作物育种学总论第十四章分子标记辅助选择育种

PCR-based markers
PCR: polymerase chain reaction（多聚酶链式反应）
amplification of tracts of DNA defined by border sequences that hybridize to selected DNA polymerase primers
How to use a genetic marker for marker-assisted selection
Weaver Carrier Sire
M1
M2
W
+
M1
M3 M2
M3
W
++
+
W=Weaver +=Normal
目标基因的标记筛选（gene tagging）是 进行分子标记辅助选择（MAS）育种的基 础。用于MAS育种的分子标记须具备三个 条件：
生化标记
主要包括同工酶和等位酶标记。同工酶是：指结构 不同、功能相似的酶，也即具有同一底物专一性的 不同分子形式的酶。属于一个以上基因座位编码的 酶的不同形式；而等位酶是指由一个基因座位的不 同等位基因编码的酶的不同分子形式。分析方法是 从植物组织的蛋白粗提物中通过电泳和组织化学染 色法将酶的多种形式转变成肉眼可辩的酶谱带型。
供体
M
R
受体
m
r
M
m
R
r
RR Rr rr
(1-r)2 2r(1-r) r2
目标基因与DNA标记间的遗传距离位p
亲本中DNA标记的带型
M—抗性标记 R—抗性基因 m—感病标记 r—感病基因
F1杂种中DNA标记的带型
在F2分离群体中分子标记类型 即MM,Mm,mm
利 用
MAS 的 遗 传 基 础 （以
（2）典型的AFLP分析，每次反应产物的谱带在50-100条之 间，所以一次分析可以同时检测到多个座位，且多态性 极高；
（3）表现共显性，呈典型孟德尔式遗传；
（4）分辩率高，结果可靠；
（5）目前该技术受专利保护，用于分析的试剂盒昂贵，实 验条件要求较高。但也存在假阳性带出现频繁、技术复 杂、成本高等缺点。
(一)RFLP标记 1.RFLP标记的原理
植物基因组DNA上的 碱基替换、插入、缺失 或重复等，造成某种限 制性内切酶酶切位点的 增加或丧失，从而产生 限制性片断长度多态 性。
DNA提取 基
用DNA限制性内切酶消化
本 凝胶电泳分离，转移到滤膜上
步 Southern杂交
骤 放射性自显影或酶学检测
2）特点 A 无表型效应，RFLP标记的检测不受环境条件和发育
遗传标记的类型
形态学标记（morphological marker） 细胞学标记(cytological marker) 生化标记(biochemical marker) 分子标记(molecular marker)：DNA分子遗传
标记，或DNA标记。
形态标记
即植物的外部形态特征。主要包括肉眼可见的外部特征，如： 矮秆、紫鞘、卷叶等；也包括色素、生理特性、生殖特性、 抗病虫性等有关的一些特性。 优点：形态标记简单直观、经济方便； 缺点:(1)数量在多数植物中是很有限的;(2)且多态性较差， 表现易受环境影响，(3)有一些标记与不良性状连锁。(4) 形态标记的获得需要通过诱变、分离纯合的过程，周期较 长。因此形态标记在作物遗传育种中的作用是有限的。
目前的分子标记类型
第一类是以分子杂交为核心的分子标记技术，包括RFLP、 DNA指纹技术（DNA Fingerprinting）等； 第二类是以PCR为核心的分子标记技术，包括RAPD、简单 序列重复标记SSR、序标位STS、序列特征化扩增区域 SCAR等； 第三类是一些新型的分子标记，如：SNP标记、表达序列标 签EST标记等。
• 与形态标记、细胞学标记相比，生化标记具两个方 面的优点：一是表现近中性，对植物经济性状一般 没有大的不良影响；二是直接反映了基因产物差异， 受环境影响较小。但目前可使用的生化标记数量还 相当有限，且有些酶的染色方法和电泳技术有一定 难度，因此其实际应用受到一定限制。
一、分子标记标记的类 型特点
RFLP 为 例）
MM类型的分子标记所代表的目标基 因型及其频率
选择的正确率随 重组率的增加而 迅速下降。重组 值越小，其错选 率越低。
如果要求至少选到 一株目标基因型的 概率为P，则必须选 择具有标记基因型 MM的植株至少为：
n＝log（1-P）/log（1-p）
式中p＝（1－r）2
对基因组中其他部分（即遗传背景）选择，称 为背景选择（background selections）。背景选择 的对象几乎包括了整个基因组，因此，这里 牵涉到一个全基因组选择的问题，在分离群 体中，由于在上一代形成配子时同源染色体 之间会发生交换，因此每条染色体都可能是 由双亲染色体重新组装的杂合体。
分子标记的优越性
1.克服性状表现型鉴定的困难 2.允许早期选择 3.控制单一性状的多个（等位）基因的利用 4.允许同时选择多个性状 5.可进行性状非破坏性评价和选择 6.从育种进程考虑，可加快育种进程，提高
育种效率
三.分子标记辅助选择应具备的主要条件 A：与目标基因紧密连锁的分子标记 B: 简便快捷的标记检测方法
B C 1F 1
×
B C nF n N IL
http:/soft/list/html
三、群体分离分析法与重要 农艺性状基因的标记
P:
R/R
r/r
F1:
R
r
F2:
Rr
分离 群体
抗性 鉴定
分子 标记 辅助 选择
结果 抗 感 杂 杂 杂 感 杂 抗 感 杂 抗 杂 杂 抗 感
logo一回交育种二slsmas三mas聚合育种logo受体亲本受体亲本供体亲本供体亲本不含优质基因不含优质基因含优质基因含优质基因ff11受体亲本受体亲本bcbc11目标基因定位目标基因定位标记辅助选择标记辅助选择中选中选bcbc11受体亲本受体亲本含优质基因含优质基因bcbc22bcbc33标记辅助选择标记辅助选择标记辅助选择标记辅助选择中选中选bcbc33含优质基因含优质基因新育成的优质品种新育成的优质品种受体亲本遗传本背景受体亲本遗传本背景优质基因优质基因交交目标基因的定位目标基因的定位与标记辅助回交与标记辅助回交育种相结合程序图育种相结合程序图中选中选bcbc11受体亲本受体亲本含优质基因含优质基因logo受体亲本供体亲本a无优质基因含优质基因a受体亲本供体亲本b无优质基因含优质基因bf1含优质基因af1含优质基因b复杂杂种分离群体受体亲本供体亲本c无优质基因含优质基因c中选杂种个体f1含优质基因a和b含优质基因c复杂杂种分离群体中选杂种个体受体亲本含优质基因ab和c新育成的优质品种受体亲本遗传背景优质基因ab和c回交12代标记辅助选择标记辅助选择标记辅助选择聚聚合合与与结结合合logo三提高分子标记的筛选效率一多重pcr方法二用相斥相分子标记进行育种选择三克服连锁累赘四降低mas育种的成本logomas1
分子标记的特点：
（1）直接以DNA的形式表现，表现稳定
（2）数量多
（3）多态性高 (无优质基因)
(含优质基因A)
（3）表现共显性，呈典型孟德尔式遗传；
MM类型的分子标记所代表的目标基因型及其频率
（4）表现为中性，不影响目标性状的表达； MAS增强作物抗病性（转移新的抗性基因，抗性基因的累加或聚合）
✓ 构建遗传图谱的主要环节：
① 根据遗传材料之间的多态性确定亲本组合， 建立作图群体。
② 对群体中不同植株的标记进行基因性分析。 ③ 借助计算机程序构建连锁群
构建遗传图谱，首先要选择合适的亲 本及分离群体，而且亲本之间的差异 不宜过大，否则会降低所建图谱的准 确度和适用性。
用于分子标记的遗传作图可分为两类： a)暂时性分离群体，包括F2群体、BC 等 b)永久性分离群体，包括重组自交系群 体、加倍单倍体群体等
自花授粉作物作图群体的构建方法
P1×P2
F1
F1 F1×P1
F2
F3
B1:BC1
F1×P1
F1×P1
B2:BC2
DHL
F4
异花授粉作物作图群体的构建方法 ABCDEfG
杂合F1
AbcdEf g
×
AbCDEfG
对B、D、G位点来说，相当于F2
对A、C、E位点来说，相当于测交 F位点不分离
aBCdef
Amplified frangment length Polymorphism
Simple sequence repeat
随机扩增多态性 DNA
扩增片断长度多态 性
简单序列重复
Simple mucleotide polymorphism
单核苷酸多态性
分子标记的遗传基础
标记辅助选择的主要方面是对目标基因的选择， 有人称之为前景选择（foreground selection）。 前景选择的可靠性主要取决于标记与目标基因间 连锁的紧密程度。若只用一个标记对目标基因进 行选择，则标记与目标基因间的连锁必须非常紧 密，才能够达到较高的正确率。
Requires: - target DNA - thermostable DNA polymerase (Taq) - oligonucleotide primer(s) (7-30nt) - dNTPs + Mg++
（二）RAPD标记
1.RAPD标记原理
RAPD标记的主要特点有： （1）不需DNA探针，设计引物也无须知道序列信息； （2）显性遗传（极少数共显性），不能鉴别杂合子和纯合
(受体亲本遗传背景+优质基因A、B和C)
Polymorphism
（5）许多标记表现为共显性的特点，能区别 (无优质基因)
(含优质基因B)
显性作用随着世代增加而降低，因此显性遗传QTLs的MAS效率高。
（四）降低MAS育种的成本
2 性状的遗传率
纯合体和杂合体。
（6）成本不太高
二、分子标记的原理和遗传特性
群体 形成 性状研究 对象 准确度
必要的群 体规模 分离比例
F2
F1自交后代
个体
低 大
1:2:3或3:1
BC1
F1回交后代
个体
低 大
1:1
DH
F1花粉分化 个体 品系
高 中
1:1
RIL
F2个体自交 后代 品系
高 中
1:1
不同作物群体的特点
二、近等基因系的 培育与重要农艺 性状基因的标记
P
×
F1
×
作物育种学总论第十四章分子 标记辅助选择育种
绪
分子标记辅助选择 (MAS) 的主要进展 1. 基因聚合 (gene pyramiding) 2 .基因转移 (gene transfer) 3. 数量性状的 MAS
第一节.分子标记的类型和作用原理
遗传标记（genetic marker）:指可追踪染色体、 染色体某一节段、某个基因座在家系中传递的任 何一种遗传特性。它具有两个基本特征，即可遗 传性和可识别性；因此生物的任何有差异表型的 基因突变型均可作为遗传标记。
（四）SSR
• 1.原理
• SSR标记的主要特点有： （1）数量丰富，广泛分布于整个基因 （2）具有较多的等位性变异； （3）共显性标记，可鉴别出杂合子和纯合子； （4）实验重复性好，结果可靠； （5）由于创建新的标记时需知道重复序列两端的序
列信息，因此其开发有一定困难，费用也较高。
英文缩 写
子；
（3）技术简便，不涉及分子杂交和放射性自显影等技术； （4）DNA样品需要量少，引物价格便宜，成本较低； （5）实验重复性较差，结果可靠性较低。
（三）AFLP
• 1.原理
2.AFLP标记的主要特点有：
（1）由于AFLP分析可以采用的限制性内切酶及选择性碱基 种类、数目很多，所以该技术所产生的标记数目是无限 多的；
细胞学标记
即植物细胞染色体的变异：包括染色体核型（染色 体数目、结构、随体有无、着丝粒位置等）和带型（C 带、N带、G带等）的变化。
与形态标记相比，细胞学标记的优点是能进行 一些重要基因的染色体或染色体区域定位。但细胞学 标记材料需要花费较大的人力和较长时间来培育，难 度很大；同时某些物种对染色体变异反应敏感；还有 些变异难以用细胞学方法进行检测。因此到目前为止， 真正应用于作物遗传育种研究中的细胞学标记还很少。
四、数量性状基因的定位
四.影响分子标记辅助选择 (MAS) 的因素
大量理论和实践研究表明，影响 MAS 选择效率的因素非常复杂，其中 标记与基因 (QTL) 之间的距离、目标 性状的遗传率、群体大小和性质、选 用分子标记数目以及标记与基因 (QTL) 的连锁相等是重要因子。
①分子标记与目标基因紧密连锁
②标记实用性强，重复性好，而且能够经 济简便地检测大量个体。
③不同遗传背景选择有效。
第二节 重要农艺性状基因连锁标记 的筛选技术
一、遗传图谱的构建与重要农艺性状基 因的标记
遗传作图的原理
其原理是基于染色体的交换与重组。在细胞 减数分裂时，非同源染色体上的基因相互独立， 自由组合，而位于同源染色体上的连锁基因在减 数分裂前期I非姊妹染色单体间的交换而发生基因 重组，用重组率来表示基因间的遗传距离。遗传 图谱只显示基因间在染色体上的位置，并不反映 DNA的实际长度。
阶段的影响。 B RFLP标记在等位基因之间是共显性的，因此在配制
杂交组合时不受杂交方式的影响。 C 在非等位的RFLP标记之间不存在上位效应，因而互
不干扰 D RFLP标记起源于基因组DNA的自身变异，在数量上
几乎不受限制 E DNA需要量大，检测技术繁杂，难以用于大规模的
育种实践中。在植物分子标记辅助育种中需要将RFL P转换成以PCR为基础的标记。
RFLP
STS RAPD
AFLP
SSR SNP
几种主要的ＤＮＡ分子标记
英文名称
中文名称
Restriction fragment Iength polymorphism
Sequence tagged site
限制性片段长度多 态性
序列标签位点
R andom amplified polymorPhic DNA