基于生物信息学方法挖掘奶山羊miRNAs研究

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基于生物信息学方法挖掘奶山羊ｍｉＲＮＡｓ研究
曲波，甄贞，仇有文，袁肖寒，王春梅
（东北农业大学生命科学学院，哈尔滨１５００３０）
摘
要：ｍｉｃｒｏＲＮＡｓ（ｍｉＲＮＡｓ）是长约２２ｎｔ的内源非编码小分子ＲＮＡ，在转录后基因调控中发挥重要作用。奶
山羊是具有重要经济价值的产乳动物，有关奶山羊ｍｉＲＮＡｓ研究相对匮乏，识别和鉴定新的奶山羊ｍｉＲＮＡ至关重要。文章以与奶山羊高度同源的绵羊基因组为参考数据库，应用生物信息学方法得到１０１条新的奶山羊ｍｉＲＮＡｓ序
列，并对其进行序列特性分析，为今后基因组信息不全物种的ｍｉＲＮＡｓ挖掘与鉴定提供参考。关键词：ｍｉＲＮＡｓ；奶山羊；绵羊基因组；生物信息学方法
ｂｅｃａｕｓｅｔｈｅｙｃａｎｎｅｇａｔｉｖｅｌｙｒｅｇｕｌａｔｅｇｅｎｅｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ．Ｄａｉｒｙｇｏａｔｉｓａｍｉｌｋｐｒｏｄｕｃｉｎｇａｎｉｍａｌｗｉｔｈｅｃｏｎｏｍｉｃｉｍｐｏｒｔａｎｃｅ．ＴｈｅｓｔｕｄｉｅｓｏｎｍｉＲＮＡｓｉｎｄａｉｙｒｇｏａｔａｒｅｒｅｌａｔｉｖｅｌｙｌａｃｋａｎｄｔｈｅｎｄｅｔｅｃｔｉｎｇａｎｄｉｄｅｎｔｉｆｙｉｎｇｔｈｅｎｅｗｍｉＲＮＡｓｏｆｄａｉｙｒｇｏａｔｉｓｖｅｙｒｉｍｐｏｔｒａｎｔ．Ｉｎｔｈｉｓｓｔｕｄｙ，１０１ｍｉＲＮＡｓｏｆｄａｉｙｒｇｏａｔｗｅｒｅｏｂｔａｉｎｅｄｕｓｉｎｇｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓａｐｐｒｏａｃｈｂａｓｅｄｏｎｓｈｅｅｐｇｅｎｏｍｅ，ｗｈｉｃｈｗａｓｈｉｇｈｌｙｈｏｍｏｌｏｇｏｕｓｗｉｔｈｇｏａｔ．Ｆｉｎａｌｌｙ，ｄｅｔａｉｌｅｄ
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网络出版时间２０１５ — １－１２９：５３：０７
［ＵＲＬ】ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｃｎｋｉ．ｎｅｔ／ｋｃｍｓ／ｄｅｔａｉｌ／２３．１３９１．Ｓ．２０１５０１１２．０９５３．００７．ｈｔｍｌ
第４６卷第１期
２０１５年１月
东
北
农
业大Leabharlann 学学报４６ｆ１１：８６－９３
ＪｏｕｒｎａｌｏｆＮｏｒｔｈｅａｓｔＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ
Ｊａｎｕａｒｙ２０１４
ＱｕＢｏ，ＺｈｅｎＺｈｅｎ，ＱｉｕＹｏｕｗｅｎ，ｅｔａ１．ＩｎｓｉｌｉｃｏｄｅｔｅｃｔｉｏｎａｎｄｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓｏｆｍｉＲＮＡｓｉｎｄａｉｒｙｇｏａｔ［Ｊ］．ＪｏｕｒｎａｌｏｆＮｏＲｈ — ｅａｓｔＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，２０１５，４６（Ｉ）：８６ — ９３．（ｉｎＣｈｉｎｅｓｅｗｉｔｈＥｎｇｌｉｓｈａｂｓｔｒａｃｔ）
ＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｈａｒｂｉｎ１５００３０，Ｃｈｉｎａ）
Ａｂｓｔｒａｃｔ：ｍｉｃｒｏＲＮＡｓ（ｍｉＲＮＡｓ）ａｒｅａｌａｒｇｅｃｌａｓｓｏｆｅｎｄｏｇｅｎｏｕｓｎｏｎ — ｃｏｄｉｎｇｓｍａｌｌＲＮＡｓｔｈａｔａｖｅｒａｇｅ２２ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ（ｎｔ）ｉｎｌｅｎｇｔｈ，ｗｈｉｃｈｐｌａｙｉｍｐｏｔｒａｎｔｒｏｌｅｓｉｎｐｏｓｔ－ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎａｌｇｅｎｅｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ
中图分类号：Ｑ４９２．７；￥８５８．２文献标志码：Ａ文章编号：１００５ — ９３６９（２０１５）Ｏｌ一００８６ — ０８
曲波．甄贞，仇有文，等．基于生物信息学方法挖掘奶山羊ｍｉＲＮＡｓ研究［Ｊ】．东北农业大学学报，２０１５，４６（１）：８６－９３．