用CLUSTAL和MEGA4做系统发生树

谢谢！
打开MEGA 4.1
先将aln文件转化成meg文件，MEGA4才能 处理。File Convert To MEGA Format
找到刚才生成的aln文件
有时在转化好的MEGA文件下面会有 一些星号，要把这些星号删除掉
保存
接下来就要做树了，点 击左侧的选项
我保存到了桌面上
选择蛋白序列还是核酸序列，点击OK
选择是否是蛋白编码序列
选择核酸的类型，点击OK
这个窗口给出了好多这些序列 的统计信息。可以看一下，关 闭。
如图所示，从上面的选项可以选择自 己需要做的树，为什么选择哪种树， 要考虑好
双击那些数字就可以编辑， 将数字替换成物种的名字
最后将这个图拷贝到 剪切板上，可以粘到 Word上
粘到Word 上的效果 图
用CLUSTAL和MEGA做系统发生 树
Leabharlann Baidu
CLUSTAL能读取的数据格式
把所有的序列放到一个文本文 档里，在序列名的前面加上#号
由于测序长短不一，需要选择一个对齐的位点， 如上图的62号位点，同样的，末端也需要对齐
684位对齐
在目标序列所在的文件夹会生成两个文件， 一个是ALN文件，另一个是dnd文件，以下 的步骤我们需要aln文件