实习3外文数据库检索(201409)

33
生成“主题词/副主题词检索式”
34
优点： 1）与课题要求相 吻合，提高查准率。 2）结果在精力与 时间允许范围内。
正确的检索 策略
35
History功能现被整合为Advanced Search的一部分
三、 History(检索史)
执行后的检索策略和结果信息，保留在History中(序号、检索词、检索时间以及





Homology：源相似性，同源性比较分析 Protein：氨基酸（蛋白质）序列数据库。 Taxonomy：生物分类数据库 Literature：可链接到相关参考文献。 Training & tutorials： Variation:
9
NCBI跨库检索
10
New Data
Collect
17
强制短语检索
PubMed 首 先 将 键 入 的 检 索 词 （ 如 ： gastric cancer 或 diabetes mellitus ）视为合理的短语在短语索引中进行查 找，并自动把两个词分开以“逻辑与”组配检索。
用“”进行强制词组检索（系统的处理有歧义）：
增加了相关性不强的文献（如“gastric cancer” ） 分开后意义有变化（如 “single cell” ）
5
3）

出版商提供的书目信息：

出版商提供的是整本期刊的信息，若有部 分没有被MEDLINE收录，PubMed仍保存， 在记录中做[PubMed--as supplied by publisher]的标记。 出版商提供的记录若有全文，PubMed则建 立了与此期刊节点的链接，可免费或交一 定的费用直接联机获取原文 。
此时主要根据主题下的注释进行初选。
30
上个页面中，点击选定的主题词进入此页面。可再确定选词并选副主题词。 主题词注释 副主题词选择
加权检索——主要主题词限定 扩展下位主题词
入口词列表
31
树状结构显示（此时可通过词间关系及专业 术语系统确定选词是否恰当）
32
副主题词选择（需注意与CBM的副主题词扩展区别）
6
三种数据示例：
7
4） 从PubMed界面进入NCBI其他数据库
8
NCBI数据库
PubMed：在主页上提供与NCBI其他数据库的超链接：

Chemicals & Bioassays: 化学与生物检定法 DNA & RNA:


BLAST：是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。 Popset：种群、种系发生或突变序列数据库，是由相关种族、人类发展、突变 研究得来的人类进化与人种差异的结果。 Nucleotide：DNA序列数据库。
PubMed可检信息示意图 Medline
Pre-Medline
出版商提供 书目信息
PubMed
NCBI其它数据库
检索
11
3.1.2 PUBMED进入及主界面

进入方式
/pubmed


或用搜索引擎搜“PubMed”地址。
12
PubMed检索界面的结构
13
3.1.3 PubMed的检索




一、 基本检索与高级检索 二、主题词/副主题词检索 三、检索史 四、结果显示与输出 五、 其他检索


作者检索 期刊检索……
14
一、 基本检索与高级检索


一）基本检索 系统默认检索界面。可在检索词输入框中输入任意有实义的词，如：单 词或词组（含主题词）、人名、刊名、截词形式、逻辑运算式，等等。 输入完成后，点[Search]或回车可直接显示相关结果题录。
27

区分：


二、主题词/副主题词检索
MeSH
Database：具有检索功能的MeSH词表。
作用：帮助用户查找MeSH词并进行检索。 每个主题词的定义和树状结构等信息。 提供副主题词选择、主要主题词限定、扩展主
题词等功能。
28
进入后可以看到：
29
点击Search后首先进入对应的主题词列表，在其中 进行选择。
注意：强制短语检索时，PubMed将不执行自动词语匹配 功能。 18
PubMed的基本检索 2、 期刊检索



在检索框中键入杂志全名molecular biology of the cell 也可以直接键入Medline的期刊标准缩写形 式，如：mol boil cell， 键入刊物的ISSN(国际标准出版物代码）进 行检索，如1059-1524。 Cell transplantation [ta]

MEDLINE]标志。
4
2） PreMedline
未正式给予MeSH词、出版类型等深度标引 信息的一个前期临时库，可检索。 “PubMed计划”：出版商在期刊出版之前 或同时，将期刊论文题录提供给PubMed， 每天NLM把最新记录加入到PreMedline库。 工作人员一周内将这些记录标引，然后转 入MEDLINE，同时从PreMedline中删去。 带有[PubMed--in Process]标志。
实习3 外文数据库检索

内容：

1、PubMed相关数据库的检索 2、 ProQuest公司的PHMC数据库检索 3、超星公司的“百链”检索使用 PubMed的基本检索与高级检索 济南泉方的本地PubMed全文获取 PHMC的文献收录特点及检索特点 “百链”的检索结果特点及文献传递

重点：

词检索结果的差异，分析其原因？）
46
提示信息
22
5、结果过滤或筛选
某些限定条件可在结果文献显示页面中进行

例：查找有关儿童糖尿病的英文RCT文献。 检索词：

diabetes mellitus

限定条件：
Randomized Controlled Trial English child

23
24
25
二）PubMed的高级检索
15
1、 词语检索
词汇自动匹配转换 MeSH词转换表 期刊名称转换表 短语转换表 作者索引
“单个词”间
UMLS （一体化医学语言系统）
以概念表达为基础， 将40多种生物医学词典、 词表和分类词表中的词汇 指引向MeSH中的意义相同 或相近的规范主题词。
有主题词表的检索工具， 最好的检索结果要在主题 词检索基础上得来。
运算的优先顺序： 从上往下依次执行
26
基本检索与高级检索小结：

相同：

自由词检索的主要途径。可输入任意有实义单词或词组进 行检索。 1、基本检索有词汇自动匹配转换。高级检索没有。 2、两者均可实施布尔逻辑检索。基本检索界面的有算符 优先顺序要求，高级检索界面的要从上往下依次运算； 3、高级检索可对每个检索词进行字段限定； 4、高级检索界面有“History”可查本次前面的检索策略 与结果；并可在该界面实现检索式间的布尔逻辑运算。


1
3.1 PubMed的检索利用
PUBMED是美国国立图书馆（NLM）所属国家
生物技术信息中心（NCBI）建立的生物医学文献检
索系统（1997年免费开放），是NCBI开发的Entrez
检索系统重要组成部分。 IM MEDLINE PubMed
(手工检索) (联机检索、光盘检索) (网络检索)
检索结果的输出
38
本地PubMed-----济南泉方

本产品主要解决PubMed中全文获取问题。此 外，数据库开发商还将文献管理、SCI投稿指 南等功能整合在其中 。
39
3.2 PHMC数据库检索
默认检索。自由词检索
40
PHMC的高级检索
41
例：检索幽门螺旋杆菌（helicobacter pylori)致胃癌 (gastric cancer)的文献。
19
PubMed的基本检索
3、 作者检索

在基本检索状态：

框内按照“姓+名缩写”的格式(不用标点) 键入 作者姓名，如“Smith j”，系统会自动查找 “Smith JH”，“Smith JW”等作者姓名形式的文 献。
如果想进行更精确的检索，可以用双引号将作者 名引起来，再加[au]，如“smith j”[au]
20

PubMed的基本检索
4、截词检索
截词符－－“*”、“？” 截词功能可扩充检索词以检出更多的相关
文献。
如 ： bacter* ， 可 以 检 出 bacter,
bacteria,
bacterium, bacteriophage等词。
21
PubMed的截词检索： 一次最多可以检索出600个词形变异词。若超过600个如tox*，将显示警告信息， 提醒增加词根长度。
检索结果数量)
可在检索序号之间添加逻辑运算符进行检索，如#2 AND #6 单击记录条数超级链接可以重新显示检索结果。 点击Clear History按钮可以清除History中的检索策略。 最多存贮检索式数为100个，检索式的存贮时间为1小时。
36
四、 检索结果显示与输出
Format: 显 示 格 式 。 默 认 Summary 格 式 ， 可 选 Abstract，MEDLINE 、XML等。 Item per page：每屏显示记录数量。 Sort by：检索结果排序。 37
AND 联接
基本检索输入“leukemia”后实际被转换成：
"leukaemia"[All Fields] OR "leukemia"[MeSH Terms] OR "leukemia"[All Fields] 16