化学常用软件应用简介(ChemOffice)

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化学软件chemoffice安装和基本教程

化学软件chemoffice安装和基本教程
➢改变元素:
双击需要改变元素符号的原子,弹出输入框,输入元素符号,按回车 键完成原子序号的更改。若原子的三维结构中显示孤对电子,执行关闭 “Tools”菜单中的“Show H’s ans Lp’s”命令,可不显示氢原子和孤对电子。
ChemDraw结构式与3D模型的转换
(1)ChemDraw结构式转换为3D模型 (2)3D模型转换为平面结构式
化学物质检索方法
“ChemFinder”对话框
图 4-40分子结构信息对话框
请按
化学反应的检索
查找免费网络资源
免费资源查找链接
分子模型及仿真软件Chem3D
主界面
3D模型绘制与编辑
(1)利用键工具建立模型 (2)利用文本工具建立模型
(3)利用子结构建立3D模型
子结构模型库
使用模板建立3D模型
利用模板建立富勒烯 3D模型
改变元素序号与替换元素 ➢ 改变元素序号:
首先选中模型。执行“Edit”菜单中的“Select All”命令或ctrl + A快捷键; 然后整理结构,执行“Tools”菜单中的“Clean Up Structure”菜单命令。 使用垂直工具栏中 的工具,双击需要改变序号的原子,弹出输入框, 输入原子序号,按回车键完成原子序号的更改。
结构式 名称
(2) 结构式名称
预测核磁共振化学位移(structure---predict 1H-NMR shifts)
Structure—predict 1H-NMR shifts
分析结构估计性质
(3)化学反应方程式绘制举例
OH
(CH3CO)2 70°C80°C 15min水浴
COOH
OOCCH3 COOH
➢环己烷的椅式构型直接点击为水平放置,按Shift键点 击可由水平变为垂直。

ChemOffice软件在化学教学中的作用

ChemOffice软件在化学教学中的作用

一、前言在现代化学教学中,大量的化学应用软件的研发为化学教育和科研工作者们应用计算机解决了具体的问题。

在我国,大部分高校已经将有关计算机化学的课程正式列入大学生课程教学中。

在应用广泛的众多化学应用软件中,由美国剑桥软件公司研究开发的ChemOffice 软件因其直观、快捷的特点得到专业教学的一线教师、学生和科研部门的化学工作者的一致好评。

这款化学应用软件可以进行化学结构绘图、分析模拟以及化学信息搜寻整合,不仅可以解决化学计算中的复杂问题,而且可以利用虚拟的程序模拟化学世界的微观结构,并可以将微观结构的光谱形态等直观地展示出来。

在本文中介绍了ChemOffice 的化学应用处理软件,以及ChemOffice 软件对现代的化学教育显示的突出作用。

二、ChemOffice 简介ChemOffice 全称CambridgeSoft ChemOffice 是由美国剑桥软件公司研究和开发的一款化学专业应用软件。

ChemOffice 软件集强大的应用功能于一身,可以让化学工作者的日常工作变得更加便捷。

化学应用处理软件ChemOffice 由ChemDraw 、ChemFinder 和Chem3D 三个模块组成。

ChemDraw 模块是化学结构绘图软件,也是现在各论文期刊指定的格式;Chem3D 模块是分子模拟分析绘图模块,通常用它来计算分子轨道的形状、分子表面积、显示分子轨道,描绘化合物的结构;ChemFinder 模块是化学信息搜寻整合系统,用来建立化学数据库、储存数据及搜索化学数据库。

ChemOffice软件是针对专业化学绘图设计,可以绘制各式各样的化学键、环、轨道等,可以与软件中的数据库链接,可以查出结构式;也可以将化合物名称直接转为结构图,省去绘图的繁琐;还可以对已知结构的化合物命名,给出正确的化合物名称。

也可以利用此软件所提供的样板功能,大幅缩短制作文件所需的时间。

三、ChemOffice 有助于化学教学(一)化学教学的主要辅助手段随着计算机多媒体技术的普及和现代化学应用软件的开发,现在化学教育的授课方式已经告别了一盒粉笔、一块黑板的传统教学,现代化的教学辅助手段使越来越多的老师都体会到了用化学工具软件来制作课件辅助教学的优越性。

化学软件ChemOffice的使用说明

化学软件ChemOffice的使用说明

•文件命令对话框
图4 文件命令的对话框
(2)
主 工 具 图 标 板
图 5主工具图标板
主 工 具 图 表 板
图6 主工具图表板的子图标板
2、模板
图7 模板工具图标板示例
3、绘制与编辑典型化学物质结构式
(1)键工具: 主工具图标板上提供了九个键操作的命令,其中双
键命令板中的子菜单中还包 括12个键命令。利用键工 具进行结构绘制操作的基本操作:首先在命令面板中选 取键命令,绘制的基本操作是“点位”、 “拖动”和 “点击”。
(2)方程式的建立
•箭头的选择 •利用绘图工具选择合适的阴影框罩住方程式
(3)化学反应方程式绘制举例
乙酰水杨酸又称为阿司匹林,为常用的退热镇痛药物。制备乙酰水杨酸 最常用的方法是将水杨酸与乙酐作用,生成乙酰水杨酸。
OH
(CH3CO)2 70°C80°C 15min水浴
COOH
OOCCH3 COOH
一概述
ChemOffice软件是由剑桥化学软件公司开发的集 成化学软件桌面系统,集成了Chem3D、ChemDraw、 ChemFinder和ChemInfo,以及Chem TableEditor等软 件,具有强大的高端开发功能。
ChemDraw Ultra 8.0 化学结构绘图 Chem3D Ultra 8.0 分子模型及仿真 ChemFinder Pro8.0 化学信息搜寻整合系统
图18 复制修改得到的乙酰水杨酸结构式
图19 乙酰水杨酸合成反应方程式
图20 符号窗口
图21 字体选项
图22 “Color”菜单选项
图23 调色板
6、绘制实验装置
利用实验仪器模板工具1和实验仪器模板工具2进行实验装置的绘制,在模板 中选择所需的实验仪器,单击产生相应的玻璃仪器。玻璃仪器连接处为阴影。通 过旋转选择框改变角度和大小进行玻璃仪器的连接。示范图例见下图4-24。

化学软件 ChemOffice 的使用

化学软件 ChemOffice 的使用

蓬罩 橡皮 文本 笔 箭头 轨道 绘图元素 基元 化学符号 弧形 原子反应 模板 环丁烷环 环己烷环 环辛烷环 环己烷椅式 苯环
ChemDraw——工具 键工具
模板工具
8
箭头工具
轨道工具
画图工具
基元工具符号工具Leabharlann 弧形工具原子反应工具
键及元素文本属性的设置
4. ChemDraw——主要操作
主要绘制一些结构式、反应方程式、搭建化学反应仪器等。
13CNMR预测
13CNMR预测结果
部分预测结果
四、绘制化学反应方程式:
化学反应方程式的绘制
四、搭建实验装置:
化学软件 ChemOffice 的使用
2013/09/24
主要内容
1
Chemoffice 的概述
2
ChemDraw 介绍及操作
ChemDraw 的界面
ChemDraw 的工具
ChemDraw 主要操作
1. ChemOffice 概述
ChemOffice 软件是由剑桥化学软件公司开发的集成化学软件桌面系 统,集成了Chem3D、ChemDraw、ChemFinder 和 ChemInfo,以及Chem TableEditor等软件,具有强大的高端开发功能。
➢ ChemDraw Ultra 11.0 化学结构绘图 ➢ Chem3D Ultra 11.0 分子模型及仿真 ➢ ChemFinder Pro11.0 化学信息搜寻整合系统 ➢ E2Notebook Ultra11.0 ➢ BioAssay Pro11.0 ➢ 量化软件MOPAC、Gaussian 和GAMESS 的界面 ➢ ChemSAR Server Exce ➢ ClogP,CombiChemPExcel

office软件在化学化工中的应用

office软件在化学化工中的应用
百分比等。
图表分析
在Excel中绘制各种化学实验数据的图 表,如柱状图、折线图等,以便更好 地理解和分析数据。
数据透视表
通过数据透视表对化学数据进行分类、 汇总和比较,以便更好地了解数据之 间的关系和趋势。
PowerPoint在化学化工中的应用
演示文稿制作
使用PowerPoint制作化学化 工相关的演示文稿,如实验 报告、产品介绍、工作汇报 等。
3
演示与宣传
PowerPoint用于制作化学化工相关的幻灯片、 宣传资料等,能够直观地展示实验结和研究成 果。
Office软件在化学化工中的应用历史与发展
应用历史
随着计算机技术的不断发展,Office软件在化学化工行业中的应用逐渐普及,从最初的简单数据处理到现在的复 杂分析、可视化展示等。
发展趋势
03 Office软件在化学化工中 的优势与挑战
Office软件在化学化工中的优势
高效的数据处理能力
丰富的模板和工具
Office软件如Excel具有强大的数据处理和 分析功能,可以方便地对化学实验数据进 行整理、计算和可视化。
Word和PowerPoint等软件提供了大量化 学专用模板和工具,有助于快速创建专业 、规范的文档和报告。
跨平台协作
安全性高
Office软件支持多平台操作,方便团队成员 在不同设备上进行协作,提高工作效率。
Office软件具备高级加密和安全防护功能, 确保化学数据的安全存储和传输。
Office软件在化学化工中的挑战
专业性限制
Office软件主要针对通用办公需求设计,在化学 领域的专业功能相对有限。
定制化需求
Office软件在化学化工中的创新应用
数据可视化

ChemOffice软件的操作与使用

ChemOffice软件的操作与使用
2015年4月11日3时40分
化学化工软件应用技术 王震 主讲 9

菜单栏
结构工具栏
主工具栏
格式栏


模板工具栏
绘图区
状态栏
2015年4月11日3时40分
化学化工软件应用技术 王震 主讲 10
O H2N CH CH OH OH H O
HO H
H
2.2.4 ChemProp—— 分子物理化学性质计算和标准命名
2015年4月11日3时40分
化学化工软件应用技术 王震 主讲
26
2.2.5 原子轨道图与分子轨道图的制作
ChemDraw绘制轨道的方法是使用轨道绘制工具箱, 这个工具箱能够绘制s轨道、σ轨道、单瓣轨道、p 轨道、杂化轨道、d轨道和dz2轨道。每种轨道都包 括有三种填充类型:背景色、阴影和纯色,具体 的颜色则可以自己设置。下图是一个例子:
2015年4月11日3时40分
化学化工软件应用技术 王震 主讲 31
以乙烯为例,首先使用文本输入工具输入分子式CH 2CH 2, 则会自动生成3D的乙烯分子,然后使用Analyze菜单的 Extended Huckel Surfaces功能,再使用View菜单的Molecular Orbitals(显示各种分子轨道),出现对话框后可以选择显示 HOMO还是LUMO,根据参数的不同产生的轨道形状不同, 还可以选择不同的表面显示效果。
2015年4月11日3时40分
执行【Structure】/Check Structure】功能自动执行
执行【Structure】/【Convert Name to Structure】菜单命令 如aspirin、EDTA、morphine、 2-acetoxybenzoic acid等

ChemOffice软件在化学教学中的作用

ChemOffice软件在化学教学中的作用

ChemOffice软件在化学教学中的作用作者:刘立佳王玉丹赵方波来源:《教育教学论坛》2015年第01期摘要:本文简要概述了化学工具软件ChemOffice 2008的特性、分类以及在辅助化学教育、课件制作中的应用。

提倡教师要熟练掌握化学工具软件的制作,并将其多应用于课堂教学中,从而使学生能更直观容易的理解教学内容,实现研究教学的目的。

关键字:化学应用软件;化学教育;ChemOffice中图分类号:G642.4 文献标志码:A 文章编号:1674-9324(2015)01-0224-02一、前言在现代化学教学中,大量的化学应用软件的研发为化学教育和科研工作者们应用计算机解决了具体的问题。

在我国,大部分高校已经将有关计算机化学的课程正式列入大学生课程教学中。

在应用广泛的众多化学应用软件中,由美国剑桥软件公司研究开发的ChemOffice软件因其直观、快捷的特点得到专业教学的一线教师、学生和科研部门的化学工作者的一致好评。

这款化学应用软件可以进行化学结构绘图、分析模拟以及化学信息搜寻整合,不仅可以解决化学计算中的复杂问题,而且可以利用虚拟的程序模拟化学世界的微观结构,并可以将微观结构的光谱形态等直观地展示出来。

在本文中介绍了ChemOffice的化学应用处理软件,以及ChemOffice软件对现代的化学教育显示的突出作用。

二、ChemOffice简介ChemOffice全称CambridgeSoft ChemOffice是由美国剑桥软件公司研究和开发的一款化学专业应用软件。

ChemOffice软件集强大的应用功能于一身,可以让化学工作者的日常工作变得更加便捷。

化学应用处理软件ChemOffice由ChemDraw、ChemFinder和Chem3D三个模块组成。

ChemDraw模块是化学结构绘图软件,也是现在各论文期刊指定的格式;Chem3D模块是分子模拟分析绘图模块,通常用它来计算分子轨道的形状、分子表面积、显示分子轨道,描绘化合物的结构;ChemFinder模块是化学信息搜寻整合系统,用来建立化学数据库、储存数据及搜索化学数据库。

化学软件(ChemOffice 3D, ChemSketch, Materials Studio)在新课程化学教学中的应用

化学软件(ChemOffice 3D, ChemSketch, Materials Studio)在新课程化学教学中的应用

化学软件(ChemOffice 3D, ChemSketch, Materials Studio)在新课程化学教学中的应用新课程化学教学,将功能强大的专业化学软件引入到中学化学教学过程,帮助化学教师更圆满地完成教学任务,随时解决很多专业问题,提高了学生的学习兴趣,使学生对化学的怕变为对化学的爱,也使学生的能力得以加强,同时提高了教师的专业能力,强化了教学技能,为新世纪教师应具备现代教育手段打好基础。

关键词:新课程化学教学、专业化学软件新课程化学教学在我区已经进行了三年,所有的必修和选修教材均已与广大师生见面,化学必修内容更广泛更新颖,选修的内容更深入、学科性特点更强。

化学教师在课堂教学、撰写教学论文、制作多媒体课件等过程中,需使用计算机处理各类化学信息的地方更多。

作为化学教师,在新课程的高中化学教学中了解一些易用且功能全面的专业化学软件(不是教师自编的课件)的使用是非常必要的。

下面将简单介绍可用于新课程教学的几种常用化学软件,目的是帮助化学教师更圆满地完成教学任务,提高教学效果。

1.巧用化学金排,提高化学教师在新课程教学中的专业文档编辑能力。

新课程教学中,化学教师角色发生了转变,经常将化学教学研究用于实践,即在行动中研究,这就需要教师经常总结教学成果,进行各种化学专业的教学设计。

此时,要对化学专业文档进行专门的处理。

化学金排是以Microsoft Word 为依托的一个国产化学软件,化学中常用的单质和常见化合物的电子式、氧化还原反应中的电子转移表示、原子结构示意简图、有机物结构式和有机反应方程式的输入等均很容易实现,化学仪器的自由组装很方便,还有大量的成套的中学化学装置随时可供化学教师调用。

在各类化学符号输入过程中,可以自动识别大小写和上下标。

教师接触到该软件后不用专门学习,很容易就会使用,是中学化学教师在新课程教学过程中化学文档编辑的有用帮手。

2.掌握功能强大的专业化学软件,为化学教师更好的完成新课程教学添砖加瓦。

化学化工常用软件介绍

化学化工常用软件介绍
proii的窗口33chemcadchemcad是由chemstations公司推出的一款极具应用和推广价值的软件其应用范围包含了化学工业细分出来的多个方面如炼油石化气体工业安全特化制药生化污染防治清洁生产等它可以对这些领域中的工艺过程进清洁生产等
化学化工 常用软件介绍
主讲: 谭世语
重庆大学 化学化工学院
ChemOffice的功能(1)
1. ChemDraw (是世界上最受欢迎的化学结构绘图软件) AutoNom:它可自动依照IUPAC的标准命名化学结构。 ChemNMR:在ChemDraw 内预测13C和1H的NMR光谱。 ChemProp:预测BP、MP、临界温度、临界气压、吉布斯
自由能、logP、折射率、热结构等性质。 ChemSpec : 可 输 入 JCAMP 及 SPC 频 谱 资 料 , 用 以 比 较
ChemNMR预测的结果。 ClipArt : 高 品 质 的 实 验 室 玻 璃 仪 器 图 库 , 可 搭 配
ChemDraw使用。 Name=Struct:输入IUPAC(国际纯粹与应用化学联合会)
化学名称后就可自动产生ChemDraw结构。
ChemOffice的功能(2)
2. Chem3D 提供工作站级的3D分子轮廓图及分子轨道特性分析,并和数种量
MATLAB的基本数据单位是矩阵,它的指令表达式与 数学,工程中常用的形式十分相似,可支持和调用C, FORTRAN,C++ ,JAVA。
MATLAB窗口
MATLAB的图形功能强大
1.2 Origin
Origin为OriginLab公司出品的较流行的专业函数绘图软 件,是公认的简单易学、操作灵活、功能强大的软件,既 可以满足一般用户的制图需要,也可以满足高级用户数据 分析、函数拟合的需要。

ChemOffice软件在化学教学中的作用共5页

ChemOffice软件在化学教学中的作用共5页

ChemOffice软件在化学教学中的作用一、前言在现代化学教学中,大量的化学应用软件的研发为化学教育和科研工作者们应用计算机解决了具体的问题。

在我国,大部分高校已经将有关计算机化学的课程正式列入大学生课程教学中。

在应用广泛的众多化学应用软件中,由美国剑桥软件公司研究开发的ChemOffice软件因其直观、快捷的特点得到专业教学的一线教师、学生和科研部门的化学工作者的一致好评。

这款化学应用软件可以进行化学结构绘图、分析模拟以及化学信息搜寻整合,不仅可以解决化学计算中的复杂问题,而且可以利用虚拟的程序模拟化学世界的微观结构,并可以将微观结构的光谱形态等直观地展示出来。

在本文中介绍了ChemOffice的化学应用处理软件,以及ChemOffice 软件对现代的化学教育显示的突出作用。

二、ChemOffice简介ChemOffice全称CambridgeSoft ChemOffice是由美国剑桥软件公司研究和开发的一款化学专业应用软件。

ChemOffice软件集强大的应用功能于一身,可以让化学工作者的日常工作变得更加便捷。

化学应用处理软件ChemOffice由ChemDraw、ChemFinder和Chem3D三个模块组成。

ChemDraw 模块是化学结构绘图软件,也是现在各论文期刊指定的格式;Chem3D模块是分子模拟分析绘图模块,通常用它来计算分子轨道的形状、分子表面积、显示分子轨道,描绘化合物的结构;ChemFinder模块是化学信息搜寻整合系统,用来建立化学数据库、储存数据及搜索化学数据库。

ChemOffice软件是针对专业化学绘图设计,可以绘制各式各样的化学键、环、轨道等,可以与软件中的数据库链接,可以查出结构式;也可以将化合物名称直接转为结构图,省去绘图的繁琐;还可以对已知结构的化合物命名,给出正确的化合物名称。

也可以利用此软件所提供的样板功能,大幅缩短制作文件所需的时间。

三、ChemOffice有助于化学教学(一)化学教学的主要辅助手段随着计算机多媒体技术的普及和现代化学应用软件的开发,现在化学教育的授课方式已经告别了一盒粉笔、一块黑板的传统教学,现代化的教学辅助手段使越来越多的老师都体会到了用化学工具软件来制作课件辅助教学的优越性。

化学软件应用(二)-ChemOffice部分

化学软件应用(二)-ChemOffice部分
光标块 点位
常用术语
选择:用鼠标的光标选中某种选择,使对象产生光标。选择对象并不意味着动 作,只是标记要操作的对象和点位;
单击:快速按下鼠标键(左或右键),然后快速抬起;
双击:快速操作两次单击;
拖动:由三部分动作组成——按下鼠标左键选择对象,移动鼠标,将被选的对 象移动到指定位置后抬起鼠标;
常用术语
ChemOffice 应用
• ChemOffice是世界上最优秀的化学软件,集 强大的应用功能于一身,其结构绘图是国内 外重要论文期刊制定的格式。是化学工作者 的必备软件。
• ChemDraw :化学结构绘图。 • Chem3D :分子模型及仿真。 • ChemFinder :化学信息搜寻整合系统。 • E-Notebook :整理化学信息、文件和数据,并从中取得所要的结果。
ISIS应用程序中. 9. MDL MolFile (*.mol)——MDL(分子设计有限公司) MolFile文件格式用于其
它一些在Windows、Macintosh和Unix环境下的化学 数据库和绘画应用软件.
文档格式
10. Galactic Spectra(*.spc)——银河图谱文件格式.
14. Windows Metafile(*.wmf)——图片文件格式,可以将ChemDraw 图片传输到 其它应用程序中,如Word。WMF 文件格式含有中 ChemDraw的结构信息, 可被ChemDraw早期版本编辑
常用术语
点位:移动鼠标直到鼠标的光标放到所要进行操作的位置,如果选择的位置
在图形结构中的键、原子、线等的上面,一般出现黑方块,称之为光标 块,选择块或操作块。
小三角 表示
子菜单
文档设置
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化学软件(ChemOffice 3D, ChemSketch, Materials Studio)在新课程化学教学中的应用

化学软件(ChemOffice 3D, ChemSketch, Materials Studio)在新课程化学教学中的应用

化学软件(ChemOffice 3D, ChemSketch, Materials Studio)在新课程化学教学中的应用新课程化学教学,将功能强大的专业化学软件引入到中学化学教学过程,帮助化学教师更圆满地完成教学任务,随时解决很多专业问题,提高了学生的学习兴趣,使学生对化学的怕变为对化学的爱,也使学生的能力得以加强,同时提高了教师的专业能力,强化了教学技能,为新世纪教师应具备现代教育手段打好基础。

关键词:新课程化学教学、专业化学软件新课程化学教学在我区已经进行了三年,所有的必修和选修教材均已与广大师生见面,化学必修内容更广泛更新颖,选修的内容更深入、学科性特点更强。

化学教师在课堂教学、撰写教学论文、制作多媒体课件等过程中,需使用计算机处理各类化学信息的地方更多。

作为化学教师,在新课程的高中化学教学中了解一些易用且功能全面的专业化学软件(不是教师自编的课件)的使用是非常必要的。

下面将简单介绍可用于新课程教学的几种常用化学软件,目的是帮助化学教师更圆满地完成教学任务,提高教学效果。

1.巧用化学金排,提高化学教师在新课程教学中的专业文档编辑能力。

新课程教学中,化学教师角色发生了转变,经常将化学教学研究用于实践,即在行动中研究,这就需要教师经常总结教学成果,进行各种化学专业的教学设计。

此时,要对化学专业文档进行专门的处理。

化学金排是以Microsoft Word 为依托的一个国产化学软件,化学中常用的单质和常见化合物的电子式、氧化还原反应中的电子转移表示、原子结构示意简图、有机物结构式和有机反应方程式的输入等均很容易实现,化学仪器的自由组装很方便,还有大量的成套的中学化学装置随时可供化学教师调用。

在各类化学符号输入过程中,可以自动识别大小写和上下标。

教师接触到该软件后不用专门学习,很容易就会使用,是中学化学教师在新课程教学过程中化学文档编辑的有用帮手。

2.掌握功能强大的专业化学软件,为化学教师更好的完成新课程教学添砖加瓦。

ChemOffice在化工中的应用

ChemOffice在化工中的应用

ChemOffice在化工中的应用一、Chemoffice简介ChembioOffice 是由CambridgeSoft(剑桥化学软件公司)开发的综合性科学应用软件包。

该软件包是为广大从事化学、生物研究领域的科研人员个人使用而设计开发的产品。

同时,这个产品又可以共享解决方案,给研究机构的所有科技工作者带来效益。

利用ChemBioOffice 你可以方便的进行化学生物结构绘图、分子模型及仿真、可以将化合物名称直接转为结构图,省去绘图的麻烦;也可以对已知结构的化合物命名,给出正确的化合物名。

二、Chemoffice的用途办公桌将成为科学家成功的起点,在这里科学家可以用ChemDraw 和ChemOffice 去完成自己的想法,和同事用自然的语言交流化学结构,模型和相关信息,在实验室,科学家用E-Notebook 整理化学信息、文件和数据,并从中取得他们所要的结果。

ChemNMR 可预示分子化学结构的13C 和1H NMR 位移。

三、Chemoffice的组成ChemFinder 化学信息搜寻整合系统,此外还加入了E-Notebook Ultra 10.0,BioAssay Pro 10.0,量化软件MOPAC、Gaussian 和GAMESS 的界面,ChemSAR, Server Excel, CLogP, CombiChem/Excel等等,ChemOffice Pro 还包含了全套ChemInfo 数据库,有ChemACX 和ChemACX-SC,Merck 索引和ChemMSDX 等等。

四、以Chemoffice2002为例介绍ChemofficeChemoffice2002与早期版本相比, 功能大大增加, 界面也更加简洁、友好。

基本功能和特点简述如下:Chem 3D将二维平面图形转化为三维的空间结构, 在分子和原子水平上利用分子力学、分子动力学和量子化学计算手段模拟和分析分子的立体构象, 从而使化学家从本质的分子作用机制出发, 理解和搞清化学反应的机理和难易程度以及分子间的立体结构和电性、疏水性的相似性, 探讨分子发生反应的可能性和体现生物活性的大小和其结构之间的必然本质的联系。

化学软件ChemOffice的使用说明

化学软件ChemOffice的使用说明

具进行结构绘制操作的基本操作:首先在命令面板中选 取键命令,绘制的基本操作是“点位”、 “拖动”和 “点击”。
图4-8 绘制分子结构的基本操作
① 键的产生:
点位后,向某个方向拖动可以产生。 直接单击,产生所选择类型的化学键,连续点击两键相连默 认角度为120度。 点位位于一键的起点(显示小蓝块),沿键拖动会产生重键。 点位为于键中间,单击同样可以产生重键(三键点击后变单 键)。
H3C
CH3
CH3
CH3 H3C
图12 胡萝卜素结构
图13 连接点及单键的产生
图14 长链的生成
•结构的复制及旋转
• 两个结构的连接
连接前的胡萝卜素结构
4、化合物结构与命名
图17 命名示例图示表
5、 绘制化学反应方程式
(1)反应物结构式的绘制 • 普通分子结构的绘制 • 离子结构的绘制
• 中间体结构的绘制 • 立体结构的绘制
图18 复制修改得到的乙酰水杨酸结构式
图19 乙酰水杨酸合成反应方程式
图20 符号窗口
图21 字体选项
图22 “Color”菜单选项
图23 调色板
6、绘制实验装置
利用实验仪器模板工具1和实验仪器模板工具2进行实验装置的绘制,在模板 中选择所需的实验仪器,单击产生相应的玻璃仪器。玻璃仪器连接处为阴影。通 过旋转选择框改变角度和大小进行玻璃仪器的连接。示范图例见下图4-24。
选择键命令或环命令,直接在环的任何一个节点处点击 或拖动可以实现键的连接或环与环的点连接。 选择环的一个节点,按住鼠标左键,从一个节点拖至另 一个节点,可以实现环与环的双点连接。 元素符号的输入与目标参数的设置与键操作类似,同样 在“Structure”菜单中可以对选择的键的属性进行设定。
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➢ 画好的图形也可以旋转和缩放。用选取框或套索选中 图形,此时图形被一灰色框笼罩,上方中央一点为旋转 控制点,鼠标移至此会变成双箭头,单击鼠标可以旋转 图形。右下角为缩放控制点,拖动这个角可以按比例改 变图形大小。
➢ 撤销操作,单击 【Undo】
旋转控制点
缩放控制点
• 3.1.3.4 检查结构错误和整理结构式
•3.1.1 主界面
状态栏
• ChemDraw主界面自上而下分为菜单栏、工具 栏和绘图窗口。绘图窗口左侧是垂直工具栏,其 中的工具和模板是化学专用的。有些模板按钮下 面带有 箭头,单击该按钮不松开,会在其右侧 弹出子工具栏。
【询问工具】 【箭头】 【轨道】 【绘图元素】 【括弧】【化学符号】
• 3.1.2 模板
Window】,弹出分析窗口,包含该化合物的分子简式、 摩尔质量、同位素分布图,元素分析组成比例等数据。 【View】/【Show Chemical Properties Window】, 弹出化学性质窗口,包含该化合物的沸点、熔点、临界 温度、临界压力、临街体积、Gibbs自由能、LogP、 MR、Herry’s Law、生成热、ClogP、CMR等。
• 3.1.3.12 快捷菜单和 快捷键
(1)快捷菜单
ChemDraw快捷菜单包 含了多种选项,使用快捷菜 单能完成常用编辑、属性设 置、模板选择等功能。
在选中的结构上单击鼠标 右键,会弹出快捷菜单。
• 3.1.3.6 根据结构得出化合物命名
如果确定了化合物的结构,想知道其系统命名,可 以借助ChemDraw。 ➢ 绘制化合物结构式 ➢ 选中此结构,【Structure】/【Convert Structure to Name】,即可在结构式下面出现系统命名。 ➢ 并非所有的结构式都能给出化合物名称,如果无法由 结构产生系统命名,ChemDraw会弹出窗口给出提示 信息。
8.单击 选取框按钮,选中画好的 阿司匹林结构式。 9.执行【Structure】/【Clean Up Structure】命令,整理图形,即可 将结构式整理到最佳状态。该命令 可多执行几次,直到结构式的形状 不再变化。
• 3.1.3.2 图形存盘
画好的分子结构图形可以保存为文件,以备将来使用 或修改。ChemDraw文件的扩展名为“cdx”。
NH2
• 3.1.3.11 符号、字体和颜色
(1)输入特殊符号 有时需要在结构式或反应方程
式中输入特殊符号。 【View】/【Show Character Map】菜单命令即可打开符号窗 口。
单击 按钮,可以选择各种 Windows字体和符号,包括汉字。
(2)改变字体 【Text】/【Font】
以心安得化合物为例:
【Analysis】窗口 【Chemical Properties】】窗口
• 3.1.3.9 元素周期表
ChemDraw提供了一张使用起来十分方便的元素周 期表。 ✓ 【View】/【Show Periodic Table Window】即可打 开元素周期表窗口。 ✓ 单击周期表上的元素符号,就可以得到该元素的物理 性质。单击表中的 按钮,可以打开或关闭周期表下 方的物理性质详细列表。
菜单栏
套索 结构透视
实线单键 多重箭 虚线键 碎线键 碎线楔键 粗键 楔形键 空楔形键 波浪键 序列工具 脂肪族链
环丙烷 环戊烷 环庚烷
椅式环己烷 环戊二烯
选取框
质谱碎片 橡皮
文本工具
笔 箭头
轨道 绘图元素
括号 化学符号
询问工具
高级工具
模板
环丁烷
环己烷 环辛烷
椅式环己烷
苯环
常用工具栏 格式工具栏
绘图窗口
并从中取得所要的结果。
3.1 ChemDraw
• ChemDraw是ChemOffice中使用最为频繁的组 件,是国际上绝大多数杂志指定的论文排版软件, 为不同的杂志备有不同的模板,应用最为广泛。
• 其理念是“化学家能懂的,ChemDraw也应该 懂”。
主要功能
• AutoNom:依照IUPAC命名化学结构; • ChemNMR:预测13C和1H的NMR近似谱图; • ChemProp:预测BP、MP、临界温度、临界气
3.1.3 绘图实例
我们主要利用ChemDraw绘制一些结构式,预测反
应方程式,搭建化学反应仪器等。
O
3.1.3.1 绘制结构式
以阿司匹林结构式的绘制为例: 1. 启动ChemDraw; 2. 选中垂直工具栏最下端的 按钮,鼠标变成苯环的样子;
O O
OH
3.在绘图区单击鼠标,出现一个苯环; 4.单击 (单键)按钮,将鼠标移至苯环的一个角上,出 现深色的正方形连接点,如图所示。 5.自连接点横向拉出一根实线单键,松开鼠标,自单键终 点向右下方再次拉出一根单键,与前一根单键夹角约为 109°,余类推。 6.多重键的方法同5。
Ctrl键,“手”形鼠标上出现“+”号,向右拖动鼠标, 将氨基苯酚结构式复制出一份到新位置,并在氨基对位 上绘制单键,其终点的连接点上键入COONa,得到对 氨基水杨酸钠 再复制一份对氨基水杨酸钠至新位置,并将COONa改 为COOH
使用箭头模板,绘制两条水平箭头 使用文字模板在第一个箭头上下方分别输入
【File】/【Save As】,弹出【另存为】对话框, 即可保存。【保存类型】有多种选项,可另存为Chem Draw 3.x版的格式(“chm”),或“gif”、“bmp”图 形格式,或另存为ISIS格式。
• 3.1.3.3 图形的旋转或缩放
➢ 如果不改变图形模板的话,在绘图区每单击一次鼠标, 就会出现一个选定模板的图形。单击鼠标左键后不松手, 则可以通过移动鼠标使图形旋转,待转动到希望的位置 时松手即可。
ChemDraw也能根据一些化合物的缩写给出结构 式,如EDTA。在输入框中输入EDTA,即可出现 EDTA的结构式。
有时输入化合物的商品名或俗名也能得到结构式, 如输入“aspirin”,即可得到阿司匹林的结构式。 如输入“morphine”即可得到吗啡的结构式。
并非所有的化合物名称都能得到结构式,如果无法由 名字产生结构式,ChemDraw会弹出显示提示信息。
• 缩小当前窗口,返回绘制结构式的窗口 • 【Structure】/【Predict 13C-NMR-Shifts】,出现该
化合物的13C核磁共振化学位移值及图谱 • 有了这两张谱图,在实测样品的核磁共振,就会心中
有数。
• 3.1.3.8 分析结构估计性质
ChemDraw可以对化合物结构进行分析计算。 选中化合物结构式,【View】/【Show Analysis
ChemDraw可以根据结构式预测分子的1H和13C核磁 共振化学位移。 例:心安得(propranolol)是一种心血管药物,能抑制 心脏的收缩率,避免过度兴奋和阻止神经冲动,保证心 壁平滑肌的收缩。
O
N
H
OH
• 绘制化合物结构式
• 选中此结构,【Structure】/【Predict 1H-NMRShifts】,出现该化合物的1H核磁共振化学位移值及图 谱
菜单命令可以改变字体。 Windows的所有字
体都可以在ChemDraw 中使用,也包括汉字字 体。
(3)改变颜色
默认状态下,ChemDraw的文字和绘制的图形是黑色 的,根据实际需要可以变换文字及图形的颜色。 • 选中画好的结构式或图形 • 单击【Color】,出现下拉菜单,除了黑色之外,还包 含6中可以选择的颜色 • 单击所选中的颜色,完成改变颜色的操作。 • 若不喜欢给出的颜色,单击【Others】选项,弹出 【颜色】调色板,其中由更多的颜色可供选择,还可以 自定义颜色。
ChemDraw可以检查绘制的结构是是否有问题,选 中结构式后,进行【Structure】/【Check structure】 菜单命令,ChemDraw就会将一个红色方框罩在有问 题的源自或官能团上,便于用户检查。该功能是自动执 行的,如果结构式中有红色方框罩住的原子或官能团, 在绘制时应引起注意。
7. 选中垂直工具栏 中的文本工具,分 别将鼠标移至应该 出现羟基或氧原子 的位置,待出现连 接点后,点击键盘 上的O键。
在绘制过程中,化学键键角难以精确掌握,且 拖拉化学键或键点的过程中难免会造成键长的变 化和图形的扭曲,因此需要对图形进行整理。除 了手动调整外,还可以通过ChemDraw的相关菜 单命令进行整理。
环烷(Cycloalkans)
DNA
官能团(Functional Groups)
己醣(Hexoses)
苯环(Ph Rings)
纳米管(Nanotubes)
多面体(Polyhedra)
RNA
立体中心(Stereocenters) 超分子(Supramolecules)
ChemDraw包括了众多的模板,我们想画的 东西多数已经包括在其中了,熟悉这些模板, 我们可以根据这些模板迅速组合成希望的分子 形状。
• 3.1.3.10 绘制化学反应式
以氨基苯酚合成对氨基水杨酸为例:
OH
NaHCO3,CO2 120oC,4kg/cm2
COONa
OH
H2SO4
30oC以下,pH=3.5
NH2
NH2
COOH OH
NH2
使用苯环模板绘制苯环 使用单键模板,在苯环间位上分别绘制出羟基和氨基,
得到氨基苯酚 用选取框选中氨基苯酚,鼠标变成 “手”形状,按住源自HO HOOH NH
肾上腺素结构式
HO HO
OH NH
4-(1-hydroxy-2-(methylamino)ethyl)benzene-1,2-diol
肾上腺素的系统命名
A name could not be generated f or this structure.
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