pBR322DNA的限制酶切位点图
限制性内切酶酶切位点_方便搜索
GACGTC CTGCAGAcc65I 识别位点 GTMKAC CAKMTGAccI 识别位点 GTMKAC CAKMTGAciI 识别位点 CCGC GGCGAclI识别位点 AACGTT TTGCAAAcuI 识别位点 CTGAAG GACTTCAfeI 识别位点 AGCGCT TCGCGACTTAAG GAATTCAflIII 识别位点 ACRYGT TGYRCAAgeI识别位点 ACCGGT TGGCCAAhdI 识别位点 GACNNNNNGTC CTGNNNNNCAGAleI 识别位点 CACNNNNGTG GTGNNNNCACAluI识别位点 AGCT TCGAAlwI 识别位点 GGATC CCTAGCAGNNNCTG GTCNNNGACApaI 识别位点 GGGCCC CCCGGGApaLI识别位点 GTGCAC CACGTGApeKI 识别位点 GCWGC CGWCGApoI 识别位点 RAATTY YTTAARAscI识别位点 GGCGCGCC CCGCGCGGAseI 识别位点 ATTAAT TAATTAGCGATCGC CGCTAGCGAvaI 识别位点 CYCGRG GRGCYCAvaII 识别位点 GGWCC CCWGGAvrII 识别位点 CCTAGG GGATCCBaeI 识别位点 NACNGTAYCNBamHI识别位点 GGATCC CCTAGGBanI 识别位点 GGYRCC CCRYGGGRGCYC CYCGRGBbsI 识别位点 GAAGAC CTTCTGBbvCI 识别位点 CCTCAGC GGAGTCGBbvI 识别位点 GCAGC CGTCGBccI识别位点 CCATC GGTAGBceAI 识别位点 ACGGC TGCCGBcgI 识别位点 CGANTGN GCTNACGGTATCC CATAGGBclI 识别位点 TGATCA ACTACTBfaI 识别位点 CTAG GATCBfuAI 识别位点 ACCTGC TGGACGBglI 识别位点 GCCNNNNNGGC CGGNNNNNCCGBglII 识别位点 AGATCT TCTAGABlpI 识别位点 GCTNAGC CGANTCGGKGCMC CMCGKGBmgBI 识别位点 CACGTC GTGCAGBmrI 识别位点 ACTGGGN TGACCCNBmtI 识别位点 GCTAGC CGATCGBpmI识别位点 CTGGAGN GACCTCNBpu10I 识别位点 CCTNAGC GGANTCGBpuEI 识别位点 CTTGAGN GAACTCNYACGTR RTGCAYBsaBI 识别位点 GATNNNNATC CTANNNNTAGBsaHI识别位点 GRCGYC CYGCRGBsaI 识别位点 GGTCTCN CCAGAGNBsaJI 识别位点 CCNNGG GGNNCCBsaWI识别位点 WCCGGW WGGCCWBsaXI 识别位点 NACNCTCCN NTGNGAGGNGAGGAGN CTCCTCNBseYI 识别位点 CCCAGC GGGTCGBsgI识别位点 GTGCAG CACGTCBsiEI 识别位点 CGRYCG GCYRGCBsiHKAI 识别位点 GWGCWC CWCGWGBsiWI 识别位点 CGTACG GCATGCBslI 识别位点 CCNNNNNNNGG GGNNNNNNNCCGTCTCN CAGAGNBsmBI识别位点 CGTCTCN GCAGAGNBsmFI 识别位点 GGGAC CCCTGBsmI 识别位点 GAATGCN CTTACGNBsoBI识别位点 CYCGRG GRGCYCBsp1286I 识别位点 GDGCHC CHCGDGBspCNI 识别位点 CTCAGN GAGTCNATCGAT TAGCTABspEI 识别位点 TCCGGA AGGCCTBspHI识别位点 TCATGA AGTACTBspMI 识别位点 ACCTGCN TGGACGNBspQI识别位点 GCTCTTCN CGAGAAGNBsrBI 识别位点 CCGCTC GGCGAGBsrDI 识别位点 GCAATGNN CGTTACNNRCCGGY YGGCCRBsrGI 识别位点 TGTACA ACATGTBsrI识别位点 ACTGGN TGACCNBssHII 识别位点 GCGCGC CGCGCGBssKI 识别位点 CCNGG GGNCCBssSI识别位点 CACGAG GTGCTCBstAPI 识别位点 GCANNNNNTGC CGTNNNNNACGTTCGAA AAGCTTBstEII 识别位点 GGTNACC CCANTGGBstNI识别位点 CCWGG GGWCCBstUI 识别位点 CGCG GCGCBstXI 识别位点 CCANNNNNNTGG GGTNNNNNNACCBstYI识别位点 RGATCY YCTAGRBstZ17I 识别位点 GTATAC CATATGCCTNAGG GGANTCCBtgI 识别位点 CCRYGG GGYRCCBtgZI识别位点 GCGATG CGCTACBtsCI 识别位点 GCAGTGNN CGTCACNNBtsI 识别位点 GCAGTGNN CGTCACNNCac8I识别位点 GCNNGC CGNNCGClaI 识别位点 ATCGAT TAGCTANCAANGTGGN NGTTNCACCNCviAII 识别位点 CATG GTACCviKI-1识别位点 RGCY YCGRCviQI 识别位点 GTAC CATGDdeI识别位点 CTNAG GANTCDpnI 识别位点 GATC CTAGDpnII识别位点 GATC CTAGTTTAAA AAATTTDraIII识别位点 CACNNNGTG GTGNNNCACDrdI 识别位点 GACNNNNNNGTC CTGNNNNNNCAGEaeI 识别位点 YGGCCR RCCGGYEagI识别位点 CGGCCG GCCGGCEarI 识别位点 CTCTTC GAGAAGEciI 识别位点 GGCGGA CCGCCTEcoNI识别位点 CCTNNNNNAGG GGANNNNNTCCEcoO109I 识别位点 RGGNCCY YCCNGGREcoP15I识别位点 CAGCAG GTCGTCEcoRI 识别位点 GAATTC CTTAAGEcoRV 识别位点 GATATC CTATAGFatI 识别位点 CATG GTACFauI 识别位点 CCCGC GGGCGFnu4HI 识别位点 GCNGC CGBCGFokI 识别位点 GGATGN CCTACNFseI 识别位点 GGCCGGCC CCGGCCGGFspI 识别位点 TGCGCA ACGCGTHaeII识别位点 RGCGCY YCGCGRHaeIIIHgaI 识别位点 GACGC CTGCGHhaI 识别位点 GCGC CGCGHincII识别位点 GTYRAC CARYTGHindIII 识别位点 AAGCTT TTCGAAHinfI 识别位点 GANTC CTNAGHinP1I识别位点 GCGC CGCGHpaI 识别位点 GTTAAC CAATTGHpaII 识别位点 CCGG GGCCHphI 识别位点 GGTGA CCACTHpy188I 识别位点 TCNGA AGNCTHpy188III 识别位点 TCNNGA AGNNCTHpy99I识别位点 CGWCG GCWGCHpyA V 识别位点 CCTTC GGAAGHpyCH4III 识别位点 ACNGT TGCCAHpyCH4IVHpyCH4V 识别位点 TGCA ACGTKasI 识别位点 GGCGCC CCGCGGGGTACC CCATGGMboI 识别位点 GATC CTAGMboII 识别位点 GAAGA CTTCTMfeI 识别位点 CAATTG GTTAACMluI识别位点 ACGCGT TGCGCAMlyI 识别位点 GAGTC CTCAGMmeI 识别位点 TCCRAC AGGYTGCCTC GGAGMscI 识别位点 TGGCCA ACCGGTMseI识别位点 TTAA AATTMslI 识别位点 CAYNNNNRTG GTRNNNNYACMspA1I 识别位点 CMGCKG GKCGMCMspI识别位点 CCGG GGCCMwoI 识别位点 GCNNNNNNNGC CGNNNNNNNCGGCCGC CGGCCGNarI 识别位点 GGCGCC CCGCGGNciI 识别位点 CCSGG GGSCCNcoI 识别位点 CCATGG GGTACCNdeI识别位点 CATATG GTATACNgoMIV 识别位点 GCCGGC CGGCCGNheI 识别位点 GCTAGC CGATCGCATG GTACNlaIV 识别位点 GGNNCC CCNNGGNmeAIII识别位点 GCCGAG CGGCTCNotI识别位点 GCGGCCGC CGCCGGCGNruI 识别位点 TCGCGA AGCGCTNsiI识别位点 ATGCAT TACGTANspI 识别位点 RCATGY YGTACRTTAATTAA AATTAATTPaeR7I 识别位点 CTCGAG GAGCTCPciI识别位点 ACATGT TGTACAPflFI 识别位点 GACNNNGTC CTGNNNCAGPflMI 识别位点 CCANNNNNTGG GGTNNNNNACCPhoI 识别位点 GGCCPleI 识别位点 GAGTCN CTCAGNGTTTAAAC CAAATTTGPmlI识别位点 CACGTG GTGCACPpuMI 识别位点 RGGWCCY YCCWGGRPshAI 识别位点 GACNNNNGTC CTGNNNNCAGPsiI识别位点 TTATAA AATATTPspGI 识别位点 CCWGG GGWCCPspOMI 识别位点 GGGCCC CCCGGGVCTCGAGB BGAGCTCVPstI 识别位点 CTGCAG GACGTCPvuI 识别位点 CGATCG GCTAGCPvuII 识别位点 CAGCTG GTCGACRsaI识别位点 GTAC CATGRsrII 识别位点 CGGWCCG GCCWGGCSacI 识别位点 GAGCTC CTCGAGCCGCGG GGCGCCSalI 识别位点 GTCGAC CAGCTGSapI识别位点 GCTCTTCN CGAGAAGNSau3AI 识别位点 GATC CTAGSau96I 识别位点 GGNCC CCNGGSbfI识别位点 CCTGCAGG GGACGTCCScaI 识别位点 AGTACT TCATGACCNGG GGNCCSexAI 识别位点 ACCWGGT TGGWCCASfaNI 识别位点 GCATCN CGTAGNSfcI 识别位点 CTRYAG GAYRTCSfiI 识别位点GGCCNNNNNGGCC CCGGNNNNNCCGGSfoI 识别位点 GGCGCC CCGCGGSgrAI 识别位点 CRCCGGYG GYGGCCRCCCCGGG GGGCCCSmlI 识别位点 CTYRAG GARYTCSnaBI 识别位点 TACGTA ATGCATSpeI 识别位点 ACTAGT TGATCASphI 识别位点 GCATGC CGTACGSspI 识别位点 AATATT TTATAAStuI 识别位点 AGGCCT TCCGGACCNGG GGNCCStyI 识别位点 GCWWGG GGWWCCSwaI识别位点 ATTTAAAT TAAATTTATaq αI 识别位点 TCGA AGCTTfiI 识别位点 GAWTC CTWAGTliI 识别位点 CTCGAG GAGCTCTseI 识别位点 GCWGC CGWCGGTSAC CASTGTsp509I 识别位点 AATT TTAATspMI 识别位点 CCCGGG GGGCCCTspRI 识别位点 NNCASTGNN NNGTSACNNTth111I 识别位点 GACNNNGTC CTGNNNCAGXbaI 识别位点 TCTAGA AGATCTXcmI 识别位点CCANNNNNNNNNTGG GGTNNNNNNNNNACCXhoI识别位点CTCGAG GAGCTCXmaI识别位点CCCGGG GGGCCCXmnI识别位点GAANNNNTTC CTTNNNNAAGZraI识别位点GACGTC CTGCAG。
限制性酶酶切位点图谱ydl
FastDigest® BlpI (Bpu1102I) FastDigest® Bme1580I (BseSI) FastDigest® BmtI (BspOI) FastDigest® BplI* FastDigest® BpmI (GsuI) FastDigest® Bpu10I FastDigest® BsaAI (Ppu21I) FastDigest® BsaBI (BseJI) FastDigest® BsaHI (Hin1I) FastDigest® BsaJI (BseDI) FastDigest® BseGI FastDigest® BseNI FastDigest® BseXI FastDigest® Bsh1236I FastDigest® BsiEI (Bsh1285I) FastDigest® BsiWI (Pfl23II) FastDigest® BslI (BseLI) FastDigest® BsmBI (Esp3I)* FastDigest® BsmFI (FaqI)* FastDigest® Bsp119I FastDigest® Bsp120I FastDigest® Bsp1286I (SduI) FastDigest® Bsp1407I FastDigest® BspCNI (BseMII)* FastDigest® BspHI (PagI) FastDigest® BspMI (BveI)* FastDigest® BsrBI (MbiI) FastDigest® BsrDI (BseMI) FastDigest® BsrFI (Cfr10I) FastDigest® BssHII (PteI) FastDigest® Bsu36I (Eco81I) FastDigest® BstXI FastDigest® BstZ17I (Bst1107I) FastDigest® ClaI (Bsu15I) FastDigest® Csp6I FastDigest® DdeI (HpyF3I) FastDigest® DpnI FastDigest® DraI FastDigest DraIII (AdeI)
(完整版)常用限制性内切酶酶切位点汇总,推荐文档
Acc65I识别位点AccI识别位点AciI识别位点AclI识别位点AcuI识别位点AfeI识别位点AflII识别位点AflIII识别位点AgeI识别位点AhdI识别位点AleI识别位点AluI识别位点AlwI识别位点AlwNI识别位点ApaI识别位点ApaLI识别位点ApeKI识别位点ApoI识别位点AscI识别位点AseI识别位点AsiSI识别位点AvaI识别位点AvaII识别位点AvrII识别位点BaeI识别位点BamHI识别位点BanI识别位点BanII识别位点BbvCI识别位点BbvI识别位点BccI识别位点BceAI识别位点BcgI识别位点BciVI识别位点BclI识别位点BfaI识别位点BfuAI识别位点BglI识别位点BglII识别位点BlpI识别位点Bme1580I识别位点BmgBI识别位点BmrI识别位点BmtI识别位点BpmI识别位点Bpu10I识别位点BpuEI识别位点BsaAI识别位点BsaBI识别位点BsaHI识别位点BsaI识别位点BsaJI识别位点BsaWI识别位点BsaXI识别位点BseRI识别位点BseYI识别位点BsiEI识别位点BsiHKAI识别位点BsiWI识别位点BslI识别位点BsmAI识别位点BsmBI识别位点BsmFI识别位点BsmI识别位点BsoBI识别位点Bsp1286I识别位点BspCNI识别位点BspDI识别位点BspEI识别位点BspHI识别位点BspMI识别位点BspQI识别位点BsrBI识别位点BsrDI识别位点BsrFI识别位点BsrGI识别位点BsrI识别位点BssHII识别位点BssKI识别位点BssSI识别位点BstAPI识别位点BstBI识别位点BstEII识别位点BstNI识别位点BstXI识别位点BstYI识别位点BstZ17I识别位点Bsu36I识别位点BtgI识别位点BtgZI识别位点BtsCI识别位点BtsI识别位点Cac8I识别位点ClaI识别位点CspCI识别位点CviAII识别位点CviKI-1识别位点CviQI识别位点DdeI识别位点DpnI识别位点DpnII识别位点DraI识别位点DraIII识别位点DrdI识别位点EaeI识别位点EaeI识别位点EagI识别位点EarI识别位点EciI识别位点EcoNI识别位点EcoO109I识别位点EcoP15I识别位点EcoRI识别位点EcoRV识别位点FatI识别位点FauI识别位点Fnu4HI识别位点FokI识别位点FseI识别位点FspI识别位点HaeII识别位点HaeIIIHgaI识别位点HhaI识别位点HincII识别位点HindIII识别位点HinfI识别位点HinP1I识别位点HpaI识别位点HpaII识别位点HphI识别位点Hpy188I识别位点Hpy188III识别位点Hpy99I识别位点HpyAV识别位点HpyCH4III识别位点HpyCH4IV HpyCH4V识别位点KasI识别位点KpnI识别位点MboI识别位点MboII识别位点MfeI识别位点MluI识别位点MlyI识别位点MmeI识别位点MnlI识别位点MscI识别位点MseI识别位点MslI识别位点MspA1I识别位点MspI识别位点MwoI识别位点NaeI识别位点NarI识别位点NciI识别位点NdeI识别位点NgoMIV识别位点NheI识别位点NlaIII识别位点NlaIV识别位点NmeAIII识别位点NotI识别位点NruI识别位点NsiI识别位点NspI识别位点PacI识别位点PaeR7I识别位点PciI识别位点PflFI识别位点PflMI识别位点PhoI识别位点PleI识别位点PmeI识别位点PmlI识别位点PpuMI识别位点PshAI识别位点PsiI识别位点PspGI识别位点PspOMI识别位点PspXI识别位点PstI识别位点PvuI识别位点PvuII识别位点RsrII识别位点SacI识别位点SacII识别位点SalI识别位点SapI识别位点Sau3AI识别位点Sau96I识别位点SbfI识别位点ScaI识别位点ScrFI识别位点SexAI识别位点SfaNI识别位点SfcI识别位点SfiI识别位点SfoI识别位点SgrAI识别位点SmaI识别位点SmlI识别位点SnaBI识别位点SpeI识别位点SphI识别位点SspI识别位点StuI识别位点StyD4I识别位点StyI识别位点SwaI识别位点TaqαI识别位点TfiI识别位点TseI识别位点Tsp45I识别位点Tsp509I识别位点TspMI识别位点TspRI识别位点Tth111I识别位点XbaI识别位点XcmI识别位点XhoI识别位点XmaI识别位点XmnI识别位点ZraI识别位点。
pBR322质粒
pBR322质粒【图谱】：pBR322质粒载体的基因组图谱如下：pBR322质粒DNA分子的长度为4363bp，此载体中有两个标记基因，一个是氨苄青霉素抗性基因（Apr），另一个是四环素抗性基因（Tetr）。
现在已知pBR322DNA分子共有24种核酸内切限制酶的单一识别位点。
其中7种限制酶（从12：00位置按顺时针方向）即EcoRV、NheI、BamHI、SphI、SalI、XmaIII和NruI的识别位点位于四环素抗性基因内部，另外有2 种限制酶即ClaI和HindIII的识别位点是存在于这个基因的启动区内，在这9个限制位点上插入外源DNA都会导致tetr的失活。
3种限制酶即ScaI、PvuI和PstI的识别位点位于氨苄青霉素抗性基因内，在这些位点插入外源DNA则会导致ampr基因的失活。
由pBR322质粒载体的结构可知其具有如下优点：（1）具有较小的分子量。
经验表明，为了避免在DNA的纯化过程中发生链的断裂，克隆载体的分子大小最好不要超过10Kb。
pBR322质粒这种小分子量的特点，不仅易于自身DNA的纯化，而且可容纳较大的外源DNA片段；（2）具有两种抗菌素抗性基因可供作转化子的选择记号，能指示载体或重组DNA分子是否进入宿主细胞以及外源DNA分子是否插入载体分子形成了重组子。
标记基因往往可以赋予宿主细胞一种新的表型，这种转化细胞可明显地区别于非转化细胞。
当我们把一个DNA 片段插入到某一个标记基因内时，该基因就失去了相应的功能。
当把这种重组DNA分子转到宿主细胞后，该基因原来赋予的表型也就消失了。
要是仍保留了原来表型的转化细胞，细胞内含有的DNA分子一定不是重组子。
很显然，既要指示外源DNA是否进入了宿主细胞，又要指示载体DNA分子中是否插入了外源DNA片段，那么这种载体必须至少具有两个标记基因。
另外，pBR322质粒载体还具较高的拷贝数，而且经过氯霉素扩增之后，每个细胞中可积累1000~3000个拷贝，这就为重组体DNA的制备提供了极大的方便。
pBR322质粒
pBR322质粒【图谱】：pBR322质粒载体的基因组图谱如下：pBR322质粒DNA分子的长度为4363bp，此载体中有两个标记基因，一个是氨苄青霉素抗性基因（Apr），另一个是四环素抗性基因（Tetr）。
现在已知pBR322DNA分子共有24种核酸内切限制酶的单一识别位点。
其中7种限制酶（从12：00位置按顺时针方向）即EcoRV、NheI、BamHI、SphI、SalI、XmaIII和NruI的识别位点位于四环素抗性基因内部，另外有2 种限制酶即ClaI和HindIII的识别位点是存在于这个基因的启动区内，在这9个限制位点上插入外源DNA都会导致tetr的失活。
3种限制酶即ScaI、PvuI和PstI的识别位点位于氨苄青霉素抗性基因内，在这些位点插入外源DNA则会导致ampr基因的失活。
由pBR322质粒载体的结构可知其具有如下优点：（1）具有较小的分子量。
经验表明，为了避免在DNA的纯化过程中发生链的断裂，克隆载体的分子大小最好不要超过10Kb。
pBR322质粒这种小分子量的特点，不仅易于自身DNA的纯化，而且可容纳较大的外源DNA片段；（2）具有两种抗菌素抗性基因可供作转化子的选择记号，能指示载体或重组DNA分子是否进入宿主细胞以及外源DNA分子是否插入载体分子形成了重组子。
标记基因往往可以赋予宿主细胞一种新的表型，这种转化细胞可明显地区别于非转化细胞。
当我们把一个DNA 片段插入到某一个标记基因内时，该基因就失去了相应的功能。
当把这种重组DNA分子转到宿主细胞后，该基因原来赋予的表型也就消失了。
要是仍保留了原来表型的转化细胞，细胞内含有的DNA分子一定不是重组子。
很显然，既要指示外源DNA是否进入了宿主细胞，又要指示载体DNA分子中是否插入了外源DNA片段，那么这种载体必须至少具有两个标记基因。
另外，pBR322质粒载体还具较高的拷贝数，而且经过氯霉素扩增之后，每个细胞中可积累1000~3000个拷贝，这就为重组体DNA的制备提供了极大的方便。
限制性内切酶酶切位点汇总
限制性内切酶酶切位点汇总Acc65I识别位点AccI识别位点AciI识别位点AclI识别位点AcuI识别位点AfeI识别位点AflII识别位点AflIII识别位点AgeI识别位点AhdI识别位点AleI识别位点AluI识别位点AlwI识别位点AlwNI识别位点ApeKI识别位点ApoI识别位点AscI识别位点AseI识别位点AsiSI识别位点AvaI识别位点AvaII识别位点AvrII识别位点BaeI识别位点BamHI识别位点BanI识别位点BanII识别位点BbvCI识别位点BceAI识别位点BcgI识别位点BciVI识别位点BclI识别位点BfaI识别位点BfuAI识别位点BglI识别位点BglII识别位点BlpI识别位点Bme1580I识别位点BmgBI识别位点BmrI识别位点BmtI识别位点BpmI识别位点BpuEI识别位点BsaAI识别位点BsaBI识别位点BsaHI识别位点BsaI识别位点BsaJI识别位点BsaWI识别位点BsaXI识别位点BseRI识别位点BseYI识别位点BsiEI识别位点BsiHKAI识别位点BsiWI识别位点BslI识别位点BsmBI识别位点BsmFI识别位点BsmI识别位点BsoBI识别位点Bsp1286I识别位点BspCNI识别位点BspDI识别位点BspEI识别位点BspHI识别位点BspMI识别位点BspQI识别位点BsrBI识别位点BsrDI识别位点BsrFI识别位点BssHII识别位点BssKI识别位点BssSI识别位点BstAPI识别位点BstBI识别位点BstEII识别位点BstNI识别位点BstXI识别位点BstYI识别位点BstZ17I识别位点Bsu36I识别位点BtgI识别位点BtgZI识别位点Cac8I识别位点ClaI识别位点CspCI识别位点CviAII识别位点CviKI-1识别位点CviQI识别位点DdeI识别位点DpnI识别位点DpnII识别位点DraI识别位点DraIII识别位点DrdI识别位点EaeI识别位点EaeI识别位点EagI识别位点EarI识别位点EciI识别位点EcoNI识别位点EcoO109I识别位点EcoP15I识别位点EcoRI识别位点EcoRV识别位点FatI识别位点FauI识别位点Fnu4HI识别位点FokI识别位点FseI识别位点FspI识别位点HaeII识别位点HaeIIIHgaI识别位点HhaI识别位点HincII识别位点HindIII识别位点HinfI识别位点HinP1I识别位点HpaI识别位点HpaII识别位点HphI识别位点Hpy188I识别位点Hpy188III识别位点Hpy99I识别位点HpyAV识别位点HpyCH4III识别位点HpyCH4IV HpyCH4V识别位点KasI识别位点KpnI识别位点MboI识别位点MboII识别位点MfeI识别位点MluI识别位点MlyI识别位点MmeI识别位点MnlI识别位点MscI识别位点MseI识别位点MslI识别位点MspA1I识别位点MspI识别位点MwoI识别位点NaeI识别位点NarI识别位点NciI识别位点NdeI识别位点NgoMIV识别位点NheI识别位点NlaIII识别位点NlaIV识别位点NmeAIII识别位点NotI识别位点NruI识别位点NsiI识别位点NspI识别位点PacI识别位点PaeR7I识别位点PciI识别位点PflFI识别位点PflMI识别位点PhoI识别位点PleI识别位点PmeI识别位点PmlI识别位点PpuMI识别位点PshAI识别位点PsiI识别位点PspGI识别位点PspOMI识别位点PspXI识别位点PstI识别位点PvuI识别位点PvuII识别位点RsrII识别位点SacI识别位点SacII识别位点SalI识别位点SapI识别位点Sau3AI识别位点Sau96I识别位点SbfI识别位点ScaI识别位点ScrFI识别位点SexAI识别位点SfaNI识别位点SfcI识别位点SfiI识别位点SfoI识别位点TseI识别位点SgrAI识别位点Tsp45I识别位点SmaI识别位点Tsp509I识别位点SmlI识别位点TspMI识别位点SnaBI识别位点TspRI识别位点SpeI识别位点Tth111I识别位点SphI识别位点XbaI识别位点SspI识别位点XcmI识别位点StuI识别位点XhoI识别位点StyD4I识别位点XmaI识别位点StyI识别位点XmnI识别位点SwaI识别位点ZraI识别位点TaqαI识别位点TfiI识别位点。
常见限制性酶切位点
常见限制性内切酶识别序列(酶切位点)（BamHI、EcoRI、HindIII、NdeI、XhoI等）分子生物学实验室技术2009-11-17 17:46:32 阅读2235 评论2 字号：大中小订阅.在分子克隆实验中，限制性内切酶是必不可少的工具酶。
无论是构建克隆载体还是表达载体，要根据载体选择合适的内切酶（当然，使用T载就不必考虑了）。
先将引物设计好，然后添加酶切识别序列到引物5’端（英语怎么说？）。
常用的内切酶比如BamHI、EcoRI、HindIII、NdeI、XhoI等可能你都已经记住了它们的识别序列，不过为了保险起见，还是得查证一下。
下面，我就总结了一些常用的内切酶的识别序列，仅供各位参考。
下面这些内切酶都属于II型内切酶。
先介绍一下什么是II型内切酶吧。
The Type II restriction systems typically contain individual restriction enzymes and modification enzymes encoded by separate genes. The Type II restriction enzymes typically recognize specific DNA sequences and cleave at constant positions at or close to that sequence to produce 5-phosphates and 3-hydroxyls. Usually they require Mg 2+ ions as a cofactor, although some have more exotic requirements. The methyltransferases usually recognize the same sequence although some are more promiscuous. Three types of DNA methyltransferases have been found as part of Type II R-M systems forming either C5-methylcytosine, N4-methylcytosine or N6-methyladenine.ApaI （类型：Type II restriction enzyme ）识别序列：5'GGGCC^C 3'BamHI（类型：Type II restriction enzyme ）识别序列：5' G^GATCC 3'BglII （类型：Type II restriction enzyme ）识别序列：5' A^GATCT 3'EcoRI （类型：Type II restriction enzyme ）识别序列：5' G^AA TTC 3'HindIII （类型：Type II restriction enzyme ）识别序列：5' A^AGCTT 3'KpnI （类型：Type II restriction enzyme ）识别序列：5' GGTAC^C 3'NcoI （类型：Type II restriction enzyme ）识别序列：5' C^CA TGG 3'NdeI （类型：Type II restriction enzyme ）识别序列：5' CA^TATG 3'NheI （类型：Type II restriction enzyme ）识别序列：5' G^CTAGC 3'NotI （类型：Type II restriction enzyme ）识别序列：5' GC^GGCCGC 3'SacI （类型：Type II restriction enzyme ）识别序列：5' GAGCT^C 3'SalI （类型：Type II restriction enzyme ）识别序列：5' G^TCGAC 3'SphI （类型：Type II restriction enzyme ）识别序列：5' GCA TG^C 3'XbaI （类型：Type II restriction enzyme ）识别序列：5' T^CTAGA 3'XhoI （类型：Type II restriction enzyme ）识别序列：5' C^TCGAG 3'当然，上面总结的这些肯定不全，要查找更多内切酶的识别序列，你还可以选择下面几种方法：1. 查你所使用的内切酶的公司的目录或者网站；NEB网站上提供的识别序列图表下载2. 用软件如：Primer Premier5.0或Bioedit等，这些软件均提供了内切酶识别序列的信息；3. 推荐到NEB的REBASE数据库去查（网址：/rebase/rebase.html）当你设计好引物，添加上了内切酶识别序列，下一步或许是添加保护碱基了，可以参考：NEB公司网站提供的保护碱基参考表下载NEB公司网站上关于设计PCR引物保护碱基的参考双酶切buffer的选择（MBI、罗氏、NEB、Promega、Takara）这里再给大家推荐一种新的不需要连接反应的分子克隆方法，优点包括：①设计引物不必考虑选择什么酶切位点；②不必考虑保护碱基的问题；③不必每次都选择合适的酶来酶切质粒制备载体；④而且不需要DNA连接酶；⑤假阳性几率低（因为没有连接反应这一步，载体自连的问题没有了）。
限制性内切酶酶切位点方便搜索(word版本)
AatII 识别位点GACGTCCTGCAGAcc65I 识别位点GTMKAC CAKMTGAccI 识别位点GTMKAC CAKMTGAciI 识别位点CCGCGGCGAclI 识别位点AACGTT TTGCAAAcuI 识别位点CTGAAG GACTTCAfeI 识别位点AGCGCT TCGCGAAflII 识别位点CTTAAG GAATTCAflIII 识别位点ACRYGT TGYRCA AgeI 识别位点ACCGGT TGGCCAAhdI 识别位点GACNNNNNGTC CTGNNNNNCAGAleI 识别位点CACNNNNGTG GTGNNNNCACAluI 识别位点AGCTTCGAAlwI 识别位点GGATCCCTAGAlwNI 识别位点CAGNNNCTG GTCNNNGACApaI 识别位点GGGCCC CCCGGGApaLI 识别位点GTGCAC CACGTGApeKI 识别位点GCWGCBamHI 识别位点GGATCC CCTAGGBanI 识别位点GGYRCC CCRYGGBanII 识别位点GRGCYC CYCGRGBbsI 识别位点GAAGAC CTTCTGBbvCI 识别位点CCTCAGC GGAGTCGBbvI 识别位点GCAGC CGTCGBccI 识别位点 CCATC GGTAGBceAI 识别位点ACGGC TGCCGBcgI 识别位点CGANTGNGCTNACGCGWCGApoI 识别位点RAATTY YTTAARAscI 识别位点GGCGCGCC CCGCGCGGAseI 识别位点ATTAAT TAATTAAsiSI 识别位点GCGATCGC CGCTAGCGAvaI 识别位点CYCGRG GRGCYCAvaII 识别位点GGWCC CCWGGAvrII 识别位点CCTAGG GGATCCBaeI 识别位点NACNGTAYCNBciVI 识别位点GTATCC CATAGGBclI 识别位点TGATCA ACTACTBfaI 识别位点CTAG GATCBfuAI 识别位点ACCTGC TGGACGBglI 识别位点GCCNNNNNGGC CGGNNNNNCCGBglII 识别位点AGATCT TCTAGABlpI 识别位点GCTNAGC CGANTCGBme1580I 识别位点GKGCMC CMCGKGCYGCRGBmgBI 识别位点CACGTC GTGCAGBmrI 识别位点ACTGGGN TGACCCNBmtI 识别位点GCTAGC CGATCGBpmI 识别位点CTGGAGN GACCTCNBpu10I 识别位点CCTNAGC GGANTCGBpuEI 识别位点CTTGAGN GAACTCNBsaAI 识别位点YACGTR RTGCAYBsaBI 识别位点GATNNNNATC CTANNNNTAG BsaHI 识别位点GRCGYCGWGCWCCWCGWGBsiWI 识别位点CGTACGGCATGCBslI 识别位点CCNNNNNNNGGGGNNNNNNNCCBsmAI 识别位点GTCTCNCAGAGNBsmBI 识别位点CGTCTCNGCAGAGNBsmFI 识别位点GGGACCCCTGBsmI 识别位点GAATGCNCTTACGNBsoBI 识别位点CYCGRG GRGCYCBsp1286I 识别位点GDGCHC CHCGDGBsaI 识别位点GGTCTCN CCAGAGNBsaJI 识别位点CCNNGG GGNNCCBsaWI 识别位点WCCGGW WGGCCWBsaXI 识别位点NACNCTCCN NTGNGAGGNBseRI 识别位点GAGGAGN CTCCTCNBseYI 识别位点CCCAGC GGGTCGBsgI 识别位点GTGCAG CACGTCBsiEI 识别位点CGRYCG GCYRGCRCCGGYYGGCCRBsrGI 识别位点TGTACAACATGTBsrI 识别位点ACTGGNTGACCNBssHII 识别位点GCGCGCCGCGCGBssKI 识别位点CCNGGGGNCCBssSI 识别位点CACGAGGTGCTCBstAPI 识别位点GCANNNNNTGCCGTNNNNNACGBstBI 识别位点TTCGAAAAGCTTBstEII 识别位点GGTNACCCCANTGGBspCNI 识别位点CTCAGN GAGTCNBspDI 识别位点ATCGAT TAGCTABspEI 识别位点TCCGGA AGGCCTBspHI 识别位点TCATGA AGTACTBspMI 识别位点ACCTGCN TGGACGNBspQI 识别位点GCTCTTCN CGAGAAGNBsrBI 识别位点CCGCTC GGCGAGBsrDI 识别位点GCAATGNN CGTTACNNGCAGTGNNCGTCACNNBtsI 识别位点GCAGTGNNCGTCACNNCac8I 识别位点GCNNGCCGNNCGClaI 识别位点ATCGATTAGCTACspCI 识别位点NCAANGTGGNNGTTNCACCNCviAII 识别位点CATGGTACCviKI-1 识别位点RGCYYCGRCviQI 识别位点GTACCATGDdeI 识别位点CTNAGGANTCBstNI 识别位点CCWGG GGWCCBstUI 识别位点CGCG GCGCBstXI 识别位点CCANNNNNNTGG GGTNNNNNNACCBstYI 识别位点RGATCY YCTAGRBstZ17I 识别位点GTATAC CATATGBsu36I 识别位点CCTNAGG GGANTCCBtgI 识别位点CCRYGG GGYRCCBtgZI 识别位点GCGATG CGCTACEciI 识别位点GGCGGA CCGCCTEcoNI 识别位点CCTNNNNNAGG GGANNNNNTCCEcoO109I 识别位点RGGNCCY YCCNGGREcoP15I 识别位点CAGCAG GTCGTCEcoRI 识别位点GAATTC CTTAAGEcoRV 识别位点GATATC CTATAGFatI 识别位点CATG GTACFauI 识别位点CCCGC GGGCGDpnI 识别位点GATC CTAGDpnII 识别位点GATC CTAGDraI 识别位点TTTAAA AAATTTDraIII 识别位点CACNNNGTG GTGNNNCACDrdI 识别位点GACNNNNNNGTC CTGNNNNNNCAGEaeI 识别位点YGGCCR RCCGGYEagI 识别位点CGGCCG GCCGGCEarI 识别位点CTCTTCGAGAAGHindIII 识别位点AAGCTT TTCGAAHinfI 识别位点GANTC CTNAGHinP1I 识别位点GCGC CGCGHpaI 识别位点GTTAAC CAATTGHpaII 识别位点CCGG GGCCHphI 识别位点GGTGA CCACTHpy188I 识别位点TCNGA AGNCTHpy188III 识别位点TCNNGA AGNNCTHpy99I 识别位点CGWCG GCWGCFnu4HI 识别位点GCNGC CGBCGFokI 识别位点GGATGN CCTACNFseI 识别位点GGCCGGCC CCGGCCGGFspI 识别位点TGCGCA ACGCGTHaeII 识别位点RGCGCY YCGCGRHaeIIIHgaI 识别位点GACGC CTGCGHhaI 识别位点GCGC CGCGHincII 识别位点GTYRAC CARYTGHpyAV 识别位点CCTTCGGAAGHpyCH4III 识别位点ACNGTTGCCAHpyCH4IV HpyCH4V 识别位点TGCAACGTKasI 识别位点GGCGCC CCGCGGKpnI 识别位点GGTACCCCATGGMboI 识别位点GATCCTAGMboII 识别位点GAAGACTTCTMfeI 识别位点CAATTGGTTAAC MluI 识别位点ACGCGT TGCGCAMlyI 识别位点GAGTCCTCAGMmeI 识别位点TCCRAC AGGYTGMnlI 识别位点CCTCGGAGMscI 识别位点TGGCCA ACCGGTMseI 识别位点TTAAAATTMslI 识别位点CAYNNNNRTG GTRNNNNYACMspA1I 识别位点CMGCKG GKCGMCMspI 识别位点CCGGGGCCNlaIII 识别位点CATG GTACNlaIV 识别位点GGNNCCCCNNGGNmeAIII 识别位点GCCGAGCGGCTCNotI 识别位点GCGGCCGC CGCCGGCGNruI 识别位点TCGCGA AGCGCTNsiI 识别位点ATGCAT TACGTANspI 识别位点RCATGY YGTACRPacI 识别位点TTAATTAA AATTAATTPaeR7I 识别位点CTCGAG GAGCTCMwoI 识别位点GCNNNNNNNGC CGNNNNNNNCGNaeI 识别位点GCCGC CGGCCGNarI 识别位点GGCGCC CCGCGGNciI 识别位点CCSGG GGSCCNcoI 识别位点CCATGG GGTACCNdeI 识别位点CATATG GTATACNgoMIV 识别位点GCCGGC CGGCCGNheI 识别位点GCTAGC CGATCGPshAI 识别位点GACNNNNGTC CTGNNNNCAGPsiI 识别位点TTATAAAATATTPspGI 识别位点CCWGGGGWCCPspOMI 识别位点GGGCCCCCCGGGPspXI 识别位点VCTCGAGB BGAGCTCVPstI 识别位点CTGCAG GACGTCPvuI 识别位点CGATCG GCTAGCPvuII 识别位点CAGCTG GTCGACRsaI 识别位点GTACCATGPciI 识别位点ACATGT TGTACAPflFI 识别位点GACNNNGTC CTGNNNCAGPflMI 识别位点CCANNNNNTGG GGTNNNNNACCPhoI 识别位点GGCCPleI 识别位点GAGTCN CTCAGNPmeI 识别位点GTTTAAAC CAAATTTGPmlI 识别位点CACGTG GTGCACPpuMI 识别位点RGGWCCY YCCWGGRScaI 识别位点AGTACTTCATGAScrFI 识别位点CCNGGGGNCCSexAI 识别位点ACCWGGTTGGWCCASfaNI 识别位点GCATCNCGTAGNSfcI 识别位点CTRYAGGAYRTCSfiI 识别位点GGCCNNNNNGGCCCCGGNNNNNCCGGSfoI 识别位点GGCGCCCCGCGGSgrAI 识别位点CRCCGGYGGYGGCCRCSmaI 识别位点CCCGGGRsrII 识别位点CGGWCCG GCCWGGCSacI 识别位点GAGCTC CTCGAGSacII 识别位点CCGCGG GGCGCCSalI 识别位点GTCGAC CAGCTGSapI 识别位点GCTCTTCN CGAGAAGNSau3AI 识别位点GATC CTAGSau96I 识别位点GGNCC CCNGGSbfI 识别位点CCTGCAGG GGACGTCCGGGCCCTAAATTTATaq αI 识别位点TCGA AGCTTfiI 识别位点GAWTC CTWAGTliI 识别位点CTCGAG GAGCTCTseI 识别位点GCWGC CGWCGTsp45I 识别位点GTSAC CASTGTsp509I 识别位点AATT TTAATspMI 识别位点CCCGGG GGGCCCTspRI 识别位点NNCASTGNN NNGTSACNNSmlI 识别位点CTYRAG GARYTCSnaBI 识别位点TACGTA ATGCATSpeI 识别位点ACTAGT TGATCASphI 识别位点GCATGC CGTACGSspI 识别位点AATATT TTATAAStuI 识别位点AGGCCT TCCGGAStyD4I 识别位点CCNGG GGNCCStyI 识别位点GCWWGG GGWWCCSwaI 识别位点ATTTAAATTth111I 识别位点GACNNNGTC CTGNNNCAGXbaI 识别位点TCTAGAAGATCTXcmI 识别位点CCANNNNNNNNNTGG GGTNNNNNNNNNACCXhoI 识别位点CTCGAGGAGCTCXmaI 识别位点CCCGGGGGGCCCXmnI 识别位点GAANNNNTTC CTTNNNNAAGZraI 识别位点GACGTCCTGCAG与大家共享（非原创）。
酶切位点识别序列
酶切位点识别序列 Last revised by LE LE in 2021
酶切位点（Restriction Enzyme cutting site）：DNA上一段碱基的特定序列，能够识别出这个序列并在此将序列切成两段。
可能存在同尾酶，不同酶的识别序列不同，
有的可能能识别多个酶切位点比如STY1识别序列有WW
PCR引物设计时酶切位点的保护碱基表
不同内切酶对识别位点以外最少保护碱基数目的要求（在本表中没有列出的
注释
1.如果要加在序列的5’端，就在酶切位点识别碱基序列（红色）的5’端加上相应的
碱基（黑色），如果要在序列的3’端加上保护碱基，就在酶切位点识别碱基序列（红色）的3’端加上相应的碱基（黑色）。
2.切割率：正确识别并切割的效率。
3.加保护碱基时最好选用切割率高时加的相应碱基。
史上最全限制性内切酶酶切位点汇总
HgaI识别位点 HhaI识别位点 HincII识别位点 HindIII识别位点 HinfI识别位点 HinP1I识别位点 HpaI识别位点 HpaII识别位点 HphI识别位点 Hpy188I识别位点 Hpy188III识别位点 Hpy99I识别位点 HpyAV识别位点 HpyCH4III识别位点 HpyCH4IV
HpyCH4V识别位点 KasI识别位点 KpnI识别位点 MboI识别位点 MboII识别位点 MfeI识别位点 MluI识别位点 MlyI识别位点 MmeI识别位点 MnlI识别位点 MscI识别位点 MseI识别位点 MslI识别位点 MspA1I识别位点
MspI识别位点 MwoI识别位点 NaeI识别位点 NarI识别位点 NciI识别位点 NcoI识别位点 NdeI识别位点 NgoMIV识别位点 NheI识别位点 NlaIII识别位点 NlaIV识别位点 NmeAIII识别位点
SbfI识别位点 ScaI识别位点 ScrFI识别位点 SexAI识别位点 SfaNI识别位点 SfcI识别位点 SfiI识别位点 SfoI识别位点 SgrAI识别位点 SmaI识别位点 SmlI识别位点 SnaBI识别位点 SpeI识别位点 SphI识别位点
SspI识别位点 StuI识别位点 StyD4I识别位点 StyI识别位点 SwaI识别位点 TaqαI识别位点 TfiI识别位点 TliI识别位点 TseI识别位点 Tsp45I识别位点 Tsp509I识别位点 TspMI识别位点
NotI识别位点 NruI识别位点
NsiI识别位点 NspI识别位点 PacI识别位点 PaeR7I识别位点 PciI识别位点 PflFI识别位点 PflMI识别位点 PhoI识别位点 PleI识别位点 PmeI识别位点 PmlI识别位点 PpuMI识别位点 PshAI识别位点 PsiI识别位点
质粒pBR322的缺失突变株
顿尔道， 缺失片段的分子量为０ Ｘ 道尔顿。 ． １ ５ ６ ０
在克隆 Ｘ Ａ 过程中，为什 么会 引起 Ｄ Ｎ ｐ Ｒ２ Ｂ ３２的缺失， 我们认为有两种可能：一是杂 酶的作用造成的，二是自发产生的。虽然质粒 ｐＲ２ Ｂ ３２的 Ｓｌ 位点到 ＥｏＩ位点的 小片段 ａ ｌ ｃＲ 上有 Ａｕ， ｄＩ ＥｏＩ Ｈａ Ｉ Ｂｍ Ｉ Ｉ ＨｎＩ， ＲＩ ｅＩ ａ Ｈ 各 Ｉ ｉ Ｉ ｃ ， Ｉ， １ 个切点和 ３ ＨａＩ切点， 个 ｅ Ｉ 但根据： （）这 １ 些酶的产生菌均不相同；（）我们在较短时间 ２ 内用同一批酶多次克隆 Ｘ Ｄ ＮＡ仅 一次 获得 ｐＲ２ Ｂ ３２的缺失突变株， 所以我们认为自发产生
上不长。说明 ｐ Ａ 具有转化活力， Ｈ ４ 转化子表
型为 Ａ ＇ ＇ ｐｃ Ｔｏ
图 ４ ＨＡ ｐ ４及 ｐ Ｒ ２ Ｂ ３２的 Ｅ ｏ Ｉ ｓ ｃＲ－ ｔ Ｐ Ｉ分析图谱
（ 二）限制性内切核酸酶分析 ａ ｐ ４ ｂ ｐ Ｒ ２ ， ． Ｒ ２ 用 Ｅ ｏＩＰＩ ． ＨＡ ， ． ３２ ｃ ｐ ３２ Ｂ Ｂ ｃＲ－ ｓ Ｉ酶解， ｄ ｐ ４用 Ｅ ｏ Ｉ ｓ ． ＨＡ ｃＲ－ ｔ Ｐ Ｉ酶解。 从４ 号菌株的表型为 Ａ ＇ｃ ｐ ＇ Ｔ ，琼脂糖凝胶 ｃＲ ａ ｌ位点的小片 电泳测定、ｐ Ａ 较 ｐＲ ２ Ｈ ４ Ｂ ３２分子量减小来看， 变化可能位于 Ｅｏｌ位点到 Ｓｌ
感 （ｃ 菌株的筛选 Ｔ＇ ）
在含Ａ （５ ｐ 微克／ ２ 毫
图 １ 平板琼脂糖凝 胶电泳图谱 ａ质粒 ｐ Ｒ ２ ， ． ． Ｂ ３２ ｂ 质粒 ｐ ４ ｃ质粒 ｐ Ｒ ２ ＨＡ ， ． Ｂ ３２ 用 Ｅ ｏｌ酶解 ， ｄ 质粒 ｐ ４ 用 Ｒ ｏ ｌ酶解。 ｃＲ ． ＨＡ ｃＲ Ｍａ ｉｎ ａ． Ｔ ｅ ｌｉ Ｍｕａｔ ｆ ｍ ｌ ｍｄ Ｓ ｊ ｅ ｌ ｈ Ｄ ｅｏ ｈ ｔ ｔ ： ｅ ｔｎ ｔ ｓ Ｐａ ｉ ｎ ｒ ｏ ｓ
DNA限制酶切反应和限制酶谱绘制
4. Bal31顺序酶解作图法 DNA片段 Bal31处理不同时间取样终止反应 限制酶切 凝胶电泳 染色观察结果
5. 切口移位作图法(可检测出100bp片段) 双链DNA 切口移位 限制酶切 电泳 放射自显影
6. 大尺度限制酶作图 1) 条件 i. 电泳方法---脉冲场凝胶电泳 ii. 样品制备---原位DNA制备和酶解 iii. 人工染色体构建---pYAC载体构建 iv. 脊椎动物基因组中的CpG和植物基因组中的CpXpG序列存在 2) 一般作图程序 原位DNA样品制备 原位DNA限制酶切 脉冲场凝胶电泳 染色 观察 3) 大尺度作图用酶 i. 稀有识别序列内切酶----I型内含子内切酶 (真菌细胞核和线粒体基因组,T4噬菌体,衣藻叶绿体和线粒体)；酵母HO内切酶；大肠杆菌recA 虽然这些内切酶识别的序列都很长：10-19 bp，但高等动植物基因组中含有这类位点却极少，因而很少使用
依实验目的而定
HpaI(C CGG) 1 26
ThaI (CG CG) 0 23
ii. 限制酶的纯度和稳定性 i) 纯度：尽可能保持厂家推荐的反应条件 ii) 稳定性：保存和反应 iii. 反应缓冲液：常用三种核心缓冲液，即高（H），中（M），低（L）盐缓冲液，不同温度下的pH值 iv. 反应温度：大多数为37℃ v. 双酶切和多酶切反应 同时酶切和分别酶切。前者要求两种酶使用的缓冲液和反应温度必须相同，即使相同时，一旦发生部分酶切反应，便无法判断是何种酶造成的，因此最好采用后者--分别酶切。 i) 第一种酶切 电泳检查 酚/氯仿纯化 第二种酶切。 可不考虑酶切先后顺序，但操作步骤多。 ii) 采用低浓度盐缓冲液的限制酶切 电泳检查 采用高浓度盐缓冲液的限制酶切。操作简单，但要分先后。 假如两酶切位点相距很近（如多克隆位点区），首先考虑的则是相互间的酶切是否有影响，两种酶切顺序不同时，其结果大不相同。 如SmaI-BamH(c), BamHI-SmaI(p)
限制性内切酶酶切位点及保护碱基
寡核苷酸近末端位点的酶切(Cleavage Close to the End of DNA Fragments (oligonucleotides))为什么要添加保护碱基？在分子克隆实验中，有时我们会在待扩增的目的基因片段两端加上特定的酶切位点，用于后续的酶切和连接反应。
由于直接暴露在末端的酶切位点不容易直接被限制性核酸内切酶切开，因此在设计PCR引物时，人为的在酶切位点序列的5‘端外侧添加额外的碱基序列，即保护碱基，用来提高将来酶切时的活性。
其次，在分子克隆实验中选择载体的酶切位点时，相临的两个酶切位点往往不能同时使用，因为一个位点切割后留下的碱基过少以至于影响旁边的酶切位点切割。
该如何添加保护碱基？添加保护碱基时，最关心的应该是保护碱基的数目，而不是种类。
什么样的酶切位点，添加几个保护碱基，是有数据可以参考的。
添加什么保护碱基，如果严格点，是根据两条引物的Tm值和各引物的碱基分布及GC含量。
如果某条引物Tm值偏小，GC%较低，添加时多加G或C，反之亦反。
为了解不同内切酶对识别位点以外最少保护碱基数目的要求，NEB采用了一系列含识别序列的短双链寡核苷酸作为酶切底物进行实验。
实验结果对于确定双酶切顺序将会有帮助（比如在多接头上切割位点很接近时），或者当切割位点靠近DNA末端时也很有用。
在本表中没有列出的酶，则通常需在识别位点两端至少加上6个保护碱基，以确保酶切反应的进行。
单位的寡实验方法：用γ-[32P]ATP在T4多聚核苷酸激酶的作用下标记0.1A260核苷酸。
取1 µg已标记了的寡核苷酸与20单位的内切酶，在20°C条件下分别反应2小时和20小时。
反应缓冲液含70 mM Tris-HCl (pH 7.6), 10 mM MgCl,25 mM DTT及适量的NaCl或KCl（视酶的具体要求而定）。
20%的PAGE（7 M尿素）凝胶电泳分析，经放射自显影确定酶切百分率。
本实验采用自连接的寡核苷酸作为对照。
详细酶切位点及保护序列
酶切位点保护碱基-PCR引物设计用于限制性内切酶酶切反应本文给出了分子克隆中常用限制性内切酶的保护碱基序列，如AccI，AflIII，AscI，AvaI，BamHI，BglII，BssHII，BstEII，BstXI，ClaI，EcoRI，HaeIII，HindIII，K pnI，MluI，NcoI，NdeI，NheI，NotI，NsiI，PacI，PmeI，PstI，PvuI，SacI，S acII，SalI，ScaI，SmaI，SpeI，SphI，StuI，XbaI，XhoI，XmaI，为什么要添加保护碱基？在分子克隆实验中，有时我们会在待扩增的目的基因片段两端加上特定的酶切位点，用于后续的酶切和连接反应。
由于直接暴露在末端的酶切位点不容易直接被限制性核酸内切酶切开，因此在设计PCR引物时，人为的在酶切位点序列的5‘端外侧添加额外的碱基序列，即保护碱基，用来提高将来酶切时的活性。
其次，在分子克隆实验中选择载体的酶切位点时，相临的两个酶切位点往往不能同时使用，因为一个位点切割后留下的碱基过少以至于影响旁边的酶切位点切割。
该如何添加保护碱基？添加保护碱基时，最关心的应该是保护碱基的数目，而不是种类。
什么样的酶切位点，添加几个保护碱基，是有数据可以参考的。
添加什么保护碱基，如果严格点，是根据两条引物的Tm值和各引物的碱基分布及GC含量。
如果某条引物Tm值偏小，GC%较低，添加时多加G或C，反之亦反。
为了解不同内切酶对识别位点以外最少保护碱基数目的要求，NEB采用了一系列含识别序列的短双链寡核苷酸作为酶切底物进行实验。
实验结果对于确定双酶切顺序将会有帮助（比如在多接头上切割位点很接近时），或者当切割位点靠近DNA末端时也很有用。
在本表中没有列出的酶，则通常需在识别位点两端至少加上6个保护碱基，以确保酶切反应的进行。
实验方法：用γ-[32P]ATP在T4多聚核苷酸激酶的作用下标记0.1A260单位的寡核苷酸。
常用酶切位点表(含保护碱基)课件.doc
切割率%酶寡核苷酸序列2 hr 20 hrAcc I G GTCGAC C 0 0CG GTCGAC CG 0 0CCG GTCGAC CGG 0 0Afl III C ACATGT G 0 0CC ACATGT GG >90 >90CCC ACATGT GGG >90 >90Asc I GGCGCGCC >90 >90A GGCGCGCC T >90 >90TT GGCGCGCC AA >90 >90Ava I C CCCGGG G 50 >90CC CCCGGG GG >90 >90TCC CCCGGG GGA >90 >90BamH I C GGATCC G 10 25CG GGATCC CG >90 >90CGC GGATCC GCG >90 >90Bgl II C AGATCT G 0 0GA AGATCT TC 75 >90GGA AGATCT TCC 25 >90BssH II G GCGCGC C 0 0AG GCGCGC CT 0 0TTG GCGCGC CAA 50 >90BstE II G GGT(A/T)ACC C 0 10BstX I AACTGCAGAA CCAATGCATTGG 0 0 AAAACTGCAG CCAATGCATTGG AA 25 50CTGCAGAA CCAATGCATTGG ATGCAT 25 >90Cla I C ATCGAT G 0 0GATCGAT C 0 0CC ATCGAT GG >90 >90CCC ATCGAT GGG 50 50EcoR I G GAATTC C >90 >90>90 >90CG GAATTC CGCCG GAATTC CGG >90 >90Hae III GG GGCC CC >90 >90AGC GGCC GCT >90 >90TTGC GGCC GCAA >90 >90Hind III C AAGCTT G 0 0CC AAGCTT GG 0 0CCC AAGCTT GGG 10 75Kpn I G GGTACC C 0 0GG GGTACC CC >90 >90CGG GGTACC CCG >90 >90Mlu I G ACGCGT C 0 0CG ACGCGT CG 25 50Nco I C CCATGG G 0 0CATG CCATGG CATG 50 75Nde I C CATATG G 0 0CC CATATG GG 0 0CGC CATATG GCG 0 0GGGTTT CATATG AAACCC 0 0GGAATTC CATATG GAATTCC 75 >90GGGAATTC CATATG GAATTCCC 75 >90Nhe I G GCTAGC C 0 0CG GCTAGC CG 10 25CTA GCTAGC TAG 10 50切割率%酶寡核苷酸序列2 hr 20 hrNot I TT GCGGCCGC AA 0 0ATTT GCGGCCGC TTTA 10 10AAATAT GCGGCCGC TATAAA 10 10 ATAAGAAT GCGGCCGC TAAACTAT 25 90 AAGGAAAAAA GCGGCCGC AAAAGGAAAA 25 >90Nsi I TGC ATGCAT GCA 10 >90 CCA ATGCAT TGGTTCTGCAGTT >90 >90Pac I TTAATTAA 0 0G TTAATTAA C 0 25CC TTAATTAA GG 0 >90Pme I GTTTAAAC 0 0G GTTTAAAC C 0 25GG GTTTAAAC CC 0 50AGCTTT GTTTAAAC GGCGCGCCGG 75 >90Pst I G CTGCAG C 0 0TGCA CTGCAG TGCA 10 10 AA CTGCAG AACCAATGCATTGG >90 >90AAAA CTGCAG CCAATGCATTGGAA >90 >90CTGCAG AACCAATGCATTGGATGCAT 0 0Pvu I C CGATCG G 0 0AT CGATCG AT 10 25TCG CGATCG CGA 0 10 Sac I C GAGCTC G 10 10Sac II GCCGCGG C 0 0TCC CCGCGG GGA 50 >90Sal I GTCGAC GTCAAAAGGCCATAGCGGCCGC 0 0 GC GTCGAC GTCTTGGCCATAGCGGCCGCG 10 50G 10 75ACGC GTCGAC GTCGGCCATAGCGGCCGCGGAASca I GAGTACT C 10 25AAA AGTACT TTT 75 75Sma I CCCGGG 0 10CCCCGGG G 0 10CC CCCGGG GG 10 50TCC CCCGGG GGA >90 >90Spe I GACTAGT C 10 >90GG ACTAGT CC 10 >90CGG ACTAGT CCG 0 50CTAG ACTAGT CTAG 0 50Sph I G GCATGC C 0 0CAT GCATGC ATG 0 25ACAT GCATGC ATGT 10 50Stu I AAGGCCT T >90 >90GA AGGCCT TC >90 >90AAA AGGCCT TTT >90 >90Xba I CTCTAGA G 0 0GC TCTAGA GC >90 >90TGC TCTAGA GCA 75 >90CTAG TCTAGA CTAG 75 >90Xho I C CTCGAG G 0 0CC CTCGAG GG 10 25CCG CTCGAG CGG 10 75Xma I CCCCGGG G 0 0CC CCCGGG GG 25 75CCC CCCGGG GGG 50 >90TCCC CCCGGG GGGA >90 >90。
质粒DNA限制性酶切图谱分析
问题二：DNA切割不完全
４．酶解温度与时间：
大多数限制酶反应温度为３７℃，如EcoRⅠ, HindⅢ, BamHⅠ, PstⅠ等，也有如BclⅠ需在５０℃下进行反应， 反应时间根据酶的单位与ＤＮＡ用量之比来定，原则是酶：ＤＮＡ=２－３：１ 注意事项——限制性内切酶酶切 ２小时即可，充分酶解。
注意事项——DNA凝胶电泳
琼脂糖：不同厂家、不同批号的琼脂糖，其杂质含量不同，影响DNA的迁移及荧光背景的强度，应有选择地使用。 胶的制备：凝胶中所加缓冲液应与电泳槽中的相一致，溶解的凝胶应及时倒入板中，避免倒入前凝固结块。倒入板中的凝胶应避免出现气泡，以免影响电泳结果。
问题一：DNA完全没有被内切酶切割
原 因
对 策
六、限制性内切酶酶切常见问题分析
内切酶活性下降 内切酶稀释不正确 DNA不纯，反应条件不佳 内切酶识别的DNA位点上的碱基被甲基化或存在其它修饰 部分DNA溶液粘在管壁上 内切酶溶液粘度大，取样不准 酶切后DNA粘末端退火 由于反应溶液、温度、强烈振荡使内切酶变性 过度稀释使酶活性降低 反应条件不适 识别位点两侧插入了可影响酶切效率的核酸顺序
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平头末端：
II型酶切割方式的另一种是在同一位置上切割双链，产生平头末端。例如EcoRV 的识别位置是： 5’…… GAT|ATC …… 3’ 3’…… CTA|TAG …… 5’ 切割后形成 5’…… GAT ATC …… 3’ 3’…… CTA TAG …… 5’ 这种末端同样可以通过DNA连接酶连接起来。