麦洼牦牛群体4个新微卫星位点遗传多态性分析_蔡欣
合集下载
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性，平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益，请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间：9:00-18:30)。
Ｆ：ＣＴＧＧＡＡＧＡＧＧＡＡＡＴＧＧＣＡＡＣ Ｒ：ＣＡＡＧＧＴＣＴＧＡＡＡＧＣＡＡＣＡＧＧ
退 火 温 度／℃ Ａｎｎｅａｌｉｎｇ ｔｅｍｐｅｒａｔｕｒｅ
５３
５３
５３
５９
通 过 Ｐｒｉｍｅｒ Ｐｒｅｍｉｅｒ ５．０ 软 件 设 计 引 物，由 北 １．３ 遗传多态性和群体遗传分化分析
京梓熙 生 物 科 技 有 限 公 司 合 成，Ｂｏｇｒ２０３、Ｂｏｇｒ２０４
［中 图 分 类 号 ］ Ｓ８２３．８＋５１．２
［文 献 标 志 码 ］ Ａ
［文 章 编 号 ］ １６７１－９３８７（２０１４）０５－００２９－０４
ห้องสมุดไป่ตู้
Ｇｅｎｅｔｉｃ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ ｏｆ ｆｏｕｒ ｎｏｖｅｌ ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅ ｌｏｃｉ ｏｆ Ｍａｉｗａｙａｋ
ＣＡＩ Ｘｉｎ１，ＭＩＰＡＭ Ｔｓｅｒａｎｇ－ｄｏｎｋｏ２，ＺＨＡＯ Ｆａｎｇ－ｆａｎｇ１，ＳＵＮ Ｌｅｉ １
Ｋｅｙ ｗｏｒｄｓ：Ｍａｉｗａ ｙａｋ；ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅ ｌｏｃｉ；ｇｅｎｅｔｉｃ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ；ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎａｌ ｇｅｎｅｔｉｃ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ
我 国 牦 牛 的 数 量 和 类 群 居 世 界 之 冠，约 占 世 界 牦牛总数的９５％ 以 上 。 ［１］ 多 年 以 来，牦 牛 的 育 种 工
表 １ ４个微卫星位点的基本信息
Ｔａｂｌｅ １ Ｂａｓｉｃ ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ ｆｏｒ ｔｈｅ ｆｏｕｒ ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅ ｌｏｃｉ
微卫星位点 Ｌｏｃｉ
Ｂｏｇｒ２０３
Ｂｏｇｒ２０４
Ｂｏｇｒ２０５
Ｂｏｇｒ２１５
核心重复序列 Ｒｅｐｅａｔ ｍｏｔｉｆ （ＧＴ）１７ＡＴ（ＧＴ）５
（ＧＴ）１６… （ＧＴ）９
每个微卫 星 位 点 的 等 位 基 因 数 （Ｎ）、观 察 杂 合
和 Ｂｏｇｒ２１５位点 ＰＣＲ 扩增上游引物５′端均用 ＦＡＭ 荧光 染 料 标 记，而 Ｂｏｇｒ２０５ 位 点 ＰＣＲ 引 物 ５′端 用 ＨＥＸ 荧光染料标记。
度（Ｈｏ）、期 望 杂 合 度 （Ｈｅ）和 平 均 多 态 信 息 含 量 （ＰＩＣ）通 过 Ｃｅｒｖｕｓ ２．０ 软 件 计 算 获 得 。 ［８］ 使 用 Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ Ｖｅｒｓｉｏｎ ２．２软件 基 ［９］ 于 混 合 模 型 对 牦 牛
（１ 西南科技大学 生命科学与工程学院，四川 绵阳 ６２１０１０；２ 西南民族大学 生命科学与技术学院，四川 成都 ６１００４１）
［摘 要］ 【目的】利用４个新分离的牦牛基因组多 态 微 卫 星 位 点，分 析 麦 洼 牦 牛 的 遗 传 多 态 性 及 群 体 的 遗 传
分化特征。【方法】以１３０个 麦 洼 牦 牛 个 体 基 因 组 ＤＮＡ 为 模 板，ＰＣＲ 扩 增 Ｂｏｇｒ２０３、Ｂｏｇｒ２０４、Ｂｏｇｒ２０５ 和 Ｂｏｇｒ２１５ ４
（１ Ｓｃｈｏｏｌ ｏｆ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，Ｓｏｕｔｈｗｅｓｔ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｍｉａｎｙａｎｇ，Ｓｉｃｈｕａｎ６２１０１０，Ｃｈｉｎａ； ２ Ｃｏｌｌｅｇｅ ｏｆ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｓｏｕｔｈｗｅｓｔ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｆｏｒ Ｎａｔｉｏｎａｌｉｔｉｅｓ，Ｃｈｅｎｇｄｕ，Ｓｉｃｈｕａｎ６１００４１，Ｃｈｉｎａ）
第 ４２ 卷 第 ５ 期 ２０１４ 年 ５ 月
西 北 农 林 科 技 大 学 学 报 （自 然 科 学 版 ） Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｎｏｒｔｈｗｅｓｔ Ａ＆Ｆ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ（Ｎａｔ．Ｓｃｉ．Ｅｄ．）
网 络 出 版 时 间 ：２０１４－０４－２５ １５：４８
ＤＯＩ：１０．１３２０７／ｊ．ｃｎｋｉ．ｊｎｗａｆｕ．２０１４．０５．０３２
１．２．３ 微卫星标记的 ＰＣＲ 扩增 以上述 １３０个牦 牛个体基因 组 ＤＮＡ 为 模 板，对 各 个 位 点 分 别 进 行
ＰＣＲ 扩增。ＰＣＲ 反 应 总 体 系 为 ２５μＬ，其 中 １０× Ｂｕｆｆｅｒ（Ｍｇ２＋ｆｒｅｅ）２．５μＬ，Ｍｇ２＋ （２５ｍｍｏｌ／Ｌ）１．５ μＬ，ｄＮＴＰｓ（１０ｍｍｏｌ／Ｌ）４μＬ，微 卫 星 位 点 扩 增 上 下游引物各１μＬ，Ｔａｑ ＤＮＡ 聚合酶 （５Ｕ／μＬ）１．２５ μＬ，模板 ＤＮＡ １μＬ，超 纯 灭 菌 水 １２．７５μＬ。 反 应 条件：９４ ℃预变性 ４ ｍｉｎ；９４ ℃ 变 性 ３０ｓ，５３ ℃／５９
１．２．１ 牦牛 基 因 组 ＤＮＡ 的 提 取 麦 洼 牦 牛 血 液 基因组 ＤＮＡ 按照 Ｃａｉ等 所 ［７］ 用方法提取，耳组织和
Ｄｙｎａｌ磁珠富集 从 牦 牛 基 因 组 中 分 离 出 ５９ 个 具 有 （ＡＣ）ｎ／（ＧＴ）ｎ 串 联 重 复 序 列 的 微 卫 星 位 点，将 为
毛发样品基因组 ＤＮＡ 按照 常 规 的 “盐 析 法”进 行 提 取，确保高纯度且无蛋 白 和 ＲＮＡ 污 染，选 择 提 取 质
１ 材料与方法
报道，研 究 人 员 只 能 利 用 普 通 牛 的 微 卫 星 序 列 分 析 牦牛的群体 遗 传 结 构 特 征 和 系 统 分 类 。 ［２－５］ 由 于 普
１．１ 样 本 来 源 从四川省红原县麦洼牦牛原种群繁育基地和当
通牛 与 牦 牛 分 属 于 不 同 的 物 种，其 基 因 组 内 功 能 基 地屠宰场中随 机 选 取 １３０ 头 个 体 作 为 研 究 对 象，采
３０
西 北 农 林 科 技 大 学 学 报 （自 然 科 学 版 ）
第 ４２ 卷
ｔｅｌｉｔｅ）已被广 泛 应 用 于 群 体 遗 传 研 究、生 物 遗 传 作 征研究和遗传资源挖掘提供重要依据。
图 、个 体 间 亲 缘 关 系 鉴 定 等 方 面 ，但 是 目 前 尚 未 见 将 牦牛自身基因组微卫星标记应用于牦牛群体遗传的
网 络 出 版 地 址 ：ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｃｎｋｉ．ｎｅｔ／ｋｃｍｓ／ｄｏｉ／１０．１３２０７／ｊ．ｃｎｋｉ．ｊｎｗａｆｕ．２０１４．０５．０３２．ｈｔｍｌ
Ｖｏｌ．４２ Ｎｏ．５ Ｍａｙ ２０１４
麦洼牦牛群体４个新微卫星位点遗传多态性分析
蔡 欣１，泽 让 东 科２，赵 芳 芳１，孙 磊１
为２个亚群，这与麦洼牦牛分布地域广泛有较大关系，但各个亚群的 牦 牛 个 体 及 其 分 布 区 域 还 需 要 进 一 步 研 究 。【结
论 】麦 洼 牦 牛 品 种 具 有 较 高 的 遗 传 多 态 性 ，并 可 能 分 化 为 至 少 ２ 个 亚 群 。
［关 键 词 ］ 麦 洼 牦 牛 ；微 卫 星 ；遗 传 多 态 性 ；群 体 遗 传 分 化
因编 码 序 列 常 存 在 明 显 的 不 同，微 卫 星 序 列 应 该 亦 取每个个体的静脉血、耳组织块或毛发样品，处理后
存在 较 大 差 别，所 以 以 普 通 牛 基 因 组 微 卫 星 研 究 牦 低温送回实验室保存备用。
牛群体或个体之间的遗传多态性，不仅难度较大，而 １．２ 试验方法
且研究结果的准确性和可重复性应该远远低于用牦 牛自身 基 因 组 微 卫 星 的 研 究 结 果。 本 课 题 组 通 过
个微卫星位点序列，通过测序进行基因分型，根据基因型计算各个位点 的 多 态 性，并 推 断 麦 洼 牦 牛 群 体 的 遗 传 分 化 特
征。【结果】麦洼牦牛群体在４个微卫星位点具有较高 的 遗 传 多 态 性，平 均 观 察 杂 合 度（Ｈｏ）、平 均 期 望 杂 合 度 （Ｈｅ）
和平均多态信息含量（ＰＩＣ）分别达到０．６２６，０．８００和０．７５１；通 过 Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ软 件 能 够 较 明 确 地 将 麦 洼 牦 牛 群 体 区 分
牦牛 遗 传 多 态 性 研 究、遗 传 连 锁 图 谱 构 建 以 及 分 子 育种提供一些分子标记 。 ［６］ 本研究进一 步 利 用 其 中 多态性较好的４个新微卫星位点对麦洼牦牛群体的 遗传 多 态 性 进 行 分 析，以 期 为 麦 洼 牦 牛 遗 传 分 化 特
量较好个体的 ＤＮＡ 样品用作微卫星扩增模板。 １．２．２ 微 卫 星 标 记 ４ 个 新 的 微 卫 星 标 记 （Ｂｏｇｒ２０３、Ｂｏｇｒ２０４、Ｂｏｇｒ２０５ 和 Ｂｏｇｒ２１５）的 核 心 重 复序列、ＰＣＲ 扩增引物以及退火温度如表 １所示。
（ＧＴ）１７
（ＡＣ）１６
引 物 （５′→３′） Ｐｒｉｍｅｒｓ（５′→３′）
Ｆ：ＧＡＧＧＣＴＧＣＴＴＴＴＧＴＧＣＴＡＣＣＡＴＧ Ｒ：ＣＴＡＣＡＧＣＡＧＧＡＡＡＴＧＧＣＡＡＴＧ
Ｆ：ＡＧＡＧＴＴＴＴＡＧＧＡＡＧＡＧＡＣＣＡＧＡＧ Ｒ：ＣＣＣＡＣＡＧＡＡＣＡＣＣＣＡＡＣＴＡＡＡＡＴ
Ｆ：ＡＴＣＣＣＣＴＣＡＴＣＴＣＴＣＣＧＡＡＣＡＧ Ｒ：ＧＣＡＡＡＧＡＧＡＴＧＴＧＡＣＴＧＡＧＣＧ
作由 于 种 种 原 因 裹 足 不 前，而 缺 乏 可 靠 稳 定 的 分 子 遗 传 标 记 是 重 要 的 原 因 之 一。 微 卫 星 （Ｍｉｃｒｏｓａ－
［收 稿 日 期 ］ ２０１３－０７－１５ ［基 金 项 目 ］ 中 国 博 士 后 科 学 基 金 项 目 （２００９０４６１３３６）；中 国 博 士 后 科 学 基 金 特 别 项 目 （２０１００３７０３） ［作 者 简 介 ］ 蔡 欣 （１９７２－ ），男 ，甘 肃 漳 县 人 ，副 教 授 ，硕 士 生 导 师 ，主 要 从 事 动 物 遗 传 学 研 究 。Ｅ－ｍａｉｌ：ｃａｉｘｉｎ２３２３＠１２６．ｃｏｍ
Ａｂｓｔｒａｃｔ：【Ｏｂｊｅｃｔｉｖｅ】Ｔｈｉｓ ｗｏｒｋ ａｉｍｅｄ ｔｏ ｉｎｖｅｓｔｉｇａｔｅ ｇｅｎｅｔｉｃ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ ａｎｄ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ ｏｆ Ｍａｉ－ ｗａ ｙａｋ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ ｕｓｉｎｇ ｆｏｕｒ ｎｏｖｅｌ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅ ｌｏｃｉ．【Ｍｅｔｈｏｄ】Ｔｈｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ ｆｏｕｒ ｍｉｃｒｏ－ ｓａｔｅｌｌｉｔｅ ｌｏｃｉ Ｂｏｇｒ２０３，Ｂｏｇｒ２０４，Ｂｏｇｒ２０５ａｎｄ Ｂｏｇｒ２１５ ｗｅｒｅ ａｍｐｌｉｆｉｅｄ ｂｙ ＰＣＲ ｕｓｉｎｇ ｔｈｅ ｇｅｎｏｍｉｃ ＤＮＡ ｏｆ １３０ Ｍａｉｗａ ｙａｋｓ ａｓ ｔｅｍｐｌａｔｅｓ．Ｇｅｎｏｔｙｐｉｎｇ ｗａｓ ｐｅｒｆｏｒｍｅｄ ｂｙ ｄｉｒｅｃｔ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ａｎｄ ｕｓｅｄ ｔｏ ｃｏｍｐｕｔｅ ｐｏｌｙ－ ｍｏｒｐｈｉｓｍ ｏｆ ｅａｃｈ ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅ ｌｏｃｉ．Ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ ｆｅａｔｕｒｅｓ ｏｆ Ｍａｉｗａ ｙａｋ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ ｗｅｒｅ ｉｎｆｅｒｒｅｄ ａｓ ｗｅｌｌ．【Ｒｅｓｕｌｔ】Ｍａｉｗａ ｙａｋ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ ｅｘｈｉｂｉｔｅｄ ｈｉｇｈ ｇｅｎｅｔｉｃ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ ｗｉｔｈ ｔｈｅ ｍｅａｎ ｏｂｓｅｒｖｅｄ ｈｅｔ－ ｅｒｏｚｙｇｏｓｉｔｙ （Ｈｏ），ｍｅａｎ ｅｘｐｅｃｔｅｄ ｈｅｔｅｒｏｚｙｇｏｓｉｔｙ （Ｈｅ）ａｎｄ ｍｅａｎ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ ｃｏｎｔｅｎｔ（ＰＩＣ） ｏｆ ０．６２６，０．８００ａｎｄ ０．７５１，ｒｅｓｐｅｃｔｉｖｅｌｙ．Ｍａｉｗａ ｙａｋ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ ｃｏｕｌｄ ｂｅ ｃｌａｓｓｉｆｉｅｄ ｉｎｔｏ ｔｗｏ ｄｉｓｔｉｎｇｕｉｓｈｅｄ ｓｕｂ－ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ ｕｓｉｎｇ Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ．Ｔｈｅ ｇｅｎｅｔｉｃ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ ｗａｓ ｃｌｏｓｅｌｙ ｒｅｌａｔｅｄ ｔｏ ｔｈｅ ｗｉｄｅ ｒｅｇｉｏｎａｌ ｄｉｓｔｒｉ－ ｂｕｔｉｏｎ ｏｆ ｙａｋ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ．Ｆｕｒｔｈｅｒ ｓｔｕｄｙ ｗａｓ ｎｅｃｅｓｓａｒｙ ｔｏ ｅｘａｍｉｎｅ ｔｈｅ ｉｎｄｉｖｉｄｕａｌｓ ａｎｄ ｔｈｅｉｒ ｒｅｇｉｏｎａｌ ｄｉｓｔｒｉ－ ｂｕｔｉｏｎ ｉｎ ｅａｃｈ ｓｕｂ－ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ．【Ｃｏｎｃｌｕｓｉｏｎ】Ｍａｉｗａ ｙａｋ ｈａｄ ａｂｕｎｄａｎｔ ｇｅｎｅｔｉｃ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ ａｎｄ ｃｏｕｌｄ ｂｅ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｅｄ ｉｎｔｏ ａｔ ｌｅａｓｔ ｔｗｏ ｓｕｂ－ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ．
退 火 温 度／℃ Ａｎｎｅａｌｉｎｇ ｔｅｍｐｅｒａｔｕｒｅ
５３
５３
５３
５９
通 过 Ｐｒｉｍｅｒ Ｐｒｅｍｉｅｒ ５．０ 软 件 设 计 引 物，由 北 １．３ 遗传多态性和群体遗传分化分析
京梓熙 生 物 科 技 有 限 公 司 合 成，Ｂｏｇｒ２０３、Ｂｏｇｒ２０４
［中 图 分 类 号 ］ Ｓ８２３．８＋５１．２
［文 献 标 志 码 ］ Ａ
［文 章 编 号 ］ １６７１－９３８７（２０１４）０５－００２９－０４
ห้องสมุดไป่ตู้
Ｇｅｎｅｔｉｃ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ ｏｆ ｆｏｕｒ ｎｏｖｅｌ ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅ ｌｏｃｉ ｏｆ Ｍａｉｗａｙａｋ
ＣＡＩ Ｘｉｎ１，ＭＩＰＡＭ Ｔｓｅｒａｎｇ－ｄｏｎｋｏ２，ＺＨＡＯ Ｆａｎｇ－ｆａｎｇ１，ＳＵＮ Ｌｅｉ １
Ｋｅｙ ｗｏｒｄｓ：Ｍａｉｗａ ｙａｋ；ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅ ｌｏｃｉ；ｇｅｎｅｔｉｃ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ；ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎａｌ ｇｅｎｅｔｉｃ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ
我 国 牦 牛 的 数 量 和 类 群 居 世 界 之 冠，约 占 世 界 牦牛总数的９５％ 以 上 。 ［１］ 多 年 以 来，牦 牛 的 育 种 工
表 １ ４个微卫星位点的基本信息
Ｔａｂｌｅ １ Ｂａｓｉｃ ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ ｆｏｒ ｔｈｅ ｆｏｕｒ ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅ ｌｏｃｉ
微卫星位点 Ｌｏｃｉ
Ｂｏｇｒ２０３
Ｂｏｇｒ２０４
Ｂｏｇｒ２０５
Ｂｏｇｒ２１５
核心重复序列 Ｒｅｐｅａｔ ｍｏｔｉｆ （ＧＴ）１７ＡＴ（ＧＴ）５
（ＧＴ）１６… （ＧＴ）９
每个微卫 星 位 点 的 等 位 基 因 数 （Ｎ）、观 察 杂 合
和 Ｂｏｇｒ２１５位点 ＰＣＲ 扩增上游引物５′端均用 ＦＡＭ 荧光 染 料 标 记，而 Ｂｏｇｒ２０５ 位 点 ＰＣＲ 引 物 ５′端 用 ＨＥＸ 荧光染料标记。
度（Ｈｏ）、期 望 杂 合 度 （Ｈｅ）和 平 均 多 态 信 息 含 量 （ＰＩＣ）通 过 Ｃｅｒｖｕｓ ２．０ 软 件 计 算 获 得 。 ［８］ 使 用 Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ Ｖｅｒｓｉｏｎ ２．２软件 基 ［９］ 于 混 合 模 型 对 牦 牛
（１ 西南科技大学 生命科学与工程学院，四川 绵阳 ６２１０１０；２ 西南民族大学 生命科学与技术学院，四川 成都 ６１００４１）
［摘 要］ 【目的】利用４个新分离的牦牛基因组多 态 微 卫 星 位 点，分 析 麦 洼 牦 牛 的 遗 传 多 态 性 及 群 体 的 遗 传
分化特征。【方法】以１３０个 麦 洼 牦 牛 个 体 基 因 组 ＤＮＡ 为 模 板，ＰＣＲ 扩 增 Ｂｏｇｒ２０３、Ｂｏｇｒ２０４、Ｂｏｇｒ２０５ 和 Ｂｏｇｒ２１５ ４
（１ Ｓｃｈｏｏｌ ｏｆ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，Ｓｏｕｔｈｗｅｓｔ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｍｉａｎｙａｎｇ，Ｓｉｃｈｕａｎ６２１０１０，Ｃｈｉｎａ； ２ Ｃｏｌｌｅｇｅ ｏｆ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｓｏｕｔｈｗｅｓｔ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｆｏｒ Ｎａｔｉｏｎａｌｉｔｉｅｓ，Ｃｈｅｎｇｄｕ，Ｓｉｃｈｕａｎ６１００４１，Ｃｈｉｎａ）
第 ４２ 卷 第 ５ 期 ２０１４ 年 ５ 月
西 北 农 林 科 技 大 学 学 报 （自 然 科 学 版 ） Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｎｏｒｔｈｗｅｓｔ Ａ＆Ｆ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ（Ｎａｔ．Ｓｃｉ．Ｅｄ．）
网 络 出 版 时 间 ：２０１４－０４－２５ １５：４８
ＤＯＩ：１０．１３２０７／ｊ．ｃｎｋｉ．ｊｎｗａｆｕ．２０１４．０５．０３２
１．２．３ 微卫星标记的 ＰＣＲ 扩增 以上述 １３０个牦 牛个体基因 组 ＤＮＡ 为 模 板，对 各 个 位 点 分 别 进 行
ＰＣＲ 扩增。ＰＣＲ 反 应 总 体 系 为 ２５μＬ，其 中 １０× Ｂｕｆｆｅｒ（Ｍｇ２＋ｆｒｅｅ）２．５μＬ，Ｍｇ２＋ （２５ｍｍｏｌ／Ｌ）１．５ μＬ，ｄＮＴＰｓ（１０ｍｍｏｌ／Ｌ）４μＬ，微 卫 星 位 点 扩 增 上 下游引物各１μＬ，Ｔａｑ ＤＮＡ 聚合酶 （５Ｕ／μＬ）１．２５ μＬ，模板 ＤＮＡ １μＬ，超 纯 灭 菌 水 １２．７５μＬ。 反 应 条件：９４ ℃预变性 ４ ｍｉｎ；９４ ℃ 变 性 ３０ｓ，５３ ℃／５９
１．２．１ 牦牛 基 因 组 ＤＮＡ 的 提 取 麦 洼 牦 牛 血 液 基因组 ＤＮＡ 按照 Ｃａｉ等 所 ［７］ 用方法提取，耳组织和
Ｄｙｎａｌ磁珠富集 从 牦 牛 基 因 组 中 分 离 出 ５９ 个 具 有 （ＡＣ）ｎ／（ＧＴ）ｎ 串 联 重 复 序 列 的 微 卫 星 位 点，将 为
毛发样品基因组 ＤＮＡ 按照 常 规 的 “盐 析 法”进 行 提 取，确保高纯度且无蛋 白 和 ＲＮＡ 污 染，选 择 提 取 质
１ 材料与方法
报道，研 究 人 员 只 能 利 用 普 通 牛 的 微 卫 星 序 列 分 析 牦牛的群体 遗 传 结 构 特 征 和 系 统 分 类 。 ［２－５］ 由 于 普
１．１ 样 本 来 源 从四川省红原县麦洼牦牛原种群繁育基地和当
通牛 与 牦 牛 分 属 于 不 同 的 物 种，其 基 因 组 内 功 能 基 地屠宰场中随 机 选 取 １３０ 头 个 体 作 为 研 究 对 象，采
３０
西 北 农 林 科 技 大 学 学 报 （自 然 科 学 版 ）
第 ４２ 卷
ｔｅｌｉｔｅ）已被广 泛 应 用 于 群 体 遗 传 研 究、生 物 遗 传 作 征研究和遗传资源挖掘提供重要依据。
图 、个 体 间 亲 缘 关 系 鉴 定 等 方 面 ，但 是 目 前 尚 未 见 将 牦牛自身基因组微卫星标记应用于牦牛群体遗传的
网 络 出 版 地 址 ：ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｃｎｋｉ．ｎｅｔ／ｋｃｍｓ／ｄｏｉ／１０．１３２０７／ｊ．ｃｎｋｉ．ｊｎｗａｆｕ．２０１４．０５．０３２．ｈｔｍｌ
Ｖｏｌ．４２ Ｎｏ．５ Ｍａｙ ２０１４
麦洼牦牛群体４个新微卫星位点遗传多态性分析
蔡 欣１，泽 让 东 科２，赵 芳 芳１，孙 磊１
为２个亚群，这与麦洼牦牛分布地域广泛有较大关系，但各个亚群的 牦 牛 个 体 及 其 分 布 区 域 还 需 要 进 一 步 研 究 。【结
论 】麦 洼 牦 牛 品 种 具 有 较 高 的 遗 传 多 态 性 ，并 可 能 分 化 为 至 少 ２ 个 亚 群 。
［关 键 词 ］ 麦 洼 牦 牛 ；微 卫 星 ；遗 传 多 态 性 ；群 体 遗 传 分 化
因编 码 序 列 常 存 在 明 显 的 不 同，微 卫 星 序 列 应 该 亦 取每个个体的静脉血、耳组织块或毛发样品，处理后
存在 较 大 差 别，所 以 以 普 通 牛 基 因 组 微 卫 星 研 究 牦 低温送回实验室保存备用。
牛群体或个体之间的遗传多态性，不仅难度较大，而 １．２ 试验方法
且研究结果的准确性和可重复性应该远远低于用牦 牛自身 基 因 组 微 卫 星 的 研 究 结 果。 本 课 题 组 通 过
个微卫星位点序列，通过测序进行基因分型，根据基因型计算各个位点 的 多 态 性，并 推 断 麦 洼 牦 牛 群 体 的 遗 传 分 化 特
征。【结果】麦洼牦牛群体在４个微卫星位点具有较高 的 遗 传 多 态 性，平 均 观 察 杂 合 度（Ｈｏ）、平 均 期 望 杂 合 度 （Ｈｅ）
和平均多态信息含量（ＰＩＣ）分别达到０．６２６，０．８００和０．７５１；通 过 Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ软 件 能 够 较 明 确 地 将 麦 洼 牦 牛 群 体 区 分
牦牛 遗 传 多 态 性 研 究、遗 传 连 锁 图 谱 构 建 以 及 分 子 育种提供一些分子标记 。 ［６］ 本研究进一 步 利 用 其 中 多态性较好的４个新微卫星位点对麦洼牦牛群体的 遗传 多 态 性 进 行 分 析，以 期 为 麦 洼 牦 牛 遗 传 分 化 特
量较好个体的 ＤＮＡ 样品用作微卫星扩增模板。 １．２．２ 微 卫 星 标 记 ４ 个 新 的 微 卫 星 标 记 （Ｂｏｇｒ２０３、Ｂｏｇｒ２０４、Ｂｏｇｒ２０５ 和 Ｂｏｇｒ２１５）的 核 心 重 复序列、ＰＣＲ 扩增引物以及退火温度如表 １所示。
（ＧＴ）１７
（ＡＣ）１６
引 物 （５′→３′） Ｐｒｉｍｅｒｓ（５′→３′）
Ｆ：ＧＡＧＧＣＴＧＣＴＴＴＴＧＴＧＣＴＡＣＣＡＴＧ Ｒ：ＣＴＡＣＡＧＣＡＧＧＡＡＡＴＧＧＣＡＡＴＧ
Ｆ：ＡＧＡＧＴＴＴＴＡＧＧＡＡＧＡＧＡＣＣＡＧＡＧ Ｒ：ＣＣＣＡＣＡＧＡＡＣＡＣＣＣＡＡＣＴＡＡＡＡＴ
Ｆ：ＡＴＣＣＣＣＴＣＡＴＣＴＣＴＣＣＧＡＡＣＡＧ Ｒ：ＧＣＡＡＡＧＡＧＡＴＧＴＧＡＣＴＧＡＧＣＧ
作由 于 种 种 原 因 裹 足 不 前，而 缺 乏 可 靠 稳 定 的 分 子 遗 传 标 记 是 重 要 的 原 因 之 一。 微 卫 星 （Ｍｉｃｒｏｓａ－
［收 稿 日 期 ］ ２０１３－０７－１５ ［基 金 项 目 ］ 中 国 博 士 后 科 学 基 金 项 目 （２００９０４６１３３６）；中 国 博 士 后 科 学 基 金 特 别 项 目 （２０１００３７０３） ［作 者 简 介 ］ 蔡 欣 （１９７２－ ），男 ，甘 肃 漳 县 人 ，副 教 授 ，硕 士 生 导 师 ，主 要 从 事 动 物 遗 传 学 研 究 。Ｅ－ｍａｉｌ：ｃａｉｘｉｎ２３２３＠１２６．ｃｏｍ
Ａｂｓｔｒａｃｔ：【Ｏｂｊｅｃｔｉｖｅ】Ｔｈｉｓ ｗｏｒｋ ａｉｍｅｄ ｔｏ ｉｎｖｅｓｔｉｇａｔｅ ｇｅｎｅｔｉｃ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ ａｎｄ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ ｏｆ Ｍａｉ－ ｗａ ｙａｋ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ ｕｓｉｎｇ ｆｏｕｒ ｎｏｖｅｌ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅ ｌｏｃｉ．【Ｍｅｔｈｏｄ】Ｔｈｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ ｆｏｕｒ ｍｉｃｒｏ－ ｓａｔｅｌｌｉｔｅ ｌｏｃｉ Ｂｏｇｒ２０３，Ｂｏｇｒ２０４，Ｂｏｇｒ２０５ａｎｄ Ｂｏｇｒ２１５ ｗｅｒｅ ａｍｐｌｉｆｉｅｄ ｂｙ ＰＣＲ ｕｓｉｎｇ ｔｈｅ ｇｅｎｏｍｉｃ ＤＮＡ ｏｆ １３０ Ｍａｉｗａ ｙａｋｓ ａｓ ｔｅｍｐｌａｔｅｓ．Ｇｅｎｏｔｙｐｉｎｇ ｗａｓ ｐｅｒｆｏｒｍｅｄ ｂｙ ｄｉｒｅｃｔ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ａｎｄ ｕｓｅｄ ｔｏ ｃｏｍｐｕｔｅ ｐｏｌｙ－ ｍｏｒｐｈｉｓｍ ｏｆ ｅａｃｈ ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅ ｌｏｃｉ．Ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ ｆｅａｔｕｒｅｓ ｏｆ Ｍａｉｗａ ｙａｋ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ ｗｅｒｅ ｉｎｆｅｒｒｅｄ ａｓ ｗｅｌｌ．【Ｒｅｓｕｌｔ】Ｍａｉｗａ ｙａｋ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ ｅｘｈｉｂｉｔｅｄ ｈｉｇｈ ｇｅｎｅｔｉｃ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ ｗｉｔｈ ｔｈｅ ｍｅａｎ ｏｂｓｅｒｖｅｄ ｈｅｔ－ ｅｒｏｚｙｇｏｓｉｔｙ （Ｈｏ），ｍｅａｎ ｅｘｐｅｃｔｅｄ ｈｅｔｅｒｏｚｙｇｏｓｉｔｙ （Ｈｅ）ａｎｄ ｍｅａｎ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ ｃｏｎｔｅｎｔ（ＰＩＣ） ｏｆ ０．６２６，０．８００ａｎｄ ０．７５１，ｒｅｓｐｅｃｔｉｖｅｌｙ．Ｍａｉｗａ ｙａｋ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ ｃｏｕｌｄ ｂｅ ｃｌａｓｓｉｆｉｅｄ ｉｎｔｏ ｔｗｏ ｄｉｓｔｉｎｇｕｉｓｈｅｄ ｓｕｂ－ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ ｕｓｉｎｇ Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ．Ｔｈｅ ｇｅｎｅｔｉｃ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ ｗａｓ ｃｌｏｓｅｌｙ ｒｅｌａｔｅｄ ｔｏ ｔｈｅ ｗｉｄｅ ｒｅｇｉｏｎａｌ ｄｉｓｔｒｉ－ ｂｕｔｉｏｎ ｏｆ ｙａｋ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ．Ｆｕｒｔｈｅｒ ｓｔｕｄｙ ｗａｓ ｎｅｃｅｓｓａｒｙ ｔｏ ｅｘａｍｉｎｅ ｔｈｅ ｉｎｄｉｖｉｄｕａｌｓ ａｎｄ ｔｈｅｉｒ ｒｅｇｉｏｎａｌ ｄｉｓｔｒｉ－ ｂｕｔｉｏｎ ｉｎ ｅａｃｈ ｓｕｂ－ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ．【Ｃｏｎｃｌｕｓｉｏｎ】Ｍａｉｗａ ｙａｋ ｈａｄ ａｂｕｎｄａｎｔ ｇｅｎｅｔｉｃ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ ａｎｄ ｃｏｕｌｄ ｂｅ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｅｄ ｉｎｔｏ ａｔ ｌｅａｓｔ ｔｗｏ ｓｕｂ－ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ．