经验amber

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Amber软件中动力学模拟的步骤

Molecular Dynamics simulation——从能量最小化到实际模拟 1 基本流程图1）概述前面我们已经得到了Amber 用来动力学模拟的prmtop 和inpcrd 文件，它们分别是参数文件和坐标文件。

我们先从一条命令说起来解释Amber 是如何做动力学模拟的： sander –O –i mdin –o mdout –p prmtop –c inpcrd –r rst –x mdcrd 动力学过程是一个连续地解牛顿运动方程的过程：上一个牛顿方程结束时，蛋白质中各原子的位置和速度保留给下一个牛顿方程，惟一改变的是原子的加速度，它会根据各种势能函数重新计算（势能随原子坐标改变：E=f （r,…））。

只不过每个牛顿方程的时间很短，短到fs （10-15s ）级，Amber 软件提供的sander 主程序可以用来自动地做这样的数值计算。

它需要参数文件（prmtop ）、坐标文件（inpcrd ）、sander 程序配置文件（mdin ）来启动运行，我们已经有了前两种文件，本节内容最主要的就是讲解如何配置我们需要的动力学模拟。

sander 程序运行过程中会输出临时文件（rst ）保存坐标和速度，还有轨迹文件（mdcrd ）。

2）动力学过程从基本流程图可以知道，一般的动力学过程也就可以分为三步：能量最小化（minimization）、体系平衡（equilibrium）、实际动力学模拟。

由于我们进行的初始结构来自晶体结构或同源建模，所以在分子内部存在着一定的结构张力，能量最小化就是真正的动力学之前释放这些张力，如果没有这个步骤，在动力学模拟开始之后，整个体系可能会因此变形、散架。

另外，由于动力学模拟的是真实的生物体环境，因此必须使研究对象升温升压到临界值，体系达到平衡，才能做实际的动力学模拟。

2 各流程输入文件要通过Amber软件做动力学模拟，需要明白如何去配置上述过程中的每一步。

一般来说就是指定一些键/值对。

琥珀amber老师时间管理

琥珀(Amber)老师的时间管理时间管理是一个能够帮助我们有效安排和利用时间的重要工具。

在现代快节奏的生活中，时间管理对于每个人的日常工作和生活都至关重要。

琥珀(Amber)老师作为一位经验丰富的教育者，精通时间管理技巧，并将其应用于自己的工作和个人生活中。

本文将介绍琥珀(Amber)老师所采用的时间管理策略，希望能够给读者带来一些灵感和启发。

1. 制定明确的目标与优先级为了有效地管理时间，琥珀(Amber)老师首先会制定明确的目标和优先级。

她会花时间思考和规划自己想要完成的任务和目标，并根据优先级确定每个任务的重要性。

这样做可以帮助她合理分配时间，集中精力完成最重要的任务。

2. 使用时间管理工具琥珀(Amber)老师善于使用各种时间管理工具来帮助她更好地组织和跟踪自己的任务。

她常常利用日历应用程序或待办事项清单来记录和安排自己的工作和约会。

这样一来，她可以清楚地知道每个任务的截止日期，并能够提醒自己在合适的时间开始和完成任务。

3. 学会说“不”一个常见的时间管理障碍是过多的工作和任务。

琥珀(Amber)老师懂得学会拒绝一些不重要或不紧急的任务，从而避免自己被琐碎的事务所消耗。

她会优先考虑自己的任务清单，并对那些对自己的目标没有直接贡献的请求说“不”。

这种拒绝并不表示不合作，而是为了确保能够有效地完成自己的工作。

4. 划分时间块琥珀(Amber)老师同样重视划分时间块来提高效率。

她会将一天分为不同的时间块，在每个时间块内专注于特定的任务或活动。

例如，她会将早晨的时间用于准备教课，下午的时间分配给辅导学生，晚上的时间用于自我学习和个人发展。

通过这种方式，琥珀(Amber)老师能够更好地集中注意力，提高工作效率。

5. 保持工作与休息的平衡在时间管理中，琥珀(Amber)老师非常注重保持工作与休息的平衡。

她明白长时间的连续工作会削弱她的专注力和效率。

因此，她会每隔一段时间就安排短暂的休息，让自己放松一下并恢复精力。

empirical test method

文章标题：深度解析经验测试方法在软件开发和科学研究中，经验测试方法是一种常见的研究方法。

它基于经验和实践，通过实际的测试和观察来获取数据和结论，以验证假设或理论。

在本文中，我们将深入探讨经验测试方法的定义、特点和应用，以及对该方法的个人理解和观点。

一、经验测试方法的定义经验测试方法是一种基于实践和经验的测试方法，通过观察、实验和分析来获取数据和结论。

它强调实际的测试和验证，能够提供可靠的实证证据，用以支持假设或理论。

经验测试方法广泛应用于科学研究、软件开发、产品设计等领域，具有重要的理论和实践意义。

二、经验测试方法的特点1. 实践性强：经验测试方法强调实践和实验，通过实际的测试和观察来获取数据和结论，具有实践性和可操作性。

2. 可靠性高：经验测试方法能够提供可靠的实证证据，通过实际的测试和验证来验证假设或理论，具有可靠性和可信度。

3. 灵活性大：经验测试方法具有灵活性和适应性，能够根据具体的情况和需求进行调整和改进，具有高度的灵活性和适应性。

三、经验测试方法的应用经验测试方法在科学研究、软件开发、产品设计等领域具有广泛的应用。

在科学研究中，经验测试方法能够提供可靠的实证证据，用以支持理论或假设的验证；在软件开发中，经验测试方法能够通过实际的测试和验证来改进和优化产品设计和性能；在产品设计中，经验测试方法能够通过实际的测试和观察来获取用户反馈和改进意见，从而提高产品的质量和用户体验。

四、个人观点和理解在我看来，经验测试方法是一种非常重要的研究方法，它能够通过实际的测试和验证来获取可靠的实证证据，用以支持理论或假设的验证。

在我以往的工作中，我也经常采用经验测试方法来验证假设或理论，并通过实际的测试和观察来获取数据和结论。

经验测试方法能够提供恰当的数据支持，帮助我更深入地理解和应用相关的理论和假设，因此我非常看重经验测试方法在科学研究和软件开发中的应用。

总结回顾经验测试方法是一种基于实践和经验的测试方法，它强调实际的测试和观察，能够通过实际的测试和验证来获取可靠的实证证据。

琥珀

琥珀的英文名称为Amber，来自拉丁文Ambrum，意思是“精髓”。

也有说法认为是来自阿拉伯文Anbar，意思是“胶”，因为西班牙人将埋在地下的阿拉伯胶和琥珀称为amber。

中国古代认为琥珀为“虎魄”意思是虎之魂。

琥珀很娇气，怕火、怕汽油、怕敲击、怕暴晒、怕酒精。

有的琥珀还带有香味。

市场上见到的大多都是人造品。

常见种类：金珀，血珀，翳珀、花珀、棕红珀，蓝珀，绿珀，虫珀，蜜蜡，珀根等。

琥珀(19张)【分类】琥珀的种类及特征琥珀的硬度低，质地轻，涩，温润，有宝石般的光泽与晶莹度，琥珀的另一个特征是含有特别丰富的内含物，如昆虫，植物，矿物等。

琥珀特点生态环境主要分布于白垩纪或第三纪的砂砾岩、煤层的沉积物中。

完美的63克缅甸琥珀采收储藏从地层或煤层中挖出后，除去砂石、泥土等杂质。

琥珀质地轻，坚硬，储藏方便，完美无暇的琥珀具有非常高的收藏价值。

国内分布产辽宁、河南、广西、贵州、云南等省。

动植物形态多呈不规则的粒状、块状、钟乳状及散粒状。

有时内部包含着植物或昆虫的化石。

颜色为黄色、棕黄色及红黄色。

条痕白色或淡黄色。

具松脂光泽。

透明至不透明。

断口贝壳状极为显著。

硬度2～2.5。

比重1.05～1.09。

性极脆。

摩擦带电。

品种价值中国根据琥珀的不同颜色、特点划分的品种为金珀、血珀、虫珀、香珀、石珀、花珀、水珀、明珀、蜡珀、密腊、红松脂等，其中并没有明确的定义。

例如，虫珀和灵珀应该算是一种，都是指含有动物遗骸的琥珀。

花珀是指经过人工爆花工艺的琥珀，其中要注意，压制琥珀的泡花特别细碎，无序，背景浑浊。

蜜腊是指不透明的琥珀，“千年琥珀，万年蜜蜡”之说乃谬误。

香珀是指摩擦后香味明显的蜜蜡，因为通常蜜蜡的处理程度小，所以香味浓郁。

水珀是指内含水滴的琥珀，也叫水胆琥珀。

琥珀的价值不高，除非是古董、精湛的艺术品或含有生物遗体。

琥珀依昆虫的清晰程度、形状大小、颜色决定其经济价值。

颜色浓正，且杂质不多者为佳。

颜色以蓝、绿色和血红为好，但绿色琥珀发现在多米尼加、墨西哥以及中国抚顺等地，波罗的海绿珀多为高温下置于在化学药剂中所致。

琥珀真假的肉眼鉴别

琥珀真假的肉眼鉴别琥珀为有机宝石之一，它是由第三纪松柏科植物的树脂经石化而成。

在欧洲，据说早在两万七千年前就被石器石代的远古祖先所收藏。

而根据可靠的记载，琥珀已有近6000年的历史。

根据考古，在希腊和埃及的古墓中就常见到青金石、绿松石、琥珀这三种殉葬品。

在中国战国时期的墓葬中就已出现了琥珀珠，而自汉代以后，琥珀装饰品和雕刻品就更多见了。

《本草纲目》中记载：〝虎死，精魄入地化为石〞因此有〝虎魄〞之意。

琥珀(Amber)是在第三纪松柏类植物的树脂，深埋在地底下约3000万年～6000万年前因地壳变动而遭覆盖古松柏树脂的化石，经过地层压力及地热作用....等，变化而成，其具有不可思议的灵气，有人将其称为幸运石。

般若经内记载琥珀为佛教七宝之一，梵语阿湿摩揭婆。

可用为佛教禅修、摄六根、净六尘，为深入三昧之圣材，并可保身纳福吉祥，避邪驱魔，定魂魄，转变磁场净化空间。

金黄色的琥珀符合佛教密宗修持可得财利的象征，其质感柔润亮丽予人一种安祥的亲和性，在诸多宝石之中堪称最弥足珍贵者。

史蒂芬史匹柏的电影『侏罗纪公园』中出现了这样的一幕~~由一颗琥珀内的蚊子身体当中，采集出恐龙的血液，分析恐龙的DNA之后复制了恐龙，这一幕使看过这部电影的人印象深刻。

侏罗纪公园里的恐龙，是来自于保存在琥珀里的蚊子，因为它吸有恐龙的血液，这样才得到恐龙的基因来复制。

虽然蛮科幻的，不过真实里，琥珀里的空泡就保存了远古的空气，研究里面的成份可以解开当时的气候和环境变化，这也够神奇的了；当树脂流出时，有些生活在森林中的昆虫、花粉、微生物，被树脂包住留传下来，这也是琥珀中会有昆虫的原因，大约1000颗琥珀中才有一颗会有昆虫，故内含昆虫的琥珀身价会提高不少。

琥珀和玳瑁均属于低硬度的宝石，琥珀的颜色有很多种，以金黄色的流传最广，也最亮丽。

琥珀的品种及产地目前琥珀依颜色及特点可划分为以下几个品种：1. 血珀：透明、色红如血者为琥珀中的上品。

2. 金珀：透明、金黄色、明黄色的琥珀，属名贵品种之一。

图形软件与Amber程序的联合应用

２图形软件应用
２１初始结构．
实验和理论以后的第三种重要科学研究方式．分子动力学模拟（ｌｃｌｙａｉｉｕａＭｏｕａＤｎｍｃｓｌ— ｅｒｓｍｌｎ，ｓ是指利用计算机强大的计算能力，ｉｓＭＤ）ｏ结
在Ａｈｒ蛋白质中各氨基酸残基的力参ｍｅ中，
数是预先存在的，因此通常生物大分子不需要特
别处理，而配体小分子就需要特别小心，因为有机
ｔＢｎ）剑桥结构数据库（ａｈｉｇｔｅｕａａａｋ、ｃｍｒｅｓｒｔｒｌｄｕＤｔａｅ、酸数据库（ｕｌｃＡｉＤｔｂｓ）ａａｓ）核ｂＮｃｅｃａａｅｉｄａ等获取可以通过建模等其它方法获取；入也输
小分子有很高的多样性，他们的力参数和静电信
息不可能预存在库文件中，需要自己计算生成模
板．ｍｅ中的ＡｔｈＨｅ就是生成小分子模板Ａｂｒｎｃａｌｒｅｂ
文件的准备，包括ｐｕｏ，ｐｒ等，ｒｔｉｃ１ｐｎｄ这部分主要
息不变．ＡｃｌｓＩｓ０ｅｙＳｕｉ，可以在ｃｅｙ）ｃｖｒｔｄ０中还ｒｉ将大分子设成不同的形状，如飘带结构等以方便观察分析．
２２ｐｍ０．ｒｔｐ和ｉｐｒｎｃｄ文件的创建
如果将数据信息转化成可视化信息，则不仅使分
为了进行ＭＭＰｓ／ＢＡ计算，我们先将该复合物拆

Amber使用笔记B3

Amber使用笔记B3- Case Study: Folding TRP Cage (Advanced analysis and clustering)---Written by PanLu Introduction：1)"Trpcage" ，含有20个氨基酸残基，是可以显示两态折叠性质且在室温下稳定的最小的一个氨基酸；Section 1：创建构型1)建一个线性的多肽链时，Leap工具不会自动识别这个链的两端，因此，我们要明确这个链的N端（在氨基酸前加一个N）和C端（在氨基酸前加一个C）；使用命令：肽链名= sequence {氨基酸按顺序排列}2)文献上使用的leaprc.ff99力场在高版本的Amber11中没有，我使用了leaprc.ff99SB这个力场；3)分别保存了一个lib文件（saveoff命令，AmberTools13 Reference Manual P125，save UNITs and PARMSETs using the Object File Format, 这个文件是用来干什么的？）和一个pdb文件（savepdb命令，便于VMD可视化）。

Section 2：创建prmtop和inpcrd文件1)文献中提到使用了FF99力场，但Amber6版本并没有FF99力场，作者实际使用了修改了phi/psi二面角参数的FF99力场；由于这种的修正可能会导致glycine参数化的问题，在Amber9版本中这种修正被删除，而FF99力场也被FF99SB力场替代；2)在生成prmtop文件和inpcrd文件之前，先使用了loadoff命令调用了lib文件，然后使用loadamberparams命令上载了一个替代的二面角参数文件，之后才使用saveamberparm命令保存prmtop和inpcrd文件；3)在我们的工作中，直接使用了FF99SB力场，不考虑这种二面角的修正；Section 3：优化Section 4：heating1) 既然已经在前面做了结构优化，为什么不直接做动力学，而要先做heating ？ 2) “MD simulations of 100 ns were performed at 300 K, but all were kineticallytrapped on this time scale, showing strong dependence on initial conditions and failing to converge to similar conformational ensembles. We therefore increased the temperature to 325 K.” 因此，在这个工作中，没有在300K 温度下做MD ，而是将温度升至325K；3) 由于我们的初始结构是人工构建而不是实验的晶体结构，在开始heating 时相比实验结构会不太稳定，所以，在heating 过程中，该工作time step 设置为0.5fs ，而在平衡之后的MD 过程，time step 为2fs ；4) Heating 过程分7步，可以发现从300K~325K 过程，花了较长的时间和步数，为什么？5)6)Tutorial中提供的csh脚本在我们的服务器上并不适合，作业并不能依次提交，因此，我们还是手动的一个作业一个作业地提交；7)使用了一个节点4个cpu并行的计算，大约10个小时可完成一个作业，并行化的使用为：Export DO_PARALLEL=’mpirun –np 4’DO_PARALLEL $AMBERHOME/exe/sander ……Section 5：Production MD1)在做完之前一系列的准备工作之后，可以开始在325K下的long production(?)MD模拟。

Amberpack满式床的成功经验

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Amber分子动力学中文经验谈

Amber 分子动力学中文经验谈
此文为 dddc_redsnow 发表于 biolover 上的关于分子动力学的系列原创文章，相当经典与精彩，特此将系列文章整合，一起转载，望学习动力学的新手们共同学习，提高进步，在此特向 dddc_redsnow 本人表示感谢。
动力学系列之一（gromacs，重发）在老何的鼓励下，发一下我的 gromacs 上手手册（我带人时用的，基本半天可以学会 gromcas） ###################################################### # Process protein files step by step # ###################################################### pdb2gmx -f 2th_cap.pdb -o 2th_cap.gro -p 2th_cap.top -ignh -ter nedit 2th_cap.top editconf -f 2th_cap.gro -o 2th_cap_box.gro -d 1.5 genbox -cp 2th_cap_box.gro -cs -p 2th_cap.top -o 2th_cap_water.gro make_ndx -f 2th_cap_water.gro -o 2th_cap.ndx genpr -f 2th_cap_water.gro -n 2th_cap.ndx -o 2th_cap_All.itp genpr -f 2th_cap_water.gro -n 2th_cap.ndx -o 2th_cap_M.itp genpr -f 2th_cap_water.gro -n 2th_cap.ndx -o 2th_cap_C.itp nedit Flavo.itp grompp -f em.mdp -c 2th_cap_water.gro -p 2th_cap.top -o prepare.tpr genion -s prepare.tpr -o 2th_cap_water_ion.gro -np 1 -pq 1 ##################################################### # Minimize step by step # # 1. minimization fixing whole protein # # 2. minimization fixing maincharin of protein # # 3. minimization fixing Ca of protein # # 4. minimization without fix # ##################################################### grompp -np 4 -f em.mdp -c 2th_cap_water_ion.gro -p 2th_cap.top -o minimize_water.tpr mpirun -np 4 mdrun -nice 0 -s minimize_water.tpr -o minimize_water.trr -c minimize_water.gro -e minimize_water.edr -g minimize_water.log & grompp -np 4 -f em.mdp -c minimize_water.gro -p 2th_cap.top -o minimize_sidechain.tpr mpirun -np 4 mdrun -nice 0 -s minimize_sidechain.tpr -o minimize_sidechain.trr -c minimize_sidechain.gro -e minimize_sidechain.edr -g minimize_sidechain.log & grompp -np 4 -f em.mdp -c minimize_sidechain.gro -p 2th_cap.top -o minimize_sidechain_ex.tpr mpirun -np 4 mdrun -nice 0 -s minimize_sidechain_ex.tpr -o minimize_sidechain_ex.trr -c minimize_sidechain_ex.gro -e minimize_sidechain_ex.edr minimize_sidechain_ex.log & grompp -np 4 -f em.mdp -c minimize_sidechain_ex.gro -p 2th_cap.top -o minimize_all.tpr mpirun -np 4 mdrun -nice 0 -s minimize_all.tpr -o minimize_all.trr -c minimize_all.gro -e minimize_allx.edr -g minimize_all.log&

制作琥珀孩子的优点和缺点自我评价

制作琥珀孩子的优点和缺点自我评价英文版Making Amber Child: Self-Evaluation of Advantages and DisadvantagesWhen it comes to making amber children, there are both advantages and disadvantages to consider. As someone who has experience in this craft, I would like to evaluate these aspects from a personal perspective.One of the main advantages of making amber children is the creativity and artistry involved. Each piece is unique and allows for personal expression and innovation. It is a rewarding feeling to see a finished product that you have created with your own hands.Another advantage is the therapeutic benefits of working with amber. The process of shaping and molding the amber can be a meditative and calming experience. It can help to reduce stress and anxiety, and promote a sense of relaxation and well-being.On the other hand, there are some disadvantages to making amber children. One of the main challenges is the time and effort required to create each piece. It can be a time-consuming process that requires patience and dedication. Additionally, working with amber can be messy and require careful handling to avoid accidents.In conclusion, making amber children has its advantages and disadvantages. While it can be a fulfilling and therapeutic activity, it also requires time and effort to master. Overall, I believe that the benefits outweigh the drawbacks, and I look forward to continuing to hone my skills in this craft.制作琥珀孩子的优点和缺点自我评价制作琥珀孩子既有优点又有缺点。

amber力场计算公式

amber力场计算公式Amber力场是一种经典力场，用于计算和描述分子体系中的相互作用和能量。

它基于分子力学的原理和假设，通过引入势能函数来描述分子之间的相互作用。

Amber力场的计算公式可以分为以下几个部分：键能、角能、二面角能、范德华能、电位能以及其他项的贡献。

1. 键能（Bond Energy）：用于描述和计算化学键的形成和断裂过程。

键能的计算公式通常采用调和近似，即将键能视为一个弹簧，键的能量可以表示为：E_bond = 1/2 * k_bond * (r - r_0)^2其中，E_bond是键的能量，k_bond是键的弹性常数，r是键的实际长度，r_0是键的平衡长度。

2. 角能（Angle Energy）：用于描述和计算相邻键之间的角度。

角能的计算公式通常也采用调和近似，即将角能视为一个弹簧，角的能量可以表示为：E_angle = 1/2 * k_angle * (theta - theta_0)^2其中，E_angle是角的能量，k_angle是角的弹性常数，theta是角的实际大小，theta_0是角的平衡大小。

3. 二面角能（Dihedral Energy）：用于描述和计算分子中的二面角（torsion）的变化。

二面角能的计算公式通常由多个正弦和余弦函数组成。

这些函数的系数取决于分子的几何结构和化学键的性质。

4. 范德华能（Van der Waals Energy）：用于描述和计算分子中非键的相互作用。

范德华能的计算公式通常采用Lennard-Jones势能函数，可以表示为：E_vdw = 4 * epsilon * ((sigma/r)^12 - (sigma/r)^6)其中，E_vdw是范德华能，epsilon是能量参数，sigma是长度参数，r是两个分子之间的距离。

5. 电位能（Electrostatic Energy）：用于描述和计算带电粒子之间的相互作用。

电位能的计算公式通常采用库仑势能函数，可以表示为：E_elec = k_e * q1 * q2 / r其中，E_elec是电位能，k_e是库仑常数，q1和q2是带电粒子的电荷，r是两个分子之间的距离。

简易计算化学键偶极矩的方法探讨

简易计算化学键偶极矩的方法探讨计算分子的键偶极矩是理论化学中非常重要的一个课题，它对于解释分子的性质和参与化学反应的机理具有重要意义。

计算化学键偶极矩的方法有很多种，本文将介绍一些常用的计算化学方法，包括经验力场、量子力学方法以及混合方法。

1.经验力场方法：经验力场方法是计算化学中常用的一种方法，它使用经验参数和分子力学原理来计算分子的力场和几何构型。

经验力场方法可以通过计算原子之间的库仑相互作用、键能和键角来预测分子的键偶极矩。

常用的经验力场方法包括AMBER和MMFF94等。

这些方法计算速度快，适用于大分子体系的计算，但精度较低。

因此，在使用经验力场方法计算键偶极矩时，需要进行参数优化以提高模型的准确性。

2.量子力学方法：量子力学方法是计算化学中更加准确的方法之一，它基于薛定谔方程来描述分子系统。

量子力学方法可以通过求解薛定谔方程来得到分子的波函数，进而得到体系的键偶极矩。

常用的量子力学方法包括Hartree-Fock (HF) 方法和密度泛函理论 (DFT) 方法等。

量子力学方法可以提供较高的精度，但计算量较大，适用于小分子体系的计算。

3.混合方法：混合方法是将经验力场方法和量子力学方法相结合，通过建立经验力场模型来加速计算过程，再利用量子力学方法对部分化学键进行校正。

常用的混合方法包括分子力学/量子力学(QM/MM)方法和分子力学/分子力学(QM/MM)方法。

混合方法能够在保证计算速度的同时提供相对较高的精度，适用于中等大小的分子体系的计算。

综上所述，计算化学中常用的计算化学方法包括经验力场方法、量子力学方法和混合方法，它们各自具有优缺点，并适用于不同尺度和精度的分子体系的计算。

在选择方法时，需要根据具体问题的要求来确定合适的方法。

此外，还需要注意参数的选择和模型的优化，以提高计算结果的准确性。

随着计算化学方法的不断发展，相信未来会出现更多准确性更高、计算速度更快的计算化学方法，为化学研究提供更多工具和方法。

分子模拟技术在食品组分互作体系及安全领域的应用研究进展

㊀㊀2023年4月第38卷第2期㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀JOURNAL OF LIGHT INDUSTRY㊀Vol.38No.2Apr.2023㊀收稿日期:2022-05-23基金项目:国家自然科学基金青年基金项目(31901676,32001352);广州市基础与应用基础研究项目(202102080221);贵州省科技计划项目[黔科合支撑(2020)1Y171号];阳西县级科技项目(21011)作者简介:傅亮(1968 ),男,湖南省益阳市人,暨南大学副教授,博士,主要研究方向为食品科学㊂E-mail :tfuliang@ 通信作者:陈永生(1985),男,河南省漯河市人,暨南大学副研究员,博士,主要研究方向为食品化学㊁食品营养学㊂E-mail :chysh11@傅亮,吕金羚,张锦,等.分子模拟技术在食品组分互作体系及安全领域的应用研究进展[J].轻工学报,2023,38(2):1-13.FU L,LYU J L,ZHANG J,et al.Research progress on the application of molecular simulation technology in food component interaction system and safety[J].Journal of Light Industry,2023,38(2):1-13.DOI:10.12187/2023.02.001分子模拟技术在食品组分互作体系及安全领域的应用研究进展傅亮1,吕金羚1,张锦1,庄国栋1,3,朱勇2,陈永生11.暨南大学理工学院,广东广州510632;2.贵州大学酿酒与食品工程学院,贵州贵阳550025;3.广东药科大学中药学院,广东广州511400摘要:在食品加工和储存过程中,组分分子之间会发生复杂的相互作用,传统的实验方法难以从分子层面对影响食品营养价值和安全性的互作机制进行清晰直观的阐释㊂分子模拟技术基于分子模型研究分子行为以预测或解释宏观实验现象,具有客观㊁高效㊁成本低廉等优点,是连接微观与宏观尺度的重要桥梁㊂对该技术在食品组分互作体系㊁食品安全领域中的应用研究进展进行了综述,认为:分子模拟技术能够从原子/分子层面揭示食品营养物质分子间的互作机制㊁食品污染物的毒理机制及抑菌机理,表征分子构象的动态变化㊁电子转移㊁共价键断裂和重建等可视化数据,为改善食品的加工工艺和储存条件㊁提高食品的安全性等生产实践提供指导性建议㊂然而,近年来该技术在应用过程中存在大多数互作体系的研究相对独立㊁高反应性的分子在模拟过程中被认为是纯分离物或惰性物质等问题,今后应深入研究并逐步完善环境诱导下食品组分分子的构象变化㊁功能特性与食品品质三者之间的联系,以期为分子模拟技术在食品不同领域的实际应用提供参考㊂关键词:分子模拟技术;食品组分;互作机制;食品安全中图分类号:TS201.2㊀㊀文献标识码:A㊀㊀文章编号:2096-1553(2023)02-0001-130　前言食品能够给人体提供丰富的营养物质,在食品加工和储存过程中,营养物质之间及其与环境之间会发生复杂的变化,影响食品的感官品质㊁营养价值和安全性[1]㊂目前,主要通过一些宏观信息对分子间的相互作用进行研究,但使用的某些精密仪器或多或少存在对样品纯度要求高㊁实验耗时久㊁分离能力差㊁灵敏度低等局限性,因此需要结合多种研究方法从不同角度进行研究分析㊂有研究[2]表明,食品中营养物质的结构与功能特性关系密切,因此研究人员亟需从微观层面获取更多的信息以提高对研究体系的认识水平㊂分子模拟(Molecular Simulation,MS)技术是一㊃1㊃㊀2023年4月第38卷第2期㊀种利用计算机强大的数据处理和图像显示能力,基于原子水平的分子模型,模拟分析分子的结构与行为㊁体系的各种理化性质并指导进一步实验的技术[3]㊂与传统实验技术相比,分子模拟技术具有可预测㊁高效率㊁高安全性㊁低成本等优点,可以弥补传统宏观实验方法的不足,受到业界极大的关注[4],广泛应用于微观层面的食品中营养物质分子结构动态变化㊁食品组分分子间互作机制㊁食品污染毒性机理等研究中[5-6]㊂本文拟综述分子模拟技术在食品组分互作体系中的应用,以及解决组分互作造成的食品安全问题的研究进展,并讨论该技术在应用过程中存在的问题和未来的发展方向,以期为该技术在食品领域的广泛应用提供参考㊂1㊀分子模拟技术的发展自第一次模拟实现刚性球之间弹性碰撞以来,分子模拟技术得到了很大的发展㊂20世纪60年代,研究者开始利用分子模拟技术逐渐深入了解简单和复杂流体的结构和动力学㊂相关的技术程序不断推陈出新,有大分子模拟程序CHARMM,也有在此基础上开发的AMBER程序和GROMOS程序㊂20世纪90年代后,分子模拟技术快速发展[7],目前,该技术已经可以模拟小分子及蛋白质㊁多糖等多种复杂体系的相互作用,模拟程序GROMACS㊁AutoDock㊁SYBYL等也陆续问世㊂特别是1998年和2013年诺贝尔化学奖的授予,分别肯定了科学家在量子化学计算方法与发展多尺度模型研究复杂化学体系领域的卓越贡献[8],这表明分子模拟技术已经与试管实验同样重要㊂分子模拟技术逐渐成为食品领域研究的重要工具,在ScienceDirect上分别以 molecularsimulation(分子模拟) 及 molecular-simulation+food(分子模拟+食品) 为关键词进行检索,其出版物数量在2000 2021年间呈逐年飙升的趋势㊂由此可见,该技术在食品领域的前景十分广阔,其应用研究代表了目前食品研究的部分热点发展方向㊂2㊀应用于食品领域的分子模拟技术主要方法㊀㊀食品领域常用的分子模拟技术方法主要包括量子力学法㊁蒙特卡罗法㊁分子对接和分子动力学法[9]㊂2.1㊀量子力学法量子力学法是基于薛定谔方程近似解研究物质世界微观粒子的结构㊁性质及其运动规律的模拟计算方法,主要分为从头算法㊁半经验方法及密度泛函理论(Density Functional Theory,DFT)[10]㊂其中,从头算法基于量子力学定律和光速㊁普朗克常数等物理常数的数值,计算过程中不考虑电子相关能㊁高估电子排斥㊁耗时久;半经验方法基于实验数据的参数优化求解过程,能对分子系统进行合理的定性描述和准确的定量预测,计算效率高㊁成本低;DFT基于仅有3个变量的电子密度,计算速度快㊁精度高,不仅考虑了电子相关能,还能探究电子间的交联和电子对的瞬时互作㊂化学反应即共价键的生成和断裂,本质上是原子表层电子的分布变化,理论上只能用量子力学法阐释㊂相比之下,分子力学法的本质是假设原子为刚性球体,通过解牛顿力学方程来描述体系变化,不考虑电子转移,不适合描述化学反应中共价键的变化㊂目前,量子力学法广泛应用于食品活性成分的作用机理和构-效关系的研究中[11],其中蛋白方面的拓扑文件常用AMBER等力场,小分子拓扑的构建则常用Gaussian㊁ORCA等程序运算生成㊂此外,在食品酶的催化机制㊁食品营养因子㊁风味成分的化学反应等涉及共价键变化的研究中,也常使用基于DFT的量子力学法或将量子力学法与分子动力学联用进行分析[11-14]㊂2.2㊀蒙特卡罗法蒙特卡罗法是一类把随机变量作为研究对象,求解数理及工程技术问题近似解的数值模拟法,常用于食品安全风险评估[15]㊁测量不规则形状食品的体积[16]㊁分析食品中细菌群体行为的变异性[17]等㊂蒙特卡罗法适用于模拟常见的关键事件,且模拟结果与实际情况随着抽样模拟次数的增加逐渐逼近,计算精度也随之提高㊂试验风险分析能综合反映多个因素的共同影响,不受因素间关系的影响,避免主观因素造成的风险分析误差,从而达到减化繁琐操作或避免危险工作的目的㊂但如果关键事件很少发生,使用蒙特卡罗法评估事件发生的概率时可能存在大量不切实际的迭代,导致模拟过程耗时长㊁效㊃2㊃㊀傅亮,等:分子模拟技术在食品组分互作体系及安全领域的应用研究进展率低㊂2.3㊀分子对接分子对接是研究分子(受体和配体)之间非键相互作用,预测结合模式(作用位点和结合构象)和亲和力的模拟方法[5-18],可为揭示分子间的作用机制及设计新的配体提供微观层面的理论辅助和决策基础㊂分子对接按系统简化的程度和方式可分为刚性对接㊁柔性对接和半柔性对接㊂刚性对接过程中配体结构与受体结合位点的构象稳定不变,计算速度快,但模拟精度不足;柔性对接虽允许研究体系的构象自由改变,但变量随体系原子数的增多呈几何级数增加,计算量和时间成本消耗较大,对模拟平台要求较高;半柔性对接在对接精度和计算量上均采用折中策略,控制配体构象变化,使受体构象不变或只有部分残基变化,广泛应用于研究大分子-小分子的识别和互作机制㊂分子对接在食品领域常用于研究蛋白质-配体的结合模式和亲和力及食品污染物的毒理机制等,目前常用的对接软件有AutoDock㊁DOCK㊁Gold 等[19]㊂2.4㊀分子动力学法分子动力学法[4]是分子模拟技术中最接近真实条件的模拟方法,基于经典牛顿力学中的分子力场模拟计算分子体系动态行为㊁热力学及动力学性质[20],常与分子对接法联用以描述分子构象的动态变化过程,进而获得分子间的结合模式㊁结合亲和力㊁瞬态稳定性等互作机制㊂相比之下,分子力学法只能基于经验或半经验力场描述体系的静态性质㊂㊀㊀㊀分子动力学法在模拟计算时不考虑分子力场的参数和电子运动,只考虑化学键的旋转伸缩和键角的改变,并选取在合适力场下势能最低的稳定构型进一步分析㊂因此,分子力场的选择对于分子动力学是否能获得最接近真实状态的模拟计算结果至关重要㊂分子动力学法模拟计算速度快㊁精度高,不仅可以处理具有数万粒子的系统,还能描述不同温度下分子体系热力学状态的变化㊂但该方法模拟的时间和空间尺度有限,为了获取更多的动态信息,一般通过分子力学-蒙特卡罗法联用来优化体系结构以缩短模拟时长㊂目前,分子动力学法常用的分子力场是AMBER㊁CHARMM㊁OPLS 等[1,4,21](见表1),常用的模拟程序有GROMACS㊁AMBER㊁CHARMM 等[21-22](见表2)㊂3㊀分子模拟技术在食品组分互作体系中的应用3.1㊀脂质及其衍生物3.1.1㊀理化反应的分子机理及其产物分析㊀油脂中含有大量的甘油三酯,易受加工工艺和储存环境的影响而发生水解㊁热解㊁氧化等复杂变化,产生烷烃等系列终产物,影响油脂的营养价值和功能特性[4]㊂分子模拟技术能监测复杂脂质体系中分子结构的动态变化,阐明变化机理和产物类别㊂G.Bella 等[14]基于DFT 计算研究以甘油三酯为主的植物油混合物体系中主要成分的化学位移,为核磁共振等传统光谱的区域拥挤现象提供了合理的可视化㊀㊀表1㊀分子动力学模拟中常用的力场Table 1㊀The frequently-used force field in molecular dynamics simulation力场获取方法应用范围兼容程序网站许可情况AMBER Antechamber,acpype生物大分子㊁一些有机小分子GROMACS,CHARMM https:ʊ /AmberModels.php免费GROMOS ATB,PRODRG2蛋白质㊁核酸㊁烷烃的凝聚相GROMACShttp:ʊvienna-ptm.univie.ac.at /?page_id =100免费OPLS LigParGen,MKTOP,TPPmktop 有机小分子㊁蛋白质的凝聚相GROMACS,CHARMM,NAMD,LAMMPShttp:ʊ /oplsaam.html免费CHARMM CGenFF,SwissParam蛋白质㊁脂类(膜)㊁核酸㊁小分子药物GROMACS,CHARMMhttp:ʊ /charmm_ff.shtml#gromacs免费ReaxFF ADF,Materials studio,LAMMPS高温㊁燃烧㊁爆炸等极端过程中的化学变化过程ADF,Materials studio,LAMMPS https:ʊ /doc /ReaxFF /Included_Forcefields.html收费GAFF Antechamber,acpype 有机小分子AMBER,GROMACS,CHARMMhttps:ʊ /AmberModels.php 免费MARTINImartinize.py磷脂㊁胆固醇㊁蛋白质㊁碳水化合物㊁聚合物GROMACShttp:ʊcgmartini.nl /index.php 免费㊃3㊃㊀2023年4月第38卷第2期㊀表2㊀分子动力学模拟常用的程序Table 2㊀The frequently-used programs in molecular dynamics simulation程序应用范围优点兼容力场网站许可情况GROMACS 磷脂双层膜㊁蛋白质㊁药物分子等复杂的生物系统;聚合物㊁无机物等非生物体系能处理数百万原子的复杂系统,效率高GROMOS,OPLS,AMBER,CHARMM http:ʊ /免费AMBER 蛋白质㊁碳水化合物㊁核酸等生物大分子支持建模和蒙特卡罗法AMBER,GAFFhttp:ʊ /工具和力场免费;模拟程序软件包收费CHARMM 生物小分子和大分子基于经验能量计算出体系的相互作用能和构想能㊁局域最小化㊁动力学行为等CHARMM,AMBER,GAFF,OPLShttp:ʊ /力场免费;模拟程序软件包收费LAMMPS 软㊁固态材料能模拟金属系统OPLS,ReaxFFhttps:ʊ /免费NAMD 蛋白质㊁核酸㊁细胞膜等体系全原子模拟,脚本语言简单㊁并行能力良好,能介观或跨尺度模拟,模拟速度快CHARMM,x-plor,AMBER,Dreiding http:ʊ /Research /namd /收费Discovery Studio 生命大分子的建模和模拟,药物设计功能模块化且高度集成的综合模拟平台CHARMm,CFF,MMFFhttp:ʊwww.3dsbiovia.com /products /collaborative-science /biovia-discovery-studio /收费Materials Studio材料科学领域模拟聚合㊁催化㊁表面重构等多种化学反应过程将材料模拟引入桌面,能同时考虑周期性和非周期性溶剂化效应COMPASS,PCFF,CVFF,ReaxFFhttps:ʊwww.3dsbiovia.com /products /collaborative-science /biovia-materials-studio /收费预测㊂但由于力场的兼容性有限,仅用一种力场无法详细描述脂质体系涉及的所有理化反应机理㊂Z.Q.Zhang 等[23]采用基于ReaxFF 力场的分子动力学模拟研究植物油中不饱和甘油三酯的主要热解机制,发现初始分解过程中C O 键的断裂和脱羧发生在C C 键β位的C C 键裂解之前,最终热解产物主要包括烷烃㊁烯烃㊁CO 2㊁H 2等㊂虽然基于ReaxFF 力场的分子动力学模拟能在原子水平准确地描述化学反应过程中的电子转移㊁化学键断裂和重建情况,与实验结果吻合度高,但其只能在燃烧或高温等极端条件下模拟仅包含C㊁H㊁O 等元素的特定体系化学变化,缺少对酯化㊁分解等脂质体系经常发生的化学反应的描述㊂由此可见,一些力场在脂质体系中的应用还有很大的拓展空间㊂3.1.2㊀乳液体系的动态监测及其稳定的分子机制分析㊀乳液是水分散在油中(W /O)或油分散在水中(O /W)的双向分散体㊂牛奶㊁奶油㊁冰淇淋等许多食品中均存在乳液或在加工过程中经历乳化,乳液体系在聚集方面的稳定性决定了食品的品质㊂分子模拟技术能动态监测乳液的聚集情况㊁预测体系不同组分对乳液稳定性的影响㊂M.Koroleva 等[24]基于Langevin 动力学开发了研究W /O 乳液中液滴聚集的仿真程序,可以模拟监测不同液滴数量的聚集体随时间的变化情况,为模拟乳液液滴的运动提供了更真实的描述㊂乳液也常作为生物活性小分子的递送载体以提高小分子的生物利用率㊂分子模拟技术能在分子水平上揭示功能性乳液体系中分子间的稳定机制,可作为传统实验结果的补充和验证㊂以卵磷脂为油相制备的姜黄素负载乳液稳定性高且溶解度好,分子动力学模拟表明这是姜黄素通过氢键和水桥与脱脂淀粉形成稳定络合物体系造成的结果[25]㊂3.1.3㊀脂质衍生物和其他食品组分的互作机制分析㊀鸡蛋黄中包含中性脂肪㊁卵磷脂和胆固醇,常用于面包㊁馒头等烘焙食品中㊂S.Y.Sang 等[26]研究发现,蛋黄卵磷脂能促进淀粉糊化,降低凝胶强度,差示扫描量热法得出这是双螺旋交联间距增大造成的结果㊂但由于差示扫描量热法计算淀粉糊化度的经验公式不固定,且仅能通过淀粉糊化全过程中糊化温度和吸热的变化等宏观数据判断,因此又通过分子动力学模拟进一步发现卵磷脂与直链淀粉在交联过程中的单螺旋结构,深化了对卵磷脂促进糊化㊃4㊃㊀傅亮,等:分子模拟技术在食品组分互作体系及安全领域的应用研究进展的分子机制的认识㊂生物表面活性剂比合成表面活性剂更安全㊁环保㊂分子模拟技术能通过构建分子模型深入研究脂质衍生物类表面活性剂的构-效关系,揭示表面活性剂诱导蛋白质构象变化行为的分子机制㊂C.Russell等[27]研究发现,鼠李糖脂比甘油单酯或卵磷脂对卵清蛋白的结合亲和力更大,具有从油-水界面取代蛋白质的能力,是3种表面活性剂中唯一一种能够以高物质的量比为乳液提供热稳定性的表面活性剂㊂综上所述,分子模拟技术已广泛应用于阐明脂质及其衍生物体系中存在的理化反应机理和分子互作机制㊂随着对分子模拟技术的深入了解,研究人员能通过构建粗粒度模型延长复杂脂质系统的模拟尺度㊂但脂质及其衍生物易发生氧化㊁热解等反应并生成大量结构未知的中间产物和反应产物,这些产物也会与其他潜在食品组分互作进而改变体系的结构和功能特性㊂因此,在常见的食品加工和储存条件下,脂质及其衍生物与蛋白质㊁碳水化合物等其他食品组分的微观结构变化和功能活性之间的联系仍有待进一步研究,热加工-脂质-蛋白质㊁脂质-蛋白质-碳水化合物等复杂三元体系模型的构建也有助于深入探究脂质体系变化程度对食品品质的影响㊂3.2㊀蛋白质食品蛋白质的营养功能特性与其结构关系密切㊂但蛋白质结构复杂,相对分子质量大的蛋白质复合物不易结晶㊁难以分离,因此X射线晶体衍射技术或冷冻电镜技术不适用于解析其晶体结构㊂核磁共振法虽能在近生理状态下获得蛋白质的动态结构信息,但对样品浓度要求高,无法分析相对分子质量大㊁不溶性的蛋白结构,且图谱解析耗时久[28]㊂分子模拟技术能弥补这些传统方法的不足,从分子层面深入探讨周围环境对蛋白质结构和功能的影响机制㊁蛋白质-配体的互作机制,并提供蛋白质的构象动态信息㊂3.2.1㊀酶的作用机理分析㊀分子模拟技术广泛应用于动态分析酶促反应的全过程,设计新的酶,分析酶的底物㊁产物㊁抑制剂和激活剂,研究酶的固定化和失活[29-34]㊂壳聚糖酶OU01在催化水解过程中经历了开放-封闭-开放的构象转变[29],主要应用于工业目的新酶的设计㊂分子模拟技术可与传统光谱实验相结合,分析不同特异性酶水解降低β-乳球蛋白(β-LG)抗原性机制的差异[30],找到能显著降低β-LG抗原性的地衣芽孢杆菌蛋白酶(结合能-5.66kcal/mol),指导乳制品产业优化加工方法,并促进低致敏性乳制品的发展㊂然而,分子对接提供的溶剂条件有限,模拟过程中一般不考虑蛋白质的构象变化,也无法完全模拟如溶剂化作用等的真实情况㊂F.Xie等[33]在研究木质素的α-淀粉酶激活作用时发现,分子对接模拟所获得的结合能(-5.84kcal/mol)与298K条件下热力学分析获得的吉布斯自由能变ΔG(-14.11kcal/mol)有偏差㊂3.2.2㊀蛋白质的界面性质分析㊀蛋白质是两亲性分子,可吸附在界面上,通过降低界面张力增加食品的稳定性㊂有研究[6]表明,蛋白质吸附行为可导致其构象和功能性质发生变化㊂因此,深入研究蛋白质的界面性质对于控制加工和储存过程中富含蛋白质食品的品质是十分必要的㊂目前研究界面性质的方法主要是张力法和流变测量,但这些方法只能通过界面凝胶或晶体的形成㊁X射线检测吸附层的厚度等宏观信息来间接推断蛋白质构象的改变㊂分子模拟技术通过建立原子模型能够在分子层面模拟蛋白质在界面上的构象动态行为,为研究蛋白质的结构-功能-界面行为三者之间的联系提供详细的直观信息㊂H.Schestkowa等[35]通过分子动力学模拟发现,油-水界面蛋白质分子暴露的疏水域对吸附速率的影响大于静电排斥,这也印证了悬滴实验的结果㊂D.L.Cheung[2]通过分子动力学模拟发现,肌红蛋白衍生肽1-55在空气-水界面上会变换3种构象(1种紧凑㊁2种延伸),肽56-131在界面上形成致密的天然构象(见图1),肽1-55是很好的乳化剂和发泡剂,而肽56-131与之完全相反㊂由此可见,蛋白质的吸附构象与功能性质之间存在密切联系,分子模拟技术能直观再现蛋白质界面吸附过程中的构象变化,与实验结果相结合则可进一步阐明蛋白质的界面吸附行为与其功能特性的联系,为改善富含蛋白质食品的营养功能特性及加工和储存过程中的稳定性提供有效信息㊂这些研究也表明,蛋白质晶体和界面环境复杂多变,而目前分子模㊃5㊃㊀2023年4月第38卷第2期㊀㊀㊀㊀图1㊀肌红蛋白多肽在空气-水界面吸附过程中的构象变化[2]Fig.1㊀Conformational changes of myoglobin peptides during adsorption at the air-water interface [2]拟技术的模拟尺度有限,蛋白质㊁界面等分子模型的精确性还有很大的提升空间㊂3.2.3㊀食源性活性肽的感官品质分析㊀食源性活性肽具有降压㊁降糖等特性,但在功能性食品中可能会因味道的限制而影响其作为营养素的使用㊂分子模拟技术能建立食源性活性肽的结构㊁功能特性和感官品质之间的内在联系㊂P.Zhou 等[36]通过定量构效关系(QSAR)的非线性建模揭示了短肽的血管紧张素Ⅰ转换酶(ACE)抑制与苦味之间呈显著正相关,但三肽和四肽的相关性小㊂在此基础上,利用量子力学-分子动力学计算分析发现,四肽能与ACE 有效结合,氨基酸残基继续增多也不会实质性地增强肽对ACE 的亲和力,表明三肽和四肽可以作为具有抗高血压活性和低苦味功能性食品的潜在配料㊂传统的Q 值法仅考虑肽的平均疏水性和苦味之间的关系,相较而言,QSAR 能全面分析氨基酸残基的空间性质,包括疏水性㊁空间位置㊁氨基酸组成㊁净电荷㊁侧链分子大小㊁α-螺旋的倾向性等对苦味的影响,所建立的预测模型对大多数肽具有高拟合能力和可靠的稳定性,对建立食源性活性肽的构-效关系和感官品质之间的联系有显著作用㊂3.2.4㊀蛋白质与其他食品组分的互作机制分析㊀蛋白质不能单独作用,其与配体分子的相互作用和特异性识别是蛋白质发挥其生物功能的重要途径之一,也一直是食品科学领域研究的前沿和热点[37]㊂防冻蛋白质能减少解冻损失,最大程度地保护冷冻食品的品质㊂传统的NMR 和CD 光谱技术很难表征复杂且灵活的晶体结构,导致防冻蛋白质的防冻机制相关研究不足,严重阻碍了其在食品工业领域的应用㊂J.H.Wu 等[38]通过分子动力学模拟构建了分子结构模型,发现新型丝胶蛋白肽可以通过氢键和疏水相互作用吸附在冰表面,预防冰晶生长㊂防冻蛋白肽防冻性能的关键是碳水化合物的羟基及其与周围水分子形成水桥的能力,这些水合能力通过阻止冰晶再生引起的机械性细胞损伤来保持冷冻食品的品质[39]㊂除此之外,分子模拟技术也常用于表征蛋白-蛋白互作过程中的构象变化机制㊂K.K.Darmawan 等[40]用分子动力学模拟发现,尽管蛋白质之间在胃液pH 值条件下会相互排斥,但β-乳球蛋白与载脂蛋白-乳铁蛋白(apo-Lf)之间的主要相互作用力依然存在,可能形成能够截留额外生物活性营养物质的纳米级絮凝剂样复合物㊂此外,持久存在的相互作用力也使apo-Lf 抗菌肽区域结构刚性增强,表明其在胃消化过程中对有害细菌具有潜在作用能力㊂由此可见,分子模拟技术能为深入理解蛋白质的初始变性过程和潜在功能特性提供直观的分子构象信息㊂综上所述,分子模拟技术已广泛应用于在分子水平上研究酶与底物结合的活性位点㊁蛋白质的界面吸附行为和防冻机制,有助于研究人员深入研究蛋白质与其他食品组分之间的互作机制,理解蛋白质结构与功能之间的关系,优化食品的加工和储存环境,指导开发更有益于人体健康的功能性食品㊂但在真实环境下,大部分蛋白质的结构仅仅维持在稳定边缘,并不具备完美的物理学结构㊂氨基酸序列的组合㊁无序区域及主侧链空间构象的变化使蛋白质的结构非常复杂,所构建模型中存在的细小偏差都会影响模拟过程中分子间的识别契合及相互作㊃6㊃。

amber时间管理导师真假

Amber时间管理导师真假时间管理是现代社会中，特别是在高效率工作和快节奏生活的背景下，越来越受到人们的关注和重视。

为了有效地管理时间，许多人寻求时间管理导师的帮助和指导。

然而，在市场上出现了众多自称为时间管理导师的个人和机构，其中有些可能是真正有实力和经验的导师，但也不乏一些无能的骗子。

本文将对时间管理导师Amber的真实性进行探讨和评估。

Amber时间管理导师的背景Amber号称是一位经验丰富的时间管理导师，以帮助人们提高工作和生活的效率而闻名。

据其自述，在过去的十年里，Amber已经帮助了无数人解决了时间管理上的难题，并取得了显著的成就。

她声称自己拥有丰富的时间管理知识和技巧，能够教授人们如何有效地组织和安排时间，达到更高的工作和生活效率。

对Amber时间管理导师真实性的评估然而，对于Amber时间管理导师的真实性，我们需要对其提供的信息和所声称的成就进行评估和验证：1. 资质与认证在评估时间管理导师的真实性时，首先需要关注他们的资质和认证情况。

Amber是否拥有相关的时间管理领域的资格认证，例如国际时间管理协会（ITMA）颁发的认证证书？这些认证证书可以证明导师的专业知识和技能，并为其提供有力的背书。

2. 客户评价和案例研究了解其他客户对Amber的评价和案例研究也是评估她真实性的重要方面。

我们可以寻找她的客户评价和反馈，了解他们对Amber所提供的时间管理指导和辅助的评价如何。

此外，了解Amber是否有成功的案例研究，即帮助客户实现了显著的时间管理突破和成就。

3. 社交媒体和在线声誉社交媒体和在线声誉也是评估Amber真实性的重要指标。

我们可以搜索Amber的社交媒体账号和个人网站，了解她的活动和内容是否与她所宣传的一致。

此外，寻找与Amber相关的讨论和评论，以评估她在时间管理领域的专业声誉和知名度。

4. 初次咨询和试用如果有可能，可以向Amber预约初次咨询，以进一步了解她的时间管理方法和指导。

amber时间管理导师骗

Amber时间管理导师骗简介时间管理是每个人都需要掌握的一项技能，而导师则是在时间管理方面提供指导和帮助的专业人士。

然而，正因为时间管理的重要性，有些不法分子会利用人们对时间管理的渴望进行欺诈活动。

本文将介绍关于一位名为Amber的时间管理导师的骗局，希望读者能够提高警惕，避免上当受骗。

案例细节导师介绍Amber自称是一位经验丰富的时间管理导师，声称能够帮助人们提高工作效率、合理安排时间，并取得事业和生活的平衡。

她宣传自己曾经帮助过许多人成功改变时间管理习惯，并成功实现了他们的目标。

吸引客户Amber利用各种渠道吸引潜在客户，如社交媒体、论坛以及广告宣传等。

她发布了许多吸引人的广告，声称要免费提供时间管理咨询和一对一指导。

这些宣传手法吸引了许多对时间管理有需求的人们。

虚假承诺一旦吸引了足够多的客户，Amber会开始实施她的欺诈计划。

她声称自己有一套独特的时间管理方法，并保证可以在短时间内帮助客户解决所有时间管理问题。

她会承诺客户可以在几周内看到显著的改善，实现事业和生活的完美平衡。

预付费要求为了获得更多利益，Amber会要求客户提前支付一定的费用。

她声称这些费用是为了购买学习资料和开展时间管理课程所需的成本。

她还声称这些费用会在课程结束后退还给客户，以进一步增加客户的信任。

虚假课程Amber在客户支付费用后，就会开始提供所谓的时间管理课程。

然而，这些课程往往缺乏实质性的内容，只是一些常识性的时间管理技巧的简单复述，或者是与时间管理无关的内容。

客户会发现这些课程的价值非常有限，与Amber所承诺的完全不符。

无法联系一旦客户发现被骗，他们会试图与Amber取得联系，并要求退还预付的费用。

然而，他们会发现Amber不再回应任何电话、邮件或社交媒体的联系方式。

Amber会从互联网上完全消失，不再出现在任何时间管理导师的相关资源上。

如何避免被骗要避免成为时间管理导师骗局的受害者，有几个方法是值得注意的。

1. 了解导师背景在选择时间管理导师之前，务必仔细调查其背景和信誉。

ambertools有机分子力场

ambertools有机分子力场ambertools有机分子力场是一种用于模拟和计算有机分子行为的工具。

它是一种物理模型，可以用来描述分子内部的原子之间的相互作用和力场。

通过使用ambertools有机分子力场，科学家们能够更好地理解分子的结构、动力学和性质，从而推动有机化学领域的发展。

ambertools有机分子力场的核心是一系列经验性参数，用来描述原子之间的相互作用。

这些参数是通过实验数据和理论计算得到的，可以准确地预测分子的性质和行为。

ambertools有机分子力场的准确性和可靠性已得到广泛验证，被广泛应用于有机合成、药物设计和材料科学等领域。

ambertools有机分子力场的应用非常广泛。

例如，在有机合成中，科学家们可以使用ambertools有机分子力场来预测化学反应的速率和产物的选择性。

在药物设计中，ambertools有机分子力场可以帮助科学家们优化药物分子的结构，提高药物的活性和选择性。

在材料科学中，ambertools有机分子力场可以用来研究材料的力学性能、热学性质和光学性质等。

除了以上应用之外，ambertools有机分子力场还可以用于分子模拟和计算化学的研究。

通过使用ambertools有机分子力场，科学家们可以模拟分子的结构、构象和动力学行为，从而更好地理解分子的性质和行为。

这对于研究分子的自组装、溶液性质和反应机理等方面具有重要意义。

ambertools有机分子力场是一种重要的工具，用于模拟和计算有机分子的行为。

它的应用范围广泛，可以帮助科学家们更好地理解和研究分子的性质和行为。

通过使用ambertools有机分子力场，我们可以推动有机化学领域的发展，促进科学的进步和创新。

让我们期待ambertools有机分子力场在未来的应用中发挥更大的作用！。

经验法则的内容

经验法则的内容经验法则是指基于过去的经验和智慧总结出来的一种方法或指导原则。

它们是在特定领域中实践、发展和演化的结果，为我们提供了一个可行、可靠的方向，帮助我们在特定情境下做出决策和行动。

以下是一些常见的经验法则的内容和参考：1. Pareto原则（80/20法则）：该原则认为，80%的结果来自于20%的原因。

基于这个法则，我们可以推断出在很多情况下，只有少部分的事物或活动是真正重要且影响深远的。

因此，我们应该将时间和精力集中在这些重要的事情上，以获得最大的效益。

2. Parkinson定律：该定律认为，工作会填满其所分配的时间。

根据这个原则，我们应该设定合理的时间限制和期限，以避免浪费时间和精力在无关紧要的事情上。

定时定量是提高工作效率和减少拖延的有效方法。

3. 墨菲定律：该定律认为，如果事情会出错，那它必然会出错。

它强调了事情难免会出错和出现意外的不确定性。

根据这个原则，我们应该预先做好充分的准备，实施风险管理和应急计划，以应对可能出现的问题和困难。

4. 帕金森谬论：该谬论认为，扩大资源供给会导致资源的浪费和低效。

它强调了资源的受限性和供需平衡的重要性。

根据这个原则，我们应该避免过度使用和浪费资源，而是精确评估需求，并合理分配和利用资源。

5. 顾客至上原则：该原则认为，顾客的满意度和需求是企业成功的关键。

根据这个原则，我们应该致力于提供优质的产品和服务，满足客户的需求和期望，建立良好的客户关系和忠诚度。

这对于企业的长期发展和竞争优势至关重要。

6. 墨尔本给出的建议和谨言慎行原则：墨尔本定理是一种逻辑定理，强调了小心谨慎、全面评估和权衡利弊的重要性。

根据这个原则，我们应该在做决策之前进行充分的调查和研究，评估可能的风险和后果，并在慎重考虑后做出决策。

7. 多巴胺滑坡原则：该原则认为，一项任务越晚完成，获得满足感的几率就越低。

根据这个原则，我们应该尽早开始任务，减少拖延和延迟，以增加获得成就感和满足感的机会。

ambertools有机分子力场

ambertools有机分子力场标题：ambertools有机分子力场介绍引言：ambertools是一种常用的有机分子力场，广泛应用于计算化学领域。

本文将对ambertools进行介绍，包括其基本原理、应用领域以及优势特点。

通过人类视角的叙述，让读者更好地理解和感受ambertools在有机分子研究中的重要性和价值。

一、ambertools的基本原理ambertools是基于分子力学方法的有机分子力场，能够模拟和计算有机分子的结构和性质。

它基于分子的力场参数和分子间相互作用势能，通过计算分子的能量和力来描述分子的构型和行为。

ambertools使用经验公式和实验数据来优化力场参数，以提高模拟的准确性和可靠性。

二、ambertools的应用领域ambertools在有机分子模拟和计算中有广泛的应用。

它可以用于预测和优化有机分子的几何结构、能量、振动频率等性质。

在药物设计和化学反应机理研究中，ambertools可以帮助科学家理解分子的相互作用和转化过程，从而指导实验设计和优化。

三、ambertools的优势特点1. 准确性：ambertools经过严格的参数优化和验证，能够提供准确可靠的模拟结果。

2. 多功能性：ambertools可以模拟各种有机分子，包括小分子、大分子以及生物大分子。

3. 灵活性：ambertools提供了丰富的模拟工具和选项，可以根据研究需要进行灵活设置和调整。

4. 可扩展性：ambertools可以与其他计算软件和方法相结合，扩展其应用范围和功能。

5. 用户友好性：ambertools提供了直观的用户界面和详细的文档，使用户能够方便地进行模拟和分析。

结论：ambertools作为一种有机分子力场，具有广泛的应用领域和优势特点。

它通过分子力学方法模拟和计算有机分子的结构和性质，为有机化学研究和应用提供了重要的工具和支持。

我们相信，在ambertools的持续发展和改进下，有机分子研究将迎来更加精确和可靠的模拟结果，推动科学进步和技术创新。

皮尔逊经验法则

皮尔逊经验法则皮尔逊经验法则是一种基于统计学的发现，由美国统计学家钱德勒皮尔逊在一九四六年发现。

它表明，一组被测试者是否有趋势在一起或有一致的表现。

它是统计学家和心理学家研究相关工具的明显选择，有助于建立事物之间的内在联系以及分析报告和测试结果。

它也是利用统计信息构建统计模型的基础，以便比较变量之间的结果，推导结论以及支持推论。

皮尔逊经验法则探讨两个变量之间的联系。

它表明，当某种行为的同时发生两个变量的变化，我们可以推断出这种行为可能会发生另一种变量的变化。

它可以用于分析组织中的事件，以及客观心理活动的影响，尽管它也可以用于许多其他类型的研究，尤其是社会科学和测量研究。

这一法则可以用三种不同方式来解释：一是，它可以用来解释两个变量之间的内在关系；二是，它可以用来解释变量之间的联系强度；三是，它可以用来衡量两个变量之间的变化程度。

因此，研究者可以使用这一原则来推断和预测变量之间的关系。

此外，皮尔逊经验法则可以用来分析特定变量的不同情况下的关系，以及特定变量之间的关系。

它可以用来比较特定变量在不同时期的表现，以及特定变量在不同地点的表现。

它也可以用来分析不同变量之间的关系，以便了解每个变量对另一个变量的影响。

皮尔逊经验法则在很大程度上受到研究者的信任。

它可以帮助研究者准确地指导他们的研究，同时也可以帮助他们更有效地分析数据。

但也要记住，皮尔逊经验法则只是一个统计模型，它不能推论绝对事实。

它可以作为一个工具，帮助研究者解释统计数据，但它不是一个定量的研究方法。

皮尔逊经验法则是一种常用的统计学工具，可用于分析和支持数据研究。

它也是心理学和社会科学研究中的重要工具。

它可以帮助研究者更加准确地分析变量之间的关系，从而更好地理解他们的研究结果。

它也可以帮助研究者更有效地构建统计模型，以便更好地推导出结论和支持他们的推论。

皮尔逊经验法则

皮尔逊经验法则
皮尔逊经验法则是19世纪末由美国心理学家乔治皮尔逊提出的一种心理假设，它详细描述了人们在决策时思考的过程。

它表明，任何有资格进行抉择的人都会在作出任何决定前，评估每一个可选的选项，最后再选择其中一个最优的解决方案。

历史上，这种心理假设被广泛应用于人类行为学中进行分析和讨论，并在一定程度上帮助我们理解某些行为的动机。

首先，皮尔逊经验法则表明，每个人在决策时都会有一种内在的选择过程，并且这种过程有利于他们作出最优的决策。

这就是说，在做出任何重要决定之前，人们都会考虑到不同的可能性，以求最大化利益。

比如，购买汽车时，消费者会选择性地评估不同品牌和车型的优缺点，以确定最适合其日常使用的汽车，最终做出最佳的购买决定。

其次，皮尔逊经验法则提供了一种分析和讨论发展中的行为学原理的有效方法。

心理学家使用这种方法来解释具有不同性格特征的人在不同社会环境中的行为表现，从而确定其个性类型。

因此，从皮尔逊经验法则可以明显看出，不同的性格类型在不同的环境中会有不同的行为反应，这些行为可以提供重要的洞察，从而理解和解释行为的动机。

最后，皮尔逊经验法则为我们提供了一种有效的决策方法，可以帮助我们在日常生活中更好地作出有效的决定。

它原则上要求我们在做出任何重大决定前都要进行细致入微的思考和评估，从而能够有效地作出正确的决定，最后才能得到更好的结果。

综上所述，皮尔逊经验法则是一种有效的心理假设，它为我们提供了一种有效的决策方法，可以帮助我们作出有针对性和更优质的决定。

此外，它还可以帮助心理学家解释不同个性的行为动机。

因此，这种心理假设对于我们的日常生活以及心理学研究都具有深远的意义。