第十二章 蛋白质生物合成与调控
沈同《生物化学》精要
沈同《生物化学》(第三版)精要速览第一章绪论第二章蛋白质的结构与功能第三章核酸的结构与功能第四章酶第五章糖代谢第七章生物氧化第八章氨基酸代谢第九章核苷酸代谢第十章DNA的生物合成第十一章RNA的生物合成第十二章蛋白质的生物合成第十三章基因表达调控第十四章基因重组和基因工程第一章绪论一、生物化学的的概念:生物化学(biochemistry)是利用化学的原理与方法去探讨生命的一门科学,它是介于化学、生物学及物理学之间的一门边缘学科。
二、生物化学的发展:1.叙述生物化学阶段:是生物化学发展的萌芽阶段,其主要的工作是分析和研究生物体的组成成分以及生物体的分泌物和排泄物。
2.动态生物化学阶段:是生物化学蓬勃发展的时期。
就在这一时期,人们基本上弄清了生物体内各种主要化学物质的代谢途径。
3.分子生物学阶段:这一阶段的主要研究工作就是探讨各种生物大分子的结构与其功能之间的关系。
三、生物化学研究的主要方面:1.生物体的物质组成:高等生物体主要由蛋白质、核酸、糖类、脂类以及水、无机盐等组成,此外还含有一些低分子物质。
2.物质代谢:物质代谢的基本过程主要包括三大步骤:消化、吸收→中间代谢→排泄。
其中,中间代谢过程是在细胞内进行的,最为复杂的化学变化过程,它包括合成代谢,分解代谢,物质互变,代谢调控,能量代谢几方面的内容。
3.细胞信号转导:细胞内存在多条信号转导途径,而这些途径之间通过一定的方式方式相互交织在一起,从而构成了非常复杂的信号转导网络,调控细胞的代谢、生理活动及生长分化。
4.生物分子的结构与功能:通过对生物大分子结构的理解,揭示结构与功能之间的关系。
5.遗传与繁殖:对生物体遗传与繁殖的分子机制的研究,也是现代生物化学与分子生物学研究的一个重要内容。
第二章蛋白质的结构与功能一、氨基酸:1.结构特点:氨基酸(amino acid)是蛋白质分子的基本组成单位。
构成天然蛋白质分子的氨基酸约有20种,除脯氨酸为α-亚氨基酸、甘氨酸不含手性碳原子外,其余氨基酸均为L-α-氨基酸。
生化习题_第十二章__蛋白质的生物合成(翻译)[1]
第十二章蛋白质的生物合成(翻译)—、单项选择题:1、蛋白质多肽链生物合成的直接模板是:A.DNA双链 B.mRNAC.DNA编码链 D.DNA模板链E、 tRNA2、起始密码是指:A.AUG B. AGU C.UAG D.GAU E、 GUA3、原核细胞中参与蛋白质生物合成的多种蛋白质因子不包括:A.起始因子IF B.延长因子EFC.核蛋白体释放因子 D.释放因子eRFE. ρ因子4、在蛋白质生物合成过程,除需要ATP供能外,还需要哪种物质供能?A.CTP B.UTP C.GTP D.CP E、 ADP5、关于翻译的叙述,不正确的是:A.原料是20种基本氨基酸B.需要mRNA、tRNA、rRNA参与C.mRNA是翻译的直接模板D.有多种蛋白质因子参与E.rRNA是多肽链合成的场所(装配机)6、关于遗传密码的叙述,正确的是:A.64个密码子均代表某一氨基酸B.Trp、Met只有一个密码子C.Leu、Arg、Ser均有五个密码子D.三个终止密码子是UAA、UGG、UAGE.只有通用密码才能被生物体中蛋白质合成所用7、关于核蛋白体的叙述,错误的是:A.核蛋白体由rRNA与两种蛋白质组成B.每个核蛋白体均由一个大亚基与一个小亚基组成C.小亚基的功能是结合模板mRNAD.大亚基上有转肽酶活性,可催化肽键生成E.核蛋白体中大亚基所含的rRNA种类多于小亚基的8、关于tRNA功能的叙述,错误的是:A.tRNA上有反密码环,与mRNA上密码子对应B.tRNA是活化及转运氨基酸的工具C.已发现有60多种tRNA,每种氨基酸可有不止一种tRNA D.tRNA既可识别氨基酸,又可识别氨基酰--tRNA合成酶E、逆转录病毒的逆转录过程以tRNA作为引物9、关于多聚核蛋白体的叙述,错误的是:A.由多个核蛋白体串连于同一mRNA上形成B.是串珠状结构C.在mRNA上每隔2—3个密码即可串连一个核蛋白体D.多聚核蛋白体所合成的多肽链相同E.其意义在于使mRNA充分利用,加速蛋白质合成10、四环素的抗菌机理是:A.抑制翻译的终止 B.阻断翻译的延长过程C.结合小亚基、抑制转肽酶 D.结合大亚基,使读码错误E.抑制氨基酰-tRNA与核蛋白体结合11、真核生物在蛋白质生物合成中的起始tRNA是:A.亮氨酰tRNA B.丙氨酰tRNAC.赖氨酰tRNA D.蛋氨酰tRNAE.甲酰蛋氨酰tRNA12、使核蛋白体大小亚基保持分离状态的蛋白质因子是:A.IF1 B.IF2 C.IF3D.EFTu E.EFTs 13、蛋白质生物合成的方向是:A.由mRNA的3’端向5’端进行B.可同时由mRNA的3’端与5’端方向进行C.由肽链的N端向C端进行D.可同时由肽链的N端与C端进行E.由肽链的C端向N端进行14、氯霉素抑制蛋白质合成,与其结合的是:A.真核生物核蛋白体小亚基B.原核生物核蛋白体小亚基C.真核生物核蛋白体大亚基D.原核生物核蛋白体大亚基E.氨基酰-tRNA合成酶15、蛋白质生物合成中不需要能量的步骤是A.氨基酰-tRNA的合成B.蛋白质合成起始C.多肽链延长过程D.转肽作用E.终止阶段16、蛋白质生物合成的肽链延长阶段不需要:A.mRNA B.甲酰蛋氨酰-tRNA C.转肽酶D.GTP E.EFTu与EFTs17、mRNA能作为蛋白质合成的模板,其根本在于:A.含有核糖核酸B.代谢快C.含量少D.由DNA转录而来E.含有密码子18、蛋白质生物合成是:A.蛋白质水解的逆反应B.肽键合成的化学反应C.遗传信息的逆向传递D.在核蛋白体上以mRNA为模板的多肽链合成过程E.氨基酸的自发反应19、关于mRNA,错误的叙述是:A.一个mRNA分子只能指导一种肽链生成B.通过转录生成的mRNA与核蛋白体结合才能起作用C.mRNA极易降解D.不同种类的mRNA分子量差异很大E.真核生物的一个mRNA分子只能指导一种多肽链生成20、多肽链的氨基酸序列取决于:A.DNA B.18S rRNAC.28S rRNA D.tRNAE.氨基酰-tRNA合成酶二、多项选择题(X型题,有二个以上正确答案)1、蛋白质生物合成体系的组成包括:A.各种RNA及核蛋白体B.20种基本氨基酸为原料C.有关酶及蛋白因子D.需ATP、GTP供能E.需无机离子(如Mg2+)存在2、mRNA上的终止密码包括A.AUG B.AUU C.UAA D.UGA E.UAG 3、多肽链的生物合成过程一般认为可包括:A.氨基酸的活化B.翻译的起始(起始复合物生成)C.肽链的延长(核蛋白体循环)D.肽链合成的终止E.翻译后的加工修饰4、每次核蛋白体循环包括下列步骤:A.起始(开始) B.注册(进位)C.成肽(转肽) D.转位(移位)E.终止(结束)5、下列哪些抗生素的抗菌作用与翻译的抑制有关?A.四环素 B.氯霉素C.土霉素 D.链霉素E.白喉毒素三、填空题:1、①是翻译的直接模板,但归根结底蛋白质的一级结构是由②决定的。
生物化学(简单清晰)第12章 翻译
IF-2:促进起始tRNA与小亚基结合。
IF-3:促进大小亚基分离,提高P位 对结合起始tRNA敏感性。
(一)原核生物翻译起始复合物形成
• 核蛋白体大小亚基分离; • mRNA在小亚基定位结合; • 起始氨基酰-tRNA的结合; • 核蛋白体大亚基结合。
1. 核蛋白体大小亚基分离
tRNA在翻译过程 中起接合体(adaptor) 作用,又是氨基酸的运 载体。
氨基酸臂
反密码环
l 氨基酸的活化
(一)氨基酰-tRNA合成酶 (aminoacyl-tRNA synthetase)
氨基酰-tRNA合成酶
氨基酸 + tRNA
氨基酰- tRNA
ATP AMP+PPi
第一步反应
氨基酸+ATP+E —→氨基酰-AMP-E+AMP + PPi
30S小亚基:有mRNA结合位点
50S大亚基: E位:排出位(Exit site)
转肽酶活性
大小亚基共同组成:
A位:氨基酰位 (aminoacyl site) P位:肽酰位 (peptidyl site)
三、tRNA与氨基酸的活化
原 核 肽 链 合 成 终 止 过 程
COO-
RF
5'
UAG
3'
原核生物蛋白质合成的能量计算
氨基酸活化:2个~P
ATP
起始: 1个
GTP
延长: 2个
GTP
终止: 1个
GTP
结论:每合成一个肽键至少消耗4个~P。
多聚核蛋白体
(polysome) 一个mRNA分子可
同时有多个核蛋白体在 进行同一种蛋白质的合 成,这种mRNA和多个 核蛋白体的聚合物称为 多聚核蛋mRNA在小亚基定位结合
生化-第12章-蛋白质的生物合成(20150512)
2.方向性(direction) 起始密码子总是位于编码区5′-末端, 而终止密码子位于3′-末端,每个密码子的 三个核苷酸也是按照5′→3′方向阅读,不能 倒读。
5′ 读码方向 3′
N
肽链延伸方向
C
3.简并性(degeneracy) 遗传密码中,除色氨酸和甲硫氨酸 仅有一个密码子外,其余氨基酸均有2
参与核糖体循环的起始因子
原核生物蛋白质合成起始阶段
• • • • 起始三元复合物的形成; mRNA在小亚基定位结合; 起始氨基酰-tRNA定位在P位; 起始复合物的形成。
1.起始三元复合物的形成
2.mRNA在小亚基定位结合
SD序列(Shine-Dalgarno sequence) : 在mRNA起始密码子的上游8~13个核苷酸处有一 段4~9个核苷酸组成的富含嘌呤核苷酸的序列,以 AGGA为核心,它可与核糖体小亚基中的16S rRNA 3′-端富含嘧啶的序列(UCCU)互补。
二、肽链合成的起始
指mRNA和起始氨基酰-tRNA与核蛋白体共 同构成起始复合物 。这一过程需要起始因子 (IF)、GTP和镁离子参与。 起始氨基酰-tRNA的表示方法:tRNAiMet
真核生物: Met-tRNAiMet
原核生物: fMet-tRNAifMet
甲硫氨酸 甲酰甲硫氨酰
原核生物中的起始因子有3种: IF1直接结合到小亚基A位,阻止tRNA过早与A 位结合; IF2具有GTP酶活性,催化fMet-tRNAifMet结合 至小亚基,并阻止其它负载tRNA与小亚基结合。 IF3结合于小亚基E位,阻止小亚基与大亚基的 结合,并促进fMet-tRNAifMet结合至核糖体的P位。
NH2 A1 A2A3A4……Anp……………….Amp…………….Aup……………COOH
(完整)生物化学名词解释
生物化学名词解释第一章蛋白质的结构与功能1。
肽键:一分子氨基酸的氨基和另一分子氨基酸的羧基通过脱去水分子后所形成的酰胺键称为肽键。
2. 等电点:在某一pH溶液中,氨基酸或蛋白质解离成阳离子和阴离子的趋势或程度相等,成为兼性离子,成点中性,此时溶液的pH称为该氨基酸或蛋白质的等电点。
3. 模体:在蛋白质分子中,由两个或两个以上具有二级结构的肽段在空间上相互接近,形成一个特殊的空间构象,并发挥特殊的功能,称为模体。
4. 结构域:分子量较大的蛋白质三级结构常可分割成多个结构紧密的区域,并行使特定的功能,这些区域被称为结构域.5。
亚基:在蛋白质四级结构中每条肽链所形成的完整三级结构。
6. 肽单元:在多肽分子中,参与肽键的4个原子及其两侧的碳原子位于同一个平面内,称为肽单元。
7. 蛋白质变性:在某些理化因素影响下,蛋白质的空间构象破坏,从而改变蛋白质的理化性质和生物学活性,称之为蛋白质变性。
第二章核酸的结构与功能1。
DNA变性:在某些理化因素作用下,DNA分子稳定的双螺旋空间构象破环,双链解链变成两条单链,但其一级结构仍完整的现象称DNA变性.2。
Tm:即溶解温度,或解链温度,是指核酸在加热变性时,紫外吸收值达到最大值50%时的温度.在Tm时,核酸分子50%的双螺旋结构被破坏。
3. 增色效应:核酸加热变性时,由于大量碱基暴露,使260nm处紫外吸收增加的现象,称之为增色效应.4. HnRNA:核内不均一RNA。
在细胞核内合成的mRNA初级产物比成熟的mRNA分子大得多,称为核内不均一RNA。
hnRNA在细胞核内存在时间极短,经过剪切成为成熟的mRNA,并依靠特殊的机制转移到细胞质中.5。
核酶:也称为催化性RNA,一些RNA具有催化能力,可以催化自我拼接等反应,这种具有催化作用的RNA分子叫做核酶。
6. 核酸分子杂交:不同来源但具有互补序列的核酸分子按碱基互补配对原则,在适宜条件下形成杂化双链,这种现象称核酸分子杂交.第三章酶1. 酶:由活细胞产生的具有催化功能的一类特殊的蛋白质。
分子生物学名词解释
第一章蛋白质的结构与功能分子病:由蛋白质分子发生变异导致的疾病,为基因突变所致。
一级结构:蛋白质分子中氨基酸的排列顺序。
二级结构:蛋白质主链的局部空间结构,不涉及氨基酸残基侧链构象。
三级结构:整条肽链中所有原子在三维空间的排列位置。
四级结构:肽链与肽链之间靠非共价键维系的布局与相互作用。
即各亚基间的空间排列。
超二级结构:二级结构单元相互聚集形成有规律的更高一级的但又低于三级结构的结构,现在已知的超二级结构有三种基本的组合形式:αα,βαβ,ββ。
结构域:多肽链在二级结构或超二级结构的基础上形成三级结构的局部折叠区,它是相对独立的紧密球状实体。
等电点:对于一种蛋白质而言,当在某一pH时,其所带正负电荷恰好相等(静电荷为零),这一pH值成为该蛋白质的等电点。
层析:按照在移动相和固定相之间的分配比例将混合成分分开的技术。
离子交换层析:使用带有固定的带电集团的聚合树脂或凝胶层析柱分离离子化合物的层析方法。
凝胶过滤层析:一种利用带孔凝胶珠作基质,按照分子大小分离蛋白质或其他分子混合物的层析技术。
亲和层析:利用共价连接有特异配体的层析介质分离蛋白质混合物中能特异结合配体的目的蛋白或其他分子的层析技术。
蛋白质组学:研究各种生物基因组在细胞(包括正常细胞、癌细胞等)和组织中表达的全部蛋白质的分子结构、功能及其相互作用。
最终目的为发现新药。
别构效应:也称为变构效应。
当某些寡聚蛋白与别构效应剂发生作用时,可以通过蛋白质构象的变化来改变蛋白质的活性,这种改变可以是活性的增加或减少。
这里的别构效应剂可以是蛋白质本身的作用物也可以是作用物以外的物质。
协同效应:别构效应的一种特殊类型,是亚基之间的一种相互作用。
它是寡聚蛋白的某一亚基与配基(蛋白质本身的作用物)结合时可改变蛋白质其它亚基的构象,进而改变蛋白质的生物活性的现象。
锌指结构:锌指(zinc finger):一种常出现在DNA结合蛋白中的一种结构基元。
是由一个含有大约30个氨基酸的环和一个与环上的4个Cys或2个Cys和2个His配位的Zn2+构成,形成的结构像手指状。
蛋白质合成与结构
蛋白质合成与结构蛋白质是生物体内最基本的分子之一,它们在维持生命的各种功能中起着至关重要的作用。
蛋白质合成是指细胞内的基因转录和翻译过程,通过这一过程,基因中的信息被转化为特定的氨基酸序列,形成具有特定结构和功能的蛋白质。
一、蛋白质合成的基本过程蛋白质合成的过程可以简单地分为两个主要步骤:转录和翻译。
首先,在细胞核中,DNA通过转录过程被转录为RNA分子,这个RNA 分子被称为信使RNA(mRNA)。
然后,mRNA以三个核苷酸为一个密码子的方式,被带有氨基酸的转运RNA(tRNA)识别和配对。
通过这种方式,氨基酸被连接到一条逐渐增长的多肽链上,最终形成完整的蛋白质。
二、蛋白质的结构特点蛋白质的结构可以分为四个层次:一级结构、二级结构、三级结构和四级结构。
一级结构是指由氨基酸的线性排列所决定的多肽链的序列。
二级结构是蛋白质中的局部空间结构,常见的二级结构有α螺旋和β折叠。
三级结构则指整个蛋白质分子的空间结构,由各个二级结构的序列摺叠而成。
最后,四级结构指由多个蛋白质分子相互组装而成的复合物。
三、蛋白质合成的调控机制蛋白质合成的调控机制对于维持细胞的正常功能至关重要。
这些调控机制包括转录水平上的调控和翻译水平上的调控。
在转录水平上,转录因子的结合和DNA甲基化等可以影响基因的转录活性。
在翻译水平上,调控因子的结合和RNA降解等可以影响mRNA的翻译效率。
四、蛋白质结构与功能的关系蛋白质的结构决定了它的功能。
蛋白质的结构多样性使其具有丰富的功能。
例如,结构紧密的蛋白质可以作为酶催化化学反应,还可以作为骨架来维持细胞的形状。
此外,蛋白质还可以参与信息传递、运输物质和免疫应答等生命过程。
五、蛋白质合成的应用领域蛋白质合成在生物学研究和医学应用中扮演重要的角色。
通过合成特定的蛋白质,科学家们可以研究蛋白质的功能和结构,进而发展新的药物和治疗方法。
此外,蛋白质合成还可以用于生物工程和食品工业,生产具有特定功能的蛋白质产品。
生物化学第十二章-蛋白质的生物合成
第十二章蛋白质的生物合成一、蛋白质生物合成体系:生物体内的各种蛋白质都是生物体利用约20种氨基酸为原料自行合成的。
蛋白质的生物合成过程,就是将DNA传递给mRNA的遗传信息,再具体的解译为蛋白质中氨基酸排列顺序的过程,这一过程被称为翻译(translation)。
参与蛋白质生物合成的各种因素构成了蛋白质合成体系,该体系包括:1.mRNA:作为指导蛋白质生物合成的模板。
mRNA中每三个相邻的核苷酸组成三联体,代表一个氨基酸的信息,此三联体就称为密码。
共有64种不同的密码。
遗传密码具有以下特点:①连续性;②简并性;③通用性;④方向性;⑤摆动性;⑥起始密码:AUG;终止密码:UAA、UAG、UGA。
2.tRNA:在氨基酸tRNA合成酶催化下,特定的tRNA可与相应的氨基酸结合,生成氨基酰tRNA,从而携带氨基酸参与蛋白质的生物合成。
tRNA反密码环中部的三个核苷酸构成三联体,可以识别mRNA上相应的密码,此三联体就称为反密码。
反密码对密码的识别,通常也是根据碱基互补原则,即A—U,G—C配对。
但反密码的第一个核苷酸与第三核苷酸之间的配对,并不严格遵循碱基互补原则,这种配对称为不稳定配对。
能够识别mRNA中5′端起动密码AUG的tRNA称为起动tRNA。
在原核生物中,起动tRNA是tRNAfmet;而在真核生物中,起动tRNA是tRNAmet。
3.rRNA和核蛋白体:原核生物中的核蛋白体大小为70S,可分为30S小亚基和50S大亚基。
真核生物中的核蛋白体大小为80S,也分为40S小亚基和60S大亚基。
核蛋白体的大、小亚基分别有不同的功能:⑴小亚基:可与mRNA、GTP和起动tRNA结合。
⑵大亚基:①具有两个不同的tRNA结合点。
A位——受位或氨酰基位,可与新进入的氨基酰tRNA 结合;P位——给位或肽酰基位,可与延伸中的肽酰基tRNA结合。
②具有转肽酶活性。
在蛋白质生物合成过程中,常常由若干核蛋白体结合在同一mRNA分子上,同时进行翻译。
《生物化学》课程配套练习核酸与蛋白质生物合成参考答案
第十一章核酸生物合成第十二章蛋白质的生物合成练习参考答案1.名词解释:1)复制:DNA的生物合成,以亲本DNA为模板,根据碱基互补原则,合成与亲代DNA相同分子的过程。
2)冈崎片段:DNA复制过程中,合成方向与复制叉移动方向相反的DNA片断。
3)半保留复制:DNA生物合成过程中,子代双链DNA分子中有一条DNA链来自亲本。
这种合成方式称为半保留复制。
4)半不连续复制:DNA复制过程中,一条链复制是连续的,另一条是不连续的,这种复制方式称为半不连续复制。
5)前导链:DNA复制过程中,复制方向与复制叉移动方向相同,连续合成的DNA链称为前导链;6)滞后链:在复制过程中,复制方向与复制叉移动方向相反,形成不连续的片断,后连接成完整链的DNA链,称为滞后链。
7)转录:以DNA为模板,在RNA聚合酶指导下,合成RNA并把遗传信息传给RNA的过程,称为转录。
8)遗传密码:即指核苷酸三联体决定氨基酸的对应关系,这种编码氨基酸序列的核苷酸称为密码子。
2. 写出原核生物DNA复制过程;原核生物与真核生物DNA复制的区别?答:(1)原核生物DNA复制过程可分为:起始,延伸和终止。
1)复制的起始;2)复制的延伸;3)复制的终止(请分别说明)(2)原核生物与真核生物DNA复制的区别:1)聚合酶的不同;2)复制的起点不同;3)复制的速度不同4)DNA复制的调节;(详细内容看课件及参考书)3.比较原核生物和真核生物转录过程有哪些不同点?答:1)聚合酶的不同;2)启动子的不同;3)终止过程的不同;4)转录的调节控制;4)转录后加工不同。
(详细内容看课件及参考书)4.哪些理化因素能引起DNA分子损伤?体内有何种DNA修复机制?答:(1)某些理化因素,如紫外线照射、电离辐射和化学诱变剂等等。
(2)修复机制有:错配修复,直接修复,切除修复,重组修复和易错修复。
5.大肠杆菌蛋白质合成体系由哪些物质组成?各起什么作用?答:参与蛋白质生物合成的物质:(1)20 基本氨基酸作为材料。
第十二章生物化学试题
第十二章蛋白质的生物合成(翻译)【测试题】一、名词解释1.翻译2.密码子3.反密码子4.密码的摆动性5.核蛋白体循环6.移码突变7.信号肽8.SD序列9.翻译后加工10.多核蛋白体11.密码的简并性12.起始者tRNA13.干扰素14.抗生素15.转肽酶16.转位酶17.核蛋白体的A位18.核蛋白体的P位19.蛋白质的靶向输送20.SRP二、填空题21.在蛋白质生物合成中,mRNA起____作用,tRNA起____作用,由rRNA与蛋白质组成的核蛋白体起____.22.合成蛋白质的原料是____ ,有____种。
23.密码子有____个,其中编码氨基酸的密码子有____个,起始密码子是____,终止密码子是____、____、____。
24.密码子的阅读方向是____,多肽链合成的方向是____。
25.翻译的延长包括____、____和____三个连续的步骤。
26.原核生物和真核生物翻译起始复合物生成区别在于第二步,原核生物先生成____,真核生物先生成____。
27.翻译延长的注册也称进位,是指____进入____位。
28.转肽酶位于核蛋白体的____上,该酶催化____键的形成,另外还有____酶活性。
29.密码子为AUG,与其对应的反密码子是5′____3′。
30.蛋白质生物合成终止需要____因子和____因子,能辨认终止密码,促使肽链从核蛋白体上释放下来的是____ 因子,能把mRNA从核蛋白体上释放出来的是____因子。
31.信号肽结构的N-端是____ 区,中部是____区,C-端是____区。
32.肽链的延长包括____、____和____,其中____和____各消耗1分子GTP。
33.氨基酸活化需要____酶催化,使氨基酸的____ 基与____之间以____键相连,产物是____。
此反应消耗____个高能磷酸键。
34.密码子的第____位碱基与反密码子的第____位碱基常出现不稳定配对,称____配对。
生物化学第12章 核酸代谢与蛋白质的生物合成
课外练习题一、名词解释1、嘌呤核苷酸的从头合成途径;2、嘧啶核苷酸的补救合成途径;3、半保留复制;4、冈崎片段;5、逆转录;6、复制;7、转录;8、外显子;9、内含子;10、翻译;11、反密码子;12、密码的简并性。
二、符号辨识1、IMP;2、PRPP;3、SSB;4、cDNA;三、填空1、核苷酸的合成包括()和()两条途径。
2、脱氧核苷酸是由()还原而来。
3、DNA的复制方向是从()端到()端展开。
4、体内DNA复制主要使用()作为引物,而在体外进行PCR扩增时使用人工合成的()作为引物。
5、DNA损伤可分为()损伤和()损伤两种类型,造成DNA损伤的因素有()因素和()因素。
6、基因转录的方向是从()端到()端。
7、第一个被转录的核苷酸一般是()核苷酸。
8、蛋白质的生物合成是以()作为模板,以()作为运输氨基酸的工具,以()作为合成的场所。
9、细胞内多肽链合成的方向是从()端到()端,而阅读mRNA的方向是从()端到()端。
10、某一tRNA的反密码子是GGC,它可识别的密码子为()和()。
11、原核生物蛋白质合成中第一个被掺入的氨基酸是()。
12、DNA拓补异构酶()能够切开DNA的1条链,而DNA拓补异构酶()能同时切开DNA的2条链。
13、大肠杆菌在DNA复制过程中切除RNA引物的酶是()。
14、从IMP合成GMP需要消耗(),而从IMP合成AMP需要消耗()作为能源物质。
15、在大多数DNA修复中,牵涉到四步序列反应,它们的次序是()、()、()和()。
四、判别正误1、嘌呤核苷酸是从磷酸核糖焦磷酸开始合成的。
()2、核苷酸生物合成中的甲基一碳单位供体是S-腺苷蛋氨酸。
()3、所有核酸的复制过程中,新链的形成都必须遵循碱基配对的原则。
()4、所有核酸合成时,新链的延长方向都是从5`→3`。
()5、生物体中遗传信息的流动方向只能由DNA→ RNA,决不能由RNA→DNA。
()6、DNA复制时,先导链是连续合成,而后随链是不连续合成的。
第十二章 蛋白质的生物合成(翻译)
密码专一性由头2个碱基决定,三中读二;生物学意义:减少突变的有害效应。
不同生物对密码子具有偏爱性。
3)摆动性:翻译过程氨基酸的正确加入,需靠mRNA上的密码子与tRNA上的反密码子相互以碱基配对辨认。
大小亚基共同组成核糖体。
核蛋白体蛋白(rps,rpl)种类繁多,其中有些就是参与蛋白质合成的酶和各种因子,靠这些蛋白质、rRNA,还有mRNA、 tRNA等特异性的、准确的相互配合,使氨基酸按mRNA上的遗传密码指引依次聚合为肽链。
原核生物转录过程电镜下看到的羽毛状模型,在长短不一的尚未转录完成的mRNA上,已附着了若干个核蛋白体。
(二) 起始肽链合成的氨基酰-tRNA
密码子AUG可编码甲硫氨酸,同时作为起始密码。
氨基酰-tRNA书写规则:Arg-tRNAarg;AA—tRNAaa;
原核生物:起始密码(AUG、GUG、UUG)——编码甲酰蛋氨酸fMet、tRNAfMet,
fMet—tRNAifMet;
真核生物:起始密码Met、Met-tRNAiMet;延长过程: Met、Met-tRNAeMet
一、肽链合成起始 (熟悉)
翻译起始是把带有甲硫氨酸的起始tRNA连同mRNA结合到核蛋白体上,生成翻译起始复合物(translational inition complex)。此过程需多种起始因子参加。原核生物与真核生物所需的起始因子不相同,氨基酰-tRNA、mRNA结合到核蛋白体上的步骤,大致上是一样的。
第二节 蛋白质生物合成过程
RNA的碱基序列是从5’-端自左至右书写至3’端,对应肽链的氨基酸序列从 N-端自左至右书写至 C端。翻译过程从读码框架的5’-AUG……开始,按mRNA模板三联体的顺序延长肽链,直至终止密码出现。终止密码前一位三联体,翻译出肽链 C—端氨基酸。翻译过程也可分起始、延长、终止阶段来描述。氨基酰-tRNA的合成,是伴随着起始、延长阶段不断地进行和配合着的。此外,蛋白质合成后,还需要加工修饰。
第十二章 蛋白质的生物合成x
原核生物的多顺反子
5 PPP 3
蛋白质
真核生物的单顺反子
5 mG - PPP 3
蛋白质
非编码序列 核糖体结合位点 编码序列 起始密码子 终止密码子
mRNA上存在遗传密码 mRNA分子上从5至3方向,由AUG开
摆动性(wobble) 转运氨基酸的tRNA的反密码需要 通过碱基互补与mRNA上的遗传密码
反向配对结合,但反密码与密码间不
严格遵守常见的碱基配对规律,称为 摆动配对。
密码子、反密码子配对的摆动现象
二、核糖体是多肽链合成的装置
原核生物核糖体
真核生物核糖体
核 蛋 白 体 的 组 成
原核生物翻译过程中核糖体结构模式
IF-3
IF-1
IF-3
IF-1
2. mRNA在小亚基定位结合
5'
IF-3
A U G IF-1
3'
3. 起始氨基酰tRNA( 小亚基
fMet fMet-tRNAi
)结合到
IF-2 GTP
5'
IF-3
A U G IF-1
3'
4. 核糖体大亚基结合,起始复合物形成
IF-2
GTP
IF-2
GDP+ Pi
翻译的终止(termination )
一、肽链合成起始 指mRNA和起始氨基酰-tRNA分别
与核糖体结合而形成翻译起始复合物
原核生物翻译起始复合物形成
►
► ►
核糖体大小亚基分离;
mRNA在小亚基定位结合; 起始氨基酰-tRNA( fMet-tRNAifMet ) 的结合;
生化练习题 (含答案)
第一章蛋白质思考题1.简述常见的蛋白质二级结构及其特点。
2.根据蛋白质结构与功能的关系简述疯牛病的发病机制。
名词解释1.蛋白质的一级结构2.蛋白质的三级结构3.蛋白质的二级结构4.蛋白质的四级结构选择题1.某一溶液中蛋白质的百分含量为45%,此溶液的蛋白质氮的百分浓度为:EA.8.3%B.9.8%C.6.7%D.5.4%E.7.2%2.下列含有两个羧基的氨基酸是:DA.组氨酸B.赖氨酸C.甘氨酸D.天冬氨酸E.色氨酸3.下列哪一种氨基酸是亚氨基酸:AA.脯氨酸B.焦谷氨酸C.亮氨酸D.丝氨酸E.酪氨酸4.维持蛋白质一级结构的主要化学键是:C A.离子键B.疏水键C.肽键D.氢键E.二硫键9.变性蛋白质的主要特点是:D5.关于肽键特点的错误叙述是:EA.肽键中的C-N键较C-N单键短B.肽键中的C-N键有部分双键性质C.肽键的羰基氧和亚氨氢为反式构型D.与C-N相连的六个原子处于同一平面上E.肽键的旋转性,使蛋白质形成各种立体构象6.关于蛋白质分子三级结构的描述,其中错误的是:B A.天然蛋白质分子均有这种结构B.有三级结构的多肽链都具有生物学活性C.三级结构的稳定性主要是次级键维系D.亲水基团聚集在三级结构的表面E.决定盘曲折叠的因素是氨基酸残基7.具有四级结构的蛋白质特征是:EA.依赖肽键维系四级结构的稳定性B.在三级结构的基础上,由二硫键将各多肽链进一步折叠、盘曲形成C.每条多肽链都具有独立的生物学活性D.分子中必定含有辅基E.由两条或两条以上具有三级结构的多肽链组成8.含有Ala,Asp,Lys,Cys的混合液,其pI依次分别为6.0,2.77,9.74,5.07,在pH9环境中电泳分离这四种氨基酸,自正极开始,电泳区带的顺序是:B A.Ala,Cys,Lys,AspB.Asp,Cys,Ala,LysC.Lys,Ala,Cys,AspD.Cys,Lys,Ala,AspE.Asp,Ala,Lys,Cys10.蛋白质分子在280nm处的吸收峰主要是由哪种氨基酸引起的:BA.谷氨酸B.色氨酸C.苯丙氨酸D.组氨酸E.赖氨酸A.粘度下降B.溶解度增加C.不易被蛋白酶水解D.生物学活性丧失E.容易被盐析出现沉淀第二章核酸的结构与功能思考题1.细胞内有哪几类主要的RNA?其主要功能。
第十二章 蛋白质的生物合成(11采用)
延长因子(elongation factor,EF) 释放因子(release factor,RF)
延长因子
IF-3 促进大小亚基分离,提高P位对结合起始tRNA的敏感 性 EF-Tu 促进氨基酰-tRNA进入A位,结合并分解GTP EF-Ts EF-G 调节亚基 有转位酶活性,促进mRNA-肽酰-tRNA由A位移至P 位,促进tRNA卸载与释放 特异识别UAA、UAG,诱导转肽酶转变为酯酶 特异识别UAA、UGA,诱导转肽酶转变为酯酶 可与核蛋白体其他部位结合,有 GTP酶活性,能介导 RF-1及RF-2与核蛋白体的相互作用
是蛋白质生物合成的直接模板
mRNA种类多,大小不一,半衰期短 占RNA总量1%-2%
原核生物的多顺反子
5 PPP 3
蛋白质
真核生物的单顺反子
5 mG - PPP
AAA …
3
蛋白质 非编码序列 编码序列 核蛋白体结合位点 起始密码子 终止密码子
mRNA上存在遗传密码
mRNA分子上从5至3方向,由AUG开始,每
简并性(degeneracy)
通用性(universality)
摆动性(wobble)
(一)方向性
翻译时遗传密码的本身及阅读方向是5’→3’,
即读码从mRNA的起始密码子AUG开始,按
5’→3’的方向逐一阅读,直至终止密码子。
5′ 读码方向 3′
N
肽链延伸方向
C
(二)连续性
编码蛋白质氨基酸序列的各个三联体密码 从5’ 3’连续阅读,密码间既无间断也无交叉。
5’…….A U G G C A G U A C A U …… U A A 3’
Met Ala Val His 终止密码
生物化学习题集:第十二章 蛋白质的生物合成
生物化学习题集:第十二章蛋白质的生物合成生物化学习题集:第十二章蛋白质的生物合成第十二章蛋白质的生物合成一、科学知识要点(一)蛋白质生物合成体系的重要组分蛋白质生物合成体系的关键组分主要包含mrna、trna、rrna、有关的酶以及几十种蛋白质因子。
其中,mrna就是蛋白质生物合成的轻易模板。
trna的促进作用彰显在三个方面:3@cca拒绝接受氨基酸;反密码子辨识mrna链上的密码子;相连接多肽链和核糖体。
rrna和几十种蛋白质共同组成制备蛋白质的场所――核糖体。
遗传密码的特点:无标点性、无重叠性;通用性和例外;简并性;变偶性。
(二)蛋白质白质生物合成的过程蛋白质生物合成的过程分四个步骤:氨基酸活化、肽链合成的起始、延伸、终止和释放。
其中,氨基酸活化即为氨酰trna的制备,反应由如上所述的氨酰trna合成酶催化剂,在胞液中展开。
氨酰trna合成酶既能够辨识如上所述的氨基酸,又能够若二随身携带该氨酰基的一组同功受体trna分子。
肽链合成的起始对于大肠杆菌等原核细胞来说,是70s起始复合物的形成。
它需要核糖体30s和50s亚基、带有起始密码子aug的mrna、fmet-trnaf、起始因子if1、if2、if3(分子量分别为10000、80000和21000的蛋白质)以及gtp和mg2+的参加。
肽链制备的延展须要70s初始复合物、氨酰-trna、三种延展因子:一种就是冷不稳定的ef-tu,另一种就是冷平衡的ef-ts,第三种就是倚赖gtp的ef-g以及gtp和mg2+。
肽链合成的终止和释放需要三个终止因子rf1、rf2、rf3蛋白的参与。
比较真核细胞蛋白质生物合成与原核细胞的不同。
(三)蛋白质合成后的修饰蛋白质制备后的几种润色方式:氨基末端的甲酰甲硫氨酸的切除术、肽链的卷曲、氨基酸残基的润色、乌回去一段肽链。
二、习题(一)(一)名词解释1.密码子(codon)2.反义密码子(synonymouscodon)3.反密码子(anticodon)4.变偶假说(wobblehypothesis)5.移码突变(frameshiftmutant)6.氨基酸同功受体(isoacceptor)7.反义rna(antisenserna)8.信号肽(signalpeptide)9.简并密码(degeneratecode)10.核糖体(ribosome)11.多核糖体(polysome)12.氨酰基部位(aminoacylsite)13.肽酰基部位(peptidysite)14.肽基转移酶(peptidyltransferase)15.氨酰-trna合成酶(aminoacy-trnasynthetase)16.蛋白质卷曲(proteinfolding)17.核蛋白体循环(polyribosome)18.锌指(zinefinger)19.亮氨酸拉链(leucinezipper)20.双键促进作用元件(cis-actingelement)21.反式促进作用因子(trans-actingfactor)22.螺旋-环路-螺旋(helix-loop-helix)(二)英文缩写符号1.if(initiationfactor):2.ef(elongationfactor):3.rf(releasefactor):4.hnrna(heterogeneousnuclearrna):5.fmet-trnaf:6.met-trnai:(三)填空题1.蛋白质的生物合成就是以______做为模板,______做为运输氨基酸的工具,_____做为制备的场所。
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蛋白质转运和修饰
1、名词及符号:翻译同步转运、翻译后转运、信号肽、易位子、 SRP、I、II型膜蛋白、内部信号序列、分子伴侣、hsp70、内体、 靶向序列、靶向班块、网格蛋白、包被体、停靠蛋白、内质网 应急,PDI、ARF、COP、内质网分拣信号(KDEL)、核定位 信号(PKKKRKV)、过氧化体分拣信号(SKF)、线粒体基 质信号(N-端15-35AA形成两亲 螺旋或 折叠)、溶酶体分 拣信号(M6P)、泛蛋白。
• 蛋白质化学思考题总汇
• 1.绪论 • 基因组,蛋白质组,功能基因组 • 为什么从基因组到蛋白质组是一个十分
复杂而漫长的过程?
蛋白质一级结构
• 1、各种氨基酸的三字母符合和单字母符合。 • 2、名词概念:同源蛋白质、蛋白质家族、蛋
白质超家族、蛋白质、亚家族、单位进化周 期、蛋白质的一级结构。 • 3、各种氨基酸的性质与蛋白质空间结构的关 系.
干扰素处细胞,发现eIF-2磷酸化而阻断翻译起始, 因此,eIF-2磷酸化的翻译调控可能具有普遍意义。
3. mRNA翻译中的重编码
移码 密码子重定义(redef来自ne) 翻译中模板的不连续性(subversion of contiguity)
移码:
大肠杆菌中RF2识别UGA,使翻译终止。 RF2 mRNA 26位为UGA,其上游的CUU和下游的C可促进移码。
3、简述细胞因子的结构和功能特点。 4、简述细胞因子受体结构的共同特征和功能特点
激素与信号转导
1、名词及符号 外激素、激素受体、下降调节(增加上升调节)、激素正协同 效应、激素对抗、效应器、5-HT、ADH、LRH、FRH、TRH、 CRH、OT、CRIH、AMP、AC、HCG、LH、FSH、CCK、 PMCG、TSH、E2、P4、T、F、MSH、GH、PL(PRL)、 ACTH、PG、CT、PTH、MRIH、MRH、PRH、PRIH、GRIH、 GRH。
2、蛋白质的修饰包括哪些内容。
3、决定蛋白质半衰期的因素及泛素化作用。
4、受体介导的内化的生物学意义。
5、简述翻译同步转运和翻译后转运的基本内容。
6、如何理解小泡介导的蛋白质转运的“生物膜不对称性”的意 义。
7、简述SRP介导的蛋白质转运。
免疫球蛋白
1、Ig, V区,C区,抗原决定族,D基因,J基因,超变 区(补体决定区,CDR),类别转换(CH启换),12- 23bp规则,茎环结构,Fab,Fc,去环缺失模式,Ig的 分类与重链。
(IRE),IRE与AUUUA序列间隔排列并有部分重叠,可形成茎环 结构。
细胞内的Fe浓度是受调控的,与TfR mRNA 的稳定性相关。
当胞内Fe : IREBP无活性,不能与IRE结合, AUUUA起作用,TfR mRNA降解, TfR不能合成,Fe不能运入 Cell
当胞内Fe : IREBP与IRE结合,阻断AUUUA 功能,TfR mRNA 稳定,TfR翻 译,Fe可运入Cell
7.马达蛋白的功能:驱动蛋白和动力蛋白
细胞因子
1、名词及符号:PDGF、CSF、HGF、EPO、EGF、INF、 TGF、NGF、IL、TNF、FGF、IGF、TPK;自分泌、 旁分泌、内分泌、细胞内分泌、细胞因子、自磷酸化、 重叠性、协调性、多功能性。
2、细胞因子(Cystokine)有哪些分类方法,各自的分类依 据是什么?
密码子重定义(redefine):
某些mRNA的翻译中,存在终止密码子重新定义 如UAGGlu; UGA Ser or Sel-Cys。
大肠杆菌的甲酸脱氢酶和哺乳动物中谷光甘肽还原酶 都含有Sel-Cys, 它不是合成后修饰的,而是以SelCys掺入的。
甲酸脱氢酶合成中:
SELB(硒代半胱氨酸结合蛋白,类似于延伸因子EF-Tu)
2、描述Ig四链单位的分子特征(结构域,功能域)。 3、如何根据Ig分子的V区和C区的结构变化,将Ig分子
的变异体分成类、亚类、型、亚型、群和亚群。 4、如何从基因水平上解释Ig的多样性。
脂蛋白
1、名词及符号:
LP,Apo,TG,FC,PL,CM,VLDL,LDL,HDL,IDL, HL,LPL,LCAT,LTP;郭清作用,增加调节。 2、简述一种脂蛋白受体的分子结构特征。 3、主要脂蛋白的密度分类、电泳分类、功能及
Ser-tRNASelcys-tRNASelcys-tRNA-SELB 。
当合成到UGA时,Selcys-tRNA-SELB与下游的茎环结构结合, 引导其进入核糖体与UGA配对,完成重定义。
硒代半胱氨酸 结合蛋白
翻译中模板的不连续性 (subversion of contiguity):
包括: 翻译绕过(translational bypassing) 反式翻译(trans-translation)
2、哪些器官可以分泌H?据化学本质、H素可分哪几类? 3、受体分几类?胞内和胞膜受体的作用机理。 4、神经体液调节的基本模式。
糖蛋白和蛋白多糖
1、名词及符号:Gal、Glc、GalNAc、Fuc、SA、Man、 Dol、GAG、HA、CS、KS、HS:糖蛋白,蛋白多糖、 戊糖核心、高Man型、杂合型、复合型、还原末端、 非还原末端、天线、糖型(同一Pr.不同NXS/T上的N聚糖结构不同)。
4.加帽蛋白:选择性阻断F-肌动蛋白微丝的一端.如倒刺端加帽蛋 白会造成微丝缩短,而尖端加帽蛋白会造成微丝的延长
5.肌球蛋白:属于马达蛋白,由两个重链和2个轻链组成肌球蛋白 分子,两个分子尾部相连,缔合形成粗丝双极性结构,球形的 头部具有ATP酶活性
6.肌球蛋白和肌动蛋白有什么功能?肌肉收缩,细胞结构,细胞 运动,细胞分裂,细胞株凋亡,细胞器的转运
1. mRNA稳定性的调控
mRNA 的 稳 定 性 与 其 3’ 端 非 翻 译 区 中 多 拷 贝 AUUUA 序 列 ( 使 mRNA不稳定,CCUCC有助稳定)有关。
如运铁蛋白受体(TfR)mRNA: 胞内的铁浓度与TfR mRNA的稳定性有关。 TfR mRNA 3’端有多拷贝AUUUA序列和多拷贝的铁应答元件
RF-1,RF2,RF-3
转位酶,使mRNA前移, 原A位变为P位,空载
tRNA释放
肽链合成终止
二、蛋白质生物合成的调控
发育相关基因(其他某些基因)的表达具有精确的 时间及空间性,而且,一些基因的表达可决定另一些基 因的表达。
基因的有序化表达,单独依靠转录调控是不够的, 还必须:
及时去除已合成的mRNA 阻断其翻译 使已合成的蛋白质失活等
2.mRNA翻译过程中的调控
RNA结合蛋白对翻译的调控:
δ氨基γ酮戊酸(ALA)合成酶是血红素合成的 关键酶,该酶mRNA的5’-UTR具有多拷贝IRE序列。因此, 该酶的翻译合成受铁离子和IRE结合蛋白调控。
胞内铁蛋白与Fe离子形成复合物,可解除Fe离子对细 胞的毒性作用,血红素的合成也需要大量Fe.
10SaRNA:
编 码 10 个 氨 基 tRNA的功能(丙AA)
酸
称tmRNA
核糖体翻译过程中,当翻译3’端截断或因转录提前 终止而缺乏终止密码的mRNA时,mRNA的翻译可以过渡 到tmRNA进行翻译,合成标签肽。
标签肽合成 IL-6mRNA如在E.coli中表达,C端会有11aa的标 签肽。
缩写符号间的关系。
4、Apo可分哪些大类。 5、CM,VLDL,LDL,HDL代谢的基本情况及其相
互关系
细胞黏附分子
1、名词及符号:ECM、Fn、Ln、FAK、TPK、SH、 Ln-R、CD44,Ig-SF;血管地址素、整联蛋白、层连 蛋白、钙粘蛋白、粘着班激酶、酪氨酸蛋白激酶、纤 连蛋白。
2、简述细胞外基质粘附分子的功能。 3、细胞表面粘附分子(如整联蛋白、层连蛋白受体、钙
第十二章 蛋白质生物合成与调控
RNA(mRNA,tRNA,rRNA)、蛋白质因子、 酶、氨基酸和核苷酸等200多种生物分子 共同参与。
mRNA: 64密码子,终止:UAG、UGA 、UAA;起始:AUG,或GUG、 CUG、ACG替代起始密码(fMet or Met)。
tRNA:AA+ATP-E→AA-AMP-E+PP tRNA+AA-AMP-E→AAtRNA+AMP+E
粘蛋白等)有哪些可能的功能。
• 细胞骨架蛋白
1.细胞骨架蛋白:细胞质中由蛋白丝组成的非膜相结构统的蛋白 质
2.细胞骨架系统:微丝、微管和中间丝 ,还包括:核骨架、核纤层、 细胞外基质
3.细胞骨架的主要蛋白质:肌动蛋白(肌动蛋白相关蛋白),微 管蛋白(微管相关蛋白),中丝间蛋白(各种中间丝相关蛋 白)。
AUG及旁侧序列PuNNAUGG(Kozak序列)。
①合成的起始
②延伸与终止:
真核蛋白质合成延伸及终止过程与原核类似,相 应的因子见表。
因子
真核生物
原核生物
功能
延伸因子 EF-1 αβγ EF-Tu,EF-Ts 协助氨基酰tRNA进入A 位,并与GTP结合
延伸因子 EF-2 终止因子 eRF
EF-G
rRNA:SD(Shine-Dalgarno):起始密码上游3-11bp处一段富含 嘌呤的保守序列。
(真核Kozak序列:植物:ACCAUGG,动物:GCCACC+AUG),防漏扫
mRNA
一、蛋白质生物合成
原核蛋白质生物合成 起始、延伸和终止三个阶段。
1、原核生物蛋白质合成
①合成起始
②肽链延伸 分三步: 注册、成肽和转位。
翻译绕过:
噬菌体T4基因60编码拓扑异构酶的一个亚基。
甘AA
基因60mRNA:
GGA 46
UAG 终止
GGA
当翻译完成46位密码子后不是终止,而是mRNA扫描,掠过 包括UAG在内的50个核苷酸,然后继续翻译。被绕过的50个核 苷酸上游是密码子GGA,下游的密码子也是GGA。