医学图像处理的特点和热点问题
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EMP-MI
时间 25.1687 7.0401 11.6816 4.6163 36.6081 8.4328
成功率 94% 96% 90 % 92 % 75% 92%
5、目标分割
医学图像目标分割也是当前国际研究热点, 是精确量化诊断的重要依据。
主要问题
分割类数不确定;分割精度不高,灰度归类 算法没有考虑空间特性。
a.模板原始图像
b.平移伪影图像
c.能量聚焦法修正结果 d.逆向迭代修正结果
MR平移运动伪影消除
a、e为原始图像;b、f为模拟伪影图像;c、g为能量聚焦法修正的结果; d、h为自动逆向迭代法修正的结果
EF和IIC在信噪比和运行时间上的对比
方法
模板 图像
头颅 图像
腹部 图像
信噪比 EF
(dB) IIC
FS与MI配准方法的误配率比较
方法 CT-MR PET-CT PET-MR
MI
20%
36%
44%
FS
5%
16%
22%
实 验 采 用 美 国 Vanderbilt 大 学 Retrospective Registration Evaluation Project (RREP)项目组提供的国际通用刚性配准图像数据,评估方式采用配准获得的 结果与项目组已有的金标准进行比较。
主要问题
在重建过程中多线圈K空间数据共同参与成像,但是 在数据采集过程中,个别位置的线圈数据常常容易遭 到运动的破坏,从而对最终重建的复合图像产生巨大 影响。
相应对策
提出了基于AM鲁棒估计的并行磁共振成像算法 ,有 效消除了图像中产生的伪影,增加了图像细节分辨率。
工作基础
把破坏数据看成观测数据样本中的异常值,应 用AM鲁棒估计方法可以很好地抑制异常值对数 据集造成的影响。通过对多线圈并行采集的体 模数据与真实脑部数据进行重建实验,结果显 示该算法可以有效消除异常数据在重建图像中 产生的伪影,有助于提高图像的细节分辩率。
配
MR-T1
准
结
MR-T2
果
基于当量子午面的三维医学图像快速配准算法
MRI
PET
(a)横断面
(b)矢状面
(c)冠状面
基于当量子午面的三维医学图像快速配准算法
MRI
SPECT
(a)横算法的稳健性与计算耗时分析
实验 算法 实验 1 MI
EMP-MI 实验 2 MI
EMP-MI 实验 3 MI
算法分割结果
左心室内壁时序追踪
左心室内外壁三维显示
左心室容量-时间曲线
算法分割结果和专家人工分割误差比较
Hausdorff 距离 单位:mm
Patient1
K(分位数) 内壁
外壁
Patient2 内壁 外壁
Patient3 内壁 外壁
90% 1.27 1.55 1.78 1.75 2.01 2.15
时间 EF (min) IIC
2.036 15.716 12.30 5.25
1.998 8.651 13.65 6.86
2.141 9.121 15.71 8.43
注:实验在P-III/1G 上实现
T2加权PROPELLER方法 的运动伪影消除效果
常规采集方法的重建图像 PROPELLER采集的重建图像
应用于医学图像配准的两相全局优化算法
原图
变形图
本算法
Kybic算法
应用于医学图像配准的两相全局优化算法
原图
变形图
本算法
Kybic算法
应用于医学图像配准的两相全局优化算法
配准前 配准后
表 16组配准试验的结果对比
试验样本数量
配准正确数量 (本文算法)
准确率 (本文算法)
配准正确数量 (参考算法)
(A)模板参考图像;
(B)SENSE方法重建;
(C)本文算法重建;
(D)图(B)的局部放大
体模数据重建结果
(E)图(C)的局部放大
(A)模板参考图像;
(B)SENSE方法重建;
(C)本文算法重建
真实脑部数据重建结果
表1 两种算法关于AP的比较 方. 法 体模数据 真实数据
SENSE 0.0387 本文算法 0.0162
东软数字化医疗系统有限股份公司正研制的CT-PET设备将采 用该技术
基于当量子午面的三维医学图像快速配准算法
利用PCA变换分别将当量子午面调整到水平位置
试验数据取自Biomedical Imaging Resource医学图像库 (/Mayo)
基于当量子午面的三维医学图像快速配准算法
四、医学图像处理的热点研究 (包括自己的工作)
1、优质重建
关于成像重建算法现研究热点集中在 PET 、锥形束螺旋CT 、与MR等方面
PET图像重建
存在问题
图像分辨率低,噪声大,缺少结构信息,无法定 位病灶。
相应对策
a.前处理:基于小波包门限估计的正则化抑噪 技术。 b.后处理:提出各种优化方法,如正则化方 法、最大似然法等滤噪。
T1加权PROPELLER采样数据 的优化重建
原有算法的重建结果
优化算法的重建结果
T1加权图像中的运动伪影表现
T1加权PROPELLER采样数据 的优化重建
原有算法的重建结果
优化算法的重建结果
3. 并行磁共振成像
多线圈采集技术与并行成像算法通过降低磁共振成像 所必需的梯度编码步数有效提高了成像的扫描速度。
相应对策
提出模糊或广义模糊相似准则来提高配准 精度。
工作基础 (1) 关于弹性配准,我们提出基于B-样条与Gibbs随机场正则化弹 性配准算法,在大致相同的时间消耗下,本方法:a、配准精 度高;b、方法鲁棒性好。 (2) 我们提出了基于多框架重叠的模糊相似性测度的刚性配准算法, 稳健性与计算精度明显优于当前同类研究(MI),配准精度提 高2倍。 (3)提出了基于当量子午面的三维医学图像快速配准算法,在保持 原有精度的基础上,计算速度是传统的互信息量算法的三到四 倍。 (4)提出了一个两阶段算法(two-phases method),第一阶段是 用采样的方法得到一个全局极值的近似解,第二阶段是用局部 优化算法得到全局极值的精确解。把种方法应用于医学图像的 弹性方面,配准准确率有了很大的提高
相应对策
在重建过程中对采样密度进行精确补偿。
工作基础
我们对此类问题的研究正在进行中,后续的 PROPELLER采样就是一种非笛卡尔采样。
2、运动伪影校正
MR成像中,运动伪影几乎无所不在,损害了 图像质量。
主要问题
现有各种前处理技术(快速扫描、门控扫描、 欠扫描、过扫描或可矫正重建模式)的校正 效果不理想
准确率 (参考算法)
CT图像 8 8
100% 3
37.7%
MR图像 8 7
87.5% 2
25%
总和 16 15 93.75% 5 31.25%
本文算法为利用两阶段优化算法的图像配准算法; 参考算法为基于B样条的弹性配准算法
基于多框架重叠的模糊相似性测度的刚性配准算法
(a)配准前CT图像 (b)配准前MR图像 (c)配准前重叠图像 (d)配准后重叠图像
95% 2.50 2.66 2.90 2.87 4.20 4.33
7、图像压缩
主要问题
医学序列图像的帧内冗余与帧间冗余度很大,失去 一些无关细节不影响诊断,但迄今医学图像的有损 压缩没有一个公认的标准。
相应对策
要提出新的有损标准及算法,实现高压缩比下的高 信噪比优质解码图像。
工作基础
本项目提出了基于小波四叉树的嵌入式编码技术, 其中包括预测与分裂两项新技术,在有损压缩达10 倍以上情况下,信噪比在30个dB以上,不丢失诊断 细节(经影像专家评估)。
CT_head 0.5
34.7
1.0
42.7
0.1
31.2
MR_head 0.5
42.0
1.0
48.1
JPEG 2000
TS-MRF分割 TSF-MRF分割
源图像
MRF分割
TS-MRF分割 TSF-MRF分割
6、运动估计
鲁棒分割是心功能量化评价的重要依据。 MR心脏序列图像分析中,左心室内外壁 的精确
主要问题
分割鲁棒性,准确性和自动化程度;
相应对策
提出基于广义模糊梯度矢量流的改进几何 动态轮廓线算法和内外壁联合分割与时序 追踪方案;
(a)原始CT图
(b)0.2 bpp (c)0.4 bpp
(d)0.5 bpp (e)0.75 bpp
(a)原始MR图
(b)0.2 bpp (c)0.4 bpp
(d)0.5 bpp (e)0.75 bpp
表4. 四种编码方法间的PSNR(dB)比较
Image BitRate SPITH
0.1
23.7
医学图像处理的特点 与热点问题
陈武凡
一、视觉信息处理的支撑性
遥感图像处理 — 应用面窄 医学图像处理 — 应用面宽
二、医学图像处理的前瞻性
高度复杂的成像机制 综合深厚的数学基础 精确实用的高新技术 重大需求的应用前景
三、医学图像处理的特殊性
生理评判的模糊性 信息生成的随机性 物理求解的病态性 面对应用的实时性
脑部MR图像的分割算法比较
(a)为白质的重叠率
(b)为灰质的重叠率
该实验20套MR图像数据来自哈佛大学附属麻省总院IBSR,分割结果与其 提供的专家手动分割结果(金标准)进行对比
DDC分割结果: (a)原图像 (b)FCM (c)GFCM (d)MMS (e)PIXON (f)DDC
噪声图像
MRF分割
相应对策
必须提出新的方法,能具普适性,又有优越 的校正效果。
工作基础
(1) 后处理:我们最新提出的逆向迭代修正 算法(IIC)对MR图像中的仿真平移运动伪 影处理,比美国最近算法(EF)的信噪比提 高约7个dB,计算速度提高一倍以上,且 稳健性好
(2) 前处理:我们最新提出了基于PROPELLER 采样的有运动时磁共振成像的优化重建 方法。
0.0228 0.0156
AP
x, y
Irec( x,
y)
-
Iref
(
x,
y)
2
Iref (x, y) 2
x, y
Irec 为重建图像 Iref 为参考图像
主要反应了重建图像与参考图像的接近程度
4、图像配准
多模态医学图像信息融合是当前研究热点, 而前提是配准技术。
主要问题
当前国际主流算法的误配率较大,难以实 用。
工作基础
提出自适应利用前一次迭代的Gibbs多阶混合 先验知识降噪与保护边缘,使其重建质量优于 其他算法
(a)原始模板图像 (b)二次薄膜先验
(c)二次薄板先验
(d)混合先验知识-2
重建图像横断线轮廓分析
关于CT超短扫描成像
国际上Fan-beam成像算法不适用于感兴趣区域成 像,本研究基于Cone-beam成像的PI line思想, 提出了Fan-beam超短扫描自适应快速成像新算法。
(a) 原始图像 (b)5类分割结果 (c)本文算法结果 (d)分割出的第6类
0.06
0.05
0.04
0.03
0.02
0.01
0
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
(e) 类间能量
6
5
4
3
2
1
0
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
(f) 类内能量
脑部冠状面磁共振图像
(a)
(b)
(c)
(d)
(a) 原始图像, (b) ML 分割结果, (c) CGS 分割结果, (d) FGS分割结果
相应对策
要提出模糊随机分割模型,以提高分割的效 果。
工作基础
提出了基于伪似然算法的新的信息熵准则,可依图像的先验 知识获取最优分类数。 提出了广义模糊Gibbs分割算法(FGS)可自动获取最优分 割效果,且算法稳健性优于国外同类算法(ML与CGS)
提 出 以 互 信 息 熵 差 ( dMI ) 为 分 类 测 度 、 基 于 PIXON 与 GFCM算法的模糊交叉分割算法(DDC),实现了含有真实 病灶的医学图像的分割。 提出了基于TS-MRF的模糊MLL图像分割模型,试验数据采 用标准测试数据以及哈佛医学院提供的MR图像数据,并与 基于传统MRF的方法、基于TS-MRF的方法做了比较。
应用这一思想,现正开展Cone-beam 3D快速成像 算法研究。
Fan-beam超短扫描自适应快速成像新算法
(a) full scan (b) super-short scan (c) super-short scan
MR图像重建
主要问题
笛卡尔采样数据的重建就是快速傅立叶变换, 该类问题已经没有研究空间;非笛卡尔采样数 据的重建中,采样密度的变化造成图像退化。
工作基础
通过把广义模糊梯度矢量流引入水平集曲线演化过程,改 善了传统算法动态范围小和对医学图像弱边界不敏感的问 题;分割过程中人工干预少;在水平集框架下,通过引入 训练集的先验知识加强了分割结果的鲁棒性和收敛速度。
实验表明,算法分割左心室的内外壁的结果和专家手 动分割结果很接近。根据心室内外壁分割结果建立的左心 室三维模型,可以计算出的几种重要的临床心功能指标。
时间 25.1687 7.0401 11.6816 4.6163 36.6081 8.4328
成功率 94% 96% 90 % 92 % 75% 92%
5、目标分割
医学图像目标分割也是当前国际研究热点, 是精确量化诊断的重要依据。
主要问题
分割类数不确定;分割精度不高,灰度归类 算法没有考虑空间特性。
a.模板原始图像
b.平移伪影图像
c.能量聚焦法修正结果 d.逆向迭代修正结果
MR平移运动伪影消除
a、e为原始图像;b、f为模拟伪影图像;c、g为能量聚焦法修正的结果; d、h为自动逆向迭代法修正的结果
EF和IIC在信噪比和运行时间上的对比
方法
模板 图像
头颅 图像
腹部 图像
信噪比 EF
(dB) IIC
FS与MI配准方法的误配率比较
方法 CT-MR PET-CT PET-MR
MI
20%
36%
44%
FS
5%
16%
22%
实 验 采 用 美 国 Vanderbilt 大 学 Retrospective Registration Evaluation Project (RREP)项目组提供的国际通用刚性配准图像数据,评估方式采用配准获得的 结果与项目组已有的金标准进行比较。
主要问题
在重建过程中多线圈K空间数据共同参与成像,但是 在数据采集过程中,个别位置的线圈数据常常容易遭 到运动的破坏,从而对最终重建的复合图像产生巨大 影响。
相应对策
提出了基于AM鲁棒估计的并行磁共振成像算法 ,有 效消除了图像中产生的伪影,增加了图像细节分辨率。
工作基础
把破坏数据看成观测数据样本中的异常值,应 用AM鲁棒估计方法可以很好地抑制异常值对数 据集造成的影响。通过对多线圈并行采集的体 模数据与真实脑部数据进行重建实验,结果显 示该算法可以有效消除异常数据在重建图像中 产生的伪影,有助于提高图像的细节分辩率。
配
MR-T1
准
结
MR-T2
果
基于当量子午面的三维医学图像快速配准算法
MRI
PET
(a)横断面
(b)矢状面
(c)冠状面
基于当量子午面的三维医学图像快速配准算法
MRI
SPECT
(a)横算法的稳健性与计算耗时分析
实验 算法 实验 1 MI
EMP-MI 实验 2 MI
EMP-MI 实验 3 MI
算法分割结果
左心室内壁时序追踪
左心室内外壁三维显示
左心室容量-时间曲线
算法分割结果和专家人工分割误差比较
Hausdorff 距离 单位:mm
Patient1
K(分位数) 内壁
外壁
Patient2 内壁 外壁
Patient3 内壁 外壁
90% 1.27 1.55 1.78 1.75 2.01 2.15
时间 EF (min) IIC
2.036 15.716 12.30 5.25
1.998 8.651 13.65 6.86
2.141 9.121 15.71 8.43
注:实验在P-III/1G 上实现
T2加权PROPELLER方法 的运动伪影消除效果
常规采集方法的重建图像 PROPELLER采集的重建图像
应用于医学图像配准的两相全局优化算法
原图
变形图
本算法
Kybic算法
应用于医学图像配准的两相全局优化算法
原图
变形图
本算法
Kybic算法
应用于医学图像配准的两相全局优化算法
配准前 配准后
表 16组配准试验的结果对比
试验样本数量
配准正确数量 (本文算法)
准确率 (本文算法)
配准正确数量 (参考算法)
(A)模板参考图像;
(B)SENSE方法重建;
(C)本文算法重建;
(D)图(B)的局部放大
体模数据重建结果
(E)图(C)的局部放大
(A)模板参考图像;
(B)SENSE方法重建;
(C)本文算法重建
真实脑部数据重建结果
表1 两种算法关于AP的比较 方. 法 体模数据 真实数据
SENSE 0.0387 本文算法 0.0162
东软数字化医疗系统有限股份公司正研制的CT-PET设备将采 用该技术
基于当量子午面的三维医学图像快速配准算法
利用PCA变换分别将当量子午面调整到水平位置
试验数据取自Biomedical Imaging Resource医学图像库 (/Mayo)
基于当量子午面的三维医学图像快速配准算法
四、医学图像处理的热点研究 (包括自己的工作)
1、优质重建
关于成像重建算法现研究热点集中在 PET 、锥形束螺旋CT 、与MR等方面
PET图像重建
存在问题
图像分辨率低,噪声大,缺少结构信息,无法定 位病灶。
相应对策
a.前处理:基于小波包门限估计的正则化抑噪 技术。 b.后处理:提出各种优化方法,如正则化方 法、最大似然法等滤噪。
T1加权PROPELLER采样数据 的优化重建
原有算法的重建结果
优化算法的重建结果
T1加权图像中的运动伪影表现
T1加权PROPELLER采样数据 的优化重建
原有算法的重建结果
优化算法的重建结果
3. 并行磁共振成像
多线圈采集技术与并行成像算法通过降低磁共振成像 所必需的梯度编码步数有效提高了成像的扫描速度。
相应对策
提出模糊或广义模糊相似准则来提高配准 精度。
工作基础 (1) 关于弹性配准,我们提出基于B-样条与Gibbs随机场正则化弹 性配准算法,在大致相同的时间消耗下,本方法:a、配准精 度高;b、方法鲁棒性好。 (2) 我们提出了基于多框架重叠的模糊相似性测度的刚性配准算法, 稳健性与计算精度明显优于当前同类研究(MI),配准精度提 高2倍。 (3)提出了基于当量子午面的三维医学图像快速配准算法,在保持 原有精度的基础上,计算速度是传统的互信息量算法的三到四 倍。 (4)提出了一个两阶段算法(two-phases method),第一阶段是 用采样的方法得到一个全局极值的近似解,第二阶段是用局部 优化算法得到全局极值的精确解。把种方法应用于医学图像的 弹性方面,配准准确率有了很大的提高
相应对策
在重建过程中对采样密度进行精确补偿。
工作基础
我们对此类问题的研究正在进行中,后续的 PROPELLER采样就是一种非笛卡尔采样。
2、运动伪影校正
MR成像中,运动伪影几乎无所不在,损害了 图像质量。
主要问题
现有各种前处理技术(快速扫描、门控扫描、 欠扫描、过扫描或可矫正重建模式)的校正 效果不理想
准确率 (参考算法)
CT图像 8 8
100% 3
37.7%
MR图像 8 7
87.5% 2
25%
总和 16 15 93.75% 5 31.25%
本文算法为利用两阶段优化算法的图像配准算法; 参考算法为基于B样条的弹性配准算法
基于多框架重叠的模糊相似性测度的刚性配准算法
(a)配准前CT图像 (b)配准前MR图像 (c)配准前重叠图像 (d)配准后重叠图像
95% 2.50 2.66 2.90 2.87 4.20 4.33
7、图像压缩
主要问题
医学序列图像的帧内冗余与帧间冗余度很大,失去 一些无关细节不影响诊断,但迄今医学图像的有损 压缩没有一个公认的标准。
相应对策
要提出新的有损标准及算法,实现高压缩比下的高 信噪比优质解码图像。
工作基础
本项目提出了基于小波四叉树的嵌入式编码技术, 其中包括预测与分裂两项新技术,在有损压缩达10 倍以上情况下,信噪比在30个dB以上,不丢失诊断 细节(经影像专家评估)。
CT_head 0.5
34.7
1.0
42.7
0.1
31.2
MR_head 0.5
42.0
1.0
48.1
JPEG 2000
TS-MRF分割 TSF-MRF分割
源图像
MRF分割
TS-MRF分割 TSF-MRF分割
6、运动估计
鲁棒分割是心功能量化评价的重要依据。 MR心脏序列图像分析中,左心室内外壁 的精确
主要问题
分割鲁棒性,准确性和自动化程度;
相应对策
提出基于广义模糊梯度矢量流的改进几何 动态轮廓线算法和内外壁联合分割与时序 追踪方案;
(a)原始CT图
(b)0.2 bpp (c)0.4 bpp
(d)0.5 bpp (e)0.75 bpp
(a)原始MR图
(b)0.2 bpp (c)0.4 bpp
(d)0.5 bpp (e)0.75 bpp
表4. 四种编码方法间的PSNR(dB)比较
Image BitRate SPITH
0.1
23.7
医学图像处理的特点 与热点问题
陈武凡
一、视觉信息处理的支撑性
遥感图像处理 — 应用面窄 医学图像处理 — 应用面宽
二、医学图像处理的前瞻性
高度复杂的成像机制 综合深厚的数学基础 精确实用的高新技术 重大需求的应用前景
三、医学图像处理的特殊性
生理评判的模糊性 信息生成的随机性 物理求解的病态性 面对应用的实时性
脑部MR图像的分割算法比较
(a)为白质的重叠率
(b)为灰质的重叠率
该实验20套MR图像数据来自哈佛大学附属麻省总院IBSR,分割结果与其 提供的专家手动分割结果(金标准)进行对比
DDC分割结果: (a)原图像 (b)FCM (c)GFCM (d)MMS (e)PIXON (f)DDC
噪声图像
MRF分割
相应对策
必须提出新的方法,能具普适性,又有优越 的校正效果。
工作基础
(1) 后处理:我们最新提出的逆向迭代修正 算法(IIC)对MR图像中的仿真平移运动伪 影处理,比美国最近算法(EF)的信噪比提 高约7个dB,计算速度提高一倍以上,且 稳健性好
(2) 前处理:我们最新提出了基于PROPELLER 采样的有运动时磁共振成像的优化重建 方法。
0.0228 0.0156
AP
x, y
Irec( x,
y)
-
Iref
(
x,
y)
2
Iref (x, y) 2
x, y
Irec 为重建图像 Iref 为参考图像
主要反应了重建图像与参考图像的接近程度
4、图像配准
多模态医学图像信息融合是当前研究热点, 而前提是配准技术。
主要问题
当前国际主流算法的误配率较大,难以实 用。
工作基础
提出自适应利用前一次迭代的Gibbs多阶混合 先验知识降噪与保护边缘,使其重建质量优于 其他算法
(a)原始模板图像 (b)二次薄膜先验
(c)二次薄板先验
(d)混合先验知识-2
重建图像横断线轮廓分析
关于CT超短扫描成像
国际上Fan-beam成像算法不适用于感兴趣区域成 像,本研究基于Cone-beam成像的PI line思想, 提出了Fan-beam超短扫描自适应快速成像新算法。
(a) 原始图像 (b)5类分割结果 (c)本文算法结果 (d)分割出的第6类
0.06
0.05
0.04
0.03
0.02
0.01
0
1
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10
(e) 类间能量
6
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2
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0
1
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3
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5
6
7
8
9
10
(f) 类内能量
脑部冠状面磁共振图像
(a)
(b)
(c)
(d)
(a) 原始图像, (b) ML 分割结果, (c) CGS 分割结果, (d) FGS分割结果
相应对策
要提出模糊随机分割模型,以提高分割的效 果。
工作基础
提出了基于伪似然算法的新的信息熵准则,可依图像的先验 知识获取最优分类数。 提出了广义模糊Gibbs分割算法(FGS)可自动获取最优分 割效果,且算法稳健性优于国外同类算法(ML与CGS)
提 出 以 互 信 息 熵 差 ( dMI ) 为 分 类 测 度 、 基 于 PIXON 与 GFCM算法的模糊交叉分割算法(DDC),实现了含有真实 病灶的医学图像的分割。 提出了基于TS-MRF的模糊MLL图像分割模型,试验数据采 用标准测试数据以及哈佛医学院提供的MR图像数据,并与 基于传统MRF的方法、基于TS-MRF的方法做了比较。
应用这一思想,现正开展Cone-beam 3D快速成像 算法研究。
Fan-beam超短扫描自适应快速成像新算法
(a) full scan (b) super-short scan (c) super-short scan
MR图像重建
主要问题
笛卡尔采样数据的重建就是快速傅立叶变换, 该类问题已经没有研究空间;非笛卡尔采样数 据的重建中,采样密度的变化造成图像退化。
工作基础
通过把广义模糊梯度矢量流引入水平集曲线演化过程,改 善了传统算法动态范围小和对医学图像弱边界不敏感的问 题;分割过程中人工干预少;在水平集框架下,通过引入 训练集的先验知识加强了分割结果的鲁棒性和收敛速度。
实验表明,算法分割左心室的内外壁的结果和专家手 动分割结果很接近。根据心室内外壁分割结果建立的左心 室三维模型,可以计算出的几种重要的临床心功能指标。