磁珠富集法随机筛选大菱鲆基因组SNP标记

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Ａｂｓｔｒａｃｔ：ＴｈｅＭａｇｎｅｔｉｃＢｅａｄｓｗａｓｕｓｅｄｆｏｒｒａｎｄｏｍｌｙｄｉｓｃｏｖｅｉｒｎｇＳＮＰｓｆｒｏｍｔｕｒｂｏｔ（Ｓｃｏｐｈｔｈａｌｍｕｓｍａｘｉｍｕｓ）ｇｅｎｏｍｅＤＮＡ．３５
磁珠富集法随机筛选大菱鲆基因组ＳＮＰ标记
董晓丽一，徐建勇，陈松林
（１．中国水产科学研究院黄海水产研究所，山东青岛２６６０７１；
２－中国水产科学研究院黑龙江水产研究所，黑龙江哈尔滨１５００７０）摘要：利用磁珠富集法随机筛选了大菱鲆（Ｓｃｏｐｈｔｈａｌｍｕｓｍａｘｉｍｕｓ）基因组７８２０ｂｐ的序列，获得了３５个ＳＮＰ标记，ＳＮＰ标记的含量约为０．４４８％。超过６８％的ＳＮＰ标记由碱基转换造成，不足２９％的ＳＮＰ标记由碱基的颠换造成。使用磁珠富集法对目的基因ＫＣ７０的检测发现，７２５ｂｐ的片段上发现７个ＳＮＰ标记。此结果证实，该方法不仅能够随机筛选基因组ＳＮＰ标记，还能筛选目的基因的ＳＮＰ标记。关键词：ＳＮＰ；ＣＥＬＩ；Ｂｓｔ；大菱鲆；随机
ＳＮＰｓｗｅｒｅｄｅｔｅｃｔｅｄｆｒｏｍ７８２０ｂｐＤＮＡｓｅｑｕｅｎｃｅｓ．ａｂｏｕｔＯ．４４８％．Ｍｏｒｅｔｈａｎ６８ｐｅｒｃｅｎｔｓｏｆｔｈｅＳＮＰｓｗｅｒｅｃａｕｓｅｄｂｙｂａｓｅｔｒａｎｓｉｔｉｏｎ
Ｋｅｙｗｏｒｄｓ：ＳＮＰ；ＣＥＬＩ；Ｂｓｔ；Ｓｃｏｐｈｔｈａｌｍｕｓｍａｘｉｍｕｓ；ｒａｎｄｏｍ
ＳＮＰ标记（ＳｉｎｇｌｅＮｕｃｌｅｏｔｉｄｅＰｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ）是继
ａｎｄｌｅｓｓｔｈｎａ２Ｐｐ￣ｒｃｅｎｔｓｒｅｓｕｌｔｅｄｒｆｏｍｔｒａｎｓｖｅｒｓｉｏｎ．ＳｅｖｅｎＳＮＰｓｗｅｒｅｆｏｕｎｄｆｒｏｍｔｈｅ７２５ｂｐｒｆａｇｍｅｎｔｏｆＫＣ７０ｇｅｎｅ．Ｔｈｅｉｆｎｄｉｎｇｓ
２．ＨｅｉｌｏｎｇｊｉａｎｇＲｉｖｅｒＦｉｓｈｅｉｒｅｓＲｅｓｅａｒｃｈＩｎｓｔｉｔｕｔｅ，ＣｈｉｎｅｓｅＡｃａｄｅｍｙｏｆＦｉｓｈｅｒｙＳｃｉｅｎｃｅｓ，Ｈａｒｂｉｎ１５００７０，Ｃｈｉｎａ）
中图分类号：￥９１７．４文献标志码：Ａ
ＲａｎｄｏｍＳＮＰｓＤｉｓｃｏｖｅｒｙｆｒｏｍＧｅｎｏｍｅａｎｄＴａｒｇｅｔＧｅｎｅｏｆＴｕｒｂｏｔ（Ｓｃｏｐｈｔｈａｌｍｕｓ
ｓｕｇｇｅｓｔｈａｔｔｔｈｅｎｅｗｍｅｔｈｏｄｂｅｎｏｔｏｎｌｙｕｓｅｆｕｌｏｒｆｒａｎｄｏｍＳＮＰｓｄｉｓｃｏｖｅｒｙｂｕｔａｌｓｏｏｒｆｔｈｅＳＮＰｓｄｉｓｃｏｖｅｙｒｏｆｔａｒｇｅｔｇｅｎｅｓ．
第２６卷第１期２０１３年２月
水产学杂志
ＣＨＩＮＥＳＥＪＯＵＲＮＡＬＯＦＦＩＳＨＥＲＩＥＳ
Ｖｏ１．２６，Ｎｏ．１
Ｆｅｂ．２０１３
文章编号：１００５ — ３８３２（２０１３）０１ — ０００１ — ０４
ＲＦＬＰ（ＲｅｓｔｒｉｃｔｉｏｎＦｒａｇｍｅｎｔＬｅｎｇｔｈＰｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ）、ＶＮ — ＴＲ（ＶａｒｉａｂｌｅＮｕｍｂｅｒｏｆＴａｎｄｅｍＲｅｐｅａｔ）和ＳＴＲ（Ｓｈｏｒｔ
ｍａｘｉｍｕｓ）ｂｙＵｓｉｎｇＭａｇｎｅｔｉｃＢｅａｄｓ
ＤＯＮＧＸｉａｏ — ｌｉ，一．ＸＵＪｉａｎ．ｙｏｎｇ．ＣＨＥＮＳｏｎｇ．１ｉｎ（１．ＹｅｌｌｏｗＳｅａＦｉｓｈｅｉｒｅｓＲｅｓｅａｒｃｈＩｎｓｔｉｔｕｔｅ，ＣｈｉｎｅｓｅＡｃａｄｅｍｙｏｆＦｉｓｈｅｒｙＳｃｉｅｎｃｅｓ，Ｑｉｎｇｄａｏ２６６０７１，Ｃｈｉｎａ；