限制性内切酶的酶切位点及保护性硷基
常见分子实验限制性内切酶酶切位点大全
常见分子实验限制性内切酶酶切位点大全公司内部编号:(GOOD-TMMT-MMUT-UUPTY-UUYY-DTTI-AatII 识别位点Acc65I 识别位点AccI 识别位点AciI 识别位点AclI 识别位点AcuI 识别位点AfeI 识别位点AflII 识别位点AflIII 识别位点AgeI 识别位点AhdI 识别位点AleI 识别位点AluI 识别位点AlwI 识别位点AlwNI 识别位点ApaI 识别位点ApaLI 识别位点ApeKI 识别位点ApoI 识别位点AscI 识别位点AseI 识别位点AsiSI 识别位点AvaI识别位点AvaII识别位点AvrII识别位点BaeI 识别位点BamHI识别位点BanI识别位点BanII识别位点BbsI识别位点BbvCI识别位点BbvI识别位点BccI识别位点BceAI识别位点BcgI识别位点BciVI识别位点BclI 识别位点BfaI识别位点BfuAI识别位点BglI识别位点BglII识别位点BlpI识别位点Bme1580I识别位点BmgBI识别位点BmrI识别位点BmtI识别位点BpmI 识别位点Bpu10I识别位点BpuEI识别位点BsaAI识别位点BsaBI识别位点BsaHI识别位点BsaI识别位点BsaJI识别位点BsaWI 识别位点BsaXI 识别位点BseRI 识别位点BseYI 识别位点BsgI 识别位点BsiEI 识别位点BsiHKAI 识别位点BsiWI 识别位点BslI识别位点BsmAI识别位点BsmBI 识别位点BsmFI 识别位点BsmI识别位点BsoBI识别位点Bsp1286I识别位点BspCNI识别位点BspDI识别位点BspEI识别位点BspHI识别位点BspMI识别位点BspQI识别位点BsrBI识别位点BsrDI识别位点BsrFI识别位点BsrGI识别位点BsrI识别位点BssHII识别位点BssKI识别位点BssSI识别位点BstAPI识别位点BstBI识别位点BstEII识别位点BstNI识别位点BstUI识别位点BstXI识别位点BstYI识别位点BstZ17I识别位点Bsu36I识别位点BtgI 识别位点BtgZI 识别位点BtsCI 识别位点BtsI识别位点Cac8I 识别位点ClaI识别位点CspCI 识别位点CviAII 识别位点CviKI-1识别位点CviQI 识别位点DdeI 识别位点DpnI 识别位点DpnII 识别位点DraI识别位点DraIII 识别位点DrdI 识别位点EaeI 识别位点EaeI识别位点EagI识别位点EarI识别位点EciI识别位点EcoNI 识别位点EcoO109I识别位点EcoP15I 识别位点EcoRI 识别位点EcoRV 识别位点FatI 识别位点FauI 识别位点Fnu4HI 识别位点FokI 识别位点FseI 识别位点FspI 识别位点HaeII 识别位点HaeIIIHgaI 识别位点HhaI 识别位点HincII 识别位点HindIII 识别位点HinfI 识别位点HinP1I识别位点HpaI识别位点HpaII识别位点HphI识别位点Hpy188I识别位点Hpy188III识别位点Hpy99I识别位点HpyAV识别位点HpyCH4III识别位点HpyCH4IVHpyCH4V识别位点KasI识别位点KpnI识别位点MboI识别位点MboII识别位点MfeI识别位点MluI识别位点MlyI识别位点MmeI识别位点MnlI识别位点MscI识别位点MseI识别位点MslI识别位点MspA1I识别位点MspI识别位点MwoI 识别位点NaeI识别位点NarI识别位点NciI识别位点NcoI识别位点NdeI识别位点NgoMIV识别位点NheI识别位点NlaIII 识别位点NlaIV 识别位点NmeAIII 识别位点NotI 识别位点NruI 识别位点NsiI 识别位点NspI 识别位点PacI识别位点PaeR7I 识别位点PciI 识别位点PflFI 识别位点PflMI 识别位点PhoI识别位点PleI识别位点PmeI 识别位点PmlI识别位点PpuMI识别位点PshAI识别位点PsiI识别位点PspGI识别位点PspOMI识别位点PspXI识别位点PstI 识别位点PvuI 识别位点PvuII 识别位点RsaI 识别位点RsrII识别位点SacI 识别位点SacII 识别位点SalI 识别位点SapI 识别位点Sau3AI 识别位点Sau96I 识别位点SbfI 识别位点ScaI 识别位点ScrFI识别位点SexAI 识别位点SfaNI 识别位点SfcI识别位点SfiI识别位点SfoI 识别位点SgrAI识别位点SmaI识别位点SmlI识别位点SnaBI 识别位点SpeI 识别位点SphI识别位点SspI 识别位点StuI 识别位点StyD4I识别位点StyI 识别位点SwaI 识别位点Taq αI识别位点TfiI 识别位点TliI识别位点TseI 识别位点Tsp45I识别位点Tsp509I识别位点TspMI识别位点TspRI识别位点Tth111I识别位点XbaI识别位点XcmI识别位点XhoI识别位点XmaI识别位点XmnI识别位点ZraI识别位点与大家共享(非原创)。
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各种酶切位点的保护碱基
各种酶切位点的保护碱基酶不同,所需要的酶切位点的保护碱基的数量也不同。
一般情况下,在酶切位点以外多出3个碱基即可满足几乎所有限制酶的酶切要求。
在资料上查不到的,我们一般都随便加3个碱基做保护。
寡核苷酸近末端位点的酶切(Cleavage Close to the End of DNA Fragments(oligonucleotides)为了解不同内切酶对识别位点以外最少保护碱基数目的要求,NEB采用了一系列含识别序列的短双链寡核苷酸作为酶切底物进行实验。
实验结果对于确定双酶切顺序将会有帮助(比如在多接头上切割位点很接近时),或者当切割位点靠近DNA末端时也很有用。
在本表中没有列出的酶,则通常需在识别位点两端至少加上6个保护碱基,以确保酶切反应的进行。
实验方法:用Y[32P]ATP在T4多聚核苷酸激酶的作用下标记0.1A 260单位的寡核苷酸。
取1 Q已标记了的寡核苷酸与20单位的内切酶,在20° C条件下分别反应2小时和20小时。
反应缓冲液含70 mM Tris-HCI (pH 7.6), 10 mM MgCI 2 , 5 mM DTT 及适量的NaCl 或KCI (视酶的具体要求而定)。
20%的PAGE (7 M尿素)凝胶电泳分析,经放射自显影确定酶切百分率。
本实验采用自连接的寡核苷酸作为对照。
若底物有较长的回文结构,切割效率则可能因为出现发夹结构而降低。
2. 双酶切的问题参看目录,选择共同的buffer。
其实,双酶切选哪种buffer是实验的结果,takara 公司从1979 年开始生产限制酶以来,做了大量的基础实验,也积累了很多经验,目录中所推荐的双酶切buffer完全是依据具体实验结果得到的。
有共同buffer的,通常按照常规的酶切体系,在37 C进行同步酶切。
但BamH I在37 C下有时表现出star活性,常用30 C单切。
两个酶切位点相邻或没有共同buffer的,通常单切,即先做一种酶切,乙醇沉淀,再做另一种酶切。
限制性内切酶酶切位点汇总
限制性内切酶酶切位点汇AatII识别位点Acc65I识别位点AccI识别位点AciI识别位点AclI识别位点AcuI识别位点AfeI识别位点AflII识别位点AflIII识别位点AgeI识别位点AhdI识别位点AleI识别位点AluI识别位点AlwI识别位点AlwNI识别位点ApaI识别位点ApaLI识别位点ApeKI识别位点ApoI识别位点AscI识别位点AseI识别位点AsiSI识别位点AvaI识别位点AvaII识别位点AvrII识别位点BaeI识别位点BamHI识别位点BanI识别位点BanII识别位点BbsI识别位点BbvCI识别位点BbvI识别位点BccI识别位点BceAI识别位点BcgI识别位点BciVI识别位点BclI识别位点BfaI识别位点BfuAI识别位点BglI识别位点BglII识别位点BlpI识别位点Bme1580I识别位点BmgBI识别位点BmrI识别位点BmtI识别位点BpmI识别位点Bpu10I识别位点BpuEI识别位点BsaAI识别位点BsaBI识别位点BsaHI识别位点BsaI识别位点BsaJI识别位点BsaWI识别位点BsaXI识别位点BseRI识别位点BseYI识别位点BsgI识别位点BsiEI识别位点BsiHKAI识别位点BsiWI识别位点BslI识别位点BsmAI识别位点BsmBI识别位点BsmFI识别位点BsmI识别位点BsoBI识别位点Bsp1286I识别位点BspCNI识别位点BspDI识别位点BspEI识别位点BspHI识别位点BspMI识别位点BspQI识别位点BsrBI识别位点BsrDI识别位点BsrFI识别位点BsrGI识别位点BsrI识别位点BssHII识别位点BssKI识别位点BssSI识别位点BstAPI识别位点BstBI识别位点BstEII识别位点BstNI识别位点BstUI识别位点BstXI识别位点BstYI识别位点BstZ17I识别位点Bsu36I识别位点BtgI识别位点BtgZI识别位点BtsCI识别位点BtsI识别位点Cac8I识别位点ClaI识别位点CspCI识别位点CviAII识别位点CviKI-1识别位点CviQI识别位点DdeI识别位点DpnI识别位点DpnII识别位点DraI识别位点DraIII识别位点DrdI识别位点EaeI识别位点EaeI识别位点EagI识别位点EarI识别位点EciI识别位点EcoNI识别位点EcoO109I识别位点EcoP15I识别位点EcoRI识别位点EcoRV识别位点FatI识别位点FauI识别位点Fnu4HI识别位点FokI识别位点FseI识别位点FspI识别位点HaeII识别位点HaeIIIHgaI识别位点HhaI识别位点HincII识别位点HindIII识别位点HinfI识别位点HinP1I识别位点HpaI识别位点HpaII识别位点HphI识别位点Hpy188I识别位点Hpy188III识别位点Hpy99I识别位点HpyAV识别位点HpyCH4III识别位点HpyCH4IV HpyCH4V识别位点KasI识别位点KpnI识别位点MboI识别位点MboII识别位点MfeI识别位点MluI识别位点MlyI识别位点MmeI识别位点MnlI识别位点MscI识别位点MseI识别位点MslI识别位点MspA1I识别位点MspI识别位点MwoI识别位点NaeI识别位点NarI识别位点NciI识别位点NcoI识别位点NdeI识别位点NgoMIV识别位点NheI识别位点NlaIII识别位点NlaIV识别位点NmeAIII识别位点NotI识别位点NruI识别位点NsiI识别位点NspI识别位点PacI识别位点PaeR7I识别位点PciI识别位点PflFI识别位点PflMI识别位点PhoI识别位点PleI识别位点PmeI识别位点PmlI识别位点PpuMI识别位点PshAI识别位点PsiI识别位点PspGI识别位点PspOMI识别位点PspXI识别位点PstI识别位点PvuI识别位点PvuII识别位点RsaI识别位点RsrII识别位点SacI识别位点SacII识别位点SalI识别位点SapI识别位点Sau3AI识别位点Sau96I识别位点SbfI识别位点ScaI识别位点ScrFI识别位点SexAI识别位点SfaNI识别位点SfcI识别位点SfiI识别位点SfoI识别位点SgrAI识别位点SmaI识别位点SmlI识别位点SnaBI识别位点SpeI识别位点SphI识别位点SspI识别位点StuI识别位点StyD4I识别位点StyI识别位点SwaI识别位点TaqαI识别位点TfiI识别位点TliI识别位点TseI识别位点Tsp45I识别位点Tsp509I识别位点TspMI识别位点TspRI识别位点Tth111I识别位点XbaI识别位点XcmI识别位点XhoI识别位点XmaI识别位点XmnI识别位点ZraI识别位点。
限制性内切酶酶切位点汇总
限制性内切酶酶切位点汇总限制性内切酶(Restriction Endonuclease)是一类存在于细菌体内的酶,它能够识别特定的酶切位点,并在该位点上切割DNA链。
限制性内切酶起源于细菌,原本作为细菌对抗噬菌体感染的防御机制,但现在被广泛应用于分子生物学和基因工程领域。
限制性内切酶的分类和命名依据它们发现的第一个类型的噬菌体。
如EcoRI是从大肠杆菌中分离出的内切酶,与T4噬菌体相关;HindIII是与T4噬菌体有关的内切酶等。
酶名中的缩写首字母通常是酶切位点的首字母,比如EcoRI是指E.coli的RY粘性末端的切点。
现在限制性内切酶已被发现有超过3000多个类型。
下面是一些常见的限制性内切酶的切割位点汇总:1. EcoRI:切割位点为G↓AATTC(↓表示切割位点),产生的切割后的两个DNA片段是G-AATTC和CTTAA-G。
2. HindIII:切割位点为A↓AGCTT,产生的切割后的两个DNA片段是A-AGCTT和TTCGA-A。
3. SmaI:切割位点为CCC↓GGG,产生的切割后的两个DNA片段是CCC-GGG和GGG-CCC。
4. BamHI:切割位点为G↓GATCC,产生的切割后的两个DNA片段是G-GATCC和CCTAG-G。
5. XhoI:切割位点为C↓TCGAG,产生的切割后的两个DNA片段是C-TCGAG和GAGCT-C。
6. NotI:切割位点为GC×GGCCGC,产生的切割后的两个DNA片段是GC-GGCCGC和CGC-GC。
7. EcoRV:切割位点为GAT↓ATC,产生的切割后的两个DNA片段是GAT-ATC和TAC-TAG。
8. KpnI:切割位点为GGTAC↓C,产生的切割后的两个DNA片段是GGTAC-C和CCATG-G。
9. SalI:切割位点为G↓TCGAC,产生的切割后的两个DNA片段是G-TCGAC和CAGCT-G。
10. PstI:切割位点为CTGCA↓G,产生的切割后的两个DNA片段是CTGC-AG和GACG-T。
各种酶切位点的保护碱基
各种酶切位点的保护碱基酶不同,所需要的酶切位点的保护碱基的数量也不同。
一般情况下,在酶切位点以外多出3个碱基即可满足几乎所有限制酶的酶切要求。
在资料上查不到的,我们一般都随便加3个碱基做保护。
寡核苷酸近末端位点的酶切(Cleavage Close to the End of DNA Fragments(oligonucleotides)为了解不同内切酶对识别位点以外最少保护碱基数目的要求,NEB采用了一系列含识别序列的短双链寡核苷酸作为酶切底物进行实验。
实验结果对于确定双酶切顺序将会有帮助(比如在多接头上切割位点很接近时),或者当切割位点靠近DNA末端时也很有用。
在本表中没有列出的酶,则通常需在识别位点两端至少加上6个保护碱基,以确保酶切反应的进行。
实验方法:用γ-[32P]ATP在T4多聚核苷酸激酶的作用下标记0.1A260单位的寡核苷酸。
取1 µg 已标记了的寡核苷酸与20单位的内切酶,在20°C条件下分别反应2小时和20小时。
反应缓冲液含70 mM Tris-HCl (pH 7.6), 10 mM MgCl2 , 5 mM DTT及适量的NaCl或KCl(视酶的具体要求而定)。
20%的PAGE(7 M尿素)凝胶电泳分析,经放射自显影确定酶切百分率。
本实验采用自连接的寡核苷酸作为对照。
若底物有较长的回文结构,切割效率则可能因为出现发夹结构而降低。
2.双酶切的问题参看目录,选择共同的buffer。
其实,双酶切选哪种buffer是实验的结果,takara公司从1979年开始生产限制酶以来,做了大量的基础实验,也积累了很多经验,目录中所推荐的双酶切buffer 完全是依据具体实验结果得到的。
有共同buffer的,通常按照常规的酶切体系,在37℃进行同步酶切。
但BamH I在37℃下有时表现出star活性,常用30℃单切。
两个酶切位点相邻或没有共同buffer的,通常单切,即先做一种酶切,乙醇沉淀,再做另一种酶切。
常见分子实验限制性内切酶酶切位点大全
AatII识别位点Acc65I识别位点AccI识别位点AciI识别位点AclI识别位点AcuI识别位点AfeI识别位点AflII识别位点AflIII识别位点AgeI识别位点AhdI识别位点AleI识别位点AluI识别位点AlwI识别位点AlwNI识别位点ApaI识别位点ApaLI 识别位点ApeKI 识别位点ApoI 识别位点AscI 识别位点AseI 识别位点AsiSI 识别位点AvaI 识别位点AvaII 识别位点AvrII 识别位点BaeI 识别位点BamHI识别位点BanI 识别位点BanII 识别位点BbsI 识别位点BbvCI 识别位点BbvI 识别位点BccI识别位点BceAI识别位点BcgI识别位点BciVI识别位点BclI识别位点BfaI识别位点BfuAI识别位点BglI识别位点BglII识别位点BlpI识别位点Bme1580I识别位点BmgBI识别位点BmrI识别位点BmtI识别位点BpmI识别位点Bpu10I识别位点BpuEI识别位点BsaAI识别位点BsaBI识别位点BsaHI识别位点BsaI识别位点BsaJI识别位点BsaWI识别位点BsaXI识别位点BseRI识别位点BseYI识别位点BsgI识别位点BsiEI识别位点BsiHKAI识别位点BsiWI识别位点BslI识别位点BsmAI识别位点BsmBI 识别位点BsmFI 识别位点BsmI 识别位点BsoBI 识别位点Bsp1286I 识别位点BspCNI 识别位点BspDI 识别位点BspEI 识别位点BspHI 识别位点BspMI 识别位点BspQI 识别位点BsrBI 识别位点BsrDI 识别位点BsrFI 识别位点BsrGI 识别位点BsrI 识别位点BssHII 识别位点BssKI 识别位点BssSI 识别位点BstAPI 识别位点BstBI 识别位点BstEII 识别位点BstNI 识别位点BstUI 识别位点BstXI 识别位点BstYI 识别位点BstZ17I 识别位点Bsu36I 识别位点BtgI 识别位点BtgZI 识别位点BtsCI 识别位点BtsI 识别位点Cac8I识别位点ClaI识别位点CspCI识别位点CviAII识别位点CviKI-1识别位点CviQI识别位点DdeI识别位点DpnI识别位点DpnII识别位点DraI识别位点DraIII识别位点DrdI识别位点EaeI识别位点EaeI识别位点EagI识别位点EarI 识别位点EciI 识别位点EcoNI 识别位点 EcoO109I识别位点EcoP15I 识别位点EcoRI 识别位点EcoRV 识别位点FatI 识别位点FauI 识别位点Fnu4HI 识别位点FokI 识别位点FseI 识别位点FspI 识别位点HaeII 识别位点HaeIIIHgaI 识别位点HhaI识别位点HincII识别位点HindIII识别位点HinfI识别位点HinP1I识别位点HpaI识别位点HpaII识别位点HphI识别位点Hpy188I识别位点Hpy188III识别位点Hpy99I识别位点HpyAV识别位点HpyCH4III识别位点HpyCH4IVHpyCH4V识别位点 KasI识别位点KpnI识别位点MboI 识别位点MboII 识别位点MfeI 识别位点MluI 识别位点MlyI 识别位点MmeI 识别位点MnlI 识别位点MscI 识别位点MseI 识别位点MslI 识别位点MspA1I 识别位点MspI 识别位点MwoI 识别位点NaeI 识别位点NarI 识别位点NciI 识别位点NcoI识别位点NdeI识别位点NgoMIV识别位点NheI识别位点NlaIII识别位点NlaIV识别位点NmeAIII识别位点NotI识别位点NruI识别位点NsiI识别位点NspI识别位点PacI识别位点PaeR7I识别位点PciI识别位点PflFI识别位点PflMI识别位点PhoI识别位点PleI识别位点PmeI识别位点PmlI识别位点PpuMI识别位点PshAI识别位点PsiI识别位点PspGI识别位点PspOMI识别位点PspXI识别位点PstI识别位点PvuI识别位点PvuII识别位点RsaI识别位点RsrII识别位点SacII识别位点SalI识别位点SapI识别位点Sau3AI识别位点Sau96I识别位点SbfI识别位点ScaI识别位点SexAI识别位点SfaNI识别位点SfcI识别位点SfiI识别位点SfoI识别位点SgrAI识别位点SmaI识别位点SnaBI识别位点SpeI识别位点SphI识别位点SspI识别位点StuI识别位点StyD4I识别位点StyI识别位点TaqαI识别位点TfiI识别位点TliI识别位点TseI识别位点Tsp45I识别位点Tsp509I识别位点TspMI识别位点TspRI识别位点Tth111I识别位点XbaI识别位点XcmI识别位点XhoI识别位点XmaI识别位点XmnI识别位点ZraI识别位点与大家共享(非原创)。
限制性内切酶酶切位点保护碱基
寡核苷酸近末端位点的酶切
(Cleavage Close to the End of DNA Fragments (oligonucleotides))
为了解不同内切酶对识别位点以外最少保护碱基数目的要求,NEB采用了一系列含识别序列的短双链寡核苷酸作为酶切底物进行实验。
实验结果对于确定双酶切顺序将会有帮助(比如在多接头上切割位点很接近时),或者当切割位点靠近DNA末端时也很有用。
在本表中没有列出的酶,则通常需在识别位点两端至少加上6个保护碱基,以确保酶切反应的进行。
单位的寡实验方法:用γ-[32P]ATP在T4多聚核苷酸激酶的作用下标记0.1A
260
核苷酸。
取1 µg已标记了的寡核苷酸与20单位的内切酶,在20°C条件下分别
, 反应2小时和20小时。
反应缓冲液含70 mM Tris-HCl (pH 7.6), 10 mM MgCl
2
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20%的PAGE(7 M尿素)凝胶电泳分析,经放射自显影确定酶切百分率。
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常见分子试验限制性内切酶酶切位点大全
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各种酶切位点的保护碱基(引物设计必看)
各种酶切位点的保护碱基酶不同,所需要的酶切位点的保护碱基的数量也不同。
一般情况下,在酶切位点以外多出3个碱基即可满足几乎所有限制酶的酶切要求。
在资料上查不到的,我们一般都随便加3个碱基做保护。
寡核苷酸近末端位点的酶切(Cleavage Close to the End of DNA Fragments (oligonucleotides)为了解不同内切酶对识别位点以外最少保护碱基数目的要求,NEB采用了一系列含识别序列的短双链寡核苷酸作为酶切底物进行实验。
实验结果对于确定双酶切顺序将会有帮助(比如在多接头上切割位点很接近时),或者当切割位点靠近DNA末端时也很有用。
在本表中没有列出的酶,则通常需在识别位点两端至少加上6个保护碱基,以确保酶切反应的进行。
实验方法:用γ-[32P]ATP在T4多聚核苷酸激酶的作用下标记0.1A260单位的寡核苷酸。
取1 μg已标记了的寡核苷酸与20单位的内切酶,在20°C条件下分别反应2小时和20小时。
反应缓冲液含70 mM Tris-HCl (pH 7.6), 10 mM MgCl2 , 5 mM DTT及适量的NaCl或KCl(视酶的具体要求而定)。
20%的PAGE(7 M尿素)凝胶电泳分析,经放射自显影确定酶切百分率。
本实验采用自连接的寡核苷酸作为对照。
若底物有较长的回文结构,切割效率则可能因为出现发夹结构而降低。
2.双酶切的问题参看目录,选择共同的buffer。
其实,双酶切选哪种buffer是实验的结果,takara公司从1979年开始生产限制酶以来,做了大量的基础实验,也积累了很多经验,目录中所推荐的双酶切buffer完全是依据具体实验结果得到的。
有共同buffer的,通常按照常规的酶切体系,在37℃进行同步酶切。
但BamH I在37℃下有时表现出star活性,常用30℃单切。
两个酶切位点相邻或没有共同 buffer的,通常单切,即先做一种酶切,乙醇沉淀,再做另一种酶切。
限制性内切酶名词解释
限制性内切酶名词解释限制性内切酶(Restriction enzyme)是一类由细菌产生的酶,主要作用是切割DNA分子特定的酶切位点。
限制性内切酶在遗传工程和分子生物学研究中被广泛应用,能够将长的DNA 分子切割成特定大小的片段,从而使得研究者能够更好地研究和操作DNA。
限制性内切酶的发现和研究起源于1970年代。
当时,研究人员发现一些特定的细菌能够产生一种奇特的酶,它对DNA分子具有特异性的切割作用。
这种切割作用通常发生在特定的核苷酸序列上,被称为酶切位点或限制性位点。
每个限制性内切酶所识别和切割的酶切位点都有其独特的序列特征,并且有许多不同类型的限制性内切酶,如EcoRI、BamHI、HindIII等。
限制性内切酶的酶切作用是通过切割DNA分子的磷酸二酯键来实现的。
酶在酶切位点附近结合DNA分子,然后通过水解反应切割两股DNA的骨架,形成切割产物。
限制性内切酶的切割位置对两股DNA是对称的,意味着切割产物的两端都有一小段单链的“黏性末端”。
这种黏性末端的单链序列是由酶切位点的一部分序列决定的,如EcoRI酶切产生的末端序列是5'-GAATTC-3'。
黏性末端可以与其他黏性末端互补配对,形成DNA双链的黏性连接。
这种黏性连接有助于分子生物学研究者将DNA分子重新连在一起,或者将不同的DNA分子连接在一起,从而构建新的DNA分子。
限制性内切酶的应用非常广泛。
一方面,通过限制性内切酶的切割作用,可以将长的DNA分子切割成小片段,从而方便进行测序、克隆和分析。
另一方面,限制性内切酶可以用于DNA重组和基因工程。
研究人员可以利用黏性末端的互补配对原理,将不同的DNA片段连在一起,构建新的DNA分子,例如将外源基因插入到质粒中,形成重组DNA分子。
此外,限制性内切酶还可以用于DNA分子的鉴定和分析,例如通过切割产物的大小和形态来鉴定特定的DNA序列。
总之,限制性内切酶是一种重要的分子工具,广泛应用于分子生物学研究、遗传工程和基因工程等领域。
史上最全限制性内切酶酶切位点汇总情况
A系列AatII识别位点Acc65I识别位点AccI识别位点AciI识别位点AclI识别位点AcuI识别位点AfeI识别位点AflII识别位点AflIII识别位点AgeI识别位点AhdI识别位点AleI识别位点AluI识别位点AlwI识别位点AlwNI识别位点ApaI识别位点ApaLI识别位点ApeKI识别位点ApoI识别位点AscI识别位点AseI识别位点AsiSI识别位点AvaI识别位点AvaII识别位点AvrII识别位点BaeI识别位点BamHI 识别位点BanI识别位点BanII识别位点BbvCI识别位点BbvI识别位点BccI识别位点BceAI识别位点BcgI识别位点BciVI识别位点BclI识别位点BfaI识别位点BfuAI识别位点BglI识别位点BglII识别位点BlpI识别位点Bme1580I识别位点BmgBI识别位点BmrI识别位点BmtI识别位点BpmI识别位点Bpu10I识别位点BpuEI识别位点BsaAI识别位点BsaBI识别位点BsaHI识别位点BsaI识别位点BsaJI识别位点BsaWI识别位点BsaXI识别位点BseRI识别位点BseYI识别位点BsiEI识别位点BsiHKAI识别位点BsiWI识别位点BslI识别位点BsmAI识别位点BsmBI识别位点BsmFI识别位点BsmI识别位点BsoBI识别位点Bsp1286I识别位点BspCNI识别位点BspDI识别位点BspEI识别位点BspHI识别位点BspMI识别位点BspQI识别位点BsrBI识别位点BsrDI识别位点BsrFI识别位点BsrGI识别位点BsrI识别位点BssHII识别位点BssKI识别位点BssSI识别位点BstAPI识别位点BstBI识别位点BstEII识别位点BstNI识别位点BstXI识别位点BstYI识别位点BstZ17I识别位点Bsu36I识别位点BtgI识别位点BtgZI识别位点BtsCI识别位点BtsI识别位点Cac8I识别位点ClaI识别位点CspCI识别位点CviAII识别位点CviKI-1识别位点CviQI识别位点DdeI识别位点DpnI识别位点DpnII识别位点DraI识别位点DraIII识别位点DrdI识别位点EaeI识别位点EaeI识别位点EagI识别位点EarI识别位点EciI识别位点EcoNI识别位点EcoO109I 识别位点EcoRI识别位点EcoRV识别位点FatI识别位点FauI识别位点Fnu4HI识别位点FokI识别位点FseI识别位点FspI识别位点HaeII识别位点HaeIIIHgaI识别位点HhaI识别位点HincII识别位点HindIII识别位点HinfI识别位点HinP1I识别位点HpaI识别位点HpaII识别位点HphI识别位点Hpy188I识别位点Hpy188III识别位点Hpy99I识别位点HpyAV识别位点HpyCH4III识别位点HpyCH4IV HpyCH4V识别位点KasI识别位点KpnI识别位点MboI识别位点MboII识别位点MfeI识别位点MluI识别位点MlyI识别位点MmeI识别位点MnlI识别位点MscI识别位点MseI识别位点MslI识别位点MspA1I识别位点MspI识别位点MwoI识别位点NaeI识别位点NarI识别位点NciI识别位点NdeI识别位点NgoMIV识别位点NheI识别位点NlaIII识别位点NlaIV识别位点NmeAIII识别位点NotI识别位点NruI识别位点NsiI识别位点NspI识别位点PacI识别位点PaeR7I识别位点PciI识别位点PflFI识别位点PflMI识别位点PhoI识别位点PleI识别位点PmeI识别位点PmlI识别位点PpuMI识别位点PshAI识别位点PsiI识别位点PspGI识别位点PspOMI识别位点PspXI识别位点PstI识别位点PvuI识别位点PvuII识别位点RsrII识别位点SacI识别位点SacII识别位点SalI识别位点SapI识别位点Sau3AI识别位点Sau96I识别位点SbfI识别位点ScaI识别位点ScrFI识别位点SexAI识别位点SfaNI识别位点SfcI识别位点SfiI识别位点SfoI识别位点SgrAI识别位点SmaI识别位点SmlI识别位点SnaBI识别位点SpeI识别位点SphI识别位点SspI识别位点StuI识别位点StyD4I识别位点StyI识别位点SwaI识别位点TaqαI识别位点TfiI识别位点TseI识别位点Tsp45I识别位点Tsp509I识别位点TspMI识别位点TspRI识别位点Tth111I识别位点XbaI识别位点XcmI识别位点XhoI识别位点XmaI识别位点XmnI识别位点ZraI识别位点。
常用限制性内切酶酶切位点汇总
常用限制性内切酶酶切位点汇总Acc65I识别位点AccI识别位点AciI识别位点AclI识别位点AcuI识别位点AfeI识别位点AflII识别位点AflIII识别位点AgeI识别位点AhdI识别位点AleI识别位点AluI识别位点AlwI识别位点AlwNI识别位点ApaI识别位点ApaLI识别位点ApeKI识别位点ApoI识别位点AscI识别位点AseI识别位点AsiSI识别位点AvaI识别位点AvaII识别位点AvrII识别位点BaeI识别位点BamHI识别位点BanI识别位点BbvCI识别位点BbvI识别位点BccI识别位点BceAI识别位点BcgI识别位点BciVI识别位点BclI识别位点BfaI识别位点BfuAI识别位点BglI识别位点BglII识别位点BlpI识别位点Bme1580I识别位点BmgBI识别位点BmrI识别位点BmtI识别位点BpmI识别位点Bpu10I识别位点BpuEI识别位点BsaAI识别位点BsaBI识别位点BsaHI识别位点BsaI识别位点BsaJI识别位点BsaWI识别位点BsaXI识别位点BseRI识别位点BseYI识别位点BsiHKAI识别位点BsiWI识别位点BslI识别位点BsmAI识别位点BsmBI识别位点BsmFI识别位点BsmI识别位点BsoBI识别位点Bsp1286I识别位点BspCNI识别位点BspDI识别位点BspEI识别位点BspHI识别位点BspMI识别位点BspQI识别位点BsrBI识别位点BsrDI识别位点BsrFI识别位点BsrGI识别位点BsrI识别位点BssHII识别位点BssKI识别位点BssSI识别位点BstAPI识别位点BstBI识别位点BstEII识别位点BstNI识别位点BstXI识别位点BstYI识别位点BstZ17I识别位点BtgI识别位点BtgZI识别位点BtsCI识别位点BtsI识别位点Cac8I识别位点ClaI识别位点CspCI识别位点CviAII识别位点CviKI-1识别位点CviQI识别位点DdeI识别位点DpnI识别位点DpnII识别位点DraI识别位点DraIII识别位点DrdI识别位点EaeI识别位点EaeI识别位点EagI识别位点EarI识别位点EciI识别位点EcoNI识别位点EcoO109I识别位点EcoP15I识别位点EcoRI识别位点EcoRV识别位点FatI识别位点FauI识别位点Fnu4HI识别位点FseI识别位点FspI识别位点HaeII识别位点HaeIIIHgaI识别位点HhaI识别位点HincII识别位点HindIII识别位点HinfI识别位点HinP1I识别位点HpaI识别位点HpaII识别位点HphI识别位点Hpy188I识别位点Hpy188III识别位点Hpy99I识别位点HpyAV识别位点HpyCH4III识别位点HpyCH4IV HpyCH4V识别位点KasI识别位点KpnI识别位点MboI识别位点MboII识别位点MfeI识别位点MluI识别位点MlyI识别位点MmeI识别位点MnlI识别位点MscI识别位点MslI识别位点MspA1I识别位点MspI识别位点MwoI识别位点NaeI识别位点NarI识别位点NciI识别位点NdeI识别位点NgoMIV识别位点NheI识别位点NlaIII识别位点NlaIV识别位点NmeAIII识别位点NotI识别位点NruI识别位点NsiI识别位点NspI识别位点PacI识别位点PaeR7I识别位点PciI识别位点PflFI识别位点PflMI识别位点PhoI识别位点PleI识别位点PmeI识别位点PmlI识别位点PpuMI识别位点PshAI识别位点PsiI识别位点PspOMI识别位点PspXI识别位点PstI识别位点PvuI识别位点PvuII识别位点RsrII识别位点SacI识别位点SacII识别位点SalI识别位点SapI识别位点Sau3AI识别位点Sau96I识别位点SbfI识别位点ScaI识别位点ScrFI识别位点SexAI识别位点SfaNI识别位点SfcI识别位点SfiI识别位点SfoI识别位点SgrAI识别位点SmaI识别位点SmlI识别位点SnaBI识别位点SpeI识别位点SphI识别位点SspI识别位点StuI识别位点StyD4I识别位点SwaI识别位点TaqαI识别位点TfiI识别位点TseI识别位点Tsp45I识别位点Tsp509I识别位点TspMI识别位点TspRI识别位点Tth111I识别位点XbaI识别位点XcmI识别位点XhoI识别位点XmaI识别位点XmnI识别位点ZraI识别位点。
常用酶切位点序列和保护碱基
常用酶切位点序列和保护碱基引言在分子生物学和遗传工程领域,酶切位点序列和保护碱基是非常重要的概念。
酶切位点序列指的是DNA或RNA上特定的核苷酸序列,这些序列可以被特定的酶识别并切割。
保护碱基则是指在实验过程中采取措施来保护DNA或RNA上特定的核苷酸,使其不被酶切割。
本文将对常用的酶切位点序列和保护碱基进行详细介绍,包括其定义、常见的酶切位点序列、如何选择合适的保护碱基等内容。
酶切位点序列定义酶切位点序列是指DNA或RNA分子上具有一定规律性、可以被特定的限制性内切酶识别并结合从而发挥催化作用的核苷酸序列。
这些限制性内切酶通常能够识别4-8个核苷酸,并在识别到相应的位点后将DNA或RNA分子切割成片段。
常见的酶切位点序列1.EcoRI: 5’-GAATTC-3’,3’-CTTAAG-5’2.HindIII: 5’-AAGCTT-3’,3’-TTCGAA-5’3.BamHI: 5’-GGATCC-3’,3’-CCTAGG-5’4.XhoI: 5’-CTCGAG-3’,3’-GAGCTC-5’5.NotI: 5’-GCGGCCGC-3’,3’-CGCCGGCG-5’这些酶切位点序列是常用的限制性内切酶的识别序列,它们在分子生物学实验中被广泛应用。
通过将DNA或RNA与特定的限制性内切酶一起反应,可以实现DNA或RNA的特定部位切割。
保护碱基定义保护碱基是指在实验过程中采取措施来保护DNA或RNA上特定的核苷酸,使其不被酶切割。
这种保护通常通过对特定的碱基进行修饰或使用化学试剂来实现。
如何选择合适的保护碱基选择合适的保护碱基需要考虑以下几个因素: 1. 酶切位点序列:首先要了解所使用的限制性内切酶的酶切位点序列,以确定需要保护的碱基。
2. 保护方法:根据实验需求和实验条件选择合适的保护方法。
常见的保护方法包括使用化学修饰剂修饰碱基、使用特殊的核苷酸引物或引入特定的修饰基团等。
3. 保护效果:选择的保护碱基应能够有效地阻止限制性内切酶与目标位点结合并发挥催化作用。
各种酶切位点的保护碱基
各种酶切位点的保护碱基酶切位点是指酶在DNA或RNA分子中特定的位置识别并切割的区域。
在分子生物学研究中,酶切位点的保护碱基是进行引物设计的重要参考依据之一、本文将介绍各种酶切位点的保护碱基以及在引物设计中的应用。
1.核酸酶A切割位点保护碱基核酸酶A(RNase A)是一种特定的核酸酶,能够将单链RNA切割为5'-磷酸核酸和3'-核磷酸。
核酸酶A识别和切割位点的保护碱基主要为对尿嘧啶核苷酸(Uridine,U)和鸟嘌呤核苷酸(Adenine,A)。
具体来说,核酸酶A主要作用于RNA链上U和A的周围碱基,特别是位于U或A的下一个碱基。
在引物设计中,需要考虑核酸酶A切割位点的保护碱基,以避免产生无法预测的酶切割产物。
特别是在设计RNA引物时,需要避免在酶切位点附近出现U和A的保护碱基。
2.核酸酶T1切割位点保护碱基核酸酶T1(RNase T1)是一种特定的核酸酶,能够识别并切割由磷酸鸟苷(Guanosine,G)形成的RNA链。
核酸酶T1在RNA链上识别和切割位点的保护碱基为G。
具体来说,核酸酶T1主要作用于G的下一个碱基。
在引物设计中,需要考虑核酸酶T1切割位点的保护碱基,以避免产生无法预测的酶切割产物。
特别是在设计RNA引物时,需要避免在酶切位点附近出现G的保护碱基。
3.限制性内切酶切割位点保护碱基限制性内切酶是一类广泛应用于DNA分子生物学研究的酶,其识别和切割DNA分子中的特定序列。
限制性内切酶识别和切割位点的保护碱基由酶自身的特异性决定。
每一种限制性内切酶都有其特定的酶切位点保护碱基要求。
一般来说,酶切位点的保护碱基主要存在于酶切位点的上下游碱基中。
在引物设计中,需要考虑限制性内切酶切割位点的保护碱基,以避免引物和酶切位点之间存在相互作用而导致切割不完全或无法切割的情况。
总而言之,在引物设计中,需要考虑各种酶切位点的保护碱基,以提高引物的特异性和稳定性。
根据不同酶的切割特点和要求,设计合适的引物序列可以避免酶切位点的保护碱基产生干扰,保证实验结果的准确性。
限制性内切酶酶切位点及保护碱基
寡核苷酸近末端位点的酶切(Cleavage Close to the End of DNA Fragments (oligonucleotides))为什么要添加保护碱基?在分子克隆实验中,有时我们会在待扩增的目的基因片段两端加上特定的酶切位点,用于后续的酶切和连接反应。
由于直接暴露在末端的酶切位点不容易直接被限制性核酸内切酶切开,因此在设计PCR引物时,人为的在酶切位点序列的5‘端外侧添加额外的碱基序列,即保护碱基,用来提高将来酶切时的活性。
其次,在分子克隆实验中选择载体的酶切位点时,相临的两个酶切位点往往不能同时使用,因为一个位点切割后留下的碱基过少以至于影响旁边的酶切位点切割。
该如何添加保护碱基?添加保护碱基时,最关心的应该是保护碱基的数目,而不是种类。
什么样的酶切位点,添加几个保护碱基,是有数据可以参考的。
添加什么保护碱基,如果严格点,是根据两条引物的Tm值和各引物的碱基分布及GC含量。
如果某条引物Tm值偏小,GC%较低,添加时多加G或C,反之亦反。
为了解不同内切酶对识别位点以外最少保护碱基数目的要求,NEB采用了一系列含识别序列的短双链寡核苷酸作为酶切底物进行实验。
实验结果对于确定双酶切顺序将会有帮助(比如在多接头上切割位点很接近时),或者当切割位点靠近DNA末端时也很有用。
在本表中没有列出的酶,则通常需在识别位点两端至少加上6个保护碱基,以确保酶切反应的进行。
单位的寡实验方法:用γ-[32P]ATP在T4多聚核苷酸激酶的作用下标记0.1A260核苷酸。
取1 µg已标记了的寡核苷酸与20单位的内切酶,在20°C条件下分别反应2小时和20小时。
反应缓冲液含70 mM Tris-HCl (pH 7.6), 10 mM MgCl,25 mM DTT及适量的NaCl或KCl(视酶的具体要求而定)。
20%的PAGE(7 M尿素)凝胶电泳分析,经放射自显影确定酶切百分率。
本实验采用自连接的寡核苷酸作为对照。
常见限制性内切酶识别序列(酶切位点),保护碱基,缓冲液
常见限制性内切酶识别序列(酶切位点),保护碱基,缓冲液常见限制性内切酶识别序列(酶切位点),保护碱基,缓冲液在分子克隆实验中,限制性内切酶是必不可少的工具酶。
无论是构建克隆载体还是表达载体,要根据载体选择合适的内切酶(当然,使用T载就不必考虑了)。
先将引物设计好,然后添加酶切识别序列到引物5’端。
常用的内切酶比如BamHI、EcoRI、HindIII、NdeI、XhoI等可能你都已经记住了它们的识别序列,不过为了保险起见,还是得查证一下。
下面,我就总结了一些常用的内切酶的识别序列,仅供各位参考。
下面这些内切酶都属于II型内切酶。
先介绍一下什么是II型内切酶吧。
The Type II restriction systems typically contain individual restriction enzymes and modification enzymes encoded by separate genes. The Type II restriction enzymes typically recognize specific DNA sequences and cleave at constant positions at or close to that sequence to produce 5-phosphates and 3-hydroxyls. Usually they require Mg 2+ ions as a cofactor, although some have more exotic requirements. The methyltransferases usually recognize the same sequence although some are more promiscuous. Three types of DNA methyltransferases have been found as part of Type II R-M systems forming either C5-methylcytosine, N4-methylcytosine or N6-methyladenine.ApaI (类型:Type II restriction enzyme )识别序列:5'GGGCC^C 3'BamHI(类型:Type II restriction enzyme )识别序列:5' G^GATCC 3'BglII (类型:Type II restriction enzyme )识别序列:5'A^GATCT 3'EcoRI (类型:Type II restriction enzyme )识别序列:5' G^AATTC 3'HindIII (类型:Type II restriction enzyme )识别序列:5' A^AGCTT 3'KpnI (类型:Type II restriction enzyme )识别序列:5' GGTAC^C 3'NcoI (类型:Type II restriction enzyme )识别序列:5' C^CATGG 3'NdeI (类型:Type II restriction enzyme )识别序列:5' CA^TATG 3'NheI (类型:Type II restriction enzyme )识别序列:5' G^CTAGC 3'NotI (类型:Type II restriction enzyme )识别序列:5' GC^GGCCGC 3'SacI (类型:Type II restriction enzyme )识别序列:5' GAGCT^C 3'SalI (类型:Type II restriction enzyme )识别序列:5' G^TCGAC 3'SphI (类型:Type II restriction enzyme )识别序列:5' GCATG^C 3'XbaI (类型:Type II restriction enzyme )识别序列:5' T^CTAGA 3'XhoI (类型:Type II restriction enzyme )识别序列:5' C^TCGAG 3'当然,上面总结的这些肯定不全,要查找更多内切酶的识别序列,你还可以选择下面几种方法:1. 查你所使用的内切酶的公司的目录或者网站;NEB网站上提供的识别序列图表下载2. 用软件如:Primer Premier5.0或Bioedit等,这些软件均提供了内切酶识别序列的信息;3. 推荐到NEB的REBASE数据库去查(网址:/rebase/rebase.html)当你设计好引物,添加上了内切酶识别序列,下一步或许是添加保护碱基了,可以参考:/html/86.htmlNEB公司网站提供的保护碱基参考表下载/user1/2081/archives/2009/230768.shtml NEB公司网站上关于设计PCR引物保护碱基的参考/userfiles/file/protect.doc双酶切buffer的选择MBI/doubledigest/index.html罗氏http://www.roche-applied-/benchmate/refinder.htmNEB/nebecomm/DoubleDigestCalculator.as pPromega/guides/re_guide/research.asp?se arch=bufferTakara http://catalog.takara-bio.co.jp/en/product/basic_info.asp?unitid=U100005593 这里再给大家推荐一种新的不需要连接反应的分子克隆方法,优点包括:①设计引物不必考虑选择什么酶切位点;②不必考虑保护碱基的问题;③不必每次都选择合适的酶来酶切质粒制备载体;④而且不需要DNA连接酶;⑤假阳性几率低(因为没有连接反应这一步,载体自连的问题没有了)。
各种酶切位点的保护碱基
各种酶切位点的保护碱基酶不同,所需要的酶切位点的保护碱基的数量也不同。
一般情况下,在酶切位点以外多出3个碱基即可满足几乎所有限制酶的酶切要求。
在资料上查不到的,我们一般都随便加3个碱基做保护。
寡核苷酸近末端位点的酶切(Cleavage Close to the End of DNA Fragments(oligonucleotides)为了解不同内切酶对识别位点以外最少保护碱基数目的要求,NEB采用了一系列含识别序列的短双链寡核苷酸作为酶切底物进行实验。
实验结果对于确定双酶切顺序将会有帮助(比如在多接头上切割位点很接近时),或者当切割位点靠近DNA末端时也很有用。
在本表中没有列出的酶,则通常需在识别位点两端至少加上6个保护碱基,以确保酶切反应的进行。
实验方法:用γ-[32P]ATP在T4多聚核苷酸激酶的作用下标记0.1A260单位的寡核苷酸。
取1 µg 已标记了的寡核苷酸与20单位的内切酶,在20°C条件下分别反应2小时和20小时。
反应缓冲液含70 mM Tris-HCl (pH 7.6), 10 mM MgCl2 , 5 mM DTT及适量的NaCl或KCl(视酶的具体要求而定)。
20%的PAGE(7 M尿素)凝胶电泳分析,经放射自显影确定酶切百分率。
本实验采用自连接的寡核苷酸作为对照。
若底物有较长的回文结构,切割效率则可能因为出现发夹结构而降低。
2.双酶切的问题参看目录,选择共同的buffer。
其实,双酶切选哪种buffer是实验的结果,takara公司从1979年开始生产限制酶以来,做了大量的基础实验,也积累了很多经验,目录中所推荐的双酶切buffer 完全是依据具体实验结果得到的。
有共同buffer的,通常按照常规的酶切体系,在37℃进行同步酶切。
但BamH I在37℃下有时表现出star活性,常用30℃单切。
两个酶切位点相邻或没有共同buffer的,通常单切,即先做一种酶切,乙醇沉淀,再做另一种酶切。