分子标记特点和应用

分子标记技术方法和他们特点
1、限制性片段长度多态性标记分析(Re striction Fragment Length Polymorphism，RFLP)—RFLP
RFLP技术的是检测DNA 在限制性内切酶酶切后形成的特定DNA 片段的大小。

因此凡是可以引起酶切位点变异的突变如点突变(新产生和去除酶切位点) 和一段DNA 的重新组织(如插入和缺失造成酶切位点间的长度发生变化) 等均可的产生
RFLP技术特点：
RFLP技术优点：
①结果稳定，重复性好，特别是PCR-RFLP（CAPS）由于是特定引物扩增，退火温度高，因而假阳性低，可靠性更高。

②是一种共显性标记，可区分纯合体与杂合体，数据多态信息量大，不受显隐性关系、环境条件、发展阶段及组织部位影响。

③RFLP标记广泛存在于生物体内，不受组织、环境和发育阶段的影响，具有个体、种、属及各种各层次水平的特异性。

④核基因组的RFLP标记表现为孟德尔的共显性遗传，而细胞质基因组的RFLP一般表现为母性遗传。

RFLP技术缺点：
①分析所需DNA量较大，分析速度慢。

②步骤较多，周期长，技术复杂，费用高。

③检测多态性水平过分依赖限制性内切酶，使多态性降低，对DNA质量要求高。

④检测中需放射性物质，限制了广泛应用。

⑤对于线粒体DNA而言，因为其进化速度快，影响种以上水平的RFLP分析的准确性。

但是种以上水平影响很小。

2.随机扩增多态性DNA技术（Random Amplified Polymorphism DNA）—RAPD
以单一的随机引物(一般为10个碱基)利用PCR技术随机扩增未知序列的基因组DNA获得的DNA片段长度变异。

它是利用随机引物通过PCR反应非定点扩增DNA片段，然后用凝胶电泳分析扩增产物DNA片段的多态性。

RAPD技术特点：
RAPD优点：
①无种属特异性,一套RAPD引物可以应用于任意一种生物的研究，具有广泛和通用的特点。

②适合于自动化分析。

操作技术简单，不涉及分子杂交和放射性自显影等技术，省工省力和工作进度快。

③不需制备探针、杂交等程序，引物价格低，成本较低。

④.DNA用量少，允许快速、简单地分离基因组DNA。

⑤不受环境、发育、数量性状遗传等影响，能够客观地提示供应材料之间DNA的差异。

RAPD缺点：
①是一种显性标记，用于二倍体生物时，区别纯合子和杂合子的困难性会引入统计分析。

②.稳定性较差，在某些情况下，实验结果不能重复，结果可靠性低。

③该技术的使用因生物种类而定。

在细菌中，其因是单倍体，又是无性繁殖，所以RAPD标记技术很有用。

3任意引物.PCR标记技术（Arbitrarily Primed Polymerase Chain Reaction）-AP—PCR
AP—PCR分析中，所使用的引物较长(10－50 bp) ， PCR反应分为两个阶段，首先寡核
昔酸引物在低严谨条件下与模板DNA退火，此时发生了一些合成，以便稳定模板与引物之间相互作用。

然后进行高严谨退火条件的循环，两个位点间那些序列在低严谨度退火条件下发生的引物延伸可继续在高严谨条件下扩增。

采用变性聚丙烯酞胺凝胶电泳分析PCR产物，最终反应结果与RAPD类似。

只要设计的引物在低严谨退火条件下能减少引物产生人为产物，应用成对组合的引物可以产生新的AP—PC R谱带，但引物配对组合使用时，得到的图谱与单引物单独使用时产生的图谱之和很不相同，这样，50个引物能产生1250种不同指纹图谱。

AP—PCR特点：
AP—PCR优点：AP—PCR方法不需预知序列资料，而且检测的基因组样本是任意的，还能够用于检测近等基因系(或同类系)中的多态性。

它产物的多态性遵循孟德尔定律，其方法快速、经济、简便。

AP—PCR缺点：
是每个新的多态性都必须经纯化才能进一步使用。

另外，此方法在杂合体中仅可辨别长度多态性。

4.短串联重复序列（simple tandem repeats）— STR
又称为简单重复序列（simple sequence repeats,SSR），也称微卫星标记（microsatellite），是均匀分布于真核生物基因组中的简单重复序列。

其串联重复的核心序列为1-6bp，最常见是双核苷酸重复，即(CA)n和(TG)n。

微卫星DNA的高度多态性主要来源于串联数目的不同。

由于重复单位的重复次数在个体间,呈高度变异性并且数量丰富，因此微卫星标记的应用非常广泛。

STR特点：
①序列简单, 重复基元为1-5bp, 但是具有许多不同组合方式。

标记为点专化性，一般检测到的是一个单一的多等位基因位点。

②高度重复多拷贝, 从几十到几百乃至千万拷贝数。

③重复片段长度具有多态性, 在染色体重复区域的位置不同其重复单元数量有差异。

在不同品种之间的基因组对等位点具有多态性。

④散状分布, 大多数SSR 以随机方式存在于单拷贝或寡拷贝基因间, 旁侧与编码基因相连接, 因此可以用于标记旁侧编码基因( 控制各种性状的结构基因) , 此类重复片段一般较长。

还有一些SSR 存在于基因内。

因此可用于评价等位基因的遗传多样性, 可杂种鉴定、种质资源研究。

⑤共显性分子标记, 等位的DNA 区段多态性易保留在基因组内, 因为大多数SSR 是不编码的, 因此在该区域内的突变为中性突变, 不易被自然选择和人工选择而淘汰。

能稳定地存在于基因组内。

⑥ SSR 标记一般基于PCR 技术, 其多态性能经过扩增呈现出来。

技术易撑握可一般的分子生物学实验室进行。

5、单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism)—SNP
核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism) 是基于DNA芯片技术的第三代DNA 遗传标记技术。

SNP是指同一位点的不同等位基因之间仅有个别核苷酸的差异或只有小的插入、缺失等。

从分子水平上对单个核苷酸的差异进行检测，SNP 标记可帮助区分两个个体遗传物质的差异。

人类基因组大约每1250 bp SNP 出现一次，已有2000多个标记定位于人类染色体，对人类基因组学研究具有重要意义
SNP特点：
①密度高：SNP在人类基因组的平均密度估计为1ö1000 bp , 在整个基因组的分布达3 ×106 个, 遗传距离为2--3cM , 密度比微卫星标记更高, 可以在任何一个待研究基因的内部或附近提供一系列标记。

②富有代表性：某些位于基因内部的SNP 有可能直接影响蛋白质结构或表达水平, 因此, 它们可能代表疾病遗传机理中的某些作用因素。

③遗传稳定性：与微卫星等重复序列多态性标记相比, SNP 具有更高的遗传稳定性。

④易实现分析的自动化：SNP 标记在人群中只有两种等位型(allele), 故也称为双等位标记(biallelic marker)。

这样在检测时只需一个" +/- " 或" 全/无" 的方式, 而无须象检测限制性片段长度多态性, 微卫星那样对片段的长度作出测量, 这使得基于SNP 的检测分析方法易实现自动化。

⑤数量多，分布广，在单个基因和整个基因组中分布不均匀，绝大多数在非编码区。

与串联重复的微卫星位点相比，SNP是高度稳定的，尤其是出于编码区的SCP（cSCP），而前者的高突变率容易引起对生物群的遗传分析出现问题。

6、扩增片段长度多态性标记技术(Amplified Fragment Length Polymorphism)— AFLP
以PCR(聚合酶链式反应)为基础，结合了 RFLP、RAPD的分子标记技术。

把DNA进行限制性内切酶酶切，然后选择特定的片段进行PCR扩增(在所有的限制性片段两端加上带有特定序列的“接头”，用与接头互补的但3-端有几个随机选择的核苷酸的引物进行特异PCR扩增，只有那些与3-端严格配对的片段才能得到扩增)，再在有高分辨力的测序胶上分开这些扩增产物，用放射性法、荧光法或银染染色法均可检测之。

AFLP特点:
AFLP优点：
①所需DNA量少，检测效率高，对DNA扩增效率高，多态性强，易于分辨。

②AFLP'标记结果稳定可靠，重复性强,信息量大；多态性丰富，不受基因组来源和复杂度的影响，使不同时间、不同实验室的结果可以进行比较，有利于进行回顾性研究，并促进信息与资料的交流，达到资源共享。

③AFLP标记呈典型的孟德尔遗传，可作为物理图谱和遗传图谱的联系桥梁，用于构建基因组高密度连锁图谱。

④图谱构建聚类显著，定位专一。

⑤AFLP对模板浓度不敏感，允许一定强度的共扩增，样本DNA量相差1000倍仍可获得相同的结果
AFLP缺点：
试验成本高。

技术繁琐，不易自动化；过程时间长；检测的不是等位片段；费用昂贵；AFLP标记是显性标记，不能提供完整信息。

对 DNA 的纯度和内切酶的质量要求很高
7、表达序列标签标记技术（expressed sequences tags)—EST
EST是从一个随机选择的cDNA 克隆进行5’端和3’端单一次测序获得的短的cDNA 部分序列,代表一个完整基因的一小部分,在数据库中其长度一般从20 到7000bp 不等,平均长度为360 ±120bp 。

EST 来源于一定环境下一个组织总mRNA 所构建的cDNA 文库,因此EST 也能说明该组织中各基因的表达水平。

首先从样品组织中提取mRNA ,在逆转录酶的作用下用oligo ( dT) 作为引物进行RT -PCR 合成cDNA ,再选择合适的载体构建cDNA 文库,对各菌株加以整理,将每一个菌株的插入片段根据载体多克隆位点设计引物进行两端一次性自动化测序,这就是EST 序列的产生过程。

EST特点:
EST优点：
①用EST标记代替基因组测序使研究费用大大降低，测序效率大大提高，具有多、快、好、省特点。

用EST标记也可以直接获得基因表达的信息。

②大量的EST测标记累计起来可以建立一个新的数据库，为表达基因的鉴别提供大量信息。

因为EST标记来源于cDNA克隆，故它们反映了基因组的结构和不同组织中的表达模式。

③EST来源于编码DNA，一般其序列保守性强，所以在家系和种界间的通用性比来源于非编码序列的标记好。

因此，EST标记特别适合于远源物种间比较基因组研究与数量性状位点信息的比较。

EST图谱将会加速种间连锁信息的传递速度。

④如果发现一个EST标记与一个有益农艺性状连锁，它很可能直接影响该性状。

EST缺点：
①由于是单次序结果，序列的精确度较低，存在较多错误。

(大约2% error，HGP 错误率标准是<0.01
②重复结果多，不同EST‘s t往往来自同一个基因；
③大部分EST序列来IMAGE consortium consortium的序列在Washington university的基因组测序中心测序，占GENEBANK中EST库的大半，较为可靠。

大部分dbEST都有IMAGE ID，描述其组织或细胞来源，测序情况。

由于这些特性，导致目前EST面临的最大问题是序列质量不高，存在：①、缺失、替代、插入等变异（与mRNA相比）2、测序中的错误引发大约1.5%的利用oligoT产生的EST无法与已知的mRNA的3端比对上3、倒置（5端和3端弄反，插入克隆载体时出错）；4、嵌合EST（5端和3端来自不同mRNA）因此，在对EST做Blast时最好用BlastX和Tblastx。

④获得EST需要大批量测序，使该技术不适合于中小型试验。

8、简单序列重复间区标记技术（Inter simple sequence repeat)—ISSR
用锚定的微卫星DNA为引物，即在SSR序列的3‘端或5’端加上2-4个随机核昔酸，在PCR反应中，锚定引物可引起特定位点退火，导致与锚定引物互补的间隔不太大的重复序列间DNA片段进行PCR扩增。

所扩增的两个SSR区域之间的多个条带通过聚丙烯酞胺凝胶电泳得以分辨，扩增谱带多为显性表现。

由于微卫星在基因组中广泛分布，且等位变异特别丰富，因而可以检测到高的多态性。

ISSR分子标记的特点
ISSR优点：
①实验操作简便、快速、高速，不需要繁琐地构建基因文库、杂交和同位素显示等步骤。

②ISSR 标记结合了RAPD 和SSR 的优点,所需DNA模板的量少、多态性丰富, 重复性好。

③无需试剂盒、结果记录方便、实验成本低、操作简单、稳定性较高、呈孟德尔式遗传。

④无须知道任何靶标序列的SSR背景信息。

ISSR标记技术在引物设计上比SSR标记技术简单多，不需要知道DNA序列即可以用引物进行扩增。

ISSR缺点：
是PCR 扩增时最适反应条件需要一定时间摸索, 其标记大多为显性标记, 在解决交配系统、计算杂合度和父系分析等问题时效果不佳
9、多重连接探针扩增技术（multiplex ligation-dependent probe amplification ,MLPA）— MLPA
是一种针对待检DNA序列进行定性和半定量分析的技术。

该技术高效、特异，在一次反应中可以检测45个核苷酸序列拷贝数的改变，目前已经应用于多个领域、多种疾病的研究。

MLPA特点：
MLPA优点：
①高效：一次反应可以检测45个靶序列拷贝数的改变。

②特异：可以检测点突变。

③快速：一次实验可以在24小时内完成。

④简便：不同的试剂盒操作基本相同，容易掌握。

MLPA缺点：
①需要精确测量DNA的浓度，样本容易被污染。

②不能用于单个细胞的检测。

③MLPA用于检测基因的缺失或重复，不适合检测未知的点突变类型。

④不能检测染色体的平衡易位。

10、数目可变串联重复多态性 (Variable Number of Tandem Repeats）—VNTR
又称小卫星(Minisatellite DNA) ，是一种重复DNA小序列，为10到几百核苷酸，拷贝数10一10001不等。

VNTR基本原理与RFLP大致相同。

VNTR技术特点：
VNTR优点：
①种类多，多态信息含量较高
②分布广
VNTR缺点：
①数量有限，而且在基因组上分布不均匀
②实验操作繁琐、合成探针困难、检测时间长
③成本高
11.DNA单链构象多态性(Single Strand Conformation Polymorphism)—SSCP
SSCP是指等长的单链DNA因核昔酸序列的差异而产生构象变异，在非变性聚丙烯酞胺中的表现为电泳迁移率的差别。

单链DNA构象分析对DNA序列的改变非常敏感，常常一个碱基差别都能显示出来。

在SSCP分析中，利用PCR技术定点扩增基因组DNA中某一目的片段，将扩增产物进行变性处理，双链DNA分开成单链，再用非变性聚丙烯酞胺凝胶电泳分离，根据条带位置变化来判断目的片段中是否存在突变。

SSCP结果判定是通过多个样品之间对比，观察条带之间位置改变，从而显示出不同生物个体的DNA特异性，达到指纹分析目的。

为了进一步提高SSCP的检出率，可将SSCP分析与其它突变检测方法相结合。

其中与杂交双链分析(Heterocluplex analysis，Het)法结合可以大大提高检出率。

Het法是用探针与要检测的单链DNA或RNA进行杂交，含有一对碱基对错配的杂交链可以和完全互补的杂交链在非变性PAG凝胶上通过电泳被分离开。

对同一靶序列分别进行SSCP和Het分析可以使点突变的检出率接近100%，而且实验简便。

SSCP特点：
该方法简便、快速、灵敏，不需要特殊的仪器，适合临床实验的需要。

该方法和其他方法相有较高的检测率.首先，它可以发现靶DNA片段中未知位置的碱基突变.Takao，经实验证明小于300bp的DNA片段中的单碱基突变，90%可被SSCP发现，他认为现在知道的所有单碱基改变绝大多数可用该方法检测出来.另外，SSCP方法可通过聚丙烯酰胺凝胶电泳将不同迁移率的突变单链DNA分离，并且还可以进一步提纯.用这种方法可以最终从DNA序列水平上鉴别突变DNA片段。

但它也有不足之处.例如，只能作为一种突变检测方法，要最后确定突变的位置和类型，还需进一步测序;电泳条件要求较严格; 另外，由于SSCP是依据点突变引起单链DNA分子立体构象的改变来实现电泳分离的，这样就可能会出现当某些位置的点突变对单链DNA分子立体构象的改变不起作用或作用很小时，再加上其他条件的影响，使聚丙烯酰胺凝胶电泳无法分辨造成漏检。

12、SRAP 技术
简单序列重复(Inter-simple sequence repeat)(sequence-specific amplification polymorphism)相关序列扩增多态性(Sequence—related amplifiedpolymorphism，SRAP)是一种新型的基于PCR的标记系统，是由美国加州大学蔬菜系Li与Quiros博士于2001年在芸薹属作物开发出
来。

该标记通过独特的双引物设计对基因的ORFs(Open reading frames)的特定区域进行扩增，上游引物长17bp，对外显子区域进行特异扩增。

下游引物长18bp，对内含子区域、启动子区域进行特异扩增。

因不同个体以及物种的内含子、启动子与间隔区长度不同而产生多态性。

特点：该标记具有简便、高效、产率高、高共显性、重复性好、易测序、便于克隆目标片段的特点。

目前已成功地应用于作物遗传多样性分析、遗传图谱的构建、重要性状的标记以及相关基因的克隆等方面。

13、序列特异性扩增区(Sequence—characterized Amplified Region)—SCAR
SCAR标记是在RAPD技术基础上发展起来的。

SCAR标记是将目标RAPD 片段进行克隆并对其末端测序，根据RAPD 片段两端序列设计特异引物，对基因DNA 片段再进行PCR特异扩增，把与原RAPD片段相对应的单一位点鉴别出来。

SCAR标记是共显性遗传，待检DNA 间的差异可直接通过有无扩增产物来显示。

特点：
SCAR标记方便、快捷、可靠，可以快速检测大量个体，结果稳定性好，重现性高。

14、双脱氧化指纹法(Dideoxy Fingerprints)—ddF
ddF是将双脱氧末端终止测序法与SSCP结合起来的分析技术，对由双脱氧末端终止的长短不一的单链DNA进行SSCP分析。

如果目的片段存在一个突变，则所有大于某一大小对应于突主变位置的双脱氧终止片段无野生型系统，对于每一个突有多次机会检测其迁移率改变，提高了检测突变的效率。

特点：
ddF方法克服了SSCP分析时因DNA长度影响SSCP显示的困难，通过一种双脱氧核昔酸生产特异性的单链DNA，使其中长度合适的DNA片段显示SSCP改变。

15、序列标定位点 (Sequence tagged site)—STS
以特定对引物序进行PCR特异扩增的一类分子标记的统称。

通过设计特定的引物，使其与基因组DNA序列中特定结合位点结合，从而可用来扩增基因组中特定区域，分析其多态性。

特点：
利用特异PCR技术的最大优点是它产生信息非常可靠，而不像RFLP和RAPD那样存在某种模糊性。

二．分子标记在生命科学研究中都有哪些应用？
1.种质资源遗传多样性研究
对物种进行遗传多样性分析是种质资源的起源、杂种优势利用和对物种进行保护的有效措施之一。

分子标记技术目前被广泛的应用于芸薹属植物亲源关系研究。

分子标记是检测种质资源多样性和种质亲缘关系分析的有效工具, 目前主要用于以下4个方面的研究: ①研究种质资源考察时取样量的大小、取样点的选择; ②保护种质资源遗传完整性的最小繁种群体和最小保护量的确定; ③核心种质筛选; ④种质资源的分类。

目前有关此类研究已有不少报道, 并在某些方面取得了新的进展。

Lefebrve等用RFLP标记证明甜椒的多态性远低于辣椒, 这说明甜椒的遗传背景更为狭窄, 因而在育种上较难取得突破。

Phippen等利用RAPD 技术筛选出9个引物, 将基因种子库中一个命名为“Golden Acre”的甘蓝栽培品种按DNA 多态性分为4个品系, 7个SSR中的4个可检测出11个黄瓜品系的多态性。

张海英利用RAPD
技术对国内多个生态型的34份黄瓜品种资源进行遗传亲缘关系分析, 39.2%的扩增条带表型多态性。

我国对分子标记在遗传多样性的研究中非常重视，先后启动后了多个国家级的项目，比如我国“973”计划对农作物的遗传多样性研究也进行了资助，如2004 年立项的“主要农作物核心种质重要功能基因多样性及其应用价值研究”等。

2.绘制品种、品系的指纹图谱
指纹图谱是鉴别品种、品系(含杂交亲本、自交系)的有力工具。

它具有迅速、准确等优点。

在目前市场经济迅速发展的形势下, 指纹图谱技术在监测良种质量、防止伪劣种子流入市场, 保护我国名、优、特种质及育成品种的知识产权和育种家们的权益等方面, 均具有重要意义。

当前用来作DNA指纹图谱的标记主要有RFLP、SSR、AFLP、RAPD等。

栾雨时利用SSR探针对8个番茄栽培品种进行DNA指纹分析, 呈现出高度的品种特异性。

美国农业部种质资源库的研究人员应用RAPD标记来鉴别表型相似的甘蓝品系, 发现被检的14个品系, 可以分为4组, 组内的差异很小, 因此每组可作为同一个品系来保存, 这样每年可节约资源繁殖和保存费用7500~10000美元。

3.分子标记在蔬菜遗传育种上的应用
蔬菜育种学家希望培育出性状优良的品种, 而实现这一目标的关键是对诸如高产、优质、抗病虫等目标性状的选择。

长期以来育种家们大多是借用易于鉴别的形态学和同工酶等遗传标记来辅助育种。

但这类标记数量有限, 且易受环境影响, 延长了育种年限。

分子标记在蔬菜育种中的应用克服了以上困难, 提高了育种效率和育种过程的预见性。

蔬菜分子标记育种的主要研究内容如下。

4.品种纯度鉴定和种质资源的创新
鉴定蔬菜品种纯度的常规方法是根据田间表型性状, 后又发展为利用同工酶的方法, 但二者都有一定的缺陷。

近年来应用分子标记建立品种的指纹图谱已用于品种纯度的鉴定, 该方法快速、准确、方便、成本也不太高, 在幼苗或种子阶段就可鉴定出品种的纯度。

Matsuura 发现利用RFLP分析可快速检测黄瓜杂交一代F1品种的纯度。

黄三文等对辣椒筛选出12个较稳定的RAPD标记, 可用于“中椒”系列辣椒的9个杂交种的纯度鉴定。

田雷等利用AFLP 方法对在农业生产上大面积推广使用的5 个甘蓝杂交组合及其10个亲本进行了分析研究, 证明了AFLP技术在甘蓝种子真实性及品种纯度鉴定中的可行性。

在通过远缘杂交、细胞复合和诱变的手段创新种质资源时, 分子标记更是鉴定创新性的重要依据。

在芸薹属蔬菜中, RFLP和RAPD是鉴定种间附加系和置换系的重要手段。

Porvan 等用SSR标记来鉴定马铃薯的种内体细胞杂种, 这种方法可用愈伤组织检测并可以自动化
操作, 从而可以大大节省常规检测方法所需要的时间和费用。

5.数量性状基因位点的分子标记应用
遗传连锁图谱的构建是对重要农艺性状进行定位的重要手段。

如在甘蓝型油菜及相关作物中都已构建了数张分子标记连锁图谱。

X 蔬菜作物大多数重要的农艺性状均表现为数量性状的遗传特点, 如产量、成熟期、品质等。

数量性状是传统育种的难点, 是育种效率的主要制约因素。

以前由于缺乏足够的遗传标记, 对数量性状的遗传分析仅建立在统计学的基础上。

近年来, 由于分子标记技术的迅速发展, 特别是完整遗传连锁图谱的建立, 人们能够将复杂的数量性状分解成易为遗传育种工作者操作的单个位点即数量性状基因位点(Quantitative Trait Loci, QTL)进行研究。

近年来, QTL分析已成为蔬菜作物分子标记研究和应用的热点之一。

QTL技术在番茄遗传育种中应用最为广泛, 已取得了一些传统育种难以取得的成果。

Tanksley等应用一种发掘和利用野生材料优良QTL的育种方法—高代回交QTL法(AB-QTL), 将野生种L.hirsutum的特异QTL导入到加工番茄品种E6203中,使其产量增加48%, 可溶性固形物含量增加22%,番茄红素含量增加33%, 并且这些结果经过了各种生产环境的考验。

6.质量性状基因的分子标记辅助选择
几乎所有的育种过程都贯穿着选择这一基本环节，长期以来，育种家对性状的选择都是基于植株表型效应，若性状遗传基础简单或即使较为复杂但表现为加性效应遗传时，表型选择还是非常有效的，当表型为数量性状或受到环境影响较大时，传统的表型选择提供的信息就不可靠了，从而就失去了选择优势。

分子标记辅助选择就是通过与目标性状紧密连锁的分子标记对育种中目标性状进行间接选择，从而实现对作物产量、品质及抗性等综合性状的改良。

与表现型进行选择相比，分子标记辅助选择具有节时、省费、简单和不受外界环境影响等优点。

许多重要的农艺性状都表现为质量性状遗传的特点, 如抗病性、抗虫性、育性、某些抗逆性等。

利用分子标记可对这些性状进行早期、间接、准确地选择, 克服根据表型选择的一些弱点。

近年来, 已有许多重要的质量性状基因被标记, 并已在育种实践中应用, 即所谓分子标记辅助选择(Marker Assisted Selection, MAS)。

利用分子标记不仅可以定位目标基因, 也可以利用与目标基因紧密连锁的分子标记追踪目标基因, 进而进行分子标记辅助选择, 其快速、准确的优越性已在实践中表现。

许勇运用RAPD技术进行了西瓜野生材料PI482322耐冷性基因连锁的分子标记的研究, 找到了一个分子连锁标记OPG12/1950与耐冷基因连锁, 其遗传距离为6.98cM。

孢囊线虫是甜菜的一种重要病害, Hallden找到了与抗病基因紧密连锁的PCR标记, 并设计了自动化操作设备, 每天可对4800个样品进行分析, 大大提高了育种效率。

现在分子标记方法已成为把野生种质的。