甘薯ＳＰＦ１转录因子的生物信息学分析

江苏农业学报(ＪｉａｎｇｓｕＪ.ｏｆＡｇｒ.Ｓｃｉ.)ꎬ２０１７ꎬ３３(４):７６０~７６７
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李元元ꎬ高志强ꎬ曹清河.甘薯ＳＰＦ１转录因子的生物信息学分析[Ｊ].江苏农业学报ꎬ２０１７ꎬ３３(４):７６０￣７６７.ｄｏｉ:１０.３９６９/ｊ.ｉｓｓｎ.１０００￣４４４０.２０１７.０４.００６
甘薯ＳＰＦ１转录因子的生物信息学分析
李元元１ꎬ㊀高志强２ꎬ㊀曹清河１
(１.江苏省徐州市农业科学院ꎬ江苏徐州２２１１２１ꎻ２.江苏师范大学药用植物生物技术省级重点实验室ꎬ江苏徐州２２１１１６)
收稿日期:２０１６￣１２￣３１
基金项目:徐州市农业科学院科研基金项目(２０１５００５)
作者简介:李元元(１９８６￣)ꎬ女ꎬ江苏沛县人ꎬ硕士ꎬ助理研究员ꎬ研究
方向为植物生物技术ꎮ(Ｔｅｌ)０５１６￣８２１８９５９０ꎻ(Ｅ￣ｍａｉｌ)ｌｉ＿ｙｙ２０１６＠１２６.ｃｏｍ
㊀㊀摘要:㊀ＷＲＫＹ蛋白是一类植物特有的转录因子超家族ꎬＳＰＦ１是第一个从植物(高系１４)中克隆的ＷＲＫＹ家族基因ꎮ借助生物信息学手段ꎬ对甘薯ＳＰＦ１蛋白组成㊁结构和功能进行分析预测ꎮ结果表明ꎬＳＰＦ１编码蛋白含有丰富的丝氨酸位点ꎬ并含有２个ＷＲＫＹ保守结构域ꎬ分别带有ＣＸ４ＣＸ２２ＨＸＨ和ＣＸ４ＣＸ２３ＨＸＨ锌指结构ꎬ分别形成４
个和５个β￣折叠片ꎮＳＰＦ１和甘薯祖先种ＩｐｏｍｏｅａｔｒｉｆｉｄａＷＲＫＹ结构域均具有非常保守的ＷＲＫＹＧ(Ｑ/Ｋ)Ｋ氨基酸序列ꎬ并且Ｃ端ＷＲＫＹ结构域的保守性比Ｎ端ＷＲＫＹ结构域的低ꎮ系统进化树分析结果显示ꎬ蛋白Ｎ端和Ｃ端的ＷＲＫＹ结构域分属２个不同的分支ꎮ蛋白结构预测结果显示ꎬＳＰＦ１ＷＲＫＹ结构区(２０４~４４５ａａ)处于蛋白三维结构的内侧ꎬ形成非亲水性靶标ＤＮＡ结合区ꎮＳＰＦ１作为转录因子ꎬ在调控细胞核基因表达的同时ꎬ其蛋白Ｎ端序列具有叶绿体定位功能ꎮ推测ＳＰＦ１可能参与细胞核和叶绿体的基因表达调控ꎮ
关键词:㊀甘薯ꎻＳＰＦ１ꎻ转录因子ꎻＷＲＫＹ结构域
中图分类号:㊀Ｓ５３１.０３２㊀
㊀㊀文献标识码:㊀Ａ㊀㊀㊀文章编号:㊀１０００￣４４４０(２０１７)０４￣０７６０￣０８
ＢｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓａｎａｌｙｓｉｓｏｆＳＰＦ１ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎｆａｃｔｏｒｓｆｒｏｍｓｗｅｅｔｐｏｔａｔｏ[Ｉｐｏｍｏｅａｂａｔａｔａｓ(Ｌ.)Ｌａｍ]
ＬＩＹｕａｎ￣ｙｕａｎ１ꎬ㊀ＧＡＯＺｈｉ￣ｑｉａｎｇ２ꎬ㊀ＣＡＯＱｉｎｇ￣ｈｅ１
(１.ＩｎｓｔｉｔｕｔｅｏｆＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌＳｃｉｅｎｃｅｓｏｆＸｕｚｈｏｕꎬＸｕｚｈｏｕ２２１１２１ꎬＣｈｉｎａꎻ２.ＴｈｅＫｅｙＬａｂｏｒａｔｏｒｙｏｆＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙｆｏｒＭｅｄｉｃｉｎａｌＰｌａｎｔｏｆＪｉａｎｇｓｕＰｒｏｖｉｎｃｅꎬ
ＪｉａｎｇｓｕＮｏｒｍａｌＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙꎬＸｕｚｈｏｕ２２１１１６ꎬＣｈｉｎａ)
㊀㊀Ａｂｓｔｒａｃｔ:㊀ＷＲＫＹｐｒｏｔｅｉｎｉｓａｋｉｎｄｏｆｐｌａｎｔｓｐｅｃｉｆｉｃｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎｆａｃｔｏｒｓｕｐｅｒｆａｍｉｌｙꎬａｎｄＳＰＦ１ｉｓｔｈｅｆｉｒｓｔｃｌｏｎｅｄＷＲＫＹｇｅｎｅｆｒｏｍｓｗｅｅｔｐｏｔａｔｏ(ＫｏｋｅｉＮｏ.１４).ＵｓｉｎｇＢｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓｔｏｏｌｓꎬｔｈｅｐｒｏｔｅｉｎｓｔｒｕｃｔｕｒｅａｎｄｆｕｎｃｔｉｏｎｏｆＳＰＦ１ｗｅｒｅａｎａｌｙｚｅｄ.ＳＰＦ１ｐｒｏｔｅｉｎｉｓｒｉｃｈｉｎｓｅｒｉｎｅａｍｉｎｏａｃｉｄｓａｎｄｃｏｎｔａｉｎｓｔｗｏＷＲＫＹｄｏｍａｉｎｓｈａｒｂｏｕｒｉｎｇＣＸ４ＣＸ２２ＨＸＨａｎｄＣＸ４ＣＸ２３ＨＸＨｚｉｎｃｆｉｎｇｅｒｓｔｒｕｃｔｕｒｅｓｒｅｓｐｅｃｔｉｖｅｌｙꎬｆｉｎａｌｌｙｆｏｒｍｉｎｇｆｏｕｒａｎｄｆｉｖｅβ￣ｓｈｅｅｔｓ.ＴｈｅＷＲＫＹｄｏｍａｉｎｓｉｎＳＰＦ１ｏｆＫｏｋｅｉ
Ｎｏ.１４ａｎｄｓｗｅｅｔｐｏｔａｔｏａｎｃｅｓｔｏｒＩｐｏｍｏｅａｔｒｉｆｉｄａｈａｄｈｉｇｈｌｙｃｏｎｓｅｒｖａｔｉｖｅＷＲＫＹＧ(Ｑ/Ｋ)ＫａｍｉｎｏａｃｉｄｓｅｑｕｅｎｃｅꎬａｎｄＣｔｅｒｍｉｎｕｓｐｒｅｓｅｎｔｅｄｒｅｌａｔｉｖｅｌｙｌｏｗｅｒｃｏｎｓｅｒｖａｔｉｏｎｔｈａｎＮｔｅｒｍｉｎｕｓｄｉｄ.ＰｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃａｎａｌｙｓｉｓｒｅｖｅａｌｅｄｔｈａｔｔｈｅＷＲＫＹｄｏｍａｉｎｉｎｔｅｒｍｉｎｉＮａｎｄＣｂｅｌｏｎｇｅｄｔｏｔｗｏｄｉｆｆｅｒｅｎｔｂｒａｎｃｈｅｓ.ＴｈｅｔｗｏＷＲＫＹｄｏｍａｉｎｓ(２０４~４４５ａａ)ｉｎＳＰＦ１ｗｅｒｅｌｏｃａｔｅｄｉｎｓｉｄｅｏｆｔｈｅｐｒｏｔｅｉｎｔｈｒｅｅ￣ｄｉｍｅｎｓｉｏｎａｌｓｔｒｕｃｔｕｒｅｗｈｅｒｅｔｈｅｎｏｎ￣ｈｙｄｒｏｐｈｉｌｉｃｔａｒｇｅｔＤＮＡｗａｓｂｏｕｎｄ.ＡｓａｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎｆａｃｔｏｒꎬＳＰＦ１
ｍｉｇｈｔｂｅｉｎｖｏｌｖｅｄｉｎｔｈｅｒｅｇｕｌａｔｉｏｎｓｏｆｎｕｃｌｅａｒａｎｄｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔｇｅｎｅｓｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ.
Ｋｅｙｗｏｒｄｓ:㊀
ｓｗｅｅｔｐｏｔａｔｏꎻＳＰＦ１ꎻｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ
ｆａｃｔｏｒꎻＷＲＫＹｄｏｍａｉｎ
㊀㊀甘薯ꎬ又名番薯ꎬ属于双子叶植物纲(Ｄｉｃｏｔｙｌｅ￣ｄｏｎｅａｅ)管花目(Ｔｕｂｉｆｌｏｒａｅ)旋花科(Ｃｏｎｖｏｌｖｕｌａｃｅａｅ)
０
６７. All Rights Reserved.
番薯属(Ｉｐｏｍｏｅａ)番薯(Ｉ.ｂａｔａｔａｓ)ꎬ是世界上排名第７的重要粮食作物ꎮ全世界每年生产约１.０４ˑ１０８ｔ甘薯ꎬ其中中国生产约８.５ˑ１０７ｔꎬ属于甘薯生产大国[１]ꎮ甘薯是六倍体(２ｎ＝６ˑ＝９０)作物ꎬ具有较大的基因组(２２０５Ｍｂ)和复杂的遗传背景(异交习性)ꎬ相比水稻(３８９Ｍｂ)等其他粮食作物ꎬ甘薯的基因组测序㊁传统基因/ＱＴＬ定位㊁基因克隆和功能研究相对比较困难ꎬ而通过甘薯转录组测序技术[２￣３]和简单㊁高效㊁低投入的基因编辑技术ＣＲＩＳＰＲ￣Ｃａｓ９[４]可以快速发掘㊁鉴定甘薯重要的农艺性状和抗性相关基因ꎮ
ＷＲＫＹ蛋白是开花植物特有的一类转录因子超家族ꎬ因其Ｎ端或Ｃ端含有ＷＲＫＹ高度保守的氨基酸序列而得名ꎮＷＲＫＹ家族基因在植物的生长发育以及植物和环境的相互作用中具有重要调控功能[５]ꎮ例如ꎬＡｔＷＲＫＹ１２和ＡｔＷＲＫＹ１３可以调控拟南芥花期[６]ꎬＤｌｆ１能同时调控水稻花期和株高[７]ꎬＷＲＫＹ４６和ＷＲＫＹ７５调控侧根和根毛发育[８￣９]ꎬＷＲＫＹ基因参与植物的持绿性[１０]和叶片衰老[１１]等性状的调控ꎮ在植物营养与代谢方面ꎬＯｓ￣ＷＲＫＹ７４[１２]和ＷＲＫＹ４２[１３]分别促进水稻和拟南芥磷元素的吸收利用和植物铁元素的利用[１４]以及具有药用价值次生代谢物的调控[１５]等ꎮ在提高植物的抗病性方面ꎬＳＨＥＮ等报道了在大麦白粉病抗性途径中ꎬ免疫受体蛋白ＭＬＡ１０和ＷＲＫＹ在核内相互作用ꎬ通过调控不同的ＰＡＭＰ病原菌信号途径来增强作物抗病性[１６]ꎮＬＥＲＯＵＸ等报道了拟南芥中病原菌通过表达乙酰转移酶(ＰｏｐＰ２)靶标植物体内的ＷＲＫＹ转录因子ꎬ使其Ｃ端ＷＲＫＹ结构域中关键的赖氨酸乙酰化ꎬ破坏ＷＲＫＹ和ＤＮＡ的结合能力ꎬ导致ＷＲＫＹ不能激活相应的植物抗病途径ꎬ使植物失去抗病性[１７]ꎮ所以植物ＷＲＫＹ转录因子超家族通过蛋白和ＤＮＡ以及蛋白和蛋白间的相互作用ꎬ介导不同的信号网络以调节植物各种生物学过程ꎮ目前ꎬ甘薯祖先种Ｉ.ｔｒｉｆｉｄａ基因组已测序ꎬ对Ｉ.ｔｒｉｆｉｄａ自交系Ｍｘ２３Ｈｍ和高度杂合系０４３１￣１进行基因组测序ꎬ发现其基因组大小分别为５１３Ｍｂ和７１２Ｍｂꎬ分别预测出６２４０７个和１０９４４９个基因[１８]ꎮＩＳＨＩＧＵＲＯ等(１９９４)从植物中克隆了第一个ＷＲＫＹ转录因子家族基因ＳＰＦ１ꎬ其来自普通栽培甘薯高系１４ꎬＳＰＦ１调控贮藏蛋白和β￣淀粉酶的基因功能[１９]ꎬ但到目前为止ꎬ普通栽培甘薯的ＷＲＫＹ家族基因很少被分析和研究ꎮ本研究拟利用生物信息学分析方法ꎬ结合已有甘薯祖先种Ｉ.ｔｒｉｆｉｄａ的ＷＲＫＹ序列ꎬ对甘薯ＳＰＦ１蛋白的结构和功能㊁氨基酸组成和特点进行预测分析ꎬ以期为甘薯ＷＲＫＹ家族基因的生物学功能研究ꎬ以及ＷＲＫＹ基因在种内和种间的进化提供重要依据ꎮ
１㊀材料与方法
１.１㊀材料
在ＮＣＢＩ(ＮａｔｉｏｎａｌＣｅｎｔｅｒｆｏｒＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙＩｎｆｏｒ￣ｍａｔｉｏｎ)数据库中检索甘薯ＳＰＦ１基因的核酸与蛋白序列ꎬＳＰＦ１基因编码蛋白序列ＧｅｎＢａｎｋＢＡＡ０６２７８.１ꎬ其ｃＤＮＡ序列ＧｅｎＢａｎｋＤ３００３８.１ꎮ在ＰｌａｎｔＴｒａｎｓｃｒｉｐ￣ｔｉｏｎＦａｃｔｏｒＤａｔａｂａｓｅ(Ｖ４.０)数据库[２０]中下载甘薯祖先种Ｉ.ｔｒｉｆｉｄａ的８０个ＷＲＫＹ转录因子家族基因的蛋白序列ꎮ
１.２㊀方法
１.２.１㊀ＳＰＦ１基因功能域和基因家族分析㊀采用ＮＣＢＩ的ＣｏｎｓｅｒｖｅｄＤｏｍａｉｎｓ数据库[２１]和Ｐｒｏｓｉｔｅ数据库的在线生物信息分析软件ＳｃａｎＰｒｏｓｉｔｅ[２２]对甘薯ＳＰＦ１基因编码的氨基酸序列进行结构域和基因家族类型分析ꎮ利用ＳｃａｎＰｒｏｓｉｔｅ提取ＳＰＦ１和Ｉ.ｔｒｉｆｉｄａＷＲＫＹ转录因子(ＩｔＷＲＫＹ１~８０)蛋白序列中的ＷＲＫＹ结构域ꎬ用后缀１㊁２区别同一基因编码蛋白中Ｎ端和Ｃ端的ＷＲＫＹ结构域ꎮ利用在线生物信息分析软件ＷｅｂＬｏｇｏ[２３](Ｖｅｒｓｉｏｎ２.８.２)分析比较ＩｂＳＰＦ１和ＩｔＷＲＫＹ１~８０蛋白序列ＷＲＫＹ结构域中保守的氨基酸位点ꎮ采用领接法[２４]并利用ＭＥＧＡ７[２５]软件构建ＷＲＫＹ结构域系统进化树ꎬ采用ｐ￣ｄｉｓｔａｎｃｅ法[２６]计算进化距离ꎬ利用ｂｏｏｔｓｔｒａｐ法[２７]重复检验１５００次ꎮ
１.２.２㊀ＳＰＦ１蛋白一级和二级结构的分析㊀基于ＷｅｂＬａｂ[２８]分析平台ꎬ利用ｐｅｐｓｔａｔｓ(ｖ６.０.１)软件对ＳＰＦ１蛋白的氨基酸组成和特点进行统计ꎬ采用ｏｃ￣ｔａｎｏｌ(ｖ６.０.１)软件分析ＳＰＦ１蛋白的亲水性ꎬ然后利用在线生物信息分析软件Ｓｃａｎｓｉｔｅ[２９]分析ＳＰＦ１的磷酸化位点ꎬ最后利用在线生物信息分析软件Ｐｒｅ￣ｄｉｃｔＰｒｏｔｅｉｎ[３０]分析ＳＰＦ１蛋白结构特点ꎮ
１.２.３㊀ＳＰＦ１蛋白三级结构和功能分析㊀利用Ｅｘ￣ＰａＳｙ数据库中的在线生物信息分析软件Ｓｗｉｓｓ￣Ｍｏｄ￣ｅｌ对ＳＰＦ１蛋白进行蛋白三级结构同源建模ꎮ首先寻找相似性较高的模板ꎬ选择２ａｙｄ.１的Ｎ端和Ｃ端
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李元元等:甘薯ＳＰＦ１转录因子的生物信息学分析. All Rights Reserved.
三级结构模型作为模板ꎬ然后分别对ＳＰＦ１蛋白进行同源建模ꎬ模型建立后保存模型文件为ＰＤＢ格式ꎬ最后利用Ｓｗｉｓｓ￣ＰｄｂＶｉｅｗｅｒ４.０.１[３１]软件对模型的三维结构进行显示并分析ꎮ
１.２.４㊀ＳＰＦ１转录因子功能分析㊀利用在线生物信息分析软件ＳＴＩＴＣＨ[３２]和ＳＴＲＩＮＧ[３３]分析ＳＰＦ１蛋白在拟南芥和水稻中相似性最高的同源蛋白ꎬ然后依据同源蛋白已有试验数据预测蛋白间或蛋白与功能化合物间的相互作用网络ꎬ从而推断被预测蛋白可能具有的信号途径和生物学功能ꎮ选取甘薯部分已知功能基因的启动子序列ꎬ利用在线生物信息分析软件ＪＡＳＰＡＲｄａｔａｂａｓｅ分析其可能具有的ＷＲＫＹ结构域靶标位点ꎮ
２㊀结果与分析
２.１㊀ＳＰＦ１蛋白结构域与基因家族
对比ＮＣＢＩ的ＣｏｎｓｅｒｖｅｄＤｏｍａｉｎｓ数据库和Ｅｘ￣ＰａＳｙ的Ｐｒｏｓｉｔｅ数据库中ＳＰＦ１蛋白序列数据ꎬ发现其属于ＷＲＫＹ转录因子家族ꎬ编码蛋白含有２个ＷＲＫＹ结构域ꎬ分别含有ＣＸ４ＣＸ２２ＨＸＨ和ＣＸ４ＣＸ２３ＨＸＨ锌指结构ꎮ其中ＣｏｎｓｅｒｖｅｄＤｏｍａｉｎｓ分析结果为２１０~２６５ａａ和３８５~４４２ａａꎬＰｒｏｓｉｔｅ分析结果为２０４~２６８ａａ和３８０~４４５ａａꎮ在ＰｌａｎｔＴｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎＦａｃｔｏｒＤａｔａｂａｓｅ(Ｖ４.０)数据库中共收录ＷＲＫＹ家族基因１４５４９个ꎬ其中８０个来自甘薯祖先种Ｉ.ｔｒｉｆｉｄａ(ＩｔＷＲＫＹ１~８０)ꎬ其编码蛋白序列长度为１１８~７５０ａａꎮ１５个甘薯祖先种ＷＲＫＹ家族基因编码蛋白含有２个ＷＲＫＹ结构域ꎬ其氨基酸序列长度为４３９~７５０ａａꎮ采用ＷｅｂＬｏｇｏ(Ｖｅｒｓｉｏｎ２.８.２)在线分析平台分析比较了ＳＰＦ１和ＩｔＷＲＫＹ１~８０基因编码蛋白Ｎ端和Ｃ端ＷＲＫＹ结构域(图１)ꎮ甘薯ＷＲＫＹ基因编码蛋白Ｎ端和Ｃ端的ＷＲＫＹ结构域均具有非常保守的ＷＲＫＹＧ(Ｑ/Ｋ)Ｋ序列ꎬ相比蛋白Ｃ端的ＷＲＫＹ结构域ꎬＮ端ＷＲＫＹ结构域的保守氨基酸位点更多ꎬ与目前所发现的Ｃ端ＷＲＫＹ结构域行使主要生物学功能且具有功能多样性的结果相一致ꎮ
图１㊀ＷｅｂＬｏｇｏ分析ＳＰＦ１和ＩｔＷＲＫＹ１~８０基因编码蛋白ＷＲＫＹ结构域保守的氨基酸位点
Ｆｉｇ.１㊀ＷｅｂＬｏｇｏａｎａｌｙｓｉｓｏｆｃｏｎｓｅｒｖａｔｉｖｅａｍｉｎｏａｃｉｄｓｉｎＷＲＫＹｄｏｍａｉｎｅｎｃｏｄｅｄｂｙＳＰＦ１ａｎｄＩｔＷＲＫＹ１－８０
㊀㊀通过ＭＥＧＡ７构建的系统进化树(图２)显示ꎬＳＰＦ１和ＩｔＷＲＫＹ１~８０的Ｎ端和Ｃ端ＷＲＫＹ结构域分属不同分支ꎬ相比蛋白Ｎ端的ＷＲＫＹ结构域ꎬＣ端的ＷＲＫＹ结构域可以分成４大类ꎬ每一类下面可以继续分成不同的亚类ꎬ所以甘薯ＷＲＫＹ转录因子Ｃ端的ＷＲＫＹ结构域具有更多的生物学功能ꎬ与ＷｅｂＬｏｇｏ分析的ＷＲＫＹ结构域保守性结果相一致ꎮ通过比较栽培种和祖先种ＷＲＫＹ家族基因编码蛋白Ｎ端和Ｃ端的ＷＲＫＹ结构域ꎬ发现高系１４ＳＰＦ１Ｎ端的ＷＲＫＹ结构域ＩｂＳＰＦ１￣１与ＩｔＷＲＫＹ６１￣１㊁ＩｔＷＲＫＹ３６￣１相似性较高ꎮ高系１４ＳＰＦ１Ｃ端的ＷＲＫＹ结构域ＩｂＳＰＦ１￣２与ＩｔＷＲＫＹ３６￣２㊁ＩｔＷＲＫＹ６１￣２㊁ＩｔＷＲＫＹ２５￣２㊁Ｉｔ￣ＷＲＫＹ１４￣２㊁ＩｔＷＲＫＹ３￣２㊁ＩｔＷＲＫＹ２￣２具有很高的
２６７江苏农业学报㊀２０１７年第３３卷第４期. All Rights Reserved.
￣１:Ｎ端ＷＲＫＹ结构域ꎻ￣２:Ｃ端ＷＲＫＹ结构域ꎮ
图２㊀ＳＰＦ１和ＩｔＷＲＫＹ１~８０ＷＲＫＹ结构域系统进化树
Ｆｉｇ.２㊀ＰｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃａｎａｌｙｓｉｓｏｆＷＲＫＹｄｏｍａｉｎｉｎＳＰＦ１ａｎｄＩｔＷＲＫＹ１－８０
相似性ꎮ所以ＷＲＫＹ基因在甘薯祖先种和栽培种中存在一定的基因进化关系ꎮ
２.２㊀ＳＰＦ１蛋白的一级结构和二级结构
在ＷｅｂＬａｂ生物信息综合分析平台上ꎬ采用Ｐｅｐｓｔａｔｓ(ｖ６.０.１)软件统计ＳＰＦ１的蛋白序列ꎬ其分子量为５９６９４.９８ꎬ等电点为６.１３６８ꎬ各种氨基酸统计结果如图３显示ꎮ在ＳＰＦ１的氨基酸组成中ꎬ丝氨酸含量最高ꎬ具有８３个氨基酸残基ꎮ图３显示ꎬ小分子氨基酸的残基数为３３１ꎬ极性氨基酸的残基数为３０１ꎬ非极性氨基酸的残基数为２４８ꎬ微小氨基酸的残基数为１９９ꎬ带电氨基酸的残基数为１２４ꎬ脂肪族氨基酸的残基数为１０３ꎬ碱性氨基酸的残基数为６３ꎬ酸性氨基酸的残基数为６１ꎬ芳香族氨基酸的残基数为５２ꎮＯｃｔａｎｏｌ(ｖ６.０.１)软件可以显示ＳＰＦ１蛋白序列的Ｗｈｉｔｅ￣Ｗｉｍｌｅｙ亲水性图(图
４)ꎬ发现ＳＰＦ１蛋白序列２２０~４６０ａａ区域亲水性较低ꎮ
２.３㊀ＳＰＦ１蛋白结构与功能预测
利用在线分析软件ＰｒｅｄｉｃｔＰｒｏｔｅｉｎ分析ＳＰＦ１蛋白的序列结构(图５Ａ)ꎬ发现在蛋白序列的Ｎ端有α螺旋ꎬ在２个ＷＲＫＹ结构域区间具有不同长度的β折叠片ꎬ同时发现ＷＲＫＹ结构域(２０４~４４５ａａ)在蛋白三维结构中处于蛋白的内侧ꎬ与ＳＰＦ１蛋白具有较低亲水性的区域(图４)相类似ꎮ
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李元元等:甘薯ＳＰＦ１转录因子的生物信息学分析
Ｓｅｒ:丝氨酸ꎻＰｒｏ:脯氨酸ꎻＧｌｙ:甘氨酸ꎻＡｌａ:丙氨酸ꎻＡｓｎ:天冬酰胺ꎻＡｓｐ:天冬氨酸ꎻＴｈｒ:苏氨酸ꎻＧｌｎ:谷氨酰胺ꎻＧｌｕ:谷氨酸ꎻＡｒｇ:精氨酸ꎻＬｅｕ:亮氨酸ꎻＬｙｓ:赖氨酸ꎻＶａｌ:颉氨酸ꎻＴｙｒ:酪氨酸ꎻＰｈｅ:苯丙氨酸ꎻＩＩｅ:异亮氨酸ꎻＭｅｔ:甲硫氨酸ꎻＨｉｓ:组氨酸ꎻＣｙｓ:半胱氨酸ꎻＴｒｐ:色氨酸ꎮ
图３㊀ＳＰＦ１不同氨基酸性质和氨基酸类型统计Ｆｉｇ.３㊀ＳｔａｔｉｓｔｉｃｓｏｆＳＰＦ１ａｍｉｎｏ
ａｃｉｄｓ
图４㊀ＳＰＦ１蛋白Ｗｈｉｔｅ￣Ｗｉｍｌｅｙ亲水性图Ｆｉｇ.４㊀Ｗｈｉｔｅ￣ＷｉｍｌｅｙｈｙｄｒｏｐｈｉｌｉｃｐｌｏｔｏｆＳＰＦ１
㊀㊀利用在线分析软件Ｓｗｉｓｓ￣Ｍｏｄｅｌ进行同源建模和三级结构预测(图５Ｂ)ꎬ发现在ＳＰＦ１蛋白的Ｎ端可以构建４个β折叠片结构ꎬＣ端可以构建５个β折叠片结构ꎬ与图５Ａ预测二级结构的结果相类似ꎮ其中ＷＲＫＹ结构域的４个保守氨基酸位点Ｗ㊁Ｒ㊁Ｋ㊁Ｙ分别位于Ｎ端ＷＲＫＹ结构域第１个β折叠片和Ｃ端ＷＲＫＹ结构域第２个β折叠片(图５Ｂ)ꎮ三
维结构显示ＷＲＫＹ保守氨基酸位点主要在ＷＲＫＹ结构域外侧ꎬ可能与其靶标ＤＮＡ发挥生物学功能有一定关系ꎮ
利用在线分析网站ＳＴＩＴＣＨ和ＳＴＲＩＮＧ对ＳＰＦ１可能具有的生物学功能进行分析ꎮＳＰＦ１与拟南芥的ＡｔＷＲＫＹ３３具有５０％的序列相似性ꎬ以ＡｔＷＲＫＹ３３作为功能预测蛋白ꎬ发现其与植物抗病虫害有关的
ＭＫＳ１(ＭＡＰｋｉｎａｓｅｓｕｂｓｔｒａｔｅ１)㊁ＳＩＢ１(Ｓｉｇｍａｆａｃｔｏｒｂｉｎｄｉｎｇｐｒｏｔｅｉｎ１)ꎬ与非生物逆境相关的ＣＺＦ１(ＺｉｎｃｆｉｎｇｅｒＣＣＣＨｄｏｍａｉｎ￣ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇｐｒｏｔｅｉｎ)㊁ＳＴＺ(Ｓａｌｔｔｏｌ￣
ｅｒａｎｃｅｚｉｎｃｆｉｎｇｅｒ)ꎬ与乙烯反应相关的ＥＲＦ１０４(Ｅｔｈｙｌ￣ｅｎｅｒｅｓｐｏｎｓｅｆａｃｔｏｒ１０４)ꎬ植物Ｃ/Ｎ平衡相关的ＣＮＩ１
(Ｃａｒｂｏｎ/ｎｉｔｒｏｇｅｎｉｎｓｅｎｓｉｔｉｖｅ１)㊁ＭＰＫ３(Ｍｉｔｏｇｅｎ￣ａｃｔｉ￣ｖａｔｅｄｐｒｏｔｅｉｎｋｉｎａｓｅ３)和ＭＰＫ４(Ｍｉｔｏｇｅｎ￣ａｃｔｉｖａｔｅｄｐｒｏ￣ｔｅｉｎｋｉｎａｓｅ４)等相互作用(图５Ｃ)ꎮ
㊀㊀利用在线分析软件ｉＰＳＯＲＴ对ＳＰＦ１蛋白序列Ｎ端３０个氨基酸区域具有的叶绿体定位功能进行进一步预测ꎬ采用在线分析软件ＴａｒｇｅｔＰ１.１预测ＳＰＦ１蛋白定位在叶绿体的分值０ ８８６ꎬ定位在线粒体的分值０ ０１５ꎮ根据甘薯叶绿体基因组测序结果[３]ꎬ选取差异表达的ｐｓａＡ(ＧｅｎｅＩＤ:２３７６４５６１)㊁
ｐｓｂＩ(ＧｅｎｅＩＤ:２３７６４５３３)㊁ｐｅｔＢ(ＧｅｎｅＩＤ:
４６７江苏农业学报㊀２０１７年第３３卷第４期
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图５㊀甘薯ＳＰＦ１蛋白结构与功能预测
Ｆｉｇ.５㊀ＳｔｒｕｃｔｕｒｅａｎｄｆｕｎｃｔｉｏｎａｎａｌｙｓｉｓｏｆｐｒｏｔｅｉｎＳＰＦ１ｉｎｓｗｅｅｔｐｏｔａｔｏ
２３７６４６０１)㊁ｎｄｈＢ(ＧｅｎｅＩＤ:２３７６４６１７㊁２３７６４６５５)ꎬ其基因的启动子序列大小为２０００ｂｐꎬ利用软件ＪＡＳＰＡＲｄａｔａｂａｓｅ分析发现其含有不同的ＷＲＫＹ基因结合位点(图６)ꎬ推测ＳＰＦ１可能对细胞核和叶绿体基因均有调控功能ꎬ需要结合试验验证
ꎮ
ａ:ＷＲＫＹ２ꎻｂ:ＷＲＫＹ８ꎻｃ:ＷＲＫＹ１２ꎻｄ:ＷＲＫＹ１５ꎻｅ:ＷＲＫＹ１８ꎻｆ:ＷＲＫＹ２１ꎻｇ:ＷＲＫＹ２３ꎻｈ:ＷＲＫＹ２５ꎻｉ:ＷＲＫＹ３０ꎻｊ:ＷＲＫＹ３８ꎻｋ:ＷＲＫＹ４０ꎻｌ:ＷＲＫＹ４３ꎻｍ:ＷＲＫＹ４５ꎻｎ:ＷＲＫＹ４８ꎻｏ:ＷＲＫＹ５７ꎻｐ:ＷＲＫＹ６０ꎻｑ:ＷＲＫＹ６２ꎻｒ:ＷＲＫＹ６３ꎻｓ:ＷＲＫＹ７５ꎻｔ:ＺＡＰ１ꎮ
图６㊀甘薯叶绿体基因启动子区ＷＲＫＹ结合位点统计
Ｆｉｇ.６㊀ＮｕｍｂｅｒｏｆｂｉｎｄｉｎｇｓｉｔｅｏｆＷＲＫＹｗｉｔｈｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔｇｅｎｅｐｒｏｍｏｔｅｒｉｎｓｗｅｅｔｐｏｔａｔｏ
３㊀讨论
ＳＰＦ１基因是第一个从植物中克隆的ＷＲＫＹ转
录因子家族基因ꎬ来自普通栽培甘薯高系１４ꎮＳＰＦ１
编码蛋白含有５４９个氨基酸ꎬ２个ＷＲＫＹ保守结构
域ꎬ分别含有ＣＸ４ＣＸ２２ＨＸＨ和ＣＸ４ＣＸ２３ＨＸＨ锌指结
构ꎮ甘薯栽培种高系１４ＳＰＦ１与甘薯祖先种Ｉ.ｔｒｉｆｉ￣
ｄａＩｔＷＲＫＹ１~８０的Ｎ端和Ｃ端ＷＲＫＹ结构域含有
不同的保守氨基酸位点ꎬ但２个ＷＲＫＹ结构域含有
非常保守的ＷＲＫＹＧ(Ｑ/Ｋ)Ｋ序列ꎮＳＰＦ１和Ｉｔ￣
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李元元等:甘薯ＳＰＦ１转录因子的生物信息学分析
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ＷＲＫＹ１~８０的系统进化树分析结果表明ꎬＮ端和Ｃ端的ＷＲＫＹ结构域分属２个不同分支ꎬ其中Ｃ端的ＷＲＫＹ结构域又可以划分成４类不同的亚类ꎬ可能与ＷＲＫＹ转录因子Ｃ端ＷＲＫＹ结构域所具有的各种生物学功能有一定关系ꎮＳＰＦ１蛋白结构分析结果表明ꎬＮ端和Ｃ端ＷＲＫＹ结构域分别形成４个和５个β折叠片ꎬ并且２个ＷＲＫＹ结构区域在整个蛋白结构中被折叠到蛋白内侧ꎬ这与蛋白的非亲水性预测结果相一致ꎬ具有靶标ＤＮＡ的作用ꎮ
㊀㊀ＷＲＫＹ转录因子在植物响应和适应各种环境胁迫时具有重要调节功能ꎬ随着基因组测序技术在各种植物中的应用ꎬ除了模式植物拟南芥和水稻[３４]外ꎬ其他植物ＷＲＫＹ家族基因也在被系统地分析和鉴定[３５￣３８]ꎮ在ＮＣＢＩ中采用ＢｌａｓｔＰ在线分析软件对ＳＰＦ１进行比对ꎬ选取相似性较高(>６０％)的同源蛋白ꎬ选取其中２１条蛋白序列进行多序列比对ꎬ发现其他物种具有２个㊁３个或更多的保守性ＷＲＫＹ结构域ꎮ前人研究发现不同物种间ＷＲＫＹ结构域的串联重复和片段重复在ＷＲＫＹ家族基因的遗传进化中起重要作用[３４ꎬ３６]ꎮＷＲＫＹ转录因子超家族成员一般通过结合靶标基因启动子区的Ｗ￣ｂｏｘ来调节下游基因的表达[３９]ꎬ同时ＷＲＫＹ还会被ＭＡＰＫ磷酸化[４０]ꎬ结合１４￣３￣３蛋白[４１]等发挥各种生物学功能ꎮ所以ＳＰＦ１含有丰富的丝氨酸位点特性ꎬ随后在Ｓｃａｎｓｉｔｅ在线系统中发现ＳＰＦ１可以被ＧＳＫ㊁ＭＡＰＫ３㊁ＰＤＫ等磷酸化ꎬ使ＳＰＦ１具有很多潜在的生物学功能ꎬ需要后续鉴定ꎮ
综上所述ꎬ甘薯作为六倍体作物ꎬ基因组遗传背景复杂ꎬ基因组很大ꎬ所以甘薯基因组测序和基因功能研究工作非常困难ꎮ随着转录组测序技术在甘薯重要农艺性状相关基因发掘中的应用ꎬ以及基因编辑技术ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ９[４]的出现ꎬ可以通过转录组测序去挖掘甘薯ＷＲＫＹ家族基因ꎬ以及克隆ＷＲＫＹ基因(如ＳＰＦ１)进行基因定向敲除来研究基因的功能ꎬ从而快速鉴定甘薯ＷＲＫＹ家族基因可能参与调控的重要农艺性状和抗病虫害特性ꎮ本研究的发现可以为ＳＰＦ１等甘薯ＷＲＫＹ家族基因的后续生物学功能研究ꎬ以及ＷＲＫＹ基因在甘薯种内和种间的遗传进化研究奠定基础ꎮ
参考文献:
[１]㊀ＦＡＯＳＴＡＴ.ＦｏｏｄａｎｄａｇｒｉｃｕｌｔｕｒｅｏｒｇａｎｉｚａｔｉｏｎｏｆｔｈｅＵｎｉｔｅｄＮａ￣
ｔｉｏｎｓꎬｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ[ＥＢ/ＯＬ].[２０１６￣１２￣１６].ｈｔｔｐ://
ｆａｏｓｔａｔ３.ｆａｏ.ｏｒｇ/ｈｏｍｅ/ｉｎｄｅｘ.ｈｔｍｌ.
[２]㊀ＧＵＹＨꎬＴＡＯＸꎬＬＡＩＸＪꎬｅｔａｌ.ＥｘｐｌｏｒｉｎｇｔｈｅｐｏｌｙａｄｅｎｙｌａｔｅｄＲＮＡｖｉｒｏｍｅｏｆｓｗｅｅｔｐｏｔａｔｏｔｈｒｏｕｇｈｈｉｇｈ￣ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ
[Ｊ].ＰｌｏＳＯｎｅꎬ２０１４ꎬ９(６):ｅ９８８８４.
[３]㊀ＹＡＮＬꎬＬＡＩＸꎬＬＩＸꎬｅｔａｌ.Ａｎａｌｙｓｅｓｏｆｔｈｅｃｏｍｐｌｅｔｅｇｅｎｏｍｅａｎｄｇｅｎｅｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎｏｆｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔｏｆｓｗｅｅｔｐｏｔａｔｏ[Ｉｐｏｍｏｅａｂａｔａｔａ]
[Ｊ].ＰｌｏＳＯｎｅꎬ２０１５ꎬ１０(４):ｅ０１２４０８３.
[４]㊀ＢＯＥＴＴＣＨＥＲＭꎬＭＣＭＡＮＵＳＭＴ.Ｃｈｏｏｓｉｎｇｔｈｅｒｉｇｈｔｔｏｏｌｆｏｒｔｈｅｊｏｂ:ＲＮＡｉꎬＴＡＬＥＮꎬｏｒＣＲＩＳＰＲ[Ｊ].ＭｏｌｅｃｕｌａｒＣｅｌｌꎬ２０１５ꎬ５８
(４):５７５￣５８５.
[５]㊀ＰＨＵＫＡＮＵＪꎬＪＥＥＮＡＧＳꎬＳＨＵＫＬＡＲＫ.ＷＲＫＹｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎｆａｃｔｏｒｓ:ｍｏｌｅｃｕｌａｒｒｅｇｕｌａｔｉｏｎａｎｄｓｔｒｅｓｓｒｅｓｐｏｎｓｅｓｉｎｐｌａｎｔｓ[Ｊ].
ＦｒｏｎｔｉｅｒｓｉｎＰｌａｎｔＳｃｉｅｎｃｅꎬ２０１６ꎬ７:７６０.
[６]㊀ＬＩＷꎬＷＡＮＧＨꎬＹＵＤ.ＡｒａｂｉｄｏｐｓｉｓＷＲＫＹｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎｆａｃｔｏｒｓＷＲＫＹ１２ａｎｄＷＲＫＹ１３ｏｐｐｏｓｉｔｅｌｙｒｅｇｕｌａｔｅｆｌｏｗｅｒｉｎｇｕｎｄｅｒｓｈｏｒｔ￣
ｄａｙｃｏｎｄｉｔｉｏｎｓ[Ｊ].ＭｏｌｅｃｕｌａｒＰｌａｎｔꎬ２０１６ꎬ９(１１):１４９２￣１５０３. [７]㊀ＣＡＩＹꎬＣＨＥＮＸꎬＸＩＥＫꎬｅｔａｌ.Ｄｌｆ１ꎬａＷＲＫＹｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎｆａｃ￣ｔｏｒꎬｉｓｉｎｖｏｌｖｅｄｉｎｔｈｅｃｏｎｔｒｏｌｏｆｆｌｏｗｅｒｉｎｇｔｉｍｅａｎｄｐｌａｎｔｈｅｉｇｈｔｉｎ
ｒｉｃｅ[Ｊ].ＰＬｏＳＯｎｅꎬ２０１４ꎬ９(７):ｅ１０２５２９.
[８]㊀ＤＩＮＧＺＪꎬＹＡＮＪＹꎬＬＩＣＸꎬｅｔａｌ.ＴｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎｆａｃｔｏｒＷＲＫＹ４６ｍｏｄｕｌａｔｅｓｔｈｅｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔｏｆＡｒａｂｉｄｏｐｓｉｓｌａｔｅｒａｌｒｏｏｔｓｉｎｏｓｍｏｔｉｃ/
ｓａｌｔｓｔｒｅｓｓｃｏｎｄｉｔｉｏｎｓｖｉａｒｅｇｕｌａｔｉｏｎｏｆＡＢＡｓｉｇｎａｌｉｎｇａｎｄａｕｘｉｎ
ｈｏｍｅｏｓｔａｓｉｓ[Ｊ].ＴｈｅＰｌａｎｔＪｏｕｒｎａｌꎬ２０１５ꎬ８４(１):５６￣６９. [９]㊀ＲＩＳＨＭＡＷＩＬꎬＰＥＳＣＨＭꎬＪＵＥＮＧＳＴＣꎬｅｔａｌ.Ｎｏｎ￣ｃｅｌｌ￣ａｕｔｏｎｏ￣ｍｏｕｓｒｅｇｕｌａｔｉｏｎｏｆｒｏｏｔｈａｉｒｐａｔｔｅｒｎｉｎｇｇｅｎｅｓｂｙＷＲＫＹ７５ｉｎＡｒａ￣
ｂｉｄｏｐｓｉｓ[Ｊ].ＰｌａｎｔＰｈｙｓｉｏｌｏｇｙꎬ２０１４ꎬ１６５(１):１８６￣１９５. [１０]ＴＨＯＭＡＳＨꎬＯＵＧＨＡＭＨ.Ｔｈｅｓｔａｙ￣ｇｒｅｅｎｔｒａｉｔ[Ｊ].ＪｏｕｒｎａｌｏｆＥｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌＢｏｔａｎｙꎬ２０１４ꎬ６５(１４):３８８９￣３９００.
[１１]ＨＡＮＭꎬＫＩＭＣＹꎬＬＥＥＪꎬｅｔａｌ.ＯｓＷＲＫＹ４２ｒｅｐｒｅｓｓｅｓＯｓＭＴ１ｄａｎｄｉｎｄｕｃｅｓｒｅａｃｔｉｖｅｏｘｙｇｅｎｓｐｅｃｉｅｓａｎｄｌｅａｆｓｅｎｅｓｃｅｎｃｅｉｎｒｉｃｅ
[Ｊ].ＭｏｌｅｃｕｌｅｓａｎｄＣｅｌｌｓꎬ２０１４ꎬ３７(７):５３２￣５３９.
[１２]ＤＡＩＸꎬＷＡＮＧＹꎬＺＨＡＮＧＷＨ.ＯｓＷＲＫＹ７４ꎬａＷＲＫＹｔｒａｎ￣ｓｃｒｉｐｔｉｏｎｆａｃｔｏｒꎬｍｏｄｕｌａｔｅｓｔｏｌｅｒａｎｃｅｔｏｐｈｏｓｐｈａｔｅｓｔａｒｖａｔｉｏｎｉｎ
ｒｉｃｅ[Ｊ].ＪｏｕｒｎａｌｏｆＥｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌＢｏｔａｎｙꎬ２０１６ꎬ６７(３):９４７￣９６０. [１３]ＳＵＴꎬＸＵＱꎬＺＨＡＮＧＦＣꎬｅｔａｌ.ＷＲＫＹ４２ｍｏｄｕｌａｔｅｓｐｈｏｓｐｈａｔｅｈｏｍｅｏｓｔａｓｉｓｔｈｒｏｕｇｈｒｅｇｕｌａｔｉｎｇｐｈｏｓｐｈａｔｅｔｒａｎｓｌｏｃａｔｉｏｎａｎｄａｃｑｕｉ￣
ｓｉｔｉｏｎｉｎＡｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ[Ｊ].ＰｌａｎｔＰｈｙｓｉｏｌｏｇｙꎬ２０１５ꎬ１６７(４):
１５７９￣１５９１.
[１４]ＹＡＮＪＹꎬＬＩＣＸꎬＳＵＮＬꎬｅｔａｌ.ＡＷＲＫＹｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎｆａｃｔｏｒｒｅｇｕｌａｔｅｓＦｅｔｒａｎｓｌｏｃａｔｉｏｎｕｎｄｅｒＦｅｄｅｆｉｃｉｅｎｃｙ[Ｊ].ＰｌａｎｔＰｈｙｓｉｏｌｏ￣
ｇｙꎬ２０１６ꎬ１７１(３):２０１７￣２０２７.
[１５]ＹＡＭＡＤＡＹꎬＳＡＴＯＦ.Ｔｙｒｏｓｉｎｅｐｈｏｓｐｈｏｒｙｌａｔｉｏｎａｎｄｐｒｏｔｅｉｎｄｅｇ￣ｒａｄａｔｉｏｎｃｏｎｔｒｏｌｔｈｅｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎａｌａｃｔｉｖｉｔｙｏｆＷＲＫＹｉｎｖｏｌｖｅｄｉｎ
ｂｅｎｚｙｌｉｓｏｑｕｉｎｏｌｉｎｅａｌｋａｌｏｉｄｂｉｏｓｙｎｔｈｅｓｉｓ[Ｊ].ＳｃｉｅｎｔｉｆｉｃＲｅｐｏｒｔｓꎬ
２０１６ꎬ６:３１９８８.
[１６]ＳＨＥＮＱＨꎬＳＡＩＪＯＹꎬＭＡＵＣＨＳꎬｅｔａｌ.ＮｕｃｌｅａｒａｃｔｉｖｉｔｙｏｆＭＬＡｉｍｍｕｎｅｒｅｃｅｐｔｏｒｓｌｉｎｋｓｉｓｏｌａｔｅ￣ｓｐｅｃｉｆｉｃａｎｄｂａｓａｌｄｉｓｅａｓｅ￣ｒｅｓｉｓｔ￣
ａｎｃｅｒｅｓｐｏｎｓｅｓ[Ｊ].Ｓｃｉｅｎｃｅꎬ２００７ꎬ３１５(５８１５):１０９８￣１１０３. [１７]ＬＥＲＯＵＸＣꎬＨＵＥＴＧꎬＪＡＵＮＥＡＵＡꎬｅｔａｌ.Ａｒｅｃｅｐｔｏｒｐａｉｒｗｉｔｈ
６６７江苏农业学报㊀２０１７年第３３卷第４期. All Rights Reserved.
ａｎｉｎｔｅｇｒａｔｅｄｄｅｃｏｙｃｏｎｖｅｒｔｓｐａｔｈｏｇｅｎｄｉｓａｂｌｉｎｇｏｆｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ
ｆａｃｔｏｒｓｔｏｉｍｍｕｎｉｔｙ[Ｊ].Ｃｅｌｌꎬ２０１５ꎬ１６１(５):１０７４￣１０８８. [１８]ＨＩＲＡＫＡＷＡＨꎬＯＫＡＤＡＹꎬＴＡＢＵＣＨＩＨꎬｅｔａｌ.Ｓｕｒｖｅｙｏｆｇｅ￣ｎｏｍｅｓｅｑｕｅｎｃｅｓｉｎａｗｉｌｄｓｗｅｅｔｐｏｔａｔｏꎬＩｐｏｍｏｅａｔｒｉｆｉｄａ(ＨＢＫ)
Ｇ.Ｄｏｎ[Ｊ].ＤＮＡＲｅｓｅａｒｃｈꎬ２０１５ꎬ２２(２):１７１￣１７９. [１９]ＩＳＨＩＧＵＲＯＳꎬＮＡＫＡＭＵＲＡＫ.ＣｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎｏｆａｃＤＮＡｅｎｃｏ￣ｄｉｎｇａｎｏｖｅｌＤＮＡ￣ｂｉｎｄｉｎｇｐｒｏｔｅｉｎꎬＳＰＦ１ꎬｔｈａｔｒｅｃｏｇｎｉｚｅｓＳＰ８ｓｅ￣
ｑｕｅｎｃｅｓｉｎｔｈｅ５ᶄｕｐｓｔｒｅａｍｒｅｇｉｏｎｓｏｆｇｅｎｅｓｃｏｄｉｎｇｆｏｒｓｐｏｒａｍｉｎ
ａｎｄβ￣ａｍｙｌａｓｅｆｒｏｍｓｗｅｅｔｐｏｔａｔｏ[Ｊ].ＭｏｌｅｃｕｌａｒａｎｄＧｅｎｅｒａｌＧｅ￣
ｎｅｔｉｃｓＭＧＧꎬ１９９４ꎬ２４４(６):５６３￣５７１.
[２０]ＪＩＮＪꎬＴＩＡＮＦꎬＹＡＮＧＤＣꎬｅｔａｌ.ＰｌａｎｔＴＦＤＢ４.０:ｔｏｗａｒｄａｃｅｎ￣ｔｒａｌｈｕｂｆｏｒｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎｆａｃｔｏｒｓａｎｄｒｅｇｕｌａｔｏｒｙｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓｉｎ
ｐｌａｎｔｓ[Ｊ].ＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄｓＲｅｓｅａｒｃｈꎬ２０１７ꎬ４５:Ｄ１０４０￣Ｄ１０４５. [２１]ＭＡＲＣＨＬＥＲ￣ＢＡＵＥＲＡꎬＤＥＲＢＹＳＨＩＲＥＭＫꎬＧＯＮＺＡＬＥＳＮＲꎬｅｔａｌ.ＣＤＤ:ＮＣＢＩᶄｓｃｏｎｓｅｒｖｅｄｄｏｍａｉｎｄａｔａｂａｓｅ[Ｊ].Ｎｕｃｌｅｉｃ
ＡｃｉｄｓＲｅｓｅａｒｃｈꎬ２０１４:ｇｋｕ１２２１.
[２２]ＤＥＣＡＳＴＲＯＥꎬＳＩＧＲＩＳＴＣＪＡꎬＧＡＴＴＩＫＥＲＡꎬｅｔａｌ.ＳｃａｎＰｒｏｓ￣ｉｔｅ:ｄｅｔｅｃｔｉｏｎｏｆＰＲＯＳＩＴＥｓｉｇｎａｔｕｒｅｍａｔｃｈｅｓａｎｄＰｒｏＲｕｌｅ￣ａｓｓｏｃｉ￣
ａｔｅｄｆｕｎｃｔｉｏｎａｌａｎｄｓｔｒｕｃｔｕｒａｌｒｅｓｉｄｕｅｓｉｎｐｒｏｔｅｉｎｓ[Ｊ].Ｎｕｃｌｅｉｃ
ＡｃｉｄｓＲｅｓｅａｒｃｈꎬ２００６ꎬ３４:Ｗ３６２￣Ｗ３６５.
[２３]ＣＲＯＯＫＳＧＥꎬＨＯＮＧꎬＣＨＡＮＤＯＮＩＡＪＭꎬｅｔａｌ.ＷｅｂＬｏｇｏ:ａｓｅｑｕｅｎｃｅｌｏｇｏｇｅｎｅｒａｔｏｒ[Ｊ].ＧｅｎｏｍｅＲｅｓｅａｒｃｈꎬ２００４ꎬ１４(６):
１１８８￣１１９０.
[２４]ＳＡＩＴＯＵＮꎬＮＥＩＭ.Ｔｈｅｎｅｉｇｈｂｏｒ￣ｊｏｉｎｉｎｇｍｅｔｈｏｄ:ａｎｅｗｍｅｔｈｏｄｆｏｒｒｅｃｏｎｓｔｒｕｃｔｉｎｇｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃｔｒｅｅｓ[Ｊ].ＭｏｌｅｃｕｌａｒＢｉｏｌｏｇｙａｎｄ
Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎꎬ１９８７ꎬ４(４):４０６￣４２５.
[２５]ＫＵＭＡＲＳꎬＳＴＥＣＨＥＲＧꎬＴＡＭＵＲＡＫ.ＭＥＧＡ７:ｍｏｌｅｃｕｌａｒｅｖｏ￣ｌｕｔｉｏｎａｒｙｇｅｎｅｔｉｃｓａｎａｌｙｓｉｓｖｅｒｓｉｏｎ７.０ｆｏｒｂｉｇｇｅｒｄａｔａｓｅｔｓ[Ｊ].Ｍｏ￣
ｌｅｃｕｌａｒＢｉｏｌｏｇｙａｎｄＥｖｏｌｕｔｉｏｎꎬ２０１６ꎬ３３:１８７０￣１８７４. [２６]ＮＥＩＭꎬＫＵＭＡＲＳ.Ｍｏｌｅｃｕｌａｒｅｖｏｌｕｔｉｏｎａｎｄｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃｓ[Ｍ].
ＵｎｉｔｅｄＫｉｎｇｄｏｍ:ＯｘｆｏｒｄＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙＰｒｅｓｓꎬ２０００.
[２７]ＦＥＬＳＥＮＳＴＥＩＮＪ.Ｃｏｎｆｉｄｅｎｃｅｌｉｍｉｔｓｏｎｐｈｙｌｏｇｅｎｉｅｓ:ａｎａｐｐｒｏａｃｈｕｓｉｎｇｔｈｅｂｏｏｔｓｔｒａｐ[Ｊ].Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎꎬ１９８５ꎬ３９:７８３￣７９１. [２８]ＬＩＵＸꎬＷＵＪꎬＷＡＮＧＪꎬｅｔａｌ.ＷｅｂＬａｂ:ａｄａｔａ￣ｃｅｎｔｒｉｃꎬｋｎｏｗｌ￣ｅｄｇｅ￣ｓｈａｒｉｎｇｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｐｌａｔｆｏｒｍ[Ｊ].ＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄｓＲｅｓｅａｒｃｈꎬ
２００９ꎬ３７(ｓｕｐｐｌ２):Ｗ３３￣Ｗ３９.
[２９]ＯＢＥＮＡＵＥＲＪＣꎬＣＡＮＴＬＥＹＬＣꎬＹＡＦＦＥＭＢ.Ｓｃａｎｓｉｔｅ２.０:ｐｒｏｔｅｏｍｅ￣ｗｉｄｅｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎｏｆｃｅｌｌｓｉｇｎａｌｉｎｇｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓｕｓｉｎｇｓｈｏｒｔ
ｓｅｑｕｅｎｃｅｍｏｔｉｆｓ[Ｊ].ＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄｓＲｅｓｅａｒｃｈꎬ２００３ꎬ３１(１３):
３６３５￣３６４１.
[３０]ＹＡＣＨＤＡＶＧꎬＫＬＯＰＰＭＡＮＮＥꎬＫＡＪＡＮＬꎬｅｔａｌ.ＰｒｅｄｉｃｔＰｒｏ￣
ｔｅｉｎ ａｎｏｐｅｎｒｅｓｏｕｒｃｅｆｏｒｏｎｌｉｎｅｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎｏｆｐｒｏｔｅｉｎｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ
ａｎｄｆｕｎｃｔｉｏｎａｌｆｅａｔｕｒｅｓ[Ｊ].ＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄｓＲｅｓｅａｒｃｈꎬ２０１４ꎬ４２
(Ｗ１):Ｗ３３７￣Ｗ３４３.
[３１]ＧＵＥＸＮꎬＰＥＩＴＳＣＨＭＣ.ＳＷＩＳＳ￣ＭＯＤＥＬａｎｄｔｈｅＳｗｉｓｓ￣ＰｄｂＶｉｅ￣ｗｅｒ:ａｎｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔｆｏｒｃｏｍｐａｒａｔｉｖｅｐｒｏｔｅｉｎｍｏｄｅｌｉｎｇ[Ｊ].Ｅｌｅｃ￣
ｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓꎬ１９９７ꎬ１８(１５):２７１４￣２７２３.
[３２]ＳＺＫＬＡＲＣＺＹＫＤꎬＳＡＮＴＯＳＡꎬＶＯＮＭＥＲＩＮＧＣꎬｅｔａｌ.ＳＴＩＴＣＨ５:ａｕｇｍｅｎｔｉｎｇｐｒｏｔｅｉｎ￣ｃｈｅｍｉｃａｌｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｎｅｔｗｏｒｋｓｗｉｔｈｔｉｓｓｕｅ
ａｎｄａｆｆｉｎｉｔｙｄａｔａ[Ｊ].ＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄｓＲｅｓｅａｒｃｈꎬ２０１６ꎬ４４(Ｄ１):
Ｄ３８０￣Ｄ３８４.
[３３]ＳＺＫＬＡＲＣＺＹＫＤꎬＦＲＡＮＣＥＳＣＨＩＮＩＡꎬＷＹＤＥＲＳꎬｅｔａｌ.
ＳＴＲＩＮＧｖ１０:ｐｒｏｔｅｉｎ￣ｐｒｏｔｅｉｎｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｎｅｔｗｏｒｋｓꎬｉｎｔｅｇｒａｔｅｄｏ￣
ｖｅｒｔｈｅｔｒｅｅｏｆｌｉｆｅ[Ｊ].ＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄｓＲｅｓｅａｒｃｈꎬ２０１５ꎬ４３(Ｄ１):
Ｄ４４７￣Ｄ４５２.
[３４]ＷＵＫＬꎬＧＵＯＺＪꎬＷＡＮＧＨＨꎬｅｔａｌ.ＴｈｅＷＲＫＹｆａｍｉｌｙｏｆｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎｆａｃｔｏｒｓｉｎｒｉｃｅａｎｄＡｒａｂｉｄｏｐｓｉｓａｎｄｔｈｅｉｒｏｒｉｇｉｎｓ[Ｊ].
ＤＮＡＲｅｓｅａｒｃｈꎬ２００５ꎬ１２(１):９￣２６.
[３５]ＴＲＩＰＡＴＨＩＰꎬＲＡＢＡＲＡＲＣꎬＬＡＮＧＵＭＴＪꎬｅｔａｌ.ＴｈｅＷＲＫＹｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎｆａｃｔｏｒｆａｍｉｌｙｉｎＢｒａｃｈｙｐｏｄｉｕｍｄｉｓｔａｃｈｙｏｎ[Ｊ].Ｂｍｃ
Ｇｅｎｏｍｉｃｓꎬ２０１２ꎬ１３:２７０.
[３６]ＨＵＡＮＧＸꎬＬＩＫꎬＸＵＸꎬｅｔａｌ.Ｇｅｎｏｍｅ￣ｗｉｄｅａｎａｌｙｓｉｓｏｆＷＲＫＹｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎｆａｃｔｏｒｓｉｎｗｈｉｔｅｐｅａｒ(Ｐｙｒｕｓｂｒｅｔｓｃｈｎｅｉｄｅｒｉ)ｒｅｖｅａｌｓ
ｅｖｏｌｕｔｉｏｎａｎｄｐａｔｔｅｒｎｓｕｎｄｅｒｄｒｏｕｇｈｔｓｔｒｅｓｓ[Ｊ].ＢＭＣＧｅｎｏｍｉｃｓꎬ
２０１５ꎬ１６:１１０４.
[３７]ＬＩＭＹꎬＸＵＺＳꎬＴＩＡＮＣꎬｅｔａｌ.ＧｅｎｏｍｉｃｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎｏｆＷＲＫＹｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎｆａｃｔｏｒｓｉｎｃａｒｒｏｔ(Ｄａｕｃｕｓｃａｒｏｔａ)ａｎｄａｎａｌｙｓｉｓｏｆｅ￣
ｖｏｌｕｔｉｏｎａｎｄｈｏｍｏｌｏｇｏｕｓｇｒｏｕｐｓｆｏｒｐｌａｎｔｓ[Ｊ].ＳｃｉｅｎｔｉｆｉｃＲｅｐｏｒｔｓꎬ
２０１６ꎬ６:２３１０１.
[３８]ＳＯＮＧＨꎬＷＡＮＧＰꎬＬＩＮＪＹꎬｅｔａｌ.Ｇｅｎｏｍｅ￣ｗｉｄｅｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎａｎｄｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎｏｆＷＲＫＹｇｅｎｅｆａｍｉｌｙｉｎｐｅａｎｕｔ[Ｊ].Ｆｒｏｎ￣
ｔｉｅｒｓｉｎＰｌａｎｔＳｃｉｅｎｃｅꎬ２０１６ꎬ７:５３４.
[３９]ＣＨＩＹꎬＹＡＮＧＹꎬＺＨＯＵＹꎬｅｔａｌ.Ｐｒｏｔｅｉｎ–ｐｒｏｔｅｉｎｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓｉｎｔｈｅｒｅｇｕｌａｔｉｏｎｏｆＷＲＫＹｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎｆａｃｔｏｒｓ[Ｊ].Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ
Ｐｌａｎｔꎬ２０１３ꎬ６(２):２８７￣３００.
[４０]ＩＳＨＩＨＡＭＡＮꎬＡＤＡＣＨＩＨꎬＹＯＳＨＩＯＫＡＭꎬｅｔａｌ.Ｉｎｖｉｖｏｐｈｏｓ￣ｐｈｏｒｙｌａｔｉｏｎｏｆＷＲＫＹｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎｆａｃｔｏｒｂｙＭＡＰＫ[Ｊ].Ｐｌａｎｔ
ＭＡＰＫｉｎａｓｅｓ:ＭｅｔｈｏｄｓａｎｄＰｒｏｔｏｃｏｌｓꎬ２０１４ꎬ１１７１:１７１￣１８１. [４１]ＣＨＡＮＧＩＦꎬＣＵＲＲＡＮＡꎬＷＯＯＬＳＥＹＲꎬｅｔａｌ.Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｐｒｏｆｉ￣ｌｉｎｇｏｆｔａｎｄｅｍａｆｆｉｎｉｔｙｐｕｒｉｆｉｅｄ１４￣３￣３ｐｒｏｔｅｉｎｃｏｍｐｌｅｘｅｓｉｎＡｒａｂｉ￣
ｄｏｐｓｉｓｔｈａｌｉａｎａ[Ｊ].Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓꎬ２００９ꎬ９(１１):２９６７￣２９８５.
(责任编辑:王㊀妮)
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