PHGA-COFFEE:多序列比对问题的并行混合遗传算法求解

PHGA-COFFEE：多序列比对问题的并行混合遗传算法求解刘立芳;霍红卫;王宝树
【期刊名称】《计算机学报》
【年(卷),期】2006(29)5
【摘要】设计了一个求解多序列比对问题的并行混合遗传算法(与之相应的软件称为PHGA-COFFEE).该算法采用COFFEE函数作为个体的适应度函数,构造了六种遗传算子,特别是设计了两种新颖的变异算子,其中一种变异算子基于COFFEE的一致性信息设计,以改善算法的整体搜索能力.另一种变异算子基于动态规划方法设计,以增强其局部搜索能力.通过对BAliBASE中144个测试例的测试,证明该算法是有效的.与已有的算法相比,该算法对处于朦胧区和具有N/C末端延伸的序列比对问题有更强的问题求解能力.同时通过对算法并行化,其运行时间显著缩短.
【总页数】7页(P727-733)
【作者】刘立芳;霍红卫;王宝树
【作者单位】西安电子科技大学计算机学院,西安,710071;西安电子科技大学计算机学院,西安,710071;西安电子科技大学计算机学院,西安,710071
【正文语种】中文
【中图分类】TP1
【相关文献】
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2.HGA-COFFEE:多序列比对问题的混合遗传算法求解 [J], 刘立芳;霍红卫;王宝树
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