第十章基因组与比较基因组学
第10章 基因组-比较基因组学课件
基本完成DNA序列分析的真核生物基因组比较
物种 酵母
完成 年份
1996
线虫
1998
果蝇
2000
拟南芥
2000
人类第21染色体 2000
人类第22染色体 1999
人类全基因组
2001
(Public Sequence)
人类全基因组
2001
(Celera Sequence)
总长度 /Mp 12 96 116 115 34 34 2693
第二节 人工染色体构建
细菌人工染色体的构建
•riS和repE控制F质粒的复制 •parA和parB控制质粒拷贝数
第二节 人工染色体构建
BAC的优点 1. 易于用电击法转化E.coli(转化效率比转化酵母高 10-100倍); 2. 超螺旋环状载体,易于操作; 3. F质粒本身所带的基因控制了质粒的复制; 4. 很少发生体内重排。
第二节 人工染色体构建
第二节 人工染色体构建
➢ 复制起点: DNA复制通常由起始蛋白与特定的 DNA序列相互作用开始。DNA合成的起始位点 和DNA复制起点(遗传位点)所需的Cis靶区常位 于同一段长约100bp的DNA上。
第二节 人工染色体构建
第二节 人工染色体构建
第二节 人工染色体构建
第四节 比较基因组学
1.通过基因组数据进行全局性分析
➢数据存放。 ➢碱基百分含量分析。无论是GC富含区还是AT富含区, 都可能是一些特殊功能的区域。 ➢ORF分析。首先要用多个不同的软件来要找到并估 测基因组中的每一个ORF。
开放阅读框(ORF,Open reading frame )是基因序 列的一部分,包含一段可以编码蛋白的碱基序列,一个起始 和终止密码子之间的序列。
分子生物学 基因组与比较基因组学
枝原体 Mycoplasma genitalium 580,070 bp,预计有500个基因
(5)细胞器基因组 线粒体基因组
在不同类型的生物(多细胞动物、高等植物、原生动 物、藻类、真菌)中变化很大
多细胞动物:细小、致密 高等植物:复杂、不均一 原生动物、藻类、真菌:或偏向于动物型, 或偏向于植物型,但又有其各自的独特之处
生物的复杂程度与基因组大小的关系
生物种类 真细菌
革兰氏阴性菌 革兰氏阳性菌 蓝细菌 枝原体
古细菌
原生生物 眼虫(裸藻) 纤毛虫 变形虫
真菌
各类生物中基因组大小的变化范围
基因组大小范围(kb) 650 ~ 13,200 650 ~ 7,800 1,600 ~ 11,600 3,100 ~ 13,200 650 ~ 1,800
物理图
以已知DNA序列片段(序列标签位点, STS)为路 标, 以碱基对(bp)为基本测量单位的基因组图.
STS只是基因组中单拷贝的短DNA序列.
建立物理图,需要得到5套该基因组的DNA片 段.(建立相互重叠的相连DNA片段群)
比较准确
序列图
序列图是指整个人类基因组的核苷酸序 列图,也是最详尽的物理图。
结构基因组学研究的主要目标 人类基因组计划(the Human Genome Project)之前,只测定过 一些病毒(X174、、T4等)的基因组全序列
Phage X174: 5375 nt
基因组全序列的测定
1995 嗜血流感菌(Haemophilus influenzae) 1,830 kb
又称染色体外DNA(extrachromosomal DNA)
(2)大小
基因组大小(genome size)一般以单倍体基因 组的核酸量来衡量,单位有pg(10-12 g)、 Dalton(道尔顿)、bp 或 kb 、Mb等
基因组学和比较基因组学研究
基因组学和比较基因组学研究基因组学和比较基因组学是近年来科学研究的重点之一。
随着科技的发展,人们对基因和基因组的认识也在逐渐完善。
基因是我们生命的基础单位,而基因组是一个生物所有基因的集合。
基因组包含了生物的各种遗传信息,其结构和功能对生物的生长、发育、适应环境和相互作用等方面都有影响。
基因组学研究是关于整个基因组的分析、注释和解读。
包括对基因组间的相互作用、序列、结构和功能的研究。
可以发现遗传物质可能存在的突变和变异,并且可以对个体、种群和物种发生的模式进行研究。
由于基因组的巨大、复杂和多样性,研究需要综合各种学科和技术手段。
目前,基因组学的研究内容包括:基因组序列分析、基因组结构与功能、基因组跨物种比较、基因组变异和多样性等。
比较基因组学是一门交叉学科,它主要研究不同生物间的遗传信息相似和差异。
通过比较基因组,可以研究物种间的进化和生物多样性,也可以发现表观遗传变化,对整个生物进化和遗传变化有很大意义。
在基因组和比较基因组学研究领域,研究者们使用各种不同的技术相互协作,进而取得了一系列重要的成果。
比如,通过测序和分析基因组序列,人们获得了人类基因组图谱,这个项目花费了耗时13年和30亿美元。
其中发现了主要基因、单核苷酸多态性、复杂性状等各种高度重要的分子信息。
这一重要的里程碑标志着人类基因组学的开端,不仅揭示了人类生命的基本规律,而且在生物医学科学、个体化医疗、生殖和疾病治疗等方面做出了重要的贡献。
同时,比较基因组学的研究也为揭示生物进化的分子机制提供了重要证据。
例如,通过比较基因组序列,可以发现不同物种间的基因表达差异,这有助于我们了解生物在演化过程中的适应能力和发展方向。
此外,基因组和比较基因组学的研究也为生物多样性和物种间相互作用的研究提供了重要的支持。
例如,基因组学的研究可以帮助我们了解生物种类、物种归属、种群结构和基因维持机制等。
同时,比较基因组学的研究可以发现不同物种间的遗传变异和性状差异,为我们了解物种间的相互作用模式提供了重要的依据。
基因组学与比较基因组学
《分子生物学精要》基因组与比较基因组学教学目的掌握基因组学与比较基因组学的相关知识,了解人类基因组计划。
学习指导本章首先介绍了基因组学的概念和分类,分为功能基因组学和结构基因组学。
后介绍了比较基因组学的相关研究。
最后介绍了人类基因组计划的内容。
重点掌握基因组学与比较基因组学的概念,人类基因组计划的过程进展,基因测序的主要方法。
基本概念基因组(genome)指导一个生物物种的结构和功能的所有遗传信息的总和,包括全部的基因和调控元件等核酸分子。
基因组学(genomics)从整体水平上来研究一个物种的基因组的结构、功能及调控的一门科学。
基因组学可分为结构基因组学和功能基因组学两大部分。
结构基因组学(structural genomics)通过基因作图、核苷酸序列分析确定基因组成、基因定位的科学。
功能基因组学(functional genomics)利用结构基因组学所提供的生物信息和材料,全基因组或全系统地理解某种生物的遗传体系,即阐明DNA序列的功能。
基因打靶(gene targeting),这种技术是通过基因工程的方法将一个结构已知但功能未知的基因去除,或用其他序列相近的基因取代(又称基因敲入),然后从整体观察实验动物,从而推测相应基因的功能。
比较基因组学(Comparative Genomics)是基于基因组图谱和测序基础上,对已知的基因和基因组结构进行比较,来了解基因的功能、表达机理和物种进化的学科。
人类基因组计划(human genome project ,HGP)于20世纪80年代提出的,由国际合作组织包括有美、英、日、中、德、法等国参加进行了人体基因作图,测定人体23对染色体由3×109核苷酸组成的全部DNA序列,于2000年完成了人类基因组“工作框架图”。
2001年公布了人类基因组图谱及初步分析结果。
其研究内容还包括创建计算机分析管理系统,检验相关的伦理、法律及社会问题,进而通过转录物组学和蛋白质组学等相关技术对基因表达谱、基因突变进行分析,可获得与疾病相关基因的信息。
比较基因组学
生物其中一个特征是进化,比较基因组学同样以进化理论作为理论基石,同时其研究结果又前所未有地丰富 和发展了进化理论。当在两种以上的基因组间进行序列比较时,实质上就得到了序列在系统发生树中的进化关系。 基因组信息的增多使得在基因组水平上研究分子进化、基因功能成为可能。通过对多种生物基因组数据及其垂直 进化、水平演化过程进行研究,就可以对与生命至关重要的基因的结构及其调控作用有所了解。
方法及思路
模式生物基因组研究揭示了人类疾病基因的功能,利用基因顺序上的同源性克隆人类疾病基因,利用模式生 物实验系统上的优越性,在人类基因组研究中的应用比较作图分析复杂性状,加深对基因组结构的认识。
“一个物种的不同器官之间的差异要比与另一物种的同一器官之间的差异大的多。” 相似性 (similarity) 同源性 (homology) 直系同源 (orthology) 旁系同源 (paralogy) 直系同源与旁系同源 直系同源的序列因物种形成(speciation)而被区分开(separated):若一个基因原先存在于某个物种, 而该物种分化为了两个物种,那么新物种中的基因是直系同源的; 旁系同源的序列因基因复制(gene duplication)而被区分开(separated):若生物体中的某个基因被复 制了,那么两个副本序列就是旁系同源的。
种内比较
同种群体内基因组存在大量的变异和多态性,正是这种基因组序列的差异构成了不同个体与群体对疾病的易感 性和对药物与环境因子不同反应的遗传学基础。
单核苷酸多态性
单核苷酸多态性(single-nucleotide polymorphism,SNP)是指在基因组水平上由于单个核苷酸位置上存 在转换或颠换等变异所引起的DNA序列多态性。根据SNP在基因中的位置,可分为基因编码区SNP(coding-region SNP,cSNP)、基因周边SNP(perigenic SNP,pSNP)以及基因间SNP(intergenic SNP,iSNP)等3类。2005年2月 17日公布的第一份人类基因多态性图谱是依据基因“连锁不平衡原理”,利用基因芯片在71个欧洲裔美国人(白 色人种)、非洲裔美国人(黑色人种)和汉族华裔美国人(黄色人种)中鉴别出了158万个单一核苷酸变异的DNA位点, 这个图谱将有助于预测某些疾病发生的可能性以及施以最佳治疗方案,在实现基于基因的个体化医疗目标的征途 上走出了重要的一步。
基因组与基因组学
基因组与基因组学基因组及其研究是生物学领域中一个重要的课题,通过对基因组的分析和研究,科学家们可以更好地理解生物的遗传性质和进化过程。
基因组学是研究基因组的学科,涉及到DNA序列、基因的功能以及基因在生物体内的相互作用等方面。
本文将介绍基因组和基因组学的基本概念、意义以及研究方法。
一、基因组的概念和组成基因组指的是一个生物体的全部遗传信息的总和,是由DNA分子组成的。
DNA是脱氧核糖核酸的简称,是生物体内存储遗传信息的重要分子。
DNA由核苷酸序列组成,分为腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T)、鸟嘌呤(G)、胞嘧啶(C)四种碱基。
基因组中的基因是DNA分子上具有特定功能的片段,可以编码蛋白质,控制生物体的形态和机能。
二、基因组学的意义1. 了解生物的遗传性质:通过对基因组的研究,我们可以了解不同生物之间的遗传差异,揭示基因对生物性状和行为的影响。
2. 探索进化的历程:基因组学使得研究者可以比较不同物种的基因组,从而推断它们的共同祖先以及进化过程中的遗传变化。
3. 解析复杂疾病的机制:基因组学的发展为研究复杂疾病的发病机制提供了新的方法,帮助科学家们找到与疾病发生相关的基因变异。
三、基因组学的研究方法1. 基因测序技术:随着高通量测序技术的发展,基因组学研究已经进入了全基因组测序时代。
通过测序技术,我们可以快速获得生物体基因组的序列信息,并进行进一步的分析和研究。
2. 基因组比较分析:通过比较不同生物基因组的差异,可以揭示基因间的共享和特异性,进而推断基因功能的演化以及物种间的进化关系。
3. 基因组功能注释:基因组学的一个重要任务是解析基因的功能。
通过生物信息学方法,科学家们可以预测基因的编码蛋白质功能,找到基因与疾病之间的关联。
基因组学作为一个新兴学科,为我们揭示了生物界的奥秘,对于生命科学的研究具有重要的意义。
通过对基因组的研究,我们可以在生物进化、疾病研究以及农作物改良等方面取得巨大的突破。
随着技术的不断进步,基因组学必将在未来发展中发挥更为重要的作用,并为我们带来更多的科学发现和进步。
基因组与比较基因组学
❖ Sanger 的双脱氧链终止法
基本必须的预 备工作。酵母人 工染色体技术( YAC)为创制基 因组物理图提供 了极大的方便。 ARS序列(Ori ),CEN序列, TEL序列。
❖YAC的主要缺点:
1)存在高比例的嵌合体,即一个YAC克隆 含有两个本来不相连的独立片段; 2)部分克隆子不稳定,在转代培养中可能 会发生缺失或重排; 3)难与酵母染色体区分开,因为YAC与酵 母染色体具有相似的结构。 4)操作时容易发生染色体机械切割。
❖ Maxam-Gilbert化学修饰法: 1)基本原理:用化学试剂处理具有末端放射性标记的 DNA片段,造成碱基的特异性切割并产生一组具有不同长 度的DNA链降解产物,经凝胶电泳分离和放射自显影后, 可直接读出待测DNA片段的核苷酸序列。 2)基本步骤:(1)同位素标记DNA片段的5’端;(2) 在特殊位置上通过化学反应随机打断DNA链G,A(some G),T(some C),C;(3)形成大小不一的DNA链;(4 )电泳分离DNA链;(5)根据同位素标记自显影后读出 序列。 3)优点:不存在因DNA序列或结构引起DNA合成问题, 能测定用酶学方法不能正常测序的DNA序列。 4)缺点:需使用剧毒化学试剂。
11 基因组与比较基因组学
11.1 高通量DNA序列分析技术 11.2 人类基因组计划 11.3 其他基因组 11.4 比较基因组学及相关研究
❖20世纪人类科技发展史上的三大创举: 1940年代第一颗原子弹爆炸; 1960年代人类首次登上月球; 1990年代提出并1)使用荧光标记的dNTP;2)毛细管电泳;3)激光检 测读序。 PCR用于制备测序反应:1)测序反应实质就是DNA扩增 ,因而可以用PCR进行测序反应。 2)与典型PCR反应的不同:(1)只用一个引物;(2) 需用测序级的DNA聚合酶;(3)DNA模板量高,一般 0.5-1.0mg;(3)循环次数多,一般35-40个循环;(4 )产物需纯化干燥。 实际工作中如要进行DNA测序,需要准备什么? 1)克隆你的目的基因或其片段; 2)鉴定你所得到的含目的基因或片段的重组质粒; 3)将含重组质粒的细菌或质粒送测序公司; 4)等结果。
基因及基因组学
一、基因组学概况 二、人类基因组计划 三、遗传的分子基础 四、基因组序列复杂性 五、基因与基因家族 六、人类基因组
1. 掌握基因组及基因组 学的基本概念;
2. 掌握基因组学分支学 科的定义以及主要研 究内容;
一、基因组学概况
(一)基因组学基本概念
(二)基因组学分支 (三)基因组学的意义
癌肿基因 组解剖学 计划帮助 科学家们 更好地了 解癌生物 学: 1. 同一种 组织或器 官有非常 相似的基 因表达谱。
2. 有 些基因 只在某 一特定 的组织 中表达。
3. 在癌 细胞内, 一些基 因被破 坏或表 达被关 闭,或 新的基 因被表 达。
4. 在 细胞癌 变过程 中,基 因表达 的改变 是一个 渐变的 过程。
•癌肿基 因组解剖 学计划通 过测量 mRNA水 平来比较 正常组织 与癌变组 织的表达 谱。 •第一步 骤 分离 mRNA。
第二步骤 将mRNA 转变为 cDNA。
第三步骤 创建 cDNA文 库。 科学家们 将每一个 cDNA都 装入一个 质粒,并 导入一个 E.coli 细 胞内。
第四步骤 分离单个 cDNA。
通过这 种方法, 可以检 测到哪 些基因 在患者 前列腺 细胞内 得到表 达。因 此可作 出快速 准确的 诊断。
科学家们通 过基因芯片 的研究发现, 表面看起来 是一种类型 的淋巴瘤在 分子水平实 际上可分为 两种亚型。 传统的疗法 只对一种亚 型有效,而 对另一种亚 型则效果有 限。
癌肿基因组 解剖学计划 帮助全世界 的科学家们 更好地发现 新的基因以 及进行基因 分析。科学 上的进展又 可帮助临床 学家开发疾 病诊断及治 疗的新方法。 将更进一步 地造福人类。
基因组学与比较基因组分析
基因组学与比较基因组分析基因组学是研究生物体基因组结构、功能和演化的学科。
随着高通量测序技术的发展,我们能够更好地解读基因组的信息,深入了解生物的遗传特征和演化历程。
比较基因组分析则是基于基因组学的基础上,通过比较不同物种的基因组,寻找相似性和差异性,从而研究物种间的遗传关系和进化规律。
一、基因组学基因组学研究的核心是对生物体的基因组进行全面而深入的分析。
基因组是一个生物体的全部遗传信息的集合,包括DNA序列以及其他调控元件。
通过对基因组的研究,我们可以揭示生物体的遗传特征和表达规律。
在研究中,我们通常会采用以下几个步骤:1. 基因组测序:利用高通量测序技术,对生物体的基因组进行测序,获得其DNA序列信息。
2. 基因注释:根据测序结果,对基因组中的基因进行注释,确定其编码的蛋白质和RNA分子。
3. 功能分析:通过研究基因的结构和功能,揭示基因在生物体中的作用和调控机制。
4. 基因组数据管理:建立数据库和工具,对基因组数据进行整理、存储和共享,方便后续的研究和应用。
二、比较基因组分析比较基因组分析是基因组学研究的重要分支,主要通过比较不同物种的基因组,揭示其间的相似性和差异性。
这种比较有助于我们了解不同物种间的遗传关系、进化历程和功能发展。
在比较基因组分析中,我们常用的方法包括以下几种:1. 多序列比对:将多个物种的基因组序列进行比对,找出其共有的段落和变异的位点,以寻找它们之间的相似性和差异性。
2. 同源基因鉴定:通过比对不同物种的基因组,找出其中具有相似序列和保守结构的基因,以确定它们的功能和起源。
3. 进化树构建:基于比较基因组的结果,构建物种间的进化树,揭示它们的进化关系和演化历程。
4. 功能分析:通过比较基因组,预测和鉴定基因的功能,推断基因在不同物种中的表达和调控差异。
比较基因组分析的应用相当广泛。
除了对物种进化关系的研究外,它还可以应用于以下几个方面:1. 基因家族鉴定:通过比较基因组中的同源基因,鉴定出基因家族,研究其功能和进化机制。
第十章基因组与比较基因组学
22
➢第三代DNA遗传标记,可能也是最好的遗传标记,是 分散于基因组中的单个碱基的差异。这种差异包括单 个碱基的缺失和插入,但更常见的是单个核苷酸的替 换,即单核苷酸的多态性(SNP,single nucleotide polymorphism)。
酵母遗传分析中最常用的生物化需加入腺苷酸
CAN1 对刀豆氨酸有抗性
CUP1 对铜离子有抗性
CYH1 对环己酰亚胺有抗性
LEU2 培养基中需加入亮氨酸
SUC2 能进行蔗糖发酵
筛选方法 只能在加入腺苷酸的培养基上生长 能在含有刀豆氨酸的培养基上生长 能在含有铜离子的培养基上生长 能在含有环己酰亚胺的培养基上生长 只能在加入亮氨酸的培养基上生长 能在以蔗糖作为唯一碳源的培养基上生长
4
1990年10月 被誉为生命科学“阿波罗登月计划”的国际人类基因组
计划启动。
1998年 一批科学家在美国罗克威尔(Rockville)组建塞莱拉遗传公
司,与国际人类基因组计划展开竞争。
1998年12月 一种小线虫完整基因组序列的测定工作宣告完成,这是
科学家第一次绘出多细胞动物的基因组图谱。
1999年9月 中国获准加入人类基因组计划,负责测定人类基因组全
当在某一家庭中,观察到了指甲髌骨综合征与A型 血相伴遗传时,科学家就认为,这种病的致病基因NP与 IA基因相连锁,也位于9q34区段。进一步的观察发现, 这个家庭的后代中,有1/10为A型血而无指甲髌骨综合 征,这表明基因IA和NP发生了交换,交换率(重组率) 为1/10。这时就可说,基因IA和NP相距较近,连锁图上 的距离为10厘摩(重组率1%即为1厘摩)。
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基因组与比较基因组学.
11、用道德的示范来造就一个人,显然比用法律来约束他更有价值。—— 希腊
12、法Байду номын сангаас是无私的,对谁都一视同仁。在每件事上,她都不徇私情。—— 托马斯
13、公正的法律限制不了好的自由,因为好人不会去做法律不允许的事 情。——弗劳德
14、法律是为了保护无辜而制定的。——爱略特 15、像房子一样,法律和法律都是相互依存的。——伯克
61、奢侈是舒适的,否则就不是奢侈 。——CocoCha nel 62、少而好学,如日出之阳;壮而好学 ,如日 中之光 ;志而 好学, 如炳烛 之光。 ——刘 向 63、三军可夺帅也,匹夫不可夺志也。 ——孔 丘 64、人生就是学校。在那里,与其说好 的教师 是幸福 ,不如 说好的 教师是 不幸。 ——海 贝尔 65、接受挑战,就可以享受胜利的喜悦 。——杰纳勒 尔·乔治·S·巴顿
基因组和比较基因组学
2020/4/23
2000.6. 完成并公布人类基因组工作框 架图( 90%)。
2020/4/23
二000年六月二十六日克林顿宣布 人类基因组草图绘制完成
2020/4/23
美国国家人类基因组研究所所长弗朗西斯·柯林 斯在介绍情况。
2020/4/23
人类基因组草图基本信息
人类基因组 人类蛋白质
一、人类基因组计划的启动
1986年,诺贝尔奖获得者R.Dulbecco(杜尔贝 科)提出人类基因组计划——测出人类全套基因组 的 DNA 碱基序列( 3 × 109 bp )。
2020/4/23
1975年,获诺贝尔生理医学奖
2020/4/23
2020/4/23
美国政府决定于 1990年正式启动HGP,预计 用 15 年时间,投入 30 亿美元,完成 HGP。
(4)研究空间结构对基因调节的作用。有些基因的 表达调控序列与被调节基因从直线距离上看,似乎 相距甚远,但若从整个染色体的空间结构上看则恰 恰处于最佳的调节位置,因此,有必要从三维空间 的角度来研究真核基因的表达调控规律。
2020/4/23
(5)发现与DNA复制、重组等有关的序列。DNA的 忠实复制保障了遗传的稳定性,正常的重组提供 了变异与进化的分子基础。局部DNA的推迟复制 、异常重组等现象则导致疾病或者胚胎不能正常 发育,因此,了解与人类DNA正常复制和重组有 关的序列及其变化,将对研究人类基因组的遗传 与进化提供重要的结构上的依据。
2020/4/23
(6)研究DNA突变、重排和染色体断裂等,了解疾病的 分子机制,包括遗传性疾病、易感性疾病、放射性疾 病甚至感染性疾病引发的分子病理学改变及其进程, 为这些疾病的诊断、预防和治疗提供理论依据。
基因组学课件比较基因组学
模式生物比较基因组研究特点
同线( synteny) 连锁的同源基因在不同物种基因组中有 相同连锁关系。
生物体的复杂性一般表现在“生物学”的复杂性,与
基因组的C 值大小及基因数量未必一定呈线性关系。
人类染色体组型
上图显示的是经姬母萨染色后的G带模式图, 染色体号在染色体结构下面标注,带号在左边 。
人类基因组基因的三条推测依据
1. 根据已测定大片段DNA中ORF的比例; 2. CpG island的个数(56%的已知基因5'都与CpG相连,而人基因组 中有45000个Islands) 3. ESTs 已经报道的是第22染色体和第21染色体。第21染色体全长33.65 Mb ,长臂上有33.546Mb,仍有7个缺口,长约3kb,99.7%。
果蝇基因组
果蝇基因组全长180mb,2/3是 euchromatin, 1/3是heterochromatin;Blast Search确定有 14113个转录产物(功能基因)。 Science, 287:2185-2195 (2000)
比较基因组学定义
利用不同物种基因组之间功能区域顺序 上、组织结构上的同源性
避免大量重复序列的干扰,减少染色体步移 的次数
基因岛和基因协同进化
基因岛:区段基因密度远远高于全基因
组的平均密度。sh2与A1两个基因在玉
米中的距离大约是水稻或高粱中的7倍
基因岛中的基因群通常具有功能上的相关性
协同丢失和协同进化
直系同源集簇
由1个共同的祖先基因衍生的1组基因, 包括不同基因组中执行同一生物学功能 的种间同源物,也包括同一基因组中因 基因加倍产生的种内同源物(平行基因 )
基因组与比较基因组学中文31页PPT
31、只有永远躺在泥坑里的人,才不会再掉进坑里。——黑格尔 32、希望的灯一旦熄灭,生活刹那间变成了一片黑暗。——普列姆昌德 33、希望是人生的乳母。——科策布 34、形成天才的决定因素应该是勤奋。——郭沫若 35、学到很多东西的诀窍,就是一下子不要学很多。——洛克
基因组与比较基因组学中文
11、获得的成功越大,就越令人高兴 。野心 是使人 勤奋的 原因, 节制使 人枯萎 。 12、不问收获,只问耕耘。如同种树 ,先有 根茎, 再有枝 叶,尔 后花实 ,好好 劳动, 不要想 太多, 那样只 会使人 胆孝懒 惰,因 为不实 践,甚 至不接 触社会 ,难道 你是野 人。(名 言网) 13、不怕,不悔(虽然只有四个字,但 常看常 新。 14、我在心里默默地为每一个人祝福 。我爱 自己, 我用清 洁与节 制来珍 惜我的 身体, 我用智 慧和知 识充实 我的头 脑。 15、这世上的一切都借希望而完成。 农夫不 会播下 一粒玉 米,如 果他不 曾希望 它长成 种籽; 单身汉 不会娶 妻,如 果他不 曾希望 有小孩 ;商人 或手艺 人不会 工作, 如果他 不曾希 望因此 而有收 益。-- 马钉路 德。
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1990年10月 被誉为生命科学“阿波罗登月计划”的国际人类基因组
计划启动。
1998年 一批科学家在美国罗克威尔(Rockville)组建塞莱拉遗传公
司,与国际人类基因组计划展开竞争。
1998年12月 一种小线虫完整基因组序列的测定工作宣告完成,这是
科学家第一次绘出多细胞动物的基因组图谱。
1999年9月 中国获准加入人类基因组计划,负责测定人类基因组全
事实上,对人类自身更深入的了解是人类活动最重要 的组成部分,因为任何自然科学研究,都没有比人类尽快 找出解决自身所面临的人口膨胀、粮食短缺、环境污染、 疾病危害、能源资源匮乏、生态平衡破坏、生物物种消亡 等一系列难题更为重要、更为迫切。
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基因及基因组研究大事记:
1860至1870年 奥地利科学家孟德尔根据豌豆杂交实验提出遗传因子 概念,并总结出孟德尔遗传定律。 1909年 丹麦植物学家和遗传学家约翰逊首次提出“基因”这一名词, 用以表达孟德尔的遗传因子概念。 1944年 3位美国科学家分离出细菌的DNA(脱氧核糖核酸),并发现 DNA是携带生命遗传物质的分子。 1953年 美国人沃森(Watson)和英国人克里克(Crick)通过实验提 出了DNA分子的双螺旋模型。 1969年 科学家成功分离了第一个基因。
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(4)研究空间结构对基因调节的作用。有些基因的表达调 控序列与被调节基因从直线距离上看,似乎相距甚远,但若 从整个染色体的空间结构上看则恰恰处于最佳的调节位置, 因此,有必要从三维空间的角度来研究真核基因的表达调控 规律。 (5)发现与DNA复制、重组等有关的序列。DNA的忠实复 制保障了遗传的稳定性,正常的重组提供了变异与进化的分 子基础。局部DNA的推迟复制、异常重组等现象则导致疾 病或者胚胎不能正常发育,因此,了解与人类DNA正常复 制和重组有关的序列及其变化,将对研究人类基因组的遗传 与进化提供重要的结构上的依据。
部序列的1%。中国是继美、英、日、德、法之后第6个国际人类基
因组计划参与过,也是参与这一计划的唯一发展中国家。
1999年12月1日 国际人类基因组计划联合研究小组宣告,完整破译
出人体第22对染色体的遗传密码,这是人类首次成功地完成人体染
色体完整基因序列的测定。
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2000年4月6日 美国塞莱拉公司宣布破译出一名实验者的完整密码, 但遭到不少科学家的质疑。 2000年4月底 中国科学家按照国际人类基因组计划的部署,完成了 1%人类基因组的工作框架图。 2000年5月8日 德、日等国科学家宣布,已基本完成了人体第21对染 色体的测序工作。 2000年6月26日 科学家公布人类基因组工作草图,标志着人类在解 读自身“生命之书”的路上迈出了重要一步。 2000年12月14日 美英等国科学家宣布绘出拟南芥基因组的完整图谱。 这是人类首次全部破译出一种植物的基因序列。 2001年2月12日 中、美、日、德、法、英6国科学家和美国塞莱拉公 司联合公布人类基因组图谱及初步分析结果。 科学家首次公布人类 基因组草图“基本信息”。
各种遗传病的发生,都源于基因的突变。突变是 基因在分子结构上的改变,这种DNA分子结构的改变 会导致基因功能的异常,从而导致遗传病。例如人类2 号染色体长臂某段DNA分子的改变,就会导致并指畸 形的产生。至于一些复杂的疾病,如高血Байду номын сангаас、冠心病 、糖尿病、癌等,则可能涉及多个基因的突变。
一、人类基因组计划的科学意义
(1)确定人类基因组中约5万个编码基因的序列及其在 基因组中的物理位置,研究基因的产物及其功能。 (2)了解转录和剪接调控元件的结构与位置,从整个基 因组结构的宏观水平上理解基因转录与转录后调节。 (3)从整体上了解染色体结构,包括各种重复序列以及 非转录“框架序列”的大小和组织,了解各种不同序列在 形成染色体结构、DNA复制、基因转录及表达调控中的 影响与作用。
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(6)研究DNA突变、重排和染色体断裂等,了解疾病的 分子机制,包括遗传性疾病、易感性疾病、放射性疾病甚 至感染性疾病引发的分子病理学改变及其进程,为这些疾 病的诊断、预防和治疗提供理论依据。 (7)确定人类基因组中转座子、逆转座子和病毒残余序列, 研究其周围序列的性质。了解有关病毒基因组侵染人类基 因组后的影响,可能指导人类有效地利用病毒载体进行基 因治疗。 (8)研究染色体和个体之间的多态性。这些知识可被广泛 用于基因诊断、个体识别、亲子鉴定、组织配型、发育进 化等许多医疗、司法和人类学的研究。此外,这些遗传信 息还有助于研究人类历史进程、人类在地球上的分布与迁 移以及人类与其他物种之间的比较。
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❖ 一、人类基因组计划的科学意义 ❖ 二、遗传图的绘制 ❖ 三、物理图(Physical Map) ❖ 四、转录图(Expression Profiling) ❖ 五、人类基因组的序列图(Human Genome
Sequence)
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基因控制着细胞中的蛋白质合成,控制着生物的各种 遗传性状。基因组是生物体内遗传信息的集合,是某个特 定物种细胞内全部DNA分子的总和。人体是一个多细胞体 系,每个细胞中都包含46条两两配对的染色体,每23条染 色体构成一个染色体组。大约有30亿对核苷酸,编码了5-6 万个基因,人类基因组中携带了有关人类个体生长发育、 生老病死的全部遗传信息。从整体上看,不同人类个体的 基因是相同的,因此,我们说“人类只有一个基因组”, 人生来是平等的。当然,不同的人可能拥有不同的等位基 因,这一点决定了人与人之间个体上的差异。
(Human Genome Project,HGP)
DNA 双螺旋结构的发现者之一、美国国家卫生研究院 (NIH)人类基因组研究所第一任所长J.D.Watson 1990年 在《Science》上撰文指出,与人类登月计划相比,HGP的 资金投入少,但它对人类生活的影响却可能更深远。
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随着这个计划的完成,DNA分子中储藏的有关人类生 存和繁衍的全部遗传信息将被破译,它将不仅帮助我们理 解人类如何作为健康人发挥正常生理功能,还将最终揭开 基因在癌症、早老性痴呆症、精神分裂症等严重危害人类 健康的疾病中的作用。
第十章 基因组与比较基因组学
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目录
❖ 第一节 人 类 基 因 组计划 ❖ 第二节 DNA的鸟枪法序列分析技术 ❖ 第三节 比较基因组学(Comparative
genomics)及功能基因组学研究
20世纪人类科技发展史上的三大创举
❖ 1940年代第一颗原子弹爆炸; ❖ 1960年代人类首次登上月球; ❖ 1990年代提出并基本完成的人类基因组计划