生物信息学概论复习题
生物信息学复习题及答案
生物信息学复习题
名词解释
1. Homology (同源):来源于共同祖先的序列相似的序列及同源序列。序列相似序列并不一定是同源序列。
（直系同源）：指由于物种形成的特殊事件来自一个共同祖先的不同物种中的同源序列，它们具有相似的功能。
（旁系（并系）同源）：指同一个物种中具有共同祖先，通过基因复制产生的一组基因，这些基因在功能上的可能发生了改变。基因复制事件是促进新基因进化的重要推动力。
(异同源)：通过横向转移，来源于共生或病毒侵染而产生的相似的序列，为异同源。
Score：The sum of the number of identical matches and conservative (high scoring) substitutions in a sequence alignment divided by the total number of aligned sequence characters. Gap总是不计入总数中。
6.点矩阵（dot matrix）：构建一个二维矩阵，其X轴是一条序列，Y轴是另一个序列，然后在2个序列相同碱基的对应位置（x，y）加点，如果两条序列完全相同则会形成一条主对角线，如果两条序列相似则会出现一条或者几条直线；如果完全没有相似性则不能连成直线。
7. E值：得分大于等于某个分值S的不同的比对的数目在随机的数据库搜索中发生的可能性。衡量序列之间相似性是否显著的期望值。E值大小说明了可以找到与查询序列（query）相匹配的随机或无关序列的概率，E值越小意味着序列的相似性偶然发生的机会越小，也即相似性越能反映真实的生物学意义，E值越接近零，越不可能找到其他匹配序列。
生物技术概论课程总复习PPT教案
Northern杂交 RT-PCR：
3 根据目的基因翻译产物（蛋白质、酶、多肽）鉴定 重组子Western
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基因工程的一般步骤(目的基因未知）
生物材料
mRNA
RNA DNA
cDNA文库 基因组文库 人工合成
目的基因
克隆载体
受体细胞 克隆子
重组DNA
转基因生物 12
（3）利用该探针从基因库中分离编码该蛋白质的克隆 化基因
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（4）通过表达载体获得较大量(0.1－1.0克)该蛋白 质用于空间结构测定及结构与功能研究，借助计算机 提出分子预测性质及改造方案 （5）基因进行定点诱变并分离其突变体，引入表达 载体生产并纯化大量突变性蛋白质，分析其性质指导 进一步分子设计，以最终获得所预期性质的分子
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第三节 动物细胞工程
1. 动物细胞、组织培养技术
生长特点：贴壁生长，接触抑制 细胞株 细胞系
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2. 动物细胞融合技术
动物细胞融合的途径： 病毒诱导、化学诱导、电激诱导
淋巴细胞杂交瘤产生单克隆抗体技术： 单克隆抗体 单克隆抗体的制备过程
3.动物克隆技术
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合成抗体
体外增值
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3.微生物细胞工程
发酵生产的优点、菌 种筛选、发酵方式、 提高酶产量的措施
生物信息学复习总结
生物信息学复习总结
第一篇：生物信息学复习总结
生物信息学复习总结
1.生物信息学的发展历史。
A.20世纪50年代，生物信息学开始孕育。
B.20世纪60年代，生物分子信息在概念上将计算生物学和计算机科学联系起来。
C.20世纪70年代，生物信息学的真正开端。
D.20世纪70年代到80年代初期，出现了一系列著名的序列比较方法和生物信息分析方法。
E.20世纪80年代以后，出现一批生物信息服务机构和生物信息数据库。
F.20世纪90年代后，HGP促进生物信息学的迅速发展。
2.生物信息学主要研究内容。（1）生物分子数据的收集与管理；（2）数据库搜索及序列比较；（3）基因组序列分析；（4）基因表达数据的分析与处理；（5）蛋白质结构预测。
3.蛋白质的一二三级结构。
(1).蛋白质的一级结构是指多肽链中氨基酸的序列(2).蛋白质的二级结构主要有以下几种形式：（i）ą螺旋；（ii）ß折叠–平行折叠反平行折叠；（iv）无规卷曲-没有确定规律性的肽链构象，但仍然是紧密有序的稳定结构。（v）无序结构。(3).蛋白质的三级结构（tertiary structure）:在二级结构基础上的肽链再折叠形成的构象。
4.一二级数据库（怎样查？）
一级数据库----数据库中的数据直接来源于实验获得的原始数据，只经过简单的归类整理和注释
二级数据库----对原始生物分子数据进行整理、分类的结果，是在一级数据库、实验数据和理论分析的基础上针对特定的应用目标而建立的。
5.国际上权威的核酸序列数据库（1）欧洲分子生物学实验室的EMBL。（2）美国生物技术信息中心的GeneBank。（3）日本遗传研究所的DDBJ。
生物技术概论题库
一、名词解释（共10小题，每小题2分，共20分）
1．现代生物技术： 2．酶工程： 3．启动子： 4．酶切位点： 5．基因克隆载体：
6．细胞融合： 7．分批发酵： 8．杂交酶： 9．生物传感器： 10．生物农药：
二、填空题（共10个空，每空1分，共10分）
1．现代生物技术的核心技术是。
2．常用的DNA连接酶是。
3．组织培养中分化产生的具有芽端和根端类似合子胚的构造的位点称为。
4．基因的定点突变方法有和大引物诱变法。
5．一般植物培养基pＨ值为。
6．农杆菌侵染植物后，能够进入并整合到植物基因组上的DNA是。
7．微生物发酵过程中常用于控制发酵液pH的生理碱性物质是。
8．酶的固定化方法有、交联法和。
9．植物脱毒的基本方法是。
三、正误判断题（认为对的，在题后括号内打“√”；认为错的打“×”。每小题1分，共10分。）
1．基因转录和加工后成熟的mRNA中的序列，相对于DNA上的区段称为外显子。（）
2．贮存着某种生物基因组全部遗传信息的克隆子群体即为cDNA文库。（）
3．花药培养和花粉培养取材在同一个时期。（）
4．双引物PCR扩增的效率高于单引物扩增效率。（）
5．在多数情况下固定化酶的活力比天然酶的活力高。（）
6．同尾酶酶切产生的DNA片段，可以连接在一起。（）
7．用于双子叶植物细胞表达和单子叶植物细胞表达的基因，其表达载体的启动子不同。（）
8．所有的基因都能够表达出蛋白质多肽。（）
9．PCR的退火是指引物与模板的结合过程。（）
10．为了使让外植体去分化，培养基中一般应添加较高浓度的细胞分裂类激素。（）
《生物信息学概论A》课件
用于蛋白质序列的注释和功能预测。
METLIN工具
PASTEC工具
用于小分子代谢物的鉴定和化学信息学分 析。
用于表型特征的测量和分析。
数据库的更新与维护
01
02
03百度文库
定期更新数据
根据科研进展，定期更新 数据库内容，确保数据的 时效性和准确性。
数据质量控制
建立严格的数据质量控制 体系，对数据进行清洗、 去重和标准化处理，确保 数据质量。
学科交叉与人才培养
生物信息学是一门跨学科的领域，需要培养具备生物学、计算机科学、数学等多学科背景的人才，推 动学科交叉和创新。
在线教育资源建设
利用互联网和信息技术，建设在线教育平台和资源，提高生物信息学教育的普及率和质量。
2023 WORK SUMMARY
THANKS
感谢观看
REPORTING
包括电泳、色谱等分离技术，可以将复杂的蛋白质混合物分离成单一组分。
蛋白质鉴定技术
主要依赖于质谱技术，通过将蛋白质消化成肽段，然后对这些肽段进行质谱分析，从而确定蛋白质的序列。
蛋白质组学在药物研发中的应用
疾病标记物寻找
通过比较正常和疾病状态下的蛋白质表达谱，可以发现与疾病相关 的标记物，用于疾病的早期诊断和治疗监测。
数据共享与隐私保护的挑战
数据安全与隐私保护
在生物信息学领域，数据共享和隐私 保护是一对矛盾，需要采取有效的技 术和管理措施来确保数据的安全和隐 私不被侵犯。
生物信息学概论
• 多重序列比对研究的是多个序列的共性。序列的多重 比对可用来搜索基因组序列的功能区域，也可用于研 究一组蛋白质之间的进化关系。
2016/7/15 31
基因组序列分析
• 遗传语言分析——天书
• 基因组结构分析
• 基因识别
• 基因功能注释
• 基因调控信息分析
• 基因组比较
2016/7/15 32
CTCAGATTGAACGCTGGcGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGCAG CTTGCTGCTTCGCTGACGAGTGGCGGACGGGTGAGTAATGTCTGGGAAACTGCCTGATG GAGGGGGATAACTACTGGAAACGGTAGCTAATACCGCATAACGTCGCAAGACCAAAGAGG GGGACCTTCGGGCCTCTTGCCATCGGATGTGCCCAGATGGGATTAGCTAGTAGGTGGGG TAACGGCTCACCTAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGACCACCCACACTGGA ACTGAGACGACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGG CGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTATGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGTACTT TCAGCGGGGAGGAAGGTGTTGAGGTTAATAACCTCATCGATTGACGTTACCCGCAGAAGA AGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGG AATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTCTGTCAAGTCGGATGTGAAATCCCCGGG CTCAACCTGGGAACTGCATTCGAAACTGGCAGGCTAGAGTCTTGTAGAGGGGGGTAGAAT TCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCC CCCTGGACAAAGACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACC CTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCGACTTGGAGGTTGTGCCCTTGAGGCGTGGCTT CCGGAGCTAACGCGTTAAGTCGACCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTAAAACTCAAA TGAATTGACGGGGGCCcGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAA GAACCTTACCTACTCTTGACATCCAGAGAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGA ACTCTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAG TCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTTGTTGCCAGCGGTCAGGCCGGGAACTCAAAG GAGACTGCCAGTGATAAACTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTA CGAGTAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGCATACAAAGAGAAGCGACCTCGCGAGAGC AAGCGGACCTCATAAAGTGCGTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAA GTCGGAATCGCTAGTAATCGTGGATCAGAATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGT A
生物信息学(1)：概论
外科 理 论 与 实践 ２ ０ ０ ６年 第 １ 卷 第 ５期 １
附 １
．
函 授 继 续 医 学 教 育 ・
生 物信 息 学 （ ） 概 论 １：
张 阳 德
（ 中南大 学 湘雅 医院外 科 生物 医学 工程研 究 院 。 南 湖
长沙
４ ００ ） １ ０ ８
高 质 量 的 含有 ３ ０亿 碱 基 的 人类 基 因组 全 序 列 。
ＨＧ Ｐ由 美 国 能 源 部 （ Ｏ ） 国 立 卫 生 研 究 院 （ Ｉ 提 Ｄ Ｅ 和 Ｎ Ｈ）
出并 提 供 资 助 ， 于 ２０ 年 ２月 １ 提 前 完 成 并 公 布 了准 ０１ ２１ ３
不 同， 白质组是一个 动态的概念 ： 不同组织 和不 同发 育 蛋 ①
对 数 据 进 行 分 析 、 较 、 模 和 预 测 等 ， 动 了生 物 信 息 学 比 建 推
生 物 信 息 学 产 生 的背 景 的迅 速 发 展 。
Ｈ Ｐ 已完 成 ． 入 后 基 因组 计 划 ， 者 说 “ 基 因组 时 Ｇ 进 或 后 被称为生命科学“ 月计划 ” 人类基因组计划 （ ｍ ｎ 登 的 Ｈｕ ａ
研 究 结 果 所显 示 的 人 类 基 因组 包 含 的 基 因数 目． 只是 原 本 预 料 的 （ 来 估 计 的 ６万 ～ ０万 个 ） 分 之 一 ． ３万 一 原 １ 几 约 ４万
1-生物信息学背景知识
讲义
基因结构
大多数真核细胞基因的显著特征是有非编码的插 入序列，称为内含子(intron)
内含子 --- 嵌入在一个 基因中的非编码序列
DNA序列
……GTACAAAGTATT……
编码序列
内含子能够转录成RNA，在翻译成蛋白质之前被 加工剪接，因此不包含在mRNA序列中
19
2013-7-4生物信息学概论
精氨酸
丝氨酸 苏氨酸
Glutamine
Tryptophan
谷酰氨酸
色氨酸
讲义
26
蛋白质
COO
+
CH3 R H
H
2013-7-4生物信息学概论
C
NH3
甘氨酸 丙氨酸 L-氨基酸的通式
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讲义
蛋白质
蛋白质分子结构多样性
组成蛋白质的氨基酸分子的种类不同 组成蛋白质的氨基酸分子的数量成百上千 组成蛋白质的氨基酸分子的排列次序变化多端 蛋白质分子的空间结构不同
转录中止密码
2013-7-4生物信息学概论
转录起始密码
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讲义
蛋白质
蛋白质是一种生物大分子，基本上是由20种氨基酸以肽 键连接成肽链
氨基酸名 Alanine 丙氨酸 氨基酸名 Glycine 苷氨酸 氨基酸名 Tyrosine 酪氨酸
生物信息学概论
生物信息学当前的主要任务
当今生物信息学界的大部分人都把注意力集 中在基因组、蛋白质组、蛋白质结构以及与 之相结合的药物设计上，随蛋白组学、代谢 组学进一步的发展，将在整体水平进行
• 1962年，鲍林提出分子进化的理论，推测在人中可能存在 50,000~100,000个不同的基因/蛋白质。-分子进化理论的奠定。
• 1965年，Margaret Dayhoff构建蛋白质序列图谱 • 1970年，Needleman-Wunsch算法：全局优化比对。 • 1981年，Smith-Waterman算法开发：局部优化比对。 • 1990年，快速序列相似性搜索工具BLAST的开发
• 对整个基因结构的预测存在一定难度。
15
5. 蛋白高级结构预测
• 该项技术算法十分复杂，尚未成熟。PDB及MMDB数 据库目前仍然禁止收录软件预测出来的蛋白高级结构 模型。
• X射线晶体学技术和多维核磁共振技术是当前人们认识 蛋白高级结构的主要手段，但两种技术都有不足之处。 前者要求必需得到高标准的蛋白晶体，后者对分子量 大于3万的大蛋白不能测定。因此理论模拟和结构预测 显得十分重要。
6
15 February 2001
16 February 2001 Vol. 291 No. 5507
生物信息学
生物信息学
第一篇：生物信息学
生物信息学是上世纪90年代初人类基因组计划(HGP)依赖，随着基因组学、蛋白组学等新兴学科的建立，逐渐发展起来的生物学、数学和计算机信息科学的一门交叉应用学科。目前生物信息学的研究领域主要包括基于生物序列数据的整理和注释、生物信息挖掘工具开发及利用这些工具揭示生物学基础理论知识等领域。生物信息学作为新型交叉应用学科，可以依托本校已有的计算机科学、信息学、生物学和数学等学科优势，充分展现投入少、见效快、起点高的特色，推动学校学科建设和本科教学水平。
本实验指导书中的8个实验均设计为综合性开发实验，面向生物信息学院全体本科学生和研究生，以及全校对生物信息学感兴趣的其他专业学生开放。生物信息学实验室将提供系统的保障，包括采用mail服务器和linux帐号管理等进行实验过程管理和支持。限选《生物信息学及实验》的生物技术专业本科生至少选择其中5个实验，并不少于8个学时，即为课程要求的0.5个学分。其他选修者按照课时和学校相关规定计算创新学分。实验一熟悉生物信息学网站及其数据的生物学意义
实验目的：
培养学生利用互联网资源获取生物信息学研究前沿和相关数据的能力，熟悉生物信息学相关的一些重要国内外网站，及其核酸序列、蛋白质序列及代谢途径等功能相关数据库，学会下载生物相关的信息数据，了解不同的数据文件格式和其中重要的生物学意义。
实验原理：
利用互联网资源检索相关的国内外生物信息学相关网站，如：NCBI、SANGER、TIGR、KEGG、SWISSPORT、Ensemble、中科院北京基因组研究所、北大生物信息
生物信息学概论
生物信息学概论
生物信息学是一门生物学、计算机科学和统计学交叉的新兴学科，利
用计算机科学、统计学和生物学等领域的技术手段，研究生物学中的信息
问题。生物信息学的发展得益于计算机技术的迅速发展和基因组学的大规
模进展，是推动生命科学发展和实现个性化医学的关键技术之一。
生物信息学的研究内容主要包括基因组学、转录组学、蛋白质组学、
代谢组学、系统生物学和生物信息学软件等方面。其中，基因组学是生物
信息学的核心内容，研究的是基因组的结构、功能和进化等问题。转录组
学是研究基因的转录和表达的分子生物学学科，蛋白质组学是研究所有蛋
白质的表达和功能，代谢组学研究的是生物体内代谢产物的组成和代谢活动。系统生物学则是研究生物体系统级的调控规律和功能。
生物信息学也是个充满挑战和机遇的领域。生物物种之间的差异和基
因组的复杂性，给生物信息学的研究和应用带来了很大的挑战。目前生物
信息学面临着数据管理、数据标准化、数据挖掘和信息整合等方面的挑战。同时，在生物信息学应用中，还有重要的伦理和法律问题等等。
总之，生物信息学不仅是一个新兴专业，也是生命科学与计算机科学、统计学等交叉领域的典型代表，它将成为解决许多生命科学研究的重要工具，对医学、农业等领域的发展也将产生深远影响。
生物信息学期末复习题与答案
一、单选题
1、总的来说，位于染色体内超过( )个碱基的DNA，构成了人类基因组。
A.30000000000
B.3000000000
C.300000000
D.30000000
正确答案：B
2、人类镰刀型红细胞贫血症是由于血红蛋白β链N端第6个氨基酸由谷氨酸突变为( )造成的。
A.苏氨酸
B.缬氨酸
C.赖氨酸
D.谷氨酸
正确答案：B
3、RefSeq数据库是由哪个组织开发和维护的？( )
A.NIG
B.NCBI
C.EMBL
D.SIB
正确答案：B
4、Long non-coding RNA长链非编码RNA是长度大于( )个核苷酸
的非编码RNA。
A.150
B.250
C.300
D.200
正确答案：D
5、tBLASTx分析是用核酸序列检索核酸序列数据库，下列说法正确的是？（）
A.核酸序列和核酸序列数据库都不需要翻译成蛋白质序列
B.只有核酸序列数据库需要翻译成蛋白质序列
C.只有核酸序列需要翻译成蛋白质序列
D.核酸序列和核酸序列数据库都需要翻译成蛋白质序列
正确答案：D
6、要搜索编码蛋白质序列的核酸序列，适宜的分析方法是？（）
A.BLASTx
B.BLASTn
C.tBLASTn
D.BLASTp
正确答案：A
7、下列对于PCR引物修饰的说法正确的是？（）
A.PCR引物的5’末端和3’末端均能进行修饰
B.PCR引物的5’末端和3’末端均不能进行修饰
C.只有PCR引物的5’末端能进行修饰
D.只有PCR引物的3’末端能进行修饰
正确答案：C
8、下列哪个在线分析工具可以预测DNA的外显子-内含子？（）
A.Augustus
B.PLACE
生物信息学概论
三 生物信息学重要性
认识生物本质
了解生物分子信息的组织和结构，破译基因组信息， 阐明生物信息之间的关系。
改变生物学的研究方式
改变传统研究方式，引进现代信息学方法
在医学上的重要意义
为疾病的诊断和治疗提供依据 为设计新药提供依据
四 生物信息学研究内容
生物信息学的研究内容是伴随着基因组研究而 发展的。广义地说，生物信息学从事对基因组 研究相关生物信息的获取、加工、存储、分配、 分析和解释。这个定义的含义是双重的：一是 对海量数据的收集、整理与服务，即管理好这 些数据；二是从中发现新的规律，也就是使用 好这些数据。
生物信息学主要研究两种信息载体
核酸分子（DNA、RNA） 蛋白质分子
生物分子至少携带着三种信息
遗传信息 与功能相关的结构信息 进化信息
二、生物信息学发展史
1866年孟德尔从实验上提出了假设:基因是以生物成 分存在。
1953年James Watson 和Francis Crick推测出DNA的 三维结构(双螺旋). 他们的理论奠定了分子生物学的 基 础 。 Crick 于 1954 年 提 出 了 遗 传 信 息 传 递 的 规 律,DNA是合成RNA的模板,RNA又是合成蛋白质的模板, 称之为中心法则(Central dogma)。
20世纪90年代后 ，人类基因组计划促进生物信息学的迅速发展。
生物信息学概论(1)
生物信息学概论
引言
生物信息学是一个跨学科领域，综合了生物学、计算机科
学和统计学的原理和方法。它通过处理和分析大量的生物数据来解决生物学问题。生物信息学在基因组学、蛋白质组学、代谢组学等领域都起着重要作用。本文将介绍生物信息学的基本概念、技术和应用。
生物信息学的基本概念
生物信息学的核心概念是将生物学数据与计算机科学和统
计学方法相结合。生物学数据可以包括基因序列、蛋白质结构、代谢通路等。计算机科学和统计学方法则用于处理和分析这些数据。生物信息学的目标是从生物学数据中提取有用的信息，从而加深对生物系统的理解。
生物信息学的基本任务包括生物数据的收集、存储、管理
和分析。生物数据的收集可以通过实验室技术如DNA测序、质谱分析等获得。收集到的数据需要进行格式转换和标准化，以便于存储和分析。存储和管理生物数据需要高效的数据库和
文档管理系统。生物数据的分析可以使用各种统计学和机器学习算法来识别生物学特征和解释生物学现象。
生物信息学的技术和工具
生物信息学使用了许多技术和工具来处理和分析生物学数据。以下是一些常见的生物信息学技术和工具：
1. 基因组学分析
基因组学分析是生物信息学的重要领域之一。它主要研究基因组的结构和功能。常用的基因组学分析技术包括基因组序列比对、基因预测、基因表达分析等。常用的基因组学工具包括BLAST、GeneMark、TopHat等。
2. 蛋白质组学分析
蛋白质组学分析研究蛋白质的结构和功能。它可以通过质谱分析等技术来识别和鉴定蛋白质。常用的蛋白质组学工具包括MASCOT、Proteome Discoverer等。
生物信息学概论第三章替换模式
并非三联密码子上的所有位置都会发生异义替换。事实 上，三联密码子中的核苷酸可分为3类： 非简并位点：该位点的变异都是导致替换 双重简并位点：该位点有两种不同的核苷酸翻译成 同一种氨基酸，另外两种不同的核苷酸则翻译成不同 的氨基酸 四重简并位点：这一位点上无论是什么，都不会影 响该密码子的翻译
3.3 基因间进化率的变化
• 基因内不同部分的进化率有着很明显的差异，同样，我们 发现基因间的进化率也是各不相同的。如果排除统计因素 ，进化率的差别应归咎于两个因素
– 突变频率的差异 – 自然选择对位置的影响程度
• 同义替换率的差异远远不及异义替换率的差异
– 尽管基因内某些部位比其他区域更容易发生偶然的突变，但同义 替换率的差别很少超过两倍，而异义替换率却有将近200倍的差异 。
例：
分类 例子
非简并位点
苯丙氨酸（UUU） 亮氨酸（CUU） 异亮氨酸（AUU） 缬氨酸（GUU） 天冬氨酸（GAU，GAC） 谷氨酸（GAA，GAG） 甘氨酸（GGG，GGA，GGU，GGC）
双重简并位点 四重简并位点
如果自然选择在出现改变蛋白质功能的变异的时候就起作用，那么 很显然，处于四重简并位点的核苷酸替换的积累最为迅速，而处于 非简并位点的替换积累最为缓慢
第十四章 生物信息学在分子诊断中的作用
K9ey Laboratory of Laboratory Medicine, Ministry of Education, China
K1e0y Laboratory of Laboratory Medicine, Ministry of Education, China
中的应用
K3ey Laboratory of Laboratory Medicine, Ministry of Education, China
第一节 生物信息学概论
• 生物信息学的定义 • 生物信息学研究的范畴
K4ey Laboratory of Laboratory Medicine, Ministry of Education, China
一、重要生物信息中心
1、美国国家生物技术信息中心 (National Center of Biotechnology Information, NCBI) ( : nchi.nlm.nih.gov); 2、欧洲生物信息学研究所 (European Bioinformatics Institute, EBI) ( : ebi.ac.uk/); 3、日本国立遗传学研究所 (Japan National Institute of Genetics Center for Information
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生物信息学概论复习题
一、名词解释：
1.合成生物学
2.蛋白质组学
3.相似性，同一性，同源性
4.直系同源基因，旁系同源基因
5.序列比对
6.生物信息学
7.多序列比对
8.打分矩阵
9.蛋白质同源建模
10.分子钟
11.虚拟细胞
12.蛋白质结构比对
13.EST
14.contig
15.unigene
16.Entrez
17.一级数据库
18.二级数据库
19.系统发育
20.BLAST
21.外类群
22.有根树
23.系统生物学
24.比较蛋白质组学
二、简述题：
1.常用的序列比对软件有哪些？
2.序列比对有哪些用途?
3.蛋白质结构比对？
4.系统生物学与分子生物学的差异和联系？
5.分子进化的中性学说？
6.GO数据库的内容及用途？
7.KEGG数据库的内容及用途？
8.蛋白质组与基因组的差别？
9.蛋白质组的研究内容？
10.列举分离鉴定蛋白质技术有哪些？
11.基因组外显子的组成特征有哪些？
12.NCBI Blast程序有哪些子程序？有何区别？
13.蛋白质数据库有哪些？各自特点是什么？
14.列举可以通过NCBI进行的生物信息学分析。
15.设计引物要遵循哪些原则？
16.知道某蛋白的氨基酸序列后，如何进行各级结构的生物信息学分析？
17.系统发育树的构建步骤是什么？
18.蛋白质有哪些结构层次，如何定义？
19.蛋白质组的特点？
20.双向电泳及其工作原理？
21.构建系统树的主要方法？
22.主要的生物信息数据库有哪些？
三、论述题
1.构建进化树有几种方法？如何选择？
2.第二代测序技术与第一代测序技术相比有什么异同？优势是什么？
3.什么EST序列？得到EST数据后，如何进行生物信息学分析?