引物设计和NCBI使用指导

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所谓引物特异性:引物结合模板正确位置的能力,或者避免结合非目标位置的能力。引物的长度、GC含量、 碱基分布、Tm值等性质,均会影响其特异性。 Primer-Blast比对引物特异性的原理
NCBI收录了诸多物种的基因组DNA、编码序列mRNA以及其他相关核酸序列的数据。使用Primer-Blast进行比 对,首先要输入一对引物序列,并选择序列所属数据库。此时系统将在该数据库中对序列进行查找和对比,并将 引物可能结合的位置进行记录,一旦结合位置处于两条链并且产物大小符合要求,系统就会将这种情况列举到结 果中。需要注意的是,结合模板的引物不仅是一条正向一条反向,也有可能是两条正向或者两条反向引物。
Primer-BLAST-01
Primer-BLAST-02
Primer-BLAST-03
引物设计
Primer-BLAST-引物特异性及比对原理
引物的特异性 引物是一段短的单链寡核苷酸,在PCR过程的退火阶段,引物与单链模板结合,DNA聚合酶沿着引物的3末端
向后进行DNA的合成。引物与模板的结合遵循碱基互补配对的原则,因此,当退火温度不合适或引物设计不合理 时,引物会结合到模板的非目标区域,从而导致其他片段的ห้องสมุดไป่ตู้增。
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