冬小麦miR172响应抗寒的特征分析
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麦类作物学报 2023,43(10):1304-1310JournalofTriticeaeCrop
sdoi:10.7606/j
.issn.1009 1041.2023.10.11网络出版时间:2023 08 25网络出版地址:http
s://link.cnki.net/urlid/61.1359.S.20230824.0913.002冬小麦犿犻犚172响应抗寒的特征分析
收稿日期:2022 07 30 修回日期:2022 09 05
基金项目:国家自然科学基金项目(31971831)第一作者E mail:714305056@qq.com通讯作者:苍晶(E mail:1936958667@qq
.com)王多佳,王政委,任志鹏,彭瞰看,田宇,张达,徐庆华,苍晶
(东北农业大学生命科学学院,黑龙江哈尔滨150030
)摘 要:东农冬麦1号(Dn1)是我国首个能在黑龙江省高寒地区安全越冬的强抗寒冬小麦品种。
为了解tae miR172在Dn1抗寒中的调控机制,本研究克隆了Dn1中tae miR172的前体pre tae miR172,根据生物信息学分析预测其靶基因为AP2dn1(TraesCS5D02G486600)。
通过农杆菌介导的烟草瞬时表达试验,进一步证明tae miR172靶向AP2dn1;利用qRT PCR技术对大田越冬期Dn1分蘖节中pre tae miR172和Ap2dn1的相对表达量进行分析。
结果表明,pre tae miR172的表达量随温度降低呈先升后降的变化趋势,而靶基因Ap2dn1的表达量变化趋势则相反,说明tae miR172负调控Ap
2dn1的表达。
关键词:冬小麦;tae miR172;AP2dn1;
低温胁迫;表达模式中图分类号:S512.1;S330 文献标识码:A 文章编号:1009 1041(2023)10 1304 07
犃狀犪犾狔狊犻狊狅狀狋犺犲犆犺犪狉犪犮狋犲狉犻狊狋犻犮狊狅犳犿犻犚172犚犲狊狆狅狀犱犻狀犵
狋狅犆狅犾犱犚犲狊犻狊狋犪狀犮犲犻狀犠犻狀狋犲狉犠犺犲犪狋
犠犃犖犌犇狌狅犼犻犪,犠犃犖犌犣犺犲狀犵狑犲犻,犚犈犖犣犺犻狆犲狀犵
,犘犈犖犌犓犪狀犽犪狀,犜犐犃犖犢狌,犣犎犃犖犌犇犪,犡犝犙犻狀犵犺狌犪,犆犃犖犌犑犻狀犵
(CollegeofLifeScience,NortheastAgricultureUniverstiy,Harbin,Heilongjiang1
50030,China)犃犫狊狋狉犪犮狋:Dongnongdongmai1(Dn1)isthefirstwinterwheatvarietyinChinathatcansurvivethewin tersafelyinthehighandcoldregionsofHeilongjiangProvince.Inordertounderstandtheregulatory
mechanismoftae miR172inDn1coldresistance,thepre tae miR172oftae miR172precursorinDn1wascloned,andAP2dn1(TraesCS5D02G486600)waspredictedasthetargetgeneaccordingt
obioin formaticsanaly
sis,ThenegativeregulationofAP2dn1wasverifiedontranscriptionlevelbytae miR172throug
hAgrobacteriummediatedtobaccotransientexpressionexperiment.qRT PCRwasusedtoanalyzetherelativeexpressionofpre tae miR172andAP2dn1inthetilleringnodesofDn1duringtheoverwinteringperiodinthefield.Theresultsshowedthattheexpressionlevelofp
re tae miR172increasedfirstandthendecreasedwithdecreasingtemperature,whiletheexpressionlevelofAp2dn1showedtheoppositetrend,indicatingthattae miR172negativelyregulatedtheexp
ressionofAp
2dn1.犓犲狔
狑狅狉犱狊:Winterwheat;tae miR172;AP2dn1;Lowtemperaturestress;Expressionpattern 低温是影响小麦生长发育、
分布及产量的重要因素之一。
东农冬麦1号(Dn1)是我国首个能在黑龙江省高寒地区安全越冬(返青率>85%)
的强抗寒性(可耐-30℃低温)
冬小麦品种[1],研究其响应低温胁迫的分子机制,对选育耐寒性小麦品种具有重要的理论意义。
miRNA(microRNA)
是一类来自真核生物自身基因组的非编码小分子RNA,长度一般为21~
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25nt,在转录后调控基因表达,对植物的生长发育、非生物胁迫应答等过程均发挥重要作用[2]。
miRNA家族中,miR172是最早被发现同时也是被研究最透彻的成员之一[3],其靶基因主要编码AP2/ERF(APETALA2/ethyleneresponsivefactor)类转录因子。
AP2/ERF转录因子为植物所特有,几乎参与植物生长发育的各个环节[4]。
研究发现,miR172/AP2模块不仅参与植物生长发育过程(包括花器官发育、块茎、根瘤形成等[5 7]),也参与植物衰老以及响应逆境等过程[8]。
在小麦中,miR172不仅可通过控制驯化基因Q的表达调控穗型发育[9];也可负调控其靶基因AP2的表达,参与小麦渗透胁迫响应[10]。
但有关miR172介导作物响应低温胁迫机制的研究鲜有报道。
Dn1作为强抗寒性冬小麦品种,含有大量与抗寒相关的miRNA。
本课题组前期利用构建的不同温度(5℃、-10℃、-25℃)下miRNA高通量测序数据库,获得了显著差异表达的miR172,本研究对其靶基因进行预测,并采用生物信息学、qRT PCR、瞬时表达等技术分析Dn1中miR172/AP2模块调控小麦抗寒机制,以期为培育强抗寒性冬小麦品种提供帮助。
1 材料与方法
1.1 试验材料
冬小麦品种为东农冬麦1号(Dn1),由东北农业大学小麦育种实验室提供。
烟草品种为本氏烟,由东北农业大学植物生理与分子生物学研究室提供。
大肠杆菌DH5α、农杆菌EHA105和植物表达载体PBI121 GUS等由本课题组保存。
1.2 大田取样
将Dn1种子于2018年9月8日播种于东北农业大学试验地,种植方法参考田宇等[11]的报道。
待麦苗长至三叶期,大田自然降温连续10d平均最低温度为5℃(对照温度,2018年10月15日)、0℃(2018年11月02日)、-10℃(2018年11月23日)和-25℃(2019年1月14日)时,选取长势一致的麦苗,剪取分蘖节,置于-80℃保存,备用。
1.3 犇狀1中狋犪犲 犿犻犚172的前体狆狉犲 狋犪犲 犿犻犚172及其靶基因犃狆2的克隆与生物信息学分析1.3.1 pre tae miR172及Ap2的克隆
根据本实验室前期建立的Dn1miRNA数据库与已公开的miRNA数据库miRBase(http://
www.mirbase.org/)中的小麦miRNA数据,获得tae miR172的前体和成熟体序列。
从小麦基因组数据库WheatURGI(https://wheat urgi.versailles.inra.fr/)获取靶基因的DNA序列和蛋白序列。
用PrimePrimer5.0软件设计克隆tae miR172的前体pre tae miR172及其靶基因Ap2的特异性引物(表1)。
利用PlantGenomicDNAKit(康为世纪,泰州)提取Dn1分蘖节总DNA,以总DNA为模板,以pre tae miR172 F/R为引物,利用2×TaqMasterMix(Dye)扩增pre tae miR172,PCR反应体系为20μL,包括DNA模版1μL,上、下游引物各1μL,2×TaqMasterMix(Dye)10μL,ddH2O7μL。
PCR反应程序:94℃5min;94℃30s,56℃30s,72℃1min,35个循环;72℃10min。
用UltrapureRNAKit试剂盒(康为世纪,泰州)提取Dn1分蘖节总RNA,利用HiScriptIII1stStrandcDNASyn thesisKit(+gDNAwiper)试剂盒(诺唯赞,南京)将RNA反转录为cDNA,以cDNA为模板,以Adn1 F/R为引物,利用2×TaqMasterMix(Dye)扩增靶基因Ap2,PCR反应体系同上。
PCR反应程序:94℃5min;94℃30s,58℃30s,72℃1min,35个循环;72℃10min。
1.3.2 生物信息学分析
根据tae miR172的前体和成熟体序列在小麦基因组数据库WheatURGI获取tae miR172的染色体位置。
利用WebLOGO(http://weblogo.berkeley.edu/logo.cgi)对miRNA成熟体序列进行碱基保守性分析。
利用在线软件RNAfoldWebSever(http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi bin/RNAfold.cgi)对miRNA前体进行茎环结构预测。
利用psRNAtarget(http://plant grn.noble.org/psRNATarget/analysis)和PRND(http://structuralbiology.cau.edu.cn/PNRD/)对tae miR172的潜在靶基因进行预测。
利用Pfam数据库(http://pfam.xfam.org/)分析其蛋白结构域。
用ProtParam软件预测AP2蛋白的理化性质。
下载pre tae miR172和AP2基因CDS上游2000bp的序列,利用PlantCARE分析启动子区域的顺式作用元件。
1.4 植物表达载体的构建
在扩增pre tae miR172和AP2的上、下游引物5’端加上包含酶切位点的15bp重组位点序列,分别为5’ ACGGGGGACTCTAGAGGATCC
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3’和5’ GGACTGACCACCCGGGGATCC 3’,以此新的引物进行PCR扩增,反应体系和反应程序同1.3.1。
将PCR扩增产物进行胶回收。
用BamHI对pBI121 GUS载体进行单酶切,使用诺唯赞公司的ClonExpress○RUltraOneStepCloningKit将pre tae miR172和Ap2分别连接到酶切后的pBI121 GUS表达载体上,转入大肠杆菌DH5α后进行摇菌,然后送哈尔滨博仕生物有限公司进行测序,最终构建pBI121 pre tae miR172和pBI121 AP2载体。
1.5 烟草瞬时表达试验
参考彭瞰看[12]的方法将构建的表达载体pBI121 pre tae miR172和pBI121 AP2分别转化EHA105农杆菌。
然后将含有PBI121 pre tae miR172、pBI121 AP2的农杆菌菌液以及含有重组质粒pBI121 pre tae miR172和pBI121 AP2的等体积混合农杆菌菌液(OD
600
分别为0.5)进行烟草叶片瞬时表达试验,以pBI121 GUS为对照。
进行烟草叶片注射时,选择生长状态良好且颜色深绿的植株顶端附近2~3片叶。
用注射器(去掉针头)吸取1mL农杆菌菌液从叶片背部轻轻注射菌液。
每次试验后更换手套以防污染。
注射后,将幼苗在25℃下孵育5d。
按照Jefferson等[13]的方法,对三种处理中的GUS进行组织化学染色和定量检测。
所有处理均3次重复。
1.6 狆狉犲 狋犪犲 犿犻犚172和犃狆2犱狀1的狇犚犜 犘犆犚分析用UltrapureRNAKit提取冬小麦分蘖节RNA,用miRNA1ststandcDNASynthesisikit试剂盒(Vazyme,南京)合成cDNA,用ChamQSYBRqPCRMasterMix(Vazyme,南京)对pre ttae miR172和Ap2进行qRT PCR,分别以小麦U6和Actin为内参,以qAP2dn1F/R以及tae miR172 F和mRQ3’Primer为引物(表1)。
PCR反应体系和反应程序均参照试剂盒说明书,利用2-ΔΔ犆T法计算pre tae miR172及Ap2的相对表达量。
表1 小麦狇犚犜 犘犆犚引物序列
犜犪犫犾犲1 狇犚犜 犘犆犚狆狉犻犿犲狉狊犲狇狌犲狀犮犲狅犳狑犺犲犪狋
引物
Primer引物序列(5’-3’)
Sequence(5’-3’)
用途
Purpose
pre tae miR172 FTGCCGAGGGAGAGATTGGTT
pre tae miR17 RCCAGTGGCTGCAGGAAGTGTAGpre tae miR172的克隆Cloneofpre tae miR172
Adn1 FGGTGGGTCAAGCGAGTTTCAdn1 RGAAACCAGCCTCAGCCAGTCAp2dn1的克隆CloneofAp2dn1
TaActin FCCTTAGTACCTTCCAACAGATGTTaActin RCCAGACAACTCGCAACTTAGA
TaU6 FCTCGCTTCGGCAGCACA
TaU6 RAACGCTTCACGAATTTGCGT
qAP2dn1 FGCCGGACAACTAGCTCTCTC
qAP2dn1 RAGCACCTCCAACACACACAA
tae miR172 FAGAATCTTGATGATGCTGCAT
mRQ3’Primer由Mir XmiRNAFirst StrandSynthesisKit提供
SuppliedbyMir XmiRNAFirst StrandSynthesisKit
qRT PCR
1.7 数据统计
用MicrosoftExcel2018进行数据分析,用GraphpadPrisim6.0软件进行one way或two way方差分析(ANOVA)。
2 结果与分析
2.1 狋犪犲 犿犻犚172前体狆狉犲 狋犪犲 犿犻犚172的克隆及生物信息学分析结果
对pre tae miR172进行克隆并测序,发现pre tae miR172的长度为396nt(图1A)。
URGI
数据库分析表明,tae miR172位于小麦1B染色体上,其上、下游1000bp之间不存在mRNA,属于基因间miRNA。
对Dn1和中国春小麦的pre tae miR172序列进行比对,发现Dn1中该序列缺失21nt,推测是由于品种差异性造成的(图1B)。
用WebLogo软件分析miR172成熟体序列的保守性,发现miR172序列非常保守(图1C)。
RNAfold软件预测发现,pre tae miR172形成了一个稳定的二级茎环结构(图1D),其热力学系综合最小自由能为-113.10kcal·mol-1。
Dn1中
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miR172的这些序列特征与拟南芥中miR172的
序列特征基本相似,说明miR172的功能非常保守。
下载tae miR172前体序列上游2000bp序列,利用PlantCARE预测启动子区域的顺式作用
元件,结果(表2)表明,tae miR172启动子区域除含有核心元件外,
还含有响应激素(脱落酸、生长素和赤霉素)和逆境胁迫(干旱)以及与生长代谢(厌氧诱导和响应光)相关的元件。
A:pre tae miR172的克隆结果;M:DL2000;1:pre tae miR172;B:pre tae miR172测序结果对比;C:miR172碱基保守性分析;D:pre tae miR172的RNA二级结构。
A:Ampliconofpre tae miR172;M:DL2000;1:pre tae miR172;B:Sequencealignmentofpre tae miR172;C:Motifanalysisoftae miR172;D:RNAsecondarystructureanalysisofp
re tae miR172.图1 狆
狉犲 狋犪犲 犿犻犚172的克隆及生物信息学分析结果犉犻犵.1 犆犾狅狀犻狀犵犪狀犱犫犻狅犻狀犳狅狉犿犪狋犻犮狊犪狀犪犾狔
狊犻狊狉犲狊狌犾狋狅犳狆狉犲 狋犪犲 犿犻犚172表2 狆狉犲 狋犪犲 犿犻犚172和犃狆
2犱狀1启动子区域的顺式作用元件犜犪犫犾犲2 犃狀犪犾狔狊犻狊狅犳犮犻狊 犪犮狋犻狀犵犲犾犲犿犲狀狋狊犻狀狆狉狅犿狅狋犲狉狉犲犵犻狅狀狅犳狆狉犲 狋犪犲 犿犻犚172犪狀犱犃狆
2犱狀1元件类别
Elementtyp
e元件名称
Elementname基因Gene
p
re tae miR172AP2dn1
核心启动子元件CorepromoterelementCAAT box+-核心启动子元件CorepromoterelementTATA box++脱落酸响应元件AbscisicacidresponseelementABRE++茉莉酸响应元件JasmonicacidresponseelementCGTCA motif-+生长素响应元件AuxinresponsiveelementAuxRR core+-赤霉素响应元件GibberellinresponsiveelementP box++厌氧诱导元件AnaerobicinductionelementARE++干旱响应元件DroughtresponseelementMBS++光响应元件Photoresp
onsiveelementATC motif,++Box4++G box++MRE++Sp
1-
+
+:
含有;-:不含有。
+:Contain;-:Notcontain.
2.2 狋犪犲 犿犻犚172靶基因的克隆及生物信息学分
析结果
psRNAtarg
et和PRND在线软件预测发现,tae miR172的靶基因登录号为T
RIAECS5DO2G486600.2。
从小麦基因组数据库WheatURGI获取靶基因的DNA序列并设计引物Adn1 F/R。
以Dn1
分蘖节cDNA为模板,克隆靶基因序列,发现其长度为1650bp(图2A),其中CDS序列长度为1350bp
(图2B)。
利用Pfam数据库分析其蛋白结构域,发现其含有两个AP2结构域(图2C),将该靶基因命名为AP2dnl。
生物信息学分析表明,AP2dnl蛋白分子量为11.088kDa
,等电点·
7031·第10期王多佳等:冬小麦miR172响应抗寒的特征分析Copyright ©博看网. All Rights Reserved.
为4.93。
亚细胞定位预测发现,AP2dn1蛋白位于细胞核中。
PlantcARE软件分析表明,与pre
tae miR172启动子区域含有的元件相比,AP2dn1启动子区域含有茉莉酸响应元件CGTCA motif和光响应元件sp1,而不含有生长素响应元件AuxRR core和核心启动子元件CATT box
(表2)。
2.3 狋犪犲 犿犻犚172靶基因犃犘2犱狀1的烟草瞬时表达验证
利用1%的琼脂糖凝胶对BamHI酶切后的p
BI121 GUS载体进行检测,以未酶切的载体为对照(图3A),发现酶切后的载体比未酶切的载体小,证明该载体被线性化。
随后将pre tae
miR172和Ap2dn1连接到酶切后的PBI121 GUS载体上,利用1%的琼脂糖凝胶对重组载体
pBI121 pre tae miR172和pBI121 AP2dn1进行菌落PCR检测(图3B和3C)
,发现均获得了大小正确的条带,表明两个片段已被正确插入。
将测序正确的菌液重新活化,
并提取质粒。
利用农杆菌介导的遗传转化法,在烟草叶片上瞬时表达含有GUS基因的pBI121 GUS、
pBI121 pre tae miR172和pBI121 AP2dn1载体。
发现单独接种含有pBI121 GUS载体的叶片经组织化学染色后显示为蓝色,有GUS表型;单独接种含有pBI121 AP2dn1载体的叶片,由于AP2dn1与GUS基因上游融合,表现出与pBI121 GUS载体相似的表型;在接种含有pBI121 p
re tae miR172载体的叶片中,GUS基因由于被tae miR172前体剪切,因此染色后的叶片没有观察到GUS表型;在pBI121 pre tae miR172和p
BI121 AP2dn1共转化的叶片中,GUS的组织化学染色深度明显降低(图4)。
这说明tae miR172靶向AP2dn1。
A:
AP2dn1的克隆结果;B:AP2dn1测序结果比对;C:AP2dn1结构域预测。
A:AmpliconofAP2dn1;B:Sequencealig
nmentofAP2dn1;C:DominpredictionofAP2dn1.图2 犃犘2犱狀1基因的克隆及生物学分析结果
犉犻犵.2 犆犾狅狀犻狀犵犪狀犱犫犻狅犾狅犵犻犮犪犾犪狀犪犾狔
狊犻狊狉犲狊狌犾狋狊狅犳犃犘2犱狀1犵犲狀
犲 A:酶切载体电泳图;图A中,M:DL15000;1:未酶切的pBI121 GUS载体;2:酶切后的pBI121 GUS载体。
B:pBI121 p
re tae miR172的菌落PCR结果;C:p
BI121 AP2dn1的菌落PCR结果。
图B和C中,M为DL2000,1和2为两个重复。
A:Electrophoresisofenzymedigestedvector;InfigureA,MisDL15000,1ispBI121 GUSvectorwithoutdigestion;2ispBI121 GUSvectorwithdigestion.B:ColonyPCRresultsofpBI121 pre tae miR172;C:ColonyPCRresultsofpBI121 AP2dn1.InfiguresBandC,MisDL2000,1and2aretworep
licates.图3 狆犅犐121 犌犝犛载体构建电泳图犉犻犵
.3 犆狅狀狊狋狉狌犮狋犻狅狀狅犳狆犅犐121 犌犝犛狏犲犮狋狅狉·8031·麦 类 作 物 学 报 第43卷
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A:pBI121 GUS;B:pBI121 pre tae miR172;C:pBI121 AP2dn1;D:pBI121 p
re tae miR172和pBI121 AP2dn1的混合物。
A:pBI121 GUS;B:pBI121 pre tae miR172;C:pBI121 AP2dn1;D:ThemixtureofpBI121 p
re tae miR172andpBI121 AP2dn1.图4 通过组织化学染色观察到的犌犝犛表型犉犻犵.4 犌犝犛狆犺犲狀狅狋狔狆犲狅犫狊犲狉狏犲犱犫狔犺犻狊狋狅犮犺犲犿犻犮犪犾狊狋犪犻狀犻狀犵
2.4 低温胁迫下犇狀1中狆狉犲 狋犪犲 犿犻犚172和犃犘2犱狀1的表达模式利用qRT PCR技术分析pre tae miR172及AP2dn1在5℃、0℃、-10℃和-25℃四个温度下的表达模式。
结果表明,pre tae miR172的表达量随着温度的降低呈先升后降的变化趋势,0℃时表达量最高,-25℃时表达量最低(图5A)。
AP2dn1的表达量变化趋势与pre tae miR172相反,
随着温度的降低呈先降后升的变化趋势,在-25℃表达量最高,0℃表达量最低(图5B)。
推测tae miR172负调控AP2dn1的表达。
3 讨论
miR172是一个非常保守的miRNA,
参与植物不同生长发育过程。
在拟南芥(犃狉犪犫犻犱狅狆
狊犻狊狋犺犪犾犻犪狀犪)
中,miR172与miR156相互作用,通过调控拟南芥中SPB和AP2基因的表达来控制发育
时间[14 15]。
在大岩桐(犛犻狀狀犻狀犵犻犪狊狆
犲犮犻狅狊犪)中,miR172通过调控AP2基因的表达来影响花器官
的发育[16
]。
另外,miR172在植物抗逆过程中也具有重要作用,如拟南芥miR172参与对干旱胁迫的响应;大豆(犌犾狔
犮犻狀犲犿犪狓)miR172调控根系对盐胁迫的敏感性[17];香蕉(犕狌狊犪狀犪狀犪)miR172
参与对寒冷胁迫的响应[18]。
迄今为止,小麦
miR172响应低温胁迫的研究尚未见报道。
在本
研究中,tae miR172前体p
re tae miR172的表达量随着温度的降低呈先升后降的趋势,在0℃时达到峰值,随后逐渐下降,到-25℃时最低,说明Dn1中tae miR172对低温胁迫的响应非常灵敏,推测在Dn1抗寒过程中起调节作用。
、 和 分别表示与对照温度(
5℃)间在0.05、0.01和0.001水平上差异显著。
, and indicatesignificantdifferencecomparedwithcontroltemperature(5℃)at0.05,0.01and0.001levels,respectively
.图5 低温胁迫下犇狀1分蘖节中狆
狉犲 狋犪犲 犿犻犚172(犃)和犃犘2犱狀1(犅)的表达模式犉犻犵.5 犈狓狆
狉犲狊狊犻狅狀狆犪狋狋犲狉狀狊狅犳狆狉犲 狋犪犲 犿犻犚172(犃)犪狀犱犃犘2犱狀1(犅)犻狀狋犻犾犾犲狉狀狅犱犲狊狅犳犇狀1狌狀犱犲狉犮狅犾犱狊狋狉犲狊狊 本研究通过生物信息学预测到t
ae miR172的靶基因为AP2家族基因AP2dn1,通过烟草瞬时表达试验,说明tae miR172负向调控AP2dn1
基因的表达,这与Jung等[5]和梅林等[19]的研究
结果一致。
利用qRT PCR技术分析AP2dn1在
不同温度下的表达模式,发现AP2dn1与冬小麦抗寒有关,并起正向调控作用。
由于Dn1中
AP2dn1响应低温胁迫的过程也可能受细胞内激
素、
光照、温度、水分等因素的调控,具体调控机制有待进一步探究。
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9031·第10期王多佳等:冬小麦miR172响应抗寒的特征分析Copyright ©博看网. All Rights Reserved.
根据低温胁迫程度的不同,低温胁迫可以划分为冷害(0~20℃)和冻害(<0℃)。
两种低温胁迫都会改变植物的细胞结构、生理代谢以及蛋白活性等,从而影响植物的生长发育[20]。
植物在应对冷害胁迫和冻害胁迫时存在不同的调控模式,本研究Dn1中miR172/AP2的调控模式在两种低温胁迫下存在差异,推测抗寒小麦品种Dn1中miR172/AP2模块响应冷害和冻害的机制不同,需要进一步验证。
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·麦 类 作 物 学 报 第43卷
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