微生物的分类ppt课件

第二节 微生物的命名
n 俗名(common name，vernacular name) 是通俗的名字，简洁易懂，记忆方便， 但它的涵义往往不够确切，且有使用范 围和地区性等方面的限制。 (区域性)
n 学名 (scientific name) M的科学名称， 按照有关M分类的国际委员会拟定的法则 命名的。由拉丁词，希腊词或拉丁化的 外来词组成。 (国际上统一使用)
域 ( Domain) 界 ( Kingdom)
n 非正式分类单元
群 、组、 系
门 ( Phylum或 Division)
种
超纲
亚种
亚目 亚科 科 ( Family)
型、居群、 菌株、培养物
族 属 ( Genus)
亚族
种 ( Species)
亚 种 ( Subspecies)
n㈢rRNA寡核苷酸分类目录 n㈣微生物全基因组序列的测定 (自
习P363)
㈠DNA (G+C) mol% 值
其测定方法： Tm法 说明： ① (G+C) mol%值相差超过5%——属不同种(且菌
株之间相差2.5~4%，小于2%则无意义) ② (G+C) mol%值相差超过10%——不同属 ③ (G+C) mol%值相差越远——亲缘关系越远 注意：亲缘关系很近的M，其(G+C) mol%值一定很近； 反之成立吗？
途等。
n ⑷附加部分：①命名者的姓：种名之后，一般可省。
②改名：首次定名 (加括号) ，现定名人，定名年份
③新种：在学名之后附sp.nov.
例：Methanobacteriumespanolaesp.nov.埃斯帕诺拉甲烷杆
菌新种。
n ⑸种名难以确定时，一般用 sp或 spp表示，其中sp. 表示一
对的专一性，将待测的不同来源的DNA在体外 加热，使其解链，并在合适条件下使互补的碱 基重新配对，然后测定杂交百分率。
n (以同源%or碱基相似性%表示)。% ↑——两者 间碱基顺序的同源性 ↑ (亲缘关系接近)
说明：一般 70％以上 ――种 20％以上 ――属
(DNA-DNA杂交一般用于测定有密切关系(种或种内)微生物 间的相似性； DNA-rRNA分子杂交用于检查关系较远的微生物间 的相似性。)
n 任务：分类 (classification) ，鉴定 ( identification) 与命名 (namenclature)
n 步骤： (获得纯培养物后)
1.据形态特征鉴别其属于哪一大类 (B，A，Y，M) 。
2.据其生理生化特征，生态特征，免疫特征和遗传特 征等。借助于检索表或鉴定手册来依次确定是属于 哪个目，科，属，种。
n 2《伯杰氏系统细菌学手册》 (Bergey′s Manual of Systematic Bacteriology)
n 第一版 ( 1984年) ――四卷；
n 第二版 (2000年) ――五卷。
二、 Ainsworth等人的菌物分类系 统纲要
n ⒈ G.W.Martin (1950年) n 2R.H.Whittaker (1969年)
n 一、种以上的分类单元 n 二、种以下的分类单元
㈠亚种 (Subspecies,subsp,ssp.) ㈡变种 (Variety,var.) ㈢型 (form) ㈣菌株 (strain) ，又称品系 ㈤培养物 (culture) ㈥居群 (population) (群体、种群、群丛)
n 目前正式分类单元
》 (德文，第七版英译本为1927年) n ②美国的《伯杰氏鉴定细菌学手册》 (第一版为1923
年，后一直再版至今) (伯杰氏分类系统) n ③前苏联H.A.K р аcильников (克拉西尔尼
可夫) 的《细菌和放线菌的鉴定》 (1949年，中文版 1957年) (克拉西里尼科夫分类系统)
n ④法国A.R.Prévot的《细菌分类学》 (法文， 1961年) (普雷沃分类系统) 。
坏死梭杆菌腊肠状亚种。
第三节 微生物的分类依据和方法
nM的分类依据：形态特征，生理 生化特征，生态特征，抗原特征 ， 遗传特征，化学分类特征等。
一、常规分类法
n ㈠形态特征
1个体形态特征 2群体形态特征 (培养特征)
①平板菌落特征 ②液体培养特征
n ㈡生理生化特征
1对营养或生长基质的要求。 2代谢反应
分析结果编成分类目录。 ⑸最后按照目录比较对偶(两个被测M)间的相似性，即可
知道比较对偶间的亲缘关系。
以相似系数SAB表 示
其中：
NAB—A 、B对偶所共有的寡聚物中的核苷酸数。 NA和NB是寡聚物中的核苷酸总数。
三、化学特征分类法 (自习P363~364))
⒈ 全细胞水解液的糖型 ⒉ CW化学成分 ⒊ 脂肪酸组成 ⒋ 分支菌酸 ⒌ 磷脂
㈡核酸杂交
n 1.定义：按碱基的互补配对原理，用人工方法 对两条不同来源的单链核酸进行复性 (即退火) ，以构建新的杂合双链核酸的技术。
n 2.分类：DNA—DNA分子杂交； DNA—rRNA分子杂交； rRNA—rRNA分子杂交。
n 3.以DNA—DNA分子杂交为例 n ⑴原理：根据DNA分子解链的可逆性和碱基配
n ⒊ G. C. Ainsworth ( 1 9 6 6 年 ) 第 七 版 ( 1 9 8 3 年 )
第八版 (1995年) 《安·贝氏菌物词典》 n 4 Margulis ( 1 9 74 年)
n 5Leedale (1974年)
n 6J.E.Smith (1975年) n 7C.J.Alexopoulos (1979年)
n ㈤培养物 (culture) ：是指一定时间一 定空间内微生物细胞群或生长物。
n ㈥居群 (population) (群体、种群、 群丛) ：是指一定空间中同种个体的组 合。每一个物种在自然界中的存在，都 有一定空间结构，在其分散的、不连续 的居住场所或分布区域内，形成不同的 群体单元，这些群体单元称为~。
第四节 微生物在生物界的地位
(周2P344~340自习)
一、生物的界级分类学说 ㈠两界系统 ㈡三界系统 ㈢四界系统 ㈣五界系统 ㈤六界系统 ㈥三总界五界系统 二、三域学说及其发展
第五节 各大类微生物的分类系统纲要
(自习349~355)
n 一、20世纪中，原核生物分类体系的权威著作
n ①20世纪初，德国Lehmann和Neumann《细菌分类图说
思考题
一、名词解释 1.菌株；2.种；3.新种
二、问答题
1. 微生物分类的具体任务是什么？ 2. 什么是学名？什么是双名法、三名 法？？
一、学习目的与要求 微生物分类学担负着对微生物进行分类、鉴定和命名的 3 项任
务。通过本章的学习，要求学生掌握几种典型的微生物分类鉴定方 法，并学会对其命名。熟记几种常见的微生物学名。 二、重点内容 ㈠微生物的分类单元 (一般) 识记： 微生物的种、模式菌株、亚种、变种、菌株 理解： 菌株的含义。 ㈡微生物的命名 (次重点) 识记： 双名法、三名法 理解： 微生物学名的命名规则 ㈢微生物的分类依据和方法 (重点) 识记： DNA (( G+C ) mol% 值、核酸杂交、 rRNA 寡
⒊抗逆性：对phage，抗生素，染料和化学药品等抗M因子的反应。
n ㈢生态特征：包括M的天然环境以及与M生活关连的环境因子。
1氧气；2温度； ⒊ pH；4盐度； 5与其他生物之间的相互关系。
n ㈣抗原特征 (即免疫关系)
用于免疫分类鉴定的抗原主要有表面抗原、菌体抗原、菌毛抗原。
二、遗传特征分类法
n㈠DNA (G+C) mol% 值 n㈡核酸杂交
n ㈠亚种 (Subspecies,subsp,ssp.) ——是种的进一步细 分的单元，一般是指在某一个特征上与模式种有明显而稳 定差异的菌株。
例：金黄色葡萄球菌的厌氧亚种
Staphylococcusaureas subsp. anaerobius
n ㈡变种 (Variety,var.) ( 一般认为是亚种的同义词，现 不主张使用) 例：蜡状芽孢杆菌的荧光变种
2.基本原理
n 用一种RNA酶水解rRNA后，可产生一系列 寡核苷酸片断，如果两种或两株微生物 的亲缘关系越近，则其所产生的寡核苷 酸片断的序列也越接近，反之亦然。
3.实验方法(以16SrRNA为例)：
⑴用T1核糖核酸酶水解(32P标记的) 16SrRNA 得 一系列 长度不一的寡核苷酸片段。
⑵水解产物双向电泳。 ⑶利用放射自显影技术获得16SrRNA寡核苷酸的指纹。 ⑷对6个核苷酸以上的寡核苷酸进行序列分析，并按长度将
n ⑤M.P.Starr等编写的《原核生物》 (1981年第一版， 分2卷出版， 1992年第二版分4卷出版)
n ⒈《伯杰氏鉴定细菌学手册》
( Bergey′ s Manual ofDeteminative Bacteriology)
n 第一版 ( 1923年) ；第七版 ( 1957年) ； 第八版 ( 1974年) ；第九版 ( 1994年)
第十一章 微生物的分类和鉴定
第一节 微生物的分类单元 第二节 微生物的命名 第三节 微生物的分类依据和方法 第四节 微生物在生物界的地位 第五节 各大类微生物的分类系统纲要
n 微生物分类：是按M的亲缘关系相似程度把M归入各 分类单元或分类群 (taxon) ，以得到一个反映M进 化的自然分类系统，可供鉴定用的检索表以及可给 出符合逻辑的名称的命名系统。
一、双名法
n 属名+种的加词+ (首次定名人) +现名定名人+定名年份
n (必要，用斜体排字)
(可省略，均用正体排字)
n ⑴每一种M的学名由两个拉丁字，希腊字或拉丁化了的其它 文字组成；
n ⑵属名在前，用名词，字首字母大写，种名在后，用形容词， 字首字母小写。 (种属名需斜体) 。
n ⑶属名规定了M的主要特征，如形态特征，生理特征或科学 家的名字等，种名补充说明M的次要特征，如颜色，形状，用
3.最后与该种的模式种加以比较并命名。
第一节 微生物的分类单元
n 微生物的分类单元也是种。 n 微生物种——是显示高度相似性，亲缘
关系极其接近，与其他种有明显差异的 一群菌株的总称。 n 具体分类时，常用一个被指定的，能代 表这个种群的模式菌株或典型菌株 ( type stain) 作为该种的模式种来定种。
⒍醌
⒎ 多胺分析 ⒏ 可溶蛋白质谱
四、数值分类法
定义：是根据数值分析，借助计算机将拟分类的M按其性状的 相似度归类的方法
㈠ 数值分类的原则
⑴根据尽可能多的性状分类，以揭示分类单位间的真实关 系；
⑵分类时视每个性状为同等重要，以避免分类者的主观偏 见，使结果比较客观，明确而且可以重复。
⑶按性状的相似度，归为等同分类单元或分类群(taxon)
的 表 观 群 或 表 元 ( phenon)
㈡ 数值分类程序
⒈ 分类单元及性状的选择：通常操作分类单位(OTU)为菌株。 ⒉ 性状编码：通常用“+”“－”表示， ⒊ 相似度系数的计算：
⒋ 系统聚类(或等级聚类) ⒌ 聚类结果的表示
数值分类得到的 是表观群或表元， 实践证明：表观 群=分类单元
例：约80%相似 度的表观群等于种
㈢rRNA寡核苷酸分类目录
n 定义：一种通过分析原核或真核细胞中最稳定的rRNA寡 核苷酸序列同源性程度，以确定不同生物间的亲缘关系 和进化谱系的方法。
n 1.选用16SrRNA或18SrRNA进行分类的主要原因： (或 周2P361) u 它的一级结构极其保守，但其中同时又有可变区段， 所以在亲缘关系近和远的M分类中都非常有用； u 分子量不大不小 (例如16SrRNA为1540个核苷酸) ， 且信息量大，易于分析。 u 其他原因：起源古老，分布普遍，在各类M (尤其是 细菌) 的宽广范围内有着等同的重要功能，易于大 量提取等。
Bacilluscereusvar. fluorescens
产黄绿色荧光色素。
n ㈢型 (form) (曾用作菌株的同义词，现已废除，仅作若 干变异型的后缀) 。
例：生物变异型 (biovar) ，形态变异型 (morphovar) ， 致病变异型 (pathovar) ，噬菌变异型 (phagevar) 血清 变异型 (serovar) 等。 n ㈣菌株 (strain) ，又称品系：一个菌株是指由一单细胞 繁衍而来的克隆或无性繁殖系中的一个M或M群体。
种，spp. 表示若干种。
例：Methanobrevibactersp.一种甲烷杆菌
Methanobrevibacterspp. 若干甲烷杆菌
二、三名法——对亚种的命名
n属名+种名subsp.亚种+附加部分 例 ： Fusbacteriumnecrophorum
subsp.funduliforme