mail: zhufhou@ 2004/06/22 本手册纯属个人使用V ASP后的心得和经验总结，版权属于本手册的作者及厦门大学物理系计算物理实验室。
未经许可，不准在网上传阅。
文中提到的一些小程序，可以提供使用。
在参考的过程，如遇到不清楚或含糊的地方，可以参考V ASP的英文manual或email给我。
如认为本手册某些地方需要更正或修改的，请email给我。
当在使用V ASP的过程中遇到问题，也可以email给我，大家一起学习V ASP 的使用，挖掘和掌握V ASP强大的功能。
本手册参考了V ASP的英文manual、的报告以及从internet网上收集的资料。
本手册大致有以下几个内容：A程序的编译“?A V ASP的主要输入文件OA V ASP的主要输出文件lA参数设置与选择的技巧A材料基态性质的计算方法和步骤ZA材料磁性性质的计算μA表面体系的计算”aAtools中小程序的说明A半导体中的缺陷和杂质问题十、如何进行分子动力学模拟十一、强关联体系的计算(LDA+U或GGA+U) 一、程序的编译声明：本实验室购买的是版本，所属本实验室的成员以及经过朱梓忠教授同意使用的合作者必须遵守该软件的使用协议，注意V ASP软件的版权问题，严禁私下发布或传播本实验室购买的V ASP源代码和赝势库以及编译V ASP得到的可执行代码。
1下面以编译版本为例，编译更新的版本、和的步骤与此相同。
1、所需文件和程序V ASP源代码：和数学库：LAPACK和BLAS (/)，或mkl，或ATLAS (/) 或Lib GOTO (/users/flame/goto/) Fortran编译器：PGI fortran 至少以上版本(/)，或Intel的ifc (以上版本是ifort, /software/products/compilers/flin/)，前者可以从网站上下载到15天的试用版本，后者可以从网站下载到的版本。
VASP(计算前的各种测试)
（计算前的）验证一、检验赝势的好坏：（一）方法：对单个原子进行计算；（二）要求：1、对称性和自旋极化均采用默认值；2、ENCUT要足够大；3、原胞的大小要足够大，一般设置为15 Å足矣，对某些元素还可以取得更小一些。
（三）以计算单个Fe原子为例：1、INCAR文件：SYSTEM = Fe atomENCUT = 450.00 eVNELMDL = 5 ! make five delays till charge mixing，详细意义见注释一ISMEAR = 0SIGMA=0.12、POSCAR文件：atom15.001.00 0.00 0.000.00 1.00 0.000.00 0.00 1.001Direct0 0 03、KPOINTS文件：（详细解释见注释二。
）AutomaticGamma1 1 10 0 04、POTCAR文件：（略）注释一：关键词“NELMDL”:A）此关键词的用途：指定计算开始时电子非自洽迭代的步数（即NELMDL gives the number of non-selfconsistent steps at the beginning），目的是make calculations faster。
“非自洽”指的是保持charge density 不变，由于Charge density is used to set up the Hamiltonian, 所以“非自洽”也指保持初始的哈密顿量不变。
B）默认值（default value）:NELMDL = -5 (当ISTART=0, INIWA V=1, and IALGO=8时)NELMDL = -12 (当ISTART=0, INIWA V=1, and IALGO=48时)NELMDL = 0 (其他情况下)NELMDL might be positive or negative.A positive number means that a delay is applied after each ionicmovement -- in general not a convenient option. （在每次核运动之后）A negative value results in a delay only for the start-configuration. （只在第一步核运动之前）C）关键词“NELMDL”为什么可以减少计算所需的时间？Charge density is used to set up the Hamiltonian, then the wavefunctions are optimized iteratively so that they get closer to the exact wavefunctions of this Hamiltonian. From the optimized wavefunctions a new charge density is calculated, which is then mixed with the old input-charge density. A brief flowchart is given below.（参自Manual P105页）一般情况下，the initial guessed wavefunctions是比较离谱的，在前NELMDL次非自洽迭代过程中保持charge density不变、保持初始的哈密顿量不变，只对wavefunctions进行优化，在得到一个与the exactwavefunctions of initial Hamiltonian较为接近的wavefunctions后，再开始同时优化charge density。
VASP遇到小总结问题
VASP计算的过程遇到的问题01、第一原理计算的一些心得（1）第•性原理其实是包括基于密度泛函的从头算和基于Hartree-Fock 洽计算的从头算，前者以电了密度作为基本变量（霍亨伯格-科洪定理），通过求解Kolm-Sham方程，迭代自洽得到体系的基态电了密度，然后求体系的基态性质：后考则通过自洽求解Hartree-Fock方程，获得体系的波函数，求基态性质：评述：K-S方程的计算水平达到了H-F水平，同时还考虑了电了间的交换关联作用。
（2）关于DFT中密度泛函的Functional,其实是交换关联泛函包括LDA, GGA,杂化泛函等等•般LDA为局域密度近似，在空间某点用均匀电了•气密度作为交换关联泛函的唯•变量，多数为参数化的CA-PZ方案；GGA为广义梯度近似，不仅将电『•密度作为交换关联泛函的变量，也考虑了'密度的梯度为变量，包括PBE.PWRPBE等方案，BLYP泛函也属于GGA：此外还有•些杂化泛函，B3LYP等。
（3）关于膜势在处理计算体系中原f的电了态时，有两种方法，•种是考虑所有电/，叫做全电了法，比如WIEN2K 中的FLAPW方法（线性缀加平面波）；此外还有•种方法是只考虑价电（，而把芯电了和原（核构成离f实放在•起考虑，即晦势法，•般膊势法是选取•个截断半径，截断半径以内，波函数变化较平滑，和真实的不同，截断半径以外则和真实情况相同，而且禰势法得到的能量本征值和全电子法应该相同。
鹰势包括模守恒和超软，模守恒较皱，-般需要较人的截断能，超软势则可以用较小的截断能即可。
另外，模守恒势的散射特性和全电了相同，因此•般红外，拉曼等光谱的计算需要用模守恒势。
馥势的测试标准应是腹势与全电f法计算结果的匹配度，而不是膻势与实验结果的匹配度，因为和实验结果的匹配可能是偶然的。
（4）关于收敛测试（a）Ecut,也就是截断能，•般情况下，总能相对于不同Ecut做计算，当Ecut增人时总能变化不明显了即可；然而，在需要考虑体系应力时，还需对应力进行收敛测试，而且应力相对于Ecut 的收敛要比总能更为苛刻，也就是某个藏断能下总能已经收敛了，但应力未必收敛。
VASP计算AgGaS2能带及态密度及光学性质
VASP计算AgGaS2能带及态密度及光学性质第一步：构型优化1．准备四个输入文件POSCAR INCAR POTCAR KPOINTSPOSCAR: 从ms中导入AgGaS2结构，选择CASTEP，file，save，并保存成原包。
这样，得到一隐藏文件.cell, 将它用编辑器打开，从中的到vasp所需的POSCAR信息，修改得到POSCAR。
AgGaS2 bulk1.000000000000000-2.7934999465942410 2.7934999465942370 5.20450019836425802.7934999465942370 -2.7934999465942390 5.20450019836425902.7934999465942380 2.7934999465942380 -5.20450019836425804 2 2Direct0.3750000000000000 0.4072000086307526 0.53220000863075260.8750000000000000 0.8427999913692474 0.4677999913692474. . . . . . . . . . . .2.POTCAR:用PBE-GGA的赝势，提取，Ag Ga O的赝势合并成一个赝势。
（一般VASP有自带）3.下面是INCARSYSTEM = optimization of AgGaS2 LPLANE=.TRUE.NPAR= 8Elecronic minimisationISTART = 0LREAL = .FALSE.PREC = LowEDIFF = 1e-4EDIFFG = -0.03IALGO = 48NELMIN = 4ISYM = 0GGA = PBEISPIN = 1NBANDS = 120OUTPUT CONTROLLCHARG = .TRUE.LWAVE = .TRUE.LVTOT = .FALSE.IONIC RELAXATIONNBLOCK = 1NSW = 1IBRION = -1DOS RELATED (disabled)ISMEAR = 0 (tetrahedron/gaussian/m-p)SIGMA = 0.054.再下面KPOINTSAM4 4 40 0 0 至此，四文件已准备好，进行计算，mpiexec -np 8 ~/bin/vasp.4.5-mk-mp-pgi < /dev/null > vasp.out &（运行命令）（问题：计算前对某些参数的测试，比如截断能，晶格参数等，标准时什么？vasp运行后，不知道结果是否满足要求呢？）第二部：将构型优化后产生的CONTCAR文件拷贝为POSCAR文件mpiexec -np 8 ~/bin/vasp.4.5-mk-mp-pgi < /dev/null > vasp.out &（运行命令）第三部：能带的计算.建立新的计算目录mkdir band 创建目录cd band 进入目录cp ../INCAR . 复制cp ../PO* .cp ../CHG* .对INCAR文件作如下修改：ICHARG =11NBANDS=120 与上面构型优化时一致建立新的KPOINTS 手动定义K点AgGaS251Rec（关键字要对齐第一行）0.5000 0.5000 0.5000 1.0000 0.4500 0.4500 0.4500 1.0000. . . . . .K点坐标获得途径布里渊区各特殊点的坐标可利用CASTEP获得然后编辑vi inplin1 特殊点lin2 特殊点之间的取点数lin3 第一个K点的坐标lin4 第二个K点的坐标. . . . （同上..）. . . .保存运行 vasp_kpoints<inp就可以得到坐标手动复制到KPOINTS运行VASPmpiexec -np 8 ~/bin/vasp.4.5-mk-mp-pgi < /dev/null > vasp.out &（运行命令）在运行VaspbandDraw the band structure of VASPTwo files, EIGENVAL and OUTCAR are needed----------------------------------------------------------------Spin-polarized calculation(T/F)? (是否自旋极化计算)fNumber of lines along the BZ: (布里渊区特殊线数目)5K point sequence used to separate lines: (各线段始终点序号)1 11 21 31 41 51Set the Fermi level to zero(T/F)? (是否费米设置为零点)t可以得到相应的 band.dat 用origin绘图然后标注各个特殊点Fermi energy=1.2182v exp=2.76ev (可能是参数设计太粗糙…) 不过放大还算清楚..(用MS作图 K网格相同)第四部:DOS的计算及其绘图其POSCAR POTCAR KPOINTS可以相同于第一步优化设置INCARSYSTEM = optimization of AgGaS2NPAR= 8LPLANE = .TRUE.Elecronic minimisationISTART = 3 (从WAVECAR读入波函数)LREAL= .FALSE.PREC = MediumEDIFF = 1e-4EDIFFG = -0.02IALGO = 48NELMIN = 3ISYM = 1ISIF = 3ISPIN = 1ISMEAR = 0SIGMA = 0.1NBANDS=120LORBIT=11 (投影到 s.p.d)NEDOS=501 （DOS的点数）ICHARG=11 (从CHG读入电荷密度) EMIN=-20EMAX=20OUTPUT CONTROLLCHARG = .TRUE.LWAVE = .TRUE.LVTOT = .FALSE.IONIC RELAXATIONNBLOCK = 1NSW = 1IBRION = -1POTIM = 0.05运行vasp 命令同上然后编写DOSF （是否自旋极化计算）9 （轨道数）6 （要计算的DOS）-1 （为负数时，表示所考察的为原子的DOS）1 （原子编号）-1 （为正正数时，表示为原子轨道的DOS）2 （下面都同上）-13111518保存运行vaspdos (如果没有设定路径的话。
VASP经验小结
怎样设置ENCUT
• ENCUT energy cutoff in eV : default taken from POTCAR-file important! 重要到几乎最好不要手工去设置 除非文献告诉你要用多少，或者经过结果可靠性的 验证 当然，为了测试一下提交的任务，也不妨先设个较 小的值 附加说明： 当且仅当POTCAR里头没有设置ENCUT时(其实貌似 没有才是常态)，才受PREC设置影 响从POTCAR里找出相应的ENMAX/ENMIN值来设置。 PREC= Low Medium Accurate High ENCUT= ENMIN ENMAX ENMAX 130%ENMAX 对于多个元素的POTCAR不同的ENMAX/ENMIN， 都取最大值
NELECT
NUPDOWN EMIN, EMAX ISMEAR SIGMA
电子数
自旋向上向下个数的差别 DOSCAR 文件中的能量范围 确定如何设置每个波函数的部分占有数 展开的宽度（单位：eV)
LREAL ROPT GGA VOSKOWN DIPOL AMIX, BMIX LWAVE,LCHARG and LVTOT LELF LORBIT
IBRION=0时为分子动力学离子运动时间步长， IBRION=1,2,3时为作用在力上的比例系数。
TEBEG, TEEND 温度
SMASS NPACO, APACO POMASS ZVAL RWIGS 控制速度在模拟过程中如何变
对关联函数的跟踪数，计算对关联函数的最大间 距.
每种元素的质量 每种元素的价电子数 分波态密度
IBRION ISIF
IWAVPR ISYM SYMPREC LCORR POTIM
prediction of wf.: 0-non 1-charg 2-wave 3-comb
VASP遇到小总结问题
VASP 计算的过程遇到的问题01、第一原理计算的一些心得（1）第一性原理其实是包括基于密度泛函的从头算和基于Hartree-Fock自洽计算的从头算，前者以电子密度作为基本变量（霍亨伯格-科洪定理），通过求解Kohn-Sham方程，迭代自洽得到体系的基态电子密度，然后求体系的基态性质；后者则通过自洽求解Hartree-Fock方程，获得体系的波函数，求基态性质；评述：K-S方程的计算水平达到了H-F水平，同时还考虑了电子间的交换关联作用。
（2）关于DFT中密度泛函的Functional，其实是交换关联泛函包括LDA，GGA，杂化泛函等等一般LDA为局域密度近似，在空间某点用均匀电子气密度作为交换关联泛函的唯一变量，多数为参数化的CA-PZ方案；GGA为广义梯度近似，不仅将电子密度作为交换关联泛函的变量，也考虑了密度的梯度为变量，包括PBE,PW,RPBE等方案，BLYP泛函也属于GGA；此外还有一些杂化泛函，B3LYP等。
（3）关于赝势在处理计算体系中原子的电子态时，有两种方法，一种是考虑所有电子，叫做全电子法，比如WIEN2K中的FLAPW方法(线性缀加平面波)；此外还有一种方法是只考虑价电子，而把芯电子和原子核构成离子实放在一起考虑，即赝势法，一般赝势法是选取一个截断半径，截断半径以内，波函数变化较平滑，和真实的不同，截断半径以外则和真实情况相同，而且赝势法得到的能量本征值和全电子法应该相同。
赝势包括模守恒和超软，模守恒较硬，一般需要较大的截断能，超软势则可以用较小的截断能即可。
另外，模守恒势的散射特性和全电子相同，因此一般红外，拉曼等光谱的计算需要用模守恒势。
赝势的测试标准应是赝势与全电子法计算结果的匹配度，而不是赝势与实验结果的匹配度，因为和实验结果的匹配可能是偶然的。
（4）关于收敛测试（a）Ecut，也就是截断能，一般情况下，总能相对于不同Ecut做计算，当Ecut增大时总能变化不明显了即可；然而，在需要考虑体系应力时，还需对应力进行收敛测试，而且应力相对于Ecut 的收敛要比总能更为苛刻，也就是某个截断能下总能已经收敛了，但应力未必收敛。
VASP计算的一些相关参数的参考
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8.5 什么时候需要自定义 ENCUT(和 ENAUG)
在大多数情况下，可以安全地使用从 POTCAR 文件中读取的 ENAUG 和 ENCUT 的默 认值。但是在一些情况下，这可能会导致小而且很容易避免的错误。 例如，如果你对不同组成成分体积阶段的能量差有兴趣的话(即 Co - CoSi - Si)。在这种 情况下，取默认 ENCUT 在计算纯 Co 和纯 Si 时将会出现不同的结果，但是最好是取相同的 截断动能来进行计算。在这种情况下，从 POTCAR 文件中确定最大 ENCUT 和 ENAUG，使 用这个值进行所有的计算。 另一个例子是计算分子表面吸附能。为使(例如)不可转让的环绕错误最小，应该计算一 个孤立分子、一个单一的表面、相同超晶胞的吸附物或是复杂表面、使用相同的截断动能来 计算能量。这通常需要在 INCAR 文件中手动修复 ENAUG 和 ENCUT。如果还想使用真实 的空间优化(LREAL =On)， 建议使用 LREAL =On 进行所有三类计算(ROPT 的标记在所有计 算中应当类似，见 6.39 节)。 8.6 k点的数量,和涂抹方法 在阅读本节之前,阅读和理解7.4节。 用于计算所必需的 k 点的数量严格取决于所需的精度和系统是否是金属的事实。 金属系 统需要比半导体和绝缘系统数量级更多的 k 点。k 点的数量还取决于模糊方法的使用,但并 非所有方法都以相似的速度收敛。此外,错误是不能转移的,例如，对于 fcc, bcc 和 sc 结构， 9×9×9 会出现完全不同的错误。因此 k 点的数量绝对收敛是必要的。唯一的例外是等量的 超晶胞。如果两种计算方法使用相同的超晶胞,为两种方法设置相同的 K 点确实是个不错的 主意。 k点网格和涂抹有密切的关系。我们在这里重复的指导方针ISMEAR已经在6.38节给出: •对于半导体或绝缘体一直使用四面体法(ISMEAR =-5),如果该晶胞太大而不能使用四面体 方法，设置 ISMEAR = 0。 •对于金属的松弛一直使用ISMEAR = 1并挪用一个SIGMA值(因此,熵小于1电子伏/原子)。注 意: 对半导体和绝缘体避免使用ISMEAR > 0,否则有可能出现问题 •对于DOS和非常准确的总能量计算(金属不松弛)使用四面体法 (ISMEAR =-5)。 再次,如果可能的话我们推荐使用Bl¨ ochl修正的四面体方法（ISMEAR = 5）,这个方法 是十分简单安全的,不同于其他方法需要经验参数。特别对于大体积材料，使用这种方法能 够得到高度准确的结果。 虽然这个方案的 k 点数量仍然较大。绝缘体 100 k 点/原子在整个布里渊区，一般足以降 低能量误差到小于 10 毫电子伏特。相同的精度，金属需要大约 1000 k 分/每原子。在有问 题的情况下（在费米面上一个过渡金属元素陡峭的 DOS）可能需要增加的 k 点多达 5000 / 原子数，通常降低了误差小于 1MeV 每原子。 注意:k点的数量在不可约部分的布里渊区(IRBZ)可能会少得多。在IRBZ，对fcc、bcc和sc结 构而言11×11×11含1331 k点减少为56 k点。与使用线性四面体方法的LMTO方案的值相比, 这是一个相对适中的值。 不是在所有的情况下都可以使用四面体方法，例如，如果 k 点的数量小于 3，或如果需要 准确力。在这种情况下，使用 Methfessel-Paxton 方法计算金属时取 N = 1 和计算半导体时取
基于VASP评估氯吡格雷抗血小板疗效方法的建立及应用
基于VASP评估氯吡格雷抗血小板疗效方法的建立及应用李明勇;石雅宁;王晖;覃丽【期刊名称】《沈阳药科大学学报》【年(卷),期】2024(41)4【摘要】目的建立直接化学发光免疫分析法检测血管扩张刺激磷蛋白(vasodilator stimulating phos-phoprotein,VASP)以评估氯吡格雷的抗血小板效果。
方法以超顺磁微粒为固相,吖啶酯为标记物,基于直接化学发光免疫分析技术建立新的检测血管扩张刺激磷蛋白磷酸化的方法,评估空白限、线性、批内精密度、回收率、热稳定性性能;同时测试全血样本,与PLT VASP/P2Y12流式检测试剂盒测定结果进行比对。
结果新方法的空白限小于0.5 ng·mL^(-1),线性范围为0.06~50.53ng·mL^(-1),批内精密度RSD小于5.0%,回收率大于90%,热稳定性结果良好,45 min完成检测,与PLT VASP/P2Y12流式检测试剂盒测定结果一致性大于95%。
结论基于直接化学发光免疫分析技术建立新的检测血管扩张刺激磷蛋白磷酸化的方法性能优异、检测时间短,与上市产品结果一致,能够给氯吡格雷临床抗血小板个体化用药提供参考。
【总页数】7页(P431-437)【作者】李明勇;石雅宁;王晖;覃丽【作者单位】湖南中医药大学药学院干细胞中药调控与应用实验室;湖南远璟生物技术有限公司;中南大学湘雅医学院【正文语种】中文【中图分类】R917;R543.31【相关文献】1.应用血栓弹力图评估ACS患者替格瑞洛与氯吡格雷抗血小板的疗效2.桃红四物汤联合氯吡格雷对稳定型冠心病病人PCI术后抗血小板的疗效评估3.基于TEG氯吡格雷/阿司匹林抗血小板方案对急性ACI患者疗效及安全性的影响4.药物涂层支架术后短期双联后应用单药氯吡格雷抗血小板治疗的疗效与出血风险5.缺血性脑卒中患者阿司匹林或氯吡格雷及其联合应用抗血小板治疗效果观察因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
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VASP常规计算测试报告黄孙超（897091619@）PhD of UOW, Australia以下只是测试内容不能保证正确可靠一、手动晶格常数优化体系为FCC的硅，具体参数设置如下：INCAR文件：System= fcc si #此行（第一行）为注释行，它的值对VASP计算没有影响。
ISTART=0; ICHARG=2 #这两个参数的作用类似，因此放在同一行。
ISTART=0和ICHARG=2表示开启一个新任务。
ENCUT=240 #截断能的大小，一般设置为1.3倍ENMAX，此处约等于ENMAX。
ENMAX的值可由命名grep ENMAX POTCAR获得。
ISMEAR=0; SIGMA=0.1 ！注意：该颜色（蓝色）字体表示某文件的内容，黑色字体为注释字体不要写到文件中，如INCAR文件的第一行只是System=fcc siKPOINTS文件：K-POINTSM #产生KPOINTS方法，非六角结构建议用Monkhorst，六角结构用Gamma，VASP只读取第一个字母，所以只写M就行。
11 11 110 0 0POTCAR 文件从势函数库中获得。
POSCAR由脚本控制文loop.sh件产生，脚本的内容如下：#! /bin/bashrm eosfit.txt #删除以前存在的eosfit.txt 文件rm WAVECARfor i in 3.5 3.6 3.7 3.8 3.9 4.0 4.1 4.2 4.3; docat >POSCAR <<!fcc:$i0.5 0.5 0.00.0 0.5 0.50.5 0.0 0.51cartesian0 0 0!mpirun -n 8 vasp-5.3 #采用mpi命令运行VASP程序，根据自己的情况修改此行，只要让VASP运行就行。
E=`grep "entropy=" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f\n", $4}'` #从OUTCAR文件中读取不包含熵的自由能，并赋给E。
V=`grep volume OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f\n", $5}'` #从OUTCAR中读取体积，并将它赋值给V。
echo $i $V $E >>eosfit.txt #即晶格常数信息（i），体积（V）和能量输出到eosfit.txt 中。
donecat >POSCAR <<! 表示从下一行开始到遇到“！”之前，把所有的内容输入到POSCAR文件中。
因此在此处当i=3.5时，POSCAR 文件为：fcc:3.50.5 0.5 0.00.0 0.5 0.50.5 0.0 0.51cartesian0 0 0用sh loop.sh命令开始计算，计算完成后用gnuplot做状态方程拟合并画图，脚本如下：!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!#This shell script is writed by SC.huang in Beijing at 2014.11.23 and its#function is to fit energy vs volume curve.#!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!set terminal postscript eps color solid linewidth 1 "Helvetica" 24set out 'eos.eps'set xlabel 'Volume 'set encoding iso_8859_1set xlabel 'Volume ({\305}^3)set ylabel 'Energy (eV)'#!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!#Attention: the following equation is copied from DC.Houzhufeng and the E#isn't the energy of#equilibrium state.f(x)=e-9.0/16.0/160.2*B0*v0*((4-b1)*(v0/x)**2-(14-3*b1)*(v0/x)**(4.0/3)+(16-3*b1)*(v0/x)**(2.0/3))e=4;B0=80;b1=0.8;v0=51fit f(x) "eosfit.txt" u 2:3 via e,B0,v0,b1plot "eosfit.txt" u 2:3 w p pt 7 ps 2 , f(x) w l lw 3 lc 7得的的拟合结如Figure 1所示，其中红色线条表示状态方程拟合结果，实点表示计算数据。
拟合参数为B0= 84.6476 GPa, V0= 14.5539 Å3, b1= 4.25363，此处B0为体弹模量，V0为平衡态体积。
如要获得平衡态的晶格常数，可用公式∛(V0×4)来计算（只适用FCC结构的原包），即3.8757 Å.Figure 1 Fcc Si 的状态方程拟合图，其中红色线条表示状态方程拟合结果，实点表示计算数据二、能带和态密度计算体系金刚石结构硅Opt：POSCAR：5.50.0 0.5 0.50.5 0.0 0.50.5 0.5 0.02Direct-0.125 -0.125 -0.125 0.125 0.125 0.130INCAR：System =Si ISTART = 0 ICHARG=2 ISMEAR =1SIGMA=0.1ISIF=3IBRION=2NSW=100 EDIFF=1E-6 EDIFFG=-5E-3#PREC= Accurate ENCUT= 340 KPOINTS：AM 11 11 11 0 0 0CONTCAR：5.50000000000000-0.0000022544903480 0.4970492452161265 0.4970518839374528 0.4970492452161265 -0.0000022544903480 0.4970518839374528 0.4970471116144493 0.4970471116144493 -0.0000003824268487 Si2Direct0.8749953664683674 0.8749953664683674 0.87750528256777660.1250046335316327 0.1250046335316327 0.1274947174322261a) DosINCAR：System = pureISTART = 1ICHARG=11ISMEAR=-5LORBIT= 11 ##为了计算PDOS#PREC= AccurateENCUT= 320Figure 2 金刚石硅的总态密度图备注：在计算态密度时，ISMEAR设置为-5，VASP手册明确指出这种方法可以很好的给出系统的态密度，同时能量计算的时候也推荐使用-5。
不足的是这种方法不能考虑分数占据，所以在计算金属的受力时会出现较大的误差，同时计算能带时不能使用-5，否则会出错。
For the calculation of the total energy in bulk materials we recommend the tetrahedron method with Blochl corrections (ISMEAR=-5). This method also gives a good account for the electronic density of states (DOS). The only drawback is that the methods is not variational with respect to the partial occupancies. Therefore the calculated forces and the stress tensor can be wrong by up to 5 to 10 % for metals. For the calculation of phonon frequencies based on forces we recommend the method of Methfessel-Paxton (ISMEAR>0). For semiconductors and insulators the forces are correct, because partial occupancies do not vary and are zero or one. （摘自VASP手册）b) BandsINCAR：System = pureISTART = 1ICHARG=11LORBIT= 10ISMEAR =0SIGMA=0.05#PREC= AccurateENCUT= 320KPOINTS：kpoints40linereciprocal0.50 0.25 0.75 1 W0.00000 0.00000 0.00000 1 G0.00000 0.00000 0.00000 1 G0.50 0.00 0.50 1 X0.50 0.00 0.50 1 X0.50 0.25 0.75 1 W0.50 0.25 0.75 1 W0.50 0.50 0.50 1 L0.50 0.50 0.50 1 L0.00000 0.00000 0.00000 1 GFigure 3 金刚石结构硅的能带图注意事项：静态计算后将CHGCAR和CHG拷贝到能带和态密度计算文件夹中，在计算能带或态密度时，INCAR当中控制计算精度的参数（如ENCUT和PREC）一定要保持和静态计算时的一致，否则就会出现下列错误：WARNING: dimensions on CHGCAR file are differentERROR: charge density could not be read from file CHGCAR for ICHARG>10特别注意的是，有时候这两个INCAR参数的精度设置成完全一样，也出现了上述错误，那么最有可能的原因是静态计算和能带计算的POSCAR文件不同。