FoxO1-DNA复合物的分子动力学模拟研究

FoxO1-DNA复合物的分子动力学模拟研究
万华;常珊
【期刊名称】《湖北农业科学》
【年(卷),期】2014(53)9
【摘要】Molecular dynamics(MD) simulations were used to study two complex structures of FoxO1 binding with two different DNA elements IRE-DNA and DBE-DNA, respectively. The results of 6 ns MD simulations showed that the FoxO1/DBE-DNA system had higher stability compared with FoxO1/IRE-DNA system, which is consistent with the experimental data. By calculating the hydrogen bonds in the two systems, there were more hydrogen bonds with high occupancy formed between bases
Thy2,Gua3,Thy7′ of DBE-DNA and the protein FoxO1. It contributed to higher stability of the FoxO1/DBE-DNA sys-tem. The comparison of DNA groove parameters showed that it is helpful to binding with the protein FoxO1 for compressing m inor groove at 5′ end and expanding major groove at 3′ end. It will provide new insights into understanding the modulation of FoxO1-DNA affinity at atomic level.%采用分子动力学分别模拟了FoxO1和两个不同的DNA序列IRE-DNA、DBE-DNA结合形成的复合物结构。

6 ns的分子动力学模拟结果表明,FoxO1/DBE-DNA系统较FoxO1/IRE-DNA系
统更稳定,和试验中活性测试结果一致。

两个系统的氢键计算显示,DBE-DNA在碱
基Thy2、Gua3和Thy7′上和FoxO1形成了更多的高占有率的氢键,使得DBE-DNA和FoxO1结合得更加紧密。

通过比较DNA构象参数,揭示了DNA序列在5′
端小沟的压缩以及3′端大沟的扩张是有利于和FoxO1结合的优势构象。

为从原子水平上理解FoxO1的调控机理提供了一定的理论依据。

【总页数】5页(P2184-2188)
【作者】万华;常珊
【作者单位】华南农业大学信息学院，广州 510642;华南农业大学信息学院，广州 510642
【正文语种】中文
【中图分类】Q51;Q52
【相关文献】
1.浙贝碱与DNA G-四链体复合物的分子动力学模拟研究 [J], 付佳;李锦莲;王亚婧;金小强
2.HIV-1Tat与P-TEFb复合物的分子动力学模拟及结合自由能计算 [J], 张寅晖;张瑞生;胡荣静;袁永娜
3.Hsc70-Auxilin复合物的拉伸分子动力学模拟 [J], 周雷;徐利楠;周小红;薛友林;李辉;宋有涛
4.铀酰离子-细胞色素b5复合物的分子动力学模拟 [J], 林英武
5.高分子/棒状纳米粒子复合物的分子动力学模拟 [J], 刘爱清;徐文生;徐晓雷;陈继忠;安立佳
因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。