细菌分类学

phagotype lysotype特殊的形态学特征

（4）菌株(strain)：在一个特定分类学中至少与其 他一些群体是可以区别的生物群体。是来自单个或 纯培养物的微生物，一个种内菌株间在许多方面有 小差别。
例如：枯草芽孢杆菌（Bacillus subtilis)的2个菌株：

Bacillus subtilis AS1.398：蛋白酶生产
Bacillus subtilis BF 7658：-淀粉酶生产菌

菌株与型的区别 ： 菌株之间不存在鉴别性特征的差异，命名不同的菌株无 需分类学依据；

不同型的细菌之间存在鉴别性特征的差异，命名或鉴定
不同的型必需有分类学依据。

(5). 群(group), 组(section), 系(series):这些类群名 称用在不同场合，常常有非常不同的含义，可以是 种水平上的类群，也可以代表属以上等级的分类 单 元的集合。如《伯杰氏系统细菌学手册》第一版中， 主要根据表型特征将全部原核生物分为33组。将假 单胞菌属(Pseudomonas)内的90个种分为5组。
状而又不足以区分成新种时，可以将这些菌株细分成两个或更多的
小的分类单元--亚种。

(3).型(form或type：亚种以下的等级)：：常指亚种以下的细分。
当同种或同亚种不同菌株之间的性状存在差异，不足以分为新的亚 种时，可以细分为不同的型。


中文译名 推荐使用的名称 以前使用的同义词 应用于只有下列性状的菌株 生物型 biovar 血清型 serovar 致病型 pathovar 噬菌型 phagovar 形态型 morphovar biotype serotype pathotype phagotype 特殊的生理生化性状 不同的抗原特征 对宿主致病性的差异 对噬菌体溶解反应的差异

形态和病原性特征的同时，还依据细菌的代谢活性,将裂
殖菌纲分为2个目：端丛毛菌目和周毛菌目。

1915年，美国生物学家Buchanan对细菌的命名和分类进
行了一系列研究，他根据形态、染色反应、生理生化特
征及病原性等多方面特征，把细菌分成科、族、属。

1917年，美国细菌学家协会组成细鉴定和分类委员会，

例如 Bacillus sp.(一种芽孢杆菌） Bacillus spp.(一些芽孢杆菌）

在发表新的分类单元名称时，要再新名称后面Байду номын сангаас上
新分类单元的缩写词。

如果该菌以前被人命名过，则把原命名人的姓氏写
在括号里。


命名法则
1) 所有正式分类单元的学名, 必须用拉丁词或拉丁化 的词命名. 2) 属名:字首字母大写 3) 种名: 二元式组合 名加词" "属名+种名加词"
模式菌株应送交菌种保藏机构保藏，以便备查考和索取。



三、细菌的分类系统
（一）克里希里尼科夫分类系统
植物界原生动物门下分为裂殖藻类和裂殖菌类，细菌归为裂 殖菌类，下分四纲，分别为放线菌纲、真细菌纲、粘细菌纲、 和螺旋体纲。

（二）普雷沃分类系统 把细菌归为原核生物界，下分四个门8个纲，即真细菌门（无 芽孢菌纲、芽孢菌纲）、分枝杆菌纲（放线菌纲、粘细菌纲、 固氮细菌纲）、藻杆菌纲（铁杆菌纲、硫杆菌纲）和原生动
根据一定的原则(表型特征相似性或系统发育相关
性)对微生物进行分群归类，根据相似性或相关性水平排列
成系统，并 对各个分类群的特征进行描述，以便查考和对未 被分类的微生物进行鉴定。
----根据现有数据建立系统的过程
命名(nomenclature)：
是根据命名法规，给每一个分类群一个专有名
称.
----分类系统建立过程中的步骤之一


4) 亚种名: 三元式组合"属名+种名加词+ subsp.亚种
5) 属级以上分类单元的名称 :特定的词尾 6) 属名, 种名, 亚种名印刷体一律斜体.



2、新名称的合格发表
《国际细菌命名法规》规定，新的细菌名称必须在IJSB发表
后，经过世界公认的国际细菌命名裁定委员会公布，菌名批 准目录刊登后正式应用。凡有关细菌研究的学术论文必须使 用上述正式命名的细菌学名。 合法性：分类单元的名称必须符合命名法规的规则 发表优先权：种以上至目并包括目的各分类单元只能有一份 正确名称，即符合国际细菌命名法规的最早的那个名称。 有效发表：指通过出售或者分发印刷材料，使科学界普遍了 解，其目的在于提供一个永久的记录。



三、细菌分类学研究发展趋势
(1) 分析方法的标准化 (2) 多相分类方法的广泛应用及分子分类法 的发展 (3) “在线分类”的发展 (4) 分类学研究与细菌资源研究结合
第二节 细菌分类的基本原理


一、细菌分类的原则
分类有两种： ①以细菌的形态和生理生化特性为依据的表型特征分类法，包 括有传统分类法（classical classification）和数值分类 法(numericalclassification)；

②用化学分析和核酸分析，以细菌大分子物质（核酸、蛋白质） 结构的同源程度进行分类称种系分类（phylogenetic classification）或自然分类（natural classfication）。 从进化论诞生以来，已经成生物学家普遍接受的分类原则
生物系统学(systematics)

微生物分类与鉴定
总学时：32 倪志婧 lovebear@vip.163.com
地球上的物种估计大约有150万，其中微生物
超过10万种，而且其数目还在不断增加。
微生物分类的基本理论
微生物分类学(microbial taxonomy):研究微生物 分类理论和技术方法的学科 分类(classification)：

属名: 一般拉丁字名词，字首字母大写, 例如：Bacillus(芽孢杆菌属)，拉丁词，原意为"小杆菌"，因该属菌 有芽孢而译为" 芽孢杆菌属"。 Clostridium(梭菌属)，源于希腊词， 原意为"纺缍状菌"。

种名: 林奈氏双名法，由二个拉丁字组成，属名 (字首字母大写) + 种名加词(全部小写)
直接编撰了《伯杰细菌鉴定手册》

本世纪40-50年代，细菌分类学增加了生理学、生物化学 的实验及营养要求等。同期，分类学从描述性的定性水 平提高到精确地定量水平。 1957年，英国细菌学家Sneath首先把电子计算机应用于 细菌分类，开创了数值分类法。


本世纪60年代，细菌分类进入分子生物学 时期。开创了细菌分类的第三纪元，深入 的研究和分析细菌的化学结构和核酸。 当前，已经在细菌分类单元采用rRNA基 因分析，以确定其系统发育关系。目前， 细菌分类学家主要还是用DNA同源性来 定种，并参考16sRNA基因序列分析相似 性以定属。
一、分类单元及其等级
界 （Kingdom） (Regnum) 门 （Phylum） (Phylum) 纲（Class） (Classis) 目（Order） (Ordo)
科（Family） (Familia)
属（Genus） (Genus)
种（Species） (Species)

种是细菌分类的基本单位，将生物学性状基本相同的细
菌群体归成一个菌种；性状相近、关系密切的若干菌种
组成一个菌属；相近的属归为一科；依次类推。在两个 等级之间，可添加次要的分类单位，如亚门、亚纲、亚 属和亚种等。群和组不是正式分类等级，是泛指具有某 种共同特性的某个集体，任何等级都可借用。 同一菌种的各个细菌，在某些方面仍有一定的差异，可 再分成亚种（subspecies），亚种以下的分类等级为型 （type），以区别某些特殊的特征。
常用的细菌分类学术语：

（1）种（species）物种，生物分类中基本的分类单元 高等生物中，“生殖隔离”被看作是区分物种的标准 微生物的种：具有高度特征相似性的菌株群，这个菌株群 与其他类群的菌株有很明显的区别。 (2). 亚种(subspecies): 是正式分类单元中地位最低的 分类等级。
当某一个种内的不同菌株存在少数明显而稳定的变异特征或遗传性




3. 命名模式及其指定
由于细菌分类单元的划分缺乏一个易于操作的统一标
准，为了减少因采用不同标准界定分类单元所造成的 混乱，细菌系统分类也像其他生物分类一样采用“模 式概念 根据命名法规要求，正式命名的分类单元应指定一个

命名模式(简称模式)作为该分类单元命名的依据。

即：首先，指出或指定一个模式。然后，根据模式来 进行分类单元的命名。

1 （6）培养物(culture)：一定时间一定空间内微生
物的细胞群或生长物。如微生物的斜面培养物、 摇瓶培养物等。
（二）细菌分类单元的命名规则 ——国际细菌命名法规

1、分类单元的命名法：双名法 所有正式分类单元的学名, 必须用拉丁词或其他词源经拉丁化的
词命名，要求印刷成斜体，书写时在名称下面加下划线
分类原则：当前细菌的分类，不管是哪个系 统，都还是按照形态为主（尤其是目、属、 科的分类）生理生化为辅的原则，结合生态 学核细胞化学组分及分子生物学方面的特征 及基因序列分析进行各级分类单位的划分。


二、细菌的分类单元和命名规则
（一）细菌分类单元
1. 种以上的系统分类单元

细菌的分类等级和其他生物相同，依次为界（kingdom）、 门（division）、纲（class）、目（order）、科（family） 、属（genus）、种（species）。细菌属于原核生物界 （procaryotae），包括有细菌、放线菌、支原体、衣原体、 立克次体和螺旋体。
物形细菌门（螺旋体纲）

（三）伯杰氏分类系统：最权威且当前国际
普遍采用的分类系统。伯杰氏细菌鉴定手册是本分类系
统的标准指南，由美国细菌学家协会（现在的美国微生 物学会）发起编写，最初指定伯杰作为编委会主席，并 在1923年出版了手册的第1版，定名为《伯杰氏鉴定细菌 学手册》。


命名模式的指定
种和亚种指定模式菌株（type strain）；即首先指定模式菌 株（它是有名称的），它是种名的命名依据，也 是该种众 多菌株中的一员。

亚属和属指定模式种（type species）；一个属名的模式就
是使此名称得以合格发表时用来做原始 描述的种

科及科以上至目级分类单元指定模式属（type genus）；一 个科或更高级分类群的名称的模式，就是那些使名称得 以 合格发表时用来做原始描述的属。
[是分类学的一个分支，给予分类类群单元与公
布规则相 符的名称。（沈萍与彭珍荣译)
鉴定(identification或determination)： 借助于现有的微生物分类系统，通过特征测定，确定未
知 的、或新发现的、或未明确分类地位的微生物所应归
属分类 群的过程. --根据现有系统确定未知微生物分类归属的过程。 [是分类学的实用方面，是决定某一特定分离物归属于 某一 已确认分类单元的过程。（沈萍与彭珍荣译]
第一章
微生物分类学
——细菌分类学
第一节 细菌分类学概述
一、细菌分类鉴定的意义
细菌分类学的任务是在全面了解细菌的
生物学特征的基础上，研究他们的种类，
探索其起源、演化以及与其他类群之间的
亲缘关系，进而提出能反映自然发展的分
类系统，并将微生物加以分门别类。


二、细菌分类学研究简史
1675年，荷兰人用自制显微镜观察到“微小动物” 第一个尝试生物分类的科学家—林奈 丹麦动物学家Muller提出新的分类系统，其中包括 动物、藻类、细菌。并建议将细菌分为单胞菌属和
弧菌属。

1838年，德国生物学家Eheneberg对微生物分类做 了修改，把细菌列为纤毛虫纲，分为2科。

1857年，德国植物学家Nagali在《植物学杂志》上发表
文章指出，这些微生物具有细胞壁，应归属于植物界，
并独立设一纲，取名裂殖菌纲。

1872年，德国植物学家Cohn发表新的细菌分类系统， 吧细菌分为4个族，每个族由一个或几个属组成。 1909年，Jensen发表了一种新的分类法，该方法在采用

如： Pseudomonas aeruginosa (铜绿色假单胞菌） 其中 Pseudomonas 是属名(假单胞菌属)(阴性 )；
aeruginosa 是种名加词，是拉丁语形容词(阴性)， 原意
为"铜绿色的"。

当泛指某一属细菌而不特指该属中的某一个种(或 种名未
定)时，可在属名后加sp.或spp.(分别代表 species缩写的 单数和复数形式)