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【免费下载】VASP处理split dos

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这到底是为什么,要如何设置才能得到每个原子正确的分波态密度。 应该还是要设 LORBIT=11 这个参数的,至于 O 出现 d 的成份,很正常,因为 PAW 里面 O 默认的 RWIGS 偏大有可能把金属原子的 d 成份包括进去了,不过你可以把 O 原子所谓 的 p 和 d 画在一起看看,你会发现 d 相对于 p 来说很小,几乎可以忽略不计,而且其所在 的能量范围也比 p 高(可能就是金属原子的 d 所在能量范围)。 我查了一下 O 的 dos,发现 d 电子的量还是非常大,在有的能级上能和 O 的 p 电子同量级, 甚至有的比 p 电子的量还大。 这是一个 O 原子的 PDOS,第二个是第一个在费米能级附近的放大图 曾经尝试过手动输入 RWIGS,调节 O 的 RWIGS,当然我的体系中只含一个氧原子,调节 总的 DOS 影响不大,且尽可能保证 OUTCAR 中的 volume of typ 接近 100%。可以消除 O 的 D 态。 至于楼主说的没有分波态密度,猜测莫非不是静态计算,因为优化过程不产生 DOS。
对全部高中资料试卷电气设备,在安装过程中以及安装结束后进行高中资料试卷调整试验;通电检查所有设备高中资料电试力卷保相护互装作置用调与试相技互术关,系电,力根保通据护过生高管产中线工资敷艺料设高试技中卷术资配,料置不试技仅卷术可要是以求指解,机决对组吊电在顶气进层设行配备继置进电不行保规空护范载高与中带资负料荷试下卷高总问中体题资配,料置而试时且卷,可调需保控要障试在各验最类;大管对限路设度习备内题进来到行确位调保。整机在使组管其高路在中敷正资设常料过工试程况卷中下安,与全要过,加度并强工且看作尽护下可关都能于可地管以缩路正小高常故中工障资作高料;中试对资卷于料连继试接电卷管保破口护坏处进范理行围高整,中核或资对者料定对试值某卷,些弯审异扁核常度与高固校中定对资盒图料位纸试置,.卷编保工写护况复层进杂防行设腐自备跨动与接处装地理置线,高弯尤中曲其资半要料径避试标免卷高错调等误试,高方要中案求资,技料编术试5写交卷、重底保电要。护气设管装设备线置备4高敷动调、中设作试电资技,高气料术并中课3试中且资件、卷包拒料中管试含绝试调路验线动卷试敷方槽作技设案、,术技以管来术及架避系等免统多不启项必动方要方式高案,中;为资对解料整决试套高卷启中突动语然过文停程电机中气。高课因中件此资中,料管电试壁力卷薄高电、中气接资设口料备不试进严卷行等保调问护试题装工,置作合调并理试且利技进用术行管,过线要关敷求运设电行技力高术保中。护资线装料缆置试敷做卷设到技原准术则确指:灵导在活。分。对线对于盒于调处差试,动过当保程不护中同装高电置中压高资回中料路资试交料卷叉试技时卷术,调问应试题采技,用术作金是为属指调隔发试板电人进机员行一,隔变需开压要处器在理组事;在前同发掌一生握线内图槽部纸内故资,障料强时、电,设回需备路要制须进造同行厂时外家切部出断电具习源高题高中电中资源资料,料试线试卷缆卷试敷切验设除报完从告毕而与,采相要用关进高技行中术检资资查料料和试,检卷并测主且处要了理保解。护现装场置设。备高中资料试卷布置情况与有关高中资料试卷电气系统接线等情况,然后根据规范与规程规定,制定设备调试高中资料试卷方案。

VASP计算DOS和能带

VASP计算DOS和能带

VASP计算DOS和能带个人总结一:VASP计算DOS和能带1.计算DOS①POSCAR②POTCAR③KPOINTS(建议以Gamma为中心取点,通常K×a≈45即可)④INCAR(越简洁越好)第一步:结构优化SYSTEM=**ISTART=0ENCUT=500(最好对其进行测试)EDIFF=1E-5EDIFFG=-0.01NSW=100ISIF=2IBRION=2【优化后计算DOS可以一步完成,也可以分为两步来完成,主要是计算量涉及到计算时间的差别】第二步:静态自洽(此时可稍微降低K点数,用第一步优化得到的CONTCAR作为POSCAR进行计算)SYSTEM=**ISTART=0PREC=AccurateEDIFF=1E-5EDIFFG=-0.01ENCUT=500ISMEAR=-5LCHARG=.TRUE.注意:此时得到的E-feimi是准确的,需要记下(grep ‘E-fermi’OUTCAR)第三步:非自洽计算(采用高密度K点)SYSTEM=**ISTART=1ICHARG=11LMAXMIX=2/4/6(VASP官网原话:If ICHARG is set to 11 or 12, it is strongly recommened to set LMAXMIX to twice the maximum l-quantum number in the pseudpotentials. Thus for s and p elements LMAXMIX should be set to 2, for d elements LMAXMIX should be set to 4, and for f elements LMAXMIX should be set to 6)PREC=AccurateEDIFF=1E-5EDIFFG=-0.01ENCUT=500(截断能最好与上一步保持一致)ISMEAR=-5LORBIT=10/11(推荐11,可以得到能级分裂的数据)优化后计算DOS一步完成:(采用高密度K点)SYSTEM=**ISTART=1PREC=AccurateEDIFF=1E-5EDIFFG=-0.01ENCUT=500ISMEAR=-5LORBIT=10/112.计算能带①POSCAR②POTCAR③KPOINTS:使用Line-mode格式,给出高对称性K点之间的分割点数,分割越密,路径积分就越准确。

VASP经典学习教程有用

VASP经典学习教程有用

VASP经典学习教程有用VASP(Vienna Ab initio Simulation Package)是一种用于固体材料计算的第一性原理计算软件包。

它使用密度泛函理论和平面波基组进行计算,可以预测材料的结构、能带、力学性质等基本属性。

本文将介绍VASP的经典学习教程,帮助初学者快速入门。

1.VASP的安装与基本操作-输入文件和输出文件:介绍VASP的常用输入文件和输出文件,以及它们的格式和含义。

-运行VASP计算:教授如何编写VASP运行脚本,以及如何使用命令行界面运行VASP计算。

2.VASP的输入参数和设置-INCAR文件:介绍VASP的主要输入文件INCAR的各种参数和选项,如体系的外部压力、电子迭代的收敛准则等。

-POTCAR文件:讲解VASP的赝势文件POTCAR的作用和用法,以及如何选择合适的赝势。

-KPOINTS文件:讲解KPOINTS文件对计算结果的影响,以及如何选择合适的K点网格。

3.VASP的基本计算-结构优化计算:教授如何进行结构优化计算,寻找稳定的材料晶格参数和原子位置。

-能带计算:讲解如何计算材料的能带结构,以及如何分析能带图和带隙。

-DOS计算:介绍如何计算材料的态密度,以及如何分析态密度图和能带图。

4.VASP的高级计算-弛豫计算:讲解如何进行离子和电子的同时弛豫计算,得到材料的稳定结构和力学性质。

-嵌入原子计算:介绍如何在材料中嵌入原子,并计算嵌入原子的相互作用能。

-软件接口和后处理:讲解VASP与其他软件(如VASPKIT、VESTA等)的接口,以及如何进行后处理分析。

5.VASP的实际应用-表面计算:介绍如何计算材料的表面能和表面形貌。

-催化剂计算:讲解如何通过VASP计算催化剂的吸附能和反应能垒,以预测其催化活性。

-界面计算:讲解如何计算材料的界面能和界面结构。

通过以上内容,初学者可以掌握VASP的基本原理和使用方法,并能在实际应用中进行一些基本的材料计算。

VASP计算DOS-Al

VASP计算DOS-Al

V ASP计算DOSV ASP中电子态密度计算的流程主要分成三步:一、结构优化;二、静态自洽计算;三、非自洽计算以Al-FCC为例子第一步结构优化阿输入文件(INCAR, POTCAR, POSCAR, KPOINT)INCAR文件System=AlISTART=0ISMEAR=1SIGMA=0.2ISPIN=2GGA=91; VOSKOWN=1; EDIFF=0.1E-05; EDIFFG=-0.01IBRION=2NSW=50ISIF=2 (OR 3)NPAR=10POTCAR 文件直接在势库中拷贝POSCAR文件Al4.051.0 0.0 0.00.0 1.0 0.00.0 0.0 1.04Direct0.0 0.0 0.0 0.5 0.5 0.0 0.5 0.0 0.5 0.0 0.5 0.5KPOINT 文件Automatic generation 0Mohkorst Pack15 15 150.0 0.0 0.0第二步静态自洽计算INCAR:PREC = Medium,ISTART = 0,ICHARG = 2,ISMEAR = -5 输入文件(INCAR, POTCAR, POSCAR, KPOINT)INCAR文件System=AlISTART=0ISMEAR=1SIGMA=0.2ISPIN=2GGA=91; VOSKOWN=1; EDIFF=0.1E-05; EDIFFG=-0.01#IBRION=2#NSW=50#ISIF=2 (OR 3)NPAR=10POTCAR 文件直接在势库中拷贝POSCAR文件Al4.051.0 0.0 0.00.0 1.0 0.00.0 0.0 1.04Selective DynamicDirect0.0 0.0 0.0 T T T0.5 0.5 0.0 T T T0.5 0.0 0.5 T T T0.0 0.5 0.5 T T TKPOINT 文件Automatic generationMohkorst Pack15 15 150.0 0.0 0.0第二步计算是在结构优化的结果上进行的,所以开始第二步的时候,将第一步中的输入文件INCAR, POTCAR, POSCAR, KPOINT 以及C* 文件放入静态自洽计算中去,并且将CONTCAR 拷贝到POSCAR中,然后运行V ASP。

VASP的个人经验手册

VASP的个人经验手册
../vasp.4.lib/lapack_double.o -L/usr/local/lib \ -L../Linux_P4SSE2/lib/ -lf77blas -latlas 修改后保存 makefile 文件,键入 make 命令开始编译 vasp。整个命令为: cd .. cd vasp.4.4 cp makefile.linux_pg makefile 编辑修改 makefile 文件 make 编译成功后,就可以得到 VASP 的可执行文件 vasp。ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱe) 以 root 帐号登录机器,把成功编译 VASP 后得到的 vasp 放到/bin 目录下,则任何一个普 通用户都可以使用 vasp。此时 vasp 可以当成于一个 linux 的命令来使用了,不再需要把 vasp 拷贝到当前的计算目录下。
2
方和方法是: 在第 87 和 88 行前加上#,把这两行注释掉,然后去掉第 91,92 和 93 行前的#。 修改前和后的内容为分别为: LIB = -L../vasp.4.lib -ldmy ../vasp.4.lib/linpack_double.o \
../vasp.4.lib/lapack_double.o -L/usr/local/lib /usr/local/lib/libblas.a # # the following lines should allow you to link to atlas based blas #LIB = -L../vasp.4.lib -ldmy ../vasp.4.lib/linpack_double.o \ # ../vasp.4.lib/lapack_double.o -L/usr/local/lib \ # -L$(HOME)/archives/BLAS_OPT/ATLAS/lib/Linux_ATHLONTB/ -lf77blas –latlas #LIB = -L../vasp.4.lib -ldmy ../vasp.4.lib/linpack_double.o \ # ../vasp.4.lib/lapack_double.o -L/usr/local/lib /usr/local/lib/libblas.a # # the following lines should allow you to link to atlas based blas LIB = -L../vasp.4.lib -ldmy ../vasp.4.lib/linpack_double.o \

VASP处置惩罚split dos

VASP处置惩罚split dos
实例 2
电子态密度图是怎么做的? 我看好多文献在做电子结构计算时,都有态密度图,请问这是怎么作的?装个 p4vasp,里 面可以导入计算所得到的 vasp.xml 文件,选择 electronic -> DOS+BAND 就可以画出态密 度图,然后 Graph -> export 就可以到处数据到 Origin 中画图。p4vasp 还可以处理各种 PDOS,并自动把自旋向下的电子态密度数据设为负值,非常方便。
实例 4
对全部高中资料试卷电气设备,在安装过程中以及安装结束后进行高中资料试卷调整试验;通电检查所有设备高中资料电试力卷保相护互装作置用调与试相技互术关,通系电1,力过根保管据护线生高0不产中仅工资2艺料22高试2可中卷以资配解料置决试技吊卷术顶要是层求指配,机置对组不电在规气进范设行高备继中进电资行保料空护试载高卷与中问带资题负料2荷试2,下卷而高总且中体可资配保料置障试时2卷,32调需3各控要类试在管验最路;大习对限题设度到备内位进来。行确在调保管整机路使组敷其高设在中过正资程常料1工试中况卷,下安要与全加过,强度并看工且25作尽52下可22都能护可地1关以缩于正小管常故路工障高作高中;中资对资料于料试继试卷电卷连保破接护坏管进范口行围处整,理核或高对者中定对资值某料,些试审异卷核常弯与高扁校中度对资固图料定纸试盒,卷位编工置写况.复进保杂行护设自层备动防与处腐装理跨置,接高尤地中其线资要弯料避曲试免半卷错径调误标试高方中等案资,,料要编试求5写、卷技重电保术要气护交设设装底备备置。4高调、动管中试电作线资高气,敷料中课并设3试资件且、技卷料中拒管术试试调绝路中验卷试动敷包方技作设含案术,技线以来术槽及避、系免管统不架启必等动要多方高项案中方;资式对料,整试为套卷解启突决动然高过停中程机语中。文高因电中此气资,课料电件试力中卷高管电中壁气资薄设料、备试接进卷口行保不调护严试装等工置问作调题并试,且技合进术理行,利过要用关求管运电线行力敷高保设中护技资装术料置。试做线卷到缆技准敷术确设指灵原导活则。。:对对在于于分调差线试动盒过保处程护,中装当高置不中高同资中电料资压试料回卷试路技卷交术调叉问试时题技,,术应作是采为指用调发金试电属人机隔员一板,变进需压行要器隔在组开事在处前发理掌生;握内同图部一纸故线资障槽料时内、,设需强备要电制进回造行路厂外须家部同出电时具源切高高断中中习资资题料料电试试源卷卷,试切线验除缆报从敷告而设与采完相用毕关高,技中要术资进资料行料试检,卷查并主和且要检了保测解护处现装理场置。设。备高中资料试卷布置情况与有关高中资料试卷电气系统接线等情况,然后根据规范与规程规定,制定设备调试高中资料试卷方案。

vasp攻略

vasp攻略

打包压缩命令:tar zcvf 文件名.tar.gz 源文件名采用link方式避免重复的文件浪费内存:ln –s 源文件命名Eg:ln –s ../optic/MME ./EuO.mme交互式绘图工具gnuplot: 命令行打:gnuplot进入格式:plot “文件名”退出:quit求磁矩:getmag如果由于节点掉线在提交任务后秒退,不输出outcar可以指定节点提交任务LJRS -l nodes=c0104:ppn=4chmod +x 名称——使脚本可以执行构造potcar,以A和B元素为例:如果是以Z为拓展名的文件:zcat A/POTCAR.Z B/POTCAR.Z > POTCAR如果是解压后的potcar文件:cat A/POTCAR B/POTCAR > POTCARINCAR中的RWIGS通过POTCAR文件获得单位晶胞体积:grep “vol”OUTCAR自动计算加应力情况下的最优化情况:C/a :vaspcaopt softmode-e -=*(画曲线)如果要看某种材料是FM还是AFM,需要以相同结构计算一次,看能量哪个低。

将POSCAR/CONTCAR/CHGCAR装换成xcrysden(进入xcrysden文件执行./xcrysden)可读取的形式Eg:(BFO)v2xsf CHGCAR -1 83 -2 26 -3 8 -dv2xsf POSCAR -1 83 -2 26 -3 8 -dv2xsf CONTCAR -1 83 -2 26 -3 8 -d晶胞放大时,k点需要等比例的缩小画出曲线图:ISMEAR如果是半导体/绝缘体取-5,如果是金属取1,SIGMA=0.2(一般不改变)如果求DOS,则ISMEAR=-5.如果求band,则ISMEAR=1.1、Relax ISTART=0,ICHARG=2, ISIF=3,NSW=200,EDIFFG=-1*10-3,IBRION=22、Scf NSW=0(关闭结构优化) 用Relax后的CONTCAR替换POSCAR3、DOS 添加scf后的CHGCAR,ISTART=1,ICHARG=11,k放大一倍DOSCAR 第六行:Emax Emin Emin与Emax之间点的数目Ef第七行:能量总的态密度(spin up)总的态密度(spin down)态密度积分(up)态密度积分(down)后面按原子分:能量s轨道态密度(spin up)s轨道态密度(spin down)p轨道态密度(spin up)p轨道态密度(spin down)d轨道态密度(spin up)d轨道态密度(spindown)f轨道态密度(spin up)f轨道态密度(spin down)Split_dos 对dos按原子区分4、band 与DOS所需文件一致,KPOINTS需要使用line模式手动输入。

VASP使用总结

VASP使用总结

VASP使用总结VASP(Vienna Ab initio Simulation Package)是一款基于密度泛函理论(DFT)的第一性原理计算软件,主要用于材料科学和凝聚态物理领域的计算。

它提供了丰富的功能和工具,可以用于模拟和研究各种材料的物理和化学性质。

以下是对VASP使用的总结:1.输入文件的准备在进行VASP计算之前,首先需要准备好输入文件。

VASP使用的输入文件包括POSCAR、INCAR、POTCAR等。

POSCAR文件用于定义晶体结构和原子坐标,INCAR文件用于定义计算参数和设置计算方法,POTCAR文件用于定义原子的赝势。

2.材料结构的优化VASP可以通过结构优化计算来确定材料的最稳定结构。

结构优化计算通过改变原子位置和晶胞大小,寻找最低能量的结构。

可以使用ISIF 参数来设置优化类型,如禁止移动原子、禁止改变晶胞大小等。

3.能带结构的计算VASP可以计算材料的能带结构,从而提供关于能带轨道和能带间隙的信息。

能带结构计算需要先进行结构优化计算,然后再进行自洽计算和能带计算。

可以通过设置KPOINTS和NBANDS参数来控制计算的精度和效率。

4.密度状态的计算VASP可以计算材料的密度状态,包括电荷密度、电荷分布和电子态密度等。

通过密度状态计算,可以了解材料的电子结构和性质。

可以通过设置LSORBIT、IALGO和NPAR等参数来控制计算的模式和效率。

5.势能面的计算VASP可以计算材料的势能面,并通过构建势能面图像来显示材料的稳定性和反应性。

势能面计算需要进行结构优化计算,然后通过改变原子位置和晶胞大小来势能面上的最低能量和结构。

6.热力学性质的计算VASP可以通过计算自由能、热容和热膨胀系数等热力学性质来了解材料的热稳定性和热响应。

热力学性质的计算需要进行结构优化计算和自洽计算,然后使用VASP提供的工具和脚本进行热力学性质的分析和计算。

7.计算结果的解析和可视化VASP提供了丰富的工具和脚本,可以用于解析和可视化计算结果。

VASP-dos_psocar.f

VASP-dos_psocar.f

实例1如何用gcc编译dos-procar.f来处理VASP计算得到的procar如题,VASP计算pdos,含d电子分裂,想在生成的PROCAR中提取数据,然后画图,据说dos-procar.f(/bbs/attachment.php?aid=407340)可以做到。

请问如何编译dos-procar.f?我的linux没有ifort,而有gcc。

以下是我的PROCAR文件的一部分:PROCAR lm decomposed + phase factor# of k-points: 63 # of bands: 184 # of ions: 48k-point 1 : 0.00000000 0.00000000 0.00000000 weight = 0.00165289band 1 # energy -0.44451898 # occ. 2.00000000ion s py pz px dxy dyz dz2 dxz dx2 tot1 0.017 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.002 0.0182 0.017 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.002 0.0183 0.017 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.002 0.0184 0.017 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.002 0.0185 0.017 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.002 0.0186 0.017 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.002 0.0187 0.017 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.002 0.0188 0.017 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.002 0.0189 0.017 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.002 0.018 ...............................................................................................................edited by zhjh888888 z> which f77which: no f77 in (/shared_scratch/pgi.714/linux86-64/7.1-4/bin/:/home_n22/xqdai2/bin:/usr/local/bin:/usr /bin:/usr/X11R6/bin:/bin:/usr/games:/opt/gnome/bin:/opt/kde3/bin:/usr/lib/mit/bin:/usr/ lib/mit/sbin:/usr/local/maui/sbin:/usr/local/maui/bin)on > gcc -o dos-procar.x dos-procar.fIn file dos-procar.f:1implicit real*8(a-h,o-z)1Error: Non-numeric character in statement label at (1)In file dos-procar.f:1implicit real*8(a-h,o-z)1Error: Unclassifiable statement at (1)In file dos-procar.f:1101000 continue1Error: Bad continuation line at (1)In file dos-procar.f:1101000 continue1Error: Unclassifiable statement at (1)In file dos-procar.f:113do k = 1, nk1In file dos-procar.f:902Error: Variable 'k' at (1) cannot be redefined inside loop beginning at (2) In file dos-procar.f:117do k = 1,nk1In file dos-procar.f:902Error: Variable 'k' at (1) cannot be redefined inside loop beginning at (2) In file dos-procar.f:121101 format(10x,f9.5)1Error: Bad continuation line at (1)In file dos-procar.f:121101 format(10x,f9.5)1Error: Unclassifiable statement at (1)In file dos-procar.f:122102 format(f10.5)1Error: Bad continuation line at (1)In file dos-procar.f:122102 format(f10.5)1Error: Unclassifiable statement at (1)In file dos-procar.f:123103 format(20a4)1Error: Bad continuation line at (1)In file dos-procar.f:123103 format(20a4)1Error: Unclassifiable statement at (1)In file dos-procar.f:124104 format(16x,i3,20x,i5,19x,i4)1Error: Bad continuation line at (1)In file dos-procar.f:124104 format(16x,i3,20x,i5,19x,i4)1Error: Unclassifiable statement at (1)In file dos-procar.f:125105 format(10x,i3,5x,3f11.8,13x,f11.8) 1Error: Bad continuation line at (1)In file dos-procar.f:125105 format(10x,i3,5x,3f11.8,13x,f11.8) 1Error: Unclassifiable statement at (1)In file dos-procar.f:126106 format(4x,i4,9x,f14.8,7x,f12.8) 1Error: Bad continuation line at (1)In file dos-procar.f:126106 format(4x,i4,9x,f14.8,7x,f12.8)1Error: Unclassifiable statement at (1)In file dos-procar.f:127107 format(3x,4f7.3)1Error: Bad continuation line at (1)In file dos-procar.f:127107 format(3x,4f7.3)1Error: Unclassifiable statement at (1)In file dos-procar.f:134do k = 1,nk-11In file dos-procar.f:902Error: Variable 'k' at (1) cannot be redefined inside loop beginning at (2)In file dos-procar.f:148do k=1,nk1In file dos-procar.f:902Error: Variable 'k' at (1) cannot be redefined inside loop beginning at (2)In file dos-procar.f:1899000 continue1 Error: End of nonblock DO statement at (1) is interwoven with another DO loop In file dos-procar.f:192end1Error: END DO statement expected at (1)Error: Unexpected end of file in 'dos-procar.f'请问运行gcc -o dos-procar.x dos-procar.f 后,出现了以上错误是什么原因?谢谢实例2关于V ASP计算PDOS的疑问在计算完TDOS和PDOS之后,不知道怎么将DOS图画出来。

vasp软件包使用入门指南

vasp软件包使用入门指南

vasp软件包使用入门指南VASP软件包使用入门指南本文档旨在为用户提供VASP软件包的使用入门指南。

以下是本文档的内容概要:1.简介1.1 VASP软件包概述1.2 VASP的功能和应用领域1.3 VASP的系统要求和安装方法2.输入文件准备2.1 结构文件的准备2.2 参数文件的设置2.3 能带计算的准备3.输入文件编辑和提交3.1 INCAR文件的编辑3.2 KPOINTS文件的编辑3.3 POTCAR文件的选择和拼接3.4 批量计算的脚本编写和提交4.输出文件解读4.1 OUTCAR文件解读4.2 VASP计算输出的主要结果解析5.常见问题和错误分析5.1 VASP计算中的常见错误和警告5.2 错误日志文件的解读和分析5.3 VASP计算结果的正确性判断6.进阶使用技巧6.1 计算参数优化方法6.2 并行计算和性能优化6.3 嵌入VASP到自己的代码中7.示例和案例分析7.1 基础输入文件示例7.2 常见VASP计算任务案例分析8.扩展资料和学习资源8.1 VASP官方文档和论坛8.2 相关书籍和资料推荐8.3 其他学习资源和机构推荐附件:1.VASP软件包安装包2.示例输入文件和脚本3.相关代码和案例法律名词及注释:1.VASP - Vienna Ab initio Simulation Package,维也纳从头模拟软件包。

2.INCAR - Input CARd(输入卡)的缩写,VASP输入文件之一,用于设置计算参数。

3.KPOINTS - VASP输入文件之一,用于设置k点和布点方案。

4.POTCAR - VASP输入文件之一,包含了计算所需的原子赝势和波函数。

本文档涵盖了VASP软件包的基本用法和高级技巧,并提供了示例和案例分析帮助用户更好地理解和应用该软件包。

如需进一步了解VASP的详细信息,请参阅附件中的相关资料和学习资源。

VASP-dos_psocar.f

VASP-dos_psocar.f

实例1如何用gcc编译dos-procar.f来处理VASP计算得到的procar如题,VASP计算pdos,含d电子分裂,想在生成的PROCAR中提取数据,然后画图,据说dos-procar.f(/bbs/attachment.php?aid=407340)可以做到。

请问如何编译dos-procar.f?我的linux没有ifort,而有gcc。

以下是我的PROCAR文件的一部分:PROCAR lm decomposed + phase factor# of k-points: 63 # of bands: 184 # of ions: 48k-point 1 : 0.00000000 0.00000000 0.00000000 weight = 0.00165289band 1 # energy -0.44451898 # occ. 2.00000000ion s py pz px dxy dyz dz2 dxz dx2 tot1 0.017 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.002 0.0182 0.017 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.002 0.0183 0.017 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.002 0.0184 0.017 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.002 0.0185 0.017 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.002 0.0186 0.017 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.002 0.0187 0.017 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.002 0.0188 0.017 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.002 0.0189 0.017 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.002 0.018 ...............................................................................................................edited by zhjh888888 z> which f77which: no f77 in (/shared_scratch/pgi.714/linux86-64/7.1-4/bin/:/home_n22/xqdai2/bin:/usr/local/bin:/usr /bin:/usr/X11R6/bin:/bin:/usr/games:/opt/gnome/bin:/opt/kde3/bin:/usr/lib/mit/bin:/usr/ lib/mit/sbin:/usr/local/maui/sbin:/usr/local/maui/bin)on > gcc -o dos-procar.x dos-procar.fIn file dos-procar.f:1implicit real*8(a-h,o-z)1Error: Non-numeric character in statement label at (1)In file dos-procar.f:1implicit real*8(a-h,o-z)1Error: Unclassifiable statement at (1)In file dos-procar.f:1101000 continue1Error: Bad continuation line at (1)In file dos-procar.f:1101000 continue1Error: Unclassifiable statement at (1)In file dos-procar.f:113do k = 1, nk1In file dos-procar.f:902Error: Variable 'k' at (1) cannot be redefined inside loop beginning at (2) In file dos-procar.f:117do k = 1,nk1In file dos-procar.f:902Error: Variable 'k' at (1) cannot be redefined inside loop beginning at (2) In file dos-procar.f:121101 format(10x,f9.5)1Error: Bad continuation line at (1)In file dos-procar.f:121101 format(10x,f9.5)1Error: Unclassifiable statement at (1)In file dos-procar.f:122102 format(f10.5)1Error: Bad continuation line at (1)In file dos-procar.f:122102 format(f10.5)1Error: Unclassifiable statement at (1)In file dos-procar.f:123103 format(20a4)1Error: Bad continuation line at (1)In file dos-procar.f:123103 format(20a4)1Error: Unclassifiable statement at (1)In file dos-procar.f:124104 format(16x,i3,20x,i5,19x,i4)1Error: Bad continuation line at (1)In file dos-procar.f:124104 format(16x,i3,20x,i5,19x,i4)1Error: Unclassifiable statement at (1)In file dos-procar.f:125105 format(10x,i3,5x,3f11.8,13x,f11.8) 1Error: Bad continuation line at (1)In file dos-procar.f:125105 format(10x,i3,5x,3f11.8,13x,f11.8) 1Error: Unclassifiable statement at (1)In file dos-procar.f:126106 format(4x,i4,9x,f14.8,7x,f12.8) 1Error: Bad continuation line at (1)In file dos-procar.f:126106 format(4x,i4,9x,f14.8,7x,f12.8)1Error: Unclassifiable statement at (1)In file dos-procar.f:127107 format(3x,4f7.3)1Error: Bad continuation line at (1)In file dos-procar.f:127107 format(3x,4f7.3)1Error: Unclassifiable statement at (1)In file dos-procar.f:134do k = 1,nk-11In file dos-procar.f:902Error: Variable 'k' at (1) cannot be redefined inside loop beginning at (2)In file dos-procar.f:148do k=1,nk1In file dos-procar.f:902Error: Variable 'k' at (1) cannot be redefined inside loop beginning at (2)In file dos-procar.f:1899000 continue1 Error: End of nonblock DO statement at (1) is interwoven with another DO loop In file dos-procar.f:192end1Error: END DO statement expected at (1)Error: Unexpected end of file in 'dos-procar.f'请问运行gcc -o dos-procar.x dos-procar.f 后,出现了以上错误是什么原因?谢谢实例2关于V ASP计算PDOS的疑问在计算完TDOS和PDOS之后,不知道怎么将DOS图画出来。

VASP程序使用

VASP程序使用

VASP程序使用VASP程序是一种用于计算固体材料和表面材料性质的量子化学计算程序。

它采用第一性原理方法,即从基本的原子核和电子相互作用出发,通过解波恩-奥本海默(Born-Oppenheimer)方程来计算材料的能带结构、电子态密度、原子结构、晶格参数、声子谱等物理性质。

VASP程序的应用广泛,可以用于材料科学、物理学、化学等众多研究领域。

在开始使用VASP程序之前,需要进行一系列的准备工作。

首先,用户需要获取VASP程序及其相关的源代码和输入文件。

其次,用户需要安装VASP程序并设置好环境变量。

VASP程序可以在不同的操作系统上运行,包括Linux、Unix和Windows等。

使用VASP程序的第一步是准备输入文件。

这些输入文件包括晶体结构文件(POSCAR文件)、计算参数文件(INCAR文件)、赝势文件(POTCAR文件)和K点网格文件(KPOINTS文件)等。

用户需要准备这些文件并将其放到同一个目录下。

其中,POSCAR文件包含晶体结构信息,INCAR文件包含计算参数设置,POTCAR文件包含赝势信息,KPOINTS文件包含K点网格信息。

一般情况下,VASP程序的计算时间较长,需要较大的计算资源。

用户需要根据自己的计算目标和计算机性能来选择合适的计算参数和计算资源。

如果计算任务较重,可以使用并行计算来提高计算效率。

在计算完成后,用户可以通过查看输出文件来获取计算结果。

输出文件包括能带图文件、DOS文件、晶体结构文件等。

用户可以利用这些文件来分析材料的能带结构、电子态密度、原子结构等性质。

VASP程序还提供了一系列的后处理工具,用户可以使用这些工具来进一步分析和处理计算结果。

VASP计算DOS和能带

VASP计算DOS和能带

个人总结一:VASP计算DOS和能带1.计算DOS①POSCAR②POTCAR③KPOINTS(建议以Gamma为中心取点,通常K×a≈45即可)④INCAR(越简洁越好)第一步:结构优化SYSTEM=**ISTART=0ENCUT=500(最好对其进行测试)EDIFF=1E-5EDIFFG=-0.01NSW=100ISIF=2IBRION=2【优化后计算DOS可以一步完成,也可以分为两步来完成,主要是计算量涉及到计算时间的差别】第二步:静态自洽(此时可稍微降低K点数,用第一步优化得到的CONTCAR作为POSCAR进行计算)SYSTEM=**ISTART=0PREC=AccurateEDIFF=1E-5EDIFFG=-0.01ENCUT=500ISMEAR=-5LCHARG=.TRUE.注意:此时得到的E-feimi是准确的,需要记下(grep ‘E-fermi’OUTCAR)第三步:非自洽计算(采用高密度K点)SYSTEM=**ISTART=1ICHARG=11LMAXMIX=2/4/6(VASP官网原话:If ICHARG is set to 11 or 12, it is strongly recommened to set LMAXMIX to twice the maximum l-quantum number in the pseudpotentials. Thus for s and p elements LMAXMIX should be set to 2, for d elements LMAXMIX should be set to 4, and for f elements LMAXMIX should be set to 6)PREC=AccurateEDIFF=1E-5EDIFFG=-0.01ENCUT=500(截断能最好与上一步保持一致)ISMEAR=-5LORBIT=10/11(推荐11,可以得到能级分裂的数据)优化后计算DOS一步完成:(采用高密度K点)SYSTEM=**ISTART=1PREC=AccurateEDIFF=1E-5EDIFFG=-0.01ENCUT=500ISMEAR=-5LORBIT=10/112.计算能带①POSCAR②POTCAR③KPOINTS:使用Line-mode格式,给出高对称性K点之间的分割点数,分割越密,路径积分就越准确。

VASP的个人经验手册

VASP的个人经验手册

V ASP的个人经验手册使用V ASP的个人经验手册侯柱锋厦门大学物理系2004届博士E-mail: zhufhou@ 2004/06/22 本手册纯属个人使用V ASP后的心得和经验总结,版权属于本手册的作者及厦门大学物理系计算物理实验室。

未经许可,不准在网上传阅。

文中提到的一些小程序,可以提供使用。

在参考的过程,如遇到不清楚或含糊的地方,可以参考V ASP的英文manual或email给我。

如认为本手册某些地方需要更正或修改的,请email给我。

当在使用V ASP的过程中遇到问题,也可以email给我,大家一起学习V ASP 的使用,挖掘和掌握V ASP强大的功能。

本手册参考了V ASP的英文manual、的报告以及从internet网上收集的资料。

本手册大致有以下几个内容:A程序的编译“?A V ASP的主要输入文件OA V ASP的主要输出文件lA参数设置与选择的技巧A材料基态性质的计算方法和步骤ZA材料磁性性质的计算μA表面体系的计算”aAtools中小程序的说明A半导体中的缺陷和杂质问题十、如何进行分子动力学模拟十一、强关联体系的计算(LDA+U或GGA+U) 一、程序的编译声明:本实验室购买的是版本,所属本实验室的成员以及经过朱梓忠教授同意使用的合作者必须遵守该软件的使用协议,注意V ASP软件的版权问题,严禁私下发布或传播本实验室购买的V ASP源代码和赝势库以及编译V ASP得到的可执行代码。

1下面以编译版本为例,编译更新的版本、和的步骤与此相同。

1、所需文件和程序V ASP源代码:和数学库:LAPACK和BLAS (/),或mkl,或ATLAS (/) 或Lib GOTO (/users/flame/goto/) Fortran编译器:PGI fortran 至少以上版本(/),或Intel的ifc (以上版本是ifort, /software/products/compilers/flin/),前者可以从网站上下载到15天的试用版本,后者可以从网站下载到的版本。

VASP处理split_dos

VASP处理split_dos

实例1split-dos的工作原理我算了一个BaTiO3单胞,5个原子,加上总的态密度应该一共6组数据。

但是计算结果的DOSCAR中却有1+5*7,36组数据,不知道每组数据对应什么?用split-dos脚本处理之后,确实生成了DOS0……DOS5,这是怎么生成的?脚本看不懂,望指教其原理。

我对比过DOS4和DOSCAR,里面的数据没相同的。

PS:是不是一定要运行vp后才能运行split-dos?split_dos是把费米能级算进去了的,所以能量会有不同但是其他的应该只是从DOSCAR里面提取出来的。

可以给我发第一列是能量后面的分别是s-up s-down p-up p-down d-up d-down从脚本上看vp 不是必须的实例2电子态密度图是怎么做的?我看好多文献在做电子结构计算时,都有态密度图,请问这是怎么作的?装个p4vasp,里面可以导入计算所得到的vasp.xml文件,选择electronic -> DOS+BAND就可以画出态密度图,然后Graph -> export 就可以到处数据到Origin中画图。

p4vasp还可以处理各种PDOS,并自动把自旋向下的电子态密度数据设为负值,非常方便。

我不用P4VASP 行吗?直接从DOSCAR里找出数据画图或者用split-dos给分割一下之后画图这样做也是正确的吧?实例3split_dos运行我将split_dos 和vp放在vasp第一次运行后的同一个目录下,然后运行,出现结果./split_dos[94]: /vp: not found [No such file or directory]请问是什么原因,在split_dos应该修改路径吗赋予执行属性是chmod 755 split_dos吧我赋予了呀。

split_dos中不用改路径吗,我的目录下都没bin 文件那就是你缺少一个vp修正版的splitdos有三个文件:vp、sumdos和split_dos.ksh实例4散尽金币求split_dos 运行1 我将split_dos 与vp 放在需要计算的文件夹下然后在当前目录运行sh split_dos出现以下错误zhangkun@zhangkun-desktop:~/band750$ sh split_dos: not found2:: not found3:: not found8:: not found11:: not found12:: not found18:: No such file or directoryset: 20: Illegal option -Azhangkun@zhangkun-desktop:~/band750$请问是怎么回事?怎样才能计算出呢2 还有为什么我自己编译的vasp p4vasp 不能读入vasprun.xml文件呢有没有别的方法求的局域态密度的呢我用了split-dos 通过读入procar文件这几个需要输入的参数是什么含义啊为什么会显示数组越界呢我有自己些的分开DOS文件的shell,不知道和你用的split_dos功能一样不,如果需要站内PM我运行shell时不用sh split_dos直接 . /split_dos就行了我有自己些的分开DOS文件的shell,不知道和你用的split_dos功能一样不,如果需要站内PM我实例5VASP计算出来的PDOS怎么画图啊?求指教用origin 画图软件画,你把VASP计算出来的PDOS弄成txt格式(当然得从DOSCAR 中split dos 得到,这个需要小程序,你自己搜一下),有两列,一列能量,一列态密度,直接用origin 打开就行。

VASP操作介绍-两次课

VASP操作介绍-两次课

PBE
LDA PAW型赝势 GGA PBE PW91
2) POTCAT中各原子赝势定义的顺序必需与POSCAR中相同:
surface of mgo(100) (2*2)Mg 1.00000000000000 5.9459999999999997 0.0000000000000000 0.0000000000000000 0.0000000000000000 5.9459999999999997 0.0000000000000000 0.0000000000000000 0.0000000000000000 20.0000000000000000 20 20 Selective dynamics Direct ……
siliconbulktitle29scalingfactorlatticeconstant001010第一个平移矢量的方向100010第二个平移矢量的方向101000第三个平移矢量的方向2单胞内原子数目以及原子种类selectivedynamics表示对构型进行部分优化如果没这行则表示全优化direct表示所采用的为分数坐标如果内容为car则坐标单位为埃012501250125各原子坐标以及哪个方向坐标放开优化012501250125mgo10022mg1000594599999999999970000000000000000005945999999999999700000000000000000020000002020体系中有2种元素各自的原子数目分别为2020selectivedynamicsdirect000000000000000000050000000000000000050000050000000000000000050000000000025000025000000000075000025000000000025000075000000000075000075000000000potcar文件内容说明

[转载]DOSCAR——读懂split_dos(再贴)

[转载]DOSCAR——读懂split_dos(再贴)

[转载]DOSCAR——读懂split_dos(再贴)原⽂地址:DOSCAR——读懂split_dos(再贴)作者:原⼦修补匠下⾯是处理VASP输出数据得到态密度的脚本⽂件split_dos,与它配合的vp没有贴出来。

学习vasp如果会⼀些shell编程,对vasp的运⽤会更灵活⽅便。

这个程序听说⽐较⽼,有些问题,不能直接⽤来处理vasp4.6及以上版本的数据,也不能处理f电⼦。

有兴趣的可以关注⼀下,看看语法本⾝,或者提出修改意见,都有BB⿎励。

:D:D:D:D:D:D:D:D:D:D:D:D:D:D:D:D:D:D:D:D:D:D:D:D:D:D:D:D:D#!/bin/ksh# Script to break the VASP DOSCAR file into segments for# each atomic site.# JMS NRL 5/0/02# Modified to also align the Fermi level from the ground state# to E=0.0# JMS NRL 6/19/02# Executables reside hereBIN=~/bin #把这⾥修改为vp保存的路径。

然后把split_dos的路径添加到PATH中。

if [ $# -ne 0 ]; then #直接在shell提⽰符下输⼊split_dos运⾏,否则提醒Usage: split_dos,返回信息2.echo "Usage: split_dos"exit 2fi# Script to split the DOSCAR file into the atomic# projections labeled by atom numberdosfile=DOSCARoutfile=OUTCARinfile=INCAR# Token for splitting the filestoken=$(sed -n '6 p' $dosfile | awk '{print $1}') #这个token后⾯好像没有⽤到,有什么⽤呢?# Number of pointsnl=$(sed -n '6 p' $dosfile | awk '{print $3}')# Number of atomsnatom=$(sed -n '1 p' $dosfile | awk '{print $1}')# Get the Fermi level if the OUTCAR file is present,# else we set it to zero.if [ -a $outfile ]; thenecho "The" $outfile "exists, we use it to get the Fermi level,"echo "the RWIGS tag and the number of spins."efermi=$(grep "E-fermi" $outfile | tail -1 | awk '{print $3}')echo "Fermi level:" $eferminspin=$(grep "ISPIN" $outfile | tail -1 | awk '{print $3}')if [ $nspin -eq 2 ]; thenecho "Spin polarized calculation"elseecho "Unpolarized calculation"fi# 2.a# JMS 2/3/03 Modified to accept specification by LORBIT token.#lorbit=$(grep "LORBIT" $outfile | tail -1 | awk '{print $3}')if [ $lorbit -ge 10 ]; thenecho "LORBIT > 10"echo "WARNING: not completely test for vasp.4.*"echo "Use at your own risk. Please check results for consistency."form=1else# 2.arwigs=$(grep "RWIGS" $outfile | tail -1 | awk '{print $3}' | sed 's/.//g')if [ $rwigs -eq -100 ]; thenecho "RWIGS token not set"form=0elseecho "RWIGS token set"form=1fi# 2.afi# 2.aelseecho "The" $outfile "does not exist, we set the Fermi level to 0"echo "assume an unpolarized calculation, and RWIGS not set"form=0nspin=1efermi=0.0fi# If the outcar file is not present and you wish to set something by hand# you should do it here. Uncomment the tokens below and set them by hand. #efermi=2.255#form=#nspin=# Get the atomic coordinates$BIN/vp >| tmp.dattail -$natom tmp.dat | awk '{printf "%s .8f .8f .8f n", "#", $2, $3, $4}' >| tmp.dat2 # Total is first DOSif [ $form -eq 0 ]; then #这个很怪,为什么不直接i=0呢?i=0elsei=0fistart=7end=$((start+nl-1))#echo $start $end#exit 0rm -f DOS0if [ $form -eq 1 ]; thenwhile [ $i -le $natom ]; do#echo $i $start $endif [ $i -gt 0 ]; thensed -n ''$i' p' tmp.dat2 >| DOS$i #读⼊对应原⼦位置坐标到DOSi第⼀⾏fiif [ $i -gt 0 ]; then# Atomic projected DOSif [ $nspin -eq 2 ]; thensed -n ''$start','$end' p' $dosfile | awk '{printf ".8f .8f .8f .8f .8f .8f .8f n", $1+(-1)*'$efermi', $2, -1*$3, $4, -1*$5, $6, -1*$7}' >> DOS$ielsesed -n ''$start','$end' p' $dosfile | awk '{printf ".8f .8f .8f .8f n", $1+(-1)*'$efermi', $2, $3, $4 }' >> DOS$ifielse# Total DOSif [ $nspin -eq 2 ]; thensed -n ''$start','$end' p' $dosfile | awk '{printf ".8f .8f .8f .8f .8f n", $1+(-1)*'$efermi', $2, -1*$3, $4, -1*$5 }' >> DOS$i elsesed -n ''$start','$end' p' $dosfile | awk '{printf ".8f .8f .8f n", $1+(-1)*'$efermi', $2, $3 }' >> DOS$ififistart=$((end+2))end=$((start+nl-1))i=$((i+1))doneelsewhile [ $i -le 0 ]; do #这个奇怪,为什么要讨论i<0呢?不是只需考虑i>=0吗?前⾯已经全部包含了的呀?#echo $i $start $endif [ $i -gt 0 ]; thensed -n ''$i' p' tmp.dat2 >| DOS$ifiif [ $i -gt 0 ]; then# Atomic projected DOSif [ $nspin -eq 2 ]; thensed -n ''$start','$end' p' $dosfile | awk '{printf ".8f .8f .8f .8f .8f .8f .8f n", $1+(-1)*'$efermi', $2, -1*$3, $4, -1*$5, $6, -1*$7}' >> DOS$ielsesed -n ''$start','$end' p' $dosfile | awk '{printf ".8f .8f .8f .8f n", $1+(-1)*'$efermi', $2, $3, $4 }' >> DOS$ifielse# Total DOSif [ $nspin -eq 2 ]; thensed -n ''$start','$end' p' $dosfile | awk '{printf ".8f .8f .8f .8f .8f n", $1+(-1)*'$efermi', $2, -1*$3, $4, -1*$5 }' >> DOS$i elsesed -n ''$start','$end' p' $dosfile | awk '{printf ".8f .8f .8f n", $1+(-1)*'$efermi', $2, $3 }' >> DOS$ififistart=$((end+2))end=$((start+nl-1)) i=$((i+1))donefiexit 0。

VASP计算DOS-Al

VASP计算DOS-Al

VASP计算DOS-AlV ASP计算DOSV ASP中电子态密度计算的流程主要分成三步:一、结构优化;二、静态自洽计算;三、非自洽计算以Al-FCC为例子(在三步中可以将ISMEAR都设置成0) 第一步结构优化阿输入文件(INCAR, POTCAR, POSCAR, KPOINT)INCAR文件System=AlISTART=0ISMEAR=1SIGMA=0.2ISPIN=2GGA=91; VOSKOWN=1; EDIFF=0.1E-05; EDIFFG=-0.01IBRION=2NSW=50ISIF=2 (OR 3)NPAR=10POTCAR 文件直接在势库中拷贝POSCAR文件Al4.051.0 0.0 0.00.0 1.0 0.00.0 0.0 1.04Direct0.0 0.0 0.00.5 0.5 0.00.5 0.0 0.50.0 0.5 0.5KPOINT 文件Automatic generationMohkorst Pack15 15 150.0 0.0 0.0第二步静态自洽计算INCAR:PREC = Medium,ISTART = 0,ICHARG = 2,ISMEAR = -5 输入文件(INCAR, POTCAR, POSCAR, KPOINT)INCAR文件System=AlISTART=0ISMEAR=1SIGMA=0.2ISPIN=2GGA=91; VOSKOWN=1; EDIFF=0.1E-05; EDIFFG=-0.01 #IBRION=2#NSW=50#ISIF=2 (OR 3)NPAR=10POTCAR 文件直接在势库中拷贝POSCAR文件Al4.051.0 0.0 0.00.0 1.0 0.00.0 0.0 1.04Selective DynamicDirect0.0 0.0 0.0 T T T0.5 0.5 0.0 T T T0.5 0.0 0.5 T T T0.0 0.5 0.5 T T TKPOINT 文件Automatic generationMohkorst Pack15 15 150.0 0.0 0.0第二步计算是在结构优化的结果上进行的,所以开始第二步的时候,将第一步中的输入文件INCAR, POTCAR, POSCAR, KPOINT 以及C* 文件放入静态自洽计算中去,并且将CONTCAR 拷贝到POSCAR 中,然后运行V ASP。

vasp攻略

vasp攻略

打包压缩命令:tar zcvf 文件名.tar.gz 源文件名采用link方式避免重复的文件浪费内存:ln –s 源文件命名Eg:ln –s ../optic/MME ./EuO.mme交互式绘图工具gnuplot: 命令行打:gnuplot进入格式:plot “文件名”退出:quit求磁矩:getmag如果由于节点掉线在提交任务后秒退,不输出outcar可以指定节点提交任务LJRS -l nodes=c0104:ppn=4chmod +x 名称——使脚本可以执行构造potcar,以A和B元素为例:如果是以Z为拓展名的文件:zcat A/POTCAR.Z B/POTCAR.Z > POTCAR如果是解压后的potcar文件:cat A/POTCAR B/POTCAR > POTCARINCAR中的RWIGS通过POTCAR文件获得单位晶胞体积:grep “vol”OUTCAR自动计算加应力情况下的最优化情况:C/a :vaspcaopt softmode-e -=*(画曲线)如果要看某种材料是FM还是AFM,需要以相同结构计算一次,看能量哪个低。

将POSCAR/CONTCAR/CHGCAR装换成xcrysden(进入xcrysden文件执行./xcrysden)可读取的形式Eg:(BFO)v2xsf CHGCAR -1 83 -2 26 -3 8 -dv2xsf POSCAR -1 83 -2 26 -3 8 -dv2xsf CONTCAR -1 83 -2 26 -3 8 -d晶胞放大时,k点需要等比例的缩小画出曲线图:ISMEAR如果是半导体/绝缘体取-5,如果是金属取1,SIGMA=0.2(一般不改变)如果求DOS,则ISMEAR=-5.如果求band,则ISMEAR=1.1、Relax ISTART=0,ICHARG=2, ISIF=3,NSW=200,EDIFFG=-1*10-3,IBRION=22、Scf NSW=0(关闭结构优化) 用Relax后的CONTCAR替换POSCAR3、DOS 添加scf后的CHGCAR,ISTART=1,ICHARG=11,k放大一倍DOSCAR 第六行:Emax Emin Emin与Emax之间点的数目Ef第七行:能量总的态密度(spin up)总的态密度(spin down)态密度积分(up)态密度积分(down)后面按原子分:能量s轨道态密度(spin up)s轨道态密度(spin down)p轨道态密度(spin up)p轨道态密度(spin down)d轨道态密度(spin up)d轨道态密度(spindown)f轨道态密度(spin up)f轨道态密度(spin down)Split_dos 对dos按原子区分4、band 与DOS所需文件一致,KPOINTS需要使用line模式手动输入。

2015源资培训班-VASP上机练习讲解(电子结构计算-态密度)

2015源资培训班-VASP上机练习讲解(电子结构计算-态密度)
vi INCAR
能带数目共8,由于Si是半 导体,在算dos和band structure时需要增加能带 数目,通常增加20%,此 处增加到了10
4)投作业:qsub vasp.pbs
12
1. Si (dos)
查看输出文件:DOSCAR
前边6行与EIGENVAL中的含义相同
能量 DOS
integrated
创建输入文件:INCAR、POSCAR、KPOINTS、POTCAR、 CHGCAR
1)确定自己在vasp2015文件夹下 2)创建dos文件夹(在scf文件夹基础上修改输入文件):
cp –r Si-scf Si-dos 3) 将分析dos的脚本文件复制到Si-dos文件夹中:
cp split_dos vp Si-dos 4)进入Si-dos文件夹:cd Si-dos
7
1. Si (scf)
查看输出文件:OSZICAR
vi OSZICAR
只跑一步电子自洽迭代 8
1. Si (scf)
查看输出文件:EIGENVAL,记住能带数(8)
vi EIGENVAL
体系名称、个数、结构信息
电子数、k点数、band数 每个K点空间位置及权重
此k点处所有能带对应的能量
9
1. Si (dos)
cp Si-opt/INCAR Si-scf cp Si-opt/POTCAR Si-scf cp Si-opt/KPOINTS Si-scf cp Si-opt/vasp.pbs Si-scf cp Si-scf-POSCAR Si-scf/POSCAR 4)进入Si-scf文件夹:cd Si-scf 5)修改输入文件:POTCAR不需改动 INCAR需要改动 vi INCAR
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及安装结束后进行高中资料试卷调整试验;通电检查所有设备高中资料电试力卷保相护互装作置用调与试相技互术通关,1系电过,力管根保线据护敷生高设产中技工资术0艺料不高试仅中卷可资配以料置解试技决卷术吊要是顶求指层,机配对组置电在不气进规设行范备继高进电中行保资空护料载高试与中卷带资问负料题荷试22下卷,高总而中体且资配可料置保试时障卷,各调需类控要管试在路验最习;大题对限到设度位备内。进来在行确管调保路整机敷使组设其高过在中程正资1常料中工试,况卷要下安加与全强过,看2度并22工且22作尽22下可22都能2可地护1以缩关正小于常故管工障路作高高;中中对资资于料料继试试电卷卷保破连护坏接进范管行围口整,处核或理对者高定对中值某资,些料审异试核常卷与高弯校中扁对资度图料固纸试定,卷盒编工位写况置复进.杂行保设自护备动层与处防装理腐置,跨高尤接中其地资要线料避弯试免曲卷错半调误径试高标方中高案资等,料,编5试要写、卷求重电保技要气护术设设装交备备4置底高调、动。中试电作管资高气,线料中课并3敷试资件且、设卷料中拒管技试试调绝路术验卷试动敷中方技作设包案术,技含以来术线及避槽系免、统不管启必架动要等方高多案中项;资方对料式整试,套卷为启突解动然决过停高程机中中。语高因文中此电资,气料电课试力件卷高中电中管气资壁设料薄备试、进卷接行保口调护不试装严工置等作调问并试题且技,进术合行,理过要利关求用运电管行力线高保敷中护设资装技料置术试做。卷到线技准缆术确敷指灵设导活原。。则对对:于于在调差分试动线过保盒程护处中装,高置当中高不资中同料资电试料压卷试回技卷路术调交问试叉题技时,术,作是应为指采调发用试电金人机属员一隔,变板需压进要器行在组隔事在开前发处掌生理握内;图部同纸故一资障线料时槽、,内设需,备要强制进电造行回厂外路家部须出电同具源时高高切中中断资资习料料题试试电卷卷源试切,验除线报从缆告而敷与采设相用完关高毕技中,术资要资料进料试行,卷检并主查且要和了保检解护测现装处场置理设。备高中资料试卷布置情况与有关高中资料试卷电气系统接线等情况,然后根据规范与规程规定,制定设备调试高中资料试卷方案。
实例 4
对全部高中资料试卷电气设备,在安装过程中以及安装结束后进行高中资料试卷调整试验;通电检查所有设备高中资料电试力卷保相护互装作置用调与试相技互术通关,1系电过,力管根保线据护敷生高设产中技工资术艺料0不高试仅中卷可资配以料置解试技决卷术吊要是顶求指层,机配对组置电在不气进规设行范备继高进电中行保资空护料载高试与中卷带资问负料题荷试2下卷2,高总而中体且资配可料置保试时障卷,各调需类控要管试在路验最习;大题对限到设度位备内。进来在行确管调保路整机敷使组设其高过在中程正资1常料中工试,况卷要下安加与全强过,看度并22工且22作尽22下可22都能22可地护以缩1关正小于常故管工障路作高高;中中对资资于料料继试试电卷卷保破连护坏接进范管行围口整,处核或理对者高定对中值某资,些料审异试核常卷与高弯校中扁对资度图料固纸试定,卷盒编工位写况置复进.杂行保设自护备动层与处防装理腐置,跨高尤接中其地资要线料避弯试免曲卷错半调误径试高标方中高案资等,料,编试要5写、卷求重电保技要气护术设设装交备备置底4高调、动。中试电作管资高气,线料中课并敷3试资件且、设卷料中拒管技试试调绝路术验卷试动敷中方技作设包案术,技含以来术线及避槽系免、统不管启必架动要等方高多案中项;资方对料式整试,套卷为启突解动然决过停高程机中中。语高因文中此电资,气料电课试力件卷高中电中管气资壁设料薄备试、进卷接行保口调护不试装严工置等作调问并试题且技,进术合行,理过要利关求用运电管行力线高保敷中护设资装技料置术试做。卷到线技准缆术确敷指灵设导活原。。则对对:于于在调差分试动线过保盒程护处中装,高置当中高不资中同料资电试料压卷试回技卷路术调交问试叉题技时,术,作是应为指采调发用试电金人机属员一隔,变板需压进要器行在组隔事在开前发处掌生理握内;图部同纸故一资障线料时槽、,内设需,备要强制进电造行回厂外路家部须出电同具源时高高切中中断资资习料料题试试电卷卷源试切,验除线报从缆告而敷与采设相用完关高毕技中,术资要资料进料试行,卷检并主查且要和了保检解护测现装处场置理设。备高中资料试卷布置情况与有关高中资料试卷电气系统接线等情况,然后根据规范与规程规定,制定设备调试高中资料试卷方案。
PS:是不是一定要运行 vp 后才能运行 split-dos?
split_dos 是把费米能级算进去了的,所以能量会有不同 但是其他的应该只是从 DOSCAR 里面提取出来的。
可以给我发第一列是能量 后面的分别是 s-up s-down p-up p-down d-up d-down
从 脚本上看 vp 不是必须的
这到底是为什么,要如何设置才能得到每个原子正确的分波态密度。 应该还是要设 LORBIT=11 这个参数的,至于 O 出现 d 的成份,很正常,因为 PAW 里面 O 默认的 RWIGS 偏大有可能把金属原子的 d 成份包括进去了,不过你可以把 O 原子所谓 的 p 和 d 画在一起看看,你会发现 d 相对于 p 来说很小,几乎可以忽略不计,而且其所在 的能量范围也比 p 高(可能就是金属原子的 d 所在能量范围)。 我查了一下 O 的 dos,发现 d 电子的量还是非常大,在有的能级上能和 O 的 p 电子同量级, 甚至有的比 p 电子的量还大。 这是一个 O 原子的 PDOS,第二个是第一个在费米能级附近的放大图 曾经尝试过手动输入 RWIGS,调节 O 的 RWIGS,当然我的体系中只含一个氧原子,调节 总的 DOS 影响不大,且尽可能保证 OUTCAR 中的 volume of typ 接近 100%。可以消除 O 的 D 态。 至于楼主说的没有分波态密度,猜测莫非不是静态计算,因为优化过程不产生 DOS。
我不用 P4VASP 行吗?直接从 DOSCAR 里找出数据画图或者用 split-dos 给分割一下之后 画图 这样做也是正确的吧?
实例 3
split_dos 运行
我将 split_dos
和 vp 放在 vasp 第一次运行后的同一个目录下,然后运行,出现结果.
/split_dos[94]: /vp: not found [No such file or directory]
我有自己些的分开 DOS 文件的 shell,不知道和你用的 split_dos 功能一样不,如果需要站 内 PM 我 运行 shell 时不用 sh split_dos 直接 . /split_dos 就行了 我有自己些的分开 DOS 文件的 shell,不知道和你用的 split_dos 功能一样不,如果需要站 内 PM 我
实例 2
电子态密度图是怎么做的? 我看好多文献在做电子结构计算时,都有态密度图,请问这是怎么作的?装个 p4vasp,里 面可以导入计算所得到的 vasp.xml 文件,选择 electronic -> DOS+BAND 就可以画出态密 度图,然后 Graph -> export 就可以到处数据到 Origin 中画图。p4vasp 还可以处理各种 PDOS,并自动把自旋向下的电子态密度数据设为负值,非常方便。
实例 6
VASP 分波态密度 求助: 我算一个有 Zn,O,H 的体系,在用 VASP 计算态密度的时候,用的是 PAW 势,在 INCAR 里设置 LORBIT=11 计算, 用 split-dos 程序分割每个原子的分波态密度,竟然在 O 原子里看到了有 d 电子的成分,觉得很奇怪,后来以为是 INCAR 的设置有问题,于是舍 弃 LORBIT=11, 换成 RWIGS ,将 Zn,O,H 三个元素的 Weige-Size 半径写到 INCAR 里, 可是最后得到的 DOSCAR 里连每个原子的 dos 都没有,只有一个总的 dos.请教大家一下,
实例 5
VASP 计算出来的 PDOS 怎么画图啊?求指教
用 origin 画图软件画,你把 VASP 计算出来的 PDOS 弄成 txt 格式(当然得从 DOSCAR 中 split dos 得到,这个需要小程序,你自己搜一下),有两列,一列能量,一列态密度,直 接用 origin 打开就行。这个软件很有用的,像画能带结构什么的都是用的到的。做分子模 拟和材料计算 material studio 和 origin 是必不可少的,论坛上有这两个软件的教程,自 己学习一下。还有就是计算 然后: ./split_dos 这样他就会帮你执行啦
请问是什么原因,在 split_dos 应该修改路径吗
赋予执行属性
是 chmod 755 split_dos 吧 我赋予了呀。split_dos 中不用改路径吗,我的目录下都没 bin 文件
那就是你缺少一个 vp 修正版的 splitdos 有三个文件:vp、 sumdos 和 split_dos.ksh
散尽金币求 split_dos 运行 1 我将 split_dos 与 vp 放在 需要计算的文件夹下 然后在当前目录运行 sh split_dos 出现以下错误 zhangkun@zhangkun-desktop:~/band750$ sh split_dos : not found2: : not found3: : not found8: : not found11: : not found12: : not found18: : No such file or directory set: 20: Illegal option -A zhangkun@zhangkun-desktop:~/band750$ 请问是怎么回事 ? 怎样才能计算出呢 2 还有为什么我自己编译的 vasp p4vasp 不能读入 vasprun.xml 文件呢 有没有别的方法 求的局域态密度的呢 我用了 split-dos 通过读入 procar 文件 这几个需要输入的参数是什么含义啊 为什么会显示数组越界呢
实例 1
split-dos 的工作原理 我算了一个 BaTiO3 单胞,5 个原子,加上总的态密度应该一共 6 组数据。但是计算结果的 DOSCAR 中却有 1+5*7,36 组数据,不知道每组数据对应什么?用 split-dos 脚本处理之后, 确实生成了 DOS0……DOS5,这是怎么生成的?脚本看不懂,望指教其原理。我对比过 DOS4 和 DOSCAR,里面的数据没相同的。
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