数据挖掘基因注释

蛋白质基因组学： 运用蛋白质组技术注释基因组
基因组注释是在基因组上确定基因及其他元件的位置和 结构，并赋予这些基因和元件生物功能的过程． 随着高通量DNA 测序技术的飞速发展，越来越多的物种 完成了基因组测序．定位编码基因、确定编码基因结构 是基因组注释的基本任务。 基因组的注释分为三个层次：核酸层注释，蛋白质层注 释，代谢层注释． 利用蛋白质组学数据， 结合基因组数据(DNA)、转录组 数据(RNA)来研究基因组注释问题，被称为蛋白质基因 组学．
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质谱&串联质谱
基于串联质谱技术的蛋白质组学在2008 年仍然被看作是 少数派的做法，但随着质谱技术的发展，越来越多的基 因组注释研究开始采用核酸数据与蛋白质组学数据相结 合的方法．
串联质谱技术已经逐渐成为大规模研究蛋白质组学的常 用方法，发展相对成熟，该技术称为鸟枪法蛋白质组学。 鸟枪法是将目的DNA随机地处理成大小不同的片段，再 将这些片段的序列连接起来的测序方法。
蛋白质基因组学对基因组的注释可分为三个注释过程：编码 基因的注释，编码基因结构的注释和翻译后处理的注释。 编码基因及其结构的注释属核酸层注释范畴，而翻译后处理 的注释属蛋白质层注释范畴．
编码基因的注释 编码基因注释的目的，是要在基因组上获得所有表达(编码)基因的列 表．验证基因预测算法从核酸序列数据中预测得到的编码基因是否有正 确表达的蛋白质产物，以及发现基因从头预测算法遗漏的编码基因，是 蛋白质基因组学在编码基因注释方面的主要任务． 编码基因结构的注释 获得了编码基因列表后，就需要对基因的精确结构进行研究．对原核生 物来说，编码基因的起始和终止位点注释是否准确，或者对真核生物来 讲，外显子、内含子边界注释是否准确，有多少可变剪接体表达成蛋白 质等，是编码基因结构注释要解决的主要问题． 翻译后处理的注释 广义的基因组注释包括蛋白质功能和结构注释，尽管目前蛋白质基因组 学研究主要集中在核酸层，即编码基因注释和基因结构注释，一些在蛋 白质组学层面特有的现象，如翻译后修饰、信号肽，对蛋白质功能研究 非常重要，近年来有研究逐渐拓展到翻译后处理的注释．
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