TASSEL的简介及遗传关系对表型变异贡献的分析方法_杨小红

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遗传学数量性状的遗传分析

遗传学数量性状的遗传分析
目录
• 引言 • 数量性状遗传基础 • 数量性状遗传分析方法 • 数量性状基因定位 • 数量性状基因组关联分析 • 数量性状基因组编辑与优化
01
引言
研究背景
01
遗传学数量性状是生物体表型特征中受多个基因和环境因素共同影响的性状，如身高、体重等。
02
随着分子生物学和基因组学的发展，遗传学数量性状的遗传分析已成为遗传学研究的重要领域。
关联分析的软件工具
01
Plink
一款常用的关联分析软件，提供多种统计分析和可视化工具，用于处理和分析大规模遗传数据。
02
03
GAPIT
Tassel
基于R语言的关联分析工具包，提供了丰富的统计方法和可视化功能，适用于复杂数据分析。
主要用于基因组关联分析的软件，支持多种数据格式和多种统计模型，可进行大规模数据分析。
QTL定位的软件工具
QTL Cartographer
基于区间作图法的QTL定位软件，适用于大样本数据集。
Tassel
综合关联分析和区间作图法的QTL定位软件，具有强大的数据处理和分析能力。
R/qtl
基于R语言的QTL定位软件，提供了多种统计模型和可视化工具。
05
数量性状基因组关联分析
关联分析的基本原理
广义遗传力
广义遗传力用于描述数量性状在遗传和环境变异中的贡献，计算公式为加性方差和显性方差占表型方差的比值。
狭义遗传力
狭义遗传力仅考虑基因型对表型变异的贡献，计算公式为加性方差占表型方差的比值。
遗传相关分析
遗传相关系数
用于描述两个数量性状之间的遗传关系，计算公式为两个数量性状的加性方差和显性方差之间的比值。

关联分析的一般方法_杨小红

关联分析的一般方法关联分析的般方法杨小红中国农业大学国家玉米改良中心2011.5.25一、候选基因关联分析（TASSEL V2.1）二、全基因组关联分析（TASSEL V3.0）二全基因组关联分析（V30数据输入123SNP抽提3124SNP抽提结果位点序号与实际序号差1InDel 抽提3124InDel抽提结果SNP InDel与的整合13 2SNP与InDel的导出1324LD分析1324LD plot132LD decay的绘制多态性位点、群体结构、表型的整合多态性位点群体结构表型的整合312整合数据的核对31241212Manhanttan图单个位点所解释的表型变异R2──ANOVA (Excel)R2=SS intergroup/SS overall单因素方数据数据分析差分析单倍型分析134 25数据的输入12数据的导出12基因型数据的抽提3124基因型数据抽提结果群体结构的设置2413分析表型的设置1243基因型表型群体结构的整合基因型、表型、群体结构的整合12ctrl整合数据的核对运行——GLM1234GLM1结果GLM结果2运行——MLM_P3D&Compression 312MLM——Compression1p结果MLM——Compression2p结果MLM——Compression3p结果最优Compression 的选择2760278027202740L k266026802700‐2L n 262026401.0 1.52.33.4 5.2 7.8 11.9 22.7 250.0Compression运行——MLM_P3D&No Compression123MLM_P3D&No Compression结果QQ plot_TASSEL13 2Manhattan plot TASSELp_132数据输入Obp1Obp2观察值p预测值定义数据标记定义坐标轴格式绘图程序QQ plot_SAS结果。

毒理学尔雅答案.

第一章绪论一、名词1、毒理学: 研究所有外源因素对生物系统的损害作用、生物学机制、安全性评价与危险性分析的科学。

2、毒物: 是指较低的剂量进入机体后能引起疾病或危及生命的物质。

二、选择1、描述毒理学直接关注的是——，以期为安全性评价和危险度管理提供信息。

AA、毒性鉴定B、接触毒物时间C、接触毒物剂量D、毒性强弱E、以上全是2、经典的毒理学研究对象是A、核素B、细菌C、病毒D、各种化学物质E、以上都是3、外源化学物的概念A、存在于人类生活和外界环境中B、与人类接触并进入机体C、具有生物活性，并有损害作用D、并非人体成分和营养物质E、以上都是三、填空1、毒理学研究领域主要分为描述毒理学、机制毒理学和管理毒理学2、动物实验的“3R”法分别是优化、减少和取代第二章毒理学基本概念一、名词1、外源化学物：是在人类生活的外界环境中存在、可能与机体接触并进入机体，在体内呈现一定的生物学作用的化学物质，又称为“外源生物活性物质”。

2、毒性：是指化学物引起有害作用的固有的能力。

3、毒物：在一定的条件下，以较小剂量进入机体就能干扰正常的生化过程或生理功能，引起暂时或永久性的病理改变、甚至危及生命的化学物质。

4、靶器官：毒物被吸收后随血流到全身各组织器官，但起发挥毒作用的部位则只限于一个或几个组织器官，毒物直接发挥作用的器官称为靶器官。

5、生物学标志：是指外源化学物通过生物学屏障进入组织或体液后，对该化学物或其代谢产物、以及它们所引起的生物学效应的测定指标。

6、暴露生物学标志：是测定组织、体液或排泄物中的外源化学物、其代谢物或与内源性物质的反应产物，作为吸收剂量或靶剂量的指标，可提供有关化学物质暴露的信息。

7、效应生物学标志：指机体中可测出的生化、生理、行为或其他改变的指标。

8、易感生物学标志：是关于个体对外源化学物的生物易感性的指标，反映机体先天具有或后天获得的对暴露外源性物质产生反应能力的指标。

9、量反应：此类效应的观察结果为计量资料，有强度和性质的差别，可用某种测量的数值表示。

靶向治疗药物

激酶
进展期肾细胞癌，GIST，不可切除或进展期胰腺神经内分泌肿瘤
多种激酶，考虑 VEGFR，
PDGFR和KIT
24 Trametinib 曲美替尼
Mekinist
不可切除的恶性黑色素瘤（需携带BRAF V600E或V600K突变）
MEK-1和MEK-2
25 Vandetanib 凡德他尼 Caprelsa
VEGF,PDGF,FGF,TGF 血管生成抑制因子
Bevacizumab Angiostatin
FDA批准的分子靶向药物
序号药物名中文名商品名
适应症
靶点
1
Afatinib
含有EGFR19外显子确实或21外
阿法替尼 Gilotrif 显子（L858R）突变的转移性
非小细胞肺癌
EGFR，EGFR1/2， HER2和HER4
理想的分子靶向药物
高特异性
高亲合力
理想的靶向药物
高通透性
高同源性
高稳定性
第10页
分子靶向药物的共同特点
①具有调节作用和细胞稳定作用 ②临床治疗不一定需要达到剂量毒性（DLT）和最大
耐受量（MTD） ③毒性作用和临床表现与细胞毒药物有很大区别 ④直接针对引起癌变分子机制，比传统化疗更有选择
性和有效性 ⑤与常规治疗（化疗、放疗）合用，常有更好的疗效
Nature Reviews Molecular Cell Biology, 2004
B-RAF抑制剂PLX4032治疗恶性黑色素瘤
PLX4032
• Plexxikon公司研发的靶向B-RAFV600E 突变体的抑制剂
• 口服有效，目前处于临床III期研究
• 对80%B-RAF V600E突变的恶性黑色素瘤患者有效

Tassel 5.0关联分析软件中文使用手册

4363cladogram进化分枝图4564kinship亲缘关系4565glm一般线性模型4666mlm混合线性模型4767基因组选择使用岭回归genomicselectionusingridgeregression5068genosummary基因型汇总5169stepwise逐步的5671table表格5672archaeopteryxtree始祖鸟树57732dplot2d5874ldplotld5975chart图表6176qqplotqq6277manhattanplot曼哈顿图6281缺失表现型的估算6382主成分分析6583利用遗传标记估计亲缘关系6984利用glm进行关联分析7285利用mlm进行关联分析8491核苷酸代码来源于国际理论和应用化学联合会iupac8492tassel教学数据集8593经常被问的问题引言虽然自从2001年开始公开发行以来tassel已经发生了相当大的变化但是它的主要功能仍然是为研究表现型和基因型之间的关系提供工具
3.1.5 投影校准（Projection Alignment）............................................................... 15 3.1.6 Phylip .............................................................................................................. 15 3.1.7 FASTA............................................................................................................. 16 3.1.8 Numerical Data（数值数据） ....................................................................... 16 3.1.9 Square Numerical Matrix（数值方阵） ........................................................ 17 3.1.10 Table Report（表格报告） .......................................................................... 18 3.1.11 TOPM（Tags on Physical Map，物理图谱上的标签）............................... 18 3.2 Export 导出 ....................................................................................................................... 18 3.3 转换（Transform） ......................................................................................................... 19 3.3.1 Genotype Numericalization（基因型数字化） .................................................... 19 3.3.2 Transform and/or Standardize Data 转换和/或标准化数据.................................. 20 3.3.3 Impute Phenotype 估算表现型.............................................................................. 21 3.3.4 PCA（主成分分析） ............................................................................................ 22 3.4 Synonymizer（举出分类单元名称的同义词）...................................................... 23 3.5 Intersect Join（交集合并） ............................................................................................. 25 3.6 Union Join（并集合并） ................................................................................................. 26 3.7 Merge Genotype Tables（合并基因型表格）................................................................. 26 3.8 Separate（分离） ............................................................................................................. 27 3.9 Homozygous Genotype（纯合的基因型） ..................................................................... 27 4 Impute（估算）菜单 .................................................................................................................. 27 5 Filter（过滤）菜单 ..................................................................................................................... 35 5.1 Sites（位点） ................................................................................................................... 35

国内外羊胎素研究综述

国内外羊胎素研究综述近年来，羊胎素作为一种生物活性物质，在医学和保健领域引起了广泛关注。

羊胎素是从羊胎盘中提取的一种生物活性物质，含有丰富的营养成分和生长因子。

它具有促进细胞再生和修复、增强免疫力、延缓衰老等多种功效。

本文将综述国内外羊胎素研究的进展和应用前景。

一、羊胎素的提取和成分分析羊胎素的提取方法主要有酸性水解法、酶解法和超声波辅助法等。

酸性水解法是目前应用最广泛的提取方法，通过酸性水解可以将羊胎素中的蛋白质、多糖、脂类等成分分离出来。

而酶解法则是使用特定的酶对羊胎素进行水解，以提取出其中的活性肽和生长因子。

超声波辅助法则是利用超声波的作用，加速羊胎素中生物活性物质的释放和提取。

羊胎素的成分分析研究表明，其主要成分包括多肽、生长因子、维生素、氨基酸、矿物质等。

其中，多肽是羊胎素的主要活性成分，具有促进细胞再生和修复的作用。

生长因子则能够刺激细胞分裂和增殖，加速伤口愈合和组织修复。

二、羊胎素在医学领域的应用羊胎素在医学领域有广泛的应用前景。

研究发现，羊胎素具有抗炎、抗氧化、抗菌等作用，可以用于治疗皮肤炎症、创伤愈合和感染等。

同时，羊胎素还具有调节免疫功能的作用，可以增强机体的免疫力，预防和治疗免疫系统相关的疾病。

此外，羊胎素还被广泛应用于抗衰老领域。

研究发现，羊胎素中的生长因子可以刺激胶原蛋白的合成，提高皮肤弹性和紧致度，减少皱纹和色斑的出现。

因此，羊胎素成为了许多抗衰老产品的重要成分。

三、国内外羊胎素研究的进展国内外对羊胎素的研究正在不断深入。

目前，研究人员主要关注羊胎素的提取方法、成分分析和生物活性研究。

通过不断改进提取方法，提高羊胎素的纯度和活性，为其应用提供更好的基础。

同时，对羊胎素中的活性成分进行深入研究，探索其作用机制和应用前景。

国内外羊胎素的研究成果已经取得了一定的突破。

研究人员发现，羊胎素中的活性成分可以促进神经细胞的再生和修复，对神经系统疾病具有潜在的治疗作用。

此外，羊胎素还可以改善心血管功能，预防和治疗心血管疾病。

玉米自交系的遗传多样性分析及杂种优势群划分

玉米自交系的遗传多样性分析及杂种优势群划分摘要：收集具有丰富遗传多样性的种质资源是玉米育种的前提，通过对资源进行杂种优势群的划分可以显著提高育种效率。

本研究利用135对InDel分布在玉米10条染色体上的分子标记引物，系统分析了491份玉米自交系的遗传多样性，结果显示标记多态性信息量变化范围为0.255～0.678。

通过计算遗传相似值（GS），上述材料被划分成8个包括Reid 群、Lancaster群、四平头群和PB群的杂种优势群。

本研究结果为组配优良玉米杂交种提供了遗传信息。

关键词：玉米；分子标记；遗传多样性；杂种优势群；遗传相似性；InDel标记中图分类号：S513.03文献标志码：A文章编号：1002-1302（2015）11-0107-03收稿日期：2015-08-24基金项目：江苏省自然科学基金（编号：BK20141385）；江苏省农业科技自主创新资金[编号：CX（13）3060]。

作者简介：林峰（1978―），男，博士，助理研究员，主要从事遗传育种研究。

E-mail：flinlc@。

通信作者：赵涵，博士，研究员，主要从事作物遗传育种研究。

Tel：（025）84390751；E-mail：zhaohan@。

杂种优势是指2个遗传组成不同的生物体杂交后的杂种一代在生长势、生活力、抗逆性、产量及品质等方面优于双亲的现象。

利用杂种优势获得总体性状优于亲本的杂交种是现代育种的重要手段之一。

而杂种优势群集中了大量有利基因，群间自交系杂交时往往可以获得较大的杂种优势。

因此，杂种优势群的划分有助于自交系改良和杂交种选配，对杂交育种具有重要意义。

玉米是典型的异交作物，杂种优势明显。

玉米中最早的一对杂种优势模式是Reid×Lancaster，2003年，Hallauer提出了BSSS-Tuxpeno和non-BSSS-non-Tuxpeno两个杂种优势列（Heterotic Alignment）的概念，又称SS和NSS群[1]，这一模式大大促进了玉米种质的扩增、改良和创新，得到了广泛应用。

广西水稻地方品种核心种质稻瘟病抗性位点全基因组关联分析

作物学报ACTA AGRONOMICA SINICA 2021, 47(6): 1114 1123 / ISSN 0496-3490; CN 11-1809/S; CODEN TSHPA9E-mail: zwxb301@DOI: 10.3724/SP.J.1006.2021.02047广西水稻地方品种核心种质稻瘟病抗性位点全基因组关联分析陈灿**农保选**夏秀忠张宗琼曾宇冯锐郭辉邓国富李丹婷*杨行海*广西农业科学院水稻研究所 / 广西水稻遗传育种重点实验室, 广西南宁 530007摘要: 稻瘟病是水稻重要病害之一, 严重影响水稻的产量与品质。

培育抗性品种是防治稻瘟病最经济、环保的方式。

稻瘟病抗性基因的鉴定与挖掘是开展抗病育种的基础与前提。

本课题组前期对419份广西水稻地方品种核心种质进行简化基因组测序, 获得208,993个高质量SNP标记。

本研究采用苗期喷雾接种方法, 研究了该419份核心种质对7个稻瘟病生理小种的抗性, 并根据表型和基因型数据, 利用一般线性模型(general linear model, GLM)和混合线性模型(mixed linear model, MLM)进行全基因组关联分析。

2种模型下共检测到20个位点, 其中GLM检测到20个位点, MLM检测到1个位点, Chr12_10803913位点在2种模型下都检测到。

17个位点与前人定位的基因/QTLs重叠, 其余3个是新位点, 分别为Chr3_18302718、Chr3_18302744及Chr5_10379127位点。

在20个显著关联位点上下游各150 kb的基因组区域中共筛选出候选基因323个, 初步确定8个候选基因与抗病相关, 其中LOC_Os12g18360 (Pita)、LOC_Os12g18729 (Ptr)为已知克隆的基因, LOC_Os03g32100、LOC_Os03g32180和LOC_Os05g18090为新位点附近筛选到的候选基因。

黑龙江省种植大豆品种遗传多样性分析及与性状关联SSR标记筛选

Vol. 36，No. 4Apr- 20212021年4月第36卷第4期中国粮油学报Journal of the Chinese Cereals and Oils Association 黑龙江省种植大豆品种遗传多样性分析及与性状关联SSR 标记筛选李志江2，牛江帅4李忍1姜鹏1鹿保鑫1张东杰1阮长青V(黑龙江八一农垦大学食品学院S 大庆163319)(北大荒现代农业产业技术省级培育协同创新中心2,大庆163319)(黑龙江省杂粮加工及质量安全工程技术研究中心3,大庆163319)(黑龙江八一农垦大学生命科学技术学院4,大庆163319)摘要为从分子水平鉴定黑龙江省种植大豆7种的遗传多样性，并筛选与蛋白质、脂肪、百粒重和水分等大豆主要性状显著关联的SSR 分子标记，利用18对SSR 引物，采用荧光毛细管电泳法分析黑龙江省75个种植大豆7种遗传多样性，并与性状进行关联分析。

结果表明：18个SSR 标记中的10个标记可以实现单对引物准确鉴别42个大豆7种，18个SSR 标记的等位变异的数目变化为3 (Satt387) -12个(Satt100)，平均每个位点等位变异数为7- 333个，多态信息指数范围为0-146( Sat_084) -0- 675 ( Satt442)，平均多态信息指数为0- 405 ；群体结构分析发现，该群体分为3个亚群;性状关联分析表明，标记Satt175和Satt100与脂肪存在显著关联，标记Satt514和Satt294与百粒重存在显著关联，其中Satt294与百粒重和水分均存在显著关联。

研究结果为探索大豆7种间的亲缘关系，挖掘大豆相关性状的关联位点，验证大豆种质资源的真实性，以及保障黑龙江省大豆7牌和食7安全提供参考。

关键词大豆 SSR 标记毛细管电泳遗传多样性关联分析中图分类号:S565- 1 文献标识码:A 文章编号/003 -0174(2021)04 -0037 -08网络首发时间：2020 -12 -15 11 ：29 ：35网络首发地址：https ：//kns. cnki. net/kcms/detail/11.2864. TS. 20201214. 1242. 018. html黑龙江省是我国重要的大豆产区，脂肪和蛋白质等专用型大豆品种较多，但存在品种繁多乱杂、越区种植和混合种植等现象，严重影响了黑龙江省大豆的产量和质量，导致品牌保护难、种植和食用安全性低等问题⑴。

药学概论知识点

填空：1.青蒿素青蒿素是从植物黄花蒿茎叶中提取的2011年9月，中国女药学家屠呦呦因创制新型抗疟药———青蒿素和双氢青蒿素的贡献，获得被誉为诺贝尔奖“风向标”的拉斯克奖。

这是中国生物医药领域界迄今为止获得的世界级最高级大奖青蒿素衍生物：双氢青蒿素，蒿甲醚，青蒿琥酯，蒿乙醚青蒿素的剂型：片剂栓剂水混悬剂2.阿司匹林阿司匹林是从柳树皮中提取的水杨酸合成的阿司匹林又称乙酰水杨酸阿司匹林为水杨酸和乙酸（醋酸）所成的酯药理作用【临床应用】：解热，镇痛，抗炎抗风湿，抗血栓形成不良反应：胃肠刺激，影响血凝，水杨酸反应，过敏反应，瑞夷综合症，肝、肾损害，胃溃疡，哮喘者禁用。

（写4-5个）课本 p.213简答：1.药学发展四个阶段 p.3~p.4第一阶段：从药学起源的远古时代一直持续到19世纪末，在这个阶段人们主要利用天然药物。

德国化学家塞特纳从鸦片中提取分离出第一个活性成分——吗啡，它的活性是鸦片的10倍，这是现代药学的一个里程碑。

第二阶段：从19世纪末药物合成的兴起至20世纪50年代,化学药物领域。

磺胺药、抗生素的发现与大量使用成为了药物发展史上的第一次飞跃。

第三阶段：20世纪50～60年代。

60年代开始，β-肾上腺素受体拮抗剂普萘洛尔、H2受体拮抗剂雷尼替丁等药物的发现成为药物发展史上第二次飞跃的标志。

“反应停”事件。

第四阶段：20世纪70年代以来，生物技术药物的发展时期。

1977年，Hirose 和Itakura用基因工程法表达了生长抑素，这是人类第一次用基因工程法生产具有药用价值的产品，标志着基因工程药物开始走向实用化阶段。

2.药物分析基本任务 p.255（1）药物成品的化学检验工作；（2）药物生产过程的质量控制；（3）药物贮存过程的质量考察；（4）临床药物分析工作；（5）药品质量标准的研究和制定3.合理用药的病人因素(性别，年龄，营养状况、个体差异、疾病、遗传)P3944.合理用药十大核心信息（最少记五点）一、合理用药是指安全、有效、经济地使用药物。

甲醇营养型酵母表达系统

甲醇营养型酵母表达系统甲醇营养型酵母包括汉森酵母属(Hansenula)，毕赤酵母属(Pichia)，球拟酵母属(Torulopsis)等，能在以甲醇为唯一能源和碳源的培养基上生长，甲醇可以诱导它们表达甲醇代谢所需的酶，如醇氧化酶I(AOX1)，二羟丙酮合成酶(DHAS)、甲酸脱氢酶(FMD)等。

AOX1的甲醇诱导表达量可占胞内总蛋白质的20％~30％，表明AOX1的合成受转录水平的调控。

AOX1启动子(PAox )具有较高的调控功能，可用于外源基因的表达调控。

甲醇营养型酵母表达系统以巴斯德毕赤酵母(Pichia pastoris)表达系统最为常用，它由野生型石油酵母Y11430突变而来，常用的3株宿主菌是GS115，KM71 和MC1o0-3。

GS115和KM71是Y1 1430的组氨醇脱氢酶基因(histidinol dehydrogenase gene，h/s 4)缺失突变体，不能合成H/s4，因此质粒载体需携带h/s4，转染后的阳性重组子可以用h/s4缺陷(h /s4-)平板进行筛选，但是GS115和KM71存在一定的低频率自发回变，即重新变为h/s正常菌株，致使h/s4’平板筛选阳性重组子存在假阳性情况。

GS115的启动子为P，在含甲醇的培养基中可以快速生长。

KM71的启动子为P，除了h/s4-外，其精氨酰琥珀酸裂解酶基因(argininosuccinate lyase gene，arg4)也被缺失突变，不能在缺乏Arg的培养基上生长。

KM71的基因型为h/s4 argaox1：：ARG4，由于野生型ARG4基因插入截断了AOX1，KM71只有依赖较弱的AOX2基因进行甲醇代谢，生长速度较为缓慢。

MCIO0-3的两个AOX基因都被剔除，其基因型为his4 arg4 aox1：：SARG4 OX2：：Phis4，完全不能在含甲醇的培养基上生长。

Pichia.pastoris酵母菌体内无天然质粒，所以表达载体需与宿主染色体发生同源重组，将外源基因表达框架整合于染色体中以实现外源基因的表达。

mrsa分型方法

mrsa分型方法MRSA（耐甲氧西林金黄色葡萄球菌）是指对甲氧西林（一种广谱抗生素）具有耐药性的金黄色葡萄球菌（Staphylococcus aureus）。

MRSA感染在医疗机构和社区中都广泛存在，给公共卫生和临床治疗带来了严重挑战。

为了更好地了解和管理MRSA感染，科学家们发展了不同的分型方法，以便更好地研究和监测这种耐药菌株的传播和演化。

一、传统分型方法1. 菌落形态学特征分型：根据MRSA菌落的形态，如大小、颜色、表面光滑度等特征进行分型。

这种方法简单易行，但只能提供初步信息，并不能准确判断MRSA的亚型。

2. 生物化学特征分型：通过菌株对特定底物的代谢反应进行检测，如产生酶、耐药性等，来进行分型。

这种方法可以较为准确地判断MRSA的亚型，但需要复杂的实验操作和设备。

3. 药敏试验分型：通过测定不同MRSA菌株对不同抗生素的敏感性，来进行分型。

这种方法可以直接确定MRSA对不同抗生素的耐药性，以指导临床治疗选择。

二、分子生物学分型方法1. 基因型分型：通过PCR扩增和测序等技术，检测MRSA菌株的基因型。

这种方法可以较为准确地分析MRSA的亚型和菌株间的遗传关系，对研究MRSA的传播和演化具有重要意义。

2. 基因组学分型：利用高通量测序技术对MRSA菌株的整个基因组进行测序和分析。

这种方法可以全面了解MRSA的基因组结构、耐药基因和毒力基因等，有助于揭示MRSA的致病机制和演化规律。

三、免疫学分型方法1. 蛋白质组学分型：利用质谱等技术，分析MRSA菌株的蛋白质组成和表达水平。

这种方法可以揭示MRSA的蛋白质组特征，为研究MRSA的致病机制和抗药机制提供重要线索。

2. 免疫学分型：通过检测MRSA菌株的免疫反应，如抗体水平、细胞免疫等指标，来进行分型。

这种方法可以了解MRSA的免疫学特征，为研究MRSA的免疫机制和疫苗研发提供依据。

以上是常用的MRSA分型方法，每种方法都有其独特的优势和局限性。

药用真菌杨树菇肽脯氨酰顺反异构酶基因及抗肿瘤活性初步鉴定

·肿瘤研究Tumor Study ·栏目主编：李忠刘俊保协办：中华中医药学会肿瘤分会Column Editor ：Li Zhong Liu JunbaoCosponsor ：Tumor Branch ，China Association of Chinese Medicine*基金项目：国家自然科学基金（编号：81102850）；广东省医学科研基金（编号：A2011434）；广东医学院博士启动基金项目（编号：X131106）药用真菌杨树菇肽脯氨酰顺反异构酶基因及抗肿瘤活性初步鉴定*Initial Appraisement of Peptidyl －prolyl Cis －trans Isomerase Gene and Antineoplasmic Activity of Agrocybe Aegerita ，One of The Medicinal Fungus梁一Liang Yi 1，白娟Bai Juan 2，孙慧Sun Hui 31．广东医学院检验学院，广东东莞523808Guangdong Medical Clinical Inspection Institute ，Dongguan ，Guangdong ，China 5238082．河南中医学院，河南郑州450016Henan College of Traditional Chinese Medicine ，Zhengzhou ，Henan ，China 4500163．武汉大学生命科学学院，湖北武汉430072College of Life Science of Wuhan University ，Wuhan ，Hubei ，China 430072摘要：目的：鉴定克隆杨树菇抗肿瘤相关蛋白基因活性。

方法：构建cDNA 文库，随机测序得到脯氨酰顺反异构酶（Peptidyl －prolyl cis /trans isomerase ，PPIase ）基因，并对其进行生物信息学分析，通过检测其在HeLa 细胞中表达引起的细胞凋亡及衰老的变化，初步鉴定其抗肿瘤活性。

Sirtuin家族及其生物学特性

Sirtuin家族及其生物学特性Sirtuin家族及其生物学特性翻译后修饰在细胞中有重要作用，如DNA识别、蛋白一蛋白相互作用、催化活性和蛋白质稳定性。

蛋白乙酰化/去乙酰化属于组蛋白共价修饰，主要由组蛋白乙酰化酶（histone acetyltransferases，HAT）和组蛋白去乙酰化酶（Ilistone deacetvlase，HDAC）分别催化。

共有Ⅳ类HDAC，sirtuin属于Ⅳ类HDAC，与酵母转录抑制因子Sir2同源。

Sirtuin 蛋白家族在不同的细胞过程如细胞凋亡、线粒体生物合成、脂质代谢、脂肪酸氧化、细胞应激反应、胰岛素分泌和衰老都发挥着重要作用。

1.Sirtuin家族蛋白结构及酶学功能1.1蛋白结构x线晶体衍射显示（图1），细菌、酵母和哺乳动物sirtuin具有相似的催化核心区域，即275氨基酸残基构成的一大一小两个基本结构域。

较大的结构域由rossmann折叠构成，具有较强的保守性，较小的结构域含有1个锌指结构[cys-X-X-Cys-（x）15，20-Cys-X-X-Cysl和螺旋构件。

底物结合于两个结构域形成的裂隙发生催化反应。

酵母有Sir2和4个Sir2同源物（HSTl-4）。

哺乳动物sirtuin有7个亚型SIRTl 到SIRT7，其中SIRTl与酵母Sir2在高度保守的核心结构区域序列高度相似性。

对真核生物和原核生物的催化核心区域进行系统分析可以将sirtuin分为5个主要类别（I、Ⅳ、Ⅳ、Ⅳ和u）。

第1类：5个酵母sirtuins （sir2和HST蛋白）和人sirtuins中的SIRTl、SIRT2和SIRT3；第Ⅳ类：哺乳动物SIRT4和来自真核生物以及细菌的sirtuins；第Ⅳ类：哺乳动物SIRT5以及古细菌sirtuins，大多数细菌sirtuins也属于此类；第Ⅳ类：包括哺乳动物SIRT6和SIRT7；u类包含革兰氏阳性菌的sirtuins。

1.2酶学功能在酿酒酵母中发现了第1个sirtuin，即Sir2，因此sirtuin酶活性的研究最初均来源于Sir2。

TASSEL的简介及遗传关系对表型变异贡献的分析方法_杨小红

基因型的数据格式1——Phylip
材料数序列长度
材料名称
7
基因型数据格式2——polymorphism1
标记名称
材
料
名
基因型
称
缺失数据
8
基因型数据格式2——polymorphism2
标记名称
材
料
名
基因型
称
缺失数据
9
基因型数据格式3——plink
.map
遗传距离物理距离
染色体
标记名称
1
3
2
4
27
亲缘关系对表型的贡献——TASSEL结果
σ2a σ2e
28
材料名称
性状名称
14
V2.1——数据模块
Load 基因型的转化
15
V2.1——基因型数据格式——Polymorphism
多态性位点数目
材料数目
材料名称
标题行数标记名称
16
V2.1——Polymorphism数据格式转换
1
3
2
4
17
V2.1——Polymorphism数据格式转换结果
22
二、遗传关系对表型变异贡献的分析方法
23
群体结构对表型变异的贡献——SAS Code1
材
料性
群
编状
体
号名
名
称Leabharlann 称表型值个体基因组在所属类群所在的比例
24
群体结构对表型变异的贡献——SAS Code2
25
群体结构对表型表型的贡献——SAS 结果
26
亲缘关系对表型的贡献——TASSEL1
混合线性模型5结果模块6基因型的数据格式1phylip基因型的数据格式1phylip材料数序列长度材料料名称7基因型数据格式2polymorphism1基因型数据格式2polymorphism1标记名称材料料名称称基因型缺失数据8基因型数据格式2polymorphism2基因型数据格式2polymorphism2标记名称材料名称基因型缺失数据缺失数据9基因型数据格式3plinkmapped遗传距离遗传距离物理距离材料名称父本编号父本编号母本编号性别染色体标记名称标记名称家系编号性别10基因型数据格式4hapmap基因型数据格式4hapmap标等标记名称称因物物理位置置等位基因染色体正反链材料编号材料编号11q矩阵或pca数据格式q矩阵或pca数据格式亚群名称材料名称个体基因个体基因组在某个类群的百分比分比12k矩阵数据格式k矩阵数据格式材料总数材料名称两两个体之间的两两个体之间的亲缘关系系数13表型数据格式性状名称材料名称14v21数据模块load基因型的转化基因型的转化15v21基因型数据格式polymorphism基因型数据格式yp多态性位点数目标题行数材料数数目标记名称标记名称材料名称称16v21polymorphism数据格式转换yp133数据格式转换224417v21polymorphism数据格式转换结果v21polymorphism数据格式转换结果18v21群体结构格式v21群体结构格式亚群数目标题行数材料数目亚群名称材料名称称19v21表型数据格式v21表型数据格式性状数性状数目标题行数标题行数材料料数目标题行数标题行数材料名称20数据的输入和输出dataloadfiledataexport

命令行tassel 用法

命令行tassel用法1. 简介Tassel是一个用于处理和分析遗传数据的开源软件。

它提供了一系列命令行工具，可以用来进行基因组关联分析、群体结构分析、遗传多样性分析等。

Tassel的命令行界面提供了丰富的功能和灵活性，使用户能够根据自己的需求选择合适的命令进行数据处理和分析。

本文将详细介绍Tassel命令行的使用方法，包括安装、配置环境、基本命令和常见应用案例。

2. 安装与配置2.1 安装Java运行环境Tassel是基于Java开发的，所以在使用之前需要安装Java运行环境。

可以从Oracle官网下载最新版本的Java Development Kit（JDK）并按照安装向导进行安装。

2.2 下载TasselTassel可以从官方网站上下载最新版本的压缩包。

解压后，可以看到如下文件和文件夹：- tassel.jar // Tassel程序主文件- lib/ // Tassel所需的依赖库文件夹- doc/ // Tassel文档文件夹- examples/ // Tassel示例数据文件夹2.3 配置环境变量为了方便使用Tassel命令行，可以将Tassel所在目录添加到系统的环境变量中。

以Linux系统为例，在终端中执行以下命令：export TASSEL_HOME=/path/to/tasselexport PATH=$PATH:$TASSEL_HOME其中，/path/to/tassel是Tassel所在的路径。

2.4 测试安装在终端中执行以下命令，如果能够正常输出版本信息，则表示安装成功：tassel -version3. 基本命令3.1 数据格式转换3.1.1 PED格式转换为VCF格式PED和VCF是两种常见的遗传数据格式。

使用Tassel可以方便地将PED格式转换为VCF格式。

tassel -convertFormat -inputFile input.ped -outputFile output.vcf -outputForma t VCF其中，input.ped是输入文件的路径，output.vcf是输出文件的路径。

EAAL讲解附件-孙彦波

CD8+T细胞无相关报道
无相关报道肿瘤特异无相关报道晚期恶性黑色素瘤消退肿瘤作用可达70% 白化病（自身免疫病）
NK细胞无相关报道
无相关报道非特异无
1.7±1.1%
100-1000倍以上 ND 12小时，可长途运输降低41%肝癌术后复发危率险* 主要为自限性低热，未见II级以上副作用
肿瘤治疗面临的挑战
• 传统手段根治性治疗后仍有复发和转移
• 晚期或者复发的患者常规治疗后缺乏有效治疗手段
• 传统手段治疗肿瘤，疗效虽然有所提高，但长期生存距离我们的期望还相差甚远 • 新的肿瘤治疗方法要求： –对肿瘤细胞最大程度的杀伤＋对机体最大程度的保护
肿瘤疾病的形成、机理、病理
肿瘤:一群失去
生物安全柜以及CO2 培养箱等一批先进医疗设备，它们严格确保了患者整个治疗过程的安全性。 • 软件安全：EAAL实验室SOP符合国家GMP的规范，有非常严格的检验验证程序。目前回输治疗已完成万余例
，无一事故。
EAAL的科学性：
扩增活化的自体淋巴细胞（EAAL）降低肝癌手术后的复发率：随机对照临床实验结果
• • • • 患者招募时间：1992-1995 细胞回输次数：5次细胞回输时间：手术后6个月内总细胞回输量：平均为7· × 10（10 ） 1 [SD 2· 1] • 中位追踪时间: 4· 年(range 0· 7) 4 2–6·
術期間 5年以内复发 45(59%)
後
复
发対照群（74例） 57(77%) ｐ値（＊＊） 0.01
G1
G2
G5 G3
G4
EAAL的临床应用
EAAL技术的临床-实验室操作流程 Manufacturing process of Immunecell-LC

差异表达代谢物

差异表达代谢物
差异表达代谢物是指在不同生理或病理状态下，在细胞或组织中表达水平发生显著变化的代谢物。

这些差异表达代谢物的研究可以帮助我们理解疾病的发生机制，寻找潜在的生物标志物，并推动新药开发。

近年来，高通量技术如基因芯片和质谱技术的广泛应用，使得对差异表达代谢物的研究变得更加便捷和全面。

通过比较不同样本之间的代谢物谱图，可以发现在疾病状态下，某些代谢物的含量显著增加或减少。

差异表达代谢物的研究在癌症领域有着重要的应用。

许多肿瘤细胞表现出与正常细胞不同的代谢特征，例如产生更多的乳酸和丙酮酸，以满足快速增殖和侵袭的能源需求。

通过分析癌症细胞与正常细胞之间的差异表达代谢物，我们可以发现新的治疗靶点，并开发针对肿瘤代谢的药物。

此外，差异表达代谢物的研究还可以应用于药物研发和药效评估。

通过比较药物处理组和对照组的代谢物谱图，可以发现药物引起的代谢变化，进而了解药物的代谢途径和药效。

这种方法可以加速药物筛选过程，提高药物开发的效率。

总之，差异表达代谢物的研究在生物医学领域具有广阔的应用前景。

随着技术的不断进步，我们可以更加全面地了解代谢物在不同生理和病理状态下的变化，从而为疾病诊断和治疗提供更加精准的手段。

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