Genemarker中文说明书

Gene Marker®
The Biologist Friendly Software
GeneMarker®是唯一为基因研究者设计的“生物学家友好”基因分型软件。

软件界面具有引导功能并且布局直观，使用非常简便，同时兼顾精准、快速等优点，并集合大量应用，是一个功能强大的科研工具。

软件特点总结如下：
特点：
操作简单
精准读取片段及等位基因快速
界面引导
自定义设置
低成本临床研究：
脆性X综合征
三染色体/非整倍性研究
MLPA
MS-MLPA
囊胞性纤维症
微卫星不稳定
基础研究：
AFLP
T-RFLP
微卫星标记（STR/SSR）
SNP标记（SnapShot/SNPlex）
聚类分析
亲缘关系鉴定
GeneMarker可同时分析多达1000个四色或五色荧光平板胶或毛细管电泳泳道的数据，并兼容全部主流毛细管和平板胶电泳系统产生的文件，如ABI的文件（*.FSA、*.AB1、*.ABI、*.HID）、SCF的文件、MegaBACE™ 的文件（*.RSD、*.ESD）、Beckman-Coulter 的文件，以及与我们JelMarker®软件结合使用分析LI-COR、DNA Analyzers和柯达成像系统产生的平板胶图像（TIFF、BIP、JPEG 、TXT格式）。

GeneMarker是卓越的遗传分析和片段分析软件，可完美替代其他同类软件，如LI-CO （RSAGA软件）、ABI（GeneMapper®、Genotyper®、和GeneScan®）和MegaBACE® 的分析软件。

用户操作
GeneMarker 的“Run Wizard ”简化用3个简单的步骤指引用户，使分析变准确，用户可选择嵌入式的模板或自定板。

GeneMarker 的模式识别技术可以自器或试剂造成的错误，如饱和峰、噪声重叠、钉子峰及影子峰。

目前，GeneMarker 的各项功能均于选择模板或自定义创建模板后自动分显示及报告。

当分析完成和确认后，分析参数、原始数据和结果，以便于归用。

GeneMarker 软件设计了许多有助的工具，分析结果与电泳图一并清晰展程进度详细。

GeneMarker 软件具有用保护限制工程的导入，同时也具有可
另外，GeneMarker 允许用户更改模板的保存目录，实现了连网电脑之间
参数窗口用于
内标技术
GeneMarker 先进的内标技术可快准的找到各类内标试剂的位置，内标包括：
• Local Southern • Cubic Spline
• 大片段范围 (1000bp+) •用户自定义范围设置
这些灵活的设置节省了多重分析间和成本如4探针的临床试验（例如等位基因特异扩增ARMs™、ASA 、法医分析和生物研究（包括TILLING®微卫星、AFLP 、T-RFLP 、VNTR 和 通过Local Southern 算法（80-800 bps 术的DNA 片段线性范围的比较，可以大片段算法有大幅的线性矫正。

简化了参数设置，并分析变得快速、简便和或自定义创建和保存模可以自动修正大部分仪噪声数据、光谱波长均实现自动化，以便自动分析，并提供各种，本软件会保存所有便于归档和今后再次使多有助于提高分析质量和速度清晰展示，向导简洁高效，工具有用户控制功能，通过密码可跟踪的编辑和评论功能。

更改panel 文件、内标文件和脑之间的数据共享。

口用于更改显示与默认路径
术可快速精内标读取重分析的时例如MLPA 、 OLA 等）LING®, STR/BAC 指纹）。

0 bps ）和GeneMarker 大片段技可以看到GeneMarker 仅有的
有用工具
用户管理和使用跟踪
用户管理实现了对每个工程的访问权限和生成编辑历史的控制，每个用户的访问权限由管理员控制，确保了无关人员不会意外修改和更改工程。

用户管理也会在最终的临床报告中为每个用户提供一个ID和一个组织名称。

打印报告的表头（左图）含有机构和用户的ID。

用户管理（右图）记录和保存了编辑历史和备注
便于使用的Panel编辑器
用户可以从嵌入的模板里面选择Panel，也可以下载或
从网站导入Panel（下载网址：/
downloads. html），还可以创建和保存自定义的Panel，之前
保存的ABI Panel也可以导入到GeneMarker中。

通过使用
Panel编辑器，用户可简便的创建Panel和利用原始数据自
动生成Panel，当然也可以用鼠标逐个手动插入目标等位基
因。

用户简便的自定义创建和应用Panel，例如AFLP或微卫星分析
All Color Browser
All Color Browser实现了4色或5色分析样本各色带的
分别显示，用户在此的编辑和评论会自动的记录在电泳图及
主界面等位基因报告和峰图里面，也会随着工程一起保存。

All Color Browser
工程比较工具（Project Comparison Tool）
工程比较工具提供了两个有用功能：第一，它能够分析比较两个独立的工程；第二，它可以作为确认工具来分析不同参数设置或不同仪器对等位基因读取造成的影响。

相关工程在同一屏幕打开，任何参数的不同都会在报告中突出显示，并关联到电泳图中。

该工具大大降低了标准作业和分析系统确认所需时间。

右边表格里突出显示的方格说明了两个样本所选参数存在不同，点击黄色格子可放大显示电泳图，并在下方表格中详细的显示出差异。

重复比较工具（Replicate Comparison Tool）
重复比较工具可自动比较和判断一致的基因型，是临床研究、基因分型研究和化学试剂造成等位基因丢失或其他改变研究的极有价值的工具。

该工具把重复放到一起，并基于多种因素自动比较每个重复，如峰的读取、峰位置、峰高和分值大小等因素。

样本间的任何差异都会标志出来提醒用户，届时用户可手动的输入目标等位基因，否则软件会根据程序自动读取等位基因。

关联向导和排序功能可使用户快速和高效的浏览结果，并导出text 或excel文件。

重复比较工具还可以适用于更大的工程多达5个重复样本的比较。

重复样本在图中形象化进行了的展示，比较结果在右面表格中显示，黄色标注表示样本间的差异。

临床研究应用
脆性X综合征（Fragile X）
脆性X应用可自动分析单色和双色荧光染料数据，还可以分析其他分析三碱基重复的染料数据。

GeneMarker可自动计算每个样本的三碱基重复次数，来确定样本是否为正常、中间重复范围、前突变还是突变，大量的用户自定义设置可便捷的与工程一起保存。

脆性X的单色或双色报告包含工程具体信息的表头、电泳图以及综合结果表格
脆性X分析应用提供多个打印机数字输出格式，包括excel 和text的表格、CGG重复汇总表及特殊样本汇总表。

CGG重复汇总表，脆性X应用几种输出表格之一
MLPA®分析
GeneMarker软件使MLPA 分析变得简便、快速、准确，与Genotyper®、GeneMapper®、®以及其他软件相比GeneMarker非常卓越。

GeneMarker大量的设置使用户能够完美的分析工程，GeneMarker 提供两种标准算法（population 和control-probe）来提高分析的精准性与可靠性。

MLAP应用的界面及向导使用户操作起来便捷和直观，电泳图、比例图、等位基因表使结果解读更加方便快捷，并且这些均可以进行自定义设定、数字化保存以及打印。

程序中预装了大量整套的panel文件（XML），同时新的panel也可方便的从SoftGenetics网站下载，或者联系我们的技术支持获得。

GeneMarker先进的panel编辑功能使用户能够简单的进行各种panel的的校正。

MLPA分析窗口展示了电泳图、比率图和报告，GeneMarker软件的MLPA模块能自动指出未达到用户设定参数范围的样本，并在样本名字前加一个红色的F（上图左边），上图中电泳图放大显示了纯合缺失。

MLPA质量控制
通过新的质量控制方法，MLPA的分析能力大大增强，系统会自动识别控制样本并提醒用户检测样本是否超出了MRC-Holland公司推荐的预定范围。

弹窗信息会提醒用户是否有样本未在质量控制设定范围之内，潜在的异常样本会标红突出显示。

三体型分析
GeneMarker可以帮助科研人员分析QF-PCR
产物，并通过高度精准的片段读取和用户友好的
界面来检测染色体非整倍性。

软件中三体型分析
应用直接与主屏幕连接，并不需要容易出错的数
据传输。

用户可选择分析及报告的默认设置或自
定义参数设置，默认参数来自“英国临床细胞遗
传学会”的《QF-PCR用于非整倍性的诊断最佳
实践指导方针》。

GeneMarker是理想的分析软件，
它能够分析主流的QF-PCR试剂盒，如：Aneufast™、
Devyser™ 、Elucigene™、CyberGeneAB™等，同时
也可分析用户自主的试剂数据。

三体型分析打印报告展示了含有工程信息
的表头、电泳图、摘要表格及确认框，含有三等
位基因的样本名字背景为灰色
MS-MLPA®
GeneMarker DNA分析软件成功的与多重连接探针扩增技术成功结合，用于包括癌症在内的各种遗传缺失和加倍的疾病。

这项技术已经应用于启动子和基因印记甲基化位点鉴定，MRC-Holland公司的启动子甲基化鉴定试剂盒为ME001B、ME002肿瘤抑制基因试剂盒和ME011错配修复基因试剂盒，基因印记试剂盒包括ME028 PWS-AS和ME030 BWS-RSS。

GeneMarker的MS–MLPA模块能够快速准确的为启动子甲基化和基因印记疾病研究人员些找出甲基化位点，GeneMarker操作的简便性和报告的专业性是MS-MLPA®应用的最好选择。

MS-MLPA分析窗口包含比对峰图和比率图。

在比对峰图中对照样本为红色，试验样本为蓝色；在比率图中“正常范围”由平行的绿线表示，位于绿线以上的点为甲基化范围。

微卫星不稳定（MSI）
微卫星为DNA上1-5个碱基对的重复单元的多次连续重
复，人类中最常见的微卫星为CA二核苷酸重复序列，它在
人类基因组中出现了上万次。

微卫星不稳定（MSI）是基因
座重复单元增加或丢失而导致的长度多态性。

特定已知的重
复区域具有多态性和可遗传性，位于微卫星内部和周围的特
定基因会因这种可能的移码突变造成破坏性的影响。

在GeneMarker的MSI分析模块中，肿瘤样本和正常样
本进行峰与峰的比较，比较结果的不同会在电泳图下方以直
方图形式显示。

电泳图中，肿瘤样本曲线为浅红色，极大的
方便了研究人员对微卫星不稳定存在的区域进行观察。

囊肿性纤维化- Elucigene®
ARMS/比较分析应用可提供一个文件与同一工程或医学报告内的文件进行比对，这是一个Elucigene的EU-2试剂盒分析囊肿性纤维化症的理想方法（或者任何工程中两个样本不同色带间的比对）。

ARMS/比较分
析应用保证了同一个体两个文件比对的精准性与简明性。

囊肿性纤维化- Abbott®
利用试剂盒如是囊肿性纤维化症分析的理想方法，例如
Abbott囊性纤维化的基因分析。

主分析窗口包含快速直观的评价
突变等位基因、电泳图和等位基因报告。

等位基因突变标签用对
比颜色在电泳图中即时可视化的显示突变等位基因。

基础研究应用
AFLP® 分析
GeneMarker 是为分析AFLP®技术产生的数据而设计的高效、用户友好的工具软件，本软件兼容全世界的电泳系统及及平板胶输出数据。

GeneMarker 软件具有等位基因读取高效、参数可调和报告种类多等特点，并且报告中含有可比对的电泳图。

GeneMarker 独一无二的片段大小及模板识别技术极大的提高了分析的精确度，同时增加了分析的速度，减少了使用者的干预。

GeneMarker 最新的大片段分析技术降低了AFLP 技术的成本，实现了前所未有的多重分析的机会。

报告显示等位基因的存在于缺失 报告显示峰的高度
T-RFLP
末端限制性片段长度多态性
末端限制性片段长度多态性（T-RFLP ）是基于PCR 的基因指纹技术，用于研究微生物群落构成。

引物被荧光染料标记用于PCR 扩增感兴趣基因的特定区域，PCR 扩增片段被一种或几种限制性内切酶酶切，末端限制性片段（T-RFs ）被DNA 分析仪自动分开。

一个群落的微生物多样性可通过分析T-RF 模板的峰的数量和高度进行估计。

GeneMarker 软件通过调整AFLP 默认设置分析T-RFLP ，具有灵敏度高和结果可再现的特点。

每个样本电泳图下方的表格都具有选择菜单，用来编
辑显示选项
（鼠标光标放到表格出右击显示编辑菜单） 打印报告：四个样本电泳图的对照
微卫星分析和关联系谱
GeneMarker通过自动校正基因分型常见的问题，如饱和峰、噪声数据、光谱相互影响、钉子峰及影子峰，大大减少了分析时间。

GeneMarker 的自动运行向导（Run Wizard）使分析变得快速、简单和精确，数据分析窗口的特点如下：
1.保和修正：以饱和之前和之后的峰型为依据，通过人工合成峰来分析饱和数据。

2.基线校准：本软件通过降低基线来使Y轴在噪声数据之上。

3.拔起峰修正：该功能可删除光谱色带重叠产生的拔起峰。

4.钉子峰修正：软件自动移除由毛细管内小气泡或杂质引起的电压变化产生的钉子峰。

5.影子峰修正：软件可自动过滤PCR滑动产生的影子峰。

单碱基延伸法/ SnapShot®
GeneMarker软件是一款卓越的利用单碱基延伸原理分析SNP基因型的软件，未荧光标记的引物3’端直接位于SNP位点的侧面，通过Taq酶和荧光标记ddNTPs延伸增加一个多态性碱基（即SNP位点）。

最终片段只增加了一个碱基，但电泳图观察到的片段大小比预期大，这是因为荧光染料对小片段电泳迁移率有较大的影。

SNP可以通过与荧光标记ddNTP相关的一种或两种颜色的峰和片段的长度来进行鉴定。

SNPlex® 和SNPWave® 分析
一种鉴定SNP高通量的方法是SNPWave (Keygene® N.V.)，SNPWave利
用了等位基因特异的多重寡核苷酸连
接扩增和AFLP®引物选择扩增，可同时
检测多达100个SNP位点。

另外一种
方法是SNPlex基因分型系统（AB公
司），该方法可同时检测48个SNP，
并应用于92个癌症相关的基因及植
物基因分型。

系谱图显示了5005家族的遗传矛盾
单碱基扩增/SnapShot®图像
GeneMarker的SNPWave报告
种系发生聚类分析和工程合并生物数据聚类计算应用包含生态学家族分类。

利用AFLP 、微卫星和RAP 聚类的方法，每个数据点作为单独的集下面。

研究者可选择不同的连接类型用值），结果以系统树和表格展示每个点利用GeneMarker 的“Merge Proje 高分辨率。

三个不同的多重数据用来扩增工程合并工具将含有14个标记的样本Table ”，适合进一步用于关系鉴定和等位基因名称、片段大小、峰高、高度生聚类分析。

30个样本多重扩增聚类分析产生的系统
图）
，在聚类分析前等位基因读取与基程合并工具
生态学种系分析和种群比较、基因表达模式、酶代谢RAPD 标记分析技术已经有各种各样成功的应用独的集群处理，并相继的合并集群直到所有的点类型用作为聚类算法，如Single 、 Complete 和Averag 每个点的欧几里得距离。

Project ”工具，几个多重分析结果可以联合创建一个30个DNA 样本，每个多重数据包含4或5个独立分样本作为一个基因型，等位基因缺失记作**。

当分析的和亲缘关系分析。

保存为“Peak Table ”会生成一个高度比、峰面积、面积比等。

选择“Bin Table ”格式的系统树图（左图）和来自3个多重扩增文件的相同与基因型合并工具结合使用。

酶代谢途径作图和功能基因应用，GeneMarker 使用层次点都合并到最终的一个集群Average （单独、完整和平均建一个完整的遗传文件，提
独立分类位点。

GeneMarker 分析的报告形式为“Marker 成一个数据表，包含标记和格式可进一步用作种系发
的相同样本的系统树图（右
毛细管和平板胶数据的TILLING® 和EcoTilling分析
自2000年以来，定向诱导基因组局部突变技
术（TILLING和EcoTilling技术）已经广泛应用于
从拟南芥到斑马鱼等各类生物的单核苷酸多态性
（SNP）的简检测，检测样本可能来自实验诱变
处理（EMS处理或辐射等），也可能来自自然群体
或肿瘤、疾病组织。

当使用GeneMarker的“Tilling
Application”模块时，内标峰被识别，所有样本
的峰进行对齐。

这些峰变得平滑，同时基线下降
电泳图强度变得规范统一，底质量的数据会被自
动去除。

软件会根据所有高质量的峰强度中值合
成一个对照样本（Synthetic Control Sample），该
参考样本与每个样本比较生成突变图，并自动识
别样本的变化，图中为长度为1049bp的扩增子。

上图显示了峰校准后依据峰强度中值合成的参考样本；中图为79号样本的峰图；下图为突变图，由参照样本与样本峰强度相减产生的，205.2bp的蓝色峰和848.8bp的绿色峰被自动识别，最初扩增子的的大小是1049bp。

依据系谱和数据库检索工具的自然群体亲缘关系分析
GeneMarker是同类软件中第一个包含亲缘关系分析和数据库模块的软件，使生态学家和其他野生动植物研究者能够简便地识别自然群体、畜牧育种和水产养殖的中的亲缘关系。

“Kinship Analysis”工具提供了鉴定每两个样本之间存在的三代以内亲缘关系的可能性和似然比。

利用布伦纳的同源一致性（IBD）方法与李和萨克斯的随机矩阵，严格的统计分析判断亲缘关系水平。

GeneMarker 的数据库检索工具通过比对相同的遗传文件和和计算随机匹配概率来识别样本（随机匹配概率：人群中随机个体含有相同STR等位基因的概率）。

“Find Family”工具检索数据库与试验样本进行比较，找出各种亲缘关系的最高似然比。

遗传分析参数允许设置错误基因型或突变的阈值。

GeneMarker中数据库保存功能可兼容人种特异标记的等位基因频率表，可以兼容预先保存的.txt或.cmf文件，数据库更新变得简便快捷。

亲缘关系分析工具可实现自定义报告格式设置
数据库检索工具
GeneMarker 的数据库检索报告：动物或植物样本的自定义设置检索报告
单体型分析（Haplotype Analysis ）
家族DNA 片段的单体型分析用于遗传性疾病研究和胚胎植入前研究，GeneMarker 中，单体型分析应用（Haplotype Analysis ）联合多重扩增等位基因信息，用以获得每个个体完整的遗传概况。

家庭分组工具（Family Group Tool ）帮助研究者自动绘制系谱图。

软件利用孩子和父母的等位基因创建一个最近似的等位基因单体型，当等位基因有信息时一个颜色条会分配给最有可能的单体型。

常染色体连锁例子：男性、女性、逝世及怀孕者的标准符号 X 连锁例子：男性、女性及流产儿等位基因携带者身份的标准
符号（SAB ）
大分子分析工具
GeneMarker软件的大分子分析工具（Macromolecule）可在没有内标的情况下帮助分析大分子。

由于大分子的大小及结构不同，毛细管电泳迁移率变化很大，并且很多大分子的内标并不是现成可用的。

这个工具使研究者利用已知大小相同的峰作为参照峰，利用信息逐个毛细管校正。

对齐后的数据（例如相对分子量、峰高、峰面积）可以被导出excel表格或打印报告。

在GeneMarker软件合成的胶图中画一个左右范围的框（左图），点击应用后对齐各毛细管数据（右图）。

使用运行向导可获得对齐后的电泳图、峰的相对大小、峰高和峰面积。