如何找同源基因并用DNAman比对序列

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DNAman8序列比对、序列拼接图文教程

DNAman8序列⽐对、序列拼接图⽂教程DNAman8序列⽐对、序列拼接图⽂教程

新建

复制⽬标基因⾄⽂本框

选中通道1，选中⽬的基因，点击序列点击from selection

以同样⽅法导⼊测序⽚段1和⽚段2（⽚段1、2需拼接）

拼接序列

勾选需要拼接序列

点击拼接，点击显⽰结果

点击export输出拼接后序列

选中并参照上述⽅法拼接序列导⼊通道序列⽐对多重序列⽐对

选中⽬标基因和拼接后基因通道

⼀直下⼀步下⼀步完成

如果测序样品很多，可以依次导⼊进⾏多重对⽐，点击options可以选择对⽐对象

一步一步教你使用-NCBI-查找DNA、mRNA、cDNA、Protein、promoter、引物设计方案、BLAST-序列比对等

一步一步教你使用NCBI 查找DNA、

mRNA、cDNA、Protein、promoter、引

物设计、BLAST 序列比对等

最近看到很多战友在论坛上询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用

BLAST 进行序列比对……，这些问题在NCBI 上都可以方便的找到答案。现在我就结合我自

己使用NCBI的一些经历（经验）跟大家交流一下BCBI 的使用。希望大家都能发表自己的使

用心得，让我们共同进步！

我分以下几个部分说一下NCBI 的使用：

Part one 如何查找基因序列、mRNA、Promoter

Part two 如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列

Part three 运用STS 查找已经公布的引物序列

Part four 如何运用BLAST 进行序列比对、检验引物特异性

特别感谢本版版主，将这个帖子置顶！

从发帖到现在，很多战友对该帖给与了积极的关注，在此向给我投票的（以及想给我

投票却暂时不能投票的）各位战友表示真诚的感谢，谢谢各位战友！

请大家对以下我发表的内容提出自己的意见。关于NCBI 其他方面的使用也请水平较高

的战友给予补充

First of all，还是让我们从查找基因序列开始。

第一部分利用Map viewer 查找基因序列、mRNA 序列、

启动子（Promoter）

下面以人的IL6（白细胞介素6）为例讲述一下具体的操作步骤

1．打开Map viewer 页面，网址为：/mapview/index.html 在search 的下拉菜单里选择物种，for 后面填写你的目的基因。操作完毕如图所示：

DNA序列比对同源性分析图解BLAST

1、进入网页：/BLAST/

2、点击Search for short, nearly exact matches

3、在search栏中输入引物系列：

注：文献报道ABCG2的引物为5’-CTGAGATCCTGAGCCTTTGG-3’;

5’-TGCCCATCACAACATCATCT-3’

（1）输入方法可先输入上游引物，进行blast程序，同样方法在进行下游引物的blast程序。

这种方法叫繁琐，而且在结果分析特异性时要看能与上游引物的匹配的系列，还要看与下游引物匹配的系列——之后看两者的交叉。

（2）简便的做法是同时输入上下游引物：有以下两种方法。输入上下游引物系列都从5’——3’。

A、输入上游引物空格输入下游引物

B、输入上游引物回车输入下游引物

4、在options for advanced blasting中：

select from 栏通过菜单选择Homo sapiens

Expect后面的数字改为10

5、在format中：

select from 栏通过菜单选择Homo sapiens Expect后面的数字填上0 10

6、点击网页中最下面的“BLAST！”

7、出现新的网页，点击Format！

8、等待若干秒之后，出现results of BLAST的网页。该网页用三种形式来显示blast的结果。（1）图形格式：

图中①代表这些序列与上游引物匹配、并与下游引物互补的得分值都位于40～50分

图中②代表这些序列与上游引物匹配的得分值位于40～50分，而与下游引物不互补

图中③代表这些序列与下游引物互补的得分值小于40分，而与上游引物不匹配

一步一步教你使用NCBI查找DNA、mRNA、cDNA、Protein、promoter、引物设计、BLAST序列比对等

一步一步教你使用 NCBI 查找DNA、mRNA、

cDNA、Protein、promoter、引物设计、BLAST

序列比对等

最近看到很多战友在论坛上询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用

BLAST 进行序列比对……，这些问题在 NCBI 上都可以方便的找到答案。现在我就结合我自己使用 NCBI的一些经历（经验）跟大家交流一下 BCBI 的使用。希望大家都能发表自己的使

用心得，让我们共同进步！

我分以下几个部分说一下 NCBI 的使用：

Part one 如何查找基因序列、mRNA、Promoter

Part two 如何查找连续的 mRNA、cDNA、蛋白序列

Part three 运用 STS 查找已经公布的引物序列

Part four 如何运用 BLAST 进行序列比对、检验引物特异性

特别感本版版主，将这个帖子置顶！

从发帖到现在，很多战友对该帖给与了积极的关注，在此向给我投票的（以及想给我

投票却暂时不能投票的）各位战友表示真诚的感，各位战友！

请大家对以下我发表的容提出自己的意见。关于NCBI 其他方面的使用也请水平较高

的战友给予补充

First of all，还是让我们从查找基因序列开始。

第一部分利用Map viewer 查找基因序列、mRNA 序列、

启动子（Promoter）

下面以人的 IL6（白细胞介素 6）为例讲述一下具体的操作步骤

1．打开Map viewer 页面，网址为：/mapview/index.html

在 search 的下拉菜单里选择物种，for 后面填写你的目的基因。操作完毕如图所示：

dnaman使用方法

使用DNAMAN的方法

DNAMAN是一款功能强大的生物信息学软件，广泛应用于DNA 和蛋白质序列分析、比对、编辑和可视化等领域。本文将介绍DNAMAN的使用方法，帮助读者快速上手并熟练运用该软件。

一、安装和启动DNAMAN

1. 下载软件安装包：在DNAMAN官方网站上下载适用于您的操作系统的安装包，并保存到本地。

2. 安装软件：双击安装包，按照提示完成软件的安装过程。

3. 启动软件：安装完成后，双击桌面上的DNAMAN图标，即可启动软件。

二、导入和编辑序列

1. 导入序列：在DNAMAN的主界面，点击"文件"菜单，选择"导入序列"，然后选择您要导入的序列文件（支持FASTA、GenBank 等格式）。

2. 编辑序列：在序列编辑界面，您可以对序列进行添加、删除、替换等操作。点击"编辑"菜单，选择相应的编辑功能，然后在弹出的对话框中进行操作。

三、序列比对和分析

1. 序列比对：点击"工具"菜单，选择"序列比对"，然后选择比对算法和参数设置，点击"开始比对"按钮即可进行序列比对。

2. 序列分析：DNAMAN提供了丰富的序列分析工具，如ORF预测、限制酶切位点分析、引物设计等。点击"工具"菜单，选择相应的分析工具，按照提示进行操作。

四、序列可视化和输出

1. 序列可视化：DNAMAN提供了多种序列可视化方式，如线性图、环形图、比对图等。点击"视图"菜单，选择相应的可视化方式，即可查看序列的结构和特征。

2. 输出结果：完成序列分析后，您可以将结果导出为文本文件或图像文件。点击"文件"菜单，选择"导出结果"，然后选择输出格式和保存路径，点击"保存"按钮即可导出结果。

如何找同源基因并用DNAman比对序列

如何在phytozome中找物种同源基因并用DNAman比对序列
Zakery 2016年5月26日
首先到phytozome网站上选择你要找的物种，比如水稻Oryza sativa v7_JGI (Rice)
点击BLAST search
在target type中选择proteome，把氨基酸序列复制到BLAST框中，点GO
选项不需要修改,默认就行
选项不需要修改,默认就行
选项不需要修改,默认就行
序列前面一般会加上CREATED..FEATURESLCATINQUALIFIERS这一段标记
注意,由于是用了免费的版本,它会在这里加上了一段标记,手工去除它.
这是去除后的序列情况
点击这个按钮, 出现下拉菜单
保持EMF格式的文件即可,然后用图片查看器打开可以放大缩小而不改变像素
前面软件演示所用的序列比对后做出来的图
注意:由于前面软件自动加了约为几十个bp 长度的标记,因此在所获得的图中,会在尾部出现N多个点,不影响图片的质量与美观!
这是结果，得分越高说明同源性越高
点击第一个前面字母G，得到如图可以看到 CDS sequence和Peptide equence
把基因名和CDS序列如图复制到记事本，把 txt格式改为SEQ格式（直接更改扩展名）
接下来就是用DNAman分析了

序列分析软件DNAMAN的使用方法

点击Add Site 选项，出现对话框：参数说明如下： Name 要添加的酶切位点的名称(例如HindIII) Position 位置（以碱基数表示）点击Add Element 选项，出现如下对话框：
参数说明如下： Type 要素类型（共有三种类型，鼠标点击即可切换） Color/Pattern 填充色（共有16 种颜色供选择） Name 要素名称 Start /End/Size 要素起点/终点/粗细度
序列分析软件DNAMAN的使用方法
7．画质粒模式图
我们常常要用到各种质粒图，无论是制作幻灯片，还是发表文章，常常需要质粒图。DNAMAN 提供强大的绘质粒图功能，能满足我们的需要。
通过Restriction/Draw map 命令打开质粒绘图界面：将鼠标移动到圆圈上，等鼠标变形成“I”时，单击鼠标左键，出现如下菜单：
是指用Sequence 2 中的序列的正链和负链分别和 Sequence 1 比较。 Sequence 2 正链与Sequence 1 比较结果用黑色点表示，Sequence 2 负链比对结果用红色点表示。
序列分析软件DNAMAN的使用方法
Plot box 点阵图表显示参数， Position（起点坐标） Width（宽度值） Height（高度值） Frame size（边框线粗度值） Dot size（点粗度值） Gridline（虚线框数）。参数设定好后，点击按钮执行操作。

基因组序列比较的原理

基因组序列比较是通过比较不同个体的基因组序列来研究它们之间的相似性和差异性的过程。其主要原理包括以下几个方面：

1. 序列比对：将两个基因组序列进行比对，寻找它们之间的相同和不同之处。这可以通过使用算法和方法（如Smith-Waterman算法、Needleman-Wunsch 算法等）来对序列进行比较和对齐，找出序列中的共同部分。

2. 基因组注释：对比对后的序列进行注释，确定其在基因组中的位置和功能。这可以通过对比对后的序列进行基因预测和功能注释，识别出可能编码蛋白质的基因、RNA等。

3. 寻找变异位点：通过比较基因组序列中的差异，可以找到不同个体之间的变异位点。这些变异可能包括单核苷酸多态性（SNP）、插入/缺失以及结构变异等。这些变异位点的发现对于了解基因组之间的差异、研究遗传性疾病等具有重要意义。

4. 重复序列和基因家族的确定：通过比较基因组序列，可以确定其中的重复序列和基因家族。重复序列指的是基因组中多次重复出现的相似序列，而基因家族指的是具有相似序列和功能的一组基因。

基因组序列比较的原理主要包括上述几个方面，通过对序列的比对、注释和分析，

可以对不同个体的基因组序列进行研究和比较，揭示它们之间的相似性和差异性。

dnaman基因序列的比对方法

DNAMAN是用于多序列比对、PCR引物设计、限制性酶切分析、质粒绘图、蛋白质分析等的高度集成化的分子生物学综合应用软件。以下是使用DNAMAN进行基因序列比对的步骤：

1. 打开DNAMAN，点击“Sequence-Alignment-Multiple sequence alignment”，进入比对页面。

2. 点击“File”，上传序列文件（fasta格式），选择序列类型，点击“Next”。

3. 这一步和下一步默认即可。

4. 参数默认即可，点击“Finish”，即可得到比对结果。

5. 若需要导出图，点击“Output-Graphic file”，保存EMF格式图片。随后在画图工具中另存为需要的照片格式即可。

以上步骤仅供参考，建议查阅DNAMAN软件使用说明或咨询专业人士，

获取更准确的信息。

DNAMAN 序列比对方法

1、序列导入：打开DNAman软件，单击channel1以激活通道1，再单击file-open或者文件夹图标以浏览电脑文件，选择所有文件方可显示电脑中之前存储的fasta或txt格式的文件，选中要导入的文件后（注意导入通道内的序列是fasta格式的即带大于号形式的序列），再依次单击channel2、3、4……依次导入其他fasta格式的蛋白序列。2、比对分析：单击Sequence-Multiple sequence alignment，选择protein，单击channel，选择所有要比对的channel，OK后单击下一步，选择Fast alignment，单击下一步，选择默认的Quick alignment（如果前面没有选择Fast alignment，则这一步选择Dynamic alignment），单击完成。3、设置Option单击Options-Shading homology，在Shading type里设置相应颜色，单击确定。另外，Options-Preference里选项可做调整，比如勾选No pos label in Printing/Output则不出现氨基酸的个数标示，比如不勾选Show consensus sequence，则不出现一致序列，这样既美观又有了更多的空间去标示motif等。4、输出图片单击Output-Graphic (EMF) File，即导出图片格式的比对文件。

4实验四 DNAMAN 软件的使用,多序列比对

• LPL, FAS, FABP, FTO, GDF11, ACC,
LEPTIN, MC4R, IGF1，IGF2，BMP2，HSL, PPARγ，STARS, ADD1， NHX1，SAMDC, DLX5，ENR, Lpin1
进行如下操作
• ORF寻找 • 不同物种氨基酸之间多序列比对 • 蛋白质二级结构预测 • 保存结果，并抓图
实验目的
1.理解什么是多序列连配以及其目的。 2.学会使用DNAMAN软件。 3.用DNAMAN软件进行多序列连配、开放阅读框寻找、氨基酸二级结构预测等。
实验材料
• 计算机，网络。 • DNAMAN。 • 基因核苷酸和氨基酸序列
实验过程
• 从NCBI下载人、小鼠、大鼠、
猪、羊、鸡、斑马鱼等物种的下列基因中任何一个基因的核苷酸和氨基酸序列：
基因核苷酸和氨基酸序列基因核苷酸和氨基酸序列实验过程实验过程从从ncbincbi下载人小鼠大鼠下载人小鼠大鼠Baidu Nhomakorabea羊鸡斑马鱼等物种的下猪羊鸡斑马鱼等物种的下列基因中任何一个基因的核苷酸列基因中任何一个基因的核苷酸和氨基酸序列
生物信息学实验课件
邢晋祎生命科学学院 Copyright
实验四
DNAMAN软件的使用、多序列联配

dnaman比对序列结果解读

DNAman是一种常用的生物信息学软件，可以用于比对DNA序列并解读结果。比对序列结果的解读对于研究人员来说非常重要，因为它提供了有关DNA序列相

似性、突变等信息。下面我将解读一下比对序列结果：

在DNAman中，比对序列结果通常以多种方式呈现，包括序列比对图、相似

性矩阵、突变分析等。首先，我们可以通过序列比对图来直观地了解两个或多个DNA序列的相似性和差异性。比对图中使用不同的符号和颜色表示碱基匹配、插

入或删除等突变类型。通过比对图，我们可以快速识别出序列间的相似性和差异性。

相似性矩阵是另一种常见的结果展示方式。它以表格的形式呈现两个或多个序

列间的相似度比较结果。矩阵中的每个单元格表示对应位置上的碱基匹配得分。相似性矩阵可以帮助我们快速计算两个序列的相似程度，并可视化揭示出可能的突变类型。

此外，比对序列结果还可以提供详细的突变分析。它可以标记出序列间的碱基

突变、插入和删除等变异类型，同时计算每种突变类型的频率。这些详细的突变信息对于研究者来说非常有价值，可以帮助他们了解到底哪些位置上发生了变异，从而进一步研究其对生物体的功能和表型产生的影响。

综上所述，通过DNAman比对序列结果的解读，我们可以获得关于DNA序列

相似性、突变类型和频率等重要信息。这些信息对于深入研究基因组学、分子进化和病毒变异等领域非常有帮助。DNAman的强大功能可以帮助科研人员更好地理

解和解释DNA序列比对结果。

如何找同源基因并用DNAman比对序列

A
14
这是去除后的序列情况
A
15
点击这个按钮, 出现下拉菜单
A
ห้องสมุดไป่ตู้
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保持EMF格式的文件即可,然后用图片查看器打开可以放大缩小而不改变像素
A
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前面软件演示所用的序列比对后做出来的图
注意:由于前面软件自动加了约为几十个bp 长度的标记,因此在所获得的图中,会在尾部出现N多个点,不影响图片的质量与美观!
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A
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然后一直点击下一步
注意输入的序列是 DNA或者是蛋白质序列,打勾相应的选项
A
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选项不需要修改,默认就行
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选项不需要修改,默认就行
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选项不需要修改,默认就行
A
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序列前面一般会加上CREATED..FEATURESLCATINQUALIFIERS这一段标记
注意,由于是用了免费的版本,它会在这里加上了一段标记,手工去除它.
如何在phytozome中找物种同源基因并用DNAman比对序列
Zakery 2016年5月26日
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首先到phytozome网站上选择你要找的物种，比如水稻Oryza sativa v7_JGI (Rice)
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序列分析软件DNAMAN的使用方法简介

吕惠平

(新疆大学生命科学与技术学院；新疆生物资源基因工程重点实验室，乌鲁木齐，830046) DNAMAN是一种常用的核酸序列分析软件。由于它功能强大，使用方便，已成为一种普遍使用的DNA序列分析工具。本文以DNAMAN 5.2.9 Demo version为例，简单介绍其使用方法。

打开DNAMAN，可以看到如下界面：

第一栏为主菜单栏。除了帮助菜单外，有十个常用主菜单，第二栏为工具栏：

第三栏为浏览器栏：

在浏览器栏下方的工作区左侧，可见Channel工具条，DNAMAN提供20个Channel，(如左所示：)点击Channel工具条上相应的数字，即可击活相应的Channel。每个Channel可以装入一个序列。将要分析的序列（DNA 序列或氨基酸序列）放入Channel中可以节约存取序列时间，加快分析速度。此版本DNAMAN提供自动载入功能，用户只需激活某个Channel，然后打开一个序列文件，则打开的序列自动载入被激活的 Channel中。

本文以具体使用DNAMAN的过程为例来说明如何使用DNAMAN分析序列。

1．将待分析序列装入Channel

（１）通过File Open命令打开待分析序列文件，则打开的序列自动装入默认Channel。（初始为channel1）可以通过激活不同的channel (例如：channel5)来改变序列装入的Channel。（２）通过

Sequence/Load Sequence菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel。通过Sequence/Current Sequence/Analysis Defination命令打开一个对话框，通过此对话框可以设定序列的性质（DNA 或蛋白质），名称，要分析的片段等参数。

dnaman比对序列结果解读

根据您提供的信息，"dnaman"应该指的是DNA比对软件"DnaMAN"。DNA比对是一种将两个或多个DNA序列进行比较的分析方法，以确定它们之间的相似性和差异性。

"DnaMAN"软件的结果解读通常包括以下几个方面：

1. 序列相似性：该软件会计算DNA序列之间的相似性分数，通常以百分比表示。较高的相似性分数表示两个序列之间更相似。

2. 序列对齐：软件会根据相似性算法将输入的DNA序列进行配对对齐，以使相同的碱基对齐在一起，从而揭示其相似性和差异性。

3. 碱基差异：比对结果可能会指示在两个序列之间存在的碱基差异，包括插入、缺失或替换等。

4. 序列特征：软件还可以鉴定序列中的重复序列、基因、启动子或其他相关特征，并提供这些信息。

总之，"DnaMAN"比对序列的结果解读将提供关于DNA序列相似性、差异、对齐和特征的相关信息，以帮助研究者进一步理解DNA序列之间的关系和功能。

DNAMAN使用方法

序列分析软‎件DNAM‎A N 的使‎用方法简介‎

‎ DNAM‎A N 是一‎种常用的核‎酸序列分析‎软件。由于‎它功能强大‎，使用方便‎，已成为一‎种普遍使用‎的DNA ‎序列分析工‎具。本文以‎D NAMA‎N 5.2‎.9 De‎m o ve‎r sion‎为例，简‎单介绍其使‎用方法。

‎ 打开D‎N AMAN‎，可以看到‎如下界面：‎

第一‎栏为主菜单‎栏。除了帮‎助菜单外，‎有十个常用‎主菜单，第‎二栏为工具‎栏： ‎第三栏为浏‎览器栏：

‎ 在浏览‎器栏下方的‎工作区左侧‎，可见Ch‎a nnel‎工具条，‎D NAMA‎N提供2‎0个Ch‎a nnel‎，(如左所‎示：)点击‎C hann‎e l 工具‎条上相应的‎数字，即可‎击活相应

的‎C hann‎e l。每个‎C hann‎e l 可以‎装入一个序‎列。将要分‎析的序列（‎D NA 序‎列或氨基酸‎序列）放入‎C hann‎e l 中可‎以节约存取‎序列时间，‎加快分析速‎度。此版

本‎D NAMA‎N提供自‎动载入功能‎，用户只需‎激活某个C‎h anne‎l，然后打‎开一个序列‎文件，则打‎开的序列自‎动载入被激‎活的Cha‎n nel ‎中。

‎本文以具体‎使用DNA‎M AN 的‎过程为例来‎说明如何使‎用DNAM‎A N 分析‎序列。 ‎ 1．将待‎分析序列装‎入Chan‎n el

‎ （１）通‎过File‎Open‎命令打开‎待分析序列‎文件，则打‎开的序列自‎动装入默

认‎C hann‎e l。（初‎始为cha‎n nel1‎）可以通过‎激活不同的‎c hann‎e l (例‎如：cha‎n nel5‎)来改变序‎列装入的C‎h anne‎l。（２）‎通过Seq‎u ence‎/Load‎Sequ‎e nce ‎菜单的子菜‎单打开文件‎或将选定的‎部分序列装‎入Chan‎n el 。‎通过Seq‎u ence‎/Curr‎e nt S‎e quen‎c e/An‎a lysi‎s Def‎i nati‎o n 命令‎打开一个对‎话框，通过‎此对话框可‎以设定序列‎的性质（D‎N A 或蛋‎白质），名‎称，要分析‎的片段等参‎数。