ncbi使用技巧,spss使用指南
怎样使用NCBI
怎样使用NCBINCBI（National Center for Biotechnology Information，国家生物技术信息中心）是一个提供生物医学和基因组学相关信息和工具的资源中心，为全球研究人员提供了公共数据库和计算工具。
NCBI不仅提供了各种数据库（如PubMed、GenBank和BLAST等），还提供了多种工具和程序包，可以帮助用户在完整的基因组中、分析和解释生物信息。
1. PubMedPubMed是NCBI最受欢迎的数据库之一，它提供了全球各领域生物医学和生物科学研究的相关文献。
用户可以在框中输入关键词来相关的医学文献，也可以使用高级功能来筛选文献。
在结果中，用户可以找到文献的摘要、全文和相关信息。
2. GenBankGenBank是NCBI的核心数据库之一，它收集和存储了全球各领域基因组学研究的DNA序列数据。
用户可以通过框中输入基因名、序列ID或其他相关信息来特定的DNA序列数据。
结果会提供序列的相关信息、注释、变异等。
3.BLASTBLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一种用于在NCBI数据库中相似序列的工具。
BLAST可以用来比对一段DNA或者蛋白质序列与数据库中的其他序列进行比对，用户可以通过输入序列或者上传文件的方式使用BLAST。
BLAST结果会给出匹配的序列、相似度和其他相关信息。
4. Primer-BLASTPrimer-BLAST是一个用于设计引物（primers）的工具，该工具可以帮助用户设计用于PCR扩增特定DNA区域的引物。
用户可以在框中输入目标基因的序列，Primer-BLAST会自动生成一对合适的引物，并提供引物的相关信息和参数。
除了上述常用的NCBI工具和数据库外，NCBI还提供了其他许多强大且有用的工具和资源，如ClinVar（帮助研究人员了解基因变异与遗传疾病的关系）、Entrez（提供了多个数据库的交叉功能）和PubChem（提供化合物信息和化学数据库）等。
ncbi使用指导
ncbi使用指导摘要：一、NCBI简介1.NCBI的定义与作用2.NCBI的主要数据库二、NCBI数据库的使用1.基因数据库1.1 基因序列数据库1.2 基因表达数据库1.3 基因调控数据库2.蛋白质数据库2.1 蛋白质序列数据库2.2 蛋白质结构数据库3.核酸序列数据库3.1 核酸序列数据库概述3.2 核酸序列数据库的使用方法4.文献数据库4.1 PubMed简介4.2 如何利用PubMed进行文献检索三、NCBI工具的使用1.基因芯片数据分析工具2.基因序列比对工具3.蛋白质结构预测工具四、NCBI的进阶使用技巧1.如何利用NCBI进行基因注释2.如何利用NCBI进行基因家族分析3.如何利用NCBI进行共表达网络分析正文：一、NCBI简介CBI（National Center for Biotechnology Information，美国国家生物技术信息中心）是一个提供生物信息学资源的网站，它为全球科研工作者提供了大量的生物学数据和工具。
NCBI的主要数据库包括基因数据库、蛋白质数据库、核酸序列数据库和文献数据库等。
二、NCBI数据库的使用1.基因数据库基因数据库包括基因序列数据库、基因表达数据库和基因调控数据库。
基因序列数据库提供了大量的基因序列信息，用户可以通过关键词搜索、序列相似性搜索等方式找到需要的基因序列。
基因表达数据库则提供了基因在不同生物体、不同组织、不同发育阶段的表达信息。
基因调控数据库则包含了基因调控相关的信息，如启动子、转录因子结合位点等。
2.蛋白质数据库蛋白质数据库包括蛋白质序列数据库和蛋白质结构数据库。
蛋白质序列数据库提供了蛋白质的氨基酸序列信息，用户可以通过序列相似性搜索找到相似的蛋白质序列。
蛋白质结构数据库则提供了蛋白质的三维结构信息，用户可以通过结构域、功能域等关键词搜索需要的蛋白质结构。
3.核酸序列数据库核酸序列数据库包括DNA序列数据库和RNA序列数据库。
ncbi使用方法
ncbi使用方法（原创版4篇）《ncbi使用方法》篇1CBI（National Center for Biotechnology Information）是美国国家生物技术信息中心的缩写，它提供了许多生物学和生命科学相关的数据库和工具。
以下是使用NCBI 的一些基本方法：1. 核酸序列数据库（Nucleotide Sequence Database）：在NCBI 主页上，可以选择核酸序列数据库，输入序列名称或序列号，然后点击“Search”按钮即可查询序列信息。
2. 蛋白质序列数据库（Protein Sequence Database）：在NCBI 主页上，可以选择蛋白质序列数据库，输入蛋白质名称或蛋白质号，然后点击“Search”按钮即可查询蛋白质信息。
3. 基因组数据库（Genome Database）：在NCBI 主页上，可以选择基因组数据库，输入基因组名称或基因组号，然后点击“Search”按钮即可查询基因组信息。
4. 代谢通路数据库（Metabolic Pathway Database）：在NCBI 主页上，可以选择代谢通路数据库，输入代谢通路名称或代谢通路号，然后点击“Search”按钮即可查询代谢通路信息。
5. 生物投影数据库（BioProject Database）：在NCBI 主页上，可以选择生物投影数据库，输入生物投影名称或生物投影号，然后点击“Search”按钮即可查询生物投影信息。
6. 序列比对工具（Sequence Alignment Tool）：NCBI 提供了一款名为“Clustal Omega”的序列比对工具，可以在NCBI 主页上使用该工具进行序列比对。
7. 基因表达数据库（Gene Expression Database）：NCBI 提供了一款名为“GEO”的基因表达数据库，可以在NCBI 主页上查询基因表达数据。
8. 蛋白质结构数据库（Protein Structure Database）：NCBI 提供了一款名为“RCSB PDB”的蛋白质结构数据库，可以在NCBI 主页上查询蛋白质结构信息。
NCBI数据库使用方法快速入门!
NCBI数据库使用方法快速入门！
Taxonomy界面，会显示该物种的Nucleotide和Protein，选择“Protein
Protein界面，点击“RefSeq”（该数据库包括具有生物意义上的非冗余基因、转录本和蛋白序列，使用人类基因命名委员会定义的术语，并且包括了官方的基因符号和可选的符号）：
二、蛋白信息查询
、将该文件导入搜库软件，可对蛋白进行定性分析，继而得到差异蛋白。
在NCBI Protein”，并输入差异蛋白的Accession Number，点击“Search”：
Protein界面，就会显示该蛋白的信息（如氨基酸个数、蛋白名称、蛋白序列和序列等）：
一般情况下，如果蛋白质组所研究的物种已经被测序，推荐使用Uniprot数据库作为搜库的数据库，如果所研究的物种在Uniprot数据库中蛋白数据较少，推荐使用NCBI数据库进行搜库。
好了，今天的介绍就到这里，感兴趣的小伙伴们收藏起来吧~希望对大家有所帮助！。
ncbi使用指导
ncbi使用指导【原创版】目录1.NCBI 的概述2.NCBI 的使用方法3.NCBI 的数据库资源4.NCBI 的实用工具5.NCBI 的注意事项正文CBI（National Center for Biotechnology Information）是美国国家生物技术信息中心的缩写，是一个提供生物学和医学信息的数据库和工具的官方网站。
该网站由美国国家卫生研究院（NIH）建立，旨在为科学家、医生、研究人员和学生提供免费的生物学和医学信息。
以下是 NCBI 的使用指导：一、NCBI 的概述CBI 提供了多种数据库资源和实用工具，包括基因序列、蛋白质序列、基因组信息、生物学文献等。
这些资源对于生物学和医学研究非常重要。
二、NCBI 的使用方法1.访问 NCBI 的官方网站：https:///2.在主页上，你可以看到 NCBI 提供的各种数据库和工具的链接。
你可以点击链接进入相应的数据库或工具页面。
3.在数据库或工具页面，你可以使用各种搜索框和过滤器来查找你需要的信息。
例如，在基因序列数据库中，你可以输入基因名称或序列号来查找相关的基因序列信息。
三、NCBI 的数据库资源1.基因序列数据库（GenBank）：提供了全球各种生物的基因序列信息。
2.蛋白质序列数据库（Protein Database）：提供了全球各种生物的蛋白质序列信息。
3.基因组数据库（Genome Database）：提供了全球各种生物的基因组信息。
4.生物学文献数据库（PubMed）：提供了全球生物学和医学领域的文献信息。
四、NCBI 的实用工具1.BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）：用于比较基因序列或蛋白质序列的相似性。
2.Entrez：用于在 NCBI 的数据库中搜索和获取相关的生物学信息。
3.Coffee Break：用于查看和下载基因序列或蛋白质序列的图片。
五、NCBI 的注意事项1.在使用 NCBI 的数据库和工具时，请遵守相关的知识产权和版权规定。
生物信息学NCBI的使用
生物信息学NCBI的使用生物信息学是一门交叉学科，将计算机科学与生物学相结合，旨在处理和分析大量的生物学数据。
美国国家生物技术信息中心（NCBI）是一个重要的生物信息学资源库，提供了广泛的生物学数据库和工具，供科学家和研究人员使用。
在本文中，我将介绍一些常用的NCBI资源和工具，以及它们在生物信息学研究中的应用。
首先，NCBI的核心数据库之一是GenBank，它是一个全球性的基因序列数据库，包含了各种物种的DNA序列、RNA序列和蛋白质序列。
科学家可以通过GenBank来查找特定基因或序列，并进行序列比对和进化分析。
此外，NCBI还提供了一些与GenBank相关的工具，如BLAST（Basic Local Alignment Search Tool），可以根据序列相似性来和比对已知的序列，帮助研究人员找到相关的序列或标注。
除了GenBank，NCBI还维护着其他重要的数据库，如PubMed、PubMed Central和ClinVar。
PubMed是一个生物医学文献数据库，收录了许多科学期刊的摘要和全文。
研究人员可以使用PubMed来查找与特定主题相关的研究论文。
与此同时，PubMed Central是一个免费的全文文章存储库，提供了许多开放获取的研究论文。
而ClinVar是一个与遗传变异相关的数据库，其中包含了与疾病关联的人类基因突变信息。
此外，NCBI还提供了一些数据库和工具，用于分析和预测蛋白质结构和功能。
这些资源包括Protein Data Bank（蛋白质数据银行）和Protein BLAST。
蛋白质数据银行是一个用于存储三维蛋白质结构的数据库，提供了许多蛋白质结构的立体坐标和结构信息。
Protein BLAST是一个用于比对和比较蛋白质序列的工具，可以帮助科学家预测蛋白质的功能和结构。
总的来说，NCBI是一个重要的生物信息学资源库，提供了丰富的生物学数据库和工具，可以帮助科学家和研究人员进行各种生物信息学研究。
ncbi的使用方法
ncbi的使用方法
1.功能：
-在NCBI网站的主页上，可以找到一个栏。
在栏中输入关键词，可以特定的基因、蛋白质、序列或文献等。
-在结果页面中，可以使用筛选器（过滤器）来缩小范围，例如按照物种、文章类型、出版日期等进行筛选。
2.数据库浏览：
- NCBI拥有多个数据库，包括GenBank、PubMed、Protein、Nucleotide等。
用户可以通过点击导航栏上的“主页”选择相应的数据库。
- 在每个数据库页面上，用户可以找到相关的方法和信息。
例如，在GenBank数据库页面上，用户可以和浏览基因序列的信息。
- NCBI 的PubMed数据库提供了数百万篇生物医学文献的摘要和全文信息。
用户可以通过在栏中输入关键词来特定的文献。
- 在结果页面上，用户可以点击文章标题来查看摘要，进一步点击“Full Text”或“PDF”链接来获取全文。
一些文章可能需要订阅或付费获取。
- 用户还可以使用PUBMED Central（PMC）数据库来获取免费的全文文章。
4.序列和分析：
- NCBI 的Nucleotide和Protein数据库提供了大量的基因和蛋白质序列。
用户可以通过在栏中输入基因或蛋白质的名称、序列号或其他相关信息来相应的序列。
- NCBI还提供了一些序列分析工具，例如BLAST（Basic Local Alignment Search Tool），可以对新序列进行比对和分析。
6.创建和保存历史：
7.利用NCBIAPI：。
ncbi使用指导
ncbi使用指导NCBI是美国国家生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information）的缩写，是一个提供生物医学和遗传学相关数据和信息的数据库。
NCBI提供了许多工具和资源，以帮助研究人员在基因组学、蛋白质学、遗传学和生物信息学等领域进行研究。
以下是使用NCBI的一些基本指南：1. 访问NCBI网站：使用任何现代网络浏览器，打开NCBI的主页（https://）即可开始使用。
2. 搜索文献：在NCBI主页上的搜索框中，输入你要搜索的关键词，如基因名、疾病名或其他相关的信息。
点击“搜索”按钮，即可看到与你的搜索关键词相关的论文和研究。
3. 搜索序列：如果你希望搜索某个特定基因或蛋白质的序列，可以使用“基因”或“蛋白质”选项卡下的搜索工具。
在搜索框中输入你要搜索的序列信息，点击“搜索”按钮，即可找到与该序列相关的信息和研究。
4. 访问数据库：NCBI提供了许多数据库，如GenBank（基因组数据库）、PubMed（文献数据库）和BLAST（序列比对工具）。
你可以使用NCBI的导航菜单，选择你感兴趣的数据库进行浏览和搜索。
5. 下载数据：在NCBI的数据库中，你可以找到大量的基因组序列、蛋白质序列和其他相关数据。
你可以通过点击数据记录的链接，进入详情页，然后选择下载你需要的数据文件或信息。
6. 利用NCBI工具：NCBI还提供了一些生物信息学工具，如BLAST（序列比对工具）、Primer-BLAST（引物设计工具）和Gene Expression Omnibus（基因表达数据库）。
你可以使用这些工具进行基因序列比对、引物设计和基因表达分析等。
7. 阅读文献：NCBI的PubMed数据库是一个广泛的生物医学文献数据库，你可以使用关键词搜索文献，并阅读或下载全文。
你还可以使用PubMed Central（PMC）访问免费的全文文章。
总之，NCBI是一个丰富的生物医学信息资源，提供了许多工具和数据库，以帮助研究人员进行基因组学和生物信息学研究。
生物信息学分析工具的操作指南与使用技巧
生物信息学分析工具的操作指南与使用技巧近年来，随着生物学研究的向深度学习和大数据方向转变，生物信息学分析工具越来越重要。
这些工具能够处理和解读庞大的生物信息数据，从而提供对基因、蛋白质和其他生物分子功能的深入了解。
为了帮助研究者更好地应用这些工具，本文将提供生物信息学分析工具的操作指南与使用技巧。
一、 BLASTBLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是最常用的生物信息学工具之一，用于比对基因或蛋白质序列并寻找相似性。
以下是使用BLAST的操作指南：1. 登录NCBI（National Center for Biotechnology Information）网站，选择"BLAST"选项卡。
2. 选择合适的BLAST程序，如nucleotide BLAST（用于比对核苷酸序列）或protein BLAST（用于比对蛋白质序列）。
3. 输入待比对的序列或上传序列文件。
4. 选择适当的数据库进行比对。
例如，对于人类基因，可以选择"Human genome"数据库。
5. 调整BLAST参数，如期望阈值（E-value）和比对长度，以优化结果。
6. 提交任务并等待结果。
BLAST将返回比对结果和相似性分数。
使用技巧：- 选择正确的数据库，以确保比对结果具有生物学相关性。
- 调整参数以满足特定的研究需求，如提高灵敏度或选择严格的相似性阈值。
- 分析比对结果时，关注较高的BLAST分数和较低的E-value，以确定最相关的序列。
二、DNA序列编辑器DNA序列编辑器是生物信息学研究中常用的工具，用于编辑、操作和分析DNA序列。
以下是使用DNA序列编辑器的操作指南：1. 下载和安装合适的DNA序列编辑器，如ApE（A plasmid Editor）或SnapGene。
2. 打开编辑器并创建新项目。
3. 在序列窗口中输入或粘贴DNA序列。
NCBI使用攻略
NCBI使⽤攻略（⼀）DNA序列⽐对分析⼀）两个DNA序列的相似性⽐对分析1．进⼊NCBI主页（/doc/3aaa537f0066f5335a8121c7.html ）2. 点击所有资源（All Resources）3．点击⼯具栏⽬（Tool）点击进⼊。
5. 找到Specialized BLAST，点击Align two (or more) sequences using BLAST (bl2seq)6. 将序列1复制、黏贴到Enter Query Sequence框中。
7. 将序列2复制、黏贴到Enter Subject Sequence框中。
8. 在Program Selection下⾯，选择Highly similar sequences (megablast) （⾼度相似序列）或其他分析程序9、点击BLAST按钮，进⾏⽐对分析。
10、观察、记录和分析两序列⽐对结果。
⼆）待查DNA序列与国际基因数据库中已有DNA序列的相似性⽐对分析。
1、进⼊NCBI主页（/doc/3aaa537f0066f5335a8121c7.html ）2、点击所有资源（all resources）3．点击⼯具栏⽬（Tool）点击进⼊。
5．在Basic BLAST下，找到nucleotide blast（Search a nucleotide database using a nucleotide query），点击进⼊。
6. 将DNA序列复制、粘贴到Enter Query Sequence下⾯的⽅框中。
7. 在Choose Search Set栏⽬下，选择others数据库8. 选择Highly similar sequences (megablast)或其他程序。
9. 按BLAST按钮。
10. 观察、记录和分析DNA序列与国际基因库已有序列的⽐对结果。
（⼆）DNA序列开放阅读框的分析1．进⼊NCBI主页（/doc/3aaa537f0066f5335a8121c7.html ）2．点击所有资源（all resources (A-Z) ）3．点击⼯具栏⽬（Tool）4. 找到Open Reading Frame Finder (ORF Finder)，点击进⼊。
ncbi使用指导
ncbi使用指导【原创实用版】目录1.NCBI 的简介和重要性2.NCBI 的使用方法和资源3.NCBI 的数据库和工具4.NCBI 的应用领域和未来发展正文CBI（National Center for Biotechnology Information）是美国国家生物技术信息中心的简称，是一个提供生物学和医学信息的权威机构。
NCBI 的使命是提高生物学和医学的研究水平，为科学家和医生提供最好的信息资源和服务。
CBI 的使用方法和资源非常丰富。
首先，可以通过搜索框搜索感兴趣的关键词，找到相关的文献、基因、蛋白质等信息。
其次，可以使用各种数据库，如基因序列数据库、蛋白质序列数据库、基因组数据库等，进行深入的研究。
此外，NCBI 还提供了各种工具，如 BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）用于基因序列比对，Cn3D 用于三维结构可视化，以及各种统计和分析工具。
CBI 的数据库和工具非常丰富。
基因序列数据库中包含了所有已知的基因序列，可以进行基因序列比对和分析。
蛋白质序列数据库包含了所有已知的蛋白质序列，可以进行蛋白质序列比对和分析。
基因组数据库则包含了各个物种的基因组信息，可以进行基因组组装和分析。
此外，还有诸如文献数据库、药物数据库、代谢物数据库等。
CBI 的应用领域非常广泛，涉及到生物学、医学、药学、环境科学等各个领域。
科学家和医生可以使用 NCBI 的资源和工具进行研究，提高研究的效率和质量。
同时，NCBI 的资源和工具也为教育工作者和学生提供了学习和研究的重要资源。
随着生物技术和生物信息的发展，NCBI 的未来发展前景广阔。
将会有更多的数据库和工具被开发和应用，为科学家和医生提供更好的服务。
同时，NCBI 也将面临更多的挑战，如数据量的增长、数据质量的保证等。
ncbi使用指导
NCBI（National Center for Biotechnology Information）是美国国家生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information）的简称，是美国国立卫生研究院（NIH）资助的专门网站，为全世界科研人员提供大量的生物信息学数据库和信息服务。
在使用NCBI时，有几个常用的服务和工具需要注意：一、PubMedPubMed是NCBI的一个主要数据库，是一个免费的搜索工具，专门为检索生物医学文献而设计。
它包含了超过1300万篇生物医学论文，覆盖从1950年代开始至现在的所有生物医学研究。
使用步骤如下：1. 输入你想要查询的关键词或者题目，可以输入英文关键词或者作者名字，并使用逻辑词组合查询。
2. 可以使用"AND"组合多个关键词进行查询，比如在搜索框中输入“lung cancer AND chemotherapy”。
3. 在搜索结果页面，你可以查看每个文献的摘要和链接到原始的研究文章。
如果想要查看更详细的信息，可以直接点击论文标题进入PubMed数据库查看。
二、NCBI BLASTBLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一种用于比较序列的工具，可以帮助你查找和比较基因、DNA、RNA和蛋白质序列。
它可以帮助你找到与你的序列最匹配的已知序列。
使用步骤如下：1. 打开NCBI的BLAST主页，选择合适的BLAST工具，如BLASTP（蛋白质序列比对）、BLASTN （DNA序列比对）等。
2. 输入你的序列，可以选择从数据库下载的序列或者自己输入的序列。
3. 选择合适的数据库，如NCBI GenBank、SwissProt等，然后点击“BLAST”按钮开始搜索。
4. BLAST会返回与你输入序列最匹配的序列及其相关信息，如相似度、E值等。
三、GEO基因表达数据库GEO（Gene Expression Omnibus）是一个公开可用的基因表达数据库，包含了许多组织和疾病类型的数据。
NCBI使用简明教程，一步一步教会你使用
NCBI使用简明教程，一步一步教会你使用
NCBI (National Center for Biotechnology Information )是指美国国立生物技术信息中心，是一个内容丰富、功能强大的数据库工具。
几乎每个生命科学研究者都需要使用NCBI，很多刚接触生命科学研究的小伙伴经常会问：如何使用NCBI 查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用BLAST 进行序列比对等等？
针对这些问题，我们收集、整理此教程，为科研工作者提供一份相对专业和简明的资料，以作基础参考之用！
主要内容分4部分，包括：
1、如何查找基因序列、mRNA、Promoter
2、如何查找连续的 mRNA、cDNA、蛋白序列
3、运用 STS 查找已经公布的引物序列
4、如何运用 BLAST 进行序列比对、检验引物特异性。
NCBI使用方法
NCBI使用方法NCBI（National Center for Biotechnology Information）是一个提供生物学数据库和工具的公共资源。
它提供了许多与生物学相关的数据库，如基因、蛋白质、序列、文献等。
这些数据库对于生物学研究者和生物信息学家来说是非常有用的。
本文将介绍如何使用NCBI进行常见的生物学研究。
另一个常用的NCBI数据库是GenBank，它是一个包含DNA序列、RNA序列和蛋白质序列的数据库。
要在GenBank中查找特定序列，可以在NCBI主页中的框中输入序列信息，如基因名称、序列碱基或蛋白质序列；还可以输入序列的GenBank号、Accession号或序列的FASTA格式。
点击后，系统会返回与查询相关的序列记录。
每个记录都包含序列信息、注释和相关文献等。
当找到感兴趣的序列后，可以查看其详细信息。
如果序列是基因，可以了解它的基因组位置、启动子区域、外显子和内含子等信息。
如果序列是蛋白质，可以了解其氨基酸序列、结构、功能等信息。
此外，在GenBank中还可以找到与特定序列关联的其他序列记录，如同一基因的多个转录本、同源基因等。
除了PubMed和GenBank外，NCBI还提供了许多其他有用的数据库和工具。
例如，BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一个用于比较序列相似性的工具，可以帮助找到特定序列的同源序列。
通过输入查询序列，BLAST可以在NCBI的数据库中相似的序列，并对它们进行比对。
这对于鉴定未知序列的功能以及研究序列进化关系非常有用。
此外，NCBI还提供了一些用于序列分析和生物信息学研究的工具。
例如，COBALT（Constraint-Based Multiple Alignment Tool）可以用于多序列比对，Open Reading Frame Finder可以用于预测DNA序列中的开放阅读框，而RefSeq database则提供了高质量的基因组和蛋白质序列等。
NCBI使用方法详解
NCBI使用方法详解NCBI是美国国家图书馆国家医学院的生物信息学中心（National Center for Biotechnology Information）的缩写。
该中心为生物学研究提供了大量的数据库资源和工具，供科学家和研究人员使用。
NCBI的数据库涵盖了生物学、医学和生物化学等领域的各种数据，包括基因序列、蛋白质序列、文献数据等。
这些数据资源可以帮助研究人员进行基因和蛋白质的功能注释、序列比对、基因表达分析等生物信息学分析。
以下是NCBI的使用方法的详细介绍。
1.访问NCBI网站2.注册NCBI账号如果是第一次使用NCBI，建议注册一个账号。
点击页面右上方的“Sign In”按钮，再选择“Register for an NCBI Account”选项，根据指引填写必要的信息，完成注册。
3.和浏览数据库NCBI提供了多个数据库，如Pubmed（文献数据库）、GenBank（基因序列数据库）和Protein（蛋白质序列数据库）等。
在首页的框中输入关键词，即可相应的数据库。
4.进行基因和蛋白质的序列比对在NCBI中进行序列比对，可以使用BLAST（基本局部序列比对工具）或者BLAST+（改进版局部序列比对工具）工具。
点击首页的“BLAST”链接，选择相应的工具，输入查询序列，选择目标数据库和参数，点击“Submit”按钮开始比对。
5.获取文献信息NCBI的Pubmed数据库包含了大量的科学文献，可以通过关键词或是使用高级功能来获取所需的文献。
在结果页面，可以查看摘要、全文以及相关的引用文献。
6.分析基因表达数据NCBI提供了一系列工具，用于分析基因表达数据，如GEO（基因表达数据库）和SRA（短读测序存储库）等。
可以在首页的“Datasets”菜单中选择相应的工具，上传或所需的基因表达数据进行分析。
7.获取基因和蛋白质的注释信息NCBI的GenBank和Protein数据库中包含了大量的基因和蛋白质的序列和注释信息。
ncbi使用方法
ncbi使用方法NCBI (National Center for Biotechnology Information) 是一个提供生物信息学工具和数据库的资源。
它为生物学家和研究人员提供了许多用于分析和研究生物信息的工具和数据库。
以下是一些使用 NCBI 的基本方法。
1.注册和登录：2. PubMed ：3.基因组检索和比对：NCBI 提供了多个基因组数据库，如 GenBank 和 RefSeq。
这些数据库包含了大量的基因组序列和注释信息。
您可以使用 BLAST 工具来进行基因组比对。
在 NCBI 的主页上点击 BLAST 链接，选择您要比对的数据库和序列类型，然后输入您的查询序列。
点击按钮后，您将获得与查询序列匹配的相关结果。
4.基因和蛋白质序列：如果您有一个具体的基因或蛋白质序列，您可以使用 NCBI 提供的工具进行。
在 NCBI 的主页上找到“nucleotide”或“protein”链接，然后在框中输入您的序列。
点击按钮后，您将获得与查询序列相关的数据库记录和注释信息。
6.文献管理：7.数据库交叉：NCBI 提供多个数据库，它们彼此之间可能存在关联。
您可以利用NCBI 的链接和工具来进行数据库间的交叉。
例如，在 PubMed 的结果中，您可以找到与其他数据库相关的链接和注释信息。
8.其他工具和资源：总结起来，NCBI提供了丰富的生物信息学工具和数据库，可以帮助生物学家和研究人员在基因组学、生物医学和其他生物领域进行各种类型的研究和分析。
熟练掌握NCBI的使用方法将能够提高您在生物信息学研究中的效率和准确性。
NCBI使用方法
NCBI使用方法
是NCBI最常用的功能之一、用户可以使用栏特定的关键词、序列、基因或其他相关信息。
NCBI提供了多种工具，包括PubMed、BLAST、Entrez等。
PubMed是一个生命科学文献库，用户可以使用关键词相关的科学文献。
BLAST是一种常用的序列比对工具，用户可以将自己的序列与NCBI数据库中的序列进行比对分析。
Entrez是一个综合数据库工具，用户可以使用关键词多种数据库。
对于高级用户，NCBI还提供了一些编程接口和工具，如E-utilities 和APIs（Application Programming Interfaces），允许用户通过编程方式访问和获取NCBI数据库中的数据。
这些接口和工具可以帮助用户自动化数据提取和分析，更好地满足特定研究需求。
总体而言，NCBI是一个非常强大和全面的生物信息资源。
通过熟悉和利用其提供的各种功能和工具，研究人员可以快速访问和分析生物领域的大量数据，推动科学研究的进展。
同时，NCBI还不断更新和扩展其数据库和工具，以迎合不断发展的生物信息学需求。
NCBI，从一窍不通到略知一二
NCBI，从一窍不通到略知一二进了实验室就要学会使用各种高级你看啊NCBI应该是这么用的：1）序列查询进入NCBI 主页：/，在 search 后面选择 Gene，在for后面填写需要查找的基因的名字，我们用P53作为例子。
实验万事屋作品点击进入后，可以看到大量的信息，如下图：实验万事屋作品按照这样的提示，我们就可以同时获得基因的mRNA，基因组DNA，蛋白序列，及功能等大量相关信息了。
2）用Map-View寻找基因的启动子打开Map viewer页面，网址为：/mapview/index.html，search 的下拉菜单里选择物种，for 后面填写你的目的基因。
我们还是用P53作为例子。
实验万事屋作品点击“advanced search”，“Type of mapped object”选择“Gene”。
实验万事屋作品染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。
实验万事屋作品下面参考序列给出了很多个基因，但并不全是P53，有很多是P53结合蛋白之类的。
真正的P53在17号染色体上，显示了三个基因，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。
尽管分别点击后，序列代码、序列代码等有所差异，但碱基基本一致，不影响大家研究分析序列。
点击上述三条序列第一条序列（即 reference）对应的"Genes seq"，出现新的页面。
点击上图出现的“Download/ViewSequence/Evidence ”，即下载查看序列等功能。
实验万事屋作品先对上面这张图做点简要的说明，在SequenceFormat（序列输出格式）后面是一个下拉式选择菜单，默认的为 FASTA 格式，还有一个是 GenBank 格式。
推荐大家选择 GenBnak格式，因为这个格式提供了很多该基因的信息，而FASTA格式只有基因序列。
在SequenceFormat 后选择 GenBank，然后点击下面的 Display，目的基因的相关信息和序列就出现在眼前了。
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性，平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益，请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间：9:00-18:30)。
安徽大学生命科学学院
Entrez 应用举例
输出相关序列3784条 有待进一步筛选：限制物种来源( 输出相关序列3784条，有待进一步筛选：限制物种来源(小鼠 Mus musculus)、限制分子为mRNA (排除未经实验验证的预测 musculus) 限制分子为mRNA (排除未经实验验证的预测 序列) 序列)。
安徽大学生命科学学院
蛋白质序列数据库
世界主要蛋白质序列数据库
(3) TrEMBL (translation of EMBL) 建立于1996年，是从EMBL中的cDNA序列翻译得到的蛋白质数据库。 建立于1996年，是从EMBL中的cDNA序列翻译得到的蛋白质数据库。 相似的还有GenPept GenBank) 相似的还有GenPept (GenBank)数据库。
Entrez 应用举例
NM_148952： 小鼠E2F转录因子 NM_148952： 小鼠E2F转录因子-4。 转录因子-
安徽大学生命科学学院
序列文件格式： 序列文件格式：FASTA 格式
GI号 号 登录号 名称 标题行
序列行
1. 2.
标题行：文件的第一行，以大于号“> 标题行：文件的第一行，以大于号“>”开始，不换行。内容可自 定义，包括基本信息和简单注释； 序列行：文件第二行起至结束，中间不得有空格。
安徽大学生命科学学院
NCBI 数据库检索系统 Entrez
安徽大学生命科学学院
Entrez 应用举例
检索主题：小鼠(mouse)转录因子 --E2F mRNA的核酸序列 转录因子(TF) 检索主题：小鼠(mouse)转录因子(TF) --E2F mRNA的核酸序列 检索过程：NCBI主页 Search对话框输入关键词 对话框输入关键词”E2F”， 检索过程：NCBI主页 All Databases 在Search对话框输入关键词”E2F”，
安徽大学生命科学学院
核酸序列数据库
以核苷酸顺序及注释信息为基本内容的数据库 世界三大核酸数据库
1. GenBank in USA ( ) 2. EMBL in Europe ( /embl ) 3. DDBJ in Japan ( http://www.ddbj.nig.ac.jp ) 1998年，GenBank, 1998年，GenBank, EMBL, DDBJ共同成立国际核酸序列数据库协会 DDBJ共同成立国际核酸序列数据库协会 (INSDC, )，实现了全球范围内的核酸序列的同步更 新和交换互享。
安徽大学生命科学学院
NCBI 数据库检索系统 Entrez
Entrez为基于万维网 Entrez为基于万维网 NCBI数据库检索 的NCBI数据库检索 系统， 系统，通过输入关 键词， 键词，运用布尔算 可在NCBI NCBI所有 符，可在NCBI所有 数据库中进行文本 搜索。 搜索。
点击进入 Entrez主页 主页
生物信息技术应用
分子序列比对分析
Sequence alignment
Contents
1 序列数据库 2 成对序列比对与 成对序列比对与BLAST工具 工具 3 多重序列比对与 多重序列比对与Clustal工具 工具 4 序列比对的应用
安徽大学生命科学学院
1 序列数据库 基本类型： 基本类型： 初级数据库 收录、存储序列的基本数据资源，如核酸（蛋白质）序列、 收录、存储序列的基本数据资源，如核酸（蛋白质）序列、 蛋白质空间结构及基因组信息。 蛋白质空间结构及基因组信息。 次级数据库 在初级库资源基础上进行整理和标注， 在初级库资源基础上进行整理和标注，为特定专业领域服 务的派生数据库，如表达序列标记、微列阵（基因芯片）、 务的派生数据库，如表达序列标记、微列阵（基因芯片）、 代谢和信号途径、遗传疾病数据库、免疫数据库等等。 代谢和信号途径、遗传疾病数据库、免疫数据库等等。
Research Collaboratory for Structural Bioinformatics
安徽大学生命科学学院
GenBank
National Center for Biotechnology Information (NCBI) National Library of Medicine National Institutes of Health /
安徽大学生命科学学院
蛋白质序列数据库
世界主要蛋白质序列数据库
(2) SwissProt 1986年始创于瑞士日内瓦大学 ，现由瑞士生物信息学研究所(SIB)和 1986年始创于瑞士日内瓦大学 ，现由瑞士生物信息学研究所(SIB)和 欧洲生物信息学研究所(EBI)共同管理和维护。 欧洲生物信息学研究所(EBI)共同管理和维护。 ( http://www.expasy.ch/sprot/ ) SwissProt数据库的特点：所有序列条目经过专家核实，可靠性与可 SwissProt数据库的特点：所有序列条目经过专家核实，可靠性与可 信度高；注释详细，包括蛋白质的功能、序列及结构域的结构、翻译后 修饰及其位点、突变体等
安徽大学生命科学学院
Entrez 应用举例
最后命中168条 从中选中NM_148952，以待详细分析。 最后命中168条，从中选中NM_148952，以待详细分析。
直接进入序列文件，或点 直接进入序列文件，或点”reports”， ， 可选”Graphic”图形显示 可选 图形显示
安徽大学生命科学学院
ห้องสมุดไป่ตู้
FASTA为最简单的序列（核酸或蛋白质）格式 FASTA为最简单的序列（核酸或蛋白质）格式
安徽大学生命科学学院
序列文件格式： 序列文件格式： GenBank 格式
GenBank 格式注释信息丰富全面，属文本文件，包括4部分： 格式注释信息丰富全面，属文本文件，包括4 1. 头部：含名称、定义、识别码、物种来源等基本信息； 头部：含名称、定义、识别码、物种来源等基本信息； 2. 引文区：含相关文献信息。 引文区：含相关文献信息。 3. 序列特征表：含序列的编码区、非编码区、功能域、修饰或突变位 序列特征表：含序列的编码区、非编码区、功能域、修饰或突变位 点、翻译序列等众多注释信息 4. 序列区：序列本身 序列区：序列本身
TrEMBL、GenPept数据库的特点：序列条目来自核酸序列库的翻译， TrEMBL、GenPept数据库的特点：序列条目来自核酸序列库的翻译， 即时性强；但未经专家的注释、分析和核实，因而错误率和冗余度都较 高。
安徽大学生命科学学院
蛋白质序列数据库
全球统一的蛋白质序列与功能数据库
UniProt (Universal Protein Resource, 通用蛋白质资源) 通用蛋白质资源) ( / ) 2002年，PIR、SIB、EBI合并了分属其下的PIR-PSD、Swiss-Prot和 2002年，PIR、SIB、EBI合并了分属其下的PIR-PSD、Swiss-Prot和 TrEMBL数据库，形成了统一的蛋白质数据库UniProt TrEMBL数据库，形成了统一的蛋白质数据库UniProt 截止2008年 月，UniProt共收录蛋白质序列 6,462,751个 截止2008年8月，UniProt共收录蛋白质序列 6,462,751个
安徽大学生命科学学院
蛋白质序列数据库
以蛋白质氨基酸顺序及注释信息为基本内容的数据库 世界主要蛋白质序列数据库
(1) PIR-PSD (Protein information resource-protein sequence database) PIRresourcefounded by NBRF of USA (美国国家医学研究基金会) in 1984 (美国国家医学研究基金会) ( / ) 1988年，日本国际蛋白质信息库(JIPID) 1988年，日本国际蛋白质信息库(JIPID)和德国慕尼黑蛋白质序列信 息中心(MIPS)加入PIR，合作成立了国际蛋白质信息中心（PIR息中心(MIPS)加入PIR，合作成立了国际蛋白质信息中心（PIRInternational）。PIR为较全面和权威注释的蛋白质数据库，具有非冗余、 International）。PIR为较全面和权威注释的蛋白质数据库，具有非冗余、 高质量注释和分类全面等特点。
头 区
安徽大学生命科学学院
GenBank 格式
Locus 行信息： 行信息： 1. Locus name； name； 2. Sequence length; 3. Type of Molecule: DNA, mRNA, cDNA 4. Taxonomy：PRI – primate(灵长类) 、ROD – rodent(啮齿类)、 MAM Taxonomy： primate(灵长类) rodent(啮齿类) other mammalian (其它哺乳类)、VRT - other vertebrate(脊椎动物）、 (其它哺乳类) vertebrate(脊椎动物）、 INV – invertebrate sequences、PLN - plant, fungal, and algal; BCT sequences、 bacterial; VRL - viral, PHG - bacteriophage, SYN - synthetic; UNA bacteriophage, unannotated; unannotated; EST - expressed sequence tags … 5. Date: 上传或最近修改时间
安徽大学生命科学学院
GenBank
/ Home page
安徽大学生命科学学院
NCBI 数据库检索系统 Entrez
Entrez为基于万维网的NCBI数据库检索系统， Entrez为基于万维网的NCBI数据库检索系统，通过输入关 为基于万维网的NCBI数据库检索系统 键词，运用布尔算符，可在NCBI NCBI所有数据库中进行文本搜 键词，运用布尔算符，可在NCBI所有数据库中进行文本搜 索。