MAFFT多重序列比对图解教程

MAFFT多重序列⽐对图解教程
MAFFT多重序列⽐对图解教程
2014年07⽉14⽇? Bioinformatics ?字号⼩中⼤?暂⽆评论?阅读793 次[点击加⼊在线收藏夹]
【絮语】
⼀提到多重序列⽐对，很多⼈禁不住就想到ClustalW（Clustalx为ClustalW的GUI版），其实有⼀款多重序列⽐对软件－MAFFT，不论从⽐对速度（Muscle>MAFFT>ClustalW>T-Coffee），还是⽐对准确性（MAFFT>Muscle>T-
Coffee>ClustalW）来说，其相⽐于ClustalW（或ClustalX）有过之⽽⽆不及，所以这⾥强烈推荐使⽤MAFFT这款多重⽐对软件。

PS: 不同⽐对软件的⽐较，有兴趣的童鞋可以下载这篇⽂章看看：Alignment uncertainty and genomic analysis. Science, 2008 MAFFT官⽅⽹站：http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/
⽀持平台：Mac OS X 、Linux、Windows
Windows 32位版本：http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/mafft-7.037-win32.zip
64位版本：http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/mafft-7.037-win64.zip
请根据⾃⼰操作系统选择相应版本下载
图1 MAFFT主界⾯
简明操作流程：
1.载⼊序列⽂件将FASTA格式的待⽐对序列⽂件（如：TMV.fas）复制MAFFT的根⽬录下（当然也可以放任意位置，只有找得到），双击“mafft.bat”启动MAFFT，此时提⽰输⼊⽂件（Input file?），在@后⾯输⼊⽰例的TMV.fas，也可以直接将⽂件拖⼊窗⼝（注意有个+，说明当前是拖放状态），如下图所⽰：
加载后回车，当显⽰“OK”时说明载⼊⽂件成功。

2.设置输出信息
输出⽂件名称⾃定义，扩展名任意，这⾥保留原扩展名，输出⽂件名为TMV-out.fas，确定后回车。

输出⽂件格式，建议⽤3或4，这⾥在@后输⼊4后回车，此时出现MAFFT三种主要⽐对策略的5个选项，如下图：
当你⽆法确定时候，建议⽤第1种的--auto模式，让MAFFT根据序列的特点⾃动选择相应的⽐对策略，输⼊1后回车。

当不需要附带参数时，直接回车。

3.开始多重⽐对
⼀切设置完毕，输⼊“Y”回车，程序⾃动开始⽐对。

当出现输出⽂件名，说明⽐对完成。

4.后续着⾊美化详见附录，不再赘述
附：多重序列⽐对的后期着⾊渲染
（1）Boxshade （⿊⽩着⾊），在线⽹址：/doc/870ea2852b160b4e777fcf1c.html
/software/BOX_form.html相关使⽤教程，请⽹上搜索⾼⽼师写的《序列着⾊软件Boxshade图解教程（by raindy）》；（2）ESPript 彩⾊着⾊，在线⽹址：http://espript.ibcp.fr/ESPript/cgi-bin/ESPript.cgi，效果图：
（3）TeXShade ⾃定义着⾊，详见⽇志：/doc/870ea2852b160b4e777fcf1c.html
/58001704/blog/1367885081。