cytoscape简单操作

Cytoscape简单操作步骤

1.构建网络

可以新建一个空白网络,也可以使用自己的数据导入构建网络,以下是导入数据构建网络: 点击File—Import—network from table(text/ms excel)

Input file列选择自己要导入的文件

然后选择你要建立链接的两列,当前我是要聚簇图,所以我选的source列为自身的id, target列为当前id所在簇, 其它列目前都是打的叉,这意味着画图时不考虑他们,如果你想把他们作为边的属性添加到画图中,只需要点一下该列,变成对勾即可

Interaction type一般默认就可以(这个选项不是很清楚,默认是pp类型)

设置好之后点击import

这样简单的网络已经建成

2.设置网络

默认的网络部署为grid layout,你可以自己选择自己需要的layout,点击工具栏中layout,选择其它布局,我们用的是force-direct layout

这样比grid layout好看多了,接下来我们对簇做一些设置

首先我们导入节点属性

File—import—attribute from table选择你要导入的属性文件,我们当前的属性文件即每个节点与它对应的簇

点击import

然后点击data panel下第一个按钮,你会发现节点多了两个属性,一个是column1,一个是column2,点击之后打上对勾, data panel下就会出现这两个属性列

节点自带的属性其实还有很多,如果还想填其它自带属性,在界面中随机选一个点右键,选择visual mapping bypass那里还有很多

接下来设置簇的颜色

点击vizMapper 下面会有很多节点的属性,以及边的属性

找到node color双击

点击node color旁边的please select a v….,我们选择刚才导入的属性column2 点击Mapping Type 旁边的please select a m….选择continuous Mapping

然后双击Graphical view

我们需要简单设置一些参数,点击min/max

因为我们当前只有0-4簇,所以最小为0,最大为4,点击ok,然后可以点击add多加一些分割符(如图蓝色为add之后新加的)

默认颜色为黑和白,想要换别的颜色,双击两个分隔符之间的颜色去,选择自己想要的颜色

选好之后,界面中所有点颜色发生改变

这是对于整体颜色的设置,在图中,我们相对簇中心点设置另外的颜色以及形状,选择簇中心点右键visual mapping bypass选择node shape,我们选正方形,然后点击apply

点击visual mapping bypass选择node color,设置颜色,如下:

这时我们点击data panel中第一个按钮,发现多了两个属性,一个是node.fillcolor,一个是node.shape, 这样我们设置别的点时就不需要刚才那么麻烦,换另外一个点,单击

Data panel中如下,我们只需要在这里添加就可以改变节点

我们可能想知道每个点的id是多少,在工具栏中选择view—show graphics details,如图

设置节点的id大小颜色都是右键……

接下来设置一下边(node属性也可以这么操作,只不过接下来的操作是对整个网络中所有的点或边来操作的):

双击defaults下的图片

最下方选择edge

我们可以设置一系列的操作

图中点太小,我们可能想放大看一些部分点,点击

放大缩小按钮,或者直接使用鼠标滑轮

但是我们发现放大后很多点都看不到了,也没法移动,这时候就需要另一个面板的操作了再次选择回Network界面

我们发现下面这个界面也显示着我们的图片,拖动一下它看看

拖动它我们可以选择我们想看的部分

此外,我们可能需要选择一些点,对这些点进行集体操作点击filters

在第二个下拉列表中选择属性,即你根据该属性来选择点,我们还是选择column2

然后点击add

双击颜色较深部分,会弹出窗口

我们在这里设置,比如说我们现在就想处理簇0的所有点,那么我们设计最高和最低都为0

点击ok

我们看data panel中已经帮我们选出了所有簇0的数据

这样我们设置簇0所有的点,比如我们设置所有点的颜色为(0,250,0) 先手动设置一个,然后右键点击它有复制到整个属性列的选项

最后保存点击类似照相机的形状,有很多中格式,自己选择

这是在这次画图中学到的一些东西,cytoscape还是很强大的,我学的这些都是些皮毛,有机会继续深入研究一下.