微生物的分类单位及命名
章十 微生物的分类和鉴定
亚种以下的分类单元
亚种（subspeciers）：种的进一步细分，一般指其某 一民而稳定的特征与模式中不同的种常在种名、署名 的加词后写上subsp.然后再写具体亚种的加词； 变种（ variety）：容易引起混乱； 型 form：使用中用型作为后缀；表示细菌菌株，现已 作废； 类群（group）：没有分类地位非正式地指定一组具有 某些共同性状的生物； 菌株（strain）：表示任何由一个独立分离的单细胞繁 殖而成的纯种群体极其一切后代；实际上是一个微生 物达到遗传性纯的标志。 小种（race）：涵义较乱，在不同分支学科中由不同 涵义； 相（phase）：自然界存在的微生物交互变异的一定阶 段； 态（state）：通常指微生物的菌落变异状态。
《伯杰氏系统细菌学手册》
1st ed, 1984-1989, 分为4卷；是在《伯杰氏鉴定细菌 手册》 8th ed 的基础之上增加了大量的分子生物学资料。 但由于当时细菌系统发育的资料仍较零碎，所以有相当一 部分类群未能科目级别分类，从实际需要出发，主要根据 表型特征将整个原核生物分为33组，33个组的划分见表。 国际上最为流行的版本。微生物分类技术和学术理论的发 展促进了生物科学的进步。 2ed ed, 2000开始出版，分为5卷，提出完整的系统分类， 将原核生物分为：古细菌界（2门、5组、8纲、11目、17科、 63属、208种）；细菌界：（16门、26组、27纲、62目、 163科、814属、4727种）；反映了人们对生物系统发育的 深刻认识。
微生物分类的基本单位
微生物分类的基本单位微生物分类是生物学中非常重要的一部分，它涉及到对微生物的分类、命名和鉴定。
微生物分类的基本单位有域、界、门、纲、目、科、属和种等级。
域是微生物分类的最高一级，也是最基本的分类单位。
目前认为有三个域：细菌域、古细菌域和真核生物域。
细菌域包括了细菌，是最简单的单细胞生物；古细菌域包括了古细菌，生存在极端环境下的微生物；真核生物域包括了真核生物，包括了动物、植物、真菌和原生生物等。
在细菌域中，界是微生物分类的第二个级别。
细菌域下面有两个界：厚壁菌界和薄壁菌界。
厚壁菌界包括了革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌等，这些菌的细胞壁具有较厚的层；薄壁菌界包括了微厌氧菌和厌氧菌等，这些菌的细胞壁相对较薄。
在古细菌域中，界是微生物分类的第二个级别。
古细菌域下面有四个界：甲烷古细菌界、极端嗜盐古细菌界、极端嗜热古细菌界和甲烷菌界。
甲烷古细菌界包括了产甲烷的古细菌；极端嗜盐古细菌界包括了生活在高盐环境中的古细菌；极端嗜热古细菌界包括了生活在高温环境中的古细菌；甲烷菌界包括了产甲烷的细菌。
在真核生物域中，门是微生物分类的第二个级别。
真核生物域下面有很多门，包括了动物门、植物门、真菌门和原生生物门等。
动物门包括了脊椎动物和无脊椎动物等；植物门包括了被子植物和蕨类植物等；真菌门包括了子囊菌门和担子菌门等；原生生物门包括了原生动物和原生植物等。
微生物分类的下一个级别是纲，纲是对一类微生物的总称。
在每个门下面都可以进一步划分为不同的纲，比如在动物门下面有哺乳动物纲、鸟纲、爬行动物纲等。
目是微生物分类的下一个级别，目是对纲下面的一类微生物进行划分。
在每个纲下面都可以进一步划分为不同的目，比如在哺乳动物纲下面有灵长目、食肉目、鲸目等。
科是微生物分类的下一个级别，科是对目下面的一类微生物进行划分。
在每个目下面都可以进一步划分为不同的科，比如在灵长目下面有人科、猿科、猴科等。
属是微生物分类的下一个级别，属是对科下面的一类微生物进行划分。
微生物的分类单元和命名
一、填空题
1.种以上的系统分类单元自上而下可依次分成7级：_____，______，______，_______，________，___________，_____________。
答案：界，门，纲，目，科，属，种
3.
一、简答
1.微生物分类学担负着那三项具体任务？
4.
5.
课程讲义资源（Word文档）、教学课件资源（PPT）、视频录像资源（视频录像）。
4.闵航（2005）：微生物学.浙江大学出版社
参考期刊：
微生物学报中国科学院微生物研究所；中国微生物学会主办
微生物学通报中国微生物学会；中国科学院微生物研究所主办
参考网址：
中国微生物信息网络hppt://159.226.80.1/chinese.html
中国微生物资源信息共享/sdinfo
中国微生物信息网络/
6
使用教材：
微生物学教程第3版周德庆主编高等教育出版社2011
参考书目：
1.沈萍主编，《微生物学》，高等教育出版社，2000；
2.沈萍、范秀容、李广武编，《微生物学实验》第3版，高等教育出版社，1999；
3.PrescottLM, Harley JP, and Klein DA. Microbiology (5th ed.), Higher education press and McGraw-Hill Companies, 2002.
微生物的分类单元和命名
1.
1.分类单位：界、门、纲、目、科、属、种。其中种是最基本的分类单位。亚种以下的分类名词有变种、型、菌株
2.命名：每一种微生物的学名都依属与种而命名，由两个拉丁字或希腊字或拉丁化的其他文字物的构造、形状、或由著名的科学家名字而来，用以描述微生物的主要特征。种名在后，用拉丁形容词表示，词首字母小写，为微生物的色素、形状、来源、病名或著名的科学家姓名等，用以描述微生物的次要特征。
微生物的分类与命名
微生物的分类与命名微生物是指以肉眼不可见的微小形态存在的生物体，包括细菌、真菌、病毒等多种类型。
对微生物进行分类与命名是为了方便对其进行研究和了解其特性。
本文将介绍微生物的分类与命名，包括细菌、真菌和病毒的分类方法及相应的命名规范。
一、细菌的分类与命名细菌是最常见的一类微生物，广泛存在于自然环境中。
细菌的分类主要基于形态、生理特性、生长条件、代谢方式等多个方面。
1. 形态分类根据细菌的形态特征，可以将其分为球菌（cocci）、杆菌（bacilli）、弧菌（vibrios）、螺旋菌（spirilla）等类型。
其中，球菌为球状或椭圆状，杆菌为长形或短杆状，弧菌为弧形，螺旋菌为螺旋形。
2. 生理特性分类细菌的生理特性也是分类的重要指标之一。
比如，光合细菌（photosynthetic bacteria）能利用光合作用合成有机物质，厌氧细菌（anaerobic bacteria）能在缺氧条件下生存和繁殖。
3. 生长条件分类根据细菌的生长条件不同，可以将其分为嗜热菌（thermophile）、嗜酸菌（acidophile）、嗜盐菌（halophile）等类型。
嗜热菌适应高温环境，嗜酸菌适应酸性环境，嗜盐菌适应高盐浓度环境。
细菌的命名通常遵循国际细菌命名法规定的规范。
该规范要求使用拉丁文或拉丁化的词根作为细菌的属名（genus），并加上表征特定种类的表名（specific epithet）。
例如，大肠杆菌（Escherichia coli）中，“Escherichia”为属名，“coli”为表名。
二、真菌的分类与命名真菌是一类具有真核细胞结构的微生物，包括酵母菌和霉菌等。
真菌根据其生活方式、营养特性和菌丝形态等进行分类。
1. 营养分类真菌的营养方式主要分为 saprophytes（腐生菌）和 parasites（寄生菌）。
腐生菌通过分解死物质为自己提供营养，寄生菌则寄生于其他寄主生物体上。
2. 菌丝形态分类真菌的菌丝形态也是分类的依据之一。
微生物的分类
微生物分类学（microbial taxonomy）是一门按微生物的等级关系把它们安排成条理清楚的各种分类单元或分类群（taxon）的科学。
它具体的任务有三即分类（classificontion）、鉴定（indentification）和命名（namendature）微生物的分类单位。
一、种以上的分类单位(一)七级分类单位1、界（kingdom）（拉：Regnum）2、门（Phylum）（拉：Phylum）或Division（拉：Divisio）3、纲（class）（拉：classis）4、目（order）（拉：order）5、科（Family）（拉：Family）6、属（Genus）（拉：Genus）7、种（Species）（拉：Species）(二)种的概念1、亚种（Subspecies, subsp., SSP.）2、变种（Variety, Var.）(三)型（form）(四)类群（group）(五)菌株（strain）(六)学名：按照《国际的菌命名法规》命名，国际学术具公认并通用的正式名字。
命名原则：双名法，由瑞典林奈氏（Linnaeus）提出的。
即：学名=属名+种名+首次定名人+现名定名人+定名年份。
1、属名：拉丁词、希腊词或拉丁化学的其它外来词所构成为名词。
表示该属的特征；有时可用人或地名。
2、种名：拉丁语中的形容词，也可用人名或地名表示。
3、亚种或多种：属名+种名+subsp或Var.+ 种（或复种）的加词。
4、某属中一个种或几个种时，属后加sp.或SPP. 微生物的分类系统。
二、原核生物分类系统（细菌、放线菌、蓝细菌，支原体、衣原体、立克次氏体等）《伯杰氏细菌鉴定手册》（Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology）（1923-1974的1-8版）《伯杰氏系统细菌学手册》（Bergey’s Manual of systematic Bocteriology, 1984）三、真菌的分类系统（酵母菌、霉菌、食用真菌、原生动物、薄类等）Ainswerth(1973)的分类系统。
微生物的命名规则
一、通用分类单元七级分类单元：界(kingdom)、门(phylum)、纲(class)、目(order)、科(family)、属(genus)、种(species)；必要时可在两级之间添加辅助单元，如亚门。
这七级分类单元的第一个字母必须大写，而且整个名称用正体字表示。
&例：子囊菌纲 Ascomycetes种：一个基本分类单位，是一大群表型特征高度相似、亲缘关系极其接近、与同属内其他种有着明显差异的菌株的总称。
新种：sp. Nov. 或 nov. sp.是species novel 的缩写，附在学名后。
二、学名俗名：普通的、通俗的、地区性的名字。
&例：用“结核杆菌”表示“结核分枝杆菌”。
学名：一个菌种的科学名称，是按照《国际细菌命名法则》命名的，国际学术界公认并通用的正式名字。
学名的命名：采用“双名制”的国际植物命名法则。
“双名制”是瑞典植物学家林奈（Linneaus）于1953年介绍的植物命名原则，该方法已广泛用于植物、动物、微生物的命名。
“双名制”是用两个拉丁文或拉丁化的其他文字组成的一个学名。
三、学名的命名方法学名由属名和种名组成，书写时：属名+种名；翻译时，种名在前，属名在后；印刷时，学名用斜体字；书写时，在学名下加一横线表示斜体字母。
&例：Aspergillusniger 或Aspergillus niger属名（曲霉）种名（黑）前后有两个或数个学名排在一起时，在属名相同的情况下，后一学名中的属名可缩写成一个大写字母加一句号的形式。
&例1：Bacillus（芽孢杆菌属）可缩写成B.&例2：若可能产生混淆，也可写成二至三个字母，如：Bac.属名：表示微生物的主要形态特征、生理特征或以研究者的人名表示。
单数，字首大写。
&例1：根霉属、毛霉属——形态特征&例2：丙酸杆菌属、乳酸杆菌属——生理特征+形态特征&例3：沙门氏杆菌属——研究者的人名 + 形态特征种名：说明微生物的颜色、形状、用途，有时用人名、地名、微生物寄生的宿主名称和致病的性质来表示。
环境工程微生物复习资料
环境工程微生物第一章绪论1、微生物的分类单位：从大到小，按界门纲目科属种等分类。
2、微生物的命名方法：二名法，即用两个拉丁文命名一个微生物的种。
这个种的名称由一个属名和一个种名组成。
（如枯草芽孢杆菌的名称是Bacillus subtilis Cohn 1872、变种Var（Variety））3、微生物的特点：✧体积微小，结构简单（多以μm表示，病毒以nm表示）；✧种类多、分类广（利用该特点，可以使处理系统中的污染物得以迅速降解）；✧代谢类型多，代谢强度大；✧繁殖快，数量多（我们可以将适合于处理各种污染物的微生物加以快速繁殖、增殖，使之达到所需的数量或浓度）；✧变异性强。
第二章环境中常见的微生物类群1、环境微生物三大类群：原核微生物、真核微生物、非细胞结构的病毒（看表2-1）2、原核微生物特点：由单细胞组成，仅有原始核和裸露的DNA，无核膜和核仁，没有与细胞器。
3、细菌四种基本形态：✧球状：直径0.5~2μm；✧杆状：长1~5μm、宽0.5~1μm；✧螺旋状：长5-50μm 、宽0.5~5μm；✧丝状。
影响细菌大小因素：菌龄、环境渗透压、代谢产物的积累、pH等。
4、细菌的基本结构、结构组成、功能基本结构：细胞壁、细胞膜、细胞质、核质体。
特殊结构：荚膜、鞭毛、菌毛、芽孢。
✧细胞壁：在体表最外层，坚韧而带有弹性的薄膜，主要成分为肽聚糖。
功能：①维持细菌的细胞形态；②保护原生质体免受渗透裂解；③阻止大分子物质进入细胞；④为鞭毛提供支点，使鞭毛运动。
革兰染色：革兰氏阳性菌（G+）-紫色，革兰氏阴性菌（G-）-红色（见图2-3）。
✧细胞膜：紧贴在细胞壁内侧，富有弹性的半透性薄膜，主要由磷脂和蛋白质组成。
形成磷脂双分子层。
功能：①控制细胞内外营养物质和代谢产物的运送和交换；②维持细胞内正常渗透压；③合成细胞壁和荚膜的场所；④进行氧化磷酸化或光合磷酸化的产能基地；⑤鞭毛的着生和生长点。
✧细胞质（原生质）及其内含物：细胞质：由蛋白质、核酸、多糖、脂类、无机盐和水组成。
《微生物学》第9章 微生物的分离与鉴定
微生物分类学（microbial taxonomy）是一门按微 生物间的亲缘关系将它们划分成条理清楚的各种分类单 元或分类群（taxon）的科学。
学习目的与要求
按微生物亲缘关系分群归类，了解其系统发生。 按照分类系统编制检索表（根据一种或一套特征作 为识别鉴定某种微生物的标准），在实际工作中，检 索表是鉴别具体某一菌种的依据。
至1994年出版第九版
1980年 书名改为《伯杰氏系统细菌学手册》 （Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology)简称
系统手册 2000年《系统手册》第二版分5卷发行
伯杰氏手册是目前进行细菌分类、鉴定的最 重要依据，其特点是描述非常详细，包括对细菌 各个属种的特征及进行鉴定所需做的实验的具体 方法。
2、三名法
苏云金芽孢杆菌蜡螟亚种
Bacillus thuringiensis (subsp) galleria
Bacillus sp.
Bacillus spp.
三、种以下的几个分类名词
1、亚种 一般是指某一明显而稳定的特征外，其余鉴
定特征都与模式种相同的种。 2、菌株 又称品系，它表示任何由一个独立分离的单
河南省博物院
河南省安阳市内黄县三杨庄汉代农耕村落遗址
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The end
（3）蛋白质水平
包括氨基酸序列分析、凝胶电泳和各种免疫标 记技术等。
（4）核酸水平
包 括 G+C mol% 值 的 测 定 、 核 酸 分 子 杂 交 ， 16S或18S rRNA寡核苷酸序列分析，重要基因 序列分析和全基因测序。
微生物的分类和命名
因为同一菌种的不同菌株在产酶上种类或代谢物产量上会有很大的不同和 差别！
② 亚种(subspecies）或变种(variety)：
公同的祖先
（1）古细菌原界（Archaebacteria) ，包括产甲烷细菌、极 端嗜盐菌和嗜热嗜酸菌； （2）真细菌原界（Eubacteria) ，包括蓝细菌和各种除古 细菌以外的其它原核生物； （3）真核生物原界（Eucaryotes），包括原生生物、真菌、 动物和植物。
古细菌、真细菌和真核生物的比较
1.2 微生物的命名
微生物的名字有俗名和学名两种。如：
红色面包霉———粗糙脉孢霉 绿脓杆菌———铜绿假单胞菌
学名—是微生物的科学名称，它是按照有关微生物分类国际委员 会拟定的法则命名的。学名由拉丁词、或拉丁化的外来词组成。 学名的命名有双名法和三名法两种。
①双名法：由二个拉丁字或希腊字或拉丁化了的其它文字组成， 一般用斜体表示
如：Escherichia coli 可缩写成 E.coli Staphylococcus aureus可缩写成 S. aureus
②三名法 用于对亚种的命名，这时在属和种名后加写一个subsp.， 然后再附上亚种名称（斜排体）。 如：
Bacillus thuringiensis subsp. galleria
科(Family)：内孢霉科
属(Genus)：酵母属 种(Species)：啤酒酵母
• 种（species）：是一个基本分类单位；是一大群表型特
征高度相似、亲缘关系极其接近，与同属内其他种有明显差别 的菌株的总称。
微生物种相关的几个基本概念
种名的加词
代表一个种的次要特征，由拉丁词、希腊词或拉丁 化的外来词组成 字首小写 形容词或名词 实际中，属名已确定，种名未定，其种的加词暂用 “sp.”表示，书写时正体 Bacillus sp. 一个尚未鉴定到种名的枯草芽孢杆菌 Bacillus spp. Spp. 是species复数的简写，表示一批 尚未鉴定到种名的枯草芽孢杆菌，或若干枯草芽孢 杆菌
3. 新种
权威性的分类、鉴定手册中从未记载过的一种新分 类并鉴定过的微生物 按法规命名发表时，应在其学名后附“sp. nov”或 “nov. sp.”是species nova 的缩写
在新种发表前，其模式菌株的培养物就应该存放在 一个永久性的菌种保藏机构中，并允许人们能得到
现代分类学上规定种内菌株DNA同源性70% 16S rDNA序列同源性低于97%
Escherichia coli (Migula) Castellani et Chalmers 1919 Bacillus subtilis (Ehrenberg) Cohn 1872 Mycobacterium tuberculosis (Zopf) Lehmann et Newmann 1896 Clostridium acetobutylicum McCoy, Fred, Peterson et Hastings 1926 Staphylococcus aureus Rosenbach 1884 Pseudomonas aeruginosa (Schroeter) Migula 1920
微生物分类鉴定中和种相关的几个概念
1. 微生物分类单位
Taxonomy Domain (域) Kingdom （界） Phylum (pl:Phyla) （门） Class （纲） Order （目） Family （科） Genus (pl: Genera) （属） Species (pl: Species)（种）
微生物的分类与命名
微生物的分类与命名以啤酒酵母为例，它在分类学上的地位是：界(Kindom)：真菌界门(Phyllum)：真菌门纲(Class)：子囊菌纲目(Order)：内孢霉目科(Family)：内孢霉科属(Genus)：酵母属种(Species)：啤酒酵母（一）、微生物的分类单位界、门、纲、目、科、属、种种是最基本的分类单位每一分类单位之后可有亚门、亚纲、亚目、亚科...种的概念定义：种是一个基本分类单位，是一大群表型特征高度相似、亲缘关系极其接近、与同属内其他种有明显差异的菌株的总称。
在微生物中，一个种只能用该种内的一个典型菌株作为具体标本，它就是该种的模式种。
新种：sp.nov.或nov. sp.，新被鉴定的种发表时应在其学名后标上sp.nov.的符号，新种发表前应将其模式菌株的培养物存放在一个永久性的保藏机构，并应允许人们从中取得。
1. 种（species）：是一个基本分类单位；是一大群表型特征高度相似、亲缘关系极其接近，与同属内其他种有明显差别的菌株的总称。
①菌株（strain）: 表示任何由一个独立分离的单细胞繁殖而成的纯种群体及其一切后代（起源于共同祖先并保持祖先特性的一组纯种后代菌群）。
因此，一种微生物的不同来源的纯培养物均可称为该菌种的一个菌株。
菌株强调的是遗传型纯的谱系。
例如：大肠埃希氏杆菌的两个菌株：Escherichia coli B 和Escherichia coli K12★菌株的表示法：★如果说种是分类学上的基本单位，那末菌株实际上是应用的基本单位，因为同一菌种的不同菌株在产酶上种类或代谢物产量上会有很大的不同和差别！微生物的分类单位-2②亚种(subspecies）或变种(variety)：为种内的再分类。
当某一个种内的不同菌株存在少数明显而稳定的变异特征或遗传形状，而又不足以区分成新种时，可以将这些菌株细分成两个或更多的小的分类单元——亚种。
变种是亚种的同义词，因“变种”一词易引起词义上的混淆，从1976年后，不在使用变种一词。
微生物分类与命名
是包膜 (envelope)外有棒状子粒 ,状如王冠
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常用的细菌分类术语
培养物（culture),是指一定时间一定空 间内微生物的细胞群或生长物。
菌株（strain)，从自然界分离得到的任 何一种微生物的纯培养物都可以称为微 生物的一个菌株；用实验方法（如通过 诱变）所获得的某一菌株的变异型，也 可以称为一个新的菌株，以便与原来的 菌株相区别。
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型（form或type),常指亚种以下的细分， 当同种或同亚种不同菌株之间的性状差 异，不足以分为心的亚种时，可以细分 为不同的型。
种（species),是生物分类中基本的分类 单元和分类等级。
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二. 微生物的命名
1.分类单元的命名 ⑴ 属名 属名用一个单数主格名词或当作名词用
2005年出版的《病毒分类：国际病毒分类委员会第八次 报告》，超过5450株病毒可以归类到3个病毒目、或73 个病毒科或73个病毒科、9个病毒亚科、287个病毒属、 1938个病毒种
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二、病毒的分类系统 1995年，由Murphy等整理发表了第六次病毒学分
类报告，将动物病毒分为三大类；第一类是DNA 病毒；第二类为DNA和RNA反录病毒；第三类是 RNA病毒。经过以后的几次修改和补充，2000年 出版了第7次分类报告，在部分科之上建立了3个 目，其中一个尾病毒目（Nidovirales），涉及噬菌 体，另2个目涉及动物病毒，分别是单负股病毒目 （Mononegavirales）和套式病毒目（Nidovirales）。 另外将卫星病毒、类病毒和朊病毒归在亚病毒类。 其中类病毒科的词尾为“viroidae”、属名词尾是 “viroid”。有关病毒分类与命名的现状详见表3-1。
微生物的分类和命名规则
微生物的分类和命名规则微生物是一类微小的生物体，包括细菌、真菌、病毒等。
正确分类和命名微生物对于研究其特性、功能以及与人类的关系至关重要。
本文将介绍微生物的分类和命名规则。
一、微生物的分类1. 界（kingdom）：微生物可以分为五个界，即细菌界（Bacteria）、病毒界（Viruses）、真菌界（Fungi）、古细菌界（Archaea）和原生动物界（Protista）。
2. 门（phylum）：每个界包含若干个门，用于进一步细分不同类型的微生物。
3. 纲（class）：门下又可以划分为若干个纲，纲是进一步划分微生物种类的方式之一。
4. 目（order）：在纲下，进一步的分类单位是目，用于确定微生物之间的更具体的关系。
5. 科（family）：目下面是科，科是微生物分类中的一个重要单位，进一步细化了微生物的分类。
6. 属（genus）：科下面是属，是对微生物进行更为具体的分类。
7. 种（species）：最具体的分类单位是种，常以拉丁学名表示，包含科学名称和命名者的缩写。
二、微生物的命名规则1. 拉丁化命名：微生物的种命名通常使用拉丁学名，以便在不同语言之间保持一致。
2. 属名+种加词：微生物的种名通常由属名和种加词组成，种加词通常是为了描述或特指某种微生物，或者以某个人的名字命名。
如大肠杆菌（Escherichia coli），其中“Escherichia”是属名，而“coli”是种加词。
3. 学名缩写：在科学文献中，为了方便引用，可以使用微生物的学名缩写，通常是属名的首字母缩写加上种加词的首字母缩写。
例如，大肠杆菌的学名缩写为E. coli。
4. 命名者的缩写：在微生物的拉丁学名中，通常会包含命名者的缩写，以表明该微生物是由哪位科学家首次发现并命名的。
5. 国际命名规则：微生物的命名受到国际命名规则的约束，以确保命名的准确性和一致性。
三、案例分析以细菌为例，某科学家发现了一种新的细菌，并决定对其进行分类和命名。
微生物的分类和命名法
微生物的分类和命名法微生物是一类非常特殊的生物体，在自然界中广泛存在，对环境生态和人类健康具有重要影响。
微生物的分类和命名法是对其进行科学归纳和命名的方法，以便于研究和交流。
本文将介绍微生物的分类原则和命名规则，以及这些方法在微生物学研究中的应用。
一、微生物的分类原则微生物的分类是基于其形态、生理特征、生态特征和遗传特征等方面进行的。
下面将介绍三个常用的微生物分类方法。
1. 形态分类法形态分类法是根据微生物的形态特征进行分类的方法。
仅限于通过直接观察和测量微生物形态特征的方法，如细胞形态、胞壁结构等。
常见的形态分类方法有鉴定微生物的颜色、大小、形状等。
2. 生理分类法生理分类法是以微生物的生理过程和生物化学代谢为基础进行分类的方法。
根据微生物对环境中有机物的利用方式、产生特定产品的能力、对气体需求等特征进行分类。
例如，将细菌分为革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌，根据其细胞的染色结果和细胞壁结构。
3. 分子生物学分类法分子生物学分类法是通过研究微生物的基因组、核酸序列、拷贝数和基因型等遗传特征进行分类的方法。
这种分类方法可以更准确地判断微生物的亲缘关系。
常用的分子生物学分类方法有基因测序、DNA指纹图谱等。
二、微生物的命名法微生物的命名法是对微生物进行分类命名的规则，包括属名和种名的命名规则。
下面将介绍微生物的命名法的基本原则和命名规则。
1. 命名法的基本原则微生物的命名法遵循国际野生菌学和细菌学委员会（International Code of Nomenclature for Algae, Fungi, and Plants）制定的规则。
该委员会根据科学共识和实际需要，制定了一系列命名法的基本原则，以确保微生物的命名规范和稳定。
2. 种名的命名规则微生物的种名是由属名和种加词（trivial epithet）组成。
种加词是用来描述微生物特征的词汇，通常用拉丁文或其它国际科学语言表示。
种名应尽量与已有的命名规则保持一致，既要具有描述特征的准确性，又要易于记忆和使用。
第七章 微生物的分类命名及鉴定.
其特点是随机的和非系统的。
2、数值分类法
又称表现型分类法。其原理是将多种分类依据如形态、着色性、 有无鞭毛和芽孢、生化反应、营养需要及致病性等全部等同编号， 并将全部数据输入计算机，进行运算和比较，从数字角度来计算细 菌间的相似值，从而确定各种细菌间的亲缘关系。即将拟分类的细 菌按其性状相似程度归类定位。其特点是采用多项分类依据。
菌株
是不同来源的某一种细菌的纯培养物。同一种细菌可以有许多菌株，其主 要性状应完全相同，其次要性状可稍有差异。
(三) 细菌的分类方法
1、传统分类法
该方法是采用传统的双歧法进行分类，即主要依据形态特征，
其次是生理生化特征，然后在细菌的各种性状中，选择一项或数 项被认为是最主要的基本性质，作为分类指征，在最高一级的分 类等阶上将细菌分成若干类别；然后在这些类别中选择数项次要 性状为指征，将细菌作次一等阶分类，依此类推，一直划分到种。
及蓝细菌、紫色光合细菌等。
(二) 细菌分类单元
细菌分类单位和动植物一样,也有纲、目、科、属、种，种是最基本的分 类单元，其次是属。
属
是具有共性的若干种的组合，应与其他属有明显的差异。不同属之间的 16SrRnA序列有较大的差异，但尚未提出差异的量化标准。
种
是微生物学分类的最基本单元，种可认为是一群性质相似的菌株，它 与其他菌株群体有明显差异。凡是16SrRNA序列同源性大于 97%的两株细菌 即可确定为同一种。
形 态 学 检 查
病 原 学 检 查
血 清 学 检 查
报告鉴定结果
（二）细菌的分离与鉴定
1、病料的采集
正确采集病料是细菌分离鉴定的重要环节。采集病料时力求在濒死时或 死后数小时内无菌或尽量减少杂菌污染进行采集。通常可根据所怀疑病的类型 和特性来决定采取哪些器官或组织的病料。一般要求采取病原微生物含量多、 病变明显的部位，同时易于采取，易于保存和运送。如果缺乏临诊资料，剖检 时又难于分析诊断可能属何种病时，应比较全面地取材，例如血液、肝、脾、 肺、肾、脑和淋巴结等，同时要注意带有病变的部分，如怀疑炭疽,则非必要 时不准作尸体剖检。
微生物的分类与命名
微生物的分类与命名微生物广泛存在于我们周围的环境中，是生命中极为重要的一部分。
而微生物的分类与命名则是研究微生物领域的基础知识之一。
本文将介绍微生物的分类与命名的相关知识，帮助读者更好地了解微生物的世界。
一、微生物的分类微生物按照其形态特征和生长习性可以分为原核生物和真核生物两大类。
原核生物又可以分为细菌和古细菌两个域，真核生物包括原生动物、酵母菌、霉菌和藻类等多个类群。
细菌是一类普遍存在于自然界中的微生物，具有单细胞结构和简单的细胞结构。
古细菌则是生命的三大域之一，具有相对特殊的生存环境和适应特性。
二、微生物的命名微生物的命名主要遵循国际微生物命名法规定的规范。
微生物按照属、种的分类顺序进行命名，例如：大肠杆菌属(Escherichia)大肠杆菌种(E.coli)。
在微生物的命名中，拉丁或希腊语是最常用的命名语言，以确保不同国家和地区都可以明确理解。
此外，微生物的命名还要遵循唯一性原则，确保每个微生物种类的名称都是独一无二的。
三、微生物的分类与命名的意义微生物的分类与命名不仅有助于科学家更好地理解和研究微生物的多样性和进化历史，也为微生物在医学、农业和环境等领域的应用提供了重要依据。
通过对微生物的分类与命名，我们可以更好地认识微生物的特性和功能，推动微生物学领域的研究和发展。
总结：微生物的分类与命名是微生物学研究的基础，通过了解微生物的分类体系和命名规范，我们可以更好地理解微生物的多样性和重要性。
希望本文能帮助读者更好地了解微生物的分类与命名知识，促进微生物学领域的学术研究和应用发展。
微生物的分类
型（Type）：亚种以下的细分。当同种或同亚
种不同菌株之间的性状差异，不足以分为新的亚 种时，可细分为不同的型。如血清型、噬菌型、 致病型、生物型、形态型等。
菌株（Strain）：从自然界中分离得到的任何
一种微生物的纯培养物。又叫品系。 菌株是微生物分类和研究工作中最基础的操作实体
培养物：一定时间一定空间内微生物的细胞群或生长物，如 微生物的斜面培养物、摇瓶培养物。
群（Group）：
指微生物的一个种在生长繁殖过程中，可 能变异形成另外的种及一些过渡类型的变 种，把这些亲缘关系比较近的菌种，统称 为群。如大肠菌群。
属（Genus）：
具有某些共同特征或密切相关的种归为一 个高一级的分类单元，称之属。以此类推 归为科、目、纲、门、界。
由于微生物分类单元的划分缺乏一个易于操作的统一
GC% 、核酸分子杂交、 rRNA序列相似 DNA遗传特征 性、微生物全基因组序列
（1） GC含量分析
DNA碱基对的序列、数量和比例是稳定的。 (G+C) mol% = （G+C）/（A+T+ G+C ）× 100% 分类学上，用G+C占全部碱基的克分子百分数来表 示各类生物的DNA碱基组成特征。
Staphylococcus aureus Rosenbach 1884
葡萄球菌属 金黄色 人名 时间
（3）三名法
有亚种或变种时，学名由“三名法”构成 学名=属名 + 种名加词 + subsp. 或 var. + 亚种或变种的加词 斜 体 正体（可省略） 斜体（不可省略）
Alcaligenes
属名
denitrificans
标准，为了减少因采用不同标准界定分类单元所造成 的混乱，微生物系统分类也采用“模式概念”
微生物的分类单位
微生物的分类单位生物最基本的分类单位从上到下是：种（species→属（genns）→科（family）→目（order）→纲（class）→门（phyllum）等。
门、纲、目、科、属名的字首字母要大写，除属名外不印成斜体字。
属、种名印刷用斜体字下划线。
如：酿酒酵母在分类系统中的归属情况为门：真菌门Eumycophyta纲：子囊菌纲Ascomyeetes亚纲：原子囊菌亚纲Protoascomycetes目：内孢霉目Endomyctales科：内孢霉科Endomycetaceae亚科：酵母亚科Sacchromycetoideae属：酵母属Sacchromyces种：酿酒酵母S.cerevisiae Hansen微生物的命名，与其他生物一样，采用国际上通用的双名法，学名通常由一个属名加一个种的加词构成。
出现在分类学文献中的学名，往往还加上首次定名人（外加括号）、现名定人和现名定名年份，但在一般使用时，这几个部分总是省略的。
例如，由Ehrenberg于1838年定名为Vibrio subtilis（枯草弧菌）的细菌，到1872年，Cohn发现弧状不是该菌的特征，它的特征是杆状具芽孢，故将它转到芽孢杆菌属，称为枯草芽孢杆菌（简称枯草杆菌），其学名为Bacillus subtilis （Ehrenberg）Cohn1872.再如，可使许多科的植物生肿瘤的土壤杆菌属细菌称为根癌土壤菌，学名为Agrobacterium tumefaciens（Smith&Townsend）Conn1972；寄居于温血动物肠道下部的埃希氏菌属细菌称为大肠埃希氏菌（简称大肠杆菌），其学名为Excherichia coli（Migula）Castellani&Chalmers1919；葡萄球菌属呈金黄色葡萄球菌，学名为Staphylococcus aureus Rosenbach1884；呈铜绿色的假单胞菌（即绿脓杆菌）学名为Pseusomonas aeruginosa（Schroeter）Migula1920.有时，从自然界分离到的某一微生物纯种，与典型的特征不完全符合，而不相符的这一特性又是稳定的，则将这种微生物称为典型种的变种（variety，简称var）。
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微生物的分类单位及命名
1．微生物的分类单位
传统的微生物分类是按界、门、纲、目、科、属、种分类。
有的在科属之间分族，或在属下分亚属。
(1)种(species)种是微生物分类中最基本的分类单位，是微生物进化的特定阶段。
种代表一群在形态上、生理特性和组成成分上彼此十分相似或彼此性状差异微小的个体。
同
种的生物体由于环境条件的变化，从而在生态特征、生理特性方面发生了一些极微小的差异。
但是他们总的特性还是一致的。
(2)变种(varieties或缩写成var) 变种即同一菌种之间有一定差异的一群个体。
凡一个微生物的某种特性出现了明显改变，与“典型种”所描述的某一特性不同，而其余特性义完全符合，若这一变异特性又是较稳定的，则这种变异了的菌种称变种。
例如有一种芽孢杆菌，除了在酪氨酸培养基上产生黑色素这一特性不同于典型的枯草芽孢杆菌(上bacillus sub-tilis)外，其余特性完全符合。
那么这种芽孢杆菌，即称为枯草芽孢杆菌黑色变种(Bacillus sub-tilis uar．niger)。
(3)小种或亚种(subspecies) 微生物学中把实验室所获得的变异型称为小种或亚种。
例如大肠杆菌(E.coli)野生型的一个品系“K12”，“K12”是不需要某种氨基酸的，通过实验室人工诱变•可以从Kl!中获得必需某种氨基酸的营养缺陷型，这种缺陷型菌种称为Kt 2的亚种或(营养)小种。
(4)型(types) “型”常被用于变种以下的细分类。
在同一种的若干细菌中，他们之间有许多特性难以区分，要区分他们仅反映在某种特殊的形状上。
如根据抗原结构不同可分为不同血清型。
对噬菌体或细菌素敏感性的不同，可分成多种噬菌体型或细菌素型。
(5)菌株或品系(strains) 是指不同来源的相同种(或型)。
因此，从自然界中分离到的每一个微生物纯粹培养都可以称为一个菌株和品系。
为方便起见，菌株常用数字、地名或符号来表示。
例如生产蛋白酶的是枯草杆菌1398，而生产淀粉酶的是枯草杆菌7628。
(6)群(group) 微生物在进化过程中，由一个种变成另外一个种，期间要产生一--系列的过渡类型•所以自然界中有些微生物种类的特征介于两种微生物之间．彼此之间难以严格区分开来，这两种微生物和介于它们之间的种类统称为
4"群”。
如大肠杆菌和产气杆菌两个种的区别是明显的，但自然界还存在着许多介于这两种细菌之间的中间类型，人们就把大肠杆菌和产气杆菌以及介于他们之间的中间类型统称为大肠杆菌群。
2．微生物命名法
微生物的名称有两种：一种是俗名或代号；另一种为学名，即国际名称。
前者反映了同一种微生物在不同地区或国家有不同的名字，即使在同一国家也可以有许多不同的名字，因此，极易造成混乱，不利于国际学术的交流。
而后者是国际统一采用的。
他是按瑞典生物学家林耐(Linnaeus)于1953年所创立的“双名法”(属名在前，种名在后)来定名的。
由两个拉丁字或希腊字或者托丁化的其他文字组成。
有时在种名后还附有命名者的姓，用以消除出现“同物异名”或“同名异物”之类的误解。
属名是拉丁字的名词．字首字母要大写．用以描述微生物的主要特征。
种名用的是一个拉丁字形容词或名称所有格，用以描述次要特征．但有时属名或种名也用人名或地名表示。
在学名之后有时还要附命名人的姓和年代。
如金黄色葡萄球菌的学名Staphylococcus aureus Rosenbach1939。
Staphylococcus是属名，即葡萄球菌属，“ aureus”一是一个拉丁字的形容词，是金黄色的意思，Rosenbach是命名人的姓。
有时只泛指某一属的微生物而不是特指某一具体种或没有种名时，可在属名后面加sp．(species的单数)或spp．(复数)表示。
如果当初所定的学名，后来经人改过．则在学名后括号内注明首先发现该菌的人．然后将改正人的姓写在后面。
如：枯草(芽孢)杆菌应写为Bacillus subyilis(Ehrenbery)Cohn1872.。
为了简明，一般允许只写学名而将人名、年代省略。
在印刷时，属及以下学名要用斜体字。