生物信息学课程论文作业题目分配表

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生物信息学课后习题

绪论1、生物信息学的概念及其组成部分生物信息学（Bioinformatics）：是一门交叉学科，包含了生物信息的获取、处理、储存、分析、解释和应用在内的所有方面，它综合运用了生物学、计算机科学和数学等多方面的知识和方法，来阐述和理解大量生物学数据所包含的生物学意义，并应用于解决生命科学研究和生物技术相关产业中的各种问题。

生物信息学的三个组成部分:①建立可以存放和管理大量生物信息学数据的数据库②研究开发可用于有效分析与挖掘生物学数据的方法、算法和软件工具③使用这些工具去分析和解释不同类型的生物学数据2、生物信息学的主要研究领域①生物数据的建立与搜索②序列比较与相似性搜索③基因组结构注释④蛋白质结构与功能的预测⑤基因组数据分析⑥比较基因组合系统发生遗传学分析⑦功能基因组和蛋白质组学数据分析⑧信号传导、代谢和基因调节途径的构建与描述3、初级数据库二级数据库的概念说出几个数据并说明包含什么数据一级数据库（primary database）：数据直接来源于实验获得原始数据，只经过简单的归类、整理和注释。

例如GenBank、EMBL、DDBJ、SWISSPORT、PDB二级数据库（secondary database）：在一级数据库、实验数据和理解分析的基础上针对特定的目标衍生而来，是对生物学知识和信息的进一步整理。

例如human genome databases GDB转录因子数据库等4、简述核酸序列的测序①DNA测序一般原理DNA测序一般采用全自动的荧光标记链终止反应完成，该法利用了DNA聚合酶能从脱氧核糖核苷酸（dNTP）延伸但不能从双脱氧核糖核苷酸（ddNTP）延伸的特性，通过加入限量的荧光标记过的双脱氧核苷酸来产生有特定终止碱基的嵌套DNA片段，然后通过聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）分离并通过扫描仪读取序列（300-800bp）②基因组测序策略—分而治之---shortgun因为测序反应每次只能测300-800bp故先将基因组分割成一定大小的片段，然后对这些片段分别测序，测完后再将这些片段拼接起来—鸟枪法（shortgun）③一次性测序例如：表达序列标签（EST）是其中的代表，它对随机挑选的cDNA克隆进行两端一次测序得到300-500bp的片段，代表cDNA的一部分。

生物信息学习题集

生物信息学课堂操作练习一、生物信息学科的发展和研究内容通过下列internet上的自教课程，初步了解不同的数据库和分析工具/2can/Education二、生物数据库1. 熟悉各种数据库。

2. 重点了解GenBank和SWISS-PROT所包含的各种功能和适用范围。

三、关键词或词组为基础的数据库检索1. 熟练掌握Entrez检索体系。

2. 查找与水稻抗病基因Xa21有关的资料(1) 由多少碱基构成？编码多少个氨基酸？(2) exon和intron的位置？(3) 是否有3－D structure数据？1) 由多少碱基构成？编码多少个氨基酸?4623b.p., 1025A.a.;2) exon和intron的位置?Exon: 24~2700,3543~3943 intron: remaining;3) 是否有3－D structure数据?没有.3. 查找C. elegans基因组的资料。

(1) chromosome I的测序是否已完成？(2) 已知的chromosome I的序列有多少碱基？序列发表在哪份杂志上？期号和页码？1) chromosome I的测序是否已完成?完成.2) 已知的chromosome I的序列有多少碱基? 序列发表在哪份杂志上? 期号和页码? 15.0724Mb.p.(15072421b.p.), Science 1999 Jan 1;283(5398):35.4. 查看人类基因组第1染色体上基因的分布。

/mapview/maps.cgi?ORG=hum&MAPS=ideogr,est,loc&LINKS= ON&VERBOSE=ON&CHR=15. 查看Arabidopsis的系谱树，以及Arabidopsis第1染色体上的序列。

比较Arabidopsis基因组的资料提供形式与人类基因组有什么不同(/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=3701,/mapview/maps.cgi?taxid=3702&chr=1)貌似没什么区别……比较Arabidopsis基因组的资料提供形式与人类基因组有什么不同。

高中生物论文题目

高中生物论文题目篇一：生物科学毕业论文选题毕业论文（设计）题目学院学院专业学生姓名学号年级级指导教师教务处制表二〇一三年三月二十日生物科学毕业论文选题本团队专业从事论文写作与论文发表服务，擅长案例分析、仿真编程、数据统计、图表绘制以及相关理论分析等。

生物科学毕业论文选题：现代生物技术的伦理问题探析动态P系统及其在自组织网络中的应用两类模糊回归模型的改进与应用研究社会科学中的自组织问题研究遗传资源获取与惠益分享若干法律问题研究烟台市乡镇初级中学生物实验教学现状的调查与分析初中生物学愉快教学法的实践研究石墨烯/纳米粒子复合物的制备及电化学发光分析中学生物学研究性学习与教师教学观念的转变初中食品与健康生物校本课程开发的实践研究基于可撤除掌纹特征的远程身份认证方案研究与设计河南省普通本科高校校园足球竞赛开展状况调查研究电场诱导水溶液发光现象的研究及在DNA传感分析中的应用合金及磁性纳米复合粒子在SPR传感器中的应用初中生物教学中培育学生科学探究能力的教学策略的研究基于碳纳米管壳聚糖修饰电极的研究和应用生物信息学若干问题研究报告科学方法教育在初中生物教学中的实践研究累加阶层线性模型的研究及应用CdSe/ZnS量子点的斑马鱼体内发育毒性研究时滞基因调控网络的稳定性分析高中生物新教材（人教版）《组成细胞的分子》的教学研究江苏新高考模式对高中生物实验教学影响的调查研究概念图在高中生物教学中的应用研究高中生物实验教学的有效性研究高中生物教学案一体化教学模式的研究与实践高中生物教学情境的创设时空融合的视觉选择注意模型及其在MPEG压缩域应用研究农村初中生物活动课的实践研究课程资源优选对中学生生物科学素养的影响高中生生物学习策略调查与教学研究高中生物教材图表：设置middot;归类middot;特点及应用实例现代教育技术与高中生物教学有效整合的模式及实践研究生物课堂教学中培养学生动手操作能力的教学策略研究基于粗糙集理论的聚类算法研究国内五个版本新课程标准高中生物教科书（选修2）比较分析氨基酸保护及肽键合成的研究高中生物教学与生产实践结合的实践研究中韩高中生物教科书解析类比推理在高中生物新课程教学中的应用研究普通高中生物课程渗透职业生涯教育初探高中生物新课程生物化学实验实施状况的调查研究高中生物教学中科学方法教育现状的调查研究基于分治法的聚类方法研究应用生物学史开展高中生物科学方法教育的研究抗真菌乳酸菌的筛选及特性研究初中生物校本电子教材《鄂托克旗珍稀植物》的研究与开发液相原子力显微镜悬臂梁动态特性与成像分析基于学案导学式视频开发的高中生物实验教学研究初中生物实验的有效教学策略研究篇二：高中生物教学论文高中生物教学论文：如何让高中生物课生动有趣摘要：生物教学是高中教学的一个重要组成部分，也是一门实验性极强的学科，但如今它却处于一个尴尬的地位，虽然生物教学是学校教育的一部分，但是在很多学生的眼中这是个“小科”，大部分学校都认为生物这门学科是一门“副科”，在教学过程中，教育工作者并没有给予该学科应有的重视。

生物命题双向细目表（文档9篇）

生物命题双向细目表（文档9篇）以下是网友分享的关于生物命题双向细目表的资料9篇，希望对您有所帮助，就爱阅读感谢您的支持。

第一篇命题时您知道如何使用命题双向细目表吗？正规考试命题，必须先制作双向细目表。

我参加过中考命题培训及实践，对制作双向细目表深有体会，通过一张试卷要体现内容太多太多，毕业、选拔、教学导向，要完成相关的技术指标：难度、效度、信度、区分度，只有通过双向细目表来规划、约束才能避免命题者的主观倾向，保证试题的质量。

看起来，双（多）向细目表离一线教师很远，它是命题组需要考虑的事，再具体一些是命题责任人需要考虑的事。

教师平时出卷时，几乎也没有人会去做一个细目表后再命题。

但深入的思考一下，命题细目标离我们又很近。

说“近”的原因之一是：用细目表的规划下命出的试卷来考察我们的学生，检测我们的劳动成果，如果我们能了解命题细目表的制作过程，那我们的教学就会更有的放矢。

其二，虽说我们出卷不做细目表，但是老师在出题的时候总有计划的，想考些什么？怎么考？考出什么水平？出卷人脑子中总有个形，所以出来的卷子才不会出格，只是没有正规出题那么细，那么严格。

研究中考细目表，是聪明的教师必做的一件事。

一位首次参加中考命题的教师说：“以后我可知道怎么教学啦”。

考题就是教学导向，可是能参加中考命题的人太少，那么研究出题细目表，领会命题人意图就尤为重要了。

什么是双（多）向细目表？简单来说，双向细目表是测验的计划书、蓝图和命题的依据。

它是以能力层次和学习内容为两个轴，分别说明各项测评目标。

建立双向细目表可以帮助命题者理清能力层次和学习内容的关系，以确保测验能反映考察的内容，并能够真正评量到预期之学习结果。

在新课程命题，会根据要求制作多项细目表。

命题者应该明确检测的目的，弄清以下几个问题：期望教师的教学效果是什么？如何监测这些教学效果？怎样反映教师的教学效果？期望学生学习成果是知识?理解?应用?思维能力?操作技能?还是态度? 中考命题要执行教育部中考命题指导意见、学科课程标准、考试说明，考虑本地教学实际等等。

生物类专业的论文题目及选题方向

生物类专业的论文题目及选题方向生物学是一门能打通很多跨界知识的学科。

相比物理学等自然科学，生物学更深刻地揭示了世界的底层规律，其思想放之四海而皆准。

下面小编给大家带来生物类专业的论文题目及选题方向，希望能帮助到大家!生物技术毕业论文选题[1]生物技术本科拔尖创新型人才培养模式的探索与实践[2]禽源HSP70、HSP40和RPL4基因的克隆和表达[3]中间锦鸡儿CiNAC038启动子的克隆及对激素响应分析[4]H9和H10亚型禽流感病毒二重RT-PCR检测方法的建立[5]单细胞测序相关技术及其在生物医学研究中的应用[6]动物细胞工程在动物生物技术中的应用[7]现代生物化工中酶工程技术研究与应用[8]GIS在生物技术方面的应用概述[9]现代生物技术中酶工程技术的研究与应用[10]两种非洲猪瘟病毒检测试剂盒获批[11]基因工程技术在生物燃料领域的应用进展[12]基于CRISPR的生物分析化学技术[13]生物信息技术在微生物研究中的应用[14]高等工科院校创新型生物科技人才培养的探索与实践[15]生物技术与信息技术的融合发展[16]生物技术启发下的信息技术革新[17]日本生物技术研究开发推进管理[18]中国基因技术领域战略规划框架与研发现状分析及建议[19]鸡细小病毒与H_9亚型禽流感病毒三重PCR检测方法的建立[20]基于化学衍生-质谱技术的生物与临床样本中核酸修饰分析[21]合成生物/技术的复杂性与相关伦理政策法规研究的科学性探析[22]合成生物学技术发展带来的机遇与挑战[23]应用型本科高校生物技术专业课程设置改革的思考[24]知识可以改变对转基因食品的态度吗?——探究科技争议下的极化态度[25]基因工程在石油微生物学中的研究进展[26]干细胞技术或能延缓人类衰老速度[27]生物技术复合应用型人才培养模式的探索与实践[28]动物转基因高效表达策略研究进展[29]合成生物学与专利微生物菌种保藏[30]加强我国战略生物资源有效保护与可持续利用[31]微生物与细胞资源的保存与发掘利用[32]颠覆性农业生物技术的负责任创新[33]生物技术推进蓝色经济——NOAA组学战略介绍[34]人工智能与生物工程的应用及展望[35]中国合成生物学发展回顾与展望[36]桓聪聪.浅谈各学科领域中生物化学的发展与应用[37]转基因成分功能核酸生物传感检测技术[38]现代化技术在农业种植中的应用研究[39]生物技术综合实验及其考核方式的改革[40]生物技术处理船舶舱底含油污水[41]校企合作以产学研为平台分析生物技术类人才培养[42]生物技术专业“三位一体”深化创新创业教育改革[43]基于环介导等温扩增技术的生物传感器研究进展[44]分子生物学技术在环境工程中的应用[45]生物有机化学课程的优化与改革[46]地方农业高校生物技术专业“生物信息学”课程的教学模式探索[47]不同育种技术在乙醇及丁醇高产菌株选育中的应用[48]探秘生命的第三种形式——我国古菌研究之回顾与展望[49]适应地方经济发展的生物技术专业应用型人才培养模式探索[50]我国科研人员实现超高密度微藻异养培养生物教学论文题目1、本地珍稀濒危植物生存现状及保护对策2、中学生物实验的教学策略3、如何上好一节生物课4、中学生生物实验能力的培养5、激活生物课堂的教学策略6、中学生物课堂教学中存在的问题及对策7、中学生物教学中的创新教育8、本地生物入侵的现状及其防控对策9、论生物多样性与生态系统稳定性的关系10、室内环境对人体健康的影响11、糖尿病研究进展研究及策略12、心血管病研究进展研究及策略13、儿童糖尿病的现状调查研究14、结合当地遗传病例调查谈谈对遗传病的认识及如何优生15、“3+X”理科综合高考试题分析16、中学生物教学中的差生转化教育17、中学生物学实验教学与学生创新能力的培养18、在当前中学学科分配体制下谈谈如何转变学生学习生物学的观念19、中学生物教学中学生科学素养的提高20、直观教学在中学生物学教学中的应用21、中学生物学实验教学的准备策略22、编制中学生物测验试题的原则与方法23、浅析生态意识的产生及其培养途径24、生物入侵的危害及防治对策25、城镇化建设对生态环境的影响26、生态旅游的可持续发展-以当地旅游区为例27、城市的生态环境问题与可持续发展28、农村的生态环境问题及其保护对策-以当地农村为例29、全球气候变化与低碳生活30、大学与高中生物学教育的内容与方法衔接的初步研究31、国内、国外高中生物教材的比较研究32、中学生物实验教学模式探索33、河北版初中生物实验教材动态分析研究“34、幼师生物学教材改进思路与建议35、中学生物学探究性学习的课堂评价体系研究及实践36、中学生物双语教材设计编写原则探索与研究37、信息技术应用于初中生物课研究性学习的教学模式构想38、生物学课堂教学中学生创新能力培养的研究与实践39、中学生物学教学中的课程创生研究初探40、信息技术与中学生物学教学的整合41、中学生物学情境教学研究42、游戏活动在高中生物学教学中的实践与思考43、合作学习在高中生物教学中的实践性研究44、尝试教学法在高中生物教学中的应用与研究45、生物科学探究模式的研究与实践46、生物课堂教学引导学生探究性学习的实践与探索47、白城市中学生物师资队伍结构现状的调查及优化对策48、结合高中生物教学开展环境教育的研究49、让人文回归初中生物教育50、课程结构的变革与高中生物新课程结构的研究51、在中学生物教学中，如何培养学生的创新能力52、在中学生物教学中如何激发学生的学习兴趣53、实验在中学生物教学中的重要性探讨54、中学生物教学现状研究55、中学生物课堂教学艺术探讨56、“生态系统”一节的教学方法探讨57、中学生物教学中的学生科学素质培养58、初中生物教学中观察能力的培养59、浅谈生物教学中的科学素质教育60、中学生物探究性教学的实践与思考生物技术本科毕业论文题目1、生物反馈技术在运动性疲劳监控中的应用研究2、微流控生物催化技术酶促合成天然产物的增效机理研究3、海洋生物污损过程的分子标记技术研究4、浮游生物多样性高效检测技术的建立及其在渤海褐潮研究中的应用5、基于QCM生物传感器技术的组氨酸标签蛋白芯片和悬浮细胞芯片的研制及其应用6、蛋白核小球藻油脂检测技术评价及光生物反应器培养的研究7、基因工程制备微藻生物柴油中两项关键技术的研究8、农业水污染治理环节中的生物技术应用问题研究9、人工构建耐热大肠杆菌的分子设计与应用10、我国合成生物技术产业发展战略及政策分析11、基于原子力显微镜的细胞生物特征识别技术研究12、利用菊粉和木薯淀粉生产高浓度山梨醇和葡萄糖酸的生物技术13、转基因生物安全评价中的非科学因素探究14、面向分子生物系统的计算技术应用研究15、大规模生物数据中的生物信息挖掘技术研究16、电化学生物传感技术用于重金属和蛋白质的检测17、电化学生物传感技术用于单碱基突变与蛋白质的检测18、基于功能核酸的生物传感技术的研究19、论我国生物技术专利保护20、纳米生物相关技术专利分析系统设计与开发21、生物技术发展困境及其人文反思22、基因发明专利制度相关问题分析23、转基因动物专利研究24、GAPDH作为原核及真核生物通用型内标蛋白的研究及相关生物技术研发25、基于生物信息与影像技术识别材料缺陷的研究26、基于金属纳米材料的光学生物传感技术用于酶活性的检测27、DNA assembler技术在顺28、晋西黄土高原生物农业发展初探29、睡眠剥夺差异表达基因的筛选及生物信息学分析30、太赫兹时域光谱技术对生物组织的初步研究31、我国农业转基因生物技术安全管理研究32、人类基因专利战略布局33、Web Services和XML技术在生物信息数据发布及整合中的应用34、面向快速成型技术高分子生物医学材料的研究35、化学修饰电极与液相色谱-电化学检测技术联用在生物分析中的应用36、小型底栖生物样品自动分离技术研究37、激光诱导荧光技术及其在生物仪器中的应用38、强电场常压离子注入方法研究39、生物信息学中的模式发现算法研究40、聚类和分类技术在生物信息学中的应用。

生物信息

网络书籍、文档和文献资源检索和应用姓名陈耿佳学号_1301214752_ 组号_G01_ 日期_2014_年_3_月_3_日1.分子月报（Molecular of the Month）：1)按功能分类，该网站的生物大分子分为哪几大类？分为以下六类：(1)Protein Synthesis(2)Enzymes(3)Health and Disease(4)Biological Energy(5)Infrastructure and Communication(6)Biotechnology and Nanotechnology2)2000年12篇月报中描述的蛋白质分子，你熟悉的有哪些？(1)Ribosomal Subunits(2)Lysozyme(3)Restriction Enzymes(4)Nucleosome(5)Cytochrome c Oxidase(6)DNA Polymerase(7)Myoglobin3)有关DNA、rRNA、tRNA的月报有哪几篇？(1)DNA(2)Designed DNA Crystal(3)Transfer RNA(4)Transfer-Messenger RNA4)该网站中和DNA复制相关的蛋白质分子有哪些？(1)DNA Helicase(2)DNA Polymerase(3)Sliding Clamps5)该网站中介绍的病毒有哪些？(1)Adenovirus(2)Bacteriophage phiX174(3)Dengue Virus(4)HIV Capsid(5)HIV Envelope Glycoprotein(6)HIV-1 Protease(7)Hemagglutinin(8)Influenza Neuraminidase(9)Integrase(10)Parvoviruses(11)Poliovirus and Rhinovirus(12)Reverse Transcriptase(13)Simian Virus 40(14)Tobacco Mosaic Virus6)该网站中你熟悉的酶分子有哪些？(1)Nitrogenase(2)DNA Polymerase(3)Glycogen Phosphorylase(4)GlcNAc Transferase(5)RNA Polymerase(6)cAMP-dependent Protein Kinase (PKA)(7)Acetylcholinesterase(8)Caspases(9)Lysozyme(10)Pepsin(11)Thrombin(12)Trypsin(13)Topoisomerases(14)Aminoacyl-tRNA Synthetases(15)DNA Ligase(16)Glutamine Synthetase(17)Ribosome7)阅读该网站关于血红蛋白的短文，说明其结合和释放氧气时不同亚基之间如何协同作用。

生物信息学作业

生物信息学作业生物信息学试题1、构建分子系统树的主要方法有哪些？并简要说明构建分子进化树的一般步骤。

（20分）答：（1）构建进化树的方法包括两种：一类是序列类似性比较，主要是基于氨基酸相对突变率矩阵（常用PAM250）计算不同序列差异性积分作为它们的差异性量度（序列进化树）；另一类在难以通过序列比较构建序列进化树的情况下，通过蛋白质结构比较包括刚体结构叠合和多结构特征比较等方法建立结构进化树(2)序列比对——选取所需序列——软件绘制具体如下：a测序获取序列或者在NCBI上搜索所需的目的序列b在NCBI上做blast：比对相似度较高的基因，并以fast格式下载，整合在*txt文档中。

c比对序列，比对序列转化成*meg格式d打开保存的*meg格式文件，构建系统进化树2、氨基酸序列打分矩阵PAM和BLOSUM中序号有什么意义？它们各自的规律是什么？（10分）（1）PAM矩阵：基于进化的点突变模型，如果两种氨基酸替换频繁，说明自然界接受这种替换，那么这对氨基酸替换得分就高。

一个PAM就是一个进化的变异单位, 即1%的氨基酸改变。

BLOSUM矩阵：首先寻找氨基酸模式，即有意义的一段氨基酸片断，分别比较相同的氨基酸模式之间氨基酸的保守性（某种氨基酸对另一种氨基酸的取代数据），然后，以所有60％保守性的氨基酸模式之间的比较数据为根据，产生BLOSUM60；以所有80％保守性的氨基酸模式之间的比较数据为根据，产生BLOSUM80。

（2）PAM用于家族内成员相比，然后把所有家族中对某种氨基酸的比较结果加和在一起，产生“取代”数据（PAM-1 ）；PAM-1自乘n次，得PAM-n。

PAM-n中，n 越小，表示氨基酸变异的可能性越小；相似的序列之间比较应该选用n值小的矩阵，不太相似的序列之间比较应该选用n 值大的矩阵。

PAM-250用于约 20%相同序列之间的比较。

BLOSUM-n中，n越小，表示氨基酸相似的可能性越小；相似的序列之间比较应该选用n 值大的矩阵，不太相似的序列之间比较应该选用n值小的矩阵。

生物信息学作业1.doc

生物信息学实验作业试验一一．找到编码拟南芥（arabidopsis）phyA（光敏色素A）基因的核酸序列编号, 并记录查找过程。

GI：224576211步骤1．进入NCBI主页2．搜索arabidopsis phyA3．Arabidopsis thaliana phytochrome A (PHYA) gene, partial cds4．VERSION：GI：224576211二．以phyA为检索词，在pubmed数据库中分别检索在题目和关键词字段中含有该检索词的文献，记录检索出的条目数目。

Results: 614三．仔细阅读所查询核酸序列在NCBI和EMBL数据库中格式的解释，理解各字段的含义，并比较NCBI 与EMBL中序列格式的异同。

实验二一．分析你感兴趣核酸序列的分子质量、碱基组成。

Composition 35 A; 25 C; 35 G; 15 T; 0 OTHERPercentage: 32% A; 23% C; 32% G; 14% T; 0%OTHERMolecular Weight (kDa): ssDNA: 34.26 dsDNA: 67.8二．列出你所分析核酸序列（或部分序列）的互补序列、反向序列、反向互补序列、DNA双链序列和RNA 序列。

R S1 ACTACTCGAG AAGCAGCGAC AGAGGCGTTA GCCCGCTCAG CAGACTGGCA GTTCTCTACC61 GACAAAAAAG AGGTAGGAGG CACAGTAATG ATACAGGCGT AGCAGGAGGGC S1 CCCTCCTGCT ACGCCTGTAT CATTACTGTG CCTCCTACCT CTTTTTTGTC GGTAGAGAAC61 TGCCAGTCTG CTGAGCGGGC TAACGCCTCT GTCGCTGCTT CTCGAGTAGTR C S1 TGATGAGCTC TTCGTCGCTG TCTCCGCAAT CGGGCGAGTC GTCTGACCGT CAAGAGATGG61 CTGTTTTTTC TCCATCCTCC GTGTCATTAC TATGTCCGCA TCGTCCTCCCD DNA S1 GGGAGGACGA TGCGGACATA GTAATGACAC GGAGGATGGA GAAAAAACAG CCATCTCTTGCCCTCCTGCT ACGCCTGTAT CATTACTGTG CCTCCTACCT CTTTTTTGTC GGTAGAGAAC61 ACGGTCAGAC GACTCGCCCG ATTGCGGAGA CAGCGACGAA GAGCTCATCATGCCAGTCTG CTGAGCGGGC TAACGCCTCT GTCGCTGCTT CTCGAGTAGTRNA S1 GGGAGGACGA UGCGGACAUA GUAAUGACAC GGAGGAUGGA GAAAAAACAG CCAUCUCUUG61 ACGGUCAGAC GACUCGCCCG AUUGCGGAGA CAGCGACGAA GAGCUCAUCA三.列出核酸序列的限制性酶切位点分析结果（酶及识别位点）。

生物信息学第四次作业

BLAST数据库相似性搜索1.以人血红蛋白beta亚基（HBB_HUMAN）为检测序列，搜索Swiss-Prot数据库中所有哺乳动物的血红蛋白，找出前10个高分匹配，列表说明搜索结果。

由结果看出，匹配度较高的大多数都是血红蛋白beta亚基，匹配度最高的当然是人血红蛋白beta亚基本身的蛋白序列，第二最相似的是西部低地大猩猩，依次为长臂猿、长尾叶猴、王疣猴、红脸蜘蛛猴、黑掌蛛猴、日本猕猴、白脸狐尾猴、棕色绒毛猴。

前10个高分匹配都是灵长目的，与人类亲缘关系最近，因而血红蛋白beta亚基相似度较高。

2.以大鼠血红蛋白alpha亚基（HBA_RAT）为检测序列，用BlastP、PSI-Blast和DELAT-Blast分别搜索RefSeq数据库中大鼠珠蛋白家族成员（注意选择适当的计分矩阵、设置适当的E值）。

BlsatP结果：PSI-Blast结果(PSI blast Iteration 2)：DELAT-Blast结果：3.以大鼠血红蛋白alpha亚基（HBA_RAT）为检测序列，用tBlastN搜索RefSeq数据库中大鼠珠蛋白基因家族mRNA序列。

参考Hardison论文和大鼠基因组数据库RGD中相关信息，下载非预测序列，提取其编码区序列，进行多序列比对，并构建系统发育树，分析结果。

将下载的序列用Mega进行比对，构建系统发育树如下图：由图可以看出，共提取了14条珠蛋白家族编码区序列。

4个beta亚基在一个分支，它们结构上比较相似；随机对比了100次，gamma A与epsilon 2这两个亚基始终在一起，说明这两个亚基极为相似，差异位点很少，而这两个亚基又与epsilon 1对比了100次有98次是在一起的，说明它们之间也很相似；这7个亚基无论对比多少次，总是在一起，说明它们的序列上有很相似的结构，使它们能够比对到一起。

alpha 1和alpha 2总是在一起，它们之间的差异位点很少，序列基本相同；三个alpha亚基始终在一起，它们与zeta的相似度较高，对比100次有75次是和zeta亚基在一起。

生物技术专业课程教学进程表.

生物技术专业课程教学进程表课程类别课程代码CourseCode课程名称Course Name学分Crs.学时Hrs.学时类型分配按学期周学时分配课内课外讲课实验实践上机课程设计1 2 3 4 5 6 7 8人文社科必修课程共11+(6) 学分F0914016思想道德修养Morals and Ethics1.5 51 27 24 1.5F0914026毛泽东思想概论Introduction of Mao ZedongThought1.5 36 27 9 1.5F0914032邓小平理论Introduction of DengXiaoping Theory2 70 36 34 2F0914046马克思主义政治经济学Marxist Political Economics1.5 40 27 9 1.5F0914052马克思主义哲学Marxist Philosophy2 54 36 18 2F0924016法律基础Fundamental of Law1.5 36 27 91.5 F5536011军事理论Theory of Military1 36 18 18 1选修课程模块共10 学分经济管理类Economics & Management4人文科学与文化素质Humanity Science andCultural Quality6公共基础必修课程共47.5+(1.5) 学分F0711014高等数学（一）Advanced Mathematics4 72 72 4F0711024高等数学（二）Advanced Mathematics4 72 72 4F0721013大学物理（一）Physics3 54 54 3F0721023大学物理（二）Physics3 54 54 3 F0725016物理实验（一）Physics Expe.1.5 27 27 1.5F0725026物理实验（二）Physics Lab.1.5 27 27 1.5 F1411014大学英语（一）English4 72 72 4F1411024大学英语（二）English4 72 72 4F1411034大学英语（三）English4 72 72 4课程代码CourseCode 课程名称Course Name学分Crs.学时Hrs.学时类型分配按学期周学时分配讲课实验实践上机课程设计1 2 3 4 5 6 7 8F2511012 达标类体育Physical Education2 36 36F0336014 计算机文化(预修) Introduction of Computer TechnologyF0336023 计算机程序设计Advanced ProgrammingLanguage1.5(1.5)54 27 27 3F1112033 无机与分析化学Inorganic and AnalyticalChemistry3 54 54 3F1115037 无机与分析化学实验Inorganic and AnalyticalChemistry Expe.2.5 45 45 2.5F1112014 有机化学Organic Chemistry4 72 72 4F1115023 有机化学实验Organic Chemistry Expe.3 54 54 3F0711037 线性代数Linear Algebra2.5 45 45 2.5选修课程模块共13.5 学分F141Z044 大学英语（四、英语能力）English4 72 72 4F2511032 专项体育Physical Education2 36 36F2511042 公共体育Physical Education1 18 18F0711042 概率论与数理统计Probability and Statistics2.5 45 45 2F0611012 工程制图与CADEngineering Graphics2 36 36 2 跨学科导论Inter-subject General Theory2 36 36学科基础必修课程共36 学分F1112044物理化学Physical Chemistry4 72 72 4F1115052物理化学实验Physical Chemistry Expe.2 36 36 2 F0811033生物化学Biochemistry3 54 54 3F0811043生物化学Biochemistry3 54 54 3 F0815017生物化学实验Biochemistry Expe.2.5 45 45 2.5课程代码CourseCode 课程名称Course Name学分Crs.学时Hrs 讲课实验实践上机课程设计1 2 3 4 5 6 7 8F0815027 生物化学实验Biochemistry Expe.2.5 45 45 2.5F0812067 微生物学Microbiology2.5 45 45 2.5F0815067 微生物学实验Microbiological Experiment2.5 45 45 2.5F0812323 细胞生物学Cellular Biology3 54 54 3F0815322 细胞生物学实验Cellular Biology Expe.2 36 36 2F0812333 分子生物学Molecular Biology4 72 72 4F0812343 遗传学Genetics2 36 36 2 普通生物学General Biology3 54 54 3选修课程模块共19.5 学分F080Z312 生命科学进展Advances in Life Science2 36 36 2普通生物学实验General Biology Experiment2 36 36 2F081Z322 计算机在生命科学中应用Application of Computer inLife Science3 54 36 18 3F081Z337 基础生化工程Fundamental BiochemicalEngineering2.5 45 45 2.5F081Z347 生物反应工程基础Fundamental BiochemicalReaction Engineering2.5 45 45 2.5F081Z351 基础生化工程实验Funda. Biochem. Eng. Expe.1 18 18 1F081Z366 生物反应工程基础实验Fundamental BiochemicalReaction Eng. Expe.1.5 27 27 1.5F0442013 电子与电工技术Circuits and Electronics3 54 54 3F0445012 电子与电工技术实验Circuits and Electronics(Experiment)2 36 36 2课程代码CourseCode 课程名称Course Name学分Crs.学时Hrs 讲课实验实践上机课程设计1 2 3 4 5 6 7 8专业前沿及特色必修课程共6+(3.5) 学分F0813312发育生物学Biology on development2 36 36 2 F0813322基因工程原理Fundamentals of GeneticEngineering2 36 36 2 F0833322生化分离工程Biochemical SeparationEngineering2 36 36 2生物技术综合实验General Experiment inBioscience(3.5)63 63 3.5 选修课程模块共 6.5 学分F0833312发酵工程Ferment Engineering2 36 36 2F0832036酶工程Enzymatic Engineering2 36 36 2F081Z406细胞工程Cellular Engineering2 36 36 2F081Z472生态工程Ecological Engineering2 36 36 2 F082Z362生物物理Biophysics2 36 36 2 F081Z412生命科学文献检索Life Science DocumentsRetrieval1.5 27 12 8 7 1.5 F081Z422生命科学前沿讲座Frontier Lectures in LifeScience1 18 18 1 F0813332生物信息学Bioinformatics2 36 36 2 F081Z432生物制品与工艺学Biological Products andTechniques2 36 36 2F081Z372免疫学Immunology2 36 36 2课程代码CourseCode 课程名称Course Name学分Crs.学时Hrs 讲课实验实践上机课程设计1 2 3 4 5 6 7 8实践教学F5536304军训Military Training4 2周2周F4105305教学实习Industrial Practice3 54 54F0835986认识实习Acquaintanceship Practice1.5 1周1周F0835979专业实习Internship4.5 3周3周F0835995毕业论文Undergraduate Project（Thesis）24 24周8周16周说明：1、每一课程类别中必修课与选修课课程门数多少，根据各专业具体的培养计划而定，格式中横行可随之增减；2、课程代码依据教务处待发的《课程代码编制说明》编制，确保准确无误；3、课程名称必须填写中、英文两种名称。

生物信息学作业题

生物信息学作业题生物信息学作业题绪论1．什么是生物信息学？2．生物信息学有哪些主要研究领域？第一章生物信息学的分子生物学基础1．DNA的双螺旋结构要点是什么？2．什么是基因组和蛋白质组？对它们的研究有何意义？第二章生物信息学的计算机基础1．简述网络操作系统的类型。

第三章核酸序列分析1．什么是全局比对？2．什么是局部比对？有哪些优点？第四章分子进化分析1．分子进化分析具有哪些优点？2. 简述分子进化的中性学说。

第五章基因组分析1. 什么是基因组学？其主要研究内容是什么？2．简述基因预测分析的一般步骤。

第六章蛋白质组分析1. 蛋白质组学的概念和主要研究的大致方向是什么？2. 蛋白质组功能预测的程序是怎样的？第七章生物芯片数据分析1. 什么是生物芯片?2. 生物芯片有哪些方面的应用?第八章核酸与蛋白质结构预测1. RNA二级结构典型的预测方法有哪些？2. 基于统计学的预测蛋白质二级结构的方法有哪些？第九章生物信息学平台与工具软件1. 请利用Clustal X软件对下列6条蛋白质序列进行多重比对（比对结果用BioEdit软件打开，用“截图”方式显示比对结果）。

>1mqngkvkwfn sekgfgfiev eggedvfvhf saiqgegfkt leegqevtfe veqgnrgpqatnvnkk>2mqgkvkwfnn ekgfgfieie gaddvfvhfs aiqgegykal eegqevsfdi tegnrgpqaanvvkl>3mqngkvkwfn sekgfgfiev eggedvfvhf saiqgegfkt leegqevtfe veqgnrgpqatnvnkk>4mqgkvkwfnn ekgfgfieie gaddvfvhfs aiqgegykal eegqevsfdi tegnrgpqaanvvkl>5mqngkvkwfn sekgfgfiev eggedvfvhf saiqgegfkt leegqevtfe veqgnrgpqatnvnkk>6mqgkvkwfnn ekgfgfieie gaddvfvhfs aiqgegykal eegqevsfdi tegnrgpqaanvvkl2. 现有一ZmPti1b蛋白质序列，请用DNAMAN软件分析其二级结构，给出分析结果。

生物信息学作业题目郝柏林

《生物信息学》作业题目（郝柏林）1、试估计地球上出现智人以来，人们所讲过的“字”的总和不超过10的多少次方？2、试计算10µg大肠杆菌基因组DNA样品中包含多少个DNA大分子？已知1个E. coli. 基因组DNA=4.64×106bp，1bp650 dalton（分子量）；1molH 原子=N A个H原子=1g，N A =6×1023。

3、正态分布下，1-4个标准差（）范围所覆盖的(即±1~4）概率分别为多少？4、假设赌场的骰子中99%是好的，即P(D fair)=99/100，1%是做过手脚的，即P(D load)=1/100，如果使用的是做过手脚的骰子，则出6点的概率为1/2。

问：（1）在投骰子时连续出了3个6点，你有多大把握说所用的骰子是做过手脚的？（2）如果你要用99%的把握说骰子是做过手脚的，则在投骰子时需要连续出多少个6点？5、某一序列为gtgcaatcagactgataattgccacgatcag（L=31），问该序列是否为CpG island？已知下列转移矩阵：a+ c+ g+ t+P (+)a+ 0.180 0.274 0.426 0.120c+ 0.171 0.367 0.274 0.188g+ 0.161 0.339 0.375 0.125t+ 0.079 0.355 0.384 0.1826、从地点A 到地点B 有多条路线，每条路线都要收取（或得到）一定的过路费（如图）：试问从地点A 到地点B 的哪条路线得钱最多？7、请分别用动态规划法（dynamic programming ）Needleman-Wunsch 和Smith-Waterman 算法对下列两条蛋白质序列进行联配，并写出联配方案： P1=HEAGAWGHEE, P2=PAWHEAE其中替换矩阵选用BLOSUM50（女生）和BLOSUM62（男生）（见下表，其中括号中的数字属于BLOSUM62），空位（gap）罚分设定为8（女生）和9（男生）。

生物信息学基础大作业报告

生物信息学基础大作业报告报告主题系统发育树的构建方法和研究进展班级计科0901 姓名王海颖总学号 0304090111目录目录 ........................................................................................................................................... - 2 - 一引言.. (3)二系统发育树的构建方法 (3)2.1概括介绍 (3)2.2具体介绍 (4)2.2.1 基于距离的方法 (4)2.2.2 最大简约法 (4)2.2.3 最大似然法 (5)2.2.4 贝叶斯树估计方法 (7)三系统发育树的改进算法 (7)3.1 遗传算法和模拟退火算法 (7)3.2古DNA序列构建生物系统发育树 (7)3.2 基于28S rDNA序列构建侧耳属系统发育树 (7)3.3 基于全蛋白质组的微生物构建系统发育树 (8)3.4 一种基于线粒体完全基因组的熵密度分布的脊椎动物系统发育树构建方法 (8)四评价方法的改进 (8)4.1遗传算法和模拟退火算法的改进 (8)4.2 用EM算法进行参数估计 (8)4.2 乙型肝炎病毒C基因区序列的系统发育树分析 (9)4.3 矿区的氧化亚铁硫杆菌新菌系的鉴定. (10)4.4 55株芽孢杆菌16S rRNA基因序列测定与系统发育学分析 (10)4.5酸马奶中乳杆菌Lb.casei.Zhang和ZLl2—1的16S rDNA基因序列及聚类分析11 五结束语 (11)参考文献 (11)一．引言：二十一世纪，生命科学和信息科学都处于科学技术的主导地位，二者的融合使得一个新的领域——生物信息学产生了。

生物信息学是在生命科学的研究中，以计算机科学知识为辅导工具对生物信息进行存储、检索和分析的科学。

它是当今生命科学和自然科学的重大前沿领域之一。

《生物信息学》大作业参考模板-2016

《生物信息学》大作业参考答案
芍药 ACS 基因的生物信息学分析
姓名：班级：学号： 2016 年 4 月 11 日
一、芍药 ACS 基因序列及其编码的蛋白的功能乙烯是存在于植物体内的唯一的一种气态植物激素，调控植物花、果和叶片的衰老进程。乙烯的合成主要在转录水平上受到 ACS（ACC synthase，ACC 合酶）和 ACC 氧化酶的调控，ACS 将 SAM（S-adenosyl
a r t i c l e i n f o
Article history: Received 17 November 2015 Accepted 23 November 2015 Available online 26 November 2015 Keywords: ACC synthase Ethylene biosynthesis Flower senescence Oncidium Gower Ramsey Gene cloning Expression analysis
Biochemical and Biophysical Research Communications 469 (2016) 20vailable at ScienceDirect
Biochemical and Biophysical Research Communications
图 1 芍药 ACS 基因的核苷酸序列及其编码的氨基酸序列下载的论文“Molecular cloning and expression analysis of an 1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase gene from Oncidium Gower Ramsey” 为 2016 年发表于 Biochemical and Biophysical Research Communications 的最新英文文章（见下页）。（2 分）

研究生《生物信息学》作业模板

研究生《医学生物信息学》作业班级：专业：姓名：一、实验目的:（1）掌握中文文献全文的检索和获得方法。

（2）掌握Pubmed数据库文献的检索和交大图书馆英文数据库全文的获得方法。

（3）掌握核酸序列搜索的方法。

（4）掌握核酸序列相似性分析的方法。

（5）掌握PCR引物设计软件的原理、使用及特点。

（6）掌握蛋白质序列搜索的方法。

（7）掌握蛋白质序列分析常用软件的使用方法。

二、研究背景:AIB1基因为近年来发现的p160类固醇受体转录共激活因子SRC-1家族成员，是新定义的一个原癌基因[1]。

该基因表达的蛋白在许多生物学过程中发挥重要作用，如细胞生长，增殖，分化，性成熟，女性生殖功能等[2]。

近年发现，该基因的表达异常与多种肿瘤的发生发展有关，以在乳腺癌中研究最多。

AIB1基因的高表达与乳腺癌的发生和发展有关[3]。

AIB1蛋白通过与雌激素受体相互作用，能强烈地增强雌激素受体的促进靶基因转录的效应，进而引起细胞增殖和肿瘤形成，此外，AIB1蛋白还在多条信号传导通路中发挥作用[4]。

AIB1基因(amplified in breast cancer1)又称为ACTR，TRAM1，RAC3，SRC3，NCoA3，P/CIP等。

本人选择其为研究对象。

三、实验方法、步骤及结果:1．在中国知网（CNKI）中查找中文文献：2．在PubMed中查找英文文献：登陆NCBI主页，网址：/guide/，选择gene数据库4. 使用NCBI网站中的BLAST工具进行序列比对登陆/，选择核酸序列比对nucleotide BLAST，界面显示如下，输入登录号，AF012108，点击“BLAST”。

结果如下：共有2条核苷酸序列和2条基因组序列和其匹配：第一条核苷酸序列为“Homo sapiens nuclear receptor coactivator 3 (NCOA3), transcript variant 2, mRNA”，登录号：NM_006534。

《生物信息学》课程期末作业

山东大学生命科学学院2012～2013学年第一学期期末考试试卷（研究实践型）考试科目: 《生物信息学》适用类别: 本科院系：生命科学学院专业：年级：2010级姓名：kengnidiancom学号：第1页，共22页考试说明和要求1．试卷内容布局包括七部分：目录、引言、实践资源（使用的软件和数据库）、实践方法、实践结果和讨论、参考文献、心得与致谢。

（要求使用此论文模板创建规范统一答卷，详见模板使用说明，请从此模板第3页开始答卷；参考文献要求借助专业软件按《微生物学报》样式统一进行参考文献格式化；请于12月23日前提交电子版（发至邮箱：lzf-204@）和请于12月25-26日提交纸质版（微生物楼北楼玻璃房377室）答卷；团队讨论或受他人帮助请在致谢中说明体现）2．实践素材：完整目的基因groel被克隆入表达载体PET-32a的Nde I与Hind III酶切位点切点中，得到重组克隆PET-32a-groel，利用载体通用引物“T7 promoter”和“T7 terminator primer #69337-3”对重组克隆进行测序，得到序列采集结果“PET-32a-groel__T7.ab1”和“PET-32a-groel__T7ter.scf”。

3．实践要求：（实践方法和结果部分请提供说明问题的关键截图）●对序列采集结果“PET-32a-groel__T7.ab1”和“PET-32a-groel__T7ter.scf”进行基本处理，得到无污染的完整目的基因groel，结果中展示最终的contig装配截图；●设计合适的引物，实现将完整目的基因groel克隆插入表达载体PET-32a的Nde I与HindIII酶切位点的切点中，结果中展示引物参数信息及待送公司合成的引物序列订单；●参考“pET-32a”图谱及其序列文件，绘制（用作测序模板的）重组克隆PET-32a-groel的载体图谱，生成重组载体图谱PET-32a-groel.vec并在结果中展示导出的PET-32a-groel 图谱；●参考“groel information.txt”信息，将得到的完整目的基因groel模拟提交数据库，生成groel.sqn文件并在结果中展示完整的内容信息。

《生物信息学》上机作业

《生物信息学》上机作业题目：对人血红蛋白（HBA1）编码基因序列的生物信息分析目录引言 .............................................................................................................................................. - 1 -1 正文......................................................................................................................................... - 2 -1.1 NCBI上对相关核苷酸序列的查找............................................................................ - 2 -1.2 BLAST运行及其结果.................................................................................................. - 2 -1.3 BLASTX运行及其结果................................................................................................ - 6 -2 其他软件的运行及其结果..................................................................................................... - 8 -2.1 Clustal W运行及其结果 ............................................................................................. - 9 -2.2 MEGA4.0运行及其结果............................................................................................. - 10 -结论 ............................................................................................................................................ - 10 -引言血红蛋白又称血色素，是红细胞的主要组成部分，能与氧结合，运输氧和二氧化碳。