中国对虾Fenneropena理群遗传多样性的微卫星DNA分析_刘萍
中国明对虾和日本囊对虾遗传多样性及对虾科系统学初步研究
中国明对虾和日本囊对虾遗传多样性及对虾科系统学初步研究本文以中国沿海两种对虾类中国明对虾和日本囊对虾为研究对象，采用线粒体COI基因片段和控制区序列等标记技术开展了这两种虾类的群体遗传多样性研究，系统研究了这两种虾类的遗传多样性和群体遗传结构并探讨了其群体历史动态。
另外，利用核基因ITS1序列和线粒体全长以及nd5假基因对对虾科虾类进行了系统分析，主要研究结果如下：1、为了检测中国明对虾的群体遗传结构合群体历史动态，我们对中国明对虾分布区内5个群体共93个个体的线粒体细胞色素氧化酶I亚基基因(COI)序列和控制区序列(CR)进行了测定和分析。
在COI序列中，共检测到20个多态性核苷酸位点，定义了20种单倍型，其核苷酸多态度和单倍型多态度都很低(H=0．4816±0．0639，π=0．0846±0．0711％)。
长993bp的CR序列中，共检测到84个多态性核苷酸位点，定义了68种单倍型，其单倍型多态度较高(0．95±0．03-0．99±0．02)，而核苷酸多态度中等或较低(0．66±0．36％-0．84±0．46％)。
群体分化指数FST值(FST=-0．02343-0．02112)和分子变异分析(AMOVA)都表明不同群体间的中国明对虾还没有出现明显的遗传分化。
IM的结果显示中国明对虾朝鲜半岛西海岸群和黄渤海沿岸群出现分化，用IM所估算的分化时间约为12，800(7，400-18，600)前。
因此，中国明对虾不同地理群体间分化很小或不存在遗传分化的原因是由于分化的时间尚短，不足以在不同群体间形成明显的遗传结构。
中性检验和核苷酸不配对分布都表明中国明对虾经历了群体扩张事件。
中国明对虾较低的遗传多样性水平、简单的基因谱系结构、星状结构的单倍型网络关系图和检验显著的负的Tajima’D值都提示分布于黄渤海的中国明对虾群体可能经历过近期的瓶颈效应或奠基者效应。
中国对虾 卫星标记放流
* P < 0.05，** P < 0.01
EN0021
—
62 555 60 3 0 . 3174 0 . 3577 0 . 4500 0 . 5309 0 . 3372 0 . 4000 1 . 0000 0 . 3474 0 . 4000 1 . 0000
EN0033
AY132813 64 233 60 16
克隆编号
EN0018
GenBank 注册号 退火温度（ ℃ ） 扩增片断长度（bp） 检测样本数（尾）
等位基因数
PIC 渤海湾群体（BH） He
Ho P 辽东湾群体（LD） He Ho P 海洲湾群体（HZ） He Ho P
AY132812 66 381 60 6
0 . 5820 0 . 6795 0 . 5500 0 . 6770 0 . 6287 0 . 5000 0 . 6978 0 . 8359 0 . 7500 0 . 7154
基因型，7 个基因位点获得了 56 个等位基因，不 同的 引 物 获 得 的 等 位 基 因 数 为 3—16 个 不 等， EN0033 获得 16 个 等 位 基 因，等 位 基 因 数 最 多； RS0683 次之，为 12 个等位基因；RS0859 获得 7 个 等位基因；EN0018、EN0201 和 RS1101 各获得 6 个 等位基因；EN0021 只获得了 3 个等位基因。每个 引物平均获得 7.625 个等位基因。通过基因产生 的频 率 计 算 每 个 基 因 位 点 的 多 态 性 信 息 含 量 （ PIC ），EN0021 位 点 提 供 的 信 息 含 量 较 低，为 0.3174；其他 6 个基因位点的 PIC 值均在 0.5 以 上，见表 2。 2.2 遗传多样性分析
基于微卫星分子标记的凡纳滨对虾商业苗种遗传多样性分析
第41卷第5期渔业科学进展Vol.41, No.5 2020年10月Oct., 2020 DOI: 10.19663/j.issn2095-9869.20190527004 /方振朋, 孟宪红, 李旭鹏, 栾生, 曹家旺, 陈宝龙, 孔杰, 闫茂仓, 胡利华. 基于微卫星分子标记的凡纳滨对虾商业苗种遗传多样性分析. 渔业科学进展, 2020, 41(5): 101–109Fang ZP, Meng XH, Li XP, Luan S, Cao JW, Chen BL, Kong J, Yan MC, Hu LH. Genetic diversity analysis of domestic commercial brands seedlings of Litopenaeus vannamei based on microsatellite molecular markers. Progress in Fishery Sciences, 2020, 41(5): 101–109基于微卫星分子标记的凡纳滨对虾商业苗种遗传多样性分析*方振朋1,2孟宪红2①李旭鹏2栾生2曹家旺2陈宝龙2孔杰2闫茂仓3胡利华3(1. 上海海洋大学水产与生命学院上海201306；2. 中国水产科学研究院黄海水产研究所农业农村部海洋渔业可持续发展重点实验室青岛海洋科学与技术试点国家实验室海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室青岛266071；3. 浙江省近岸水域生物资源开发与保护重点实验室温州325005)摘要为研究我国凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)商业苗种的遗传多样性特征，于河北、山东、广东、海南等地采集了6个有代表性的凡纳滨对虾品牌苗种，分别命名为黄骅R、东营M、广州P、广州Z、海南S和海南Z，以8个微卫星标记检测其遗传多样性。
结果显示，6个品牌的凡纳滨对虾在8个位点呈现不同程度的多态性，其平均等位基因数(N a)、期望杂合度(H e)、观测杂合度(H o)和多态信息含量(PIC)分别为4.5~9.5、0.516~0.733、0.346~0.550和0.472~0.700，各品牌遗传多样性丰富程度从高到低分别为黄骅R>广州Z>广州P>海南Z>东营M>海南S。
用微卫星标记分析不同形态变异类型日本囊对虾的遗传多样性
用微卫星标记分析不同形态变异类型日本囊对虾的遗传多样性何永琴;苏永全;毛勇;王军【摘要】Marsupenaneus japonicus is one of the important species in shrimp fisheries and aquaculture in China. Two morphologically similar varieties ( I and II )with distinct color banding patterns on the carapace are recognized from the South China Sea. In the present study,9 pairs of microsatellite markers were used to detect the genetic diversities from two varieties of 6 wild stocks of M. japonicus ,i. e. Zhoushan(ZS) stock in Zhejiang province, Xiamen ( XM ) stock in Fujian province, Huilai ( HLQ and HLB ) stock in Guangdong province,Lingshui(LS) stock in Hainan province and Beihai(BH) stock in Guangxi province. The results indicated:a total of 235 alleles were obtained from 9 markers in the 6 stocks. Polymorphic information content(PIC) value per locus was more than 0. 5 indicating the 9 loci seemed highly polymorphic. Basic data statistics showed that the mean observed alleles in each stock were 13. 2 - 17. 7. The mean observed heterozygosity (Ho) ranged from 0. 729 6 to 0. 788 9 and the mean expected heterozygosity (He) ranged from 0.880 5 to 0. 925 1. Average polymorphism information content (PIC) was 0. 851 2 - 0. 903 5, which explained high level of genetic diversity in 6 wild stocks. 42. 6% of stock loci showed significant deviation from the Hardy-Weinbery balance, and there was heterozygosity deficiency in all stocks. The pair-wise genetic differentiation( Fst)in 6 M. japonicus stocks ranged from 0.011 8 to 0. 091 1 .indicating significant genetic differentiation among the 6 stocks.Analysis of molecular variance ( AMOVA) revealed that the variation within stocks was 93.06% .whereas the variation among stocks accounted for 6.94% of the total variation. The genetic distance among stocks ranged from 0. 178 5 to 0. 621 8. Cluster analysis based on DA indicated that HLB ,BH and LS stocks were clustered as one group while ZS ,XM and HLQ were gathered in another group.%选用9个多态性微卫星分子标记,分析我国近海浙江舟山(ZS)、福建厦门(XM)、广东惠来(HLQ及HLB)、海南陵水(LS)及广西北海(BH)日本囊对虾6个群体2种形态变异类型群体间的遗传变异,探讨了日本囊对虾的种质资源状况.结果显示,9个位点在6个日本囊对虾群体中均为高度多态(PIC ＞0.5),共检测出235个等位基因；6个群体平均等位基因数在13.2～17.7；PIC平均值在0.851 2～0.903 5；平均观测杂合度(Ho)在0.729 6～0.788 9,平均期望杂合度(He)在0.880 5～0.925 1；表明群体遗传多样性水平较高.Hardy-Weinberg平衡检测显示,6个群体普遍存在杂合子缺失现象.分子变异方差分析( AMOVA)结果表明,遗传变异6.94％来自群体间,93.06％来自群体内.由ZS、XM和HLQ群体组成的形态变异类型I与由HLB、LS和BH群体组成的形态变异类型Ⅱ之间的Fst 均大于0.05,发生了中等程度的遗传分化；相同形态变异类型各群体间的Fst均小于0.05,遗传分化不明显.日本囊对虾群体间的遗传距离(DA)为0.178 5～0.6218;UPGMA聚类分析表明,聚类关系符合距离隔离模式,BH群体和LS群体遗传距离最小,亲缘关系最近,它们首先聚在一起,然后与HLB群体聚为一支；XM群体和HLQ群体先聚在一起,再与ZS群体聚为另一支.【期刊名称】《水产学报》【年(卷),期】2012(036)010【总页数】9页(P1520-1528)【关键词】日本囊对虾;不同形态变异类型;微卫星标记;遗传多样性【作者】何永琴;苏永全;毛勇;王军【作者单位】厦门大学海洋与地球学院,福建厦门361005;厦门大学海洋与地球学院,福建厦门361005;厦门大学海洋与地球学院,福建厦门361005;厦门大学海洋与地球学院,福建厦门361005【正文语种】中文【中图分类】Q785;S917.4日本囊对虾(Marsupenaneus japonicus)是我国重要的经济养殖虾类。
中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)抗白斑综合征病毒(WSSV)候选基因分析
中国对虾（Fenneropenaeus chinensis）抗白斑综合征病毒（WSSV）候选基因分析中国对虾是我国主要的经济水产养殖品种，二十世纪九十年代白斑综合征病毒（white spot syndrome virus, WSSV）暴发以来其产业受到严重影响。
近年来随着种苗和养殖水平整体的提高，我国对虾养殖业逐年发展。
但时至今日，WSSV依旧是影响对虾养殖业的主要病原之一。
从根本上解决对虾养殖业中WSSV等问题的关键是选育出抗病能力强和生长速度快等优良性状兼顾的中国对虾新品种。
对于阈性状和低遗传力性状，将传统选育手段和先进的分子生物学技术相结合，能提高选择准确性，加快育种进程。
本研究以中国对虾“黄海2号”454转录组测序数据为基础，以RACE、基因克隆、常规测序、HRM、ELISA、real-timePCR等常规生物学技术为平台，进行中国对虾抗WSSV性状候选基因和SNP分析，为中国对虾抗WSSV育种提供理论依据和实践材料。
主要研究包括首次获得中国对虾MEK、ERK、Ras和组织蛋白酶B基因序列；开发、分析各基因内SNP位点；进行正常中国对虾和感染WSSV的中国对虾不同组织内各基因表达水平分析；感染中国对虾WSSV复制特点以及抑制中国对虾MEK/ERK信号转导通路对WSSV复制水平影响；挑选454转录组测序中的候选SNP位点；利用HRM技术在抗病组和敏感组内进行基因分型，统计遗传多态性信息和进行抗病关联分析等。
具体内容包括：1、报道了中国对虾MEK（FcMEK）mRNA序列（序列上传至GenBank，登录号为KJ135020）并发现该基因表达受WSSV感染的影响。
感染WSSV的中国对虾，FcMEK mRNA在肝胰腺中6h和48h呈现上调表达，12h和24h转录水平下降。
FcMEK mRNA在鳃中12h、24h和48h转录水平上升，6h转录水平下降。
FcMEK mRNA在肌肉中6h、12h、24h和48h转录水平上升。
微卫星DNA技术用于中国对虾家系构建中的系谱认证
微卫星DNA技术用于中国对虾家系构建中的系谱认证孙昭宁;刘萍;李健;何玉英;张秀梅【期刊名称】《中国水产科学》【年(卷),期】2005(12)6【摘要】用6个微卫星标记对中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)的5个家系进行系谱鉴别和遗传多样性研究.6个微卫星位点中有5个位点是多态的,并在所有家系中都显示了高度的遗传差异.5个家系中,5个多态微卫星位点共发现了30个等位基因,每个位点的等位基因数在5～8之间.实验中共发现了4个家系特异性等位基因:2#家系及4#家系各1个,5#家系2个.根据已知亲本及子代基因型,可推断出5个家系中全部亲本的基因型,据此鉴别各家系.在EN0033位点,可将5#家系与其他4个家系相区别;在RS0859位点,可将3#和4#家系与其他3个家系相区分.因此,EN0033和RS0859标记可用于鉴别5#、3#和4#家系的家系特异性标记.研究表明,用5个微卫星标记,且最少用2对微卫星标记即可鉴别5个中国对虾家系.【总页数】8页(P694-701)【作者】孙昭宁;刘萍;李健;何玉英;张秀梅【作者单位】中国水产科学研究院,黄海水产研究所,山东,青岛,266071;中国海洋大学,海洋生命科学与技术学部,山东,青岛,266003;中国水产科学研究院,黄海水产研究所,山东,青岛,266071;中国水产科学研究院,黄海水产研究所,山东,青岛,266071;中国水产科学研究院,黄海水产研究所,山东,青岛,266071;中国海洋大学,海洋生命科学与技术学部,山东,青岛,266003【正文语种】中文【中图分类】Q959.223【相关文献】1.基于微卫星标记的三疣梭子蟹家系系谱认证 [J], 刘磊;李健;刘萍2.微卫星分型方法进行中国明对虾家系系谱鉴定 [J], 董世瑞;孔杰;张庆文;刘萍;孟宪红;王如才3.利用微卫星标记进行马氏珠母贝家系遗传结构分析与系谱认证 [J], 杜晓东;高远镇;邓岳文;王庆恒;陈伟耀4.通过精液移植构建中国明对虾家系及微卫星分型鉴定父本 [J], 罗坤;高焕;于飞;张天时;张庆文;孔杰5.利用微卫星标记技术对红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)家系系谱认证的研究 [J], 孙建华;马爱军;崔文晓;王广宁;孙志宾;王新安;孟雪松;刘圣聪;张涛因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
凡纳滨对虾八个地理群体遗传多样性的微卫星分析
凡纳滨对虾八个地理群体遗传多样性的微卫星分析刘洪涛;杨明秋;何玉贵;唐贤明【期刊名称】《海南大学学报（自然科学版）》【年(卷),期】2018(036)002【摘要】选用15对多态性较高的微卫星引物,对8个地理群体的凡纳滨对虾的遗传多样性和亲缘关系进行了分析,结果显示:8个群体的平均有效等位基因数(Ne)为2.26～2.86;平均观测杂合度(Ho)为0.59～0.71;平均多态信息含量(Pic)为0.42～0.55.厄瓜多尔、新加坡、海南和泰国正大一群体的遗传变异度大,为高多态性群体.新加坡群体和海南本地群体的遗传距离最大(0.2154),海南本地群体和泰国正大一群体的遗传距离最小(0.0214),即海南本地群体与泰国正大一群体的亲缘关系最近,与新加坡群体的亲缘关系最远.【总页数】7页(P146-152)【作者】刘洪涛;杨明秋;何玉贵;唐贤明【作者单位】海南省海洋与渔业科学院,海南海口570206;海南省海洋与渔业科学院,海南海口570206;海南省海洋与渔业科学院,海南海口570206;海南省海洋与渔业科学院,海南海口570206【正文语种】中文【中图分类】S917.4【相关文献】1.基于微卫星的泥蚶5个地理群体遗传多样性分析 [J], 程雪艳;滕爽爽;肖国强;邵艳卿;张炯明;方军;柴雪良2.梭鱼(Liza haematocheila)4个野生地理群体遗传多样性的微卫星分析 [J], 毛守康;马爱军;丁福红;闫喜武;罗海忠;李伟业;徐宝荣;王怀忠;王宝义3.魁蚶4个地理群体遗传多样性微卫星分析 [J], 田吉腾;刘志鸿;杨爱国;吴彪;周丽青4.飘鱼微卫星位点的筛选及珠江流域5个地理群体的遗传多样性分析 [J], 阮惠婷; 徐姗楠; 李敏; 戴嘉格; 李振海; 邹柯姝; 刘丽5.许氏平鲉6个地理群体遗传多样性的微卫星分析 [J], 任建功;王青林;孙朝徽;于姗姗;王桂兴;于清海;刘霞;宋立民;司飞因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
微卫星用于凡纳滨对虾育种过程中亲权分析及遗传多样性的变化监测
微卫星用于凡纳滨对虾育种过程中亲权分析及遗传多样性的变化监测王霞;刘小林;张继泉;张成松;黄皓;相建海【期刊名称】《水产学报》【年(卷),期】2009(033)005【摘要】利用7个微卫星标记分析了6个凡纳滨对虾家系的亲本(G0)及其后代(G1)的基因型分离情况,同时对G0和G1的所有座位期望杂合度进行配对比较分析,并且通过对G1群体每个位点的F-statistics分析检验群体的遗传分化,以期对凡纳滨对虾育种进行遗传监测.结果表明:共检测到44个等位基因.G0和G1的平均每个座位的等位基因数目分别为6.14和6.27,平均期望杂合度为0.786和0.733,平均多态性信息含量为0.709和0.695.7个微卫星座位的累计排除概率为0.99,并且在有亲本存在的情况下,能够将6个家系分开.G0与G1的所有座位期望杂合度的配对比较分析结果表明G0平均期望杂合度要显著高于G1(P<0.01).G1各座位的遗传分化指数FST在0.270 3～0.465 4,平均分化系数为0.358 4.说明亚群间属于高度遗传分化.最后,根据6个家系的遗传距离,利用LJPGMA法对G1个体聚类分析,结果表明亲缘关系较近的家系A和B以及C和D的相似系数很高分别各聚为一类,E 和F分别聚为一类.【总页数】8页(P832-839)【作者】王霞;刘小林;张继泉;张成松;黄皓;相建海【作者单位】西北农林科技大学动物科技学院,陕西,杨凌,712100;中国科学院海洋研究所,山东,青岛,266071;西北农林科技大学动物科技学院,陕西,杨凌,712100;中国科学院海洋研究所,山东,青岛,266071;中国科学院海洋研究所,山东,青岛,266071;海南南疆生物技术有限公司,海南,三亚,572000;中国科学院海洋研究所,山东,青岛,266071【正文语种】中文【中图分类】Q348;S917【相关文献】1.凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)微卫星多重PCR体系的建立及其在家系亲权鉴定中的应用 [J], 李东宇;孔杰;孟宪红;栾生;罗坤;卢霞;曹宝祥2.基于微卫星分子标记的凡纳滨对虾商业苗种遗传多样性分析 [J], 方振朋;孟宪红;李旭鹏;栾生;曹家旺;陈宝龙;孔杰;闫茂仓;胡利华3.不同凡纳滨对虾养殖群体的微卫星遗传多样性分析 [J], 唐芳;温贝妮;刘红4.不同凡纳滨对虾养殖群体的微卫星遗传多样性分析 [J], 唐芳;温贝妮;刘红5.荧光标记微卫星技术用于凡纳滨对虾不同家系亲权关系鉴定 [J], 彭敏;陈秀荔;赵永贞;陈晓汉;李咏梅;杨春玲;何苹萍;牛生洋因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
微卫星DNA标记用于中国对虾亲子关系的鉴定
微卫星DNA标记用于中国对虾亲子关系的鉴定孙昭宁;刘萍;李健;何玉英;张秀梅【期刊名称】《渔业科学进展》【年(卷),期】2007(028)003【摘要】在水产养殖中应用微卫星标记来确定亲缘关系已经得到认同和广泛使用.本研究通过控制交尾,利用微卫星标记确定中国对虾后代的亲缘关系,对微卫星标记应用于中国对虾的家系识别进行初步探讨.作者以4个谱系清晰的家系为基础,检测两对微卫星标记EN0033和RS062在中国对虾家系鉴别中的应用.结果表明,利用两对微卫星引物产生的DNA指纹图谱,能够有效地区分中国对虾4个家系.根据微卫星数据计算各家系之间的遗传距离,构建UPGMA图,得到的结果与各家系来源情况一致,进一步证明了微卫星技术在进行家系间的遗传分析中的可行性.EN0033和RS062两对微卫星标记的累积个体识别率高达0.989,属于高识别力的遗传标记系统,可以利用它们进行中国对虾的亲缘关系鉴定.【总页数】7页(P8-14)【作者】孙昭宁;刘萍;李健;何玉英;张秀梅【作者单位】中国海洋大学生命科学与技术学部,青岛,266003;农业部海洋渔业资源可持续利用重点开放实验室,中国水产科学研究院黄海水产研究所,青岛,266071;农业部海洋渔业资源可持续利用重点开放实验室,中国水产科学研究院黄海水产研究所,青岛,266071;农业部海洋渔业资源可持续利用重点开放实验室,中国水产科学研究院黄海水产研究所,青岛,266071;农业部海洋渔业资源可持续利用重点开放实验室,中国水产科学研究院黄海水产研究所,青岛,266071;中国海洋大学生命科学与技术学部,青岛,266003【正文语种】中文【中图分类】Q959.223+.63;Q173【相关文献】1.微卫星DNA标记应用于畜禽血缘关系鉴定 [J], 张一君;马海明2.中国对虾糠虾幼体病原哈氏弧菌的鉴定及毒力基因检测 [J], 张晓君;毕可然;阎斌伦;陈丽;白雪松;秦蕾3.微卫星DNA标记用于三疣梭子蟹家系亲子关系的鉴定 [J], 刘磊;李健;刘萍;高保全;陈萍;戴芳钰;王学忠4.对虾白斑综合征病毒囊膜蛋白VP110在中国明对虾鳃细胞中结合蛋白的鉴定与特性 [J], 赵建梅;唐小千;战文斌5.荧光标记微卫星技术用于凡纳滨对虾不同家系亲权关系鉴定 [J], 彭敏;陈秀荔;赵永贞;陈晓汉;李咏梅;杨春玲;何苹萍;牛生洋因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
中国水产科学研究院黄海水产研究所刘萍研究员学科团队简介
中国水产科学研究院黄海水产研究所刘萍研究员学科团队简介刘萍;段亚飞;李吉涛;李健;高保全;陈萍
【期刊名称】《动物学研究》
【年(卷),期】2013(34)1
【摘要】本学科团队在刘萍研究员的带领下，主要从事虾蟹遗传育种和水生生物
种质资源的研究，主持国家“863”、支撑和自然科学基金以及省部级课题等10项，合同经费达到2000多万元。
组建了“海洋生物种质资源利用与遗传多样性研究”团队。
【总页数】1页(PI0003-I0003)
【关键词】中国水产科学研究院;刘萍;研究员;学科团队
【作者】刘萍;段亚飞;李吉涛;李健;高保全;陈萍
【作者单位】中国水产科学研究院黄海水产研究所
【正文语种】中文
【中图分类】F272.91
【相关文献】
1.向海洋渔业强国梦进发——访中国水产科学研究院黄海水产研究所海水养殖疾病临床控制技术团队 [J], 王芳
2.艰辛探索创新致远——记中国水产科学研究院黄海水产研究所研究员雷霁霖 [J], 张卫红
3.水产生物技术的开拓者——记中国水产科学研究院黄海水产研究所研究员陈松林
[J],
4.我国对虾新品培育及种业发展展望——访中国水产科学研究院黄海水产研究所王清印研究员 [J], 赵永锋;宋迁红
5.我国水产良种覆盖率仅为25～30％——访中国水产科学研究院黄海水产研究所所长王清印 [J], 吕华当
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刘萍,硕士,副研究员,E -mail :liuping @ysfri .ac .cn收稿日期:2003-10-19,收修改稿日期:2003-12-19中国对虾(Fenneropenaeus chinensis )黄、渤海3个野生地理群遗传多样性的微卫星DNA 分析＊刘 萍 孟宪红 何玉英 孔 杰 李 健 王清印(中国水产科学研究院黄海水产研究所 青岛 266071)提要 运用微卫星DNA 技术,以中国对虾渤海湾群体(B H )、辽东湾群体(LD )和海州湾群体(H Z )的3个野生群共计60个个体为实验材料,进行了7个基因位点的遗传参数分析。
同时对7对微卫星引物的多态性信息含量(PI C )进行了评估,E N0021位点提供的信息含量低于0.5,其他6对微卫星引物的PIC 值均在0.5以上,适于应用于中国对虾的群体分析。
结果表明,这7个微卫星位点在中国对虾3个地理群60个样品的分析中共获得了56个等位基因,对3个野生群体的7个基因位点共计21个群体位点进行了杂合度观测值(H o )和杂合度期望值(H e )计算;在Hardy -Weinberg 平衡条件下,进行了P 检验,发现B H 和HZ 各有1个群体位点发生平衡偏离,而LD 有1个群体位点发生平衡偏离,还有2个群体位点已发生显著平衡偏离。
但除此之外,对3个地理群间的遗传分化指数F st 值进行的计算结果表明,B H 和LD 之间遗传分化较弱,HZ 与另2个地理群间则产生了中等程度的分化。
从变异贡献率来看,有92.83%的遗传变异来自个体之间,只有7.17%的遗传变异来自群体之间。
经过UP GMA 聚类,发现B H 群体和LD 群体的亲缘关系较近,而HZ 群体与前两者亲缘关系较远。
关键词 中国对虾,地理群体,微卫星DNA ,多态性分析中图分类号 Q347 中国对虾(Fenne ropenaeus chinensis )是黄、渤海的主要经济虾类,属冷水性虾类,分布范围局限于我国大陆周围的浅海水域(刘瑞玉,1959),多年的人工标志放流的回捕资料表明,黄、渤海区的中国对虾可分为两个独立的种群(张煜等,1965;邓景耀等,1983),主要为我国沿海的黄、渤海群体和朝鲜西海岸群体。
真子渺等(1966,1969)曾根据对虾洄游先后到达顺序,认为黄、渤海群体可再分成先期来游群和后期来游群,将黄、渤海对虾分为三个种群。
近年来,在韩国济州岛近岸发现中国对虾野生群体(个人通讯资料),但形成的来历尚不清楚。
到20世纪90年代后期,人们从分子水平研究中国对虾种质资源状况,相建海等(1998)年采用同工酶技术对中国对虾黄、渤海群体和朝鲜西海岸群体以及不同虾类的遗传背景进行了评估,石拓等(2001)运用R APD 技术对采自不同地点的中国对虾野生群体进行了分析,对遗传分化指数进行了计算。
前人的工作主要针对中国对虾遗传变异水平进行了研究(石拓等,1999;Liu et al ,2000;Wang et al ,2001),由于中国对虾具有洄游习性,且生殖洄游又回到其出生地,由此产生的地理群之间是否产生生殖隔离乃至遗传分化,尚未见进一步研究。
由于中国对虾野生资源的急剧减少,从1986年开始,我国每年在渤海、黄海北部和山东半岛南部进行人工培育苗种的放流,年放流规模在10—30亿尾。
单纯从数量上来看,黄、渤海中国对虾群体几乎完全依赖于人工放流(邓景耀等,2001),由此加剧了中国对虾种质退化、遗传多样性降低。
鉴于中国对虾在我国渔业生产中的重要第35卷 第3期海 洋 与 湖 沼Vol .35,No .32004年5月OCE ANOLOGIA ET LIMNOLOGIA SINIC AMay ,2004地位,本文中采用微卫星DNA 技术对环黄、渤海沿岸3个不同地理区域的中国对虾进行遗传参数分析,探讨中国对虾的种质资源状况,以期为中国对虾种质资源的可持续利用和群体划分提供理论依据。
1 材料与方法1.1 材料中国对虾(Fenne ropenaeus chinensis )各群体来源见表1。
每个群体20尾,活体运回实验室,在超低温冰箱(-80℃)中保存备用。
表1 实验用中国对虾的样品资料Tab .1 Samples information of F .chinensis used in the experiment群 体采样地点(经纬度)采样时间样品数量渤海湾群体(BH )天津外海(118°E ,38°50′N )2001年9月20辽东湾群体(LD )营口外海(121°30′E ,40°20′N )2001年9月20海州湾群体(HZ )日照外海(120°E ,35°N )2001年9月201.2 方法基因组DNA 提取参照文献的(Liu et al ,2000)方法,微卫星引物序列参照刘萍等(2004)的引物。
每个PCR 反应总体积为25μl ,包括100ng 中国对虾基因组DNA 、10×PCR 缓冲液、2.5μl Mg 2+(2.0mmol /L )、1U Tag 酶、dNTP 各0.1m mol /L ,引物各0.2μmol /L 。
PCR 条件为:94℃变性2m in ;94℃40s ,退火1min ,72℃1min ,25个循环;72℃延伸5min 。
PCR 产物在8%的变性聚丙烯酰胺凝胶中分离,硝酸银染色。
根据每个个体产生的条带位置确定其基因型,用TFPGA 软件进行数据处理,分别完成聚类分析、群体间遗传距离和相似指数、Hardy -Weinberg 平衡检验(P 值)以及不同群体位点的杂合度值计算。
参照B otstein 等(1980)的方法计算多态性信息含量(PIC ,Polymorphism Information Content ):PIC =1-∑ni =1P 2i-∑n -1i =1∑nj =i +12P 2i P 2j 式中,P i 、P j 分别为群体中第i 和第j 个等位基因频率,n 为等位基因数)群体遗传分化指数(F st 值)和遗传变异组分分析根据Arlequin 软件的AMOVA 分析计算完成。
2 结果2.1 PCR 扩增结果7个微卫星的核心序列在GenBank 中的注册号以及7对引物的退火温度见表2。
应用7对引物对中国对虾3个地理群的60个个体进行了PCR 扩增(RS1101位点的图谱见图1)。
读取全部表2 PC R 反应条件以及中国对虾3个野生群体21个群体位点的杂合度值、P 检验值Tab .2 PCR reaction conditions ,heterozygosity and P -values of 21locus of three wild F .chinensis populations克隆编号E N0018EN0021EN0033EN0201RS0683RS0859RS1101平均值GenBank 注册号AY132812—AY132813AY132820AY132823AY132791AY132811退火温度(℃)6662646464525260.6扩增片断长度(bp )381555233408278292441369.7检测样本数(尾)6060606060606060等位基因数6316612767.857PIC 0.58200.31740.69920.75950.87500.77540.59480.6433渤海湾群体(BH )H e0.67950.35770.93330.79490.90770.82180.59620.7273H o 0.55000.45000.80000.75000.80000.75000.80000.7000P0.67700.53090.09470.74010.0247＊0.46490.37690.4156辽东湾群体(LD )H e0.62870.33720.93460.76030.89870.78970.67950.7184H o 0.50000.40001.00000.45000.55000.45000.75000.5857P0.69781.00000.55650.0211＊0.0002＊＊0.0001＊＊0.57380.4071海洲湾群体(HZ )H e0.83590.34740.90770.82950.90380.81790.64490.7553H o 0.75000.40000.90000.65000.80000.85000.50000.6929P0.71541.00000.86280.0261＊0.28370.08260.14010.4444 ＊P <0.05,＊＊P <0.013期刘 萍等:中国对虾(Fennero penaeu s chinensis )黄、渤海3个野生地理群遗传多样性的微卫星DNA 分析253图1 中国对虾3个野生群体RS1101位点的微卫星检测图谱Fig.1 Demonstration of microsatellite locus amplifed by RS1101primer pairs in three wild F.chin ens is populations基因型,7个基因位点获得了56个等位基因,不同的引物获得的等位基因数为3—16个不等, EN0033获得16个等位基因,等位基因数最多; RS0683次之,为12个等位基因;RS0859获得7个等位基因;E N0018、EN0201和RS1101各获得6个等位基因;E N0021只获得了3个等位基因。
每个引物平均获得7.625个等位基因。
通过基因产生的频率计算每个基因位点的多态性信息含量(PIC),E N0021位点提供的信息含量较低,为0.3174;其他6个基因位点的PIC值均在0.5以上,见表2。
2.2 遗传多样性分析用7对多态性微卫星引物对中国对虾3个地理群体进行遗传多样性分析。
运用TFPGA分析软件,对中国对虾进行群体遗传参数分析。
计算出各群体位点的期望杂合度和观测杂合度以及Hardy-Weinber g平衡检验P值。
发现BH和HZ各有1个群体位点发生平衡偏离,而LD有1个群体位点发生平衡偏离,还有2个群体位点已发生显著平衡偏离,见表2。
根据Nei(1972)的方法对3个地理群间的遗传距离和相似性指数计算(表3),结果表明B H和LD间的遗传距离最小,相似性最高,LD和HZ两表3 中国对虾3个野生群体的遗传距离和相似性指数Tab.3 Genetic identity and genetic distance in three wildF.chin ens is populations群体BH LD HZBH0.10220.1351LD0.90280.1297HZ0.87360.8784 注:对角线以上数据为遗传距离,对角线以下数据为相似性指数254 海 洋 与 湖 沼35卷地理群间次之,而BH 与HZ 的遗传距离相对较远。