系统生物学与信息整合

图*** “-”：结合作用，“---”：相互作用，“—
→”：激
活基因的转录与表达作用，“>”把基因
被
整合到酵母欢迎染下色载体可上修改；“∧”：为…上游
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调
（1）“父亲”BD与“母亲”AD感情危机；
（2）“父亲”BD与“母亲”AD不愿直接沟 通；
（3）“父亲”BD与“儿子”Snf1在同一载体， “母亲”AD与“女儿”Snf2在同一载体；
（4）通过姐妹之亲情重新结合为家庭： “父 亲”BD-“儿子”Snf1--“女儿”Snf2-“母 亲”AD，再次发挥家庭功能（报告蛋白 质）。
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我们人类把关于人体的科学分为量子生物学、 分子生物学、生物物理学、生物化学、细胞学、 组织学、解剖学、生理学、免疫学、遗传 学……大自然并没有这样做，大自然把一切都 有条不紊地融为一体，把无数机制、无数元素 （我们将不断地越来越多把它们细分）联成一 个完美的网络。
SMY2
RNA接合(2/2)
转录;细胞组建, mRNA接合,
核组建，mRNA转录(e:1)
YDR100w 小泡运输(2/2),细胞质融合(2/2) -
YEL015W RNA处理/修饰(2/6)
转录;细胞组建, mRNA接合
核组建, mRNA转录 (e: 1)
YER079W 信号传导(2/2)
-
YGL096W RNA处理/修饰(2/2),RNA接合(2/2)转录;细胞组建, mRNA接合
核组建, mRNA转录 (e: 1)
YJL019W 染色质/染色体结构(2/2)
-
YKR030W 小泡运输(2/2)
-
YLR128W 细胞极性(2/4)
-
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YLR128W 细胞极性(2/4)
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酵母双杂交技术
[Gal4的DB -- Gal4的AD] —→来自百度文库道基因(reporter gene)
[Gal4的DB -Snf1---Snf2- Gal4的AD]—→报道基因(reporter gene)
图*** “-”：结合作用，“---”：相互作用，“— →”：激
活基因的转录与表达作用。
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表1 从蛋白质-蛋白质相互作用预测蛋白质功能与用结合算法
（combined algorithm）预测蛋白质功能的比较
蛋白质 YNR053C
从蛋白质相互作用推测 RNA处理/修饰(5/5) RNA接合(5/5)
BIR1
细胞周期控制(2/4)
Marcotte等人的推测 转录,细胞组建,核组建, mRNA转录, mRNA接合 (e: 3, p: 1)
-
CNS1
细胞张力(2/3)，蛋白质折叠(2/3) 细胞组建,核组建(p:33)
YGL161C 小泡运输(2/3)，细胞膜融合(2/3) -
YIP3
小泡运输(3/3)
YMR322C 细胞张力(3/3)
YPR105C 小泡运输(2/3)
AIP2
细胞极性(2/2)
-
-
细胞组建, 碳水化合物利用, 碳水化合物代谢, 新陈代谢, 发酵; 能量(e:2,p:4)
c 表中Marcotte等的推测只包括”高质量推测”,括号 内
指出推测的方法(e为实验证据;p为种系发生轮廓 （phylogenetic profile）;两个或以上方法;数字指链 接的数量, 具体内容见Marcotte等[22], 相同或相似的 推测用斜体表示。Marcotte‘s预测用MIPS术语表示
YNL311C 氨基酸新陈代谢(2/2)
-
YPL105C RNA接合(2/2)
-
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a根据蛋白质相互作用推测仅列出与两个或两个以上的 已知功能的相互作用配偶的蛋白质，括号内的数字 为某一功能的相邻蛋白质数/已知功能的相互作用的 配偶蛋白质数。蛋白质相互作用推测根据YPD分类。
b有关完整的数据,见附表2。
因此，我们试图把所有的生物医学知识重新连 接或整合起来也许是顺从了大自然的意志。
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提出医学知识整合问题，一方面出于我们对世 界的整体性本质的理解，出于对人类认知事业 的自然归结的理解，即对人类认知活动的本义 的理解。令人担忧的是这种整体性本质在当今 崇尚“拆零”的还原论者眼中已不复存在。
-
YLR269C RNA处理/修饰(2/2),RNA接合(2/2) -
YLR368W 蛋白质衰变(2/5),氨基酸新陈代谢(2/5) 细胞周期控制(2/5)
YLR435W 蛋白质合成(2/2)
-
YLR456W RNA处理/修饰(2/4)
RNA 处理/修饰, mRNA 转录,mRNA 处理(e: 1)
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酵母的GAL4基因和GAL80基因(Gal80是Gal4的负调控因子) 被缺失
{[上游调控区引入GAL1序列]^LacZ}>酵母染色体URA3位 GAL1序列受Gal4蛋白调控
转化了Snf1融合表达载体和Snf2融合表达载体
[Gal4的DB -Snf1---Snf2- Gal4的AD]—→报道基因(LacZ)表 达β-半乳糖苷酶
系统生物学与信息整合
XXX
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1
利用蛋白质-蛋白质相互作用的 数据，蛋白质配偶的特性来分 类蛋白质
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对2709种公开发表的酵母菌 Saccharomyces cerevisiae的蛋白质之 间的相互作用进行综合分析，建立了
1538种蛋白质之间的2358种相互作用的
统一的大型网络。
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3
根据蛋白质的相互作用的配偶的已知功 能把2709种可能的功能判归给蛋白质。
此方法正确地为72%的1393种有不止一 个已知功能的配对者的特征化蛋白质推 测了一个功能种类，也用来推测364种以 前的未特征化的蛋白质的功能。
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4
通过这种方法，网络能准确的推测72% 的至少带有一个特征性配对者的1393种 特征性蛋白质。
DUO1
有丝分裂(2/4)
-
EBS1
碳水化合物新陈代谢(2欢/5迎) 下载 可修-改
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FPR4
蛋白质合成(2/3)
细胞组建，转录，核组建
(e:1,two:2)
GIP2
有丝分裂(2/2)
-
ISA1
蛋白质合成(2/2)
氮硫利用,代谢,氮硫代谢
(p:2)
RDI1
细胞极性(2/3)
G-蛋白质(e: 1)