蛋白质泛素化与人类疾病发生的关系及其研究进展
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泛素化修饰与人类疾病
泛素-蛋白酶体途径由泛素(ubiquitin,Ub)、泛素活化酶(ubiquitin-activating enzyme,E1)、泛素结合酶(ubiquitin-conjugating enzymes,E2s)、泛素-蛋白连接酶(ubiquitin-protein ligases,E3s)、26S蛋白酶体和泛素解离酶(deubiquitinating enzymes,DUBs)等组成,其对靶蛋白的降解是一种级联反应过程。泛素首先在El催化下,其C 末端甘氨酸残基与El的半胱氨酸残基间形成高能硫酯键而获得活性。El-泛素结合的中间体再将泛素转移给E2,形成E2-泛素中间体。最后靶蛋白的泛素化还需要另一个特异的泛素蛋白连接酶E3s。E3s可以直接或间接与底物结合,促使泛素从与E2s形成的硫酯中间产物转移到靶蛋白赖氨酸残基的ε氨基基团上,形成异肽键(isopeptide bond)。当第一个泛素分子连接到靶蛋白上后,另外一些泛素分子在E3s的催化下相继与底物相连的泛素分子的第48位赖氨酸残基相连,形成一条多聚泛素链,作为底物被蛋白酶体识别和降解的靶向性信号。完成泛素化的蛋白质结构被展平进入26S蛋白酶体,在20S催化中心中被降解,泛素分子可被DUBs从底物上水解下来,重复利用。
一、泛素(Ub)
泛素是1975年由Goldstein首先发现的一种在真核生物细胞高度
保守的多肽,单个泛素分子由76个氨基酸组成,分子量约8.5kD。在不同生物体间组成泛素的氨基酸序列差别很小,如酵母和人的泛素仅有3个氨基酸序列的差别。泛素分子紧密折叠成球形,5股混合的β片层形成一个腔样结构,部对角线位置有1个α螺旋,这个结构称为泛素
折叠。这个小蛋白含有一个明显的疏水核心和大量的氢键,表现出特殊的稳定性,能够防止在结合和靶向性降解循环中变性失活,从而保证泛素循环的运行。从泛素折叠中突出来的是具有一定变形性的C末端延伸部分,这个末端第76位含有一个必须的甘氨酸。泛素与其它蛋白都是通过C-末端第76位甘氨酸来连接的。
二、泛素活化酶(E1)
El是泛素与底物蛋白结合所需要的第一个酶,但是对靶蛋白的特异性却几乎没有影响。El是一种广泛表达的多肽,大约1100个氨基酸,含有位置固定的保守的半胱氨酸残基。El有2个亚型,是由同一个mRNA在不同的起始位点翻译而成的,存在于细胞浆和细胞核中。酵母的El基因失活后是致命的,说明这个蛋白对于细胞的生存是至关重要的(Stephen等.1996)。El可以水解ATP,与泛素的羧基末端形成高能硫酯键而激活泛素。在真核生物这个激活反应由两步构成:起始形成泛素-腺苷酸中间物,接下来这个中间物与El半胱氨酸残基发生反应形成E1-Ub硫酯键。通常一个泛素分子有一个单独的E1。E1具有高度的催化效能,在低浓度的情况下就能够激活泛素,满足下游的级联反应过程(Pickart.2001)。
三、泛素结合酶(E2s)
级联反应的第二步是泛素分子经过转硫醇反应从E1半胱氨酸残基转移给E2s活化的半胱氨酸位点。E2s在哺乳动物中至少有25个基因,所有的E2s都含有一个保守的大约150个氨基酸的核心结构域,在结构域的中央是决定E2s活性的半胱氨酸残基,位于蛋白表面浅的裂隙
(Hamilton等.2001)。E2s家族中的一小部分成员只含有这个核心结构,但是其它的大部分成员还有N-或C-末端的延伸,这种结构可能与E3s 的识别、E2s自身的活性以及底物识别有关。E1和E3s通过相同的基序与E2s连接,这说明在反应循环过程中,E2s必须在E1和E3s之间穿梭往返运行。因此为了保证在激活的泛素与数量巨大的E3s之间得到平衡的分布,需要多个E2s异构体。E2s/Ub非共价结合的亲和力非常低,说明其在转移泛素分子到靶蛋白上起着重要的作用。
四、泛素-蛋白连接酶(E3s)
泛素化途径最重要的特征就是底物的多样性和选择性,这一功能由E3s直接决定。目前主要有3种类型的E3s,即含有HECT(homologous to E6-associated protein carboxyl terminus)结构域的E3s、含有环指状(RING finger)结构域的E3s和含有U-box结构域的E3s[2]。在高等生物E3的总数从几百到一千以上,新的E3亚家族仍不断被发现。正是由于这些复杂多变的E3s家族成员可以对不同的底物进行特异性的识别,才呈现出蛋白降解的高度选择性。
(一)含有HECT结构域的E3s
HECT E3s的命名是因为其C-末端含有一段大约350个氨基酸的区域与E6-AP(E6-associated protein)的C-末端同源。HECT E3s催化转硫醇反应将E2s中的泛素转移给HECT结构域的保守的半胱氨酸残基。
E6AP-HECT/UbcH7复合体的晶体结构显示HECT结构域呈L形,活性位点位于L形的拐弯处(Huang等.1999)。游离的HECT结构域与E2s有较强的相互作用,E2s结合位点位于L形基底部的末端。HECT结构域
的缺失不影响底物的结合,高度可变的N末端结构域负责对特异底物的识别和结合。
(二)含有环指状结构域的E3s
其特征是含有一个保守的组氨酸和半胱氨酸残基复合体,在其中心有2个Zn+ 离子。RING E3s没有直接催化蛋白泛素化的作用,其作为一个停靠位点将靶蛋白和E2s聚集在一起,然后介导泛素的转移而不是与泛素形成硫酯键。含有环指状结构域的E3s可被分成2种类型,一种是单个蛋白,其代表是作为P53的E3s的MDM2(mouse double minute 2)癌蛋白(Honda等.2000)以及作为受体酪氨酸激酶如表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)和血小板衍生因子受体(p l a t e l e t-d e r i v e d g r o w t h f a c t o r r e c e p t o r)E3s的c-Cbl(Tsygankov等.2001)。另一种是多蛋白组成的复合体,包括SCF(Skpl-Cullin/Cdc53-F-box-Rbx1)、有丝分裂后期促进复合物(aftaphasepromoting complex,APC)和VBC-Cul2复合体(the v o n-H i p p e l-L i n d a u-e l o n g i n s B a n d C-C u l2 complex)。SCF E3s是至少有4种多肽组成的复合体。被命名为SCF是因为其中的三个核心亚基(Skpl、Cullin/CDC53和一个F-Box蛋白)。后来第四个亚基Rbxl(RING box 1 protein)被发现,其含有一个RING H2-型结构域。在SCF E3s中的Rbxl能够集合E2,Cullins蛋白作为Rbxl 与蛋白之间的支架参与底物的选择性。底物的识别由底物特异性的F-box蛋白所介导,F-box本身被SCF E3s复合体中的Skpl接头因子所识别和聚集。Skpl与Cullins结合,因此将底物和泛素并列排开。F-box