STR参考知识

第二代DNA遗传标记-STR
1,.小卫星DNA-重复单位6-12个bp的VNTR
2.微卫星或短串联重复（STR)-重复单位2-6个bp的VNTR（串联重复序列）
优点：
1.作为遗传标记的“多态性”与“高频率”。

2.采用重复序列两侧的特异性单拷贝序列作为在基因组中定“点”标记，以PCR技术操作，可以实现机械化、自动化、电脑化。

3.以“长度”为差异的检测手段
STR是由2-6个碱基组成核心的串联重复序列，重复次数一般为15-30次，核心序列拷贝数目因个体而异，数目不同所致的长度变化产生了长度多态性。

毛细管电泳机制：
荧光标记STR基因分析技术是利用荧光标记的引物在PCR扩增STR基因座时，使PCR产物的一条链带上荧光标记。

这种带有荧光分子的DNA片段在凝胶中从阴极向阳极迁移，按片段长度大小排列，当迁移到阳极端的激光扫描仪的扫描窗口，荧光染料受到激发，发出一定波长的光，按荧光强度记录下来，每一个带荧光染料的DNA片段电泳轨迹按各自通过激光扫描窗口的实际时间被记录下来，以荧光吸收峰表示每一个片段。

峰值越高，表示该片段量越多；峰出现的时间与片段大小有直接关系，片段越小，峰越早出现。

计算机保存所有片段通过扫描窗口的实际时间以及荧光特征。

甲酰胺以及500LIZ对检验结果的影响：
长久暴露于空气中的去离子甲酰胺被氧化成甲酸盐，后者在电泳进样时有两个不利作用，一是甲酸盐会与PCR产物中的DNA竞争吸附于毛细管上，减少PCR产物中DNA上样量。

二是甲酸盐本身会淬灭荧光，这两个作用的结果是降低毛细管电泳检测灵敏度，使本该检测PCR扩增产物的结果表现为阴性。

PCR扩增后模板DNA量会成千上百万倍增长，有时分析结果时虽可以看到很高PCR峰，但无法分析这些结果，原因是甲酸盐竞争的结果使500LIZ 进样量很少（甲酸盐也能降解DNA),无法对比分析。

所以，去离子甲酰胺应分装于0.5ml离心管内，冰冻保存，防止氧化，每次使用一个；去离子甲酰胺较甲酰胺纯度为高，可增加毛细管电泳检测灵敏度。

DNA分型
1.电泳对荧光颜色不同的DNA片段的峰进行长度检测，并对应不同的颜色。

DNA片段与内标比较后确定长度。

2.最后于以同样方式确定的等位基因Ladder比较，得到未知样本的PCR产物片段分型。

内标识别错误
现象：内标信号太低，标准品峰信号太低，电泳系统不能有效分辨相邻的两个等位基因的情况下，自动分型系统将不能完成对分型标准品的数字化命名。

原因：信号太低，分析范围设置错误和电泳数据不完全。

处理方法：1.信号低-通过调整阈值可正确识别内标，或重新电泳。

理想的峰值在1000-3000之间。

Stutter带
概念：在STR分型图谱中，常常在一个目标STR等位基因峰前少一个重复单位的位置出现一个信号较弱的峰，这种额外的峰就是由于PCR过程中的复制滑脱形成的扩增片段，称为阴影峰。

Stutter带峰高一般是正常峰高的15%以下，量少且少于主峰一个重复单位。

处理方法：减少样品DNA模板，或者减少电泳的上样量以降低峰信号强度。

可参考文献：
/view/ea719abdf121dd36a32d8252.html。