基于DTIstudio的DTI数据处理详细流程

DTI数据处理流程：
一、原始数据格式转换
软件：MRIcroN中的dcm2niigui.exe 
步骤: 
1、打开软件，选择Output Format:4D NIfTI hdr/img 
2、选择要转换的数据（.dcm文件）所在的文件夹，并选择输出数据存放的文件夹（在
help中可选择，默认与原始数据在统一文件夹），数据自动转换，转换完成后提示如上图。

可以将这个内容用记事本保存下来，以便后续使用。

3、自动生成四种文件：可得到DTI扫描的梯度编码文件.bval和.bvec，以及转换后
的NIFTI格式的图像文件。

（文件名过长时可修改文件名）
3、应用bvec文件，构建适用于DTIstudio的文件
具体见：“DtiStudio读梯度表.bvec的方法步骤”文件
xlswrite('F:\yc\131223\131223-2\GradientTable.xls',b,'Sheet1','A1:C16') 
（这里要注意修改文件路径；C16代表有多少个扩散方向，也要注意修改数值，这个值可以根据转换时的文件中所看到的volumes值确定。

此处可知volumes=16 
）
注意：当从word转换完成后用.txt文件保存，以便后续使用
二、DTIstudio 处理
软件：DTIstudio 
具体详细参考见：“DTI数据处理流程_nshu.pdf”文件
1、MRI View3D 
选中上一步得到的.img文件，Image Parameters中打开DTI studio, File -> MRI View3D,
选择Image File Format为Analyze，点击OK 
注意：在此界面中要注意下图中的Axial(轴向
轴向)的片层大小，看一下最大到几（此列中为38）便于计算张量时使用
2、AIR处理
然后在Image面板Image Processing区域选择Automatic Image Registration (AIR)，按下
Views区域的图进行设置，然后点击OK，等图像配准完成后，在Image面板的Orthogonal 
Orthogonal Views
文件下拉框中看到Air_开头的一系列文件，为校正后的DTI图像文件，点击Save，将Air_开头的所有文件选中，选择Raw Data，保存为一个.dat 文件。

3、张量解算以及FA, ADC 等扩散指标的计算。

①打开DTI studio, File -> DTI Mapping, 选择Philips REC file 格式，按contiune 。

A 、Image Slices:填刚才上一部中所记住的数值+1 
（因为整体数据是从0—38，此例中应为39）
Slice orientation:选择片层来源：Axial 
Slice Sequencing:
轴向前后（可在读img 文件时观察） B 、End At: 填刚才上一部中所记住的数值，此例中为填刚才上一部中所记住的数值，此例中为38 
C 、Gradient Table ：将上面处理好的梯度数据复制过来
D 、Add a file 中选中上一步保存的中选中上一步保存的.dat 文件，点击OK
，
②在DtiMap 面板的Calculation 区域选中Tensor, Color Color Map Map etc.
etc.（计算ADC 值选择ADC-Map ），根据图像选择噪声水平，点击OK ，然后等DTI Studio 算完后在Image 面板的Orthogonal Orthogonal View View 区域可看到计算出来的各种扩散属性文件。

对于想要保存的文件，如FA, EigenVector-0，Color Map-0等可以分别进行Save （.dat 格式），便于下一次查看和使用。

4、纤维跟踪及可视化。

A 、第一种方法：基于前面步骤，在DtiMap 面板的Fiber Tracking 区域点击Fiber Tracking ，然后进行参数设置，点击OK ，就会进行基于全脑体素（FA>0.2）的纤维重建；
B、通过任何一种方法，算完后右下角会出现Fiber面板，自动生成三维纤维追踪图。

可以对特定纤维束进行显示和编辑，分析。