英皇考级术语(带解释).doc
2014
Adagio[意]慢
dolce [意]甜蜜的，温柔
sf/sfz [意]重音
Langsam [德]缓慢地
> 强音区别于渐弱
grazioso [意]优雅的，优美的
Scherzando（scherzoso）[意]幽默，诙谐的Allegretto ma non troppo [意]稍快，但不太过分
Vivace [意]快速，有生气地
Leggiero [意] 轻巧、灵活、敏捷地
由最低音开始，一音接一音快速地奏出和弦
2013
Allegretto [意]稍快/小快板
Adagio[意]慢
ritard./ rit. [意]逐渐减慢
teneramente /(tenerezza ) [意]温柔
zart [德]纤细地，温柔地
bewegt [德]富动感的
sempre espressivo [意] 持续地富有表情的
ad lib./ ad libitum [意]可以自由地演奏一个乐段
con sord.（/sordini ）使用弱音器
Senza ped. （pedal）[意]取消使用踏板
pizzicato拨弦
rf/rfz 强有力地
重复记号
da capo(或D.C.)由乐曲开端起重复；dal segno（或D.S.）由符号起重复解释┌─5─┐（在一个？音符的时值内平均演奏五个音）的意思8va─┐升高一个八度演奏
8va___│降低一个八度演奏
P.____│(或Leo *)踏下/放开右边踏板
Poco meno mosso [意]稍慢一点点
（稍较少动感）
2012
ten. (tenuto的缩写) [意]音符以十足时值奏出
Andante [意]中等速度（像走路一般的速度）
cantabile [意]如歌地
dolce [意]甜蜜的，温柔
grazioso [意]优雅的，优美的
Etwas [德] 有点儿，颇为
Schnell[德] =geschwind 快速的
con sord. [意]使用弱音器
Pizzicato （pizz.）[意]弦乐器拨奏——arco用弓拉
由最低音开始，一音接一音快速地奏出和弦
Alla marcia [意]进行曲风格
=100 演奏的速度是每分钟100个四分音符
8va─┐高八度演奏以下音符
2011
Adagio ma non tanto [意]慢，但不过分
Allegro ma non troppo [意]快，但不太过分
Andante[意]中等速度（像走路一般的速度）
Massig[德]中等速度
Lebhafe[德]有生气的
Langsam [德]缓慢地
Schnell [德]快速的
Retenu[法]踌躇，退缩（en retenu 速度稍减慢）
Legerement [法]轻巧的（[意]leggiero 轻巧、灵活、敏捷地）
poco rit. [意]稍许渐慢
Adagio[意]慢
Sempre（或sostenuto）pp[意] 持续地，很弱（地演奏）
8va─┐高八度演奏以下音符
2010
解释┌─5─┐（在一个？音符的时值内平均演奏五个音）的意思Doloroso (dolore ) [意] 悲痛的
con sord.（/sordini ）[意] 使用弱音器
小提琴声部的标记落弓
Moderato [意] 中庸的速度
Grazioso[意] 优雅地
Giocoso [意]欢乐地，嬉戏的
从头开始反复弹奏一遍
Allegro animato [意]快速的精神地
sf/sfz [意]重音
Legato [意]圆滑地
Cantabile [意]如歌地
Rubato [意]稍微自由的拍子
Langsam [德]缓慢地
tempo rubato [意]弹性速度/稍位自由的拍子
Molto Allegro，vivace 很快，有生气地
vif有生气地
Assez vite [法]足够的快速地
2009
Scherzando（scherzoso）[意]幽默，诙谐的
Allegro con brio [意]快，（且）有活力的
Lento assai [意]很慢
Sotto voce[意] 用轻声地（演奏/唱）
Con moto [意]有动感的
Allegretto grazioso[意]稍快，优雅地
从头开始反复弹奏一遍
小提琴声部的标记落弓
Etwas lebhaft[德] 颇为有生气的
解释三连音，以一个八分音符的时值平均演奏3个十六分音符
2008
Scherzando（scherzoso）[意]幽默，诙谐地
Cantabile assai [意]非常如歌地
Adagio[意]慢
Etwas lebhaft[德] 颇为有生气的
或延音记号
=80 演奏的速度是每分钟80个八分音符
解释┌─6─┐六连音，以______音符的时值，演奏六个____分音符。
由最低音开始，一音接一音快速地奏出和弦
simile（缩写为sim.）[意]同样地，按照以前的方式演奏
staccato/stacc.[意] 断奏
piano（缩写为p）[意]弱，轻
pianissimo（缩写为pp或piamiss.）[意]十分弱，十分轻
mezzo[意]半，一半
mezzo forte（缩写为mf）中强
mezzo piano（缩写为mp）中弱
基因中常见的名词解释
基因组拼接中常见的名词解释 Read：高通量测序平台产生的序列就称为reads。 Contig：拼接软件基于reads之间的overlap区，拼接获得的序列称为Contig （重叠群）。 Scaffold：基因组de novo测序，通过reads拼接获得Contigs后，往往还需要构建454 Paired-end库或Illumina Mate-pair库，以获得一定大小片段（如3Kb、6Kb、10Kb、20Kb）两端的序列。基于这些序列，可以确定一些Contig之间的顺序关系，这些先后顺序已知的Contigs组成Scaffold。 Contig N50：Reads拼接后会获得一些不同长度的Contigs。将所有的Contig 长度相加，能获得一个Contig总长度。然后将所有的Contigs按照从长到短进行排序，如获得Contig 1，Contig 2，Contig 3...………Contig 25。将Contig按照这个顺序依次相加，当相加的长度达到Contig总长度的一半时，最后一个加上的Contig长度即为Contig N50。举例：Contig 1+Contig 2+ Contig 3 +Contig 4=Contig总长度*1/2时，Contig 4的长度即为Contig N50。Contig N50可以作为基因组拼接的结果好坏的一个判断标准。 Scaffold N50：Scaffold N50与Contig N50的定义类似。Contigs拼接组装获得一些不同长度的Scaffolds。将所有的Scaffold长度相加，能获得一个Scaffold 总长度。然后将所有的Scaffolds按照从长到短进行排序，如获得Scaffold 1，Scaffold 2，Scaffold 3...………Scaffold 25。将Scaffold按照这个顺序依次相加，当相加的长度达到Scaffold总长度的一半时，最后一个加上的Scaffold长度即为Scaffold N50。举例：Scaffold 1+Scaffold 2+ Scaffold 3 +Scaffold 4 +Scaffold 5=Scaffold总长度*1/2时，Scaffold 5的长度即为Scaffold N50。Scaffold N50可以作为基因组拼接的结果好坏的一个判断标准。 测序深度和覆盖度： 测序深度是指测序得到的总碱基数与待测基因组大小的比值。假设一个基因大小为2M，测序深度为10X，那么获得的总数据量为20M。 覆盖度是指测序获得的序列占整个基因组的比例。由于基因组中的高GC、重复序列等复杂结构的存在，测序最终拼接组装获得的序列往往无法覆盖有所的区域，这部分没有获得的区域就称为Gap。例如一个细菌基因组测序，覆盖度是98%，那么还有2%的序列区域是没有通过测序获得的。
语料库术语中英对照
Aboutness 所言之事 Absolute frequency 绝对频数 Alignment (of parallel texts) （平行或对应）语料的对齐 Alphanumeric 字母数字类的 Annotate 标注（动词） Annotation 标注（名词） Annotation scheme 标注方案 ANSI/American National Standards Institute 美国国家标准学会 ASCII/American Standard Code for Information Exchange 美国信息交换标准码Associate (of keywords) （主题词的）联想词 AWL/Academic word list 学术词表 Balanced corpus 平衡语料库 Base list 底表、基础词表 Bigram 二元组、二元序列、二元结构 Bi-hapax 两次词 Bilingual corpus 双语语料库 CA/Contrastive Analysis 对比分析 Case-sensitive 大小写敏感、区分大小写 Chi-square (χ2) test 卡方检验 Chunk 词块 CIA/Contrastive Interlanguage Analysis 中介语对比分析 CLAWS/Constituent Likelihood Automatic Word-tagging System CLAWS词性赋码系统Clean text policy 干净文本原则 Cluster 词簇、词丛 Colligation 类联接、类连接、类联结 Collocate n./v. 搭配词；搭配 Collocability 搭配强度、搭配力 Collocation 搭配、词语搭配 Collocational strength 搭配强度 Collocational framework/frame 搭配框架 Comparable corpora 类比语料库、可比语料库 ConcGram 同现词列、框合结构 Concordance (line) 索引（行） Concordance plot （索引）词图 Concordancer 索引工具 Concordancing 索引生成、索引分析 Context 语境、上下文 Context word 语境词 Contingency table 连列表、联列表、列连表、列联表 Co-occurrence/Co-occurring 共现 Corpora 语料库（复数） Corpus Linguistics 语料库语言学 Corpus 语料库 Corpus-based 基于语料库的
高通量测序常用名词解释
什么是高通量测序？ 高通量测序技术（High-throughput sequencing，HTS）是对传统Sanger测序（称为一代测序技术）革命性的改变, 一次对几十万到几百万条核酸分子进行序列测定, 因此在有些文献中称其为下一代测序技术(next generation sequencing，NGS )足见其划时代的改变, 同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能, 所以又被称为深度测序(Deep sequencing)。 什么是Sanger法测序（一代测序） Sanger法测序利用一种DNA聚合酶来延伸结合在待定序列模板上的引物。直到掺入一种链终止核苷酸为止。每一次序列测定由一套四个单独的反应构成，每个反应含有所有四种脱氧核苷酸三磷酸(dNTP)，并混入限量的一种不同的双脱氧核苷三磷酸(ddNTP)。由于ddNTP 缺乏延伸所需要的3-OH基团，使延长的寡聚核苷酸选择性地在G、A、T或C处终止。终止点由反应中相应的双脱氧而定。每一种dNTPs和ddNTPs的相对浓度可以调整，使反应得到一组长几百至几千碱基的链终止产物。它们具有共同的起始点，但终止在不同的的核苷酸上，可通过高分辨率变性凝胶电泳分离大小不同的片段，凝胶处理后可用X-光胶片放射自显影或非同位素标记进行检测。 什么是基因组重测序（Genome Re-sequencing） 全基因组重测序是对基因组序列已知的个体进行基因组测序，并在个体或群体水平上进行差异性分析的方法。随着基因组测序成本的不断降低，人类疾病的致病突变研究由外显子区域扩大到全基因组范围。通过构建不同长度的插入片段文库和短序列、双末端测序相结合的策略进行高通量测序，实现在全基因组水平上检测疾病关联的常见、低频、甚至是罕见的突变位点，以及结构变异等，具有重大的科研和产业价值。 什么是de novo测序 de novo测序也称为从头测序：其不需要任何现有的序列资料就可以对某个物种进行测序，利用生物信息学分析手段对序列进行拼接，组装，从而获得该物种的基因组图谱。获得一个物种的全基因组序列是加快对此物种了解的重要捷径。随着新一代测序技术的飞速发展，基因组测序所需的成本和时间较传统技术都大大降低，大规模基因组测序渐入佳境，基因组学研究也迎来新的发展契机和革命性突破。利用新一代高通量、高效率测序技术以及强大的生物信息分析能力，可以高效、低成本地测定并分析所有生物的基因组序列。 什么是外显子测序（whole exon sequencing） 外显子组测序是指利用序列捕获技术将全基因组外显子区域DNA捕捉并富集后进行高通量测序的基因组分析方法。外显子测序相对于基因组重测序成本较低，对研究已知基因的SNP、Indel等具有较大的优势，但无法研究基因组结构变异如染色体断裂重组等。 什么是mRNA测序（RNA-seq） 转录组学（transcriptomics）是在基因组学后新兴的一门学科，即研究特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA（包括mRNA和非编码RNA）的类型与拷贝数。Illumina 提供的mRNA测序技术可在整个mRNA领域进行各种相关研究和新的发现。mRNA测序不对引物或探针进行设计，可自由提供关于转录的客观和权威信息。研究人员仅需要一次试验即可快速生成完整的poly-A尾的RNA完整序列信息，并分析基因表达、cSNP、全新的转录、全新异构体、剪接位点、等位基因特异性表达和罕见转录等最全面的转录组信息。简单的样
转录组学主要技术与应用研究
转录组学主要技术及其应用研究 姓名：梁迪 专业：微生物学 年级：2013 学号：3130179 二零一四年六月十五日
转录学主要技术及其应用研究 摘要：转录组(transcriptome)是特定组织或细胞在某一发育阶段或功能状态下转录出来的所有RNA的集合。转录组学研究能够从整体水平研究基因功能以及基因结构，揭示特定生物学过程以及疾病发生过程中的分子机理。目前，转录组学研究技术主要包括两种：基于杂交技术的微阵列技术（microarray)和基于测序技术的转录组测序技术，包括表达序列标签技术（Expression Sequence Tags Technology，EST）、基因表达系列分析技术（Serial analysis of gene expression，SAGE）、大规模平行测序技术（Massively parallel signature sequencing，MPSS）、以及RNA 测序技术（RNA sequencing，RNA-seq）。文章主要介绍了以上转录组学主要研究技术的原理、技术特点及其应用，并就这些技术面临的挑战和未来发展前景进行了讨论，为其今后的研究与应用提供参考。 关键词：转录组学；微阵列技术；转录组测序技术；应用 Study on the main technologies of transcriptomics and their application Abstract: The transcriptome is the complete set of transcripts for certain type of cells or tissues in a specific developmental stage or physiological condition. Transcriptome analysis can provide a comprehensive understanding of molecularmechanisms involved in specific biological processes and diseases from the information on gene structure and function. Currently, transcriptomics technology mainly includes microarry -based on hybridization technology and transcriptome sequencing-based on sequencing technology, involving Expression sequence tags technology, Serial analysis of gene expression, Massively parallel signature sequencing and RNA sequencing. The detailed principles, technical characteristics and applications of the main transcriptomics technologies are reviewed here, and the challenges and application potentials of these technologies in the future are also discussed. This will present the useful information for other researchers. Keywords: transcriptomics ; microarray ; transcriptome sequencing; application 随着后基因组时代的到来，转录组学、蛋白质组学、代谢组学等各种组学技术相继出现，其中转 录组学是率先发展起来以及应用最广泛的技术[1]。
高通量测序 名词解释
高通量测序基础知识汇总 一代测序技术：即传统的Sanger测序法，Sanger法是根据核苷酸在待定序列模板上的引物点开始，随机在某一个特定的碱基处终止，并且在每个碱基后面进行荧光标记，产生以A、T、C、G结束的四组不同长度的一系列核苷酸，每一次序列测定由一套四个单独的反应构成，每个反应含有所有四种脱氧核苷酸三磷酸(dNTP)，并混入限量的一种不同的双脱氧核苷三磷酸(ddNTP)。由于ddNTP缺乏延伸所需要的3-OH 基团，使延长的寡聚核苷酸选择性地在G、A、T或C处终止，使反应得到一组长几百至几千碱基的链终止产物。它们具有共同的起始点，但终止在不同的的核苷酸上，可通过高分辨率变性凝胶电泳分离大小不同的片段，通过检测得到DNA碱基序列。 二代测序技术：next generation sequencing（NGS）又称为高通量测序技术，与传统测序相比，二代测序技术可以一次对几十万到几百万条核酸分子同时进行序列测定，从而使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能，所以又被称为深度测序（Deep sequencing）。NGS主要的平台有Roche（454 & 454+），Illumina（HiSeq 2000/2500、GA IIx、MiSeq），ABI SOLiD等。 基因：Gene，是遗传的物质基础，是DNA或RNA分子上具有遗传信息的特定核苷酸序列。基因通过复制把遗传信息传递给下一代，使后代出现与亲代相似的性状。 DNA：Deoxyribonucleic acid，脱氧核糖核酸，一个脱氧核苷酸分子由三部分组成：含氮碱基、脱氧核糖、磷酸。脱氧核糖核酸通过3',5'-磷酸二酯键按一定的顺序彼此相连构成长链，即DNA链，DNA链上特定的核苷酸序列包含有生物的遗传信息，是绝大部分生物遗传信息的载体。
(完整版)测序常用名词解释整理
高通量测序领域常用名词解释大全 什么是高通量测序？ 高通量测序技术（High-throughput sequencing，HTS）是对传统Sanger测序（称为一代测序技术）革命性的改变, 一次对几十万到几百万条核酸分子进行序列测定, 因此在有些文献中称其为下一代测序技术(next generation sequencing，NGS )足见其划时代的改变, 同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能, 所以又被称为深度测序(Deep sequencing)。 什么是Sanger法测序（一代测序） Sanger法测序利用一种DNA聚合酶来延伸结合在待定序列模板上的引物。直到掺入一种链终止核苷酸为止。每一次序列测定由一套四个单独的反应构成，每个反应含有所有四种脱氧核苷酸三磷酸(dNTP)，并混入限量的一种不同的双脱氧核苷三磷酸(ddNTP)。由于ddNTP缺乏延伸所需要的3-OH基团，使延长的寡聚核苷酸选择性地在G、A、T或C处终止。终止点由反应中相应的双脱氧而定。每一种dNTPs和ddNTPs的相对浓度可以调整，使反应得到一组长几百至几千碱基的链终止产物。它们具有共同的起始点，但终止在不同的的核苷酸上，可通过高分辨率变性凝胶电泳分离大小不同的片段，凝胶处理后可用X-光胶片放射自显影或非同位素标记进行检测。
什么是基因组重测序（Genome Re-sequencing） 全基因组重测序是对基因组序列已知的个体进行基因组测序，并在个体或群体水平上进行差异性分析的方法。随着基因组测序成本的不断降低，人类疾病的致病突变研究由外显子区域扩大到全基因组范围。通过构建不同长度的插入片段文库和短序列、双末端测序相结合的策略进行高通量测序，实现在全基因组水平上检测疾病关联的常见、低频、甚至是罕见的突变位点，以及结构变异等，具有重大的科研和产业价值。 什么是de novo测序 de novo测序也称为从头测序：其不需要任何现有的序列资料就可以对某个物种进行测序，利用生物信息学分析手段对序列进行拼接，组装，从而获得该物种的基因组图谱。获得一个物种的全基因组序列是加快对此物种了解的重要捷径。随着新一代测序技术的飞速发展，基因组测序所需的成本和时间较传统技术都大大降低，大规模基因组测序渐入佳境，基因组学研究也迎来新的发展契机和革命性突破。利用新一代高通量、高效率测序技术以及强大的生物信息分析能力，可以高效、低成本地测定并分析所有生物的基因组序列。
转录组测序技术的应用及发展综述
转录组测序技术的应用及发展综述 摘要：转录组测序（RNA-Seq）作为一种新的高效、快捷的转录组研究手段正在改变着人们对转录组的认识。RNA-Seq利用高通量测序技术对组织或细胞中所有RNA 反转录而成cDNA文库进行测序，通过统计相关读段(reads)数计算出不同RNA的表达量，发现新的转录本；如果有基因组参考序列，可以把转录本映射回基因组，确定转录本位置、剪切情况等更为全面的遗传信息，已广泛应用于生物学研究、医学研究、临床研究和药物研发等。文章主要比较近年来转录组研究的几种方法和几种RNA-Seq的研究平台，着重介绍RNA-Seq的原理、用途、步骤和生物信息学分析，并就RNA-Seq技术面临的挑战和未来发展前景进行了讨论及在相关领域的应用等内容，为今后该技术的研究与应用提供参考。 关键词: RNA-Seq；原理应用；方法；挑战；发展前景 Abstract：Transcriptome sequencing (RNA-Seq) is a kind of high efficiency, quick transcriptome research methods are changing our understanding of transcriptome. RNA-Seq to use high-throughput sequencing of tissues or cells of all RNA reverse transcription into cDNA library were sequenced, through statistical correlation read paragraph (reads) numbers were calculated from the expression of different RNA transcripts, find new; if the genome reference sequence, the transcripts mapped to genomic, determine the position of the transcription shear condition, more genetic information, has been widely used in biological research, medical research, clinical research and drug development. This paper compared several methods of platform transcriptome studies and several kinds of RNA-Seq in recent years, RNA-Seq focuses on the principle, purpose, steps and bioinformatics analysis, and discusses the RNA-Seq technology challenges and future development prospect and the application in related field and other content, provide the reference for the research and application of the technology future. Key word：RNA-Seq ;application; principle; method; challenge; development prospects
语料库简单dye 第二讲
2008/7/31 语料库简单DIY 第二讲语料库软件初探-- 语料库软件初探--MonoConcPro 2.2 本软件是Athelstan开发小组https://www.360docs.net/doc/0c669959.html,/ ，于1996年开发的语料库比较检索工具。目前，我的服务器上提供学术性下载，下载地址： http://vu.flare.hiroshima-u.ac.jp/whistle/corpus/MoconcPro2. 2.rar （本软件为学术交流使用，所有权归本软件开发小组所有，一切商务性盈利目的的违法使用，所带来的连带责任关系与本人及本论坛无关。请慎重下载，小心使用！！！） 功能介绍： 软件主界 面 基本功能: MonoConc Pro 2.2 的软件界面比较简单。适合语料库初学者和初级研究人员使用。 本软件据作者的研究，其内部主核使用UTF-8编码，基本支持欧洲几种主要语言。当然，其主要的应用领域还是针对英语。本软件主要处理的文本素材是以TXT结尾的记事本文件，当然，本软件还可以导入RTF文档和其他格式的操作系统默认文档格式。不过，从DIY的角度来说，我们自己收集到的语料，为了免除格式，字体，行距等等文本要求，最好全部使用TXT文档，方便，省
事！用了都说好！（谁用谁知道） 我们按照自己的研究目的，研究方向，收集我们所需要的语料素材，具体的收集方法因人而异。可以从报纸杂志的电子文文档上直接下载，也可以从网站上直接下载整理好的TXT版本的小说，资料素材等，还可以直接从各大语料库中检索需要的语用素材，然后拷贝粘贴到TXT文本中。由于MonoConc Pro 强大的跨文档处理系统，一次可以同时导入多个TXT文档进行比较处理，所以我们可以把文章或者资料按照自己喜好的分类标准进行分类，然后存成不同的TXT文件名。检索的时候，只需要同时导入这些文件就可以了。（异常强大~）下载好软件，解压缩，然后打开MP22.EXE文件，你就可以看到上图那个简单的主界面了。 之后，选择File→Lord Corpus File(s)，找到你需要导入处理的TXT文档，一个或者多个都可以，然后选择[打开]。指定的TXT文件就被全部导入进MonoConc Pro中了。 如果导入了过多的TXT文档，比如您导入了莎士比亚全集+马克思选+恩格斯选+列宁选+毛泽东选+邓小平选.....（不能否认，真的有这样的朋友存在）。那么，为了方便您查询检索结果所出现的文章，你可以选择File→View Corpus File/URL，这样就能看到查询结果所在的文章，还可以删除不需要的文章，或者添加新的文章，非常简单。 *这里的URL，指的是在HTTP或者FTP上，可以直接打开的文字页面的链接。一般朋友们DIY的语料库都是存在本地硬盘上的，所以基本上可以无视这个选项。不过，将来我们的个人语料库要实现点对点，点对多的平台连接。连接后，我们就可以相互查询对方个人语料库中的资料，此时在导入对方语料库中的文档的时候，就要用这个了。（这个目前还很遥远，大家还是踏踏实实做自己的DIY语料库吧！） 当我们要删除所有的文章的时候，这个时候仅仅关闭文章的窗口，是不能实
华大转录组测序内部培训资料
（内部资料，请勿外传） 动植物转录组 （Transcriptome ） 产品说明书 科技服务体系 动植物研究方向
版本信息： 2011年07月08日
目录 1产品概述 (1) 1.1 什么是转录组测序 (1) 1.2 转录组测序的产品功能 (1) 1.3 转录组测序产品优势 (1) 1.4 转录组测序产品发展史 (1) 1.5 项目执行时间 (3) 1.6 产品交付结果 (3) 2转录组测序研究方法 (4) 2.1 产品策略 (4) 2.2 样品准备 (5) 2.2.1 RNA样品要求 (5) 2.2.2 RNA样品送样标准 (6) 2.2.3 RNA提取的组织用量建议 (6) 2.3 样品运输要求 (7) 2.3.1 样品包装 (7) 2.3.2 样品标识 (8) 2.3.3 样品运输条件 (8) 2.4 文库的构建及测序 (9) 2.4.1 实验流程 (9) 2.4.2 测序及数据处理 (10) 2.5 转录组生物信息学分析 (10) 2.5.1 没有参考序列的转录组De novo (10) 2.5.2 有参考序列的转录组Re-sequencing (18) 2.5.3 参考文献 (24) 3成功案例 (25)
3.1 华大成功案例 (25) 3.2 相关文献解读 (26)
1产品概述 1.1什么是转录组测序？ 转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和，包括mRNA和非编码RNA。转录组测序是指用新一代高通量测序技术对物种或者组织的转录本进行测序并得到相关的转录本信息。 1.2转录组测序的产品功能 1.获得物种或者组织的转录本信息； 2.得到转录本上基因的相关信息，如：基因结构，功能等； 3.发现新的基因； 4.基因结构优化； 5.发现可变剪切； 6.发现基因融合； 7.基因表达差异分析。 1.3转录组测序产品优势 覆盖度高：检测信号是数字信号，几乎覆盖所有转录本； 检测精度高：几十到数十万个拷贝精确计数； 分辨率高：可以检测到单碱基差异，基因家族中相似基因及可变剪切造成的不同转录本的表达； 完成速度快：整个项目周期只需要50个工作日时间； 成本低：基本上每个实验室可以承担相关研究经费。 1.4转录组测序产品发展史 转录组的研究手段大体包括：EST序列构建及研究，芯片研究，运用第二代测序技术研究等。EST是从一个随机选择的cDNA 克隆进行5’端和3’端单一次sanger测序获得的短的cDNA 部分序列,代表一个完整基因的一小部分,在
语料库常用术语
语料库常用术语 Type 类符 Tokens 形符 例如“I see a cat and a dog”类符6个，形符7个 Type/token ratio =TTR TTR 是衡量文本中词汇密度的常用方法，可以辅助说明文本的词汇难度。但是，文本中有大量功能词出现，文本每增加一个词，形符就会增加一个，但类符却未必随之增加。这样文本越长，功能词重复次数越多，TTR会越低。因此用TTR衡量词汇密度不合理，于是，出现了标准化类符/形符比，即STTR。例如，计算每个文本1000词的TTR，均值处理，得出STTR。Frequency（频率） 例如每百万词、十万词中，某单词出现次数。常常将某个单词在两个语料库中出现的频率参照两个语料库的容量，用卡方检验或对数似然率进行对比，来确定两个库中该单词的使用是否有差异。 Wordlist词表 根据单词或词组在语篇中出现的频率大小而排列形成的列表。 Ranks Lemma词目，词元 比如go是lemma，对应各种屈折变化形式（inflections），go,goes,went,going,gone共5种屈折变化形式。在分析语言时，需要将它们全部归到go名下，这个过程叫词形还原。Keywords关键词、主题词positive keywords 正关键词negative keywords 负关键词Concordance 索引（KWIC 语境中的关键词key words in context） 运用索引软件在语料库中查询某词或短语的使用实例，然后将所有符合条件的语言使用实例及其语境以清单的形式列出。通过前后语境，可以分析“collocation词汇搭配”“colligation 类连接、语法搭配”“semantic preference语义倾向”“semantic prosody语义韵”Collocation词汇搭配 搭配强度MI,T-score ,Z-score Colligation类连接、语法搭配 semantic prosody语义韵 词汇的语义韵大体可分为积极语义韵、中性语义韵、消极语义韵。 POS tagging 词性赋码 Regular expression regex 正则表达式
商务英语语料库的建设及应用
商务英语语料库的建设及应用初探 【摘要】语料库语言学作为一门新兴的语言学分支，其影响已遍及语言学研究的各领域。将语料库的方法应用于商务英语词汇教学中，发挥其语料真实丰富、计算机程序强大的重新组织语言数据的能力，既能提高学生商务词汇学习的效率和积极性，也能提高商务英语教学质量。本文从商务英语语料库的建设及其应用价值入手，以期语料库语言学为商务英语教学带来更多成果。 【关键词】商务英语语料库地方课程 商务英语（business english）是指商务场景下所应用到的英语，作为特殊目的英语（english for specific purpose）具有很强的专业性。商务英语跟普通英语（english for general purpose）最大区别之一就是专业词汇的大量使用，因此，词汇教学在商务英语教学中的作用不容忽视。语料库（corpus）是语言素材的集合体，能快速准确地提供诸如构词、搭配、语境等多方面的语料及信息。在外语学习中，语料库能够缩小课堂语言与真实语言的差距、培养学习者的语感和学习能力及研究能力，所以用语料库的方法来学习商务英语词汇既可以刺激学生的学习积极性，也可以更加准确、更加有效地掌握商务英语中专业特点较强的词汇。 1 语料库及其发展 语料库可以概述为运用随机抽样的方法，收集自然出现的连续的语言，运用文本或话语片断，并按照一定的语言学原则建成的具有
一定容量的语料体系。 语料库的发展大致经历了三个阶段：第一代语料库以20世纪60年代的brown corpus以及lob corpus为代表，由于是语料库发展的最初时期，所以规模都比较小，这个时期的语料库只能用来考查常用语言现象的频率，无法展现语言的全貌。第二阶段以20世纪80年代的birmingham collection of english language text以及longman/lancaster english为代表，这一时期的语料库建设以电子语料库的兴起为主要特征，语料库的容量不断扩大，种类不断增多。第三阶段从20世纪90年代至今，是语料库建设、研究与应用的迅猛发展阶段，功能更为强大的计算机系统软件的开发与应用致使第二代超大型计算机语料库开始出现，语料库进入了发展的黄金年代。 2 商务英语词汇及其特征 商务英语源于普通英语，并基于普通英语的基本语法、句法结构和词汇语，有普通英语的一些语言学特征。与此同时，作为应用在商务场合的英语，商务英语又是英语语言知识和商务专业知识的综合，因而又具有独有的专业特征。 2.1 在文体风格上，商务英语词汇属于庄重文体（frozen style）。庄重文体，即各体英语中正式程度最高的一种。这种“正式”一是为了在表达上追求准确、专业、标准化的效果，二是为了在思维上追求清晰和条理。许多商务词汇都表现出这一特性。
语言学常用术语
语言学常用术语
A List of Commonly-used Linguistic Terminology 语言学常用术语表 Part I General Terms 通用术语 Acquisition 习得 Agglutinative language 粘着语Anthropology 人类学 Applied linguistics 应用语言学Arbitrariness 任意性 Artificial intelligence (AI)人工智能Behaviorism 行为主义Behaviorist psychology 行为主义心理学 Bilingualism 双语现象 Cognition 认知 Cognitive linguistics 认知语言学Cognitive science 认知科学Comparative linguistics 比较语言学Computational linguistics 计算语言学 Corpus-linguistics 语料库语言学Creole 克里奥耳语；混合语 Culture 文化 Descriptive linguistics 描写语言学Design features 识别特征Developmental psycholinguistics 发展心理语言学 Diachronic/historical linguistics历时语言学 Dialect 方言 Dialectology 方言学 Displacement 不受时空限制的特性Dualism 二元论 Duality 二重性 Epistemology认识论 Etymology 辞源学 Experimental psycholinguistics 实验心理语言学 Formalization 形式化 Formal linguistics 形式语言学Forensic linguistics 法律语言学Functionalism 功能主义General linguistics 普通语言学Grammaticality 符合语法性Ideography 表意法 Inflectional language 屈折语 Inter-disciplinary 交叉性学科的Isolating language 孤立语 Langue 语言 Macro-sociolinguistics 宏观社会语言学 Mentalism 心智主义 Micro-sociolinguistics 微观社会语言学 Montague grammar蒙太古语法Neuro-linguistics 神经语言学Orthography 正字法 Orthoepic 正音法的 Paradigmatic 聚合关系 Parole 言语 Pedagogy 教育学；教授法Philology 语文学 Philosophy 哲学 Phonography 表音法 Pidgin 皮钦语；洋泾浜语Polysynthetic language 多式综合语Prescriptive linguistics 规定语言学Psycholinguistics心理语言学Psychology 心理学 Semeiology 符号学 Sociology 社会学 Speech 言语 Sociolinguistics社会语言学Structuralism 结构主义 Synchronic linguistics 共时语言学Syntagmatic 组合关系 Theoretic linguistics 理论语言学Universal grammar 普遍语法Universality 普遍性 Part II Phonology 音位学 Ablaut 元音变化 Acoustic phonetics 声学语音学Affricate 塞擦音 Allophone 音位变体
转录组测序RNA-seq技术转录组是某个物种或者特定细胞类型产生
转录组测序（RNA-seq）技术 转录组是某个物种或者特定细胞类型产生的所有转录本的集合。转录组研究能够从整体水平研究基因功能以及基因结构，揭示特定生物学过程以及疾病发生过程中的分子机理，已广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发等领域。基于Illumina高通量测序平台的转录组测序技术使能够在单核苷酸水平对任意物种的整体转录活动进行检测，在分析转录本的结构和表达水平的同时，还能发现未知转录本和稀有转录本，精确地识别可变剪切位点以及cSNP（编码序列单核苷酸多态性），提供最全面的转录组信息。相对于传统的芯片杂交平台，转录组测序无需预先针对已知序列设计探针，即可对任意物种的整体转录活动进行检测，提供更精确的数字化信号，更高的检测通量以及更广泛的检测范围，是目前深入研究转录组复杂性的强大工具。 技术优势： 数字化信号：直接测定每个转录本片段序列，单核苷酸分辨率的精确度，同时不存在传统微阵列杂交的荧光模拟信号带来的交叉反应和背景噪音问题。 高灵敏度：能够检测到细胞中少至几个拷贝的稀有转录本。 任意物种的全基因组分析：无需预先设计特异性探针，因此无需了解物种基因信息，能够直接对任何物种进行转录组分析。同时能够检测未知基因，发现新的转录本，并精确地识别可变剪切位点及cSNP，UTR区域。 更广的检测范围：高于6个数量级的动态检测范围，能够同时鉴定和定量稀有转录本和正常转录本。 应用领域：转录本结构研究（基因边界鉴定、可变剪切研究等），转录本变异研究（如基因融合、编码区SNP研究），非编码区域功能研究（Non-coding RNA研究、microRNA前体研究等），基因表达水平研究以及全新转录本发现。 图1 RNA-seq获得的数据能够进行全面的数据挖掘，既能够进行基因结构分析，鉴定UTR、可变剪切位点，也能够发现新的转录本及非编码RNA，比较样本间的表达水平差异
测序常用名词解释
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高通量测序领域常用名词解释大全 物种基因组大小发表时间拟南芥(Arabidopsis ilialiaiiaj125Mb2000J1 sativa)400Mb2002.4 %^(Populus trichocaipa)480Mb2006.9葡萄(Vitis vinifera)490Mb2007.9小yL^^(Physcomtrella patens)480Mb2008J 番木瓜(Cnnd 口papa) -a)370Mb2008.4咼粱(Soj^ghutn bicolor)P 730Mb2009J 玉来侶％mays）2300Mb2009JI 黄瓜f a ?mi ber)350M2009.11 ^^^jlycine max)1100Mb2010,1 一穗短柄草(Brachypodiim distachyon)355Mb 2010.2 什么是高通量测序？ 高通量测序技术（High-throughput seque ncing, HTS ）是对传统San ger测序（称为一代测序技术）革命性的改变，一次对几十万到几百万条核酸分子进行序列测定,因此在有些文献中称其为下一代测序技术（next generation sequencing NGS ）足见其划时代的改变，同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能,所以又被称为深度测序（Deep sequencing。 什么是Sanger法测序（一代测序） San ger法测序利用一种DNA聚合酶来延伸结合在待定序列模板上的引物。直到掺入一种链终止核苷酸为止。每一次序列测定由一套四个单独的反应构成，每个反应含有所有四种脱氧核苷酸三磷酸（dNTP）,并混入限量的一种不同的双脱氧核苷三磷酸（ddNTP）。由于ddNTP缺乏延伸所需要的3-OH基团，使延长的寡聚核苷酸选择性地在G A、T或C处终止。终止点由反应中相应的双脱氧而定。每一种dNTPs和ddNTPs的相对浓度可以调整，使反应得到一组长几百至几千碱基的链终止产物。它们具有共同的起始点，但终止在不同的的核苷酸上，可通过高分辨率变性凝胶电泳分离大小不同的片段，凝胶处理后可用X-光胶片放射自显影或 非同位素标记进行检测。
语料库术语汇编
语料库术语汇编： Aboutness 所言之事 Absolute frequency 绝对频数 Alignment (of parallel texts) （平行或对应）语料的对齐 Alphanumeric 字母数字类的 Annotate 标注（动词） Annotation 标注（名词） Annotation scheme 标注方案 ANSI/American National Standards Institute 美国国家标准学会 ASCII/American Standard Code for Information Exchange 美国信息交换标准码Associate (of keywords) （主题词的）联想词 A WL/Academic word list 学术词表 Balanced corpus 平衡语料库 Base list 底表、基础词表 Bigram 二元组、二元序列、二元结构 Bi-hapax 两次词 Bilingual corpus 双语语料库 CA/Contrastive Analysis 对比分析 Case-sensitive 大小写敏感、区分大小写 Chi-square (χ2) test 卡方检验 Chunk 词块 CIA/Contrastive Interlanguage Analysis 中介语对比分析 CLA WS/Constituent Likelihood Automatic Word-tagging System CLA WS词性赋码系统Clean text policy 干净文本原则 Cluster 词簇、词丛 Colligation 类联接、类连接、类联结 Collocate n./v. 搭配词；搭配 Collocability 搭配强度、搭配力 Collocation 搭配、词语搭配 Collocational strength 搭配强度 Collocational framework/frame 搭配框架 Comparable corpora 类比语料库、可比语料库 ConcGram 同现词列、框合结构 Concordance (line) 索引（行） Concordance plot （索引）词图 Concordancer 索引工具 Concordancing 索引生成、索引分析 Context 语境、上下文 Context word 语境词 Contingency table 连列表、联列表、列连表、列联表 Co-occurrence/Co-occurring 共现 Corpora 语料库（复数） Corpus Linguistics 语料库语言学
最新生信名词解释
Small RNA：生物体内一类高度保守的重要的功能分子，其大小在18-30nt，包括microRNA、siRNA、snRNA、snoRNA和piRNA（piwi-interacting RNA）等，它的主要功能是诱导基因沉默，调控细胞生长、发育、基因转录和翻译等生物学过程。以miRNA为例介绍它们的功能：miRNA与RNA诱导沉默复合体（RNA induced silencing complex, RISC）结合，并将此复合体与其互补的mRNA序列结合，根据靶序列与miRNA的互补程度，从而导致靶序列降解或干扰靶序列蛋白质的翻译过程。 SD 区域：Segment duplication，串联重复是由序列相近的一些DNA 片段串联组成。串联重复在人类基因多样性的灵长类基因中发挥重要作用。 Genotype and phenotype：基因型与表型，基因型是指某一生物个体全部基因组合的总称；表型，又称性状，是基因型和环境共同作用的结果。 基因组：Genome，单倍体细胞核、细胞器（线粒体、叶绿体）或病毒粒子所含的全部DNA 分子或RNA分子。 全基因组de novo测序：又称从头测序，它不依赖于任何现有的序列资料，而直接对某个物种的基因组进行测序，然后利用生物信息学分析手段对序列进行拼接、组装，从而获得该物种的基因组序列图谱。 全基因组重测序：对已有参考序列（Reference Sequence）物种的不同个体进行基因组测序，并以此为基础进行个体或群体水平的遗传差异性分析。全基因组重测序能够发现大量的单核苷酸多态性位点（SNP）、拷贝数变异（Copy Number Variation，CNV）、插入缺失（InDel，Insertion/Deletion）、结构变异（Structure Variation，SV）等变异类型，以准确快速的方法将单个参考基因组信息上升为群体遗传特征。 转录组：Transcriptome，是指特定生长阶段某组织或细胞内所有转录产物的集合；狭义上指所有mRNA的集合。 转录组测序：对某组织在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA进行测序，获得特定状态下的该物种的几乎所有转录本序列信息。通常转录组测序是指对mRNA进行测序获得相关序列的过程。其根据所研究物种是否有参考基因组序列分为转录组de novo测序（无参考基因组序列）和转录组重测序（有参考基因组序列）。 外显子组测序：是指利用序列捕获技术将全基因组外显子区域DNA捕捉并富集后进行高通量测序的基因组分析方法。外显子测序相对于基因组重测序成本较低，对研究已知基因的SNP、InDel 等具有较大的优势。 目标区域测序：应用相关试剂盒对基因组上感兴趣的目标区域进行捕获富集后进行大规模测序，一般需要根据目标区域专门定制捕获芯片。 宏基因组：Metagenome，指特定生活环境中全部微小生物遗传物质的总和。它包含了可培养的和未可培养的微生物的基因。目前主要指环境样品中的细菌和真菌的基因组总和。 宏基因组16S rRNA测序：可以对特定环境下的细菌和古细菌群体的微生物种类和丰度进行有效的鉴定。对不同地点、不同条件下的多个样本16S rRNA的PCR产物平行测序，可以比较不同样本间的微生物组成及成分差异，进而阐明物种丰度、种群结果等生态学信息。 表观遗传学：Epigenetics，是指在基因组DNA序列没有改变的情况下，基因的表达调控和性状发生了可遗传的变化。表观遗传的现象很多，已知的有DNA甲基化（DNA methylation），基因组印记（genomic impriting），母体效应（maternal effects），基因沉默（gene silencing），核仁显性，休眠转座子激活和RNA编辑（RNA editing）等。 全基因组甲基化测序：DNA 甲基化是指在DNA 甲基化转移酶的作用下，在基因组CpG 二核苷酸的胞嘧啶5'碳位共价键结合一个甲基基团。DNA 甲基化已经成为表观遗传学和表观基因组学的重要研究内容。甲基化是基因表达的主要调控方式之一，研究染色体DNA甲基化情况是了解基因调控的重要手段。对已经有参考基因组的物种的基因组DNA用标准亚硫