广义线性模型课件
《广义线模型》课件

生物统计学
用于分析生物数据和遗 传数据,如基因表达、
疾病风险等。
市场营销
用于预测消费者行为和 市场趋势,如消费者购 买决策、市场细分等。
社会科学
用于研究社会现象和人 类行为,如人口统计、
犯罪率等。
广义线模型的优缺点
灵活性强
能够适应各种类型的数据和问题 。
数学基础扎实
具有坚实的统计学和线性代数基 础。
VS
详细描述
非线性广义线模型通过引入非线性项,如 平方、立方等,来描述因变量和自变量之 间的复杂关系。这种模型在许多领域都有 应用,例如经济学、生物学和医学等。
广义岭回归模型
总结词
广义岭回归模型是广义线模型的另一种扩展形式,它通过引入岭回归方法来处理共线性 问题。
详细描述
在统计学中,共线性是指自变量之间存在高度相关性的现象。广义岭回归模型通过引入 岭回归方法,即对系数施加约束,来减少共线性的影响,提高模型的稳定性和预测精度
所应用。
THANKS
感谢观看
模型选择
模型选择是指在多个可能的模型中选 择一个最优模型的过程。模型选择通 常基于模型的复杂度、预测精度、解 释性等因素进行评估。
03
广义线模型的基本形式
线性回归模型
线性回归模型是最基础的广义线模型 ,用于预测一个因变量与一个或多个 自变量之间的关系。
线性回归模型假设因变量和自变量之 间存在线性关系,即因变量的变化可 以用自变量的线性组合来描述。
医学数据分析
总结词
广义线模型在医学数据分析中具有重要价值,能够帮助研究人员更好地理解和解释医学数据。
详细描述
广义线模型可以用于分析医学影像数据、疾病发病率数据等,从而揭示疾病的发生和发展规律。此外,该模型还 可以用于药物疗效分析,为新药研发和临床试验提供支持。
第3章-广义线性模型
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2. 正态线性回归模型
• 只要取联结函数为 m (i) i x iT (i 1 , ,n ),则正
态线性回归模型满足广义线性模型的定义.
• 类似的,容易验证,二项分布和泊松分布都属 于指数分布族.
• 下面介绍实际中应用广泛的两种广义线性
模型:Logistic模型和对数线性模型.
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2. 模型的参数估计和检验
• 采用R软件中的广义线性模型过程glm( )可以完成 回归系数的估计,以及模型回归系数的显著性检验. 程序如下:
广义线性模型ppt课件
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经统计学检验,模型2=13.951,P=0.003,Logistic回
归模型有显著性。 精品课件
拟合分类表
符合率为 70.0%
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回归系数 标准误 Wald值 P值 OR OR置信区间
根据模型,病情严重程度与治疗方法对患者的治愈情况有影响;其
中病情严重组相对于不严重组,OR=0.203,95%置信区间为(0.038,
Generalized Linear Models 广义线性模型
北大医学部流行病与卫生统计学系 Tel:
精品课件
广义线性模型的定义
该模型假定:
1. Y1,…Yn是n个服从指数分布族的独立样本 i=E(Yi | X1,X2,…,Xk),i=1,…,n; 2. i是k个解释变量的线性组合 i=0+1Xi1+…+ kXik 3.存在一个连接函数(Link function)g,使得i 与i
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5.模型拟合的优良性指标 (1)拟合分类表(Classification Table) 根据Logistic回归模型,对样本重新判别分类,总符合率越 接近100%,则模型拟合越好。Logistic回归用于判别分类很 粗劣,尤其在很多情况下对于小样本的分类效果差 。 (2)Hosmer-Lemeshow 拟合优度统计量 当检验的P值大于0.1时,则说明模型对样本的拟合是可以接 受的。
影响因素分析 logistic回归常用于疾病的危险因素分析,logistic回
归分析可以提供一个重要的指标:OR。
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(二)经典Logistic回归分析的基本原理
1.变量特点
因变量:二分类变量,若令因变量为y,则常用y=1表示 “发病”,y=0表示“不发病”(在病例对照研究中,
05 - Generalized Linear Models 广义线性模型
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Outline
Introduction Theory of the Generalized Linear Models
Logistic Regression
Poisson and Negative Binomial Regression
Introduction
Review: How to compare treatments?
Usually an endpoint is compared across treatment groups,
while controlling for important predictors
• Example: Control for baseline measurements • Predictors could be continuous or categorical
Relapse
Remission
10 | Basic Statistics in Clinical Trials | Generalized Linear Models | All Rights Reserved
Time
Introduction
RRMS study example – MRI scans
- T1 lesion - Combined unique active lesion (CUAL)
11 | Basic Statistics in Clinical Trials | Generalized Linear Models | All Rights Reserved
Introduction
Introduction
2.-李欣海-广义线性模型

第四届R会议北京2011广义线性模型-李欣海广义线性模型Generalized linear model李欣海中科院动物所Generalized Linear Modelg(µ) = β0+ β1x1+ β2x2+ ···+ βk x k GLM is an extension of general linear model that deals with ordinal and categorical response variables. There are three components that are common to all GLMs(McCullagh& Nelder1989) :–Random component–Systematic Component–Link FunctionMcCullagh, P., and J. A. Nelder1989. Generalized linear models. Chapman and Hall.Random Component:The random component: refers to the probability distribution of theresponse Y.Case 1. (Y 1, Y 2, . . ., Y N ) might be normal. In this case, we would say the random component is the normal distribution. This component leads to ordinary regression and analysis of variance models.Case 2. If the observations are Bernoulli random variables (which havevalues 0 or 1), then we would say the link function is the binomialdistribution. When the random component is the binomial distribution, we are commonly concerned with logistic regression models or probit models.Case 3. Quite often the random variables Y 1, Y 2, . . ., Y N have aPoisson distribution. Then we will be involved with Poisson regressionmodels or loglinear models.Systematic ComponentThe systematic component involves theexplanatory variables x 1, x 2, ···, x k .as linear predictors:β0+ β1x 1+ β2x 2+ ···+ βk x kLink FunctionThe third component of a GLM is the link between the random and systematic components.It says how the meanµ= E(Y) relates to the explanatory variables in the linear predictor through specifying a function g(µ):g(µ) = β0+ β1x1+ β2x2+ ···+ βk x kg(µ) is called the link function.Generalized Linear Models•The y i ’s are allowed to have a distribution fromthe exponential family of distributions.•The link function g(μi ) is any monotonic functionand defines the relationship between μi and x i β.kik i 22i 110i X ...X X )(g ββββμ++++=Logistic regression)(11)1(i x i i i e p x y P −+===Dependent variable is binary)(11)0(i x i i i e p x y P +===Linear function Logistic function P x 00.20.40.60.81-10-50510P x0.20.40.60.81-10-50510dt t p x y P ix i i i )21exp(21)1(2−===∫+∞−βαπProbit regression functionP x 00.20.40.60.81-10-50510)(11)1(ix i i i e p x y P −+===ii x x e e+=1ii x xi e ep +−=−111ix e +=11ix ii ep p Odds =−=1ii i x p p =⎟⎟⎠⎞⎜⎜⎝⎛−1ln Logit transformationModel meanings –nest site use of birdsThe response variable was the odds of a site having a nest, where odds are calculated as p/(1-p) and p is the proportion of sites have a nest. The statistical model was:Odds = exp(β0+ β1X 1+ β2X 2+ …βn X n )where n is the number of explanatory variables. The log of the odds is known as the logit transform of p .i x ii e p p Odds =−=1Advantages of Logit•Properties of a linear regression model•Logit between -∞and + ∞•Probability (P) constrained between 0 and 1•Directly related to odds of eventβx αP -1P ln +=⎟⎠⎞⎜⎝⎛ e P -1P βxα+=Assumptions•Dependent variable is binary or dichotomous, vs.continuous dependent variables in linear regression.•The cases are independent.•The independent variables are not linear combinations of each other•No linearity, the population means of the dependent variables at each level of the independent variable are not on a straight line.•No homogeneity of variance, the variance of the errors are not constant.•No normality, the errors are not normally distributed.Example•Risk of developing coronary heart disease (CD) by age (< 60 and > 60 years old)CD> 60 (1)< 60 (0)Present (1)2823Absent (0)1172Odds of disease among the old = 28/11Odds of disease among the young = 23/72 Odds ratio = 7.97R code# Logistic regression# Risk of developing coronary heart disease by age (<60 and >60 years old)coronary1 <-data.frame (present = rep (1, 28), age = 'old')coronary2 <-data.frame (present = rep (0, 11), age = 'old')coronary3 <-data.frame (present = rep (1, 23), age = 'young')coronary4 <-data.frame (present = rep (0, 72), age = 'young')coronary <-rbind (coronary1, coronary2, coronary3, coronary4)coronary <-rbind (coronary3, coronary4, coronary1, coronary2)fit <-glm (present~age, data = coronary, family = binomial ())summary (fit)Coefficients:Estimate Std. Error z value Pr(>|z|)(Intercept) 0.9343 0.3558 2.626 0.00865 ** ageyoung -2.0755 0.4289 -4.839 1.31e-06 *** Age 2.0755 1.1412- Age βαP 1-P ln 1×+=×+=⎟⎠⎞⎜⎝⎛Coefficients:Estimate Std. Error z value Pr(>|z|)(Intercept) -1.1412 0.2395 -4.765 1.89e-06 ***ageold 2.0755 0.4289 4.839 1.31e-06 ***Logistic Regression ModelCoefficientSE Coeff/SEAge 2.0755 0.4289 4.839 Constant -1.1412 0.2395 -4.76518.53.4, e CI 95%0.05) (p 1df with4.839 Test Wald 7.97e ratio Odds )0.4289 x 1.96(2.0755 22.0755==<===±¾β= increase in logarithm of odds ratio for a one unit increase in x •Test of the hypothesis that β = 0(Wald test)df)(1 ( Variance 22β)β=χInterpretation of the coefficients in terms of the oddsratio –An Example•Whether owning a car as afunction of the income. •17 individuals, 14 own a car and 3 do not.Variables in the EquationB S.E.Wald df Exp(B)INCOME 0.69310.80720.73721 2.0Constant-6.23838.97940.482610.00195car1 <-data.frame (income = c (10:12), carowner = rep (0, 3))car2 <-data.frame (income = rep (c (10:12), c (2, 4, 8)), carowner = rep (1, 14))car <-rbind (car1, car2)fit <-glm (carowner ~ income, data = car, family = binomial ())summary (fit)Income Car owner100101101110111111111111120121121121121121121121121Interpretation of the coefficients in terms of the oddsratio –An Example•e β= 2•So: increasing the income by one unit increases the odds of owning a car by a factor of 2 (increase in 100%) so that:(odds after increasing income)/ (odds before increasing income) = 2•If we look at the data we can see that this model predicts perfectly:income 0.69 α income βαP 1-P ln ×+=×+=⎟⎠⎞⎜⎝⎛ 2P1-Pincome income e e e ×=×=×αα69.0income 10P(own)P(not own)Odds of Owning a car10212/3=0.661/3=0.330.66/0.33=211414/5=0.81/5=0.20.8/0.2=412818/9=0.8881/9=0.1110.888/0.111=8car ownerMarginal effect of a change in Xln[p/(1-p)] = α+ βX + eThe slope coefficient (β) is interpreted as the rate of change in the "log odds" as X changes …not very useful.•We are also interested in seeing the effect of an explanatory variable on the probability of the event occurring•p = 1/[1 + exp(-α-βX)]The marginal effect of a change in X on the probability is:əp/əX = βp(1-p))()(1111X X eeβαβαβ++−+×+×=Basically, the size of the ‘marginal effect’will depend on two things:–βcoefficient–The initial value of XMarginal Effects: βxP(1-P)•Passing or failing an exam as a function of the number of hours of study•Previous study indicated the estimates of αandβwere:α= -5, β= 0.3•So what’s the effect of studying one more hour in the probability of the event occurring:Initial hoursof study P1-P P(1-P)Marginal effect50.029 0.971 0.028 0.009100.119 0.881 0.105 0.031150.378 0.622 0.235 0.071200.731 0.269 0.197 0.059250.924 0.076 0.070 0.021300.982 0.018 0.0180.005The importance of the initial value of X in themarginal effectLogistic Curves0.10.20.30.40.50.60.70.80.91-19-16-13-1-7-4-1258111417Logistic Curve bo=0.5, b1=0.5Big EffectSmall EffectSmall EffectStarting the change from the central values of X will have a higher impact on the probability of the event occurring than starting from very low or very high values of X.Some useful R codes# Logistic regressionfit <-glm(carowner~ income, data = car, family = binomial())summary (fit) # display resultsconfint(fit) # 95% CI for the coefficientsexp(coef(fit)) # exponentiated coefficientsexp(confint(fit)) # 95% CI for exponentiated coefficientspred= predict (fit, type= "response") # predicted values (logit) res= residuals (fit, type= "deviance") # residualsHow to estimate model coefficientsMaximum likelihood estimation (MLE)iiy i y i i )p (p )P(y −−=11For one observationLikelihood function=−−=n i y i y i ii)p (p L 111)(θGoodness of fit for the full model-likelihood ratio test (LR)•We compare the value of the likelihood function in a model with the variables with the value of the likelihood function in a model without the variables. The test:where is the log likelihood value of the null model (only intercept included); is the log likelihood value of the full model (taking into account of all variable parameters).–The statistic is distributed as χ2 with as many degrees of freedomas coefficients we are restrictingkS )L L (L L LR 20ˆ2ˆ2χ⇒−−−=0ˆL L SL L ˆ# likelihood ratio testfit.full <-glm (present ~ ., data = coronary, family = binomial ())fit.null <-glm (present ~ NULL, data = coronary, family = binomial ())lrtest (fit.full, fit.null)Goodness of fit -AnalogousR2)ˆ2(ˆ20SL L L L −−−Refer to total sum of squareRefer to regression sum of square Likelihood ratio index (LRI):200)ˆ2)ˆ2(ˆ2(LRI RL L L L L L S=−−−−=0ˆ2L L −/n adj)L (RR R R202max 222ˆ1−==# R codelibrary (Design) # required for lrm()fit2 <-lrm (y ~ x1 + x2, data = data1)fit2[[3]][10] # R squareStepwise Regression base on Akaike’s Information Criterion (AIC)AIC = -2 ln (likelihood) + 2KK = number of parameters in the model, including 1for the constant and 1 for the error term443322110X X X X Y βββββ++++=K = 6For small samples (n /K < 40), use AIC c for small sample size1)1(2AIC AIC c −−++=K n K K # R codestep (fit) # Stepwise Regression25Sample plots 35Control plots 35Habitat factors 11Elevation (m)Area of rice fields nearby (ha)Human disturbanceNumber of trees within 100 m 2Mean tree height within 100 m 2 (m)Nest position on the slopeSlope aspect (°)Slope gradient (°)Nest tree height (m)Nest aspect (°)Coverage above the nest (%)Nest site selection of the crested ibisControl plots Nest sites26 0 20 40 kmSource data 10500100015002000250005101520253035SitesE l e v a t i o n (m )Elevation (Nest sites)Elevation (Control plots)51015202505101520253035SitesM e t e rHeight of nest tree (Nest sites)Height of nest tree (Control plots)024681005101520253035SitesDisturbance (Nest sites)Disturbance (Control plots)5010015020025030035005101520253035SitesArea of rice field nearby (Nest sites)Area of rice field nearby (Control plots)Source data 20.00.30.60.91.25101520253035SitesNest aspect (Nest sites)Nest aspect (Control plots)0.020.040.060.080.0100.005101520253035SitesCoverage above the nest (Nest sites)Coverage above the nest (Control plots)0.00.40.81.21.62.005101520253035SitesNest position on the slope (Nest sites)Nest position on the slope (Control plots)0.00.30.60.91.205101520253035SitesSlope aspect (Nest sites)Slope aspect (Control plots)Source data 30.030.060.090.05101520253035SitesSlope gradient (Nest sites)Slope gradient (Control plots)0.05.010.015.020.005101520253035SitesMean tree height (Nest sites)Mean tree height (Control plots)0.05.010.015.020.005101520253035SitesNumber of trees within the site (Nest sites)Number of trees within the site (Control plots)CorrelationHabitat variablesCorrelation coefficientsMean S.D. 12345678910111. Elevation (m)1-0.72*-0.48*-0.70*0.21-0.020.39*-0.38*0.1620.34*0.21894.00176.532. Area (ha) of ricefields within 1km210.53*0.49*-0.23-0.08-0.230.230.05-0.21-0.1211.62 5.403. Humandisturbance10.220.06-0.1540.150.38*0.10-0.020.08 1.40 1.52 4. Number of treeswithin 100 m21-0.37*-0.00-0.52*0.34*-0.330.012-0.258.11 3.53 5. Mean tree heightwithin 100 m2 (m)1-0.240.23-0.34*0.32*0.11-0.0611.23 3.06 6. Nest position onthe slope10.030.22-0.21-0.00-0.07 2.030.45 7. Slope aspect(South = 1,North = 0)1-0.150.180.55*0.060.450.298. Slope gradient (°)1-0.050.100.0125.697.019. Nest tree height (m)1-0.08-0.2314.80 2.3610. Nest aspect(South = 1,North = 0)10.320.430.3211. Coverage abovethe nest (%)149.00%16.53%The Pearson correlations between the 11 habitat variables measured at 35 nest sites of crested ibis in Yang county, Shaanxi province, China. Mean values and standard deviations (S.D.) are also shown.Step Habitat features Selection coefficientsStandard ErrorP value for model selectionAIC 1Nest tree height (m)0.940.38<.000163.3562Human disturbance -0.990.400.000150.4753Slope aspect-5.82 3.250.001341.7274Area of rice fields nearby (ha)0.350.190.010936.2525Nest position on the slope 3.73 2.300.047834.3366Mean tree height within 100 m 2(m)0.280.270.0320 31.9247Nest aspect 54.928531.53780.011226.0488Slope gradient (°)-0.40800.36020.286623.2269Coverage above the nest 0.52010.55860.084124.32210Number of trees within 100 m 2-0.0068300.006160.116025.76411Elevation (m)0.076700.13280.145027.275Stepwise logistic regression for modeling nest site selection of crested ibis in Yang County, Shaanxi Province, China.Model equationlogit(p) = –20.99 + 0.94×nest tree height–0.99×human disturbance+ 3.63×nest position+ 0.35×rice paddy area + …Probability of nest selection:P = e logit(p)/(1 + e logit(p))•R-Square 0.7380•Max-rescaled R-Square 0.9840李欣海, 马志军, 李典谟, 丁长青, 翟天庆, 路宝忠。
广义线性模型

广义线性模型广义线性模型*(Nelder和Wedderburn,1972)除了正态分布,也允许反应分布,以及模型结构中的一定程度的非线性。
GLM具有基本结构g(μi)=X iβ,其中μi≡E(Yi),g是光滑单调'链接函数',Xi是模型矩阵的第i行,X和β是未知参数的向量。
此外,GLM通常会做出Yi是独立的和Yi服从一些指数族分布的假设。
指数族分布包括许多对实际建模有用的分布,如泊松分布,二项分布,伽马分布和正态分布。
GLM的综合参考文献是McCullagh和Nelder(1989),而Dobson(2001)提供了一个全面的介绍。
因为广义线性模型是以“线性预测器”Xβ的形式详细说明的,所以线性模型的许多一般想法和概念通过一些修改而继续存在到广义线性模型中。
除了必须选择的链接函数和分布之外,基本模型公式与线性模型公式基本相同。
当然,如果恒等函数被选择作为链接以及正态分布,那么普通线性模型将作为特例被恢复。
然而,泛化是以某种成本为代价的:现在的模型拟合必须要迭代完成,而且用于推理的分布结果是近似的,并且由大样本限制结果证明是正确的而不是精确的。
但在深入探讨这些问题之前,请考虑几个简单的例子。
μi=cexp(bt i),例1:在疾病流行的早期阶段,新病例的发生率通常会随着时间以指数方式增加。
因此,如果μi是第ti天的新病例的预期数量,则该形式的模型为请注意,“广义”和“一般”线性模型之间存在区别-后一个术语有时用于指除简单直线以外的所有线性模型。
可能是合适的,其中c和b是未知参数。
通过使用对数链路,这样的模型可以变成GLM形式log(μi)=log(c)+bt i=β0+t iβ1(根据β0=logc和β1=b的定义)。
请注意,模型的右侧现在在参数中是线性的。
反应变量是每天新病例的数量,因为这是一个计数,所以泊松分布可能是一个合理的可以尝试的分布。
因此,针对这种情况的GLM使用泊松反应分布,对数链路和线性预测器β0+tiβ1。
广义线性回归分析PPT课件

其意义是使得方差分析和回归分析的实用 性和准确性得到进一步提高。
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两个典型的广义线性模型分析方法
协方差分析
含有数值型自变量 的方差分析
广义线性回归分析
含有分类型自变量 的回归分析
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区别(3):假设条件
方差分析
协方差分析
➢ 在效应因子的每一 个水平上,因变量y 服从正态分布;
➢ 方差相等。
➢ 在效应因子的每一个水平上, 因变量y服从正态分布;
➢ 方差相等; ➢ 在效应因子的每一个水平上,
因变量y和协变量x呈线性关系; ➢ 斜率相同。
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三、协方差分析的方法步骤
o 检验数据是否满足假设条件: ▪ 正态分布性 ▪ 方差齐性 ▪ 线性相关性 ▪ 平行性
o 检验效应因子的显著性 o 估计校正的组均值 o 检验校正的组均值之间的差异
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四、协方差分析的应用举例
【例6_1】为了研究两种药物对癫疯病菌的治疗效 果,将30名病人随机分成3组,一组使用抗生素A, 一组使用抗生素D,另一组作为对照组使用安慰剂。 治疗前和治疗后分别对病人身体的癫疯病菌数量进 行了检测,病菌的数量是由每一个病人身体上六个 部位病菌感染的程度而定的,数据列在下表中。试 对该试验研究进行统计分析。
.
22
数据:
.
23
解:这是一个完全随机设计资料。令 x 表示治疗前病人身体的癫疯病菌数量, y 表示治疗后病人身体的癫疯病菌数量, drug 表示用药方式,取值为A、D和F,分别 表示使用抗生素A、抗生素D和安慰剂。
第3章-广义线性模型

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运行以上程序可得如下结果:
Call:
glm(formula = y ~ x, family = binomial, data = data3.1)
Deviance Residuals:
Min 1Q Median 3Q Max
-1.21054 -0.05498 0.00000 0.00433 1.87356
• 普通线性回归模型(2.3)假定因变量y服从正态分布, 其均值满足关系式:μ=Xβ,这表明因变量的条件均 值是自变量的线性组合.
• 本章介绍两种常见的广义线性模型:Logistic模型与 对数线性模型.
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4
3.1 广义线性模型概述
1.广义线性模型的定义:
(1)随机成分:设y1,y2,…,yn是来自于指数分布族
.
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2. 模型的参数估计和检验
• 于是得回归模型:
l n y ˆ 1 . 9 4 8 8 0 . 0 2 2 7 x 1 0 . 0 2 2 7 x 2 0 . 1 5 2 7 x 3
• 从检验结果可以看出: x1和x2的系数都显著, 说明基础发病次数(x1),年龄(x2)和治疗条件 (x3)对八周内癫痫发病数(y)重要影响. 年龄 (x2)的回归系数为0.0227,表明保持其他预测 变量不变, 年龄增加1岁, 癫痫发病数的对数 均值将相应的增加0.0227.
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表3.2 Breslow癫痫数据
No
x1
x2
x3
y
No
x1
x2
x3
y
1 11 31 0 14 31 19 20 1
线性模型(5)——广义线性模型

我们知道,混合线性模型是一般线性模型的扩展,而广义线性模型在混合线性模型的基础上又做了进一步扩展,使得线性模型的使用范围更加广阔。
每一次的扩展,实际上都是模型适用范围的扩展,一般线性模型要求观测值之间相互独立、残差(因变量)服从正态分布、残差(因变量)方差齐性,而混合线性模型取消了观测值之间相互独立和残差(因变量)方差齐性的要求,接下来广义线性模型又取消了对残差(因变量)服从正态分布的要求。
残差不一定要服从正态分布,可以服从二项、泊松、负二项、正态、伽马、逆高斯等分布,这些分布被统称为指数分布族,并且引入了连接函数,根据不同的因变量分布、连接函数等组合,可以得到各种不同的广义线性模型。
要注意,虽然广义线性模型不要求因变量服从正态分布,但是还是要求相互独立的,如果不符合相互独立,需要使用后面介绍的广义估计方程。
=================================================一、广义线性模型广义线性模型的一般形式为:有以下几个部分组成1.线性部分2.随机部分εi3.连接函数连接函数为单调可微(连续且充分光滑)的函数,连接函数起了"y的估计值μ"与"自变量的线性预测η"的作用,在一般线性模型中,二者是一回事,但是当自变量取值范围受限时,就需要通过连接函数扩大取值范围,因此在广义线性模型中,自变量的线性预测值是因变量的函数估计值。
广义线性模型设定因变量服从指数族概率分布,这样因变量就可以不局限于正态分布一种形式,并且方差可以不稳定。
指数分布族的概率密度函数为其中θ和φ为两个参数,θ为自然参数,φ为离散参数,a,b,c为函数广义线性模型的参数估计:广义线性模型的参数估计一般不能使用最小二乘法,常用加权最小二乘法或极大似然法。
回归参数需要用迭代法求解。
广义线性模型的检验和拟合优度:广义线性模型的检验一般使用似然比检验、Wald检验。
模型的比较用似然比检验,回归系数使用Wald检验。
线性模型(5)——广义线性模型
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线性模型(5)——广义线性模型广义线性模型是一种扩展了一般线性模型的模型,它在混合线性模型的基础上进一步扩展,使得线性模型的使用范围更加广泛。
每次扩展都是为了适用更多的情况。
一般线性模型要求观测值之间相互独立,残差(因变量)服从正态分布,残差(因变量)方差齐性。
而混合线性模型取消了观测值之间相互独立和残差(因变量)方差齐性的要求。
广义线性模型又取消了对残差(因变量)服从正态分布的要求。
残差不一定要服从正态分布,可以服从二项、泊松、负二项、正态、伽马、逆高斯等分布,这些分布被统称为指数分布族,并且引入了连接函数。
根据不同的因变量分布、连接函数等组合,可以得到各种不同的广义线性模型。
需要注意的是,虽然广义线性模型不要求因变量服从正态分布,但是仍要求相互独立。
如果不符合相互独立的要求,需要使用广义估计方程。
广义线性模型的一般形式包括线性部分、随机部分εi和连接函数。
连接函数为单调可微的函数,起到连接因变量的估计值μ和自变量的线性预测值η的作用。
在广义线性模型中,自变量的线性预测值是因变量的函数估计值。
广义线性模型设定因变量服从指数族概率分布,这样因变量就可以不局限于正态分布,并且方差可以不稳定。
指数分布族的概率密度函数包括θ和φ两个参数,其中θ为自然参数,φ为离散参数,a、b、c为函数广义线性模型的参数估计。
广义线性模型的参数估计一般不能使用最小二乘法,常用加权最小二乘法或极大似然法。
回归参数需要用迭代法求解。
广义线性模型的检验和拟合优度一般使用似然比检验和Wald检验。
似然比检验是通过比较两个相嵌套模型的对数似然函数来进行的,统计量为G。
模型P中的自变量是模型K 中自变量的一部分,另一部分是要检验的变量。
G服从自由度为K-P的卡方分布。
回归系数使用Wald检验进行模型比较。
广义线性模型的拟合优度通常使用以下统计量来度量:离差统计量、Pearson卡方统计量、AIC、AICC、BIC、CAIC准则,准则的值越小越好。
广义线性模型
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⼴义线性模型⼴义线性模型GLM是⼀般线性模型的扩展,它处顺序和分类因变量。
所有的组件都是共有的三个组件:随机分量系统分量链接函数===============================================随机分量随机分量跟随响应Y的概率分布例1. (Y1,Y2,。
....YN)可能是正态的。
在这种情况下,我们会说随机分量是正态分布。
该成分导致了普通回归和⽅差分析。
例2. y是Bernoulli随机变量(其值为0或1),即随机分量为⼆项分布时,我们通常关注的是Logistic回归模型或Proit模型。
例2. y是计数变量1,2,3,4,5,6等,即y具有泊松分布,此时的连接函数时ln(E(y)),这个对泊松分布取对数的操作就是泊松回归模型。
============================================系统分量系统组件将解释变量x1、x2、···、xk作为线性预测器:============================================连接函数GLM的第三分量是随机和系统分量之间的链路。
它表⽰平均值µ=e(y)如何通过指定函数关系g(µ)到线性预测器中的解释性变量称G(µ)为链接函数..==============================================⼴义线性模型Y被允许从指数型分布族中得到⼀个分布。
链路函数G(µI)是任何单调函数,并且定义了µI和Xβ之间的关系。
=================================================逻辑回归因变量是⼆进制的评估多个解释变量(可以是数值型变量和/或类别型变量)对因变量的影响。
=============================================模型含义:鸟类的巢址使⽤响应变量是有巢的站点的概率,其中概率计算为p/(1-p),p是有巢的站点的⽐例。
广义估计方程课件

总结
广义估计方程是在广义线性模型基础 上发展起来的,因而具有广义线性模型的 优点,可接受多种分布的应变量,通过不 同的联接函数拟合多种形式的广义估计方 程。同时,广义估计方程很好的解决了纵 向数据的相关性问题,因而广泛应用于具 有多次重复测量的纵向数据分析。
总结
其特点归纳如下:
1)建模稳健。即使作业相关矩阵指定不正确, 只要联接函数正确,仍然可以得到稳定的参数估 计值。
广义估计方程
广义Байду номын сангаас计方程的特性:
只要联接函数正确,总观测次数足够大,即 使Ri(α)指定不完全正确,β的可信区间和模型的其 他统计量仍然渐近正确。因而作业相关矩阵的选 择对参数估计的影响不大。
广义估计方程
三、模型求解过程
(1) 假设重复测量值独立,按照广义线性模型计算出 β,作为β的初始值,相当于普通最小二乘法估 计。
(2) 基于标准化残差gij和假设的相关结构R,计算作 业相关矩阵和作业协方差阵。
(3) 根据当前的作业协方差阵,修正β的估计。 (4) 重复(2)、(3)过程直至收敛。
应用举例
为了解某抗癫痫药物的作用,对58名癫痫病 人进行临床试验,对照组使用安慰剂。观察病 人在连续8周内的发作次数,作为基线发作次数 (base)。然后给病人服药,记录服药后每2周的发 作次数(visitk1~visit4),一共观察了8周,所得资 料如表2及表3。请分析该药物是否有抑制癫痫 发作的作用。
广义估计方程
构造如下广义估计方程为:
S(;, )n i i V i 1()Y (iui)O p
求解方程Var(Yij)=V(μij)·Ф可得到β的一致性估计。其
中Vi表示作业V 协i 方 差A 矩i1/阵2R (iw(ork)iA ngi1/c2 ovariance matrix),
广义线性回归模型

广义线性回归模型
广义线性回归模型(Generalized Linear Model,GLM)是一种用于分析多自变量数据的回归模型。
它将统计学中最常见的线性回归模型扩展到一般的统计分布中,以便更好地拟合不同数据类型的数据。
GLM能够对相关变量进行分析,并预测其他变量的变化。
GLM通常主要有三个部分组成:响应变量、线性函数和非线性概率分布函数,其中响应变量是待预测的变量,而线性函数和非线性概率分布函数则是描述响应变量的模型。
GLM使用最小二乘法来估计回归参数,以解释响应变量的变化。
广义线性模型(GLM)PublicLibraryofBioinformatics

广义线性模型(GLM )PublicLibraryofBioinformatics广义线性模型(generalized linear model, GLM )是简单最小二乘回归(OLS)的扩展,在OLS 的假设中,响应变量是连续数值数据且服从正态分布,而且响应变量期望值与预测变量之间的关系是线性关系。
而广义线性模型则放宽其假设,首先响应变量可以是正整数或分类数据,其分布为某指数分布族。
其次响应变量期望值的函数(连接函数)与预测变量之间的关系为线性关系。
因此在进行GLM 建模时,需要指定分布类型和连接函数。
在R 中通常使用glm 函数构造广义线性模型,其中分布参数包括了binomaial (两项分布)、gaussian (正态分布)、gamma (伽马分布)、poisson(泊松分布)等。
和lm 函数类似,glm 的建模结果可以通过下述的泛型函数进行二次处理,如summary()、coef()、confint()、residuals()、anova()、plot()、predict()一、Logistic 回归Logistic 回归中假设响应变量服从二项分布,参数family 设置为binomial ,连接函数link 设置为logit ,我们以AER 包中的Affairs 数据集作为例子。
该数据集是关于婚姻出轨,其中affairs 变量表示出轨次数,数据集中还包括结婚时间、教育、宗教等其它变量。
由于affairs 为正整数,为了进行Logistic 回归先要将其转化为二元变量。
1 data(Affairs, package='AER')2 Affairs$ynaffair[Affairs$affairs < 0] <- 13 Affairs$ynaffair[Affairs$affairs < 0] <- 04 Affairs$ynaffair <- factor(Affairs$ynaffair,5 levels=c(0,1),6 labels=c("No","Yes"))7 model.L <- glm(ynaffair ~ age + yearsmarried + religiousness +rating, data=Affairs, family=binomial())8 summary(model.L)若样本观测值变异性过大,即出现了过度离散现象,此时仍使用二项分布假设就会影响系数检测的显著性。
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(三)条件Logistic回归分析的基本原理
1.概述 条件Logistic回归是经典Logistic回归的重要拓展方法 之一,它主要用于分层数据(strata data)的影响因素 分析,通过分层来控制可能的混杂因素对结局变量的影 响。分层变量可以包括一个变量或者几个变量 。
2.条件 Logistic模型 令yk为第k层的因变量,yk=1或0;xk1,xk2…xki… xkm为 第k层的m个自变量。第k层的模型为:
推荐书籍:
Hosmer, David W . (2000). Applied logistic regression . John Wiley, New York.
(一)Logistic回归分析的任务
影响因素分析 logistic回归常用于疾病的危险因素分析,logistic回归 分析可以提供一个重要的指标:OR。
(2)令病例的生存时间比对照短 (3)在设置生存状态变量(status)时,令病例组为完全 数据,对照组为删失数据
以下实例摘自Hosme and Lemeshow(2000). Applied Logistic Regression: Second Edition.
John Wiley & Sons Inc.
Logistic回归
因变量
协变量(自变量)
注:此处将X1、X3看作为连续变量。
OR的95%置信区间
对模型的检验
模型拟合良好
经统计学检验,模型2=13.951,P=0.003,Logistic回 归模型有显著性。
拟合分类表
符合率为 70.0%
回归系数 标准误 Wald值
P值
OR
OR置信区间
g(x)是对P的变换,称为logit变换:
P g ( x) ln 1 P
可以得到:
P exp[ g ( x)] 1 exp[ g ( x)]
P=P(y=1|x),为发病概率;1-P=P(y=0|x),为不发病概率。
0为常数项, 1 , 2 ….. m分别为m个自变量的回归系数。
Backward (后退逐步法 )法。SPSS中默认的选入标准为
0.05,剔除标准为0.10。 注:不同自变量的筛选方法,当结果差别较大时,应该结合 专业知识,用尽可能少的变量拟合一个最佳模型。有研究 者认为,依据Wald统计量(Wald ) 、似然比统计量(LR)
或者条件统计量(Conditional )剔除变量时, LR是决定
(二)经典Logistic回归分析的基本原理
1.变量特点
因变量:二分类变量,若令因变量为y,则常用y=1表
示“发病”,y=0表示“不发病”(在病例对照研究中,
分别表示病例组和对照组)。 自变量:可以为分类变量,也可以为连续变量。
2.Logistic模型
g ( x) 0 1x1 2 x2 .... i xi .... m xm
采用似然比检验(the likelihood ratio test),当P0.05
时,拒绝H0,认为模型有统计学意义。 自变量检验: H0:i=0 H1:i0
采用Wald检验,当P0.05时,拒绝H0,认为i不为0。
4.自变量的筛选 与多元线性回归分析类似,有Forward法(前进逐步法 )、
以下实例摘自Hosme and Lemeshow(2000).
Applied Logistic Regression: Second Edition. John Wiley & Sons Inc. 研究目的是考察与婴儿低出生体重有关的可能危险因素 (当体重低于2500g时,认为是低出生体重婴儿)。研 究收集了189例妇女的数据,其中59例分娩低出生体重 婴儿,130例分娩正常体重婴儿。
当检验的P值大于0.1时,则说明模型对样本的拟合是可以接 受的。
6.OR与RR Logistic回归模型中,OR=exp()。 lnOR= 当某种疾病的发病率或死亡率很低时,ORRR OR的置信区间为:
ˆ z ˆ ) exp se ( 1 / 2
例:比较新疗法与旧疗法治疗某种疾病的疗效。现对40 例患者随机分组,分别接受新疗法和旧疗法治疗。根据 专业知识,患者的病情严重程度、年龄对疗效也有影响。
模型估计方法: 条件最大似然法(the Conditional Maximum
Likelihood)。可以估计出回归系数i , 与k无关(在实际
应用中,我们并不关心k)。
3.应用 最常见的情况是流行病学中的匹配病例对照研究。 SPSS中实现Logistic回归___借助COX回归模型:
(1)增加一个虚拟的生存时间变量
g ( xk ) k 1xk1 2 xk 2 .... i xki .... m xkm
k 为第k层的截距,反映了层的效应。1,2…. m为回
归系数,是未知参数。 logit变换:
Pk g ( xk ) ln 1 P k
假定:对于k层,自变量xki的回归系数相同,这表明对 于所有的层,自变量对因变量的影响大小是相同的。
分布 正态分布
联系函数 = 普通线性模型
二项分布 或多项分布
(Poisson分布)
=log
=log{P/(1-P)}
对数线性模型
(Poisson回归) Logistic回归模型
=log{h(t)/h0(t)} COX回归模型
Logistic回归分析
何平平 北大医学部流行病与卫生统计学系 Tel:82801619
模型估计方法: 最大似然法(Maximum Likelihood Method):构造似然 函数( Likelihood function )L= P(y=1|x) P(y=0|x),通 过迭代法估计一组参数(0, 1 , 2 ….. m)使L达到:1=2=…=i=…=m =0 H1:至少有一个i0
研究目的是考察与婴儿低出生体重有关的可能危险因素 (当体重低于2500g时,认为是低出生体重婴儿)。此 研究为1:1病例对照研究,包括112例(56例病例,56 例对照)。对于每一例分娩低出生体重婴儿母亲,按照 母亲的年龄进行匹配,选择一例分娩正常体重婴儿作为 对照。
哪个变量应该被剔除的最好方法。
5.模型拟合的优良性指标 (1)拟合分类表(Classification Table) 根据Logistic回归模型,对样本重新判别分类,总符合率越 接近100%,则模型拟合越好。Logistic回归用于判别分类很 粗劣,尤其在很多情况下对于小样本的分类效果差 。
(2)Hosmer-Lemeshow 拟合优度统计量
例:某研究调查胃癌发病的危险因素,得到“有不良饮食习 惯”相对于“无不良饮食习惯”的OR=2.6, “喜吃卤食和 盐渍食物”相对于“不吃卤食和盐渍食物”的OR=2.4。那么 根据Logistic回归,“有不良饮食习惯且喜吃卤食和盐渍食 物”相对于“无不良饮食习惯且不吃卤食和盐渍食物”的 OR=2.6×2.4=6.24,得出此结论时需要考虑从专业知识上是 否合理。
如何评价新旧疗法的疗效(见数据文件logistic.sav)?
(注:作为举例,本例样本量仅为40例,由于样本量太 小,Logistic回归的结论仅作为参考)
变量说明:Y:治愈情况,1=治愈;0=未治愈;X1:
病情严重程度,0=不严重,1=严重;X2:年龄。X3:
治疗方法,0=新疗法,1=旧疗法。
二值
根据模型,病情严重程度与治疗方法对患者的治愈情况有影响;其 中病情严重组相对于不严重组,OR=0.203,95%置信区间为
(0.038,1.092)(此区间包括1,缺乏实际意义);旧疗法组相对于
新疗法组, OR=0.103,95%置信区间为(0.019,0.553)
另法:将X1、X3指定为分类变量。
Generalized Linear Models 广义线性模型
何平平
北大医学部流行病与卫生统计学系 Tel:82801619
广义线性模型的定义
该模型假定: 1. Y1,…Yn是n个服从指数分布族的独立样本
i=E(Yi | X1,X2,…,Xk),i=1,…,n;
2. i是k个解释变量的线性组合
另法:将X1、X3指定为分类变量。
与前述结果相比,X1与X3的回归系数符号发生了变化,结果解释 有所不同:病情不严重组相对于严重组,OR=4.928, 95%置信区 间为(0.916,26.506) ;新疗法组相对于旧疗法组, OR=9.707, 95%置信区间为(1.809,52.103) 。
注:对于二分类变量,可以当作连续变量处理,也可以指定为 分类变量,但要注意结果解释。
i=0+1Xi1+…+ kXik
3.存在一个连接函数(Link function)g,使得i 与i有 下面的关系
i =g(i)
常见分布及其联系函数
指数分布族常见的重要分布如正态分布、二项分布、Poisson
分布、指数分布等。对非正态广义线性模型,经典的最小二乘
法已不能用于这种模型的拟合,而是采用最大似然估计方法。
后退法筛选变量
每步的模型检验、
拟合分类表
后退法筛选变量
不在模型中的变量
前进法筛选变量
前进法筛选变量
不在模型中的变量
应用Logistic回归分析时的注意事项
Logistic回归是乘法模型,这一点,在结果解释时需要 慎重。
对于自变量(X1,X2),OR12=exp(1+2)=OR1×OR2