最新用DNAMAN画质粒图谱.ppt
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生物信息学--DNAMAN
谢谢！
DNAMAN的.31
DNAMAN定义：
、 DNAMAN 是一种常用的核酸序列分析软件，由美 国 Lynnon Biosoft 公司开发的高度集成化的分子生物学应 用软件,可以用于多重序列比对、PCR 引物设计、限制性酶 切分析、质粒绘图、序列同源性分析等，已成为一种普遍
三、序列同源性分析
序列同源性分析
四、画质粒图谱
核酸序列分析
1、 核酸序列的检索 :80/entrez/query.f cgi?db=Nucleotide 2、核酸序列的同源性分析 2.1 基于NCBI/Blast软件的核酸序列同源性分 析 /blast/blast.cgi 2.2 核酸序列的两两比较 /gorf/bl2.html
3、 cDNA的基因组序列分析 3.1 通过从NCBI查询全部基因组数据库进行基因 组序列的分析 /genome/seq/page.cgi ?F=HsBlast.html&&ORG=Hs 3.2 通过从Sanger Centre查询基因组数据库进行 基因组序列的分析 /HGP/blast_server.shtml
4、核酸序列的开放阅读框架分析 基于NCBI/ORF finder的ORF分析 /gorf/gorf.html 5、 基因组序列的初步分析 5.1基因组序列的内含子/外显子分析 /urllists/genefind.htm 5.2 基因组序列的启动子分析 /projects/promoter.html
使用的DNA 序列分析工具。
DNAMAN 功能简介：
将待分析序列装入Channal 以不同形式显示序列 DNA序列的限制性酶切位点分析 DNA序列对比分析 序列同源性分析 PCR引物设计 画质粒图谱
质粒图谱大全
（转载）一.九种表达载体Pllp-OmpA, pllp-STII, pMBP-P, pMBP-C,pET-GST, pET-Trx, pET-His, pET-CKS, pET-DsbA二.克隆载体pTZ19RDNApUC57DNAPMD18TPQE30pUC18pUC19pTrcHisApTrxFuspRSET-ApRSET-BpVAX1PBR322pbv220pBluescriptIIKS( )L4440pCAMBIA-1301pMAL-p2XpGD926三.PET系列表达载体ProteinExpression?ProkaryoticExpression?pETDsbFusionSystems39band40b ProteinExpression?ProkaryoticExpression?pETExpressionSystem33b ProteinExpression?ProkaryoticExpression?pETExpressionSystems ProteinExpression?ProkaryoticExpression?pETExpressionSystemsplusCompetentCells ProteinExpression?ProkaryoticExpression?pETGSTFusionSystems41and42 ProteinExpression?ProkaryoticExpression?pETNusAFusionSystems43.1and44 ProteinExpression?ProkaryoticExpression?pETVectorDNAProteinPurification?PurificationSystems?Strep?TactinResinsandPurificationKits四.PGEX系列表达载体TEcoR?pGEX-1I/BAPpGEX-2TpGEX-2TKpGEX-3XpGEX-4T-1pGEX-4T-2pGEX-4T-3pGEX-5X-1pGEX-5X-2pGEX-5X-3pGEX-6P-1pGEX-6P-2pGEX-6P-3五.PTYBsystemPTYB1PTYB2PTYB11PTYB12六.真核表达载体pCDNA3.1(-)pCDNA3.1( )pPICZalphaApGAPZαAPYES2.0pBI121pEGFP-N1pEGFP-C1pPIC9KpPIC3.5K如何阅读分析质粒图谱载体主要有病毒和非病毒两大类,其中质粒DNA是一种新的非病毒转基因载体。
DNAman使用方法教学课件ppt
基因组浏览器
总结词
DnaMan具备可视化基因组浏览器，方便用户查看基因组结构和基因注释。
详细描述
DnaMan的基因组浏览器支持多种基因组数据可视化展示，包括基因注释、基因 转录本、SNP、重复序列等，可帮助用户深入分析基因组结构及功能。
分子进化分析
总结词
DnaMan支持分子进化分析，可探究物种间的亲缘关系和演 化历程。
详细描述
DnaMan的分子进化分析功能包括多种进化树构建方法，如 NJ树、MP树、ML树等，并提供了丰富的分子进化分析工具 ，如PAML、CODEML等。
04
DnaMan使用中的常见问题及解决 办法
序列导入问题
总结词
在导入序列时遇到的各种问题，如格式不正确、文件名限制等。
详细描述
DnaMan支持多种格式导入，如FASTA、GenBank等，但常因格式问题导致 导入失败；另外，序列文件名中不能含有特殊字符，否则无法导入。
DnaMan具备强大的序列编辑、可视化和注释功能，同时提 供了大量内置的分析工具和数据库，方便用户进行各种生物 信息学研究。
DnaMan的起源与发展
1
DnaMan起源于20世纪90年代末期，由美国一 家生物技术公司开发。
2
经过多年的发展和不断更新，DnaMan已经成 为了生物信息学领域中广受欢迎的工具之一。
插入视频
添加注释
在课件中插入DnaMan软件操作视频，以 便学生更好地了解软件操作流程和功能使用 方法。
对于一些复杂的操作和功能，可以添加注释 来帮助学生更好地理解和记忆。
演示教学课件的技巧
熟悉课件
在演示教学课件前，需要熟悉课 件的内容和排版，以便更好地讲 解。
互动教学
质粒DNA的提取和纯化 PPT
电泳鉴定
• 其中超螺旋结构泳动最快； • 其次为线性结构； • 最慢的可能是复制中间体（没有复制完的两
个质粒连在一起）；
感谢您的聆听！
eppendorf管数次，以混匀内容物（千万不要振荡），冰浴 2分钟。
5、加入150μl预冷的溶液Ⅲ，盖紧管口，颠倒混匀，冰浴中
5-10分钟，4℃下12000g离心10分钟。
6、上清液（450uL）移入干净eppendorf管中，加入等体积的
饱和酚（1:1），充分颠倒混匀，4℃下12000g离心10分钟。
溶液III——中和溶液，复性质粒DNA；
酚/氯仿（1:1）
分为两层，上层为水层，下层为酚氯仿 混合液。吸取时不要震荡。
酚——变性蛋白质； 氯仿——萃取溶液中的酚；
乙醇
无水乙醇（2倍体积）——沉淀质粒 DNA；
70%乙醇——洗涤质粒DNA沉淀， 除去沉淀中的盐分；
琼脂糖凝胶
• 从琼脂中除去带电荷的琼脂胶后，剩下的不含磺 酸基团、羧酸基团等带电荷基团的中性部分，结 构是链状的聚半乳糖，易溶于沸水，冷却后可依 靠糖基间的氢键引力形成网状结构的凝胶。
溶液I
• 50mmol/L葡萄糖，25mmol/ L T r i s. Cl（ pH8.0），10mmol/L EDTA（pH8.0）。 溶液Ⅰ可成批配制，每瓶100ml，高压灭菌 15分钟，储存于4℃冰箱
溶液I：重悬细菌； 葡萄糖：比重大，使细菌不易沉淀； Tris－HCl：缓冲体系； EDTA：螯合金属离子；
• 凝胶的网孔大小和凝胶的机械强度取决于琼脂糖 浓度。因此琼脂糖凝胶可作为分子筛，常用于凝 胶层析和电泳。
电泳
6×loading buffer 2l
样品
10l
质粒图谱阅读.pptx
*2-direction insertion
双向插入
*self-reconnection
自身环化
*no easy way of retrieving
the insert
重新筛选插入的片断困难
9
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A1 A
2 vector
B
2 A
vector 1
B
平齐末端连接时，插入的方向是 随机的，称为双向插入。会给后续 的工作造成很多麻烦。
原理 目的基因编码的蛋白质作为抗原，用特异
性抗体与之反应，再根据颜色等变化，筛选出菌
落
。
方法 在琼脂平板上的菌落，转移到尼龙滤膜上，
若某菌落带有目的基因，并可表达该目的基因所
编码的蛋白质，则加入该蛋白质的特异抗体，可
与该菌落结合，附着在滤膜上，不会被洗掉。该
抗体可携带酶或荧光，易于检测。
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36
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37
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完整的LacZ基因内，经过改造加入了多克隆位点，但并不影响LacZ基因的 表达。
当质粒转化细胞后，完整的LacZ基因表达产物与细菌的有关基因表达产物 共同组成有功能的半乳糖苷酶，该酶把无色的X-gal切割成半乳糖和蓝色的5－溴 －4－氯－靛蓝，使得菌落呈现蓝色。
some cells (actually, very few) become
transformed: they acquire recombinant vector
Pseudo-positive
DNA.
positive
27
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第四节 重组子的筛选与鉴定
28
质粒DNA制备课件
四、质粒DNA的提取和纯化
（一）、质粒提取的主要步骤
1．细菌的培养：
先分离单个菌落， 接种到含少量适当抗 生素的培养基中扩增，随着细菌的生长， 质粒DNA也在自主复制。
对于松弛型质粒，由于它的复制在一定程 度上受到宿主细胞的控制，故在细菌对数 生长后期，加入氯霉素抑制宿主蛋白质的 合成和染色体DNA的复制。质粒DNA的复制 不受影响而大量扩增。
4．细菌的培养与收集
细菌生长过程中的代谢废物和脱落的细 胞壁成分，也会影响到质粒的质量和内切 酶酶解效果。所以离心收集细菌时，上清 液应去除干净，最好用STE或生理盐水再 悬浮，漂洗菌体1-2次。
（四）碱裂解法原理：
在pHl2.0-12.6碱性环境中，线性的大 分子量细菌染色体DNA变性，而共价闭 环(CC)质粒DNA仍为自然状态。
2. pUC系统
如pUCl8和pUCI9，由pBR322的ampr基因和 复制子，以及大肠杆菌部分1acZ基因和一 个多种限制性内切酶单一位点的接头构成， 全长2 666bp，pUCl8和pUCl9所含多位点 接头的方向正好相反。
3．表达载体
载体含有tac启动子、Lac操纵基因、 SD序列、Lac I阻遏蛋白基因等。
4. 转移性
在自然条件下，很多质粒都可以通过 一种称为细菌接合的作用转移到新宿 主内。
5. 选择的标记
质粒应带有一个或几个可供选择的标 记，便于对转化株的筛选。
常用来作为标记的有氨苄青霉素抗性 (ampicillin resistance，ampr)基因， 此基因编码β—内酰胺酶，该酶能水 解氨苄青霉素的β—内酰胺环使之失 效，从而赋予细菌抗药性。
质粒DNA制备
一、质粒简介
质粒是细菌内独立于染色体并能自我复制 的小环状DNA分子
【新教材人教版生物】DNA的结构PPT完美课件2
A=50%–23%=27%
2、在DNA的一个单链中，A+G/T+C=0.4，上述比例在其 互补链和整个DNA分子中分别是多少？
2.5 1 ; 若DNA的一个单链中，A+T/G+C=0.4，上述比例在其互 补链和整个DNA分子中分别是多少？
0.4 0.4
1.某DNA分子的腺嘌呤数占22％，那么，
胞嘧啶的分子数占（ C ）
A2+G2 T2+C2
=
1 n
=1
T+C
DNA双链
A1
T2
T1
A2
G1
C2
C1
G2
4.某碱基占双链DNA碱基总数的比例等
于相应碱基占相应单链比例和的一半。
如：
DNA双链
A% = （A1%+A2%）
A1
T2
2
T1
A2
G1
C2
C1
G2
有关DNA中的碱基计算
1、某双链DNA分子中，G占23%，求A占多少？ 解析： 因为DNA分子中，A+G=T+C。所以，
＋G）分别是多少？ 1/x、1
已知DNA分子的两条链分别为α，β，已知α 链中的腺嘌呤在该链中占24%，β链中的 腺嘌呤占该链的28%，则腺嘌呤在整个
DNA分子中占的比例为_2__6_%___
规律：某碱基在DNA分子中所占比例为其 在两条单链中所占比值的平均值
某双链DNA分子中，鸟嘌呤与胞嘧啶之和占
DNA分子的结构
1953,美国生物学家沃森和英国物理学家克 里克构建了DNA双螺旋结构模型，标志着生物学 研究已进入分子水平
DNA的基本组成单位：脱氧（核糖）核苷酸
磷酸
2、在DNA的一个单链中，A+G/T+C=0.4，上述比例在其 互补链和整个DNA分子中分别是多少？
2.5 1 ; 若DNA的一个单链中，A+T/G+C=0.4，上述比例在其互 补链和整个DNA分子中分别是多少？
0.4 0.4
1.某DNA分子的腺嘌呤数占22％，那么，
胞嘧啶的分子数占（ C ）
A2+G2 T2+C2
=
1 n
=1
T+C
DNA双链
A1
T2
T1
A2
G1
C2
C1
G2
4.某碱基占双链DNA碱基总数的比例等
于相应碱基占相应单链比例和的一半。
如：
DNA双链
A% = （A1%+A2%）
A1
T2
2
T1
A2
G1
C2
C1
G2
有关DNA中的碱基计算
1、某双链DNA分子中，G占23%，求A占多少？ 解析： 因为DNA分子中，A+G=T+C。所以，
＋G）分别是多少？ 1/x、1
已知DNA分子的两条链分别为α，β，已知α 链中的腺嘌呤在该链中占24%，β链中的 腺嘌呤占该链的28%，则腺嘌呤在整个
DNA分子中占的比例为_2__6_%___
规律：某碱基在DNA分子中所占比例为其 在两条单链中所占比值的平均值
某双链DNA分子中，鸟嘌呤与胞嘧啶之和占
DNA分子的结构
1953,美国生物学家沃森和英国物理学家克 里克构建了DNA双螺旋结构模型，标志着生物学 研究已进入分子水平
DNA的基本组成单位：脱氧（核糖）核苷酸
磷酸
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添加多克隆位点
在多克隆位点处添加酶切位点
使用“Adding site”功能把HindIII, SmaI, PstI, KpnI和 XbaI位点分别加在1320，1330，1340，1350和1360位置。
添加ori
移动一个对象
将鼠标移动到任何对 象上面使显示十字形后， 即可进行任意移动。
操作练习
方法 Draw a new map
单击此处
1. 创建图谱
ห้องสมุดไป่ตู้双击图形区
名称: pXYZ, 尺寸: 2000
修改字体
双击此处
点击此处
修改字体
设为“粗体”、16号字
2. 添加酶切位点
3、进行设定 1、单点此处
2、单击此处
3. 添加元素
1、单击此处 2、单击此处
进行设定
完成后点击OK得到右图
用DNAMAN画质粒图谱
2010年06月
打开DNAMAN程序
单击此处
DNAMAN
质粒绘图
双击图形区
Properties General
环状
线条粗细 质粒直径
Properties Elements
Properties Text
Properties Sites
示例
用DNAMAN的质粒绘图功能画一幅图如下.