pymol做图简单教程

1.将对接好的ligand和蛋白merge(好像每次只能用一个ligand和一个蛋白,否则pymol里会
把几个ligand当作一个
2.Merge后export structure,存成pdb格式
3.在pymol中打开.pdb
4.在里面找出ligand,点sele的A(action)/rename
Rename这个ligand,这里命名为lig
5.选all,H(hide)everthing
6.选lig，S(show)sticks
7.2j50(就是那个蛋白)S/cartoon
8.在后面的color调整颜色,这里ligand选by element
2j50选white
9.下面显示氢键,点击2j50的Action,选择find/polar contacks/to other atoms in object,氢键就出来了
10.然后再找氢键作用的残基，可以在上面直接点选，但最好找出氨基酸代码来选取（因为
这里面点不准）
Rename它们，以便以后好找，这里rename为res，show它们为line，color为by element
11.再选display，将background改成white
12.然后分别点选这几个res(因为颜色不同,所以很容易找出来),右键label/residues
bel出来后,还可以调整它们的位置,点一下左图viewing,就变成了右图的editing,这时就可以按住ctrl键拖动label的位置了
12.大体已经完成了,再进行一些修饰
Setting/transparency/cartoon/50% 蛋白的透明度Setting/label/size 18调节字体的大小
Setting/edit all
cartoon的颜色改回白色(在filter里输cartoon可以快点找出来,改完后按回车) //或者输入命令Pymol>set cartoon_color white
在改氢键的线型,在dash gap length width进行调整把虚线改好看点
Stick也可以改细点
13.电子密度
1)首先,登陆http://eds.bmc.uu.se/eds/搜索你的蛋白
2)download maps
3)选ccp4格式,generate map
4)下载后解压,重命名为*p4
5)在pymol里打开,在打开的.map,action/mesh,color/blue
6)选中lig,在PyMOL输入isomesh map,2j50.map,2.0,sele,carve=1.6
实用标准文档
文案大全 7) 这样就从原来的map 里iso 出lig 周围的蛋白的电子密度,把2j50.map_mesh 关了就可以
看见了
然后再调整它的粗细
电子密度周围的线好像有些奇怪,可能设置里哪个地方还没调好吧.
另外,ray 1900,980就能生成1900*980分辨率的图片,然后file/save image as 输出
.png。