中科大MaterialsStudio培训教程
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上；在Job Description 一栏里打上TS.
按下Run 按钮.关闭DMol3 Calculation 对话框.
等待计算完毕.
Note：在计算期间,数个不同的文
件和一个LST/QST 图显示在工作
区.它们报告了计算的状态.特别地,
通过显示energy vs. LST、 QST
和CG (conjugate gradient,共轭梯
过渡态(能量鞍点)
反应势垒
反应物
反应能
产物
反应坐标
用LST/QST 搜索过渡态
目的: 介绍如何使用 DMol3 和 Reaction Preview 工具进行过渡态搜索的计算.
对简 单反应,这种方法是有效的.
模块: Materials Visualizer, DMol3
前提: 用局域内坐标对固体进行结构优化.
步就是打开一个新的3D Atomistic界面,构建反应物乙烯醇(vinyl alcohol).
在这工具栏里的New button,选择3D Atomistic.
在Sketch
工具条上，点击Sketch Atom 按钮
。 将鼠标移至
3D Atomistic界面，连续点击三次鼠标，画三个连接的
碳原子。按一下键盘上的ESC 键。
几何优化文件夹包含了.xtd 文件,这是能量最小化过程中的轨迹文件,可以显示
几何优化过程.下面演示反应物的结构优化过程.从reactant Energies.xcd图中可以看
出,反应物经过12步才优化结束,我们可以看到每一步结构的变化.
在Project中双击reactant.xtd文件，
动画显示工具按钮Animation
在几秒钟内,一个名为
reactant-product.xtd 的新的3D
Atomistic Trajectory 文件显示出
来；可以对这个文件进行DMol3
计算；可以使用动画(Animation)
工具条来播放轨迹文件.
动画用Bounce模式效果最
佳.把化学键监测(bond
monitoring)打开,这样每变化一
的DELETE 键.在这Sketch Atom 按钮 ,然后是孤
立的H 原子,以及亚甲基团中的C 原子.如果画分子有
问题,则删除3D Atomistic.xsd上的原子,再进行
CTRL+C、CTRL+V.
在这一次C-O 键,由单键改为双键.
连续双击C-C 键,C-C 键就会由双键变为三键,然后又变成
单键.
在这一次Clean 按钮
.
现在结构就和下面的看上去相似了.
现在需要把该结构的文件名改为
product.xsd.右击工作浏览器
Project内的3D Atomistic.xsd,将
其名称改为product.xsd,回车.
2. 优化分子结构
为了优化LST/QST的计算性能,需要对反应物和产物的结构进行优化.这个工作可以
几何优化改为TS Search。确定计算精度
为Medium，泛函为GGA 和BP。
在这More…按钮显示DMol3 过渡
态搜索(DMol3 Transition State Search)
对话框.确认搜索协议(Search protocol)
设置为Complete LST/QST,精度为
Medium.关闭DMol3 Transition State
当两个计算都完成的时候,两个新的文件夹出现在工作浏览器中,分别叫做
reactant DMol3 GeomOpt 和product DMol3 GeomOpt.最后的优化结构包含在
reactant.xsd 和product.xsd 文件中,计算的输出结果在reactant.outmol 和
product.outmol 文件中.
度)这些路径坐标( path coordinate)
的变化曲线,LST/QST 图监测了过
2. 优化分子结构
3.定义原子对
4.用LST/QST 的方法计算过渡态
5.优化过渡态结构
1.建立一个计算模型
选择 creating a new project,建立名为vinylOH 的project .
在本单元中,你要在两个不同的3D Atomistic 界面中建立反应物和产物模型.第一
应物栏包含了1:C 和2:C,它们应该直接和产
物栏里的对应物相匹配,以下的步骤将对此
加以确认.
分别在这反应物框
里的1:C和产物框里的
1:C.
两个对话框里的碳原
子被选上,两个3D 文件
里的碳原子也同时被
选中.
认为反应物和产物里的两个1:C原子是等价原子,在这Auto Find.
寻找等价原子(Find Equivalent Atoms)算法匹配了2个C和1个H原子.还有3个H原
和二次同步度越(quadratic synchronous transit,QST).
本例中,我们将介绍DMol 中的LST /QST 工具的使用,将会看到如何使用
LST/QST 搜索乙烯醇转变为乙醛的H转移反应 的过渡态结构.
CH2CHOH → CH3CHO
本例包括以下内容：
1. 建立一个计算模型
步,就会对化学键重新计算.
在这Build | Bonds ,打开Bond
Calculation对话框,勾选上化学键计
算对话框上的Monitor bonding,关闭
对话框.
设置动画演示方式,按下动画
工具条上的Play 按钮,反应物到产
物的变化.
看完后按下Stop 按钮.
4. 使用LST/QST/CG 方法计算过渡态
这样乙烯醇的每一个原子都被选上，颜色显
示为黄色。
在键盘上按下CTRL + C.
选中的结构文件被复制到了剪贴板.
用File / New…打开一个新的3D
Atomistic 文件,按下键盘上的CTRL
+ V.
结构模型被粘贴到刚刚新打开的3D
界面上.现在需要改变化学键和对原
子重新排布以得到产物结构.
在这个新的3D 界面文件中,在这O-H 键.按下键盘上
在这Set Match,还剩下5H、7H未匹配.重复这个过程,继续在这Set Match来匹配剩下
的没有配对的原子.
反应物、产物的原子已配对.现在可以预览一下反应物和产物之间原子的匹配情
况.
在这反应物或者产物栏中列表里的任意一个原子,可以看到匹配的另一原子.考察
匹配情况,直到满意为止.关闭Find Equivalent Atoms 对话框.
改为球棍显示
在3D Atomistic上 ,在这选择第三个C
原子.在这Modify Element 按钮上的
选择箭头,选择氧元素.刚才被选的原
子由碳原子变成了氧原子.
点击碳-碳键一次，选中。点击Sketch工
具条上的Modify Bond Type 键
，选
择双键，从而把单键变成双键。点击别处，
取消选择碳-碳键。
激活。
如果动画(Animation)工具条
是不可见的，
则按右侧的操作，使用观看
(View)菜单让它显示。
设置显示方式，按播放键
。
B-O近似,体系的电子能量是核构型的函数.
在继续工作之前,需要关闭Materials Visualizer 中的所有文件.
关闭DMol3 计算对话框.选择File\Save Project,然后Window\Close All.
刚才指定了使用的Hamiltonian 和计算的精度.精度决定了使用的基组(basis set)和
轨道的截断cutoff.这里基组为DND.可以在Electronic 栏里检查这些参数的设置.现在需
要应用电子分布热平滑thermal smearing来加快结构优化的收敛.
在这Electronic 标签.检查SCF 是不是设为Medium.按下More…按钮,显示了DMol3
形图中的几何优化文件夹
中选择product.xsd.
按下Match…按钮.
寻找等价原子(Find
Equivalent Atoms)
对话框显示出来了,
从中可以看到,一个
原子(O)匹配了,而仍
有六个原子(C、H)
没有匹配.
双击反应物栏(reactant column)中的2xC.
在产物栏里的对应的文件夹同时打开了.反
Note：reactant_product.xtd 包含了DMol3 需要的重要信息,第一桢是反应物的,最后一
桢是产物的.
现在准备设置使用DMol3 计算过渡态.
从菜单条中选择Modules | DMol3 |
Calculation，或使用DMol3图标
，
DMol3 计算对话框就显示出来。
在设置(Setup)标签栏里，把Task 由
Search 对话框.来自电子Hamiltonian 的设置与几何优化计
算的设置一样.
这次需要计算频率(Frequency)相关的性质.
在这Properties 标签栏,勾选上Frequency.
最后,需要对工作描述(Job Description)加以设置.
在这Job Control 标签,确认Automatic 没有被勾选
通过DMol3 的几何优化功能来完成.
在这别处,取消选
择结构.按下工具
条上的DMol3 按
钮
,然后选择
下拉条中的
Calculation.DMol3
的计算对话框显示
出来.
将Task 由
Energy 改为
Geometry
Optimization.
确认Quality
设为Medium.
将泛函改为
GGA \BP.
的Electronic 选项对话框.在SCF 标签栏里,勾选上Using smearing 选项.关闭DMol3
Electronic选项对话框.
现在准备开始计算了.
让reactant.xsd 成为当前工作文件.在这Job Control 标签.按下More…按钮,显示
了DMol3的工作控制选项对话框.确认Update structure,Update graphs 和Update
子未匹配.
仍有3个H原子没有匹配,重复上面的
手动匹配步骤.双击反应物栏(reactant
column)中的3xH.在产物栏里的对应的文
件夹同时打开了.反应物栏包含了4:H、
5:H 和7:H,分别在这反应物框里的4:H和
产物框里的4:H,两个对话框里的H原子被
选上,两个3D 文件里的碳原子也同时被
选中.
按下Adjust Hydrogen 按钮
，点
击一次Clean 按钮
，拖动结构模
型，使得和下图相似，以球棍模型显
示。
在Project浏览器内,右击3D
Atomistic.xsd,选择Rename,
将其重新命名为reactant.xsd.
在3D Viewer上选择Selection按钮 ， 双
击乙烯醇结构中的任何一个原子。
背景
对任何反应的势能面的探索都要求知道反应进程中每一步的结构和能量,
或者动力学和热动力学的快照(snapshots).特别重要的是决定反应速率的那一步,
这通常需要找到那些难以捕获的过渡态结构.有一些方法对找到过渡态的结构是很
有效果的,其中比较知名的就是线性同步度越(linear synchronous transit, LST)
现在准备开始对反应物和产物结构中的原子进行对应配对(物质不灭)
从菜单条中选择Tools |
Reaction Preview,打开了反应
预览(Reaction Preview)对话框.
从Reactant 的 下拉树
形图中的几何优化文件
夹中选择reactant.xsd .
同样从Product 的下拉树
运用DMol3的 LST/QST功能来搜索过渡态,需要在
反应物和产物之间创建一条通道,这也是DMol3 计算时
所要求的输入文件.
在反应预览(Reaction Preview)对话框中,把桢数提
高到100；勾选上Superimpose structures；单击
Preview按钮,关闭反应预览(Reaction Preview)对话框.
双击几何优化子文件夹中的reactant.xsd 和product.xsd.
现在工作区域中只有两个优化了的结构.
3. 定义原子对
用DMol3 进行过渡态搜索,反应物和产物的所有原子都必须配对对应.这个可以通
过使用工具栏里的反应预览(Reaction Preview)功能来实现.
从菜单条中选择Window | Tile Vertically,使反应物和产物以肩并肩的形式显示.
textual results 三项被勾选上.关闭Job Control 选项对话框,在这Run 按钮.
当第一个计算结束后,对product.xsd 重复刚才的操作.
把当前工作文件换为product.xsd,在这DMol3 计算对话框上的Run 按钮.
计算过程中,计算的进程用图表和文本文件的形式展现出来.
按下Run 按钮.关闭DMol3 Calculation 对话框.
等待计算完毕.
Note：在计算期间,数个不同的文
件和一个LST/QST 图显示在工作
区.它们报告了计算的状态.特别地,
通过显示energy vs. LST、 QST
和CG (conjugate gradient,共轭梯
过渡态(能量鞍点)
反应势垒
反应物
反应能
产物
反应坐标
用LST/QST 搜索过渡态
目的: 介绍如何使用 DMol3 和 Reaction Preview 工具进行过渡态搜索的计算.
对简 单反应,这种方法是有效的.
模块: Materials Visualizer, DMol3
前提: 用局域内坐标对固体进行结构优化.
步就是打开一个新的3D Atomistic界面,构建反应物乙烯醇(vinyl alcohol).
在这工具栏里的New button,选择3D Atomistic.
在Sketch
工具条上，点击Sketch Atom 按钮
。 将鼠标移至
3D Atomistic界面，连续点击三次鼠标，画三个连接的
碳原子。按一下键盘上的ESC 键。
几何优化文件夹包含了.xtd 文件,这是能量最小化过程中的轨迹文件,可以显示
几何优化过程.下面演示反应物的结构优化过程.从reactant Energies.xcd图中可以看
出,反应物经过12步才优化结束,我们可以看到每一步结构的变化.
在Project中双击reactant.xtd文件，
动画显示工具按钮Animation
在几秒钟内,一个名为
reactant-product.xtd 的新的3D
Atomistic Trajectory 文件显示出
来；可以对这个文件进行DMol3
计算；可以使用动画(Animation)
工具条来播放轨迹文件.
动画用Bounce模式效果最
佳.把化学键监测(bond
monitoring)打开,这样每变化一
的DELETE 键.在这Sketch Atom 按钮 ,然后是孤
立的H 原子,以及亚甲基团中的C 原子.如果画分子有
问题,则删除3D Atomistic.xsd上的原子,再进行
CTRL+C、CTRL+V.
在这一次C-O 键,由单键改为双键.
连续双击C-C 键,C-C 键就会由双键变为三键,然后又变成
单键.
在这一次Clean 按钮
.
现在结构就和下面的看上去相似了.
现在需要把该结构的文件名改为
product.xsd.右击工作浏览器
Project内的3D Atomistic.xsd,将
其名称改为product.xsd,回车.
2. 优化分子结构
为了优化LST/QST的计算性能,需要对反应物和产物的结构进行优化.这个工作可以
几何优化改为TS Search。确定计算精度
为Medium，泛函为GGA 和BP。
在这More…按钮显示DMol3 过渡
态搜索(DMol3 Transition State Search)
对话框.确认搜索协议(Search protocol)
设置为Complete LST/QST,精度为
Medium.关闭DMol3 Transition State
当两个计算都完成的时候,两个新的文件夹出现在工作浏览器中,分别叫做
reactant DMol3 GeomOpt 和product DMol3 GeomOpt.最后的优化结构包含在
reactant.xsd 和product.xsd 文件中,计算的输出结果在reactant.outmol 和
product.outmol 文件中.
度)这些路径坐标( path coordinate)
的变化曲线,LST/QST 图监测了过
2. 优化分子结构
3.定义原子对
4.用LST/QST 的方法计算过渡态
5.优化过渡态结构
1.建立一个计算模型
选择 creating a new project,建立名为vinylOH 的project .
在本单元中,你要在两个不同的3D Atomistic 界面中建立反应物和产物模型.第一
应物栏包含了1:C 和2:C,它们应该直接和产
物栏里的对应物相匹配,以下的步骤将对此
加以确认.
分别在这反应物框
里的1:C和产物框里的
1:C.
两个对话框里的碳原
子被选上,两个3D 文件
里的碳原子也同时被
选中.
认为反应物和产物里的两个1:C原子是等价原子,在这Auto Find.
寻找等价原子(Find Equivalent Atoms)算法匹配了2个C和1个H原子.还有3个H原
和二次同步度越(quadratic synchronous transit,QST).
本例中,我们将介绍DMol 中的LST /QST 工具的使用,将会看到如何使用
LST/QST 搜索乙烯醇转变为乙醛的H转移反应 的过渡态结构.
CH2CHOH → CH3CHO
本例包括以下内容：
1. 建立一个计算模型
步,就会对化学键重新计算.
在这Build | Bonds ,打开Bond
Calculation对话框,勾选上化学键计
算对话框上的Monitor bonding,关闭
对话框.
设置动画演示方式,按下动画
工具条上的Play 按钮,反应物到产
物的变化.
看完后按下Stop 按钮.
4. 使用LST/QST/CG 方法计算过渡态
这样乙烯醇的每一个原子都被选上，颜色显
示为黄色。
在键盘上按下CTRL + C.
选中的结构文件被复制到了剪贴板.
用File / New…打开一个新的3D
Atomistic 文件,按下键盘上的CTRL
+ V.
结构模型被粘贴到刚刚新打开的3D
界面上.现在需要改变化学键和对原
子重新排布以得到产物结构.
在这个新的3D 界面文件中,在这O-H 键.按下键盘上
在这Set Match,还剩下5H、7H未匹配.重复这个过程,继续在这Set Match来匹配剩下
的没有配对的原子.
反应物、产物的原子已配对.现在可以预览一下反应物和产物之间原子的匹配情
况.
在这反应物或者产物栏中列表里的任意一个原子,可以看到匹配的另一原子.考察
匹配情况,直到满意为止.关闭Find Equivalent Atoms 对话框.
改为球棍显示
在3D Atomistic上 ,在这选择第三个C
原子.在这Modify Element 按钮上的
选择箭头,选择氧元素.刚才被选的原
子由碳原子变成了氧原子.
点击碳-碳键一次，选中。点击Sketch工
具条上的Modify Bond Type 键
，选
择双键，从而把单键变成双键。点击别处，
取消选择碳-碳键。
激活。
如果动画(Animation)工具条
是不可见的，
则按右侧的操作，使用观看
(View)菜单让它显示。
设置显示方式，按播放键
。
B-O近似,体系的电子能量是核构型的函数.
在继续工作之前,需要关闭Materials Visualizer 中的所有文件.
关闭DMol3 计算对话框.选择File\Save Project,然后Window\Close All.
刚才指定了使用的Hamiltonian 和计算的精度.精度决定了使用的基组(basis set)和
轨道的截断cutoff.这里基组为DND.可以在Electronic 栏里检查这些参数的设置.现在需
要应用电子分布热平滑thermal smearing来加快结构优化的收敛.
在这Electronic 标签.检查SCF 是不是设为Medium.按下More…按钮,显示了DMol3
形图中的几何优化文件夹
中选择product.xsd.
按下Match…按钮.
寻找等价原子(Find
Equivalent Atoms)
对话框显示出来了,
从中可以看到,一个
原子(O)匹配了,而仍
有六个原子(C、H)
没有匹配.
双击反应物栏(reactant column)中的2xC.
在产物栏里的对应的文件夹同时打开了.反
Note：reactant_product.xtd 包含了DMol3 需要的重要信息,第一桢是反应物的,最后一
桢是产物的.
现在准备设置使用DMol3 计算过渡态.
从菜单条中选择Modules | DMol3 |
Calculation，或使用DMol3图标
，
DMol3 计算对话框就显示出来。
在设置(Setup)标签栏里，把Task 由
Search 对话框.来自电子Hamiltonian 的设置与几何优化计
算的设置一样.
这次需要计算频率(Frequency)相关的性质.
在这Properties 标签栏,勾选上Frequency.
最后,需要对工作描述(Job Description)加以设置.
在这Job Control 标签,确认Automatic 没有被勾选
通过DMol3 的几何优化功能来完成.
在这别处,取消选
择结构.按下工具
条上的DMol3 按
钮
,然后选择
下拉条中的
Calculation.DMol3
的计算对话框显示
出来.
将Task 由
Energy 改为
Geometry
Optimization.
确认Quality
设为Medium.
将泛函改为
GGA \BP.
的Electronic 选项对话框.在SCF 标签栏里,勾选上Using smearing 选项.关闭DMol3
Electronic选项对话框.
现在准备开始计算了.
让reactant.xsd 成为当前工作文件.在这Job Control 标签.按下More…按钮,显示
了DMol3的工作控制选项对话框.确认Update structure,Update graphs 和Update
子未匹配.
仍有3个H原子没有匹配,重复上面的
手动匹配步骤.双击反应物栏(reactant
column)中的3xH.在产物栏里的对应的文
件夹同时打开了.反应物栏包含了4:H、
5:H 和7:H,分别在这反应物框里的4:H和
产物框里的4:H,两个对话框里的H原子被
选上,两个3D 文件里的碳原子也同时被
选中.
按下Adjust Hydrogen 按钮
，点
击一次Clean 按钮
，拖动结构模
型，使得和下图相似，以球棍模型显
示。
在Project浏览器内,右击3D
Atomistic.xsd,选择Rename,
将其重新命名为reactant.xsd.
在3D Viewer上选择Selection按钮 ， 双
击乙烯醇结构中的任何一个原子。
背景
对任何反应的势能面的探索都要求知道反应进程中每一步的结构和能量,
或者动力学和热动力学的快照(snapshots).特别重要的是决定反应速率的那一步,
这通常需要找到那些难以捕获的过渡态结构.有一些方法对找到过渡态的结构是很
有效果的,其中比较知名的就是线性同步度越(linear synchronous transit, LST)
现在准备开始对反应物和产物结构中的原子进行对应配对(物质不灭)
从菜单条中选择Tools |
Reaction Preview,打开了反应
预览(Reaction Preview)对话框.
从Reactant 的 下拉树
形图中的几何优化文件
夹中选择reactant.xsd .
同样从Product 的下拉树
运用DMol3的 LST/QST功能来搜索过渡态,需要在
反应物和产物之间创建一条通道,这也是DMol3 计算时
所要求的输入文件.
在反应预览(Reaction Preview)对话框中,把桢数提
高到100；勾选上Superimpose structures；单击
Preview按钮,关闭反应预览(Reaction Preview)对话框.
双击几何优化子文件夹中的reactant.xsd 和product.xsd.
现在工作区域中只有两个优化了的结构.
3. 定义原子对
用DMol3 进行过渡态搜索,反应物和产物的所有原子都必须配对对应.这个可以通
过使用工具栏里的反应预览(Reaction Preview)功能来实现.
从菜单条中选择Window | Tile Vertically,使反应物和产物以肩并肩的形式显示.
textual results 三项被勾选上.关闭Job Control 选项对话框,在这Run 按钮.
当第一个计算结束后,对product.xsd 重复刚才的操作.
把当前工作文件换为product.xsd,在这DMol3 计算对话框上的Run 按钮.
计算过程中,计算的进程用图表和文本文件的形式展现出来.