用ImagePro Plus 分析免疫组化图片(1)
Image-Pro Plus图像分析软件在免疫组织化学定量分析中的基本应用
[9]潘 战 和 ,黄 慧 强 ,蔡 清 清 ,等 .96例 外 周 T 细 胞 非 霍 奇 金 淋 巴 瘤 预 后 分 析 [J].中 国 肿瘤 临 床 ,2007,34(12):702—705. (收 稿 日期 :2014 04—30)
(上 接 第 314 页 )
定及 意 义 [J].广 东 医 学 ,2008,29(10):1688 l690. [5]常保 超 ,陈 卫东 .来 氟 米 特 对 糖 尿 病 大 鼠血 清 高 敏 C反 应 蛋 白及
肾脏 病 理 的 影 响 [J].中 国 中 西 医 结 合 肾 病 杂 志 ,2008,9(9):
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Hodgkin's lymphoma classification project[J].Blood,1997,89
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[8]Ibrahim EM ,Ezzat AA,E1一W eshi AN,et a1.Primary intestinal
diffuse large B—cell non Hodgkins lym phoma:clinical features,
management,and prognosis of 66 patients[J].Ann Oncol,
本 文 介 绍 了 Image—Pro Plus(IPP)图 像 处 理 分 析 软件 在免 疫组 化 标本 定 量 分 析 中 的应 用 ,并 对 其 基本 操 作过 程进 行 了介 绍 。通 过 本 文 的 介 绍 ,大 家 按 照步 骤 即 可 以 利 用 IPP图像 分 析 软 件 进 行 基 本 的病 理 图 像 分 析 。
Image Pro Plus教程
分析测量图象软件Imagepro-Plus教程一、入门Imageproplus(IPP)的主要用途是分析测量图象。
本人使用该程序进行生物图象分析有一段时间,写此帖的主要目的还是与大家交流使用心得,并总结一下使用方法。
如果你是刚接触IPP,最好先从本帖看起,并同时打开你电脑上的IPP程序照着操作。
学会一个软件需要花一段时间的,两分钟不可能学会。
两小时也太短。
但我相信,照着我这几个帖子作下来,至少是可以用IPP干一点事情了。
打开IPP后的界面是这样的,该从何处下手呢?既然是处理图片,当然是先要打开一张要处理的图片嘛这张照片中的黄色部分是免疫组化染色的阳性表达成分。
处理目标是通过测量图片中黄色部分的"黄"度来反映相应蛋白表达的的“量”。
对该图片进行观察,可以看到图片中主要有三种主要颜色,一是染成蓝色的细胞核,二是呈现出黄色的胞浆,三是细胞间的空隙区域,所以首先要把图片中呈现黄色的区域给挑选出来,这部分区域是我们最感兴趣的地方,叫作AOI(area of interest)。
AOI是IPP中最有用最重要的概念。
如何能够准确地选取AOI就是使用IPP的关键操作。
一旦准确地选取了AOI,下面的测量分析就好办了。
对不同的图片,需灵活地使用各种适当的AOI工具,就这张图片来说,AOI是黄色区域,因此用颜色分类的AOI工具是最有效的。
点击measure---count/size,弹出分类测量窗口在窗口中选中manual,再点击select color,弹出颜色选择窗口segmentation,这个工具是IPP最有特色的颜色选取工具之一。
用好这个工具是使用IPP的要点。
对于目标颜色鲜明的图片,用吸管工具是最简单的。
点一下吸管图标,在目标区域点一下,就可以选中该点的颜色,当然一下是不可能完全选中所需要指定的全部区域,可以在未选中的地方接着再点,这样多次选取,直到把想选中的区域全部选中为止。
在这张示例图中,选中的蓝色细胞核部分被标上了红色。
IPP 分析免疫组化图片
精选版课件ppt
15
哪一个染色物更多?
染色区域颜色深度接近,染色面积有差异。
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16
使用不同的area会得到不同的结论 要结合切片情况来判断。
IOD对整张图片的面积作平均。 IOD对特定组织区域的面积作平均。 IOD对显色的组织区域作平均。
精选版课件ppt
17
对整张图片区域进行平均的情况比 较少,这张图片中黄色的IOD值主 要来自于中间一块区域内。
255
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4
Optical Density: 吸光物质的光学密度.
被测物质的量越多,光密度(OD值)越高,透射出的光越少,反 映在照片上就越黑。
OD值与物质的量直接相关,数字图象上点的灰度值与对应物 质OD值成对数关系,符合朗伯-比尔定律。
理论上OD值是从零到无穷大。实际应用中,OD值的范围常用 0-2.0或者0-3.0。
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24
2.从图片上分析光密度方法 的技术进步
简单测量整张照片的光密度值。 在照片上随机选取数个区域,测量其光密度值。
计算其平均值作为整张照片的光密度值。 在照片上准确选择被染上染料的特定颜色的区
域,计算这些区域的累积光密度值(IOD), 进而计算统计区域的平均光密度值。
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照片B
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12
比较体积!
IODdensi(txy, y)ds
S
densi(tmy ea)nIOD/area
光 密 度
尺寸
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13
1.4 实际图片的情况很复杂的。
阳性样品染色深,阴性样品染色浅。
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14
直接比较整张图片的IOD 等于在比较整张图片的mean density
用ImagePro_Plus_分析免疫组化图片共39页
16、人民应该为法律而战斗,就像为 了城墙 而战斗 一样。 ——赫 拉克利 特 17、人类对于不公正的行为加以指责 ,并非 因为他 们愿意 做出这 种行为 ,而是 惟恐自 己会成 为这种 行为的 牺牲者 。—— 柏拉图 18、制定法律法令,就是为了不让强 者做什 么事都 横行霸 道。— —奥维 德 19、法律是社会的习惯和思想的结晶 。—— 托·伍·威尔逊 20、人们嘴上挂着的法律,其真实含 义是财 富。— —爱献 生
21、要知道对好事的称颂过于夸大,也会招来人们的反感轻蔑和嫉妒。——培根 22、业精于勤,荒于嬉;行成于思,毁于随。——韩愈
23、一切节省,归根到底都归结为时的节省。——马克思 24、意志命运往往背道而驰,决心到最后会全部推倒。——莎士比亚
25、学习是劳动,是充满思想的劳动。——乌申斯基
谢谢!
手把手教你使用Imagepro-Plus(1.入门
手把手教你使用Imagepro-Plus(1.入门)(修订0700905) - Welcome to Forum
mxh8174
2006-07-12 10:22
非常感谢,我已从网上下载下来了一个图像分析软件可是自己研究了好一阵还是一 头雾水,谢谢无私的奉献,使我有为实验节省了一点经费。祝工作顺利!
发贴: 2 积分: 0 得票: 0 状态: 离线
锦上添花:SCI论文修改润饰
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2006-04-21 07:54 陈老师,可否给我发一个中文说明书呢?英文水平太差了!感谢哦! andybalake@
• 国际著名遗传学家谈家桢院士迎来百岁华诞
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2006-04-22 17:23
jss2004
• 【交流】甘露醇的临床应用误区及经验
2006-09-22 15:59 受益非浅,谢谢
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发贴: 64 积分: 3 得票: 5 状态: 离线
• "星光灿烂"的大地
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/bbs/post/view?bid=10&id=3554359&sty=1&tpg=2&ppg=2&age=0(第 7/12 页)2008-9-20 7:55:05
SCI医学论文翻译
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/bbs/post/view?bid=10&id=3554359&sty=1&tpg=2&ppg=2&age=0(第 2/12 页)2008-9-20 7:55:05
手把手教你使用Imagepro-Plus(1.入门)(修订0700905) - Welcome to Forum
医学文献看不懂怎么办?
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2005-12-30 11:03
手把手教你使用Imagepro-plus(第一版)-A4折页小版
教你使用Imagepro-Plus作 者 hbchendl编辑 doctor_li目 录1. 入门....................................................................................................- 1 -2. AOI技巧............................................................................................- 8 -3. AOI技巧续......................................................................................- 13 -4. 编制宏..............................................................................................- 19 -5. 计数..................................................................................................- 26 -6. 校正标尺..........................................................................................- 31 -7. 几何测量..........................................................................................- 39 -8. 图象分析策略..................................................................................- 41 -9. 雕虫小技..........................................................................................- 44 -10. 讨厌的光密度..................................................................................- 49 -11. 免疫组化光密度测量.......................................................................- 56 -12. 免疫组化图片光密度测量续..........................................................- 64 -13. 荧光强度测量..................................................................................- 70 -部区域,可以在未选中的地方接着再点,这样多次选取,直到把想选中的区域全部选中为止。
IPP-分析免疫组化图片 ppt课件
25
2.1测定整张照片的光密度-图象分析仪
其测定原理有点象分光光度计,直接测定切片 的整体光密度。
可以根据照片上象素点的亮度来区分测定区域 其缺陷是显而易见的。复染上的其他颜色的染
料也会产生光密度吸收,导致严重的干扰。
PPT课件
26
2.2 抽样测量光密度
在彩色电子图片上选取目标颜色区域,抽样测 量这些小区域的灰度值,取其平均值作为比较 染色深浅的指标。
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15
哪一个染色物更多?
染色区域颜色深度接近,染色面积有差异。
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使用不同的area会得到不同的结论 要结合切片情况来判断。
IOD对整张图片的面积作平均。 IOD对特定组织区域的面积作平均。 IOD对显色的组织区域作平均。
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对整张图片区域进行平均的情况比 较少,这张图片中黄色的IOD值主 要来自于中间一块区域内。
PPT课件
9
1.3比较两张照片的染色物质量的差别
两张照片染色深度一样,染色面积大的质量大
照片A
照片B
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10
比较两张照片的染色物质量的差别
两张照片染色区域面积相同,染色深的质量大
照片A
照片B
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11
这回该怎么看?
A的颜色深,面积小。 B的颜色浅,面积大。
照片A
照片B
PPT课件
8
1.2定量分析的指标: IOD ( Integrated option density ) 与Mean Density
将图片上各点的光密度值累加起来,得到IOD。 此值与目标物质的总量成正比。
IOD值除以有效目标分布区域的面积,得到 Mean density,此值反映了目标物质的单位面 积浓度。对样品照片进行数字图像分析比较时, 就是比较它们之间的平均光密度值的大小。
用ImagePro-Plus-分析免疫组化图片ppt课件
1.6
1.2
0.8 显著性
差异
0.4
0.2
0
阳性样品
0.1
阴性样品
1.2 1.1
1.0
无显著 性差异
背景
背景+阳性样品 背景+阴性样品
扣背景后依然没有显著性差异
阳性样品
阴1性.6样品
背景
1.2
阳性样品-背景
阳1性.2样品-背景
0.8
0.4
0
阳性样品
1.2
0.1
1.1
0.1
1 01..21 0.1
0.1 0.1 0.1 1.0
应当把照片存为无损压缩格式TIFF
特别是对于染色较浅的图片,保存为jpeg格式 后会损失亮度细节,导致测量误差增大。
注意那些 马赛克
总结拍摄注意事项:
调整显微镜光源亮度(电压9伏),足够白, 足够亮。
调整相机曝光时间,使背景呈现白色。灰度值 最好能达到230以上。
确认相机未使用自动白平衡功能。但要使用手 动校正白平衡功能校正背景色彩为纯白色。
3.用IPP分析免疫组化图片的过程
拍摄样品照片。 选取图片上具有染料色调的区域(AOI,area of
interesting)。 测量该区域的IOD。 选择并测量有效统计区域的面积 计算光密度平均值IOD/area( mean density ) 计算同一实验组切片各照片的平均及标准差。 用统计学方法分析各实验组的平均mean density之间
处理照片时用的却是灰度
各种图象被拍摄成照片进行数字图象处理时, 计算机是对照片的灰度进行测量和计算的。为 了定量物质含量,最后还是需要转换为OD值 来表示。
所以对免疫组化照片的分析结果应该是一个 OD值,光密度。不应该是灰度。
免疫组化定量分析-永诺生物-1
背景的影响
左图:暗且偏蓝的背景严重降低了黄色的IOD 值。而且影响到了阳性区域的色调。
较暗的背景值对分析测量的影响
1.6
1.2
0.8 显著性
差异
0.4
0.2
0
阳性样品
0.1
阴性样品
1.2 1.1
1.0
无显著 性差异
背景
背景+阳性样品 背景+阴性样品
随机选取几个区域 但是能作到“随机”吗?
2.3 ImagePro plus(IPP)的独特优势。
准确地按照一个颜色标准来选取一个AOI (area of interesting ) 。测量这个区域的光密 度参数。
使用IPP比前两种方法更好。
在查到文献中使用的图象分析方法是前两种的 时候,完全可以用IPP的分析测量来代替。结 果更加准确。不必照搬文献上所述的方法。随 着计算机技术的发展,以后也许还会有更好的 图象分析方法及图象分析程序的。
应该使用手动控制曝光的相机
对每张照片要使用相同的曝光时间,而不是由 相机自动控制曝光。
染色深的阳性样品就应该拍摄得较暗。染色浅 的阴性对照样品则应该拍摄得较明亮。
控制相机曝光时间
要把相机曝光时间控制到使视野中空白的地方 呈现纯亮的白色。
拍摄出的照片上,没有组织的空白处的背景灰 度值应达到230左右。可以使用图象分析软件 测量一下空白处的背景灰度值。低于230的背 景灰度值很容易产生色彩的偏离,会影响到图 像分析数值的偏差。
mean之间是否有显著性差异。
3.1用于免疫组化半定量分析的照片拍 摄
与普通显微镜照片不同,用于免疫组化分析的 显微镜照片有其特殊的拍摄要求。
用Image-pro_plus(IPP)分析免疫组化图片
用Image-pro plus(IPP)分析免疫组化图片免疫组化的定量研究的理论上是可行的,但是实际应用起来影响因素太多。
国外基本上没有对免疫组化定量的,最多只是半定量研究。
建议只用免疫组化做定性和定位研究。
但是目前关于免疫组化蛋白定量分析也比较多而且使结果更加直观,简单介绍一下使用方法和注意事项,共同学习。
用IPP分析免疫组化图片过程✧选取图片上具有染料色调的区域(AOI,area of interesting)✧测量该区域的IOD。
✧选择并测量有效统计区域的面积✧计算选择区域内的光密度平均值IOD/area(density mean)✧计算同一实验组切片各照片的平均及标准差。
✧用统计学方法分析各实验组的平均density mean之间是否有显著性差异。
拍照注意事项:✧正确调整显微镜光源为日光色温的白色光。
此时是加蓝色滤光片,灯丝电压为10V左右。
一般的显微镜上都会有指示的。
此时的镜下视野会感觉明亮得有点刺眼。
✧不能通过调整光圈的方法减低亮度,这会影响到图象的清晰度。
光圈与聚光镜要按照柯勒方法调整以保证照片的清晰.✧不能加过大的灰度镜减低亮度。
用25%的灰度滤光片还行。
6%的灰度滤光片会导致色彩失真。
✧如果照明光源不白,有偏色,将直接影响到照片色彩,从而使得测量结果不准确。
✧为保证显微镜光源的稳定一致,所有照片应该一次拍摄完成。
不能分数次拍摄。
若能给显微镜加上稳压电源就更好了。
这能保证显微镜光源亮度的稳定。
✧要把相机曝光时间控制到使视野中空白的地方呈现纯亮的白色。
✧拍摄出的照片上,没有组织的空白处的背景灰度值应达到230左右✧可以使用图象分析软件测量一下空白处的背景灰度值。
低于230的背景灰度值很容易产生色彩的偏离,会影响到图像分析数值的偏差。
把空白灰度值调到230相当于在分光光度计上调节100%透射。
免疫组化阳性细胞计数方法:image pro plus 6.0软件1.打开图片,点击count and measure objects 图标2.点击measure3.点击select measurement4.选中area。
image pro图像分析软件教程
分析测量图象软件Imagepro-Plus教程入门Image pro-plus(IPP)的主要用途是分析测量图像。
本人使用该程序进行生物图象分析有一段时间,写此帖的主要目的还是与大家交流使用心得,并总结一下使用方法。
如果你是刚接触IPP,最好先从本帖看起,并同时打开电脑上的IPP程序照着操作。
学会一个软件需要花一段时间的,两分钟不可能学会。
两小时也太短。
但我相信,照着我这几个帖子作下来,至少是可以用IPP干一点事情了。
既然是处理图片,当然是先要打开一张要处理的图片嘛这张照片中的黄色部分是免疫组化染色的阳性表达成分。
处理目标是通过测量图片中黄色部分的"黄"度来反映相应蛋白表达的“量”。
对图片进行观察,可以看到图片中主要有三种主要颜色,一是染成蓝色的细胞核,二是呈现出黄色的胞浆,三是细胞间的空隙区域,呈现出浅蓝色,是为背景。
所以首先要把图片中呈现黄色的区域给挑选出来,这部分区域是我们最感兴趣的地方,叫做AOI(area of interest)。
AOI是IPP中最有用最重要的概念。
如何能够准确地选取AOI就是使用IPP的关键操作。
一旦准确地选取了AOI,下面的测量分析就好办了。
对不同的图片,需灵活地使用各种适当的AOI工具,就这张图片来说,AOI是黄色区域,因此用颜色分类的AOI工具是最有效的。
点击measure---count/size,弹出分类测量窗口,在窗口中选中manual,再点击select color,弹出颜色选择窗口segmentation,这个工具是IPP最有特色的颜色选取工具之一。
用好这个工具是使用IPP的要点。
对于目标颜色鲜明的图片,用吸管工具是最简单的。
点一下吸管图标,在目标区域点一下,就可以选中该点的颜色,当然一下是不可能完全选中所需要指定的全部区域,可以在未选中的地方接着再点,这样多次选取,直到把想选中的区域全部选中为止。
在这张示例图中,选中的蓝色细胞核部分被标上了红色。
免疫组化照片密度定量分析
免疫组化照片密度定量分析==转载链接/boyedlover/blog/item/a291eb1bf08dd3dfac6e7570.h tml2009-11-23 21:53Imagepro plus 应用实例2-免疫组化照片密度定量分析。
估计这是大家用得最多的,所以先讲这个了。
免疫组化技术现在是很成熟的方法,但是对免疫组化照片的分析并没有一个权威的说法。
现在可以查到无数篇应用图像分析来分析免疫组化的文献,但几乎没有哪一篇能详细地叙述分析的过程与方法。
首先,免疫组化的样品应该是用DAB对免疫组化产物染色,同时用苏木对细胞核进行复染。
镜下观察样品,细胞核被染上了蓝色,胞浆间有黄色(强阳性的地方会呈现棕黄色)。
居然经常能看到其他颜色的免疫组化照片,这肯定是样品制作过程中有了差错。
用肉眼观察免疫组化切片的结果只能是定性的,不准确的。
使用图像分析软件定量地(至少是半定量)对照片测量出一个数值来自然比用肉眼看更准确。
切片上阳性反应物量是由图片上黄色染色的深浅与面积一起表现的。
所以最终要测量的就是图片上黄色部分的累积光密度(IOD),这是个没有单位的相对数值。
就是把图片上每个黄色的象素点的强度值全部累加起来得到的值。
IOD除以一个适当的面积,就是一个平均光密度。
这个面积可以就是照片的面积,也可以是照片上一个组织区域的面积,或者是有黄色的区域的面积。
必须根据切片的实际情况来适当选择。
对于细胞核的免疫组化切片,在细胞核上,由于有蓝色复染,所以需要另一种分析方法。
将另作讲解。
这张照片曝光稍大。
但仍能表现出免疫组化的黄色染色与细胞核的蓝染。
在拍摄照片时,需要注意的地方是:1.所有的照片必须以同样的显微镜环境与拍摄条件来拍摄。
在拍摄照片时,要保持显微镜光源亮度的稳定,用同样的曝光时间拍摄照片。
在更换视野或切片时,除了对焦距这个操作外,其他所有的操作都不能有变化。
强阳性的样品就是暗的黄的,弱阳性的样品则亮一些,阴性样品就是一片白。
IPP-分析免疫组化图片 ppt课件
PPT课件
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3.用IPP分析免疫组化图片的过程
拍摄样品照片。
选取图片上具有染料色调的区域(AOI,area of interesting)。
测量该区域的IOD。 选择并测量有效统计区域的面积
计算光密度平均值IOD/area( mean density ) 计算同一实验组切片各照片的平均及标准差。
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比较体积!
IOD density(x, y)ds
S
density(mean) IOD / area
光 密 度
尺寸
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1.4 实际图片的情况很复杂的。
阳性样品染色深,阴性样品染色浅。
PPT课件
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直接比较整张图片的IOD 等于在比较整张图片的mean density
不能通过调整聚光镜光圈的方法减低亮度,这会 影响到光学系统分辨率及图象的清晰度。
不能加过大的灰度镜减低亮度。用25%的ND滤光 片还行。6%的ND滤光片常导致色彩失真。
如果照明光源不白,有偏色,将直接影响到照片 色彩,从而使得测量结果不准确。
PPT课件
32
固定显微镜的工作条件
不仅是光源亮度,除了更换样品时调节载物台 位置,其他部件一律固定下来。特别是不要来 回切换使用不同放大倍数的物镜。使用一个物 镜拍摄所有的照片后,再切换到另一个物镜上 拍摄照片。
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1.2定量分析的指标: IOD ( Integrated option density ) 与Mean Density
将图片上各点的光密度值累加起来,得到IOD。 此值与目标物质的总量成正比。
IOD值除以有效目标分布区域的面积,得到 Mean density,此值反映了目标物质的单位面 积浓度。对样品照片进行数字图像分析比较时, 就是比较它们之间的平均光密度值的大小。
IPP 分析免疫组化图片
精选完整ppt课件
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右上角的空白区面积应该扣除。
精选完整ppt课件
19
也许应是这个特定的组织区域
精选完整ppt课件
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这个区域是特定染色的区域。在计算 IOD时能同时计算出来,但以此为平 均面积往往并不正确。
精选完整ppt课件
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对单个细胞的分析比较
单个细胞的IOD 单个细胞的mean density 照片上各细胞IOD或mean density的平均值
使用同样的显微镜工作条件与相机工作条件 (曝光及白平衡设置)一次拍摄完所有照片。
保存照片为TIFF格式。相素不必太大。
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3.2用Image-pro plus分析免疫组化图片
与photoshop不同,image-pro plus是一个图 片分析和定量测量软件。
IPP的功能不是用来美化图片,如果照片效果 不好或分析结果不理想,要从切片处理与拍摄 过程上找原因,而不应试图通过对图片的修饰 与处理来解决问题。通过IPP的分析测量只应 当准确地反映图片本身的真实测量数据。
随机选取几个区域 但是能作到“随机”吗?
精选完整ppt课件
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2.3 ImagePro plus的独特优势。
准确地按照一个颜色标准来选取一个AOI (area of interesting ) 。测量这个区域的光密 度参数。
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使用IPP比前两种方法更好。
在查到文献中使用的图象分析方法是前两种的 时候,完全可以用IPP的分析测量来代替。结 果更加准确。不必照搬文献上所述的方法。随 着计算机技术的发展,以后也许还会有更好的 图象分析方法及图象分析程序的。
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手把手教你使用Imagepro-Plus12免疫组化图片光密度测量
手把手教你使用Imagepro-Plus12免疫组化图片光密度测量自从写了imageproplu教学系列帖子“手把手教你使用IPP”以来,得到了不少好评。
前两天这个帖子又被人翻了出来,发现它的点击已经升到了一万二。
可见这个帖子还是有许多人看的。
甚至把MediaCybnetic公司的工程师给招来了。
他们才是真正的IPP高手,给了我很多指导,也教了我许多妙招。
无论是经常使用IPP还是第一次使用,如果需要分析测量一大批图片的话,都免不了要花费大量时间。
为了省时省力,最好是制作一个宏操作来完成那些枯燥的一下下点鼠标动作。
可是自己制作宏也是挺麻烦的。
如果能找到一个现成的宏来处理图片就能省事了。
在IPP公司的网站上就有大量这样的通用的宏程序,macro。
MediaCybnetic公司的软件工程师注意到了很多人都在使用IPP测量免疫组化图片的光密度,也注意到了论坛上大家讨论的分析免疫组化图片的方法,于是他们给大家编制了一个macro,专门用来方便地进行免疫组化图片的分析,这可是专业水平的macro,真管用呀。
我近水楼台得到了一个试用版本,使用这个macro分析上百张免疫组化图片,不到一个小>(待续)Pathology.cr(27.26k)当然,如果你对IPP一点也不了解,是使用不了这个macro的。
希望你看过了以前的手把手教你使用IPP的系列帖子。
>特别是看过了第十一个关于免疫组化图片光密度测量的帖子(包括后面的跟帖)本上就是根据这个分析方法来分析测量免疫组化图片的。
Shell(\然后到你自己的电脑上按照这个路径看看。
如果你安装的是office 某P,则能找到这个e某cel.e某e文件。
不同版本的office,其e某cel.e某e文件的位置是不一样的。
你需要在自己的电脑上找到e某cel.e某e文件所在的路径,然后在记事本里修改这句命令,使它能正确地指到e某cel.e某e文件。
一般office2000的系统要把这句话改为Shell(\office2003的系统要把这句话改为Shell(\改完后直接在记事本里点保存。
IPP 分析免疫组化图片课件
学习交流PPT
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2.从图片上分析光密度方法 的技术进步
• 简单测量整张照片的光密度值。 • 在照片上随机选取数个区域,测量其光密度值。
计算其平均值作为整张照片的光密度值。
• 在照片上准确选择被染上染料的特定颜色的区域, 计算这些区域的累积光密度值(IOD),进而计算 统计区域的平均光密度值。
学习交流PPT
• 把空白灰度值调到230以上相当于在分光光度计上 调节100%透射。
学习交流PPT
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背景的影响
• 左图:暗且偏蓝的背景严重影响到了阳性区域的色调。 而且降低了黄色象素点的IOD值。这会严重影响分析 结果。有的CCD具有手动较正色温的功能,可以较正 一下背景色调,但暗背景既使不偏色也是影响分析结
照片A
照片B
学习交流PPT
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比较体积!
IODdensi(txy, y)ds
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densi(tmy ea)nIOD/ area
光 密 度
尺寸
学习交流PPT
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1.4 实际图片的情况很复杂的。
• 阳性样品染色深,阴性样品染色浅。
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学习交流PPT
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3.2.1开始使用IPP
• IPP的程序界面是典型的windows风格。它包含了 最常用的一些windows程序的一些通用工具。
• 各种拍摄条件确定后,就必须使用这个条件一次拍摄完所有的照片。 以保证它们的曝光一致。
学习交流PPT
34
控制相机曝光时间
• 要把相机曝光时间控制到使视野中空白的地方呈 现纯亮的白色。
• 拍摄出的照片上,没有组织的空白处的背景灰度 值应达到230左右。可以使用图象分析软件测量一 下空白处的背景灰度值。低于230的背景灰度值很 容易产生色彩的偏离,会影响到图像分析数值的 偏差。同时背景灰度值也不宜过高。
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Optical Density: 吸光物质的光学密度.
被测物质的量越多,光密度(OD值)越高,透射出的光越少,反 映在照片上就越黑。
OD值与物质的量直接相关,数字图象上点的灰度值与对应物质 OD值成对数关系,符合朗伯-比尔定律。
S
densi(tmy ea)nIOD/ area
光 密 度
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尺寸
1.4 实际图片的情况很复杂的。
阳性样品染色深,阴性样品染色浅。
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直接比较整张图片的IOD 等于在比较整张图片的mean density
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哪一个染色物更多?
染色区域颜色深度接近,染色面积有差异。
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使用不同的area会得到不同的结论 要结合切片情况来判断。
其测定原理有点象分光光度计,直接测定切片 的整体光密度。
可以根据照片上象素点的亮度来区分测定区域 其缺陷是显而易见的。复染上的其他颜色的染
料也会产生光密度吸收,导致严重的干扰。
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2.2 抽样测量光密度
在彩色电子图片上选取目标颜色区域,抽样测 量这些小区域的灰度值,取其平均值作为比较 染色深浅的指标。
理论上OD值是从零到无穷大。实际应用中,OD值的范围常用 0-2.0或者0-3.0。
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用OD值是正确的
分光光度计与酶标仪的测定值是OD值 透射的显微镜图象上的光强度要用OD值 蛋白电泳条带的测量也是OD值。 萤光显微镜及萤光分光光度计的测量值是萤光强度
(Fluorescence intensity) 用EB染色的DNA凝胶电泳条带也是萤光强度,但处理
方法与光密度相同,故也用OD值。这个OD与前面的OD 又有不同的意义。它就是荧光的光密度。反映着荧光 物质的多少。
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处理照片时用的却是灰度
各种图象被拍摄成照片进行数字图象处理时, 计算机是对照片的灰度进行测量和计算的。为 了定量物质含量,最后还是需要转换为OD值来 表示。
所以对免疫组化照片的分析结果应该是一个OD 值,光密度。不应该是灰度。
IOD对整张图片的面积作平均。 IOD对特定组织区域的面积作平均。 IOD对显色的组织区域作平均。
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对整张图片区域进行平均的情况比 较少,这张图片中黄色的IOD值主 要来自于中间一块区域内。
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右上角的空白区面积应该扣除。
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也许应是这个特定的组织区域
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这个区域是特定染色的区域。在计算 IOD时能同时计算出来,但以此为平均 面积往往并不正确。
用Image-Pro Plus ( IPP ) 分析免疫
组化图片
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1.免疫组化图片分析原理
根据染色染料颜色的深浅及分布面积大小来确 定目标蛋白的量。
染色区域分布面积与目标蛋白量成正比。 染色的颜色深浅与目标蛋白量的定量关系符合
朗伯-比尔定律,是对数关系。
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1.1光密度与灰度—迷惑人的不同概念
准确地说,是对免疫组化照片的特定染色区域 的灰度进行分析从而测量出组织切片的光密度 值。
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用标准样品才能把OD值 与样品量关联到一起
OD值是一个没有单位的相对值。 使用酶标仪或分光光度计时要作标准曲线。
对电泳条带进行定量分析时一样要作标准曲 线。 电泳条带照片的灰度值与样品量的关系为指 数函数。在把灰度值转换成OD值时,用一个 标准点进行定量分析是不准确的。多个标准 点的标准曲线亦有很大误差,因此只能说是 半定量分析。
光密度:吸收光的物质的光学密度。 (optical density,就是常说的OD值)光密度 值是直接与染色物质的量相关的。
灰度:灰是不够黑,是反射亮度的单位。电子 照片上像素的亮度称为灰度。
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Gray: between white and blEaxacmpkle:
1.The bright value on display screen is gray value.
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对单个细胞的分析比较
单个细胞的IOD 单个细胞的mean density 照片上各细胞IOD或mean density的平均值
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边界不清晰的贴壁细胞
整张图片IOD/细胞个数(照片中细胞数目不多, 数起来不费事)
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细胞簇的分析
测量整张图片黄色区域IOD。 再测量细胞分布的区域面积 area。 对染成蓝色的细胞核计数,作为细胞数N。 以 IOD /(N )作为统计指标。或IOD/area
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1.2定量分析的指标: IOD ( Integrated option density ) 与Mean Density
将图片上各点的光密度值累加起来,得到IOD。 此值与目标物质的总量成正比。
IOD值除以有效目标分布区域的面积,得到 Mean density,此值反映了目标物质的单位面 积浓度。对样品照片进行数字图像分析比较时, 就是比较它们之间的平均光密度值的大小。
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Байду номын сангаас
1.3比较两张照片的染色物质量的差别
两张照片染色深度一样,染色面积大的质量大
照片A
照片B
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比较两张照片的染色物质量的差别
两张照片染色区域面积相同,染色深的质量大
照片A
照片B
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这回该怎么看?
A的颜色深,面积小。 B的颜色浅,面积大。
照片A
照片B
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比较体积!
IODdensi(txy, y)ds
随机选取几个区域 但是能作到“随机”吗?
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2.3 ImagePro plus的独特优势。
准确地按照一个颜色标准来选取一个AOI (area of interesting ) 。测量这个区域 的光密度参数。
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使用IPP比前两种方法更好。
在查到文献中使用的图象分析方法是前两种的 时候,完全可以用IPP的分析测量来代替。结 果更加准确。不必照搬文献上所述的方法。随 着计算机技术的发展,以后也许还会有更好的 图象分析方法及图象分析程序的。
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2.从图片上分析光密度方法
的技术进步
简单测量整张照片的光密度值。 在照片上随机选取数个区域,测量其光密度值。
计算其平均值作为整张照片的光密度值。 在照片上准确选择被染上染料的特定颜色的区
域,计算这些区域的累积光密度值(IOD), 进而计算统计区域的平均光密度值。
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2.1测定整张照片的光密度-图象分析 仪