41. ACMG全外显子测序指南.

ACMG全外显子测序指南摘要：美国医学遗传学与基因组学学会（ACMG）以前为序列突变的解释提供了指导.1在过去十年中，随着高通量测序的出现，测序技术迅速发展。

通过采用和利用下一代测序，临床实验室正在进行基因分型，单基因，基因组，外显子，基因组，转录组和遗传疾病表观遗传学检测的不断增加的遗传检测目录。

由于复杂性增加，基因检测的这种转变伴随着序列解释的新挑战。

在这方面，ACMG于2013年召集了一个由ACMG，分子病理学协会（AMP）和美国病理学家学会的代表组成的工作组，重新审视和修订了序列突变解释的标准和准则。

该组由临床实验室主任和临床医生组成。

本报告代表ACMG，AMP和美国病理学家利益相关者联盟组成的工作组的专家意见。

这些建议主要适用于临床实验室使用的遗传检测的范围，包括基因分型，单基因，panel，外显子和基因组。

本报告建议使用具体的标准术语- “致病性”，“可能致病性”，“不确定性意义”，“可能良性”和“良性”来描述在导致孟德尔病症的基因中鉴定的突变。

此外，该建议描述了基于使用典型类型的突变证据（例如，群体数据，计算数据，功能数据，分离数据）的标准将突变分类为这五个类别的过程。

由于本报告中描述的临床基因检测的分析和解释的复杂性增加，ACMG强烈建议临床分子遗传学检测应在经过临床实验室改进修订批准的实验室进行，结果由相关职业认证的临床分子遗传学家或分子遗传病理学家或同等学科专家进行解释。

关键词：ACMG实验室指导; 临床遗传检测; 解释；报告; 序列变异术语；突变报告前言临床分子实验室正在不断增加检测的新的序列突变，因为在检测患者标本时不断发现大量与基因疾病相关的基因。

虽然一些表型与单个基因相关，但许多与多个基因相关。

我们对任何给定序列突变的临床意义的理解是循序渐进的，其范围从那些几乎肯定是疾病致病性突变到几乎肯定是良性的突变。

虽然以前的美国医学遗传学和基因组学会（ACMG）的建议提供了序列突变的解释类别和解释算法，但是这些建议没有提供定义的术语或详细的突变分类指南.1。

本报告描述了关于序列变异分类的更新的标准和指南，由专家意见和经验数据确定的标准。

方法在2013年，由ACMG，分子病理学协会（AMP）和美国病理学家学会成员组成的工作组成立，代表临床实验室主任和临床医生，目的是制定使用标准术语的建议，以使用根据通过专家意见，工作组共识和社会投入制定的制度对现有证据加权。

为了评估临床实验室的意见，调查发送到中列出的美国和加拿大的100多个测序实验室，要求输入术语偏好和评估变异分类的证据。

实验室检测经验包括罕见疾病以及药物基因组学和体细胞癌检测。

旨在评估术语偏好的第一项调查于2013年2月发布，结果在2013年ACMG年度会议的公开论坛上发布，其中包括75位与会者。

调查对象在北美代表了超过45个实验室。

调查结果和公开论坛表明，（i）使用“致病性”，“可能致病性”，“不确定性意义”，“可能良性”和“良性”这五个术语系统是首选的，已经在大多数实验室使用，以及（ii）工作组的首次努力应着重于孟德尔病和线粒体突变。

在第一次调查中，实验室也被要求提供突变评估方案，11个人分享了他们的方法。

通过分析所有提交的协议，工作组制定了一套标准来加权突变证据和一套组合标准以达到五个分类层之一的规则。

工作组成员使用已知类别的突变在其实验室和/或更广泛的范围检测了该方案数周。

此外，对具有最常见类型证据的突变的典型示例进行了分类分配，以确保系统根据工作组成员当前应用的方法对这些突变进行分类。

第二次调查于2013年8月发送给那些相同的通过GeneTests确认的实验室，以及通过AMP的约2,000个成员，以及提出的分类方案和详细的补充描述如何使用每个标准的实验室。

实验室被要求使用该方案，并就每个标准的适用性和相对权重，分类系统的易用性以及是否在本国实验室采用这种系统提供反馈。

超过33个实验室的回应表明多数支持拟议的方法，反馈意见进一步指导了拟议标准和准则的制定。

2013年11月，工作组在AMP会议上与50多名与会者举行了研讨会，介绍了修订的分类标准和两个潜在的评分系统。

一个系统与这里提出的方法一致，另一个系统是一个点系统，其中每个标准给出了一些点，为病原标准指定积极点和良性标准的负点，从而对所以突变的分类进行了定义。

通过观众回应系统，参与者被问及如何在评估突变证据时对每个标准（强，中等或支持或不使用）进行加权。

同样，这些答复也纳入了这里介绍的分类系统。

应该指出的是，虽然大多数答复者都赞成一个积分制，但工作组认为，为每个标准指定具体要点意味着对目前不支持科学评估的每个标准的定量水平的理解，并没有考虑到解释遗传证据的复杂性。

工作组还对来自其他专业社会和工作组的建议进行了评估，其中已经制定了乳腺癌，结肠癌和囊性纤维化中良好基因的变异分类指南，以及用于定量评估选择性疾病变异的统计分析程序.2-5。

虽然这些突变分析指南在特定环境中是有用的，但是很难将其提出的标准应用于所有基因和不同的实验室设置。

本文中描述的突变分类方法适用于所有孟德尔基因的突变，无论是通过单基因检测，多基因定位，外显子测序还是基因组测序鉴定。

我们期望随着技术和知识的改进，这种突变分类方法将会发展。

我们还应该注意，在特定疾病组中工作的那些人应该继续制定关于特定基因中突变分类的更集中的指导，因为赋予某些标准的适用性和重量可能因基因和疾病而异。

一般考虑术语突变被定义为核苷酸序列的永久变化，而多态性定义为频率高于1％的突变。

然而，广泛使用的术语“突变”和“多态性”通常分别导致由于不良假定的致病性和良性效应而引起的混淆。

因此，建议将两个术语用术语“突变”替换为以下修饰物：（i）致病性，（ii）可能的致病性，（iii）不确定的意义，（iv）可能良性或（v）良性。

虽然这些修饰剂可能不涉及所有人类表型，但是它们包括与本指南中所述的与孟德尔病有关的突变的五级分类系统。

建议所有的致病的诊断（包括“可能致病”的报道）是相对于条件和遗传模式（例如，c.1521_1523delctt（p.phe508del），致病性，囊性纤维化，常染色体隐性遗传）。

应该指出的是，一些实验室可能会选择拥有额外的分类层级（例如，对具有不确定意义的突变进行分类，特别是内部使用），这种做法不被认为与这些建议不一致。

还应该指出，这里推荐的术语与目前用于分类细胞遗传学微阵列检测的拷贝数变异的建议有所不同.6。

推荐用于拷贝数突变的模式，同时包括五个层次，使用“不确定的临床意义- 可能致病性“和”不确定的临床意义- 可能良性“。

大多数工作组不支持使用“不确定的意义“术语修改为”可能致病”或“可能是良性”，因为认为这里提出的标准将突变分类为“可能”类别包括比拷贝数突变指南中概述的更强的证据，并且组合这两个类别将为接受临床报告的卫生保健提供者和个体造成混乱。

然而，有人认为，使用术语“可能”应该限于数据支持很可能是致病性或很有可能是良性的突变。

虽然术语“可能”没有定量定义，但在某些突变分类设置中已经提出了指导。

然而，在ACMG公开论坛期间对协会的调查显示，“可能”一词的用途范围更广泛。

认认识到这一点，我们建议将“可能致病性”和“可能良性”这一术语用于表示大于一个突变的90％的确定性是致病的或良性的，为实验室提供一个具有共同的，虽然是规定的定义，是疾病或良性的。

同样，国际癌症研究机构准则2支持95％的致病性确定性，但工作组（通过ACMG公开论坛的反馈确认）认为，临床医生和患者愿意容忍稍高一些的错误机率到90％的决定。

还应该指出，目前，大多数疾病具有异质性，大多数突变没有数据来支持对五个类别中的任何一个的突变确定性的定量分配。

希望随着时间的推移，将会开发客观地将变异的致病性信心的实验和统计学方法开发出来，并且采用更加严格的方法来定义临床协会在信心方面的期望，将更充分地说明术语和可能性。

使用新术语可能需要协会的教育。

鼓励专业协会对所有实验室和保健提供者进行教育，使用这些术语，并鼓励实验室直接教育其对应医师。

命名方法推荐通过一组标准化标准通知的统一命名法，以确保明确指定突变，并能够有效共享和下游使用基因组信息。

标准基因变异命名法（/mutnomen）由人类基因组变异学会（HGVS）7维护和版本化，其使用被推荐作为确定变异命名法的主要准则，除非另有说明。

6 实验室应注意检测中使用的版本。

工具软件可用于提供正确的HGVS术语，用于描述突变（https://mutalyzer.nl）.8。

临床报告应包括序列参考，以确保在DNA水平上对突变进行明确的命名，以及提供编码蛋白质命名法以协助功能性解释（例如，“g.”，用于基因组序列，“c.”，用于编码DNA序列，“p.”用于蛋白质，“m.”用于线粒体）。

应使用ATG翻译起始密码子的“A”作为位置号1来描述编码术语。

如果使用历史替代命名法，则应使用当前命名法以及历史命名的附加符号。

参考序列应该是完整的，并且来自国家生物技术信息中心RefSeq数据库（/RefSeq/)9，其版本号或Locus参考基因组数据库（http：// ）.10。

基因组坐标或一个涵盖整个基因的基因组参考序列(包括5'和3'未翻译的区域和启动子)应该根据标准的基因组构建来使用和定义(例如:hg19) 。

在描述编码突变时，应在报告中使用并提供每个基因的参考文献。

转录应代表最长的已知记录和/或最临床相关的记录。

学会支持的参考文献通常可以通过Locus Reference Genomic10，Consensus CDS数据库，11人基因突变数据库（http：//www.hgmd。

），ClinVar（http：//www.ncbi。

/clinvar）或轨迹特异性数据库查询。

然而，实验室应该评估突变对所有临床相关转录物的影响，包括在这些区域中已知的突变在临床上可解释时含有额外的外显子或扩展的非翻译区的替代转录物。

并非所有类型的突变（例如，复杂突变）都被HGVS建议所涵盖，但可能可以被已经报告了复杂突变所描述.7,12。

此外，该ACMG建议支持HGVS命名规则的三个具体例外：（i）除了目前的HGVS“*”和“Ter”建议之外，“X”仍然被认为可以用于报告无义突变。

（ii）建议根据用于指定突变的选定参考文献编号外显子; 和（iii）推荐使用术语“致病性”而不是“影响功能”，因为临床解释通常直接评估致病性。

文献资料库的使用大量数据库包含在人类基因组中不断发现的越来越多的突变。

在分类和报告突变时，临床实验室可能会在数据库以及已发表的文献中找到有价值的信息。

如上所述，序列数据库也可用于鉴定适当的参考序列。

数据库可用于收集信息，但应谨慎使用。

人类数据库（表1）可用于获取大群体变异频率。